COLLECTION TRANSPORT ANDCOLLECTION,TRANSPORT,AND EXAMINATION OF SPECIMENS

Departemen MikrobiologiFakultas Kedokteran USU

Medan

Untuk keberhasilan mengisolasi patogen dari i kli ik ti di ti b k 4 i tspesimen klinik, mesti dipertimbangkan 4 point

Type of specimenTime of collection Collection techniques Time and method of its transportation to the laboratory

Spesimen untuk kultur & Pewarnaan Gram dapat diambil dari spesimen :dapat diambil dari spesimen :

Cerebro Spinal Fluid (cairan tubuh yang steril) p ( y g )(cytospin)MataPurulent dischargePurulent dischargeSputum atau aspirasi transtrachealSemua spesimen operasiJaringanUrethral exudates (male only, intracellular gonococcus))gonococcus))Vaginal specimensLuka

Type of Specimen

Bergantung kepada patogen yang akanBergantung kepada patogen yang akan diisolasi, spesimen yang diambil mestilah merupakan representatif dari infeksi atau penyakitnya , misalnya :

Untuk mengisolasi N.gonorrhoeae, spesimen yang diambil adalah endocervical swab bukan vaginaldiambil adalah endocervical swab bukan vaginal swabUntuk mengisolasi patogen dari saluran pernapasan, spesimen yang diambil adalah dahak (sputum) bukan air ludah (saliva)

Type of SpecimenType of Specimen

DarahVolume darah yang diperlukan untuk pemeriksaan bakteriologik adalah 10 ml (dewasa), 2-5 ml (anak-anak) 1-2 ml (bayi)anak), 1-2 ml (bayi)

Usap/Swab Nasofaring & Tenggorokp g ggDilakukan 2 kali pengambilan usap nasofaring & usap tenggorok, satu untuk pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan/kulturdan yang lain untuk biakan/kultur

Type of SpecimenType of Specimen

Nanah atau cairan :Nanah atau cairan :Mengambil dengan spuit steril, taruh dalam tabungsteril. Bersegel dan antar ke Lab. Abses – absesyang milier harus dibuka dengan skalpel ujung tajamsteril untuk mengeluarkan nanah

Kulit (untuk pemeriksaan jamur)Kulit (untuk pemeriksaan jamur)Dipilih dari bagian yang aktif yaitu daerah pinggir.Terlebih dahulu dibersihkan dengan alkohol 70% lalugdikerok dgn skalpel sehingga memperoleh skuamayang cukup

Time of Collection :

Urin paling baik diambil pada pagi hari (urin pagi p g p p g ( p gpertama),segera setelah pasien bangun tidur, sebaiknya sebelum pemberian antimikrobaS t b ik d l hSputum terbaik adalah sputum pertama yang dibatukkan pada pagi hari, namun sputum yang diambil sewaktu juga cukup refresentatifdiambil sewaktu juga cukup refresentatif.Spesimen darah paling baik diambil sewaktu pasien demam tinggi (sesaat sebelum temperatur mencapai puncak),sedapat mungkin sebelum pemberian antimikroba, dianjurkan pengambilan sebanyak 3 kali dengan selangpengambilan sebanyak 3 kali dengan selang waktu 1 jam

Time of Collection :Time of Collection :

Spesimen tinja dapat diambil setiap p j p psaat,terutama pada stadium dini ketika bakteri dalam jumlah terbanyak.U t k/ f i bi dil k kUsap tenggorok/nasofaring bisa dilakukan setiap saat, terutama pada fase akut, sebaiknya sebelum pemberian antimikrobasebaiknya sebelum pemberian antimikrobaEksudat/pus dapat diambil setiap saat, sebaiknya sebelum pemberian antimikrobaCairan otak dapat diambil setiap saat, sebaiknya sebelum pemberian antimikroba

Collection techniques:q

1 Teknik yang dipakai hendaklah dapat1. Teknik yang dipakai hendaklah dapat menjamin bahwa spesimen klinik yng diambil mengandung organisme - organisme yang diduga sebagai penyebab infeksinya

2. Hindari terkontaminasinya spesimen sewaktu pengambilan atau sewaktu dikirim (transportasi) ke Laboraturium.

Collection techniquesq

3 Aseptic proced res adalah penting sekali3. Aseptic procedures adalah penting sekali sewaktu pengambilan spesimen dari bagian tubuh yang steril misalnya :tubuh yang steril, misalnya :

1. Darah2. Cairan spinal3. Pleural effusions

4. Hindari terkontaminasinya discharge atau ulkus dengan normal microbiota di kulitulkus dengan normal microbiota di kulit.

Collection techniquesq

5 Wadah (bejana, container) untuk5. Wadah (bejana, container) untuk pengumpulan spesimen mestilah :

1. Bersih2. Steril3. Tidak bocor ( leak-proof)4. Bebas dari sisa-sisa desinfektans

6. Wadah (bejana, container) supaya tidak mudah pecah, sebaiknya dibuat dari autoclavable plastics yang tidak mudah bocor.

Collection techniques

7. Beri petunjuk tertulis kalau pasien sendiri p j pyang akan mengambil spesimen-nya. Misalnya jika spesimen air kemih yang akan diambil,beritahu caranya kepada pasien:clean catch,midstream specimen.

8 Jik di bil d l h ( h) d i8. Jika yang diambil adalah pus (nanah) dari luka, mesti dijelaskan jenis luka tersebut :

1 Luka bakar1. Luka bakar2. Luka digigit anjing, dicakar kucing3. Luka infeksi pasca bedahp4. Luka tergores kayu , duri, kawat

Collection techniquesCollection techniques

9 Pengiriman spesimen disertai dengan surat9. Pengiriman spesimen disertai dengan surat pengantar/formulir permintaan pemeriksaan laboraturium

10. Wadah spesimen diberi label yang memuat tanggal pengambilan spesimen, identitas pasien,jenis spesimen

Collection techniquesCollection techniques

DARAH- Lokasi pengambilan darah adalah pada lipat siku, pilih vena yang paling jelas dan besar ( di bi i) k b i d(vena mediana cubiti), untuk bayi dapat diambil pada vena sekitar mata kaki

Volume darah yang diambil : dewasa 10 ml- Volume darah yang diambil : dewasa 10 ml, anak-anak 2-5 ml, bayi 1-2 ml- Darah dimasukkan ke dalam botol media :a a d asu a e da a boto ed a

a. untuk biakan aerob & Haemophillus digunakan media BHI brothg

Collection techniquesCollection techniques

b. Untuk biakan anaerob digunakanb. Untuk biakan anaerob digunakanmedia Thioglicolate broth

Apabila botol media tidak memungkinkanApabila botol media tidak memungkinkan karena jarak yang jauh, maka darah dimasukkan ke dalam botol/tabung yang g y gberisi antikoagulan Sodium Polyanethol Sulfonate (SPS) dengan perbandingan 0,5 ml

k SPS d l l d hstok SPS dalam 5 ml darah

Collection techniquesCollection techniquesSPUTUM- digunakan wadah steril bermulut lebar yang tahan bocor dan bertutup ulir dengan volume minimal 25 ml- Persiapan pasien : diberi penjelasan perbedaanPersiapan pasien : diberi penjelasan perbedaan sputum dengan ludah, bila pasien kesulitan mengeluarkan sputum (sputum sedikit) pada malam hari sebelumnya disuruh minum teh manis atau diberi b t l d h k ( k kt )obat pengeluar dahak (ekspektoran)

- Caranya pasien diminta untuk menarik nafas dalam, 2-3 kali kemudian keluarkan nafas dengan batuk

k t d b l k li i t k lyang kuat dan berulang kali sampai sputum keluar- Sputum yang berkualitas baik akan tampak kental purulen dengan volume cukup 3-5 ml

Collection techniquesCollection techniques

URINURINJenis spesimen urin untuk pemeriksaan mikrobiologi :g1. Urin porsi tengah (midstream)2 Urin kateter (yang telah terpasang)2. Urin kateter (yang telah terpasang)3. Urin aspirasi suprapubik

Collection techniquesCollection techniques

1 Urin Porsi Tengah1. Urin Porsi Tengahpersiapan pengambilan urin sterilisasi, pria membersihkan preputium & wanita p p pmembersihkan labia mayora,minora serta ostium uretra eksterna keluarkan urin, aliran urin yang pertama dibuang,aliran urin selanjutnya ditampung dalam wadah pengumpulan urin selesai sebelumwadah,pengumpulan urin selesai sebelum aliran urin habis

Collection techniquesCollection techniques2. Urin Kateter

lakukan desinfeksi dengan alkohol 70% pada bagian selang kateter yang terbuat dari karet

aspirasi urin dengan menggunakanaspirasi urin dengan menggunakan semprit sebanyak lebih kurang 10 ml

3 Urin Suprapubik3. Urin Suprapubikdilakukan pada kandung kemih yang penuh

aspirasi urin dilakukan tepat dititikaspirasi urin dilakukan tepat dititik suprapubik urin diambil lebih kurang 20 ml

Collection techniquesCollection techniques

FECES (TINJA)FECES (TINJA)- Feces segar, pasien diharuskan buang air kecil terlebih dahulu agar tinja tidak tercemar g jurin pasien disuruh buang air besar langsung ke dalam pot tinja (± 5 gram)- Usap rektum, dilakukan pada pasien yang sulit buang air besar, dehidrasi, shockDigunakan lidi kapas steril yang sudah dibasahi NaCl fisiologis

Collection techniquesCollection techniques

Usap nasofaring/Usap tenggorokp g p gg- Dilakukan 2 kali pengambilan,satu untuk pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan (k lt )(kultur)Eksudat/Pus- Luka purulen/ulkus- Luka purulen/ulkusPembersihan luka dengan kain kasa yang telah

dibasahi NaCl fisiologis dengan kapas lidi steril usapkan pada luka/ulkus tanpa menyentuh bagian tepi luka,lakukan sebanyak 2 kali masukkan ke dalam tabung media transportdalam tabung media transport

Collection techniquesCollection techniques- AbsesDilakukan desinfeksi dengan povidone

iodine 10% dan alkohol 70% tusuk jarum dan hisap dengan semprit steril cairandan hisap dengan semprit steril cairan eksudat/pus teteskan eksudat/pus pada kapas lidi steril dan masukkan dalam media transport sisanya dimasukkan dalam wadahtransport, sisanya dimasukkan dalam wadah sterilBisa juga dilakukan insisi pada abses,lalu d k lidi il di k b idengan kapas lidi steril diusapkan bagian dasar abses,kemudian masukkan dalam media transportp

Spesimen yang mengandung patogen berbahayaberbahaya

Petugas laboratorium mesti memperolehPetugas laboratorium mesti memperoleh informasi secukupnya apakah spesimen yang dikirimkan mungkin mengandung organisme yang sangat infeksiusSpesimen tersebut mesti diberi label: HIGH RISK.

High risk specimens :g p

Dahak yang kemungkinan mengandungDahak yang kemungkinan mengandung Mycobacterium tuberculosisSpesimen tinja yang mungkin mengan-p j y g g gdung V.choleare atau Salmonella typhiCairan dari ulkus atau pustula yang mungkin p y g gmengandung Bacillus anthracis atau Treponema pallidumSpesimen dari pasien yang diduga dengan hepatitis, demam berdarah, pest.

Media Transportp

Sebaiknya spesimen klinik untuk peme-y p priksaan mikrobiologik dikirimkan ke Lab. sesegera mungkin, supaya patogen yang mungkin terdapat di dalam spesimen masih viable (hidup).K l di ti i i k t j di k t l b tKalau diantisipasi akan terjadi keterlambatan, maka gunakan medium transport:

Stuart”s transport mediumStuart s transport mediumAmies transport mediumCary-Blair mediumy

Cara penyimpanan dan PengirimanCara penyimpanan dan Pengiriman

Darah disimpan pada suhu kamar,tetapi tidakDarah disimpan pada suhu kamar,tetapi tidak boleh lebih dari 24 jam, spesimen tidak boleh disimpan dalam lemari es.Spesimen harus segera dikirim ke laboraturium,apabila jarak jauh,spesimen darah dapat dimasukkan ke dalam botol/tabung yang berisi antikoagulan sodium polyanethol sulfonatepolyanethol sulfonate

Cara penyimpanan dan PengirimanCara penyimpanan dan Pengiriman

Spesimen Sputum dan urin harus sudahSpesimen Sputum dan urin harus sudah tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam,bila tidak memungkinkan harus disimpan dalam lemari es (2-8ºC)Pengiriman sputum dan urin dilakukan dalam cooling box kecuali jika pengiriman dapat dilakukan kurang dari 1 jam setelah pengambilan spesmenpengambilan spesmen

Cara penyimpanan dan PengirimanCara penyimpanan dan Pengiriman

Spesimen tinja harus segera dikirim keSpesimen tinja harus segera dikirim ke laboraturium (kurang dari 2 jam setelah pengambilan bahan)Bila lebih dari 2 jam spesimen dimasukkan ke dalam media transport Carry & Blair dan disimpan dalam suhu ruangBila tidak ada media transport, tinja disimpan d l h 2 8ºCdalam suhu 2-8ºC

Cara penyimpanan dan PengirimanCara penyimpanan dan Pengiriman

Usap tenggorok dan Usap nasofaringp gg p gSpesimen dimasukkan ke dalam media transportBila spesimen tidak dapat diproses pada hari yang sama, bisa disimpan pada suhu 2-8ºCU t k bi k b kt i ik filik di iUntuk biakan bakteri mikroaerofilik disimpan dalam suasana CO2 5-10% (Sungkup lilin)Pengiriman dilakukan dengan menggunakanPengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 24 jam

Cara penyimpanan dan PengirimanCara penyimpanan dan Pengiriman

Eksudat/pusEksudat/pusSpesimen harus sudah sampai di laboraturium dalam waktu 2 jam setelah jpengambilan, jika tidak memungkinkan bisa disimpan dalam lemari es (2-8ºC)Pengiriman dilakukan dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika perjalanan

di l k k d i 2 jyang diperlukan kurang dari 2 jam

Cara penyimpanan dan PengirimanCara penyimpanan dan Pengiriman

Cairan OtakSpesimen harus sudah tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam setelah pengambilan, jika id k ki k i htidak memungkinkan spesimen harus

disimpan dalam lemari es atau media transport dalam beberapa jam sajatransport dalam beberapa jam sajaPengiriman spesimen harus secepat mungkin dengan menggunakan cooling box (2-8ºC) kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 1 jam

Specimen Qualityp Q y

Informasi yang diberikan oleh Lab sangatInformasi yang diberikan oleh Lab sangat bermanfaat jika dapat digunakan untuk :

Menegakkan diagnosis penyakit infeksiPedoman dalam pemilihan antimikrobapMemonitor progress atau prognosis penyakit

Mutu spesimen yang jelek :p y g j

Etiologic ( causative ) agent dari penyakitEtiologic ( causative ) agent dari penyakit infeksinya tidak dapat diisolasiTerjadi overgrowth normal microbiota yangTerjadi overgrowth normal microbiota yang akan menutupi pertumbuhan mikroorganaisme patogenp gKontaminan dapat mengganggu identifikasi patogen dan diagnosis dari penyakit pasien.

Kriteria High Quality specimens :g Q y p

1. Spesimen klinis yang diambil mestilah p y gappropriate specimens supaya diagnosis penyakitnya akurat

2. Hindari terkontaminasinya spesimen dengan normal microbiota

3. Transportasi spesimen ke Lab mesti dengan cara yang tepat ( kalau perlu dengan dry ice secara anaerob dengan pengawet )dry ice, secara anaerob, dengan pengawet ).

Komponen Spesimen Bermutu:

1. Proper SELECTION of the specimen2. Proper COLLECTION of the specimen3. Proper TRANSPORT of the specimen to

the lab.

KRITERIA PENOLAKAN SPESIMENKRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN

1 Spesimen yang tidak diberi label ataupun1. Spesimen yang tidak diberi label ataupun labelnya rusak/tidak jelas

2. Spesimen yang disimpan/dikirim terlalu lamap y g p3. Wadah/container spesimen rusak atau tidak

sesuai4. Spesimen diterima dalam keadaan fiksasi5. Sputum oropharing yang terkontaminasi5 Sputu o op a g ya g te o ta as

KRITERIA PENOLAKAN SPESIMENKRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN

6. Terdapat dua spesimen (tinja,dahak) yang sama p p ( j , ) y gdalam 24 jam kecuali sudah ada penjelasan kepada petugas laboraturium

7 S i diki i tid k i d7. Spesimen yang dikirim tidak sesuai dengan permintaan kultur, misalnya urine yang diambil dari kateter tidak sesuai untuk kultur kuman anaerob

8. Swab kering9. Pengumpulan urin/dahak dalam 24 jam untuk kultur

j t AFBjamur atau AFB10.Kriteria-kriteria khusus lain yang tidak sesuai

dengan laboraturiumdengan laboraturium

Environmentally Fragile OrganismsEnvironmentally Fragile Organisms

Organism Most Likely Specimen Comment Shigella spp. Stool Immediate processing recommended N. gonorrhoeae Genital Sensitive to cold. Need 5-10% CO2.N. gonorrhoeae Genital Sensitive to cold. Need 5 10% CO2.

Immediate processing recommended N. meningitidis CSF Sensitive to cold. Immediate processing

recommended H. influenzae CSF, eye, ear, throat Sensitive to cold. Immediate processing f , y , , p g

recommended

QA monitor??QA monitor??

Media Transport yang dianjurkan:p y g j

MEDIUM KEGUNAAN COMMENT

Stuart’s medium Untuk kuman aerob & beberapa anaerob fakultatif

Umumnya bagus untuk media transport terutama untuk swab

Amies medium Untuk kuman anaerob & anaerob fakultatif

Lebih bagus untuk anaerob fakultatif dibanding stuart’s medium

Amies + arang GO Media transport yang paling bagus untuk GO

Carry-Blair Untuk kuman patogen usus (salmonella,shigella,vibrio,campylobacter)

Semua spesimen tinja yg memerlukan waktu pengiriman lbh dari satu jam harus menggunakan media ini terutama untuk campylobacter

Media transport anaerob Banyak jenis kuman Media yang dianjurkan dengan menggunakan indikator oksigen

Medium untuk telur & parasit (PVA,SAF,10% Formalin,Alcohol

Protozoa Media ini tidak mengandung banyak merkuri atau formalin

based-ecofix) Ramah lingkungan

Media transport virus Banyak jenis virus Umumnya mengandung antibiotik

Acceptable Specimens For Anaerobic Culture

Site Acceptable Specimens Unacceptable Specimens Head and Abscess aspirate obtained by needle and syringe Throat or nasopharyngeal swabsHead and neck

Abscess aspirate obtained by needle and syringe after surface decontamination Biopsy material surgically obtained Anaerobic swab surgically obtained when aspiration is not feasible

Throat or nasopharyngeal swabsGingival swabs Superficial material collected with swabs

Lungs Transtracheal aspirate Expectorated sputumLungs Transtracheal aspirateMaterial from percutaneous lung puncture Biopsy material surgically obtained Bronchoscopic specimen obtained by protected brush Thoracatomy specimen

Expectorated sputumInduced sputum Endotracheal aspirate Bronchoscopic specimens not specially collected

Thoracatomy specimenAnaerobic swab surgically obtained

Soft tissue

Aspirate obtained by needle and syringe Biopsy material surgically obtained Aspirate from sinus tract obtained by needle and small plastic catheter

Superficial material collected from skin surfaces or edges of wound

pDeep aspirate of open-wound obtained through decontaminated skin Deep aspirate of surface ulcer obtained through decontaminated skin

Urinary Suprapubic aspirate Voided urineytract

p p p Catheterized urine