100
transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920 1618 cis GJD4 (2 of 2) TCONS_02527387 846 cis -- TCONS_00825386 1377 cis sntg2 TCONS_00825386 1377 cis -- TCONS_00825386 1377 cis -- TCONS_00825386 1377 cis -- TCONS_00825386 1377 cis -- TCONS_00825386 1377 cis -- TCONS_00825387 1377 cis sntg2 TCONS_00825387 1377 cis -- TCONS_00825387 1377 cis -- TCONS_00825387 1377 cis -- TCONS_00825387 1377 cis -- TCONS_00825387 1377 cis -- TCONS_01134527 1507 cis cyc1 TCONS_01134527 1507 cis raly TCONS_01134527 1507 cis TRIM35 (9 of 54) TCONS_02202896 3170 cis -- TCONS_02202896 3170 cis -- TCONS_02202896 3170 cis -- TCONS_02202896 3170 cis - TCONS_02363348 491 cis -- TCONS_02363348 491 cis -- TCONS_00858049 4262 -- -- TCONS_02270708 411 cis - TCONS_02270708 411 cis -- TCONS_02063215 1526 cis fam98a (2 of 3) TCONS_02063215 1526 cis col11a1a TCONS_02063215 1526 cis rnpc3 TCONS_01465118 4220 cis kctd7 TCONS_01465118 4220 cis rabgef1 TCONS_01465118 4220 cis rab24 TCONS_01465118 4220 cis pgrmc1 TCONS_01465118 4220 cis ttc3 TCONS_01465118 4220 cis KCNJ6 TCONS_01465118 4220 cis -- TCONS_01465118 4220 cis pgk1 TCONS_01918724 806 cis -- TCONS_01918724 806 cis acp6 TCONS_01918724 806 cis bcl9 TCONS_01918724 806 cis cx45.6 TCONS_01918724 806 cis - TCONS_01918724 806 cis cx44.1 TCONS_01132034 1724 cis tusc2a TCONS_01132034 1724 cis RASSF1 (1 of 2) TCONS_01132034 1724 cis hemk1 TCONS_01132034 1724 cis -- TCONS_01132034 1724 cis HYAL2 (1 of 2)

transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

  • Upload
    others

  • View
    1

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

transcript_id length Target_Type Target_GeneNameTCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2)TCONS_01031920 1618 cis pard3TCONS_01031920 1618 cis GJD4 (2 of 2)TCONS_02527387 846 cis --TCONS_00825386 1377 cis sntg2TCONS_00825386 1377 cis --TCONS_00825386 1377 cis --TCONS_00825386 1377 cis --TCONS_00825386 1377 cis --TCONS_00825386 1377 cis --TCONS_00825387 1377 cis sntg2TCONS_00825387 1377 cis --TCONS_00825387 1377 cis --TCONS_00825387 1377 cis --TCONS_00825387 1377 cis --TCONS_00825387 1377 cis --TCONS_01134527 1507 cis cyc1TCONS_01134527 1507 cis ralyTCONS_01134527 1507 cis TRIM35 (9 of 54)TCONS_02202896 3170 cis --TCONS_02202896 3170 cis --TCONS_02202896 3170 cis --TCONS_02202896 3170 cis -TCONS_02363348 491 cis --TCONS_02363348 491 cis --TCONS_00858049 4262 -- --TCONS_02270708 411 cis -TCONS_02270708 411 cis --TCONS_02063215 1526 cis fam98a (2 of 3)TCONS_02063215 1526 cis col11a1aTCONS_02063215 1526 cis rnpc3TCONS_01465118 4220 cis kctd7TCONS_01465118 4220 cis rabgef1TCONS_01465118 4220 cis rab24TCONS_01465118 4220 cis pgrmc1TCONS_01465118 4220 cis ttc3TCONS_01465118 4220 cis KCNJ6TCONS_01465118 4220 cis --TCONS_01465118 4220 cis pgk1TCONS_01918724 806 cis --TCONS_01918724 806 cis acp6TCONS_01918724 806 cis bcl9TCONS_01918724 806 cis cx45.6TCONS_01918724 806 cis -TCONS_01918724 806 cis cx44.1TCONS_01132034 1724 cis tusc2aTCONS_01132034 1724 cis RASSF1 (1 of 2)TCONS_01132034 1724 cis hemk1TCONS_01132034 1724 cis --TCONS_01132034 1724 cis HYAL2 (1 of 2)

Page 2: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01132034 1724 cis wdr82TCONS_01132034 1724 cis --TCONS_01132034 1724 cis zmynd10TCONS_01132034 1724 cis cacna2d2TCONS_01132034 1724 cis cishTCONS_01132034 1724 cis nprl2TCONS_01284338 4586 cis casp3aTCONS_01284338 4586 cis asah1bTCONS_01284338 4586 cis pcm1TCONS_01284338 4586 cis FRG1TCONS_01284338 4586 cis osbpTCONS_01284338 4586 cis sart1TCONS_00524741 4636 cis adamts9TCONS_00524741 4636 cis prickle2TCONS_00524741 4636 cis slc2a9l1TCONS_00524741 4636 cis MAGI1 (2 of 2)TCONS_01648869 4588 cis brinp2TCONS_01648869 4588 cis astn1TCONS_02451891 933 cis -TCONS_02485870 944 cis --TCONS_02485870 944 cis --TCONS_02485870 944 cis --TCONS_02485870 944 cis --TCONS_02485870 944 cis --TCONS_02145055 3830 cis --TCONS_02145055 3830 cis -TCONS_02145055 3830 cis --TCONS_02145055 3830 cis -TCONS_02145055 3830 cis TRIM35 (38 of 54)TCONS_00295605 18515 cis nr2f2TCONS_02526458 477 cis -TCONS_00555453 1441 cis zgc:109949TCONS_00555453 1441 cis rpsaTCONS_00555453 1441 cis --TCONS_00555453 1441 cis hook2TCONS_00555453 1441 cis --TCONS_00555453 1441 cis UBN2 (1 of 2)TCONS_00555453 1441 cis junbbTCONS_00555453 1441 cis myh9bTCONS_00555453 1441 cis slc25a38aTCONS_00555453 1441 cis C19orf43TCONS_00015877 4009 cis --TCONS_00015877 4009 cis ADAMTSL3TCONS_00015877 4009 cis EFTUD1TCONS_00856277 1562 cis itkTCONS_00856277 1562 cis hmmrTCONS_00856277 1562 cis cyfip2TCONS_00856277 1562 cis med7TCONS_00856277 1562 cis insbTCONS_00856277 1562 cis lonrf1TCONS_02556126 999 -- --

Page 3: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02515596 1012 cis --TCONS_02515596 1012 cis --TCONS_02515596 1012 cis --TCONS_02515596 1012 cis deddTCONS_02515596 1012 cis --TCONS_02390925 1611 cis --TCONS_02390925 1611 cis --TCONS_02390925 1611 cis --TCONS_01495867 2398 cis idsTCONS_01495867 2398 cis zgc:66433TCONS_01495867 2398 cis LONRF3TCONS_01495867 2398 cis dcpsTCONS_01495867 2398 cis aff2TCONS_01495867 2398 cis commd5TCONS_00479032 2596 cis eif3jbTCONS_00479032 2596 cis --TCONS_00479032 2596 cis -TCONS_00479032 2596 cis cilpTCONS_00479032 2596 cis igdcc3TCONS_01212174 2189 cis pex11gTCONS_01212174 2189 cis --TCONS_01212174 2189 cis slc35e1TCONS_01212174 2189 cis COMPTCONS_01212174 2189 cis tmem38aTCONS_01212174 2189 cis klhl26TCONS_01212174 2189 cis --TCONS_01212174 2189 cis -TCONS_01212174 2189 cis crtc1bTCONS_01212174 2189 cis --TCONS_01212174 2189 cis APBA3TCONS_01212174 2189 cis -TCONS_02459295 545 cis -TCONS_02459295 545 cis --TCONS_02459295 545 cis --TCONS_02459295 545 cis -TCONS_02459295 545 cis --TCONS_02459295 545 cis -TCONS_00422103 2263 cis cwf19l2TCONS_00422103 2263 cis GUCY1A2TCONS_00422103 2263 cis aasdhpptTCONS_00422103 2263 cis gria4aTCONS_00422103 2263 cis msantd4TCONS_01411239 3584 cis senp8TCONS_01411239 3584 cis gramd2a (1 of 2)TCONS_01411239 3584 cis znf609TCONS_01411239 3584 cis myo9ab (1 of 2)TCONS_02518768 1591 cis -TCONS_01633797 2640 cis rev3lTCONS_01633797 2640 cis fynbTCONS_01633797 2640 cis lama4TCONS_01633797 2640 cis si:dkey-119m7.4

Page 4: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01633797 2640 cis tube1TCONS_01633797 2640 cis -TCONS_01633797 2640 cis TRAF3IP2TCONS_01633797 2640 cis wisp3TCONS_00241277 973 cis -TCONS_00241277 973 cis -TCONS_00241277 973 cis TMEM47 (1 of 2)TCONS_00241277 973 cis GP5TCONS_00241277 973 cis -TCONS_00241277 973 cis PRRG1TCONS_00241277 973 cis lrrc15TCONS_00241277 973 cis CCDC50TCONS_00241277 973 cis cpoxTCONS_00241277 973 cis tab3TCONS_00241277 973 cis CCDC181TCONS_00241277 973 cis leprel1TCONS_00497781 1988 cis SHANK1 (1 of 2)TCONS_00497781 1988 cis med25TCONS_00497781 1988 cis si:ch211-51c14.1TCONS_00497781 1988 cis syt3TCONS_00118956 7735 cis pcnxl2TCONS_00118956 7735 cis -TCONS_00118956 7735 cis -TCONS_00118956 7735 cis OLIG3TCONS_00118956 7735 cis crfb9TCONS_00118956 7735 cis --TCONS_00118956 7735 cis atl2TCONS_00118956 7735 cis si:ch211-120p12.3TCONS_01031902 1975 cis KLF6 (2 of 2)TCONS_01031902 1975 cis pfkpbTCONS_01031902 1975 cis NCOA2 (2 of 2)TCONS_01031902 1975 cis pitrm1TCONS_00795574 3194 cis ENOX2TCONS_01298396 2167 cis igsf9bbTCONS_01298396 2167 cis --TCONS_01298396 2167 cis vps26blTCONS_01298396 2167 cis jam3bTCONS_01658589 2757 -- --TCONS_00939894 2716 cis PGBD4 (3 of 8)TCONS_00939894 2716 cis KLHDC8ATCONS_00939894 2716 cis --TCONS_00939894 2716 cis --TCONS_01370241 5017 cis --TCONS_01370241 5017 cis --TCONS_01370241 5017 cis TMEM102TCONS_01370241 5017 cis tmem256TCONS_02177000 1705 cis amigo3TCONS_02177000 1705 cis rnf123TCONS_02177000 1705 cis GRM7 (1 of 2)TCONS_01936165 1435 cis -TCONS_01936165 1435 cis cnih3

Page 5: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01936165 1435 cis --TCONS_01468668 2142 cis fam73bTCONS_01468668 2142 cis NTNG2 (2 of 2)TCONS_01468668 2142 cis dolpp1TCONS_01468668 2142 cis st6galnac4TCONS_00609344 6436 cis SOCS6TCONS_00609344 6436 cis --TCONS_00609344 6436 cis cbln2bTCONS_00609344 6436 cis FBXO15 (1 of 2)TCONS_01734799 2182 cis gcdhTCONS_01734799 2182 cis rgl3aTCONS_01734799 2182 cis prdx2TCONS_01734799 2182 cis slc44a2TCONS_01734799 2182 cis si:dkey-217d24.6TCONS_01734799 2182 cis ccdc151 (1 of 2)TCONS_01734799 2182 cis ilf3aTCONS_01734799 2182 cis nfil3-5TCONS_01734799 2182 cis --TCONS_01734799 2182 cis klfdTCONS_01734799 2182 cis ptger1aTCONS_01734799 2182 cis acp5aTCONS_01734799 2182 cis -TCONS_00759567 3029 cis ttll1TCONS_00759567 3029 cis arfgap3TCONS_00759567 3029 cis IKBIPTCONS_00759567 3029 cis -TCONS_00759567 3029 cis uhrf1bp1lTCONS_00759567 3029 cis mcatTCONS_00759567 3029 cis CKAP4TCONS_00759567 3029 cis pacsin2TCONS_01595069 1100 cis rorabTCONS_01446449 424 cis hfe2TCONS_01446449 424 cis thbs3aTCONS_01446449 424 cis --TCONS_01446449 424 cis --TCONS_01446449 424 cis mtx1aTCONS_01446449 424 cis --TCONS_01446449 424 cis --TCONS_01446449 424 cis --TCONS_02452256 6222 cis --TCONS_02452256 6222 cis --TCONS_02452256 6222 cis -TCONS_02452256 6222 cis --TCONS_02452256 6222 cis --TCONS_02452256 6222 cis -TCONS_02452256 6222 cis --TCONS_02452256 6222 cis --TCONS_01920316 2718 cis si:ch211-199f5.1 (1 of 2)TCONS_01920316 2718 cis ednrb1bTCONS_01920316 2718 cis pcdh8TCONS_01920316 2718 cis MID1 (2 of 2)

Page 6: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01920316 2718 cis --TCONS_01920316 2718 cis PCDH17 (2 of 2)TCONS_01920316 2718 cis cog3TCONS_01920316 2718 cis ARHGAP6 (2 of 2)TCONS_01877354 635 cis dfnb31bTCONS_01877354 635 cis ZNF507 (2 of 2)TCONS_02410079 1866 cis -TCONS_02410079 1866 cis arrb2aTCONS_02410079 1866 cis taf9TCONS_02410079 1866 cis ap4m1TCONS_02410079 1866 cis rbmx2TCONS_02410079 1866 cis -TCONS_02410079 1866 cis siah2lTCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02478522 1414 cis --TCONS_02323869 832 cis -TCONS_02323869 832 cis -TCONS_02323869 832 cis ZANTCONS_00295950 1759 cis DNAJA4TCONS_00295950 1759 cis CA12TCONS_00295950 1759 cis --TCONS_00295950 1759 cis -TCONS_00295950 1759 cis --TCONS_00295950 1759 cis acsbg1TCONS_00295950 1759 cis cib2TCONS_00295950 1759 cis trpm1bTCONS_00295950 1759 cis tbc1d2bTCONS_00295950 1759 cis --TCONS_00295950 1759 cis --TCONS_00295950 1759 cis idh3aTCONS_00295950 1759 cis --TCONS_00295950 1759 cis neil1TCONS_00295950 1759 cis -TCONS_00295950 1759 cis --TCONS_00295950 1759 cis man2c1TCONS_00295950 1759 cis rps27.2TCONS_00295950 1759 cis --TCONS_00295950 1759 cis usp3TCONS_00295950 1759 cis fbxl22TCONS_01633547 749 -- --TCONS_00787518 4140 cis ciz1aTCONS_00787518 4140 cis C9orf16TCONS_00787518 4140 cis golga2TCONS_00787518 4140 cis prdm12b

Page 7: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00787518 4140 cis ass1TCONS_00787518 4140 cis surf4TCONS_00787518 4140 cis DNM1 (2 of 2)TCONS_00787518 4140 cis fbxw5TCONS_00787518 4140 cis FUBP3 (2 of 2)TCONS_00787518 4140 cis SURF2TCONS_01870837 1469 cis slc18a2TCONS_01870837 1469 cis kcnk18TCONS_01870837 1469 cis edaraddTCONS_01870837 1469 cis pdzd8TCONS_01870837 1469 cis -TCONS_02546965 610 -- --TCONS_02288785 227 cis --TCONS_02288785 227 cis ENDOD1 (3 of 22)TCONS_02288785 227 cis ENDOD1 (2 of 22)TCONS_02288785 227 cis ENDOD1 (1 of 22)TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis rabl3TCONS_00575629 3856 cis crfb1TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis -TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis --TCONS_00575629 3856 cis -TCONS_00089184 5213 cis anapc1TCONS_00089184 5213 cis vipTCONS_00089184 5213 cis --TCONS_02493368 1034 cis --TCONS_02493368 1034 cis -TCONS_01251831 2345 cis --TCONS_01251831 2345 cis --TCONS_01251831 2345 cis --TCONS_01251831 2345 cis zgc:194930TCONS_01251831 2345 cis PCOLCE (2 of 2)TCONS_01251831 2345 cis per1bTCONS_01251831 2345 cis RELL1TCONS_02536197 1220 -- --TCONS_00854022 1641 cis epha6TCONS_00854022 1641 cis lmo7bTCONS_00854022 1641 cis kctd12.2TCONS_00854022 1641 cis --

Page 8: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00854022 1641 cis arl6TCONS_00854022 1641 cis SLC5A7 (1 of 2)TCONS_02181486 5109 cis --TCONS_02181486 5109 cis --TCONS_02181486 5109 cis --TCONS_02181486 5109 cis --TCONS_02181486 5109 cis --TCONS_01664406 2526 cis adam17aTCONS_01664406 2526 cis ywhaqbTCONS_01664406 2526 cis grhl1TCONS_00328787 5241 cis -TCONS_00328787 5241 cis -TCONS_00328787 5241 cis -TCONS_00729229 1867 cis -TCONS_00729229 1867 cis --TCONS_00729229 1867 cis -TCONS_00729229 1867 cis fbxw11aTCONS_00729229 1867 cis fgf18aTCONS_00729229 1867 cis --TCONS_01248444 1854 cis --TCONS_01248444 1854 cis -TCONS_01248444 1854 cis --TCONS_01248444 1854 cis --TCONS_02522591 602 cis -TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02478310 1050 cis --TCONS_02112891 5435 cis pkigTCONS_02112891 5435 cis wisp2 (2 of 7)TCONS_02112891 5435 cis wisp2TCONS_02112891 5435 cis wisp2 (5 of 7)TCONS_02112891 5435 cis wisp2 (6 of 7)TCONS_02112891 5435 cis --TCONS_02112891 5435 cis wisp2 (4 of 7)TCONS_02112891 5435 cis adaTCONS_02112891 5435 cis wisp2 (1 of 7)TCONS_01087701 3561 cis zgc:174863TCONS_01087701 3561 cis --TCONS_01087701 3561 cis --TCONS_01087701 3561 cis --TCONS_01087701 3561 cis --TCONS_01087701 3561 cis hn1aTCONS_01087701 3561 cis --TCONS_01087701 3561 cis -TCONS_01087701 3561 cis si:ch211-173p18.3 (2 of 2)

Page 9: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00370911 3162 cis kdm6alTCONS_00370911 3162 cis caskbTCONS_00370911 3162 cis gpr34b (2 of 2)TCONS_00370911 3162 cis cenplTCONS_00370911 3162 cis fundc1TCONS_02205679 3385 cis C21orf91TCONS_02205679 3385 cis btg3TCONS_02205679 3385 cis cxadrTCONS_02205679 3385 cis auts2TCONS_00635806 881 cis -TCONS_00635806 881 cis -TCONS_01781915 1454 cis igf3TCONS_01781915 1454 cis --TCONS_01781915 1454 cis --TCONS_01781915 1454 cis --TCONS_01781915 1454 cis --TCONS_01781915 1454 cis nppaTCONS_01781915 1454 cis --TCONS_01781915 1454 cis --TCONS_01781915 1454 cis renbpTCONS_01781915 1454 cis --TCONS_01839360 1698 cis --TCONS_01839360 1698 cis --TCONS_01839360 1698 cis --TCONS_01839360 1698 cis btr12TCONS_01839360 1698 cis -TCONS_01839360 1698 cis -TCONS_01839360 1698 cis --TCONS_01839360 1698 cis --TCONS_02539187 2963 cis --TCONS_01132358 3349 cis hesx1TCONS_01132358 3349 cis cyc1TCONS_01132358 3349 cis TRIM35 (8 of 54)TCONS_01132358 3349 cis mychTCONS_01132358 3349 cis --TCONS_01132358 3349 cis --TCONS_01132358 3349 cis ergic3TCONS_01131915 1060 cis --TCONS_01131915 1060 cis A3GALT2 (1 of 5)TCONS_01131915 1060 cis EMP3 (2 of 2)TCONS_01131915 1060 cis ppcsTCONS_01131915 1060 cis utp3TCONS_01131915 1060 cis -TCONS_01131915 1060 cis --TCONS_01131915 1060 cis FOXJ3TCONS_00173093 1876 cis samd10bTCONS_00173093 1876 cis ZNF512BTCONS_00173093 1876 cis uckl1bTCONS_00173093 1876 cis SLC2A4RGTCONS_00173093 1876 cis zbtb46TCONS_00479972 1364 cis --

Page 10: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00479972 1364 cis -TCONS_00479972 1364 cis -TCONS_00479972 1364 cis igdcc3TCONS_00479972 1364 cis cilpTCONS_00479972 1364 cis fam189a1TCONS_00479972 1364 cis eif3jbTCONS_00479972 1364 cis casc4TCONS_00520032 739 cis BPIFC (2 of 3)TCONS_00520032 739 cis cntn4TCONS_00520032 739 cis BPIFC (3 of 3)TCONS_00520032 739 cis mybl2TCONS_00520032 739 cis rpn2TCONS_00520032 739 cis EPB41L1 (2 of 2)TCONS_00520032 739 cis CDK5RAP1TCONS_00520032 739 cis ghrhTCONS_01266188 4625 cis med4TCONS_01266188 4625 cis NEK5TCONS_01266188 4625 cis htr2aTCONS_01266188 4625 cis itm2bbTCONS_01266188 4625 cis sucla2TCONS_02280579 330 -- --TCONS_00424923 1930 cis rnf7TCONS_00424923 1930 cis hip1TCONS_00424923 1930 cis bcl7bbTCONS_00424923 1930 cis -TCONS_00424923 1930 cis baz1bTCONS_00424923 1930 cis fzd9bTCONS_00424923 1930 cis GRK7 (1 of 2)TCONS_00424923 1930 cis RASA2TCONS_02153398 3390 cis entpd6TCONS_02153398 3390 cis gins1TCONS_02153398 3390 cis apmapTCONS_02153398 3390 cis --TCONS_02153398 3390 cis abhd12TCONS_02153398 3390 cis --TCONS_02153398 3390 cis SYNDIG1TCONS_02153398 3390 cis ninlTCONS_02153398 3390 cis acss1TCONS_02153398 3390 cis --TCONS_02153398 3390 cis zgc:194336TCONS_02153398 3390 cis CST7TCONS_02153398 3390 cis vsx1TCONS_02153398 3390 cis AIFM2TCONS_00296150 660 cis thTCONS_00296150 660 cis nap1l4aTCONS_00296150 660 cis phlda2TCONS_00296150 660 cis igf2bTCONS_01528562 11847 cis gnai1TCONS_01528562 11847 cis magi2TCONS_01275220 1994 cis olfm1bTCONS_01275220 1994 cis col5a1

Page 11: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02281190 515 cis -TCONS_02281190 515 cis -TCONS_02281190 515 cis -TCONS_02281190 515 cis --TCONS_02281190 515 cis --TCONS_02281190 515 cis SLC9A1 (5 of 5)TCONS_02477410 920 cis -TCONS_02477410 920 cis -TCONS_02477410 920 cis --TCONS_02477410 920 cis --TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis GPR52TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis RABGAP1LTCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis tmem178bTCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis -TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis -TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_01947117 6702 cis --TCONS_00830116 2321 cis GLT1D1TCONS_00830116 2321 cis rimbp2TCONS_00830116 2321 cis si:dkeyp-14d3.1TCONS_00830116 2321 cis -TCONS_00830116 2321 cis fzd10TCONS_00830116 2321 cis piwil1TCONS_00830116 2321 cis slc15a4TCONS_02059652 567 cis -TCONS_02059652 567 cis -TCONS_02059652 567 cis --TCONS_02059652 567 cis -TCONS_02059652 567 cis --TCONS_01865745 1274 cis MYL4 (2 of 2)TCONS_01865745 1274 cis BRINP1TCONS_00010420 843 -- --TCONS_01677675 1453 cis sdk2bTCONS_02082251 10881 cis MORF4L1 (1 of 2)TCONS_02082251 10881 cis rxfp3.3a3TCONS_02082251 10881 cis UACATCONS_02082251 10881 cis gro1TCONS_02082251 10881 cis PIAS1 (1 of 2)TCONS_02453796 390 cis vegfcTCONS_00997522 2174 cis mterfd3 (2 of 2)TCONS_00997522 2174 cis si:ch73-62b13.1TCONS_00997522 2174 cis mettl20TCONS_00997522 2174 cis btbd11b

Page 12: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00997522 2174 cis --TCONS_00997522 2174 cis --TCONS_00997522 2174 cis --TCONS_00997522 2174 cis cry1bTCONS_00997522 2174 cis -TCONS_01507527 632 cis matn4TCONS_01507527 632 cis STK4TCONS_01507527 632 cis -TCONS_01507527 632 cis or134-1TCONS_01507527 632 cis KCNS1TCONS_01507527 632 cis arpc3 (2 of 2)TCONS_01507527 632 cis cox6cTCONS_01507527 632 cis -TCONS_01507527 632 cis -TCONS_01507527 632 cis or137-2TCONS_01172714 4097 cis zgc:92749TCONS_01172714 4097 cis kansl1aTCONS_01172714 4097 cis --TCONS_01172714 4097 cis PSD (2 of 2)TCONS_01172714 4097 cis maptbTCONS_01172714 4097 cis MAT1A (1 of 2)TCONS_01172714 4097 cis -TCONS_00091656 2441 cis slc29a1aTCONS_00091656 2441 cis adssTCONS_00091656 2441 cis -TCONS_00091656 2441 cis -TCONS_00091656 2441 cis atl2TCONS_00091656 2441 cis --TCONS_00091656 2441 cis OLIG3TCONS_01392218 1050 cis -TCONS_01392218 1050 cis mboat7TCONS_01392218 1050 cis -TCONS_01392218 1050 cis rbfox1lTCONS_01392218 1050 cis tmc4TCONS_01392218 1050 cis --TCONS_01392218 1050 cis --TCONS_01392218 1050 cis LENG8TCONS_01392218 1050 cis -TCONS_01392218 1050 cis rps9TCONS_01392218 1050 cis --TCONS_01014192 1605 cis MYO1GTCONS_01014192 1605 cis --TCONS_01014192 1605 cis --TCONS_01014192 1605 cis -TCONS_01014192 1605 cis eya3TCONS_01014192 1605 cis si:ch211-195b13.1TCONS_00633405 4487 cis --TCONS_00633405 4487 cis --TCONS_00633405 4487 cis -TCONS_00633405 4487 cis --TCONS_00633405 4487 cis --

Page 13: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00703741 1877 cis -TCONS_00703741 1877 cis rc3h2TCONS_00703741 1877 cis mmp17a (2 of 2)TCONS_00703741 1877 cis -TCONS_00703741 1877 cis jak2aTCONS_00703741 1877 cis rln1TCONS_00703741 1877 cis RABGAP1TCONS_02551263 517 -- --TCONS_02551262 751 -- --TCONS_02507271 666 cis -TCONS_01331226 3326 cis -TCONS_01331226 3326 cis ddx6TCONS_01331226 3326 cis CXCR5TCONS_01331226 3326 cis trehTCONS_01331226 3326 cis cdonTCONS_01331226 3326 cis bcl9lTCONS_00007402 1335 -- --TCONS_01063802 9877 cis MATR3 (3 of 3)TCONS_01063802 9877 cis MATR3 (1 of 3)TCONS_01063802 9877 cis matr3l1.1TCONS_02442830 959 cis -TCONS_02442830 959 cis umps (2 of 3)TCONS_02442830 959 cis --TCONS_02442830 959 cis --TCONS_01684349 2807 cis --TCONS_02229093 340 cis --TCONS_02229093 340 cis -TCONS_02229093 340 cis --TCONS_02229093 340 cis -TCONS_02229093 340 cis -TCONS_02229093 340 cis -TCONS_00005733 628 -- --TCONS_00579666 1231 cis lctTCONS_00579666 1231 cis esyt3 (1 of 2)TCONS_00579666 1231 cis CXCR1TCONS_00579666 1231 cis cx43.4TCONS_00579666 1231 cis --TCONS_00579666 1231 cis faimaTCONS_00579666 1231 cis esyt3 (2 of 2)TCONS_00579666 1231 cis si:ch211-219a4.3 (1 of 2)TCONS_00579666 1231 cis PARP9TCONS_00579666 1231 cis si:ch211-219a4.3 (2 of 2)TCONS_00579666 1231 cis dnah7TCONS_01503581 519 cis --TCONS_01503581 519 cis -TCONS_01503581 519 cis -TCONS_01503581 519 cis --TCONS_01503581 519 cis --TCONS_01503581 519 cis --TCONS_01503581 519 cis -TCONS_01503581 519 cis --

Page 14: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01503581 519 cis --TCONS_01503581 519 cis --TCONS_01776326 8752 cis CNGA1 (2 of 2)TCONS_01776326 8752 cis TACR3 (1 of 2)TCONS_01776326 8752 cis -TCONS_01776326 8752 cis -TCONS_01776326 8752 cis scpp5TCONS_02554199 536 cis --TCONS_02554199 536 cis --TCONS_02554199 536 cis --TCONS_00024363 3619 cis tppp3TCONS_00024363 3619 cis trpm1aTCONS_00024363 3619 cis CIB2 (1 of 2)TCONS_00024363 3619 cis hsd11b2TCONS_00024363 3619 cis ZDHHC1TCONS_00024363 3619 cis -TCONS_00024363 3619 cis IDH3A (1 of 2)TCONS_02525148 1666 cis --TCONS_02525148 1666 cis --TCONS_02525148 1666 cis -TCONS_02525148 1666 cis --TCONS_02525148 1666 cis -TCONS_02525148 1666 cis --TCONS_02525148 1666 cis --TCONS_01687071 2231 -- --TCONS_00500063 4815 cis nfatc2ipTCONS_00500063 4815 cis spns1TCONS_00500063 4815 cis ccdc101TCONS_00500063 4815 cis mazaTCONS_00500063 4815 cis atxn2lTCONS_00500063 4815 cis sh2b1TCONS_00500063 4815 cis DOC2A (1 of 2)TCONS_00500063 4815 cis nupr1TCONS_00500063 4815 cis cdiptTCONS_00500063 4815 cis nlk1TCONS_01959212 2850 -- --TCONS_01069897 6838 cis stab1TCONS_01069897 6838 cis kctd6aTCONS_01069897 6838 cis --TCONS_01069897 6838 cis CCDC71TCONS_00923839 580 cis KAT7 (1 of 2)TCONS_00923839 580 cis eci1TCONS_00923839 580 cis tac4TCONS_00923839 580 cis carhsp1TCONS_00923839 580 cis ppp1r9bTCONS_00923839 580 cis nat15TCONS_00923839 580 cis dnase1TCONS_00923839 580 cis aldh16a1TCONS_00923839 580 cis -TCONS_00923839 580 cis -TCONS_01893736 1153 cis adra1bb

Page 15: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01893736 1153 cis c1qtnf2TCONS_01893736 1153 cis egr1TCONS_01893736 1153 cis FABP6TCONS_01893736 1153 cis --TCONS_01893736 1153 cis --TCONS_01893736 1153 cis CCNJLTCONS_01565359 4553 cis cachd1TCONS_01565359 4553 cis raver2TCONS_01565359 4553 cis jak1TCONS_01565359 4553 cis -TCONS_01729565 7882 cis ncam1aTCONS_01729563 2735 cis ncam1aTCONS_02280724 654 cis --TCONS_02280724 654 cis --TCONS_02280724 654 cis -TCONS_02280724 654 cis -TCONS_01484899 2247 cis -TCONS_01484899 2247 cis --TCONS_01484899 2247 cis unc45bTCONS_01484899 2247 cis JMY (2 of 2)TCONS_01484899 2247 cis dimt1lTCONS_01484899 2247 cis cenphTCONS_01484899 2247 cis --TCONS_01484899 2247 cis KIF2A (1 of 2)TCONS_01484899 2247 cis homer1bTCONS_01188288 3162 -- --TCONS_02224480 3441 -- --TCONS_02500436 420 -- --TCONS_02039602 1209 cis -TCONS_02039602 1209 cis -TCONS_01508938 885 cis NLRP6 (19 of 51)TCONS_01508938 885 cis ZBED8 (2 of 6)TCONS_01508938 885 cis --TCONS_01508938 885 cis lppr5bTCONS_01508938 885 cis lppr4bTCONS_01508938 885 cis --TCONS_02554766 531 -- --TCONS_02213125 2182 cis --TCONS_02213125 2182 cis -TCONS_02213125 2182 cis -TCONS_02213125 2182 cis --TCONS_02213125 2182 cis -TCONS_02213125 2182 cis -TCONS_02213125 2182 cis -TCONS_02213125 2182 cis ZBED8 (3 of 6)TCONS_02213125 2182 cis --TCONS_02213125 2182 cis -TCONS_02436463 457 cis --TCONS_02436463 457 cis -TCONS_02436463 457 cis --TCONS_02436463 457 cis --

Page 16: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01199960 3803 cis KCTD14TCONS_01199960 3803 cis rps3TCONS_01199960 3803 cis aamdcTCONS_01199960 3803 cis -TCONS_01199960 3803 cis INTS4TCONS_01199960 3803 cis hm:zeh0619TCONS_01199960 3803 cis wu:fd14a06TCONS_02310425 1447 cis -TCONS_01621431 3703 cis --TCONS_01621431 3703 cis cacna1aaTCONS_01621431 3703 cis ELFN2 (1 of 2)TCONS_01621431 3703 cis alkbh7TCONS_01621431 3703 cis gtf2f1TCONS_01621431 3703 cis sgsm3TCONS_01621431 3703 cis si:dkey-9c18.12TCONS_00730366 233 cis tmx2aTCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis PMF1TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis med19aTCONS_00730366 233 cis rtn4rl2bTCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis ZDHHC5 (1 of 2)TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis slc43a3bTCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis crybb1l1TCONS_00730366 233 cis CLP1TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis slc43a1aTCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis cabp2bTCONS_00730366 233 cis -TCONS_00730366 233 cis ENDOD1 (7 of 22)TCONS_00730366 233 cis -TCONS_00730366 233 cis CTNND1 (2 of 2)TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730366 233 cis smtnl1TCONS_00730366 233 cis --TCONS_00730365 664 cis tmx2aTCONS_00730365 664 cis med19aTCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis PMF1TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis ZDHHC5 (1 of 2)TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis rtn4rl2b

Page 17: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00730365 664 cis CLP1TCONS_00730365 664 cis crybb1l1TCONS_00730365 664 cis slc43a3bTCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis ENDOD1 (7 of 22)TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis cabp2bTCONS_00730365 664 cis -TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis CTNND1 (2 of 2)TCONS_00730365 664 cis --TCONS_00730365 664 cis -TCONS_00730365 664 cis smtnl1TCONS_00730365 664 cis --TCONS_02262620 5515 cis acheTCONS_02262620 5515 cis --TCONS_02262620 5515 cis -TCONS_02262620 5515 cis -TCONS_02262620 5515 cis alox12TCONS_02262620 5515 cis PELP1TCONS_02262620 5515 cis mtmr1bTCONS_02262620 5515 cis --TCONS_02262620 5515 cis --TCONS_02262620 5515 cis rnasekaTCONS_02262620 5515 cis --TCONS_01681869 1830 -- --TCONS_01834785 1301 cis gtf3c3TCONS_01834785 1301 cis dmdTCONS_01834785 1301 cis HECW2 (1 of 2)TCONS_01815363 511 cis znf384lTCONS_01815363 511 cis zbtb22bTCONS_01815363 511 cis -TCONS_01815363 511 cis flot1aTCONS_01815363 511 cis kifc1TCONS_01815363 511 cis -TCONS_02437482 3494 -- --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis tmem57bTCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis ldlrap1bTCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis fndc5a

Page 18: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis --TCONS_00895647 524 cis rhdTCONS_01597662 1706 cis trpm3TCONS_01597662 1706 cis bco2lTCONS_01597662 1706 cis gfra2aTCONS_01597662 1706 cis klf9TCONS_01597662 1706 cis ela3lTCONS_01597662 1706 cis fam219abTCONS_02405274 507 cis --TCONS_02405274 507 cis -TCONS_01930374 2774 cis --TCONS_01930374 2774 cis trim2bTCONS_01930374 2774 cis rnf175TCONS_01778281 2184 cis --TCONS_01778281 2184 cis odamTCONS_01778281 2184 cis sparcl1TCONS_01778281 2184 cis --TCONS_01778281 2184 cis -TCONS_01778281 2184 cis --TCONS_01778281 2184 cis -TCONS_01778281 2184 cis -TCONS_02514648 1620 cis --TCONS_02514648 1620 cis si:dkey-238d18.10TCONS_02514648 1620 cis -TCONS_00829092 3158 cis ube2d4TCONS_00829092 3158 cis gins4TCONS_00829092 3158 cis -TCONS_00829092 3158 cis zgc:77112TCONS_00829092 3158 cis -TCONS_00829092 3158 cis arid5aTCONS_00829092 3158 cis --TCONS_00829092 3158 cis dbnlbTCONS_00829092 3158 cis tcf7l1bTCONS_01453591 2813 cis oca2TCONS_01453591 2813 cis GABRG3TCONS_01881800 665 cis -TCONS_01881800 665 cis -TCONS_01881800 665 cis -TCONS_01881800 665 cis --TCONS_01881800 665 cis -TCONS_01881800 665 cis -TCONS_01881800 665 cis -

Page 19: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02280393 4896 cis SLC9A1 (1 of 5)TCONS_02280393 4896 cis --TCONS_02280393 4896 cis --TCONS_02280393 4896 cis -TCONS_02280393 4896 cis -TCONS_02280393 4896 cis -TCONS_02280393 4896 cis MHCTCONS_02183113 1462 cis -TCONS_02183113 1462 cis -TCONS_02183113 1462 cis --TCONS_02183113 1462 cis -TCONS_02183113 1462 cis -TCONS_01170168 8773 cis meox1TCONS_01170168 8773 cis etv4TCONS_01365150 2168 cis --TCONS_02034915 2170 cis ccdc9TCONS_02034915 2170 cis DMWDTCONS_02034915 2170 cis zgc:152863TCONS_02034915 2170 cis hif1alTCONS_02034915 2170 cis pak4TCONS_02034915 2170 cis MAP4K1TCONS_01718359 1729 cis -TCONS_01718359 1729 cis SLC16A1 (1 of 2)TCONS_01031296 1418 cis nrp1bTCONS_01031296 1418 cis pard3TCONS_01680549 2431 -- --TCONS_00619536 3928 cis TNFRSF11BTCONS_00619536 3928 cis MTSS1 (1 of 2)TCONS_00619536 3928 cis LRRC16A (1 of 2)TCONS_00619536 3928 cis MAL2TCONS_00619536 3928 cis COLEC10TCONS_00619536 3928 cis tnfrsf11b (1 of 2)TCONS_01212205 2529 cis -TCONS_01212205 2529 cis APBA3TCONS_01212205 2529 cis -TCONS_01212205 2529 cis --TCONS_01212205 2529 cis ndufs7TCONS_01212205 2529 cis ARID3ATCONS_01212205 2529 cis --TCONS_01212205 2529 cis --TCONS_01212205 2529 cis r3hdm4 (2 of 2)TCONS_01212205 2529 cis -TCONS_01212205 2529 cis --TCONS_01212205 2529 cis gamtTCONS_01212205 2529 cis pex11gTCONS_01212205 2529 cis --TCONS_01212205 2529 cis --TCONS_02392311 1127 cis ARPC5 (1 of 2)TCONS_02392311 1127 cis rnf2TCONS_01403276 4214 cis wnt7baTCONS_01403276 4214 cis atxn10

Page 20: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01403276 4214 cis pparaaTCONS_01403276 4214 cis trim24TCONS_01403276 4214 cis -TCONS_01403276 4214 cis CDPF1TCONS_00874696 1122 cis plod3TCONS_00874696 1122 cis cyb5d1TCONS_00874696 1122 cis -TCONS_00874696 1122 cis TRIM35 (47 of 54)TCONS_01081314 2634 cis --TCONS_01081314 2634 cis TTC31 (2 of 2)TCONS_01081314 2634 cis pank2TCONS_01081314 2634 cis mrps26TCONS_01081314 2634 cis IFI6TCONS_01081314 2634 cis mavsTCONS_01081314 2634 cis --TCONS_01081314 2634 cis rab3gap2TCONS_01081314 2634 cis loxl3bTCONS_01081314 2634 cis GPR151TCONS_01081314 2634 cis -TCONS_01081314 2634 cis si:dkey-33c12.3TCONS_01081314 2634 cis zgc:123068TCONS_01081314 2634 cis iars2TCONS_01877388 1088 cis dfnb31bTCONS_01877388 1088 cis ZNF507 (2 of 2)TCONS_00663387 200 cis --TCONS_00663387 200 cis MBL2 (1 of 3)TCONS_00663387 200 cis ifitm5TCONS_00663387 200 cis --TCONS_00663387 200 cis MBL2 (2 of 3)TCONS_00663387 200 cis -TCONS_00663387 200 cis MBL2 (3 of 3)TCONS_00663387 200 cis --TCONS_00663387 200 cis --TCONS_01435656 2107 cis TRIM47 (53 of 70)TCONS_01435656 2107 cis -TCONS_02364281 388 cis --TCONS_02364281 388 cis --TCONS_00506086 1780 cis grin2caTCONS_00506086 1780 cis --TCONS_00506086 1780 cis RBFOX3 (2 of 2)TCONS_00506086 1780 cis --TCONS_00875889 2185 cis -TCONS_00875889 2185 cis acss2TCONS_00875889 2185 cis dnmt3TCONS_00875889 2185 cis -TCONS_00875889 2185 cis --TCONS_00875889 2185 cis -TCONS_00875889 2185 cis dnmt4TCONS_00875889 2185 cis mapre1bTCONS_02181484 968 cis --TCONS_02181484 968 cis --

Page 21: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02181484 968 cis --TCONS_02181484 968 cis --TCONS_02181484 968 cis --TCONS_02555288 1264 -- --TCONS_00004706 1539 -- --TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis mkl1aTCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02470057 1395 cis -TCONS_02470057 1395 cis --TCONS_02157659 1648 cis --TCONS_02157659 1648 cis --TCONS_02157659 1648 cis --TCONS_00124838 929 cis MYOCDTCONS_00124838 929 cis MYH13 (6 of 6)TCONS_00124838 929 cis map2k4bTCONS_00124838 929 cis RSPH1TCONS_00124838 929 cis GAS7 (2 of 2)TCONS_00124838 929 cis adprmTCONS_01706871 1281 cis -TCONS_01458789 1429 cis si:ch211-141h20.6TCONS_01458789 1429 cis -TCONS_01458789 1429 cis -TCONS_01458789 1429 cis --TCONS_01458789 1429 cis --TCONS_01458789 1429 cis nrd1TCONS_01458789 1429 cis LGALS3BP (1 of 2)TCONS_01458789 1429 cis -TCONS_01458789 1429 cis -TCONS_01458789 1429 cis -TCONS_01458789 1429 cis rab3bTCONS_01458789 1429 cis GZMA (2 of 23)TCONS_01458789 1429 cis -TCONS_01458789 1429 cis mpndTCONS_01547317 722 cis CASP6 (1 of 3)TCONS_01547317 722 cis snapc3TCONS_01547317 722 cis dnajb14TCONS_01547317 722 cis TTC39BTCONS_01547317 722 cis pla2g12aTCONS_01547317 722 cis psip1TCONS_01547317 722 cis CASP6 (2 of 3)TCONS_01547317 722 cis CASP6 (3 of 3)TCONS_01547317 722 cis CCDC109BTCONS_00003718 2350 -- --TCONS_00857383 1299 cis ddx41

Page 22: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00857383 1299 cis prelid1aTCONS_00857383 1299 cis atoh1bTCONS_00857383 1299 cis npy7rTCONS_00857383 1299 cis mxd3TCONS_00857383 1299 cis fam193bTCONS_01592095 3161 cis gyltl1bTCONS_01592092 2193 cis gyltl1bTCONS_01607237 784 cis -TCONS_01607237 784 cis -TCONS_01607237 784 cis cnot3bTCONS_01607237 784 cis dbpaTCONS_01607237 784 cis shisa7TCONS_01607237 784 cis ccdc106bTCONS_01607237 784 cis ZNF865 (1 of 2)TCONS_00399905 14989 cis ADORA1 (2 of 2)TCONS_00399905 14989 cis nek4TCONS_00399905 14989 cis --TCONS_00399905 14989 cis gnl3TCONS_00399905 14989 cis zgc:66443 (2 of 2)TCONS_00399905 14989 cis --TCONS_00399905 14989 cis glt8d1TCONS_00399905 14989 cis -TCONS_00399905 14989 cis cpne5TCONS_00399905 14989 cis CAMK1 (2 of 2)TCONS_00007598 252 -- --TCONS_00969551 1635 cis btbd9TCONS_00969551 1635 cis zfand3TCONS_00969551 1635 cis galnt14TCONS_01829429 576 cis --TCONS_01829429 576 cis -TCONS_01829429 576 cis -TCONS_01829429 576 cis --TCONS_01829429 576 cis -TCONS_01829429 576 cis -TCONS_01904497 1123 cis MMP23BTCONS_01904497 1123 cis arhgef19TCONS_01904497 1123 cis MIB2TCONS_01904497 1123 cis cdk11bTCONS_01904497 1123 cis ubiad1TCONS_01904497 1123 cis -TCONS_01904497 1123 cis ttll10TCONS_01904497 1123 cis haus7TCONS_01904497 1123 cis si:dkey-21o19.6TCONS_02318629 2494 cis ponzr1 (6 of 11)TCONS_02318629 2494 cis -TCONS_02318629 2494 cis ponzr1 (1 of 11)TCONS_02318629 2494 cis --TCONS_02318629 2494 cis ponzr1 (4 of 11)TCONS_02318629 2494 cis ponzr1 (5 of 11)TCONS_02318629 2494 cis ponzr1 (3 of 11)TCONS_02318629 2494 cis zgc:194312

Page 23: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02318629 2494 cis dvl2TCONS_02318629 2494 cis acadvlTCONS_02318629 2494 cis ponzr1 (2 of 11)TCONS_02557717 1295 -- --TCONS_01660920 2935 cis rps6ka1TCONS_01660920 2935 cis rcan3TCONS_01660920 2935 cis cnksr1TCONS_01660920 2935 cis grhl3TCONS_01660920 2935 cis CLDN23 (1 of 2)TCONS_01660920 2935 cis asap3TCONS_01660920 2935 cis nipal3TCONS_00989935 1984 cis vtnbTCONS_00989935 1984 cis --TCONS_00989935 1984 cis TUSC5 (2 of 2)TCONS_00989935 1984 cis si:ch211-274p24.3TCONS_00989935 1984 cis cluhbTCONS_00989935 1984 cis FBXO40 (2 of 3)TCONS_00989935 1984 cis aldh3a2bTCONS_00989935 1984 cis --TCONS_00989935 1984 cis --TCONS_00989935 1984 cis gosr1 (2 of 2)TCONS_00989935 1984 cis pafah1b1a (2 of 2)TCONS_00989935 1984 cis FBXO40 (3 of 3)TCONS_00989935 1984 cis cryba1bTCONS_00989935 1984 cis unc119bTCONS_00989935 1984 cis --TCONS_00989935 1984 cis slc13a2TCONS_00989935 1984 cis mntbTCONS_00989935 1984 cis ca4cTCONS_00663391 200 cis --TCONS_00663391 200 cis MBL2 (1 of 3)TCONS_00663391 200 cis ifitm5TCONS_00663391 200 cis --TCONS_00663391 200 cis MBL2 (2 of 3)TCONS_00663391 200 cis -TCONS_00663391 200 cis MBL2 (3 of 3)TCONS_00663391 200 cis --TCONS_00663391 200 cis --TCONS_02203109 1245 cis -TCONS_02203109 1245 cis TRIM35 (34 of 54)TCONS_02203109 1245 cis SRRT (2 of 2)TCONS_02203109 1245 cis --TCONS_02203109 1245 cis --TCONS_02203109 1245 cis --TCONS_02203109 1245 cis --TCONS_02203109 1245 cis TRIM35 (33 of 54)TCONS_01684247 4700 -- --TCONS_02278127 3418 cis sh3bp5lbTCONS_02278127 3418 cis gtf2h4TCONS_00444840 848 cis --TCONS_00444840 848 cis nmt1b

Page 24: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00444840 848 cis --TCONS_00444840 848 cis lrtomt (1 of 2)TCONS_02239063 1424 cis --TCONS_02239063 1424 cis --TCONS_02239063 1424 cis --TCONS_02356963 444 cis --TCONS_02356963 444 cis -TCONS_02356963 444 cis --TCONS_02356963 444 cis --TCONS_02356963 444 cis --TCONS_01368389 4520 cis ndufs2TCONS_01368389 4520 cis kirrelaTCONS_01368389 4520 cis il13ra1TCONS_01368389 4520 cis otub1bTCONS_01368389 4520 cis dock11TCONS_01368389 4520 cis METTL12TCONS_01368389 4520 cis epdl1TCONS_01368388 2095 cis ndufs2TCONS_01368388 2095 cis kirrelaTCONS_01368388 2095 cis il13ra1TCONS_01368388 2095 cis otub1bTCONS_01368388 2095 cis dock11TCONS_01368388 2095 cis METTL12TCONS_01368388 2095 cis epdl1TCONS_02487346 1057 cis -TCONS_01279585 540 cis agpat2TCONS_01279585 540 cis egfl7TCONS_01279585 540 cis nsa2TCONS_01279585 540 cis tor1 (1 of 2)TCONS_01279585 540 cis hexbTCONS_01279585 540 cis FNBP1 (2 of 2)TCONS_01279585 540 cis gfm2TCONS_00316948 1906 cis ddb2TCONS_00316948 1906 cis pias1bTCONS_00316948 1906 cis skor1bTCONS_00316948 1906 cis gro2TCONS_00316948 1906 cis morf4l1TCONS_00316948 1906 cis kbtbd4TCONS_00316948 1906 cis --TCONS_00316948 1906 cis kif23TCONS_01708417 5470 cis TBX2 (2 of 2)TCONS_01708417 5470 cis brip1TCONS_01708417 5470 cis tbx4TCONS_02003758 1091 cis abhd4TCONS_02003758 1091 cis --TCONS_02003758 1091 cis dad1TCONS_02003758 1091 cis tgm1l1TCONS_02003758 1091 cis rem2TCONS_02003758 1091 cis LRRC16B (2 of 2)TCONS_02003758 1091 cis NOP9TCONS_00923992 1201 cis hoxb6a

Page 25: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00923992 1201 cis -TCONS_00923992 1201 cis -TCONS_00923992 1201 cis hoxb8bTCONS_00923992 1201 cis hoxb9aTCONS_00923992 1201 cis hoxb13aTCONS_00923992 1201 cis eve1TCONS_00889508 6504 cis pde4dTCONS_00889508 6504 cis rab3cTCONS_02364014 596 cis --TCONS_02364014 596 cis --TCONS_01829658 1066 cis --TCONS_01829658 1066 cis CLASP1 (1 of 2)TCONS_01829658 1066 cis --TCONS_01829658 1066 cis --TCONS_01876657 1583 cis -TCONS_01876657 1583 cis --TCONS_01876657 1583 cis --TCONS_01876657 1583 cis --TCONS_02557415 1821 -- --TCONS_00214732 766 cis --TCONS_00214732 766 cis exoc3l1TCONS_00214732 766 cis sept7bTCONS_00214732 766 cis si:dkey-30c15.10TCONS_00214732 766 cis -TCONS_00214732 766 cis -TCONS_00214732 766 cis -TCONS_00214732 766 cis -TCONS_00214732 766 cis --TCONS_00214732 766 cis prmt7TCONS_01754483 6442 cis PECAM1 (2 of 2)TCONS_01754483 6442 cis nptx1lTCONS_02482432 2035 cis --TCONS_02482432 2035 cis --TCONS_02482432 2035 cis arrb1TCONS_02482432 2035 cis --TCONS_02482432 2035 cis -TCONS_02482432 2035 cis -TCONS_02482432 2035 cis -TCONS_02482432 2035 cis --TCONS_02482432 2035 cis --TCONS_02482432 2035 cis or112-1TCONS_02482432 2035 cis --TCONS_01858648 823 cis desi1aTCONS_02185607 659 cis -TCONS_02185607 659 cis TRHDETCONS_02185607 659 cis -TCONS_02185607 659 cis --TCONS_02185607 659 cis -TCONS_02194611 728 cis mmp23bbTCONS_02194611 728 cis --TCONS_02194611 728 cis --

Page 26: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02194611 728 cis -TCONS_02194611 728 cis --TCONS_02194611 728 cis --TCONS_02194611 728 cis -TCONS_02194611 728 cis --TCONS_02194611 728 cis -TCONS_02194611 728 cis --TCONS_02194611 728 cis -TCONS_02194611 728 cis polr2dTCONS_02194611 728 cis -TCONS_02194611 728 cis eif2aTCONS_02194611 728 cis -TCONS_02194611 728 cis --TCONS_02194611 728 cis --TCONS_02530659 903 -- --TCONS_02554287 815 cis --TCONS_02260783 1673 cis gtdc1TCONS_02260783 1673 cis zeb2aTCONS_02260783 1673 cis -TCONS_02260783 1673 cis --TCONS_02260783 1673 cis si:dkey-61p9.7TCONS_02260783 1673 cis --TCONS_00321796 1203 cis ARHGAP18TCONS_00321796 1203 cis sel1lTCONS_00321796 1203 cis ctgfaTCONS_00321796 1203 cis stx7lTCONS_00321796 1203 cis tmem200aTCONS_00321796 1203 cis chgaTCONS_00321796 1203 cis tmem244TCONS_00321796 1203 cis C6orf58TCONS_00321796 1203 cis ZFYVE1 (1 of 2)TCONS_00321796 1203 cis wdr21TCONS_00321796 1203 cis fkbp6TCONS_00321796 1203 cis dpf3TCONS_02443260 911 -- --TCONS_01020586 13401 cis ACVR1CTCONS_01020586 13401 cis ACVR1TCONS_01020586 13401 cis nr4a2aTCONS_01020586 13401 cis GALNT5TCONS_01020586 13401 cis CYTIPTCONS_01175579 1045 cis zgc:172139TCONS_01175579 1045 cis xpotTCONS_01175579 1045 cis --TCONS_01175579 1045 cis rpl18aTCONS_01175579 1045 cis nup50TCONS_01175579 1045 cis --TCONS_01175579 1045 cis fbxo7TCONS_01175579 1045 cis rtcbTCONS_01175579 1045 cis PHF21BTCONS_01062473 2797 cis -TCONS_02490618 291 cis -

Page 27: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02490618 291 cis -TCONS_02490618 291 cis --TCONS_02490618 291 cis --TCONS_02129985 566 cis SERPINB1 (1 of 4)TCONS_02129985 566 cis mylk4bTCONS_01565510 6200 cis alg6TCONS_01565510 6200 cis -TCONS_01565510 6200 cis pgm1TCONS_01565510 6200 cis ror1TCONS_02479794 280 cis --TCONS_02479794 280 cis -TCONS_01446996 2788 cis pear1TCONS_01446996 2788 cis glrx3TCONS_01446996 2788 cis -TCONS_01446996 2788 cis tspan13aTCONS_01446996 2788 cis bag6TCONS_01446996 2788 cis GABBR1 (1 of 2)TCONS_01446996 2788 cis gpatch4TCONS_01446996 2788 cis tnfaTCONS_01446996 2788 cis ltaTCONS_01446996 2788 cis -TCONS_00585407 983 cis KLHL3TCONS_00585407 983 cis fam13bTCONS_00585407 983 cis --TCONS_01570664 990 cis plaaTCONS_01570664 990 cis dennd4cTCONS_01570664 990 cis haus6TCONS_01570664 990 cis --TCONS_01570664 990 cis ZDHHC21TCONS_01570664 990 cis -TCONS_01570664 990 cis --TCONS_01570664 990 cis NFIBTCONS_00959684 345 cis btbd9TCONS_00959684 345 cis zfand3TCONS_00959684 345 cis galnt14TCONS_02370998 1131 cis mogat3aTCONS_02370998 1131 cis --TCONS_02041237 3654 cis -TCONS_02041237 3654 cis -TCONS_02041237 3654 cis tgm8 (4 of 5)TCONS_02041237 3654 cis CDKL2TCONS_02041237 3654 cis ENDOD1 (13 of 22)TCONS_02041237 3654 cis tecTCONS_02041237 3654 cis ENDOD1 (14 of 22)TCONS_02041237 3654 cis SH3GL2 (1 of 2)TCONS_02041237 3654 cis TXKTCONS_02041237 3654 cis abcg2aTCONS_02078630 546 cis blvraTCONS_02078630 546 cis jph1bTCONS_02078630 546 cis ccr12.3TCONS_02078630 546 cis --

Page 28: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02078630 546 cis -TCONS_02078630 546 cis --TCONS_02078630 546 cis --TCONS_02523071 478 -- --TCONS_00156339 862 cis srcTCONS_00156339 862 cis -TCONS_00156339 862 cis kcng1TCONS_00156339 862 cis NFATC2 (2 of 2)TCONS_00156339 862 cis ATP9ATCONS_00156339 862 cis mical1TCONS_00156339 862 cis sall4TCONS_00156339 862 cis camk1gbTCONS_00183493 225 cis scribTCONS_00183493 225 cis cdv3TCONS_00183493 225 cis topbp1TCONS_00183493 225 cis DNAJC13TCONS_00183493 225 cis tmem108TCONS_00183492 212 cis scribTCONS_00183492 212 cis cdv3TCONS_00183492 212 cis topbp1TCONS_00183492 212 cis DNAJC13TCONS_00183492 212 cis tmem108TCONS_00247060 1751 cis MYO9B (1 of 2)TCONS_00247060 1751 cis --TCONS_00247060 1751 cis use1TCONS_00247060 1751 cis insrbTCONS_00247060 1751 cis arhgef18bTCONS_02457911 4078 cis nitr13 (36 of 44)TCONS_02457911 4078 cis nitr13 (38 of 44)TCONS_02457911 4078 cis nitr13 (37 of 44)TCONS_02457911 4078 cis nitr13 (33 of 44)TCONS_02457911 4078 cis nitr13 (35 of 44)TCONS_02457911 4078 cis nitr13 (39 of 44)TCONS_02457911 4078 cis nitr13 (34 of 44)TCONS_01729336 9403 cis --TCONS_01729336 9403 cis alkbh4TCONS_01729336 9403 cis cbl (2 of 2)TCONS_01729336 9403 cis tmem120aTCONS_01729336 9403 cis -TCONS_01729336 9403 cis MCAM (2 of 2)TCONS_01729336 9403 cis bckdkTCONS_01729336 9403 cis lrwd1TCONS_01729336 9403 cis styxl1TCONS_01729336 9403 cis HEPACAM (2 of 2)TCONS_01729336 9403 cis orai2TCONS_00011508 1041 -- --TCONS_01197255 927 -- --TCONS_00573339 4266 cis bzw1a (1 of 2)TCONS_00573339 4266 cis lrp1bbTCONS_01176501 6957 cis PHF21BTCONS_01176501 6957 cis ARHGAP8

Page 29: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01176501 6957 cis -TCONS_01176501 6957 cis KCNA1 (1 of 2)TCONS_01176501 6957 cis KCNA5TCONS_02471302 819 cis --TCONS_02471302 819 cis --TCONS_02471302 819 cis --TCONS_01972799 3659 cis -TCONS_01972799 3659 cis -TCONS_01720007 1863 cis grm4TCONS_00641486 1092 cis UBE2QL1TCONS_00641486 1092 cis nsun2TCONS_00641486 1092 cis med10TCONS_00641486 1092 cis srd5a1TCONS_00641486 1092 cis adcy2bTCONS_00641486 1092 cis papd7TCONS_00017344 4164 cis chst8TCONS_00017344 4164 cis kctd15a (1 of 2)TCONS_00017344 4164 cis -TCONS_01079084 1141 cis --TCONS_01079084 1141 cis TNFAIP2 (1 of 4)TCONS_01079084 1141 cis -TCONS_01345520 3843 cis --TCONS_01345520 3843 cis map3k8TCONS_01345520 3843 cis --TCONS_01345520 3843 cis --TCONS_01345520 3843 cis mtpapTCONS_01031808 892 cis vangl2TCONS_01031808 892 cis copaTCONS_01031808 892 cis NCSTN (2 of 2)TCONS_01031808 892 cis --TCONS_01031808 892 cis MYADM (1 of 2)TCONS_01031808 892 cis pvrl4TCONS_01031808 892 cis si:dkeyp-66d1.2TCONS_01031808 892 cis pex19TCONS_01031808 892 cis --TCONS_00960162 1246 cis GJE1TCONS_00960162 1246 cis vta1TCONS_00960162 1246 cis nmbrTCONS_00777553 3952 cis --TCONS_00777553 3952 cis -TCONS_00777553 3952 cis -TCONS_00777553 3952 cis RERGTCONS_00777553 3952 cis ponzr10 (2 of 2)TCONS_00777553 3952 cis ponzr10 (1 of 2)TCONS_00418182 366 cis si:dkey-230a20.2TCONS_00418182 366 cis gosr1 (1 of 2)TCONS_00418182 366 cis --TCONS_00418182 366 cis AIPL1TCONS_00418182 366 cis TUSC5 (1 of 2)TCONS_01179533 3461 cis -TCONS_01179533 3461 cis --

Page 30: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01179533 3461 cis --TCONS_01179533 3461 cis NLRP6 (13 of 51)TCONS_01179533 3461 cis lrp6TCONS_01179533 3461 cis -TCONS_01179533 3461 cis pthlhaTCONS_01179533 3461 cis --TCONS_01179533 3461 cis --TCONS_00938282 2245 cis lepre1TCONS_00938282 2245 cis epha8TCONS_00938282 2245 cis nuf2TCONS_00938282 2245 cis wdr65TCONS_00938282 2245 cis AP5B1TCONS_00938282 2245 cis cldn19TCONS_00938282 2245 cis C1orf50TCONS_02338744 884 cis vipr2TCONS_01252363 2206 cis pcdh7bTCONS_00959960 1839 cis tmem30abTCONS_00959960 1839 cis filip1bTCONS_00959960 1839 cis col12a1b (3 of 3)TCONS_00959960 1839 cis CD109 (2 of 2)TCONS_00959960 1839 cis cox7a2aTCONS_00959960 1839 cis senp6bTCONS_00959960 1839 cis col12a1b (2 of 3)TCONS_00497015 2304 cis QRICH2TCONS_00497015 2304 cis mfsd11TCONS_00497015 2304 cis --TCONS_00497015 2304 cis -TCONS_00497015 2304 cis zgc:100868 (2 of 6)TCONS_00497015 2304 cis ubald2TCONS_00497015 2304 cis zgc:100868 (1 of 6)TCONS_00497015 2304 cis eif1bTCONS_00497015 2304 cis --TCONS_00497015 2304 cis --TCONS_00497015 2304 cis --TCONS_00497015 2304 cis --TCONS_01108651 2720 -- --TCONS_00840020 356 cis ggt5a (2 of 4)TCONS_00840020 356 cis fam211baTCONS_00840020 356 cis anapc5TCONS_00840020 356 cis ggt1aTCONS_00840020 356 cis ggt5a (3 of 4)TCONS_01162716 2397 cis -TCONS_02256537 1713 cis --TCONS_02256537 1713 cis -TCONS_02256537 1713 cis -TCONS_01116647 4232 cis -TCONS_01116647 4232 cis abcc9TCONS_01116647 4232 cis --TCONS_01116647 4232 cis --TCONS_01116647 4232 cis plxnb2aTCONS_02444120 1682 cis ITIH4 (1 of 5)

Page 31: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02444120 1682 cis -TCONS_02444120 1682 cis --TCONS_02444120 1682 cis bicd2TCONS_02444120 1682 cis TKT (2 of 2)TCONS_02444120 1682 cis cacna1daTCONS_02444120 1682 cis NINJ1TCONS_02444120 1682 cis C9orf89 (1 of 2)TCONS_02444120 1682 cis ITIH4 (2 of 5)TCONS_01681496 2407 cis slitrk2TCONS_02521633 945 cis -TCONS_02521633 945 cis --TCONS_00114026 3403 cis ccdc172TCONS_00114026 3403 cis si:ch1073-126c3.2TCONS_00114026 3403 cis gfra1aTCONS_02555327 1219 -- --TCONS_01714628 539 cis -TCONS_01714628 539 cis --TCONS_01714628 539 cis --TCONS_01714628 539 cis -TCONS_01714628 539 cis --TCONS_01714628 539 cis -TCONS_00935883 982 cis epha8TCONS_00332572 2502 -- --TCONS_00618673 1396 cis sntb1TCONS_00618673 1396 cis NOVTCONS_00618673 1396 cis zfatTCONS_00618673 1396 cis scgnTCONS_00618673 1396 cis MTBPTCONS_00618673 1396 cis -TCONS_00618673 1396 cis LRRC16A (1 of 2)TCONS_01052292 2784 cis pcdh1b (2 of 2)TCONS_01643176 2075 cis dlst (2 of 2)TCONS_01643176 2075 cis prox2TCONS_01643176 2075 cis OLFM4 (1 of 2)TCONS_01643176 2075 cis OLFM4 (2 of 2)TCONS_01643176 2075 cis rps6kl1TCONS_00960351 3346 cis kif26aaTCONS_00960351 3346 cis spint1bTCONS_00960351 3346 cis PLEKHG3 (2 of 2)TCONS_00960352 7110 cis kif26aaTCONS_00960352 7110 cis spint1bTCONS_00960352 7110 cis PLEKHG3 (2 of 2)TCONS_00761108 467 cis rassf8bTCONS_00761108 467 cis --TCONS_00761108 467 cis --TCONS_00761108 467 cis --TCONS_00761108 467 cis --TCONS_00761108 467 cis --TCONS_00761108 467 cis PTPN12TCONS_00761108 467 cis nudt4aTCONS_00761108 467 cis --

Page 32: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00761108 467 cis --TCONS_00761108 467 cis --TCONS_00761108 467 cis --TCONS_01936558 1131 cis --TCONS_01936558 1131 cis -TCONS_01936558 1131 cis cnih3TCONS_01468272 3672 cis fam73bTCONS_01468272 3672 cis dolpp1TCONS_01468272 3672 cis NTNG2 (2 of 2)TCONS_01468272 3672 cis st6galnac4TCONS_02506509 224 cis si:dkey-32n7.9 (3 of 12)TCONS_01171331 1879 cis --TCONS_01171331 1879 cis bc2TCONS_01171331 1879 cis calcoco2TCONS_01171331 1879 cis cbx1bTCONS_01171331 1879 cis --TCONS_01171331 1879 cis -TCONS_01171331 1879 cis skap1TCONS_01171331 1879 cis MSL1TCONS_01171331 1879 cis ttll6TCONS_01171331 1879 cis hoxb5bTCONS_01171331 1879 cis mrm1TCONS_01171331 1879 cis nfe2l1bTCONS_01171331 1879 cis --TCONS_01171331 1879 cis snf8TCONS_01171331 1879 cis HOXB1TCONS_01171331 1879 cis hoxb6bTCONS_01171331 1879 cis srcapTCONS_01171331 1879 cis --TCONS_02555660 897 -- --TCONS_02555664 1854 -- --TCONS_01461004 3105 cis TRIM47 (36 of 70)TCONS_01461004 3105 cis TXNDC15TCONS_01461004 3105 cis TRIM47 (50 of 70)TCONS_01461004 3105 cis -TCONS_01461004 3105 cis PCBD2TCONS_01461004 3105 cis pitx1TCONS_01461004 3105 cis TRIM47 (35 of 70)TCONS_01834747 1153 cis dmdTCONS_01834747 1153 cis gtf3c3TCONS_01834747 1153 cis HECW2 (1 of 2)TCONS_00709446 3256 cis mmp17a (2 of 2)TCONS_02289961 3400 cis --TCONS_02289961 3400 cis ENDOD1 (3 of 22)TCONS_02289961 3400 cis ENDOD1 (2 of 22)TCONS_02289961 3400 cis ENDOD1 (1 of 22)TCONS_00855098 1682 cis cyp27c1TCONS_00855098 1682 cis RBM26TCONS_00855098 1682 cis baz2baTCONS_00855098 1682 cis wdsub1TCONS_00855098 1682 cis gpalpp1

Page 33: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00855098 1682 cis -TCONS_00855098 1682 cis ercc3TCONS_00855098 1682 cis --TCONS_00855098 1682 cis --TCONS_00855098 1682 cis gtf2f2bTCONS_02144993 2266 cis TRIM35 (38 of 54)TCONS_02144993 2266 cis --TCONS_02144993 2266 cis --TCONS_02144993 2266 cis -TCONS_02144993 2266 cis --TCONS_02144993 2266 cis --TCONS_00065360 2173 cis dnah9lTCONS_00065360 2173 cis itga6bTCONS_00065360 2173 cis zakTCONS_00065360 2173 cis epha4bTCONS_00065360 2173 cis RAPGEF4 (2 of 2)TCONS_00065360 2173 cis si:ch211-269i23.2TCONS_01380217 2475 cis --TCONS_01380217 2475 cis rhbdl2TCONS_01380217 2475 cis --TCONS_01380217 2475 cis akirin1TCONS_01380217 2475 cis myom3TCONS_01380217 2475 cis --TCONS_01380217 2475 cis --TCONS_01380217 2475 cis --TCONS_01380217 2475 cis pnrc2TCONS_01380217 2475 cis cnr2TCONS_01380217 2475 cis SRSF10 (2 of 2)TCONS_01380217 2475 cis --TCONS_01380217 2475 cis fabp10aTCONS_00138085 5999 cis rnps1TCONS_00138085 5999 cis ADAP1 (2 of 2)TCONS_00138085 5999 cis -TCONS_00138085 5999 cis COX19TCONS_00138085 5999 cis LMF1TCONS_00138085 5999 cis --TCONS_00138085 5999 cis -TCONS_00138085 5999 cis RAB26 (2 of 2)TCONS_02375905 7023 cis --TCONS_02375905 7023 cis LAMB3TCONS_02375905 7023 cis NCSTN (1 of 2)TCONS_02375905 7023 cis ldlrad2TCONS_02375905 7023 cis camk1gaTCONS_02510732 2648 cis ltbp1TCONS_02398255 2193 cis gcm2TCONS_02398255 2193 cis --TCONS_02398255 2193 cis lrrc30aTCONS_02398255 2193 cis gnalTCONS_02398255 2193 cis zbtb14TCONS_02398255 2193 cis NLRP6 (25 of 51)TCONS_02398255 2193 cis TRIM47 (13 of 70)

Page 34: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02398255 2193 cis -TCONS_01438118 2920 cis si:ch73-265d7.2TCONS_01438118 2920 cis --TCONS_01438118 2920 cis --TCONS_01438118 2920 cis eno3TCONS_01438118 2920 cis --TCONS_01438118 2920 cis --TCONS_01438118 2920 cis SERP1TCONS_01438118 2920 cis pfn1TCONS_01453700 1822 cis frem1bTCONS_01453700 1822 cis nfiaTCONS_01453700 1822 cis --TCONS_01453700 1822 cis --TCONS_01453700 1822 cis -TCONS_01453700 1822 cis si:ch211-141h20.6TCONS_02094788 965 cis BFARTCONS_02094788 965 cis --TCONS_02094788 965 cis --TCONS_02094788 965 cis txndc11TCONS_02094788 965 cis --TCONS_02094788 965 cis -TCONS_01344689 2660 cis pfkpaTCONS_01344689 2660 cis klf6aTCONS_01403636 4169 cis tnnt2d (2 of 2)TCONS_01403636 4169 cis morn2TCONS_01403636 4169 cis tmem209TCONS_01403636 4169 cis ahcyl2TCONS_01403636 4169 cis DNM1L (2 of 2)TCONS_01403636 4169 cis dhx57TCONS_01403636 4169 cis --TCONS_01403636 4169 cis strip2TCONS_01403636 4169 cis cald1lTCONS_01993057 3804 cis xrcc4 (2 of 2)TCONS_01993057 3804 cis vcanaTCONS_01993057 3804 cis hapln1aTCONS_01993057 3804 cis edil3TCONS_00024912 1835 cis mex3bTCONS_00024912 1835 cis rpl12TCONS_01293043 3765 cis --TCONS_01293043 3765 cis --TCONS_01293043 3765 cis TRIM47 (57 of 70)TCONS_01293043 3765 cis VWA5A (9 of 10)TCONS_01293043 3765 cis --TCONS_00931662 1248 cis B4GALNT2 (4 of 5)TCONS_00931662 1248 cis ighv14-1 (11 of 16)TCONS_00931662 1248 cis -TCONS_00931662 1248 cis -TCONS_00931662 1248 cis dlx4aTCONS_00931662 1248 cis nagsTCONS_01401180 2792 cis YAF2 (2 of 2)TCONS_01401180 2792 cis --

Page 35: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01401180 2792 cis lrrc17 (2 of 2)TCONS_01401180 2792 cis pus7lTCONS_01401180 2792 cis --TCONS_01401180 2792 cis RAB19 (2 of 2)TCONS_01401180 2792 cis -TCONS_01401180 2792 cis zcrb1TCONS_01401180 2792 cis pphln1TCONS_01401180 2792 cis prickle1bTCONS_02395038 786 cis ATAD2 (2 of 2)TCONS_02395038 786 cis ZHX1 (2 of 2)TCONS_02395038 786 cis --TCONS_01792061 3627 cis --TCONS_01792061 3627 cis igbp1TCONS_01792061 3627 cis csnk1a1TCONS_01792061 3627 cis --TCONS_01792061 3627 cis STOX2 (2 of 2)TCONS_01792061 3627 cis FBXO38TCONS_01792061 3627 cis --TCONS_02455319 747 cis -TCONS_02455319 747 cis -TCONS_01994058 2471 cis rasa1aTCONS_01994058 2471 cis tmem161bTCONS_01994058 2471 cis mef2cbTCONS_01994058 2471 cis ccnhTCONS_02108793 1943 cis oatxTCONS_02108793 1943 cis --TCONS_02108793 1943 cis zgc:110540TCONS_02108793 1943 cis --TCONS_02108793 1943 cis slc23a1TCONS_02108793 1943 cis --TCONS_02108793 1943 cis --TCONS_02108793 1943 cis PWWP2ATCONS_02108793 1943 cis mat2bTCONS_02277797 1804 cis --TCONS_02277797 1804 cis -TCONS_02277797 1804 cis -TCONS_02277797 1804 cis r3hdm4 (1 of 2)TCONS_02277797 1804 cis --TCONS_02277797 1804 cis --TCONS_02146731 605 cis --TCONS_02146731 605 cis --TCONS_02146731 605 cis --TCONS_02146731 605 cis -TCONS_01727524 7744 cis SMTNL2 (1 of 2)TCONS_01727524 7744 cis FAM57ATCONS_01727524 7744 cis gria4bTCONS_01727524 7744 cis YWHAE (1 of 2)TCONS_01727524 7744 cis CRK (1 of 2)TCONS_02068531 885 cis PGBD4 (4 of 8)TCONS_02068531 885 cis A2ML1 (3 of 14)TCONS_01635016 2289 cis HS3ST5

Page 36: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01635016 2289 cis marcksaTCONS_01635016 2289 cis HDAC2TCONS_00818813 5570 cis PSMA6 (2 of 2)TCONS_00818813 5570 cis zgc:113210 (5 of 5)TCONS_00818813 5570 cis brms1laTCONS_00818813 5570 cis ttc7bTCONS_00818813 5570 cis -TCONS_00818813 5570 cis nfkbiabTCONS_00818813 5570 cis ctage5TCONS_00818813 5570 cis ppp2r3cTCONS_00818813 5570 cis ralgapa1TCONS_00818813 5570 cis si:dkeyp-33b5.4TCONS_00818813 5570 cis fam177a1TCONS_02551302 834 -- --TCONS_02217056 1097 cis --TCONS_02217056 1097 cis -TCONS_02217056 1097 cis -TCONS_02217056 1097 cis -TCONS_00524455 1247 cis -TCONS_00524455 1247 cis suclg2TCONS_00524455 1247 cis kbtbd8TCONS_02485359 1342 cis foxp3bTCONS_02485359 1342 cis trappc6bTCONS_02485359 1342 cis ephb2aTCONS_02485359 1342 cis lactbl1aTCONS_02307212 974 cis --TCONS_02307212 974 cis cxcr3.1TCONS_02307212 974 cis --TCONS_02307212 974 cis si:dkey-269d20.3 (2 of 2)TCONS_02307212 974 cis --TCONS_02307212 974 cis megf8TCONS_02307212 974 cis si:dkey-269d20.3 (1 of 2)TCONS_02307212 974 cis ceacam1 (1 of 3)TCONS_02307212 974 cis cxcr3.2TCONS_02307212 974 cis --TCONS_02307212 974 cis pafah1b3TCONS_02307212 974 cis si:dkey-43f9.4TCONS_02307212 974 cis cnfnTCONS_02307212 974 cis tlr21TCONS_02307212 974 cis trim35-28TCONS_02307212 974 cis --TCONS_01793631 4193 cis gch1TCONS_01793631 4193 cis samd4aTCONS_01793631 4193 cis ero1lTCONS_02548643 1482 cis cdh7 (2 of 2)TCONS_00909895 580 cis si:dkey-11e23.4TCONS_00909895 580 cis gpr176TCONS_00909895 580 cis srsf5bTCONS_00909895 580 cis thbs1aTCONS_00909895 580 cis --TCONS_00909895 580 cis si:dkey-11e23.5

Page 37: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00909894 2233 cis si:dkey-11e23.4TCONS_00909894 2233 cis gpr176TCONS_00909894 2233 cis srsf5bTCONS_00909894 2233 cis thbs1aTCONS_00909894 2233 cis --TCONS_00909894 2233 cis si:dkey-11e23.5TCONS_01004427 4856 cis cnot2TCONS_01004427 4856 cis mettl20TCONS_01004427 4856 cis si:ch73-62b13.1TCONS_01004427 4856 cis lrrc10TCONS_01004427 4856 cis --TCONS_01004427 4856 cis bscl2TCONS_01004427 4856 cis --TCONS_01004427 4856 cis agbl2TCONS_01004427 4856 cis si:dkey-23p11.2TCONS_01004427 4856 cis fnbp4TCONS_01004427 4856 cis -TCONS_01509249 2159 cis DPP10 (1 of 2)TCONS_02068259 486 cis -TCONS_02068259 486 cis MFAP4 (2 of 9)TCONS_02068259 486 cis si:dkey-32n7.9 (4 of 12)TCONS_02068259 486 cis -TCONS_02068259 486 cis -TCONS_01617025 1827 cis oc90TCONS_01617025 1827 cis --TCONS_01617025 1827 cis --TCONS_01617025 1827 cis lrrc6TCONS_01617025 1827 cis kcnq3TCONS_01595070 6859 cis rorabTCONS_00045469 650 cis ELL3 (1 of 2)TCONS_00045469 650 cis gnrhr2 (1 of 2)TCONS_00045469 650 cis SEMA4B (1 of 2)TCONS_00045469 650 cis --TCONS_00045469 650 cis WDR93TCONS_02003987 1756 cis tmem53TCONS_02003987 1756 cis --TCONS_02003987 1756 cis sepp1bTCONS_02003987 1756 cis rnf220aTCONS_02003987 1756 cis toe1TCONS_02003987 1756 cis fabp6TCONS_02003987 1756 cis --TCONS_02003987 1756 cis zgc:153394TCONS_00250574 19074 cis mrpl47TCONS_00250574 19074 cis actl6aTCONS_00250574 19074 cis usp13TCONS_00250574 19074 cis ndufb5TCONS_00250574 19074 cis pex5laTCONS_00004357 1791 -- --TCONS_01323399 1302 cis NUGGC (1 of 4)TCONS_01323399 1302 cis --TCONS_01323399 1302 cis --

Page 38: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01063575 4240 cis slc26a2TCONS_01063575 4240 cis --TCONS_01063575 4240 cis -TCONS_01063575 4240 cis pde6aTCONS_02138733 981 cis adhfe1TCONS_02138733 981 cis -TCONS_02138733 981 cis -TCONS_02138733 981 cis dysfTCONS_02314413 3160 cis tns1TCONS_00234881 3307 cis ppiabTCONS_00234881 3307 cis ddx56TCONS_00234881 3307 cis aebp1TCONS_00234881 3307 cis pnxTCONS_00234881 3307 cis DUSP26 (2 of 2)TCONS_00234881 3307 cis ralgps1TCONS_00234881 3307 cis zmiz1bTCONS_00234881 3307 cis ash2lTCONS_00234881 3307 cis grk5TCONS_02016543 1804 cis uqcc1TCONS_02016543 1804 cis mmp24TCONS_02016543 1804 cis FAM83CTCONS_01220055 5850 cis si:ch211-240g9.1TCONS_01220055 5850 cis mtorTCONS_01220055 5850 cis angptl7TCONS_01220055 5850 cis brpf3TCONS_01220055 5850 cis mapk13TCONS_01220055 5850 cis nr1h5TCONS_02092628 2594 cis cdkn2aipTCONS_02092628 2594 cis acana (1 of 2)TCONS_02092628 2594 cis PPIP5K1 (1 of 2)TCONS_02092628 2594 cis map1aaTCONS_02092628 2594 cis tubgcp4TCONS_02092628 2594 cis TP53BP1TCONS_00568809 2418 cis bzw1a (1 of 2)TCONS_00568809 2418 cis myo1bTCONS_00568809 2418 cis lrp1bbTCONS_02498370 368 cis -TCONS_02498370 368 cis --TCONS_01272132 1107 cis ptcd2TCONS_01272132 1107 cis MAP1BTCONS_01272132 1107 cis aif1lTCONS_01272132 1107 cis CACFD1TCONS_01272132 1107 cis si:dkey-34e4.1TCONS_01272132 1107 cis prkaa1TCONS_01272132 1107 cis ptger4bTCONS_01272132 1107 cis -TCONS_01272132 1107 cis ttc33TCONS_02537734 1042 cis -TCONS_00106050 1874 cis dnajc9TCONS_00106050 1874 cis fam149b1TCONS_00106050 1874 cis --

Page 39: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00106050 1874 cis ecdTCONS_00106050 1874 cis p4ha1bTCONS_00106050 1874 cis si:ch73-34j14.3TCONS_00106050 1874 cis CCSER2TCONS_00106050 1874 cis actn2TCONS_00106050 1874 cis --TCONS_02231501 826 cis PCDH10 (2 of 2)TCONS_02166893 1743 cis zbtb44TCONS_02166893 1743 cis zgc:113279TCONS_02166893 1743 cis atf5bTCONS_02166893 1743 cis POU2AF1TCONS_02166893 1743 cis --TCONS_02166893 1743 cis C11orf53TCONS_00350306 716 -- --TCONS_02504410 1902 cis SLC7A11TCONS_00570583 1651 cis -TCONS_00570583 1651 cis bzw1a (1 of 2)TCONS_00570583 1651 cis -TCONS_00570583 1651 cis myo1bTCONS_00570583 1651 cis CCDC108TCONS_00570583 1651 cis lrp1bbTCONS_01740580 749 cis agpat6TCONS_01740580 749 cis --TCONS_01740580 749 cis cabp1bTCONS_01740580 749 cis prlhr2bTCONS_01740580 749 cis --TCONS_01740580 749 cis --TCONS_01740580 749 cis rab11fip1bTCONS_01740580 749 cis brf2TCONS_02193352 923 cis -TCONS_02193352 923 cis -TCONS_02193352 923 cis --TCONS_02193352 923 cis --TCONS_02051104 1558 cis --TCONS_02051104 1558 cis CACNA1I (2 of 2)TCONS_02051104 1558 cis lgals2bTCONS_02051104 1558 cis gtpbp1lTCONS_02051104 1558 cis zgc:92360TCONS_02051104 1558 cis si:ch73-379f7.4TCONS_00062380 3953 cis cables1TCONS_00062380 3953 cis npc1TCONS_00062380 3953 cis EGFR (1 of 2)TCONS_02473871 489 cis --TCONS_02473871 489 cis --TCONS_02473871 489 cis --TCONS_00862752 823 -- --TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_00872299 1338 cis st14b (2 of 2)

Page 40: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00872299 1338 cis st14b (1 of 2)TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_00872299 1338 cis --TCONS_01052044 8335 cis PCDH12TCONS_01052044 8335 cis gm2aTCONS_01052044 8335 cis --TCONS_00859033 2776 cis prelid1aTCONS_00859033 2776 cis ddx41TCONS_00859033 2776 cis flt4TCONS_00859033 2776 cis fam193bTCONS_00859033 2776 cis npy7rTCONS_00859033 2776 cis mxd3TCONS_00859033 2776 cis trim105TCONS_00859033 2776 cis atoh1bTCONS_02276625 995 cis --TCONS_02276625 995 cis -TCONS_02276625 995 cis -TCONS_02276625 995 cis r3hdm4 (1 of 2)TCONS_02276625 995 cis --TCONS_02276625 995 cis --TCONS_02520959 668 cis -TCONS_02520959 668 cis --TCONS_02402848 1284 cis A2ML1 (7 of 14)TCONS_02402848 1284 cis --TCONS_02402848 1284 cis -TCONS_02402848 1284 cis --TCONS_02402848 1284 cis --TCONS_01582511 2781 cis ptprfaTCONS_00247356 2343 cis --TCONS_00247356 2343 cis fpgtTCONS_00247356 2343 cis acot11bTCONS_00247356 2343 cis ssbp3bTCONS_00247356 2343 cis --TCONS_00247356 2343 cis --TCONS_00247356 2343 cis --TCONS_00247356 2343 cis mutyhTCONS_00247356 2343 cis tnni3kTCONS_00247356 2343 cis zgc:112263TCONS_01863167 1781 cis prkcbbTCONS_01863167 1781 cis dctn5TCONS_01863167 1781 cis cacng3bTCONS_01863167 1781 cis TNRC6ATCONS_01863167 1781 cis -TCONS_01863167 1781 cis usp7TCONS_01863167 1781 cis ndufab1aTCONS_01863167 1781 cis C16orf72 (2 of 2)TCONS_01863167 1781 cis RBBP6 (2 of 2)TCONS_01960442 1169 cis --TCONS_01246257 2568 cis zbtb4

Page 41: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01246257 2568 cis --TCONS_01246257 2568 cis --TCONS_01246257 2568 cis ponzr1 (7 of 11)TCONS_01246257 2568 cis ARHGEF15TCONS_01246257 2568 cis polr2aTCONS_01246257 2568 cis --TCONS_01246257 2568 cis hdlbpbTCONS_01246257 2568 cis -TCONS_01246257 2568 cis TRIM35 (19 of 54)TCONS_01246257 2568 cis shbgTCONS_01246257 2568 cis --TCONS_01246257 2568 cis --TCONS_01246257 2568 cis --TCONS_01246257 2568 cis neurl4TCONS_02555342 982 -- --TCONS_02382446 4391 cis im:7136021 (3 of 4)TCONS_02382446 4391 cis -TCONS_02382446 4391 cis --TCONS_02382446 4391 cis -TCONS_02158133 1005 cis --TCONS_02158133 1005 cis --TCONS_02158133 1005 cis --TCONS_00006240 209 -- --TCONS_01040483 460 cis vangl2TCONS_01040483 460 cis copaTCONS_01040483 460 cis NCSTN (2 of 2)TCONS_01040483 460 cis --TCONS_01040483 460 cis MYADM (1 of 2)TCONS_01040483 460 cis pvrl4TCONS_01040483 460 cis si:dkeyp-66d1.2TCONS_01040483 460 cis pex19TCONS_01040483 460 cis --TCONS_00878675 1321 cis PTPN7TCONS_00878675 1321 cis --TCONS_00878675 1321 cis gpr37l1bTCONS_00878675 1321 cis --TCONS_00878675 1321 cis arl8aTCONS_00878675 1321 cis --TCONS_02513220 869 cis NLRP6 (12 of 51)TCONS_02513220 869 cis --TCONS_01040736 901 cis svilbTCONS_01040736 901 cis -TCONS_01040736 901 cis KCNJ9TCONS_01040736 901 cis --TCONS_01040736 901 cis --TCONS_01040736 901 cis -TCONS_01040736 901 cis --TCONS_01040736 901 cis --TCONS_02420262 1207 cis --TCONS_02420262 1207 cis NLRP6 (20 of 51)TCONS_02420262 1207 cis -

Page 42: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02423043 1080 cis ckbbTCONS_02423043 1080 cis prph2lTCONS_02423043 1080 cis -TCONS_02423043 1080 cis ahsa1TCONS_02423043 1080 cis -TCONS_02423043 1080 cis vipas39TCONS_02423043 1080 cis cdc42bpbTCONS_02423043 1080 cis -TCONS_02423043 1080 cis GPR132TCONS_02157638 1304 cis lyz (1 of 2)TCONS_02157638 1304 cis --TCONS_02157638 1304 cis --TCONS_02157638 1304 cis --TCONS_02157638 1304 cis -TCONS_02157638 1304 cis -TCONS_00410969 14549 cis ADORA1 (2 of 2)TCONS_00410969 14549 cis nek4TCONS_00410969 14549 cis --TCONS_00410969 14549 cis gnl3TCONS_00410969 14549 cis zgc:66443 (2 of 2)TCONS_00410969 14549 cis --TCONS_00410969 14549 cis glt8d1TCONS_00410969 14549 cis -TCONS_00410969 14549 cis cpne5TCONS_00410969 14549 cis CAMK1 (2 of 2)TCONS_02218805 317 cis --TCONS_00361624 2153 -- --TCONS_00057041 4543 cis TNFRSF14 (5 of 7)TCONS_00057041 4543 cis -TCONS_00057041 4543 cis --TCONS_00057041 4543 cis TNFRSF14 (4 of 7)TCONS_00309148 3294 cis sema7aTCONS_00309148 3294 cis -TCONS_00309148 3294 cis commd4TCONS_00309148 3294 cis neil1TCONS_00309148 3294 cis CA12TCONS_00309148 3294 cis man2c1TCONS_00309148 3294 cis --TCONS_00309148 3294 cis usp3TCONS_00309148 3294 cis islr2TCONS_00309148 3294 cis stra6TCONS_00309148 3294 cis fbxl22TCONS_02016703 4138 cis SSUH2TCONS_02016703 4138 cis map1lc3aTCONS_02016703 4138 cis eif6TCONS_02016703 4138 cis --TCONS_02016703 4138 cis mmp24TCONS_02016703 4138 cis --TCONS_01846946 3825 cis -TCONS_01846946 3825 cis six9TCONS_01846946 3825 cis -

Page 43: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01846946 3825 cis --TCONS_01846946 3825 cis nmd3TCONS_01846946 3825 cis six4.3TCONS_01846946 3825 cis -TCONS_01846946 3825 cis tbcbTCONS_01846946 3825 cis PPM1L (1 of 2)TCONS_01846946 3825 cis --TCONS_01846946 3825 cis rabgef1lTCONS_01846946 3825 cis OTOL1 (1 of 2)TCONS_01846946 3825 cis relbTCONS_01846946 3825 cis clptm1TCONS_02445732 1275 cis --TCONS_02445732 1275 cis --TCONS_01412355 1666 cis grik4TCONS_01412355 1666 cis ccdc153TCONS_01907381 929 cis si:dkey-21o19.6TCONS_01907381 929 cis ddostTCONS_01907381 929 cis zbtb17TCONS_01907381 929 cis ttll10TCONS_01907381 929 cis clcnkTCONS_01907381 929 cis --TCONS_01907381 929 cis fam131cTCONS_01907381 929 cis EPHA2 (2 of 2)TCONS_01907381 929 cis arhgef19TCONS_01907381 929 cis plekhm2TCONS_01346701 6206 cis --TCONS_01346701 6206 cis map3k8TCONS_01346701 6206 cis --TCONS_01346701 6206 cis mtpapTCONS_01346701 6206 cis --TCONS_00405371 2922 cis krt4TCONS_00405371 2922 cis tenc1bTCONS_00405371 2922 cis -TCONS_00405371 2922 cis zgc:158846TCONS_00405371 2922 cis vstm2lTCONS_00405371 2922 cis quoTCONS_00405371 2922 cis tgm2bTCONS_00405371 2922 cis eif4bbTCONS_02518070 1301 -- --TCONS_01436242 3395 cis si:ch73-265d7.2TCONS_01436242 3395 cis pfn1TCONS_01436242 3395 cis eno3TCONS_01436242 3395 cis SERP1TCONS_00975068 862 cis slc47a1TCONS_00975068 862 cis rpl23aTCONS_00975068 862 cis FAM64ATCONS_00975068 862 cis trpc6aTCONS_00975068 862 cis birc2TCONS_00975068 862 cis srsf1a (1 of 2)TCONS_00975068 862 cis --TCONS_00975068 862 cis pvrl1a

Page 44: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00975068 862 cis cct8TCONS_00975068 862 cis HEATR6TCONS_00975068 862 cis BUD13TCONS_00975068 862 cis si:dkeyp-69c1.7TCONS_00975068 862 cis snrnp35TCONS_00975068 862 cis pigsTCONS_00975068 862 cis aldocbTCONS_00975068 862 cis angptl5TCONS_00975068 862 cis DDX52TCONS_00975068 862 cis -TCONS_00975068 862 cis arhgap42aTCONS_00975068 862 cis tmigd1TCONS_00975068 862 cis -TCONS_00975068 862 cis --TCONS_02470828 2061 cis --TCONS_02470828 2061 cis --TCONS_02470828 2061 cis --TCONS_02470828 2061 cis -TCONS_02470828 2061 cis -TCONS_02470828 2061 cis --TCONS_01711407 3388 cis --TCONS_01711407 3388 cis -TCONS_01711407 3388 cis --TCONS_01711407 3388 cis --TCONS_01711407 3388 cis abcg4bTCONS_01492619 576 -- --TCONS_01862542 7541 cis cacna1haTCONS_02006040 4129 cis fabp6TCONS_02006040 4129 cis tmem53TCONS_02006040 4129 cis --TCONS_02006040 4129 cis sepp1bTCONS_02006040 4129 cis toe1TCONS_02006040 4129 cis zgc:153394TCONS_01412296 1738 cis ARHGEF12 (1 of 2)TCONS_01073826 2097 cis LSM3 (1 of 2)TCONS_01073826 2097 cis SLC6A6 (1 of 2)TCONS_01073826 2097 cis abraaTCONS_01073826 2097 cis RIMS4TCONS_02268574 2054 cis --TCONS_02268574 2054 cis --TCONS_02268574 2054 cis -TCONS_02268574 2054 cis TRIM35 (50 of 54)TCONS_02276624 3109 cis --TCONS_02276624 3109 cis -TCONS_02276624 3109 cis -TCONS_02276624 3109 cis r3hdm4 (1 of 2)TCONS_02276624 3109 cis --TCONS_02276624 3109 cis --TCONS_01094223 3807 cis --TCONS_01094223 3807 cis -TCONS_01094223 3807 cis --

Page 45: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01094223 3807 cis zgc:153650TCONS_01094223 3807 cis pld6TCONS_01094223 3807 cis --TCONS_01094223 3807 cis --TCONS_01094223 3807 cis --TCONS_01094223 3807 cis --TCONS_01094223 3807 cis rab3daTCONS_01094223 3807 cis rab11fip4bTCONS_01094223 3807 cis -TCONS_01094223 3807 cis -TCONS_01094223 3807 cis --TCONS_00479608 2192 cis mrvi1TCONS_00479608 2192 cis eif4g2aTCONS_00479608 2192 cis galnt18bTCONS_00479608 2192 cis ctr9TCONS_01058170 20481 cis EBF4TCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis mkl1aTCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis --TCONS_02470104 660 cis -TCONS_02470104 660 cis --TCONS_00270692 2245 cis C18orf54TCONS_00270692 2245 cis --TCONS_00270692 2245 cis --TCONS_00270692 2245 cis lyz (2 of 2)TCONS_00270692 2245 cis thap1TCONS_00270692 2245 cis SPAG16TCONS_00270692 2245 cis mbd2TCONS_00270692 2245 cis wdr91TCONS_00270692 2245 cis --TCONS_02557677 1106 -- --TCONS_01706056 1542 cis --TCONS_01706056 1542 cis --TCONS_01706056 1542 cis --TCONS_02381715 1560 cis trim54TCONS_02381715 1560 cis gtf3c2TCONS_02381715 1560 cis slc30a2TCONS_02381715 1560 cis dnajc5gbTCONS_02381715 1560 cis si:ch211-243j20.2TCONS_02381715 1560 cis uts1TCONS_02381715 1560 cis mpv17TCONS_00804992 7091 cis gmppabTCONS_00804992 7091 cis TMBIM1 (1 of 2)TCONS_00804992 7091 cis asic4aTCONS_00804992 7091 cis dars

Page 46: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00804992 7091 cis pnkdTCONS_01199405 1934 cis --TCONS_01659970 786 cis --TCONS_01659970 786 cis TNS1 (2 of 2)TCONS_01659970 786 cis --TCONS_01659970 786 cis -TCONS_01962097 700 cis --TCONS_01962097 700 cis mri1TCONS_01962097 700 cis si:ch211-196h16.12TCONS_01962097 700 cis --TCONS_01962097 700 cis si:ch211-196h16.11TCONS_01962097 700 cis CC2D1ATCONS_01962097 700 cis --TCONS_01962097 700 cis khsrpTCONS_01962097 700 cis nanos3TCONS_01962097 700 cis dcaf15TCONS_01962097 700 cis --TCONS_01962097 700 cis -TCONS_01962097 700 cis --TCONS_01962097 700 cis --TCONS_00896675 1179 cis foxa2TCONS_00896675 1179 cis prkd3TCONS_00896675 1179 cis mocs3TCONS_00896675 1179 cis nkx2.2aTCONS_00896675 1179 cis qpctTCONS_00896675 1179 cis pax1aTCONS_02241589 6685 cis relaTCONS_02241589 6685 cis C11orf68TCONS_02241589 6685 cis S100PTCONS_02241589 6685 cis MAP3K11TCONS_02241589 6685 cis SLC29A2 (1 of 2)TCONS_02241589 6685 cis drap1TCONS_02241589 6685 cis -TCONS_02241589 6685 cis PPP1CBTCONS_00441616 10825 cis lhppTCONS_00441616 10825 cis HPDLTCONS_00441616 10825 cis fam53bTCONS_00441616 10825 cis ZRANB1 (2 of 2)TCONS_00441616 10825 cis oatTCONS_00441616 10825 cis CPXM2TCONS_00441616 10825 cis CHST15 (2 of 2)TCONS_01100917 928 cis slc47a2 (2 of 4)TCONS_01100917 928 cis exosc9TCONS_01100917 928 cis -TCONS_01100917 928 cis FRMPD1TCONS_01100917 928 cis --TCONS_01100917 928 cis -TCONS_01100917 928 cis clgnTCONS_01100917 928 cis slc47a2 (1 of 4)TCONS_01100917 928 cis slc47a2 (3 of 4)TCONS_00462181 3461 cis --

Page 47: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00462181 3461 cis --TCONS_00462181 3461 cis --TCONS_00462181 3461 cis --TCONS_00462181 3461 cis --TCONS_00462181 3461 cis --TCONS_00462181 3461 cis asic2TCONS_01597552 1751 cis -TCONS_01597552 1751 cis tmem2TCONS_01597552 1751 cis entpd4TCONS_01597552 1751 cis abhd17bTCONS_01597552 1751 cis nkx3-1TCONS_01597552 1751 cis stc1TCONS_01597552 1751 cis gdaTCONS_01597552 1751 cis C9orf85TCONS_01597552 1751 cis slc25a37TCONS_01597552 1751 cis --TCONS_02393146 760 cis --TCONS_02393146 760 cis -TCONS_01942644 1213 cis NUGGC (3 of 4)TCONS_01942644 1213 cis NLRP6 (38 of 51)TCONS_02391417 3664 cis -TCONS_02391417 3664 cis -TCONS_02391417 3664 cis -TCONS_02391417 3664 cis -TCONS_02391417 3664 cis supt16hTCONS_02391417 3664 cis -TCONS_02391417 3664 cis -TCONS_00158650 928 cis RSBN1TCONS_00158650 928 cis PLXNA2 (2 of 2)TCONS_00158650 928 cis --TCONS_00158650 928 cis -TCONS_00158650 928 cis ptpn22TCONS_00158650 928 cis magi3TCONS_01886366 697 cis plac8.1TCONS_01886366 697 cis --TCONS_01886366 697 cis cops4TCONS_01886366 697 cis --TCONS_01886366 697 cis mat2alTCONS_01886366 697 cis sec31aTCONS_01886366 697 cis vamp8TCONS_01886366 697 cis lin54TCONS_01886366 697 cis hnrnpdTCONS_01886366 697 cis adamts6TCONS_01886366 697 cis enoph1TCONS_02280667 553 cis --TCONS_02280667 553 cis -TCONS_02554654 980 -- --TCONS_00157546 1779 cis TMCC1 (1 of 2)TCONS_00157546 1779 cis -TCONS_00157546 1779 cis PLXND1TCONS_00157546 1779 cis wdr46

Page 48: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00157546 1779 cis -TCONS_00157546 1779 cis trhTCONS_00157546 1779 cis mrps25TCONS_00157546 1779 cis nr2c2TCONS_00157546 1779 cis b3galt4TCONS_00157546 1779 cis zfyve20TCONS_00157545 1855 cis TMCC1 (1 of 2)TCONS_00157545 1855 cis -TCONS_00157545 1855 cis PLXND1TCONS_00157545 1855 cis wdr46TCONS_00157545 1855 cis -TCONS_00157545 1855 cis trhTCONS_00157545 1855 cis mrps25TCONS_00157545 1855 cis nr2c2TCONS_00157545 1855 cis b3galt4TCONS_00157545 1855 cis zfyve20TCONS_00771276 835 cis --TCONS_00771276 835 cis -TCONS_00771276 835 cis -TCONS_00771276 835 cis RERGTCONS_00771276 835 cis ttc4TCONS_00771276 835 cis ponzr10 (2 of 2)TCONS_00771276 835 cis ponzr10 (1 of 2)TCONS_01380903 1261 cis --TCONS_01380903 1261 cis -TCONS_01380903 1261 cis APOA4 (2 of 3)TCONS_01380903 1261 cis --TCONS_01380903 1261 cis -TCONS_01380903 1261 cis apoebTCONS_01380903 1261 cis APOA4BTCONS_01380903 1261 cis -TCONS_01380903 1261 cis APO14KDATCONS_00538002 2085 cis fhl5TCONS_00538002 2085 cis usp40TCONS_00538002 2085 cis maneaTCONS_00538002 2085 cis LBHTCONS_00538002 2085 cis LCLAT1TCONS_00538002 2085 cis -TCONS_00538002 2085 cis ypel5 (1 of 2)TCONS_00538002 2085 cis marcksbTCONS_00538002 2085 cis col10a1TCONS_00538002 2085 cis si:ch211-266g18.9TCONS_00538002 2085 cis fabp7aTCONS_00538002 2085 cis ppp1cb (1 of 2)TCONS_00538002 2085 cis tspearaTCONS_00538002 2085 cis fynaTCONS_00538002 2085 cis --TCONS_01122587 8217 cis ADORA3 (1 of 5)TCONS_01122587 8217 cis KCNA10 (1 of 2)TCONS_01122587 8217 cis ube2tTCONS_01122587 8217 cis PKP1 (1 of 2)

Page 49: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01122587 8217 cis tnnt2aTCONS_01122587 8217 cis tead3aTCONS_01122587 8217 cis PNPLA1TCONS_01122587 8217 cis zgc:194242TCONS_01122587 8217 cis LGR6TCONS_01122587 8217 cis phlda3TCONS_01122587 8217 cis TNNI1 (1 of 2)TCONS_01122587 8217 cis csrp1aTCONS_01122587 8217 cis lad1TCONS_01122587 8217 cis etv7TCONS_00003663 2281 cis --TCONS_02117837 976 cis tmeff1b (2 of 2)TCONS_02117837 976 cis nub1TCONS_02117837 976 cis eci2TCONS_02117837 976 cis -TCONS_02117837 976 cis murcbTCONS_02117837 976 cis inhbaaTCONS_02117837 976 cis crygn2TCONS_01436103 1582 cis ethe1 (1 of 2)TCONS_01436103 1582 cis xrcc1TCONS_01436103 1582 cis -TCONS_01436103 1582 cis drd2lTCONS_01436103 1582 cis CD22 (10 of 10)TCONS_01436103 1582 cis TMPRSS11ETCONS_01436103 1582 cis ethe1 (2 of 2)TCONS_01436103 1582 cis PHLDB3TCONS_01436103 1582 cis si:ch73-177h5.2TCONS_00009782 368 -- --TCONS_00876198 5197 cis --TCONS_00876198 5197 cis oprl1TCONS_00876198 5197 cis --TCONS_00876198 5197 cis -TCONS_00876198 5197 cis --TCONS_01891271 2203 cis --TCONS_01891271 2203 cis --TCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01286915 2698 cis anxa5bTCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01286915 2698 cis tma16TCONS_01286915 2698 cis 1-MarTCONS_01286915 2698 cis uchTCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01286915 2698 cis --TCONS_01980675 609 cis tlr19TCONS_01980675 609 cis cacna1hbTCONS_01980675 609 cis SYNGR3 (1 of 2)TCONS_01980675 609 cis RBBP6 (1 of 2)

Page 50: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01980675 609 cis PDILTTCONS_01980675 609 cis pdia2TCONS_01840511 398 cis -TCONS_01840511 398 cis -TCONS_01840511 398 cis -TCONS_01840511 398 cis --TCONS_01840511 398 cis -TCONS_01840511 398 cis -TCONS_02453257 216 cis -TCONS_02453257 216 cis rnasel4 (5 of 5)TCONS_02453257 216 cis -TCONS_02453257 216 cis -TCONS_00498864 1394 cis -TCONS_00498864 1394 cis MPRIP (1 of 2)TCONS_00498864 1394 cis grap2a (1 of 2)TCONS_00498864 1394 cis si:ch73-281f12.4TCONS_00498864 1394 cis grap2a (2 of 2)TCONS_00498864 1394 cis --TCONS_00498864 1394 cis si:ch211-165g14.1TCONS_00498864 1394 cis FAM83F (1 of 2)TCONS_00498864 1394 cis -TCONS_00005336 1593 -- --TCONS_00985635 1027 cis gabrg2TCONS_02397015 1578 cis hspa9TCONS_00739635 837 cis ubxn1TCONS_00739635 837 cis macrod1TCONS_00739635 837 cis ehd1aTCONS_00739635 837 cis zgc:154040TCONS_00739635 837 cis SCYL1TCONS_00739635 837 cis GANABTCONS_00739635 837 cis INTS5TCONS_00739635 837 cis ccdc88bTCONS_00739635 837 cis -TCONS_00739635 837 cis rom1bTCONS_00634808 436 cis --TCONS_00634808 436 cis gmeb1TCONS_00634808 436 cis CTPS1 (1 of 2)TCONS_00223436 1508 cis cetpTCONS_00223436 1508 cis --TCONS_00223436 1508 cis chkaTCONS_00223436 1508 cis -TCONS_00223436 1508 cis --TCONS_00223436 1508 cis --TCONS_00223436 1508 cis MLKL (2 of 3)TCONS_00223436 1508 cis --TCONS_00223436 1508 cis TMED6TCONS_00223436 1508 cis MLKL (1 of 3)TCONS_02198477 1175 cis proscTCONS_02198477 1175 cis tbc1d22bTCONS_02198477 1175 cis fam58aTCONS_02198477 1175 cis zgc:101663

Page 51: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02198477 1175 cis atp2b3bTCONS_02198477 1175 cis --TCONS_02198477 1175 cis ikbkgTCONS_02198477 1175 cis --TCONS_02198477 1175 cis sps2TCONS_02198477 1175 cis tmed4TCONS_02198477 1175 cis ap4b1TCONS_00002788 2435 -- --TCONS_01809836 3348 cis terf2ipTCONS_01809836 3348 cis ppargTCONS_01809836 3348 cis --TCONS_01809836 3348 cis --TCONS_01809836 3348 cis --TCONS_01809836 3348 cis IFFO2TCONS_01809836 3348 cis akr7a3TCONS_01809836 3348 cis megf6aTCONS_01809836 3348 cis mrto4TCONS_01809836 3348 cis KCNAB2TCONS_01809836 3348 cis --TCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis -TCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis mkl1aTCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis --TCONS_02470314 558 cis --TCONS_01144415 5319 cis napgTCONS_01144415 5319 cis -TCONS_01144415 5319 cis -TCONS_01144415 5319 cis mppe1TCONS_01144415 5319 cis rab12TCONS_00637462 3654 cis khdrbs3TCONS_00637462 3654 cis -TCONS_00637462 3654 cis --TCONS_00637462 3654 cis -TCONS_00637462 3654 cis -TCONS_02039441 540 cis --TCONS_02039441 540 cis --TCONS_02415987 467 cis --TCONS_02415987 467 cis -TCONS_02415987 467 cis -TCONS_01729399 3840 -- --TCONS_02465546 1127 cis -TCONS_02465546 1127 cis --TCONS_02465546 1127 cis -TCONS_02465546 1127 cis --TCONS_02465546 1127 cis --

Page 52: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02465546 1127 cis --TCONS_02465546 1127 cis --TCONS_02445878 1075 cis --TCONS_02445878 1075 cis --TCONS_02286661 781 cis -TCONS_02286661 781 cis --TCONS_02286661 781 cis col14a1a (2 of 2)TCONS_00595697 8541 cis nanos1TCONS_00595697 8541 cis limch1bTCONS_01204943 4820 cis flot2bTCONS_01204943 4820 cis -TCONS_01204943 4820 cis ZCCHC3TCONS_01204943 4820 cis myo7aaTCONS_01204943 4820 cis fam222bbTCONS_01896272 4773 cis scinTCONS_01896272 4773 cis anlnTCONS_01896272 4773 cis gatad2bTCONS_01896272 4773 cis eepd1TCONS_01896272 4773 cis arl4abTCONS_02088912 2556 cis prr12bTCONS_02088912 2556 cis ap2a1TCONS_02088912 2556 cis PPP1R35TCONS_02088912 2556 cis rrasTCONS_02088912 2556 cis prmt1TCONS_02146285 493 cis NLRP6 (29 of 51)TCONS_02146285 493 cis --TCONS_02146285 493 cis -TCONS_02146285 493 cis -TCONS_02193326 732 cis -TCONS_02193326 732 cis -TCONS_02193326 732 cis -TCONS_02193326 732 cis -TCONS_00059819 593 cis gpc1bTCONS_00059819 593 cis EPHB1 (2 of 2)TCONS_01031814 982 cis --TCONS_01031814 982 cis si:dkeyp-66d1.2TCONS_01031814 982 cis pex19TCONS_01031814 982 cis sdr39u1TCONS_01031814 982 cis vangl2TCONS_01031814 982 cis copaTCONS_01031814 982 cis pvrl4TCONS_01031814 982 cis MYADM (1 of 2)TCONS_01031814 982 cis --TCONS_01031814 982 cis NCSTN (2 of 2)TCONS_02112898 2494 cis wisp2 (2 of 7)TCONS_02112898 2494 cis pkigTCONS_02112898 2494 cis wisp2 (5 of 7)TCONS_02112898 2494 cis wisp2TCONS_02112898 2494 cis wisp2 (4 of 7)TCONS_02112898 2494 cis adaTCONS_02112898 2494 cis wisp2 (6 of 7)

Page 53: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02112898 2494 cis --TCONS_02112898 2494 cis wisp2 (1 of 7)TCONS_00092575 2874 -- --TCONS_01647293 4461 cis klhl20TCONS_01647293 4461 cis -TCONS_02328197 3237 cis itm1TCONS_02328197 3237 cis ei24TCONS_02328197 3237 cis CKAP2TCONS_02328197 3237 cis -TCONS_02328197 3237 cis --TCONS_02328197 3237 cis -TCONS_02328197 3237 cis slc37a4bTCONS_02007540 676 cis --TCONS_02007540 676 cis nrxn3aTCONS_02007540 676 cis dio2TCONS_02007540 676 cis --TCONS_02007540 676 cis --TCONS_02007540 676 cis --TCONS_02331192 1193 cis -TCONS_02331192 1193 cis -TCONS_02263788 744 cis men1TCONS_02263788 744 cis map4k2lTCONS_02263788 744 cis rtn3TCONS_00923228 1570 cis -TCONS_00923228 1570 cis --TCONS_00923228 1570 cis --TCONS_00923228 1570 cis --TCONS_00923228 1570 cis hspb9TCONS_01729564 3328 cis ncam1aTCONS_02068379 2971 cis --TCONS_02068379 2971 cis --TCONS_02068379 2971 cis -TCONS_02068379 2971 cis --TCONS_02068379 2971 cis -TCONS_02068379 2971 cis -TCONS_02068379 2971 cis --TCONS_02068379 2971 cis -TCONS_02068379 2971 cis -TCONS_00735612 1781 cis -TCONS_00735612 1781 cis --TCONS_00735612 1781 cis -TCONS_00735612 1781 cis fbxw11aTCONS_00735612 1781 cis fgf18aTCONS_00735612 1781 cis --TCONS_00808244 620 cis prmt2TCONS_00808244 620 cis --TCONS_00808244 620 cis --TCONS_00808244 620 cis --TCONS_00808244 620 cis --TCONS_00808244 620 cis -TCONS_00808244 620 cis ercc1

Page 54: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02507270 903 cis -TCONS_01751189 1622 cis -TCONS_02310072 764 cis -TCONS_02310071 1238 cis -TCONS_01057836 10620 cis -TCONS_02424908 685 cis daxxTCONS_02424908 685 cis -TCONS_02424908 685 cis -TCONS_02424908 685 cis -TCONS_02424908 685 cis -TCONS_02424908 685 cis G3S2A3TCONS_02424908 685 cis tapbpTCONS_02544142 1398 -- --TCONS_02544146 732 -- --TCONS_00575137 2343 cis --TCONS_00575137 2343 cis --TCONS_00575137 2343 cis --TCONS_00011378 736 -- --TCONS_02359475 907 -- --TCONS_02422336 579 cis -TCONS_00081313 3921 cis -TCONS_00081313 3921 cis --TCONS_00081313 3921 cis --TCONS_00081313 3921 cis -TCONS_01869298 792 -- --TCONS_02477682 2138 cis -TCONS_02477682 2138 cis -TCONS_01103713 863 cis --TCONS_00787128 4416 cis GPR101TCONS_00787128 4416 cis zic6TCONS_00787128 4416 cis X-LINKEDTCONS_00787128 4416 cis arhgef6TCONS_00787128 4416 cis cd40lgTCONS_00787128 4416 cis TM9SF2TCONS_00787128 4416 cis zic3TCONS_00787128 4416 cis tmtops3aTCONS_00219861 2690 cis dus2TCONS_00219861 2690 cis TDRD12TCONS_00219861 2690 cis --TCONS_00219861 2690 cis MLKL (2 of 3)TCONS_00219861 2690 cis MLKL (1 of 3)TCONS_00219861 2690 cis TMED6TCONS_00219861 2690 cis ANKRD27TCONS_00219861 2690 cis slc7a10bTCONS_00219861 2690 cis -TCONS_00219861 2690 cis C19orf40TCONS_00219861 2690 cis --TCONS_02068143 2783 cis -TCONS_02068143 2783 cis -TCONS_02068143 2783 cis -TCONS_02068143 2783 cis --

Page 55: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02068143 2783 cis --TCONS_02068143 2783 cis --TCONS_02068143 2783 cis --TCONS_02068143 2783 cis -TCONS_00358936 4304 cis fign (2 of 2)TCONS_01627269 5739 cis -TCONS_01627269 5739 cis SEPT9 (1 of 2)TCONS_01627269 5739 cis -TCONS_01627269 5739 cis TNRC6C (1 of 2)TCONS_01627269 5739 cis -TCONS_00960790 1204 cis HTR1B (2 of 2)TCONS_00960790 1204 cis impg1aTCONS_00960790 1204 cis mei4TCONS_01263565 1612 cis efhc2TCONS_01263565 1612 cis -TCONS_01263565 1612 cis -TCONS_01263565 1612 cis --TCONS_01307178 1113 cis FAM110CTCONS_01307178 1113 cis FIG4TCONS_01307178 1113 cis SMC6TCONS_01307178 1113 cis --TCONS_01307178 1113 cis --TCONS_01307178 1113 cis ak9TCONS_01307178 1113 cis --TCONS_01307178 1113 cis fbxo25TCONS_01307178 1113 cis acp1TCONS_01307178 1113 cis --TCONS_01307178 1113 cis fam150baTCONS_00380509 6084 cis tomm20aTCONS_00380509 6084 cis b3galnt2TCONS_00380509 6084 cis ggps1TCONS_00380509 6084 cis eif2ak2 (3 of 4)TCONS_00380509 6084 cis IRF2BP2 (1 of 2)TCONS_00380509 6084 cis -TCONS_01213175 3448 cis armc9TCONS_01213175 3448 cis nclTCONS_01213175 3448 cis alpi.2TCONS_01213175 3448 cis --TCONS_01213175 3448 cis b3gnt7TCONS_01213175 3448 cis ANKLE1TCONS_01213175 3448 cis srek1ip1TCONS_01213175 3448 cis NPPCTCONS_00730251 798 cis -TCONS_00730251 798 cis -TCONS_00730251 798 cis PCDHGC5 (1 of 5)TCONS_00479000 1927 cis igdcc3TCONS_00479000 1927 cis -TCONS_00479000 1927 cis -TCONS_00479000 1927 cis --TCONS_00479000 1927 cis casc4TCONS_00479000 1927 cis eif3jb

Page 56: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00479000 1927 cis fam189a1TCONS_00479000 1927 cis cilpTCONS_02393161 318 cis --TCONS_00192276 2022 cis rnf152TCONS_00192276 2022 cis CDH20TCONS_00247131 6121 cis ncl1TCONS_00247131 6121 cis --TCONS_00247131 6121 cis MYO9B (1 of 2)TCONS_00247131 6121 cis cers1TCONS_00247131 6121 cis use1TCONS_02328278 1671 cis -TCONS_02328278 1671 cis itm1TCONS_02328278 1671 cis ei24TCONS_02328278 1671 cis -TCONS_02328278 1671 cis -TCONS_02328278 1671 cis wnt11rTCONS_02328278 1671 cis CKAP2TCONS_02328278 1671 cis uvragTCONS_02328278 1671 cis prkriraTCONS_00938893 1477 cis -TCONS_00938893 1477 cis fhitTCONS_00089776 958 cis fam96bTCONS_00089776 958 cis wipf1TCONS_00089776 958 cis -TCONS_02276594 2161 cis sh3bp5lbTCONS_02276594 2161 cis gtf2h4TCONS_02537796 2888 cis --TCONS_02537796 2888 cis --TCONS_02537796 2888 cis --TCONS_02537796 2888 cis --TCONS_02415088 576 cis --TCONS_02415088 576 cis -TCONS_02415088 576 cis --TCONS_02415088 576 cis -TCONS_02415088 576 cis -TCONS_02415088 576 cis --TCONS_00475993 373 cis vac14TCONS_00475993 373 cis --TCONS_00475993 373 cis trim35-13TCONS_00475993 373 cis atp13aTCONS_00475993 373 cis LPHN1TCONS_00475993 373 cis -TCONS_00475993 373 cis gmipTCONS_00475993 373 cis -TCONS_00475993 373 cis CHCHD5TCONS_00475993 373 cis CD97 (1 of 2)TCONS_00475993 373 cis slc27a1aTCONS_00475993 373 cis colgalt1TCONS_00475993 373 cis pglsTCONS_00475993 373 cis --TCONS_00432816 12468 cis cwf19l2

Page 57: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00432816 12468 cis GUCY1A2TCONS_00432816 12468 cis alkbh8TCONS_00432816 12468 cis aasdhpptTCONS_00432816 12468 cis msantd4TCONS_00432816 12468 cis gria4aTCONS_01959062 512 cis --TCONS_00776492 8248 cis creld2TCONS_00776492 8248 cis pim3TCONS_00776492 8248 cis --TCONS_00776492 8248 cis brd1aTCONS_00776492 8248 cis zbed4TCONS_00776492 8248 cis --TCONS_00187626 1286 cis avl9TCONS_00187626 1286 cis -TCONS_00187626 1286 cis --TCONS_00187626 1286 cis nceh1bTCONS_00187626 1286 cis -TCONS_00187626 1286 cis msl2a (2 of 2)TCONS_00187626 1286 cis irf9TCONS_00187626 1286 cis --TCONS_00187626 1286 cis psme2TCONS_00187626 1286 cis emc9TCONS_00187626 1286 cis tnfsf10 (2 of 2)TCONS_00187626 1286 cis kbtbd2TCONS_02363643 766 cis -TCONS_02363643 766 cis --TCONS_02363643 766 cis atad1b (1 of 3)TCONS_01876662 2733 cis --TCONS_01876662 2733 cis --TCONS_01876662 2733 cis --TCONS_01876662 2733 cis --TCONS_01876662 2733 cis --TCONS_01876662 2733 cis --TCONS_01876662 2733 cis -TCONS_01876662 2733 cis --TCONS_02193423 513 cis -TCONS_02419944 1367 cis -TCONS_02419944 1367 cis --TCONS_02419944 1367 cis NLRP6 (20 of 51)TCONS_02419944 1367 cis -TCONS_02381375 3684 cis --TCONS_02381375 3684 cis --TCONS_02381375 3684 cis --TCONS_02381375 3684 cis --TCONS_02381375 3684 cis --TCONS_02044404 1346 cis dok1aTCONS_02044404 1346 cis --TCONS_02044404 1346 cis -TCONS_02044404 1346 cis --TCONS_02044404 1346 cis GLRA2 (1 of 2)TCONS_02044404 1346 cis --

Page 58: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02044404 1346 cis -TCONS_02044404 1346 cis --TCONS_01398058 12278 cis FOXP2TCONS_01398058 12278 cis MDFICTCONS_02007714 823 cis POGK (7 of 9)TCONS_02439457 4352 cis -TCONS_02439457 4352 cis mrps23TCONS_02439457 4352 cis NGEFTCONS_02439457 4352 cis --TCONS_02439457 4352 cis vezf1bTCONS_02439457 4352 cis nlk2TCONS_02439457 4352 cis si:ch211-244e12.7TCONS_01622713 9332 cis -TCONS_01622713 9332 cis KHSRP (1 of 2)TCONS_01622713 9332 cis il12rb2lTCONS_01622713 9332 cis fbxw9TCONS_01622713 9332 cis --TCONS_01622713 9332 cis SSTR5 (1 of 2)TCONS_01622713 9332 cis rln3aTCONS_01622713 9332 cis dhpsTCONS_01622713 9332 cis atad5aTCONS_01622713 9332 cis SLC9A3R2 (1 of 2)TCONS_01622713 9332 cis si:dkey-117i10.1TCONS_01622713 9332 cis tnpo2TCONS_01622713 9332 cis -TCONS_01622713 9332 cis --TCONS_01622713 9332 cis rfx1aTCONS_00666102 1051 cis CSMD3 (1 of 2)TCONS_02413531 1274 cis zgc:175008TCONS_02413531 1274 cis PHB2 (2 of 2)TCONS_02413531 1274 cis fam49baTCONS_02413531 1274 cis -TCONS_01115222 2654 cis C12orf66TCONS_01115222 2654 cis TRIM35 (49 of 54)TCONS_01115222 2654 cis ECHDC3TCONS_01115222 2654 cis srgap2bTCONS_01115222 2654 cis kcnj8TCONS_01115222 2654 cis -TCONS_01115222 2654 cis abcc9TCONS_01115222 2654 cis avpr1bTCONS_00572833 1975 cis SYTL2 (1 of 2)TCONS_00572833 1975 cis dlg2TCONS_02324795 1481 cis smg7TCONS_02324795 1481 cis --TCONS_02324795 1481 cis nmnat2TCONS_02324795 1481 cis -TCONS_02324795 1481 cis lamc1TCONS_02324795 1481 cis -TCONS_02324795 1481 cis LAMC2TCONS_02324795 1481 cis dhx9TCONS_02379293 3606 cis --

Page 59: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02379293 3606 cis -TCONS_02379293 3606 cis --TCONS_02379293 3606 cis --TCONS_02379293 3606 cis -TCONS_01199034 871 cis -TCONS_01199034 871 cis si:ch211-137a8.4TCONS_01199034 871 cis --TCONS_01199034 871 cis clip3TCONS_01199034 871 cis timm50TCONS_02176544 1098 cis cnbpbTCONS_02176544 1098 cis mkrn2TCONS_02176544 1098 cis MKRN2OSTCONS_02176544 1098 cis si:ch211-15p9.2TCONS_02176544 1098 cis --TCONS_02176544 1098 cis tsen2TCONS_02176544 1098 cis -TCONS_02176544 1098 cis pcif1TCONS_02176544 1098 cis pik3c2bTCONS_02176544 1098 cis FAM107ATCONS_02176544 1098 cis rab43TCONS_02176544 1098 cis -TCONS_00324977 6786 cis -TCONS_00324977 6786 cis broxTCONS_00324977 6786 cis si:ch73-91k6.2TCONS_00324977 6786 cis mep1a.1TCONS_02174240 5970 cis DNAH2TCONS_02174240 5970 cis KDM6BTCONS_01596073 3166 cis -TCONS_01596073 3166 cis nr2f1aTCONS_01596073 3166 cis fam172aTCONS_02320237 1572 cis -TCONS_02320237 1572 cis --TCONS_02320237 1572 cis -TCONS_02320237 1572 cis -TCONS_01220892 4560 cis --TCONS_01220892 4560 cis -TCONS_01220892 4560 cis CHST13 (1 of 2)TCONS_00009729 813 -- --TCONS_00054444 715 cis parlaTCONS_00054444 715 cis COL4A4 (2 of 2)TCONS_00054444 715 cis extl2TCONS_00054444 715 cis -TCONS_00054444 715 cis fgf12aTCONS_00054444 715 cis zgc:110366TCONS_00054444 715 cis COL4A3 (2 of 2)TCONS_00054444 715 cis RC3H1TCONS_01190539 3214 cis csmd2TCONS_01190539 3214 cis angpt2bTCONS_00568365 1274 cis igfbp5aTCONS_00568365 1274 cis igfbp2bTCONS_00568365 1274 cis SLC4A3

Page 60: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00568365 1274 cis si:ch73-193i22.1TCONS_02203996 915 cis -TCONS_02203996 915 cis --TCONS_02203996 915 cis fen1TCONS_02203996 915 cis tm9sf1TCONS_02203996 915 cis --TCONS_02203996 915 cis --TCONS_02203996 915 cis --TCONS_01469327 3433 cis HCN1TCONS_01469327 3433 cis arhgap24TCONS_01469327 3433 cis si:dkey-266h18.3TCONS_01469327 3433 cis mapk10TCONS_01469327 3433 cis esm1TCONS_00602719 1080 cis ipo4TCONS_00602719 1080 cis --TCONS_00602719 1080 cis pdcd6TCONS_00602719 1080 cis rec8bTCONS_00602719 1080 cis zgc:101569TCONS_00399521 1084 cis B4GALNT1 (2 of 2)TCONS_00399521 1084 cis gpr84 (2 of 2)TCONS_00399521 1084 cis NEUROD4 (2 of 2)TCONS_00399521 1084 cis ZNF385A (2 of 2)TCONS_00399521 1084 cis ARHGEF25 (2 of 2)TCONS_00399521 1084 cis stat2TCONS_00399521 1084 cis gpr84 (1 of 2)TCONS_00399521 1084 cis apofTCONS_00399521 1084 cis os9TCONS_00399521 1084 cis --TCONS_00399521 1084 cis c1galt1b (2 of 2)TCONS_00399521 1084 cis c1galt1b (1 of 2)TCONS_00652014 4559 cis wnt7bbTCONS_00652014 4559 cis -TCONS_00652014 4559 cis yars2TCONS_00652014 4559 cis pparabTCONS_00652014 4559 cis cdkn1bbTCONS_00652014 4559 cis TRIM35 (18 of 54)TCONS_00769501 7840 cis FAM19A5 (2 of 2)TCONS_00187565 3523 cis CDH20TCONS_00187565 3523 cis --TCONS_00187565 3523 cis --TCONS_00187565 3523 cis kbtbd2TCONS_00187565 3523 cis rnf152TCONS_01770648 958 cis xbp1TCONS_01770648 958 cis znrf3TCONS_01770648 958 cis hspb8TCONS_01770648 958 cis SRRM4TCONS_01770648 958 cis HSPB3 (1 of 2)TCONS_01503513 1165 cis -TCONS_01503513 1165 cis -TCONS_01503513 1165 cis --TCONS_01503513 1165 cis -

Page 61: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01731535 2636 cis ugt2a5TCONS_01731535 2636 cis TMC6 (2 of 2)TCONS_01731535 2636 cis aspscr1TCONS_01731535 2636 cis NOTUM (2 of 2)TCONS_01731535 2636 cis pycr1aTCONS_01731535 2636 cis MYADML2 (1 of 2)TCONS_00155267 2728 cis slc17a9aTCONS_00155267 2728 cis gid8a (1 of 2)TCONS_00155267 2728 cis NOL4L (2 of 2)TCONS_00155267 2728 cis TRIM47 (62 of 70)TCONS_00155267 2728 cis emilin3aTCONS_00155267 2728 cis ythdf1TCONS_00155267 2728 cis tpd52l2aTCONS_00155267 2728 cis samd10aTCONS_00155267 2728 cis dnajc5aaTCONS_00155267 2728 cis uckl1aTCONS_00155267 2728 cis ppdpfaTCONS_00155267 2728 cis zgc:100920TCONS_00816229 3752 -- --TCONS_01108509 1685 cis rassf3TCONS_01108509 1685 cis prkcqTCONS_01108509 1685 cis --TCONS_01108509 1685 cis gnsaTCONS_01108509 1685 cis sfmbt2TCONS_01108509 1685 cis zgc:194209TCONS_01108509 1685 cis tbc1d30TCONS_02295834 1862 cis ARHGEF37TCONS_01770922 7889 cis -TCONS_01770922 7889 cis --TCONS_01770922 7889 cis CABP7 (1 of 2)TCONS_01770922 7889 cis zgc:112294TCONS_01770922 7889 cis rtn4rTCONS_01770922 7889 cis SCARF2TCONS_02357294 837 cis --TCONS_02357294 837 cis --TCONS_02357294 837 cis -TCONS_02357294 837 cis --TCONS_02357294 837 cis --TCONS_02428762 341 cis -TCONS_02428762 341 cis -TCONS_02388790 1146 cis -TCONS_00151414 598 cis si:dkey-7e14.7TCONS_00151414 598 cis meiobTCONS_00151414 598 cis HS3ST6 (2 of 2)TCONS_00151414 598 cis msrb1bTCONS_00151414 598 cis tom1l2TCONS_00151414 598 cis NEURL2TCONS_00151414 598 cis --TCONS_00151414 598 cis fam20cbTCONS_00151414 598 cis --TCONS_00151414 598 cis atpaf2

Page 62: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00151414 598 cis noxo1bTCONS_00151414 598 cis GID4TCONS_02074080 1389 cis SLITRK4TCONS_00962784 3378 cis klf11aTCONS_00962784 3378 cis -TCONS_00962784 3378 cis cpsf3TCONS_00962784 3378 cis tmem242TCONS_00962784 3378 cis LGALS4 (2 of 2)TCONS_00962784 3378 cis -TCONS_00962784 3378 cis RRM2 (2 of 2)TCONS_00962784 3378 cis LGALS8 (2 of 2)TCONS_00962784 3378 cis asap2bTCONS_00962784 3378 cis zdhhc14TCONS_00962784 3378 cis adam17bTCONS_00962784 3378 cis arid1bTCONS_00962784 3378 cis taf1bTCONS_00962784 3378 cis RRM2 (1 of 2)TCONS_02233642 2215 -- --TCONS_00096704 2004 cis meis1TCONS_00155797 1263 cis kcnk15TCONS_00155797 1263 cis ogfrTCONS_00155797 1263 cis col9a3TCONS_00800533 1595 cis gmppabTCONS_00800533 1595 cis TMBIM1 (1 of 2)TCONS_00800533 1595 cis asic4aTCONS_00800533 1595 cis darsTCONS_00800533 1595 cis pnkdTCONS_02144385 1069 cis -TCONS_02144385 1069 cis --TCONS_02144385 1069 cis --TCONS_02144385 1069 cis --TCONS_02348529 474 cis DTX4 (1 of 2)TCONS_02348529 474 cis OSBP (1 of 2)TCONS_02348529 474 cis ACY3 (1 of 2)TCONS_02348529 474 cis rgs12aTCONS_02348529 474 cis MSANTD1TCONS_02348529 474 cis DOK7 (1 of 2)TCONS_02348529 474 cis CLDND1 (1 of 2)TCONS_02348529 474 cis HGFACTCONS_02348529 474 cis coro1bTCONS_02365042 396 cis -TCONS_02365042 396 cis --TCONS_02365042 396 cis -TCONS_02365042 396 cis -TCONS_02365042 396 cis -TCONS_02365042 396 cis --TCONS_02365042 396 cis -TCONS_02365042 396 cis -TCONS_02365042 396 cis --TCONS_02365042 396 cis -TCONS_02365042 396 cis -

Page 63: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02248247 1427 cis hmgb1aTCONS_02248247 1427 cis -TCONS_02248247 1427 cis ubl3aTCONS_02248247 1427 cis -TCONS_02248247 1427 cis b3galtlbTCONS_02248247 1427 cis uspl1TCONS_02248247 1427 cis alox5apTCONS_00771622 1359 cis SLC6A13 (2 of 2)TCONS_00771622 1359 cis --TCONS_00771622 1359 cis --TCONS_00771622 1359 cis --TCONS_00771622 1359 cis AKR1D1 (2 of 2)TCONS_00771622 1359 cis USP15TCONS_00771622 1359 cis KDM5ATCONS_00317931 4827 cis mef2aaTCONS_00317931 4827 cis mctp2aTCONS_00823695 1050 cis LRFN2TCONS_02411107 7513 cis --TCONS_02411107 7513 cis --TCONS_01707787 12910 cis --TCONS_01707787 12910 cis -TCONS_01707787 12910 cis --TCONS_01707787 12910 cis --TCONS_01707787 12910 cis abcg4bTCONS_01160846 816 cis rab35bTCONS_01160846 816 cis ncaphTCONS_01160846 816 cis gcn1l1TCONS_01160846 816 cis --TCONS_01160846 816 cis vamp5TCONS_01160846 816 cis CCDC64TCONS_00923640 1294 cis B4GALNT2 (4 of 5)TCONS_00923640 1294 cis ighv14-1 (11 of 16)TCONS_00923640 1294 cis -TCONS_00923640 1294 cis nagsTCONS_00923640 1294 cis dlx4aTCONS_00923640 1294 cis -TCONS_01923984 605 cis POGK (2 of 9)TCONS_01923984 605 cis dab2ipbTCONS_01923984 605 cis -TCONS_01923984 605 cis -TCONS_01923984 605 cis cmlc1TCONS_01923984 605 cis ntng2aTCONS_01923984 605 cis --TCONS_01923984 605 cis endogTCONS_01923984 605 cis --TCONS_01923984 605 cis phf19TCONS_01923984 605 cis --TCONS_01923984 605 cis --TCONS_01923984 605 cis ak5lTCONS_01979542 1215 cis pdia2TCONS_01979542 1215 cis RBBP6 (1 of 2)

Page 64: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01979542 1215 cis PDILTTCONS_01979542 1215 cis SYNGR3 (1 of 2)TCONS_01979542 1215 cis tlr19TCONS_01979542 1215 cis cacna1hbTCONS_01060540 5542 cis EBF4TCONS_00786584 1372 cis pcdh19TCONS_01769957 1917 cis hspb8TCONS_01769957 1917 cis SRRM4TCONS_01769957 1917 cis znrf3TCONS_01769957 1917 cis xbp1TCONS_01769957 1917 cis HSPB3 (1 of 2)TCONS_01769957 1917 cis COQ5TCONS_01769957 1917 cis kremen1TCONS_00286915 3561 cis efna5aTCONS_00938699 4495 cis -TCONS_00938699 4495 cis --TCONS_01977949 1556 cis robo2TCONS_01977949 1556 cis robo1TCONS_00756155 2060 cis --TCONS_00756155 2060 cis st8sia1TCONS_00756155 2060 cis --TCONS_00756155 2060 cis --TCONS_00756155 2060 cis --TCONS_00756155 2060 cis iqsec3aTCONS_00756155 2060 cis tnni1dTCONS_00770969 1268 cis sox5TCONS_02429566 1632 -- --TCONS_00860446 1765 -- --TCONS_01178626 1022 cis commd2TCONS_01178626 1022 cis TRAPPC8TCONS_01178626 1022 cis -TCONS_01178626 1022 cis -TCONS_01058171 6881 cis EBF4TCONS_00271600 1228 cis arrdc1bTCONS_00271600 1228 cis glulcTCONS_00271600 1228 cis MAMDC4TCONS_00271600 1228 cis slc31a2TCONS_00271600 1228 cis phpt1TCONS_00271600 1228 cis stxbp1aTCONS_00271600 1228 cis AKNATCONS_00271600 1228 cis fam129baTCONS_02030101 945 cis haghTCONS_02030101 945 cis fahd1TCONS_02030101 945 cis --TCONS_02030101 945 cis HS3ST6 (1 of 2)TCONS_02030101 945 cis --TCONS_02030101 945 cis ndufb10TCONS_02030101 945 cis -TCONS_02030101 945 cis RPL3LTCONS_02030101 945 cis GCNT1 (4 of 4)TCONS_02030101 945 cis MSRB1 (1 of 2)

Page 65: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02175485 1532 cis --TCONS_02175485 1532 cis --TCONS_02175485 1532 cis --TCONS_02175485 1532 cis patl1TCONS_02175485 1532 cis pycard (3 of 3)TCONS_02175485 1532 cis wu:fc75a09TCONS_02175485 1532 cis --TCONS_02175485 1532 cis -TCONS_02175485 1532 cis --TCONS_01570791 849 cis PPP3CATCONS_01570791 849 cis tmem151aTCONS_01570791 849 cis DDIT4LTCONS_01570791 849 cis BANK1TCONS_01570791 849 cis --TCONS_01570791 849 cis --TCONS_01570791 849 cis SPAG17TCONS_01206057 4532 cis --TCONS_01206057 4532 cis col4a3TCONS_01206057 4532 cis --TCONS_01206057 4532 cis ANO7TCONS_01206057 4532 cis --TCONS_01206057 4532 cis -TCONS_01206057 4532 cis sst1.1TCONS_01206057 4532 cis eif4hTCONS_01206057 4532 cis ECE2TCONS_02346852 1955 cis -TCONS_00846874 9509 cis SLC5A7 (1 of 2)TCONS_00846874 9509 cis arl6TCONS_00846874 9509 cis lmo7bTCONS_00846874 9509 cis --TCONS_00846874 9509 cis kctd12.2TCONS_00846874 9509 cis epha6TCONS_00846879 1142 cis --TCONS_00846879 1142 cis lmo7bTCONS_00846879 1142 cis kctd12.2TCONS_00846879 1142 cis arl6TCONS_00846879 1142 cis SLC5A7 (1 of 2)TCONS_00846879 1142 cis epha6TCONS_02208438 2243 cis tmem187TCONS_02208438 2243 cis -TCONS_02208438 2243 cis --TCONS_02208438 2243 cis pplTCONS_02208438 2243 cis glyr1TCONS_02208438 2243 cis si:dkeyp-72e1.9TCONS_01197496 1178 cis --TCONS_01197496 1178 cis -TCONS_01197496 1178 cis ACTN4TCONS_01197496 1178 cis --TCONS_01197496 1178 cis --TCONS_01616403 977 cis --TCONS_01616403 977 cis --

Page 66: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01616403 977 cis -TCONS_01122127 6553 cis hoxc8aTCONS_01122127 6553 cis hoxc12bTCONS_01122127 6553 cis hoxc11aTCONS_01122127 6553 cis hoxc9aTCONS_01122127 6553 cis FAIM2 (1 of 2)TCONS_01122127 6553 cis SENP1TCONS_01122127 6553 cis calcoco1aTCONS_01122127 6553 cis mfsd5TCONS_01122127 6553 cis hoxc10aTCONS_01122127 6553 cis rbms2bTCONS_01122127 6553 cis RARG (1 of 2)TCONS_01122127 6553 cis nr1d4aTCONS_01122127 6553 cis hoxc13aTCONS_02036356 4279 cis snrnp48TCONS_02036356 4279 cis wdr73TCONS_02036356 4279 cis --TCONS_02036356 4279 cis plekhf2TCONS_02036356 4279 cis --TCONS_02036356 4279 cis zgc:113232TCONS_02036356 4279 cis -TCONS_02036356 4279 cis C8orf37TCONS_02036356 4279 cis si:ch211-149p10.2TCONS_02546325 952 -- --TCONS_01415087 5261 cis grik4TCONS_01540486 2333 cis -TCONS_01540486 2333 cis --TCONS_01540486 2333 cis -TCONS_01540486 2333 cis pcdh7aTCONS_00209451 1629 cis KLHL34TCONS_00209451 1629 cis MAP3K15TCONS_00209451 1629 cis cnksr2aTCONS_00209451 1629 cis -TCONS_00209451 1629 cis smpxTCONS_00209451 1629 cis zgc:195195TCONS_00209451 1629 cis sh3kbp1TCONS_00543962 680 cis -TCONS_00543962 680 cis gna11bTCONS_00543962 680 cis --TCONS_00543962 680 cis pdcd10bTCONS_00543962 680 cis TPGS1TCONS_00543962 680 cis -TCONS_00543962 680 cis ISYNA1TCONS_00543962 680 cis --TCONS_00543962 680 cis si:ch73-211l2.1TCONS_01642112 3499 cis SLC35F4TCONS_01642112 3499 cis exoc5TCONS_01642112 3499 cis tmem260TCONS_01642112 3499 cis msh4TCONS_01642112 3499 cis ktn1TCONS_01642112 3499 cis aspg

Page 67: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01642112 3499 cis OTX2 (2 of 2)TCONS_01642112 3499 cis peli2TCONS_01642112 3499 cis vcpkmtTCONS_01642112 3499 cis ap5m1TCONS_01642112 3499 cis arf6bTCONS_01967223 610 cis -TCONS_01967223 610 cis --TCONS_01007526 1145 cis nedd9TCONS_01007526 1145 cis -TCONS_01007526 1145 cis oscp1aTCONS_01007526 1145 cis -TCONS_01007526 1145 cis -TCONS_01007526 1145 cis lsm10TCONS_01007526 1145 cis --TCONS_01007526 1145 cis eva1bbTCONS_00221852 1783 cis megf10TCONS_00221852 1783 cis CHD1TCONS_00221852 1783 cis nfil3TCONS_00221852 1783 cis sykTCONS_00221852 1783 cis ror2TCONS_00221852 1783 cis auh (2 of 2)TCONS_00221852 1783 cis chsy3TCONS_00221852 1783 cis sptlc1TCONS_01061380 2359 -- --TCONS_00899138 760 cis -TCONS_00899138 760 cis --TCONS_00899138 760 cis -TCONS_00899138 760 cis --TCONS_00708870 421 cis sfswapTCONS_00708870 421 cis TRABD2ATCONS_02365659 1275 cis --TCONS_02365659 1275 cis -TCONS_02365659 1275 cis --TCONS_02365659 1275 cis -TCONS_02365659 1275 cis -TCONS_02365659 1275 cis -TCONS_02365659 1275 cis -TCONS_02365659 1275 cis --TCONS_02365659 1275 cis -TCONS_02365659 1275 cis -TCONS_01968314 3616 cis --TCONS_01968314 3616 cis -TCONS_01968314 3616 cis hspa5 (5 of 7)TCONS_01968314 3616 cis --TCONS_01968314 3616 cis NLRP6 (33 of 51)TCONS_01968314 3616 cis hspa5 (6 of 7)TCONS_02529736 2726 cis --TCONS_01769208 2018 cis --TCONS_01769208 2018 cis --TCONS_01769208 2018 cis CD22 (3 of 10)TCONS_01769208 2018 cis --

Page 68: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01778057 3401 cis lonrf1lTCONS_01778057 3401 cis cabp4TCONS_01778057 3401 cis spock3TCONS_01778057 3401 cis slc44a1aTCONS_01778057 3401 cis DLC1TCONS_01778057 3401 cis doc2dTCONS_01778057 3401 cis UGT8TCONS_00215575 917 cis --TCONS_00215575 917 cis PSMB10TCONS_00215575 917 cis nrg1TCONS_00215575 917 cis il6stTCONS_00215575 917 cis YTHDC2TCONS_00215575 917 cis --TCONS_00215575 917 cis purgTCONS_00215575 917 cis slc38a9TCONS_00636676 4017 cis -TCONS_00636676 4017 cis --TCONS_00636676 4017 cis --TCONS_00636676 4017 cis --TCONS_00636676 4017 cis --TCONS_01679573 323 cis --TCONS_00680817 809 cis nlgn1TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis --TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01881819 847 cis -TCONS_01919335 4869 cis --TCONS_01919335 4869 cis -TCONS_01919335 4869 cis --TCONS_01919335 4869 cis --TCONS_01919335 4869 cis -TCONS_01919335 4869 cis --TCONS_01919335 4869 cis cx44.1TCONS_01919335 4869 cis --TCONS_01919335 4869 cis -TCONS_01919335 4869 cis cx45.6TCONS_00871520 867 cis --TCONS_00871520 867 cis st14b (2 of 2)TCONS_00871520 867 cis --TCONS_00871520 867 cis --TCONS_00871520 867 cis --TCONS_00871520 867 cis st14b (1 of 2)TCONS_00871520 867 cis --TCONS_00871520 867 cis --

Page 69: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00871520 867 cis --TCONS_00871520 867 cis --TCONS_01988288 575 cis --TCONS_01988288 575 cis mcm9TCONS_01988288 575 cis cep85lTCONS_01988288 575 cis --TCONS_01988288 575 cis cx43TCONS_01988288 575 cis -TCONS_00756642 2951 cis --TCONS_00756642 2951 cis fam3cTCONS_00756642 2951 cis impdh1bTCONS_00756642 2951 cis btg1TCONS_00756642 2951 cis -TCONS_00756642 2951 cis LEPBTCONS_00756642 2951 cis --TCONS_00756642 2951 cis si:dkey-5i3.5 (1 of 2)TCONS_01419489 1491 cis -TCONS_01419489 1491 cis --TCONS_01419489 1491 cis efna1bTCONS_01419489 1491 cis TRIM46 (1 of 2)TCONS_01419489 1491 cis EFNA4TCONS_01419489 1491 cis S100A9TCONS_01419489 1491 cis ddx54TCONS_01419489 1491 cis slc50a1TCONS_02254738 1711 cis --TCONS_02254738 1711 cis KSR1 (2 of 2)TCONS_02254738 1711 cis wsb1TCONS_02254738 1711 cis lgals9l1TCONS_02474444 3568 cis -TCONS_02474444 3568 cis --TCONS_01371166 6588 cis -TCONS_01371166 6588 cis --TCONS_01371166 6588 cis dock11TCONS_01371166 6588 cis TIFA (2 of 2)TCONS_01371166 6588 cis -TCONS_01371166 6588 cis --TCONS_01371166 6588 cis rbm4.3 (2 of 2)TCONS_01371166 6588 cis --TCONS_01371166 6588 cis --TCONS_01371166 6588 cis rbm4.3 (1 of 2)TCONS_01371166 6588 cis TIFA (1 of 2)TCONS_01371166 6588 cis -TCONS_01371166 6588 cis fxr2TCONS_01371166 6588 cis haus4TCONS_01371166 6588 cis --TCONS_02402151 2343 cis -TCONS_02402151 2343 cis --TCONS_02402151 2343 cis -TCONS_02402151 2343 cis --TCONS_02402151 2343 cis -TCONS_02402151 2343 cis -

Page 70: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00938981 1161 cis stk35lTCONS_00938981 1161 cis fhitTCONS_00938981 1161 cis --TCONS_00938981 1161 cis elf3TCONS_00938981 1161 cis --TCONS_00938981 1161 cis helz2TCONS_01395983 989 cis CDPF1TCONS_01395983 989 cis -TCONS_01395983 989 cis trim24TCONS_01395983 989 cis pparaaTCONS_01395983 989 cis atxn10TCONS_01395983 989 cis wnt7baTCONS_00681926 1427 cis agxtaTCONS_00681926 1427 cis hdlbpaTCONS_00681926 1427 cis zgc:103559TCONS_00681926 1427 cis atg4bTCONS_00681926 1427 cis bokaTCONS_00681926 1427 cis SOX14TCONS_00681926 1427 cis farp2TCONS_00681926 1427 cis hs2st1bTCONS_00681926 1427 cis CLDN18 (2 of 2)TCONS_00681926 1427 cis dtymkTCONS_00681927 1877 cis agxtaTCONS_00681927 1877 cis hdlbpaTCONS_00681927 1877 cis zgc:103559TCONS_00681927 1877 cis atg4bTCONS_00681927 1877 cis bokaTCONS_00681927 1877 cis SOX14TCONS_00681927 1877 cis farp2TCONS_00681927 1877 cis hs2st1bTCONS_00681927 1877 cis CLDN18 (2 of 2)TCONS_00681927 1877 cis dtymkTCONS_01008152 1561 cis si:ch211-195b13.1TCONS_01008152 1561 cis eya3TCONS_01008152 1561 cis --TCONS_01008152 1561 cis MYO1GTCONS_01008152 1561 cis --TCONS_01008152 1561 cis si:ch211-110e4.2 (3 of 5)TCONS_01826182 545 cis --TCONS_01826182 545 cis --TCONS_01826182 545 cis --TCONS_01826182 545 cis -TCONS_01826182 545 cis --TCONS_01826182 545 cis TRIM47 (26 of 70)TCONS_01948879 898 cis si:ch211-71k24.5TCONS_01948879 898 cis HTR7TCONS_01948879 898 cis ankrd1aTCONS_01948879 898 cis -TCONS_01197724 807 cis --TCONS_01197724 807 cis ANO7TCONS_01197724 807 cis RFFL

Page 71: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01197724 807 cis -TCONS_01197724 807 cis --TCONS_01197724 807 cis ECE2TCONS_01197724 807 cis eif4hTCONS_01197724 807 cis sst1.1TCONS_00001325 3956 -- --TCONS_02407604 3475 cis -TCONS_02407604 3475 cis --TCONS_02407604 3475 cis --TCONS_02407604 3475 cis --TCONS_02407604 3475 cis f3bTCONS_02313303 775 cis --TCONS_02313303 775 cis si:ch211-3o3.9TCONS_02313303 775 cis -TCONS_02313303 775 cis mstnbTCONS_02313303 775 cis pms1TCONS_02313303 775 cis hibchTCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis bco2b (1 of 2)TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis sorl1TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_01706473 1323 cis --TCONS_02040713 600 cis abcg2aTCONS_02040713 600 cis --TCONS_02040713 600 cis TXKTCONS_02040713 600 cis tecTCONS_02040713 600 cis -TCONS_02040713 600 cis -TCONS_02040713 600 cis CDKL2TCONS_02040713 600 cis -TCONS_02040713 600 cis rnf150bTCONS_01677022 2946 cis --TCONS_01677022 2946 cis --TCONS_01677022 2946 cis rpl38TCONS_01677022 2946 cis --TCONS_01677022 2946 cis ttyh2TCONS_02420679 977 cis --TCONS_02420679 977 cis --TCONS_01558780 2101 cis bcl11aaTCONS_01558780 2101 cis -TCONS_02290067 1976 cis limk1a

Page 72: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02290067 1976 cis SEPT4 (1 of 2)TCONS_02290067 1976 cis --TCONS_02290067 1976 cis --TCONS_01960144 1788 cis si:ch73-78o10.1TCONS_01960144 1788 cis c1ql3aTCONS_01419664 4589 cis dgat1bTCONS_01419664 4589 cis DENND3 (2 of 2)TCONS_01419664 4589 cis GPR20 (2 of 2)TCONS_01419664 4589 cis ATP4ATCONS_01419664 4589 cis tbrg4TCONS_01419664 4589 cis slc45a4TCONS_02057929 1309 cis --TCONS_02057929 1309 cis -TCONS_02057929 1309 cis -TCONS_02057929 1309 cis --TCONS_02057929 1309 cis -TCONS_02057929 1309 cis --TCONS_01607059 2432 cis grin2daTCONS_01607059 2432 cis --TCONS_01834189 932 cis SONTCONS_01834189 932 cis gtf3c3TCONS_01834189 932 cis HECW2 (1 of 2)TCONS_01834189 932 cis -TCONS_02187239 2533 cis TRHDETCONS_00369325 2765 cis SLITRK1TCONS_00369325 2765 cis --TCONS_00954077 3584 cis --TCONS_02551685 1007 cis --TCONS_02551685 1007 cis --TCONS_02551685 1007 cis --TCONS_00718680 2327 cis DMRT2TCONS_00718680 2327 cis dmrt3aTCONS_00718680 2327 cis adamts3TCONS_00718680 2327 cis smarca2TCONS_02453809 962 cis vegfcTCONS_02476351 605 cis -TCONS_02476351 605 cis -TCONS_02476351 605 cis --TCONS_02476351 605 cis hydin (2 of 2)TCONS_00769867 420 cis --TCONS_00769867 420 cis --TCONS_00769867 420 cis SLC16A7TCONS_00769867 420 cis -TCONS_00769867 420 cis -TCONS_00769867 420 cis FAM19A2TCONS_01921953 822 cis --TCONS_01921953 822 cis endogTCONS_01921953 822 cis med27TCONS_01921953 822 cis --TCONS_01921953 822 cis ntng2aTCONS_01921953 822 cis fnbp1

Page 73: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01921953 822 cis --TCONS_01921953 822 cis --TCONS_01921953 822 cis --TCONS_01921952 1009 cis --TCONS_01921952 1009 cis endogTCONS_01921952 1009 cis med27TCONS_01921952 1009 cis --TCONS_01921952 1009 cis ntng2aTCONS_01921952 1009 cis fnbp1TCONS_01921952 1009 cis --TCONS_01921952 1009 cis --TCONS_01921952 1009 cis --TCONS_02423837 1924 cis --TCONS_02423837 1924 cis -TCONS_02423837 1924 cis --TCONS_02423837 1924 cis --TCONS_02423837 1924 cis -TCONS_02423837 1924 cis --TCONS_02423837 1924 cis --TCONS_02423837 1924 cis PGBD4 (2 of 8)TCONS_02423837 1924 cis -TCONS_02423837 1924 cis --TCONS_02371222 3905 cis mogat3aTCONS_02371222 3905 cis --TCONS_00124212 2447 cis fam20cbTCONS_00124212 2447 cis --TCONS_00124212 2447 cis atpaf2TCONS_00124212 2447 cis noxo1bTCONS_00124212 2447 cis GID4TCONS_00124212 2447 cis si:dkey-7e14.7TCONS_00124212 2447 cis HS3ST6 (2 of 2)TCONS_00124212 2447 cis msrb1bTCONS_00124212 2447 cis tom1l2TCONS_00124212 2447 cis NEURL2TCONS_00124212 2447 cis --TCONS_01579908 3654 cis MEF2D (2 of 2)TCONS_01579908 3654 cis ZNF576 (2 of 2)TCONS_01579908 3654 cis ndufv1TCONS_01579908 3654 cis --TCONS_01579908 3654 cis pip5k1aaTCONS_01579908 3654 cis RPS19 (2 of 2)TCONS_01579908 3654 cis --TCONS_01579908 3654 cis -TCONS_01579908 3654 cis hcn3TCONS_01579908 3654 cis kmt2baTCONS_01579908 3654 cis tmem79aTCONS_01494783 1740 -- --TCONS_01869487 672 cis GBF1TCONS_01869487 672 cis h2afy2TCONS_00018935 2450 cis pop4TCONS_00018935 2450 cis tpcn2

Page 74: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00018935 2450 cis ccdc102aTCONS_00018935 2450 cis nadsyn1TCONS_00018935 2450 cis DOK4TCONS_00018935 2450 cis plekhf1 (1 of 2)TCONS_01290916 1402 cis nfybaTCONS_01290916 1402 cis aldh1l2TCONS_01290916 1402 cis slc41a2bTCONS_01290916 1402 cis C12orf45TCONS_01290916 1402 cis chst11TCONS_01475680 3980 cis spryd7bTCONS_01475680 3980 cis mcf2lbTCONS_01475680 3980 cis il1rapl1aTCONS_01475680 3980 cis CXorf21TCONS_01475680 3980 cis rcbtb1 (1 of 2)TCONS_01475680 3980 cis phf11TCONS_01475680 3980 cis kpna3TCONS_01475680 3980 cis rnaseh2bTCONS_01475680 3980 cis NR0B1ATCONS_01475680 3980 cis trim13TCONS_02238493 2126 cis commd8TCONS_02238493 2126 cis gnpda2TCONS_02238493 2126 cis --TCONS_02238493 2126 cis GABRG1TCONS_02238493 2126 cis rrhTCONS_02238493 2126 cis zgc:113210 (2 of 5)TCONS_02238493 2126 cis --TCONS_02238493 2126 cis enpepTCONS_02238493 2126 cis --TCONS_02238493 2126 cis atp10dTCONS_02238493 2126 cis --TCONS_01175612 2009 cis PHF21BTCONS_01175612 2009 cis ARHGAP8TCONS_01175612 2009 cis -TCONS_01175612 2009 cis KCNA1 (1 of 2)TCONS_01930510 4649 cis --TCONS_01930510 4649 cis --TCONS_01930510 4649 cis --TCONS_01930510 4649 cis IL4I1 (3 of 6)TCONS_01930510 4649 cis --TCONS_00420887 832 -- --TCONS_01918165 2009 cis --TCONS_01918165 2009 cis -TCONS_01918165 2009 cis --TCONS_01918165 2009 cis --TCONS_01918165 2009 cis -TCONS_01918165 2009 cis --TCONS_01918165 2009 cis cx44.1TCONS_01918165 2009 cis --TCONS_01918165 2009 cis -TCONS_01918165 2009 cis cx45.6TCONS_01052485 1224 cis -

Page 75: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01862224 3171 cis NLRP6 (41 of 51)TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02495554 6495 cis --TCONS_02026825 559 cis chdTCONS_02026825 559 cis -TCONS_02026825 559 cis zgc:153039TCONS_02026825 559 cis CLCN2 (2 of 3)TCONS_02026825 559 cis --TCONS_02451535 463 cis -TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis -TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis -TCONS_02194033 2466 cis -TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_02194033 2466 cis --TCONS_00107767 1872 cis --TCONS_00107767 1872 cis meis1TCONS_00666224 917 cis -TCONS_00666224 917 cis --TCONS_00666224 917 cis -TCONS_00666224 917 cis -TCONS_00666224 917 cis -TCONS_00666224 917 cis -TCONS_01968681 237 cis -TCONS_01968681 237 cis -TCONS_02451390 1835 cis zgc:172131 (12 of 13)TCONS_02451390 1835 cis --TCONS_02451390 1835 cis zgc:113625 (1 of 13)TCONS_02474329 397 cis --TCONS_02474329 397 cis -TCONS_01621528 768 cis -TCONS_01621528 768 cis -TCONS_01621528 768 cis -TCONS_01621528 768 cis si:ch211-202h22.9TCONS_01621528 768 cis -TCONS_01621528 768 cis si:ch211-193k19.2

Page 76: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01621528 768 cis spag9aTCONS_01621528 768 cis tob1aTCONS_01380033 3508 cis inpp5bTCONS_01380033 3508 cis smpdl3bTCONS_01380033 3508 cis MANEAL (2 of 2)TCONS_01380033 3508 cis ppp1r8bTCONS_01380033 3508 cis yrdcTCONS_01380033 3508 cis rpa2TCONS_01380033 3508 cis LIN28ATCONS_01380033 3508 cis mtf1TCONS_01380033 3508 cis zc3h12aTCONS_01380033 3508 cis mecrTCONS_01380033 3508 cis themis2TCONS_01380033 3508 cis cyp4t8TCONS_02525385 3627 -- --TCONS_01687365 3113 cis -TCONS_01687365 3113 cis lig3TCONS_01687365 3113 cis rad51dTCONS_01687365 3113 cis tmem248TCONS_00631273 1642 cis mroh1TCONS_00631273 1642 cis tmem147TCONS_00631273 1642 cis cckTCONS_00631273 1642 cis --TCONS_00631273 1642 cis sult2st3TCONS_00631273 1642 cis -TCONS_00631273 1642 cis gapdhsTCONS_00631273 1642 cis --TCONS_00631273 1642 cis si:dkey-77d17.6TCONS_01637300 2282 cis ankrd34baTCONS_01637300 2282 cis marveld2aTCONS_01637300 2282 cis brapTCONS_01637300 2282 cis RASGRF2 (1 of 2)TCONS_01637300 2282 cis col6a1 (1 of 2)TCONS_01637300 2282 cis naa25TCONS_01637300 2282 cis -TCONS_01637300 2282 cis slc25a1bTCONS_01637300 2282 cis VDAC3 (1 of 2)TCONS_01637300 2282 cis TOR4ATCONS_01637300 2282 cis pi4kaaTCONS_01637300 2282 cis oclnaTCONS_01566419 4745 cis jak1TCONS_01566419 4745 cis ak4TCONS_01566419 4745 cis dnajc6TCONS_01566419 4745 cis raver2TCONS_02117838 755 cis tmeff1b (2 of 2)TCONS_02117838 755 cis nub1TCONS_02117838 755 cis eci2TCONS_02117838 755 cis -TCONS_02117838 755 cis murcbTCONS_02117838 755 cis inhbaaTCONS_02117838 755 cis crygn2

Page 77: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01111325 3400 cis celf2TCONS_01111325 3400 cis --TCONS_01111325 3400 cis usp6nlTCONS_00012899 381 -- --TCONS_02138286 5032 cis cntnap5aTCONS_02138286 5032 cis ndufa10TCONS_02138286 5032 cis ahr1bTCONS_02138286 5032 cis ahr2 (1 of 2)TCONS_02138286 5032 cis --TCONS_01373497 7383 cis ROBO2 (1 of 2)TCONS_01373497 7383 cis ROBO1 (1 of 2)TCONS_00015606 807 cis tppp3TCONS_00015606 807 cis -TCONS_00015606 807 cis ctrb1TCONS_00015606 807 cis agrpTCONS_00015606 807 cis ZDHHC1TCONS_00015606 807 cis zgc:112160TCONS_00015606 807 cis trpm1aTCONS_00015606 807 cis VPS13CTCONS_02467260 1042 cis si:dkey-13n15.2TCONS_02467260 1042 cis camk2b1TCONS_02328992 1499 cis --TCONS_02328992 1499 cis --TCONS_02328992 1499 cis --TCONS_02328992 1499 cis --TCONS_02328992 1499 cis --TCONS_00784077 433 cis --TCONS_00784077 433 cis --TCONS_00784077 433 cis slc30a9TCONS_00784077 433 cis gsrTCONS_00784077 433 cis hs3st1TCONS_00784077 433 cis --TCONS_00784077 433 cis --TCONS_00784077 433 cis --TCONS_00784077 433 cis grxcr1TCONS_00784077 433 cis atp8a1TCONS_00784077 433 cis -TCONS_00784077 433 cis --TCONS_02239199 3936 cis --TCONS_02239199 3936 cis --TCONS_02239199 3936 cis --TCONS_02239199 3936 cis --TCONS_00191451 9228 cis CDH12 (2 of 2)TCONS_02513559 554 cis -TCONS_02513559 554 cis --TCONS_02513559 554 cis --TCONS_02513557 989 cis -TCONS_02513557 989 cis --TCONS_02513557 989 cis --TCONS_00187622 827 cis kbtbd2TCONS_00187622 827 cis tnfsf10 (2 of 2)

Page 78: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00187622 827 cis emc9TCONS_00187622 827 cis psme2TCONS_00187622 827 cis --TCONS_00187622 827 cis irf9TCONS_00187622 827 cis msl2a (2 of 2)TCONS_00187622 827 cis -TCONS_00187622 827 cis nceh1bTCONS_00187622 827 cis --TCONS_00187622 827 cis -TCONS_00187622 827 cis avl9TCONS_00187620 1268 cis irf9TCONS_00187620 1268 cis --TCONS_00187620 1268 cis psme2TCONS_00187620 1268 cis emc9TCONS_00187620 1268 cis tnfsf10 (2 of 2)TCONS_00187620 1268 cis kbtbd2TCONS_00187620 1268 cis avl9TCONS_00187620 1268 cis -TCONS_00187620 1268 cis --TCONS_00187620 1268 cis --TCONS_00187620 1268 cis -TCONS_00187620 1268 cis nceh1bTCONS_00187620 1268 cis msl2a (2 of 2)TCONS_01196906 2592 cis IWS1TCONS_01196906 2592 cis PARL (1 of 2)TCONS_01196906 2592 cis --TCONS_01196906 2592 cis chp2TCONS_01196906 2592 cis wdr74TCONS_01196906 2592 cis gmncTCONS_01196906 2592 cis mb21d2aTCONS_01196906 2592 cis fgf12bTCONS_01196906 2592 cis --TCONS_01196906 2592 cis IL1RAPTCONS_00718180 5593 cis antxr2aTCONS_02495374 5023 cis --TCONS_02495374 5023 cis --TCONS_02495374 5023 cis lamb4TCONS_02495374 5023 cis LAMB1 (1 of 2)TCONS_00685273 1134 cis --TCONS_00685273 1134 cis --TCONS_00685273 1134 cis -TCONS_00685273 1134 cis --TCONS_00685273 1134 cis TNFRSF14 (7 of 7)TCONS_00685273 1134 cis --TCONS_00685273 1134 cis --TCONS_00685273 1134 cis TNFRSF14 (6 of 7)TCONS_01419490 1589 cis -TCONS_01419490 1589 cis --TCONS_01419490 1589 cis efna1bTCONS_01419490 1589 cis TRIM46 (1 of 2)TCONS_01419490 1589 cis EFNA4

Page 79: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01419490 1589 cis S100A9TCONS_01419490 1589 cis ddx54TCONS_01419490 1589 cis slc50a1TCONS_00268545 903 cis ppp2r4TCONS_00268545 903 cis lrsam1TCONS_00268545 903 cis cdk9TCONS_00268545 903 cis ier5l (2 of 2)TCONS_00268545 903 cis ndor1TCONS_00268545 903 cis crata (4 of 4)TCONS_00268545 903 cis lmo4aTCONS_00268545 903 cis ntmt1TCONS_00268545 903 cis fpgsTCONS_02337962 5275 cis -TCONS_02337962 5275 cis --TCONS_02337962 5275 cis -TCONS_01699811 696 cis b3galt2TCONS_01699811 696 cis si:ch211-117l17.6TCONS_01699811 696 cis glrx2TCONS_01699811 696 cis rgs2TCONS_01699811 696 cis si:ch211-117l17.5TCONS_01699811 696 cis uchl5TCONS_00636407 856 cis CTPS1 (1 of 2)TCONS_00636407 856 cis cited4aTCONS_00636407 856 cis gmeb1TCONS_00636407 856 cis --TCONS_00363641 3343 cis oxgr1bTCONS_00363641 3343 cis klhl41bTCONS_00363641 3343 cis COL28A1 (3 of 3)TCONS_00363641 3343 cis -TCONS_00363641 3343 cis abcc4 (2 of 3)TCONS_00363641 3343 cis -TCONS_00363641 3343 cis dzip1TCONS_00363641 3343 cis cldn10aTCONS_00363641 3343 cis hs6st3aTCONS_01052529 841 cis -TCONS_02444683 1300 cis -TCONS_02444683 1300 cis -TCONS_02444683 1300 cis --TCONS_02444683 1300 cis --TCONS_02510503 2806 cis pdcd7TCONS_02510503 2806 cis --TCONS_02510503 2806 cis uqcrfs1TCONS_02510503 2806 cis mtfmtTCONS_02510503 2806 cis --TCONS_02510503 2806 cis KBTBD13 (2 of 2)TCONS_02510503 2806 cis --TCONS_02510503 2806 cis --TCONS_02523443 1289 -- --TCONS_00774700 1872 cis ryroxd1TCONS_00774700 1872 cis etnk1TCONS_00774700 1872 cis slco1d1

Page 80: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00774700 1872 cis sox5TCONS_00774700 1872 cis IAPPTCONS_02410437 708 cis taf9TCONS_02410437 708 cis -TCONS_02410437 708 cis rbmx2TCONS_02410437 708 cis ap4m1TCONS_02410437 708 cis -TCONS_02410437 708 cis -TCONS_02410437 708 cis arrb2aTCONS_02410437 708 cis -TCONS_02410437 708 cis cdx1bTCONS_02370234 2018 cis hmgb2bTCONS_02370234 2018 cis -TCONS_02370234 2018 cis -TCONS_00963193 1635 cis zfand3TCONS_00963193 1635 cis galnt14TCONS_00963193 1635 cis btbd9TCONS_01891667 1174 cis mapk9TCONS_01891667 1174 cis gfpt2TCONS_01891667 1174 cis --TCONS_01891667 1174 cis si:dkeyp-72g9.4TCONS_01891667 1174 cis ADAMTS2 (1 of 2)TCONS_01891667 1174 cis KIAA1191 (1 of 2)TCONS_00935093 516 cis --TCONS_00935093 516 cis fezf2TCONS_00935093 516 cis --TCONS_00935093 516 cis --TCONS_00636185 1437 cis -TCONS_00636185 1437 cis --TCONS_00636185 1437 cis -TCONS_00636185 1437 cis --TCONS_00054299 6520 cis amotl2bTCONS_00054299 6520 cis -TCONS_02001209 1583 cis aifm1TCONS_02001209 1583 cis nufip2TCONS_02001209 1583 cis MSN (1 of 2)TCONS_02001209 1583 cis msi2a (2 of 2)TCONS_02001209 1583 cis -TCONS_02001209 1583 cis amer1TCONS_02001209 1583 cis glra4bTCONS_02001209 1583 cis zc3h12bTCONS_02001209 1583 cis GAB3TCONS_02510050 384 cis --TCONS_02510050 384 cis -TCONS_02510050 384 cis -TCONS_02510050 384 cis --TCONS_02510050 384 cis --TCONS_02510050 384 cis --TCONS_02510050 384 cis --TCONS_00012872 538 -- --TCONS_01873921 242 cis --

Page 81: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01873921 242 cis -TCONS_01873921 242 cis RNF135 (3 of 3)TCONS_01873921 242 cis --TCONS_01873921 242 cis --TCONS_01873921 242 cis -TCONS_00757351 793 cis gpr37bTCONS_00478907 2305 cis syt7bTCONS_00478907 2305 cis daglaTCONS_00478907 2305 cis alx4aTCONS_00478907 2305 cis --TCONS_00478907 2305 cis ext2TCONS_00478907 2305 cis sdhaf2TCONS_00478907 2305 cis CPSF7TCONS_01766987 1450 cis --TCONS_01766987 1450 cis CD22 (2 of 10)TCONS_01766987 1450 cis --TCONS_01766987 1450 cis --TCONS_02537767 725 cis -TCONS_01031839 3136 cis --TCONS_01031839 3136 cis sdr39u1TCONS_01031839 3136 cis zgc:66427TCONS_01031839 3136 cis si:ch211-284o19.8TCONS_01031839 3136 cis --TCONS_01031839 3136 cis mettl17TCONS_01031839 3136 cis --TCONS_01031839 3136 cis si:dkeyp-66d1.2TCONS_01031839 3136 cis apol1TCONS_01031839 3136 cis parp2TCONS_00460726 2355 cis cacnb1TCONS_00460726 2355 cis arhgap23aTCONS_00460726 2355 cis arl5cTCONS_00460726 2355 cis PLXDC1 (1 of 2)TCONS_00460726 2355 cis lasp1TCONS_00460726 2355 cis plcd3aTCONS_00460726 2355 cis hexim1TCONS_02271590 905 -- --TCONS_01886257 8419 cis ARSBTCONS_01886257 8419 cis lhfpl2aTCONS_01886257 8419 cis SCAMP1 (2 of 2)TCONS_01759088 1241 cis ATP6V0C (1 of 2)TCONS_01759088 1241 cis ypel3TCONS_01759088 1241 cis cramp1lTCONS_01759088 1241 cis mrps34TCONS_01759088 1241 cis gdpd3bTCONS_01759088 1241 cis mapk8ip3TCONS_01759088 1241 cis tufmTCONS_01759088 1241 cis -TCONS_01759088 1241 cis spsb3aTCONS_01759088 1241 cis hn1lTCONS_01759088 1241 cis nme3TCONS_01759088 1241 cis tmem11

Page 82: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01759088 1241 cis NATD1TCONS_01759088 1241 cis --TCONS_01759088 1241 cis dhrs7bTCONS_02073486 1921 -- --TCONS_01328629 970 cis SDK2 (1 of 2)TCONS_01328629 970 cis baiap2aTCONS_01328629 970 cis CHMP6 (1 of 2)TCONS_01328629 970 cis aatkbTCONS_01328629 970 cis ttyh2lTCONS_02499144 2405 cis --TCONS_02499144 2405 cis --TCONS_02499144 2405 cis --TCONS_02499144 2405 cis --TCONS_02186374 3755 cis -TCONS_02186374 3755 cis --TCONS_02186374 3755 cis --TCONS_02186374 3755 cis --TCONS_02186374 3755 cis --TCONS_02186374 3755 cis --TCONS_00415141 1249 cis crbnTCONS_00415141 1249 cis pa2g4aTCONS_00415141 1249 cis ACVR1B (2 of 2)TCONS_00415141 1249 cis rhebl1TCONS_00415141 1249 cis --TCONS_00415141 1249 cis IKZF4 (2 of 2)TCONS_00415141 1249 cis arf3b (2 of 2)TCONS_00415141 1249 cis fgd5bTCONS_00415141 1249 cis vhlTCONS_00415141 1249 cis ghrlTCONS_00415141 1249 cis ccdc174TCONS_00415141 1249 cis prkag1TCONS_00415141 1249 cis erbb3aTCONS_00415141 1249 cis -TCONS_00415141 1249 cis rps26TCONS_00415141 1249 cis tatdn2TCONS_00415141 1249 cis fkbp11TCONS_00540219 9840 cis meis2aTCONS_00540219 9840 cis --TCONS_00540219 9840 cis --TCONS_00540219 9840 cis dph6TCONS_00540219 9840 cis --TCONS_00540219 9840 cis --TCONS_00540219 9840 cis --TCONS_00540219 9840 cis --TCONS_00938298 8266 cis lepre1TCONS_00938298 8266 cis C1orf50TCONS_00938298 8266 cis nuf2TCONS_00938298 8266 cis wdr65TCONS_00938298 8266 cis cldn19TCONS_00938298 8266 cis AP5B1TCONS_00935239 8487 cis fhit

Page 83: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02465411 1206 cis --TCONS_02465411 1206 cis --TCONS_02465411 1206 cis --TCONS_02465411 1206 cis --TCONS_02465411 1206 cis -TCONS_01390928 1531 cis grik5TCONS_01390928 1531 cis -TCONS_00001115 2684 -- --TCONS_02557760 1443 -- --TCONS_02369938 351 cis hmgb2bTCONS_02369938 351 cis -TCONS_00184071 1775 cis sh3kbp1TCONS_00184071 1775 cis and1TCONS_00184071 1775 cis myeov2TCONS_00184071 1775 cis tmtopsbTCONS_00184071 1775 cis TNK2 (1 of 2)TCONS_00184071 1775 cis tfr1bTCONS_02311476 3330 cis ANSNTCONS_02311476 3330 cis tgfb2TCONS_02407843 2683 cis --TCONS_02407843 2683 cis --TCONS_02407843 2683 cis --TCONS_02407843 2683 cis -TCONS_02407843 2683 cis ptf1aTCONS_02532871 1226 cis -TCONS_00505543 5594 cis nfatc2ipTCONS_00505543 5594 cis hsp70.3TCONS_00505543 5594 cis ccdc101TCONS_00505543 5594 cis mazaTCONS_00505543 5594 cis atxn2lTCONS_00505543 5594 cis spns1TCONS_00505543 5594 cis TAOK2 (1 of 2)TCONS_00505543 5594 cis sh2b1TCONS_00505543 5594 cis nupr1TCONS_00505543 5594 cis nlk1TCONS_00505543 5594 cis cdiptTCONS_02133840 702 cis zgc:113625 (8 of 13)TCONS_02133840 702 cis zgc:113625 (7 of 13)TCONS_02133840 702 cis zgc:172131 (9 of 13)TCONS_02448327 1055 -- --TCONS_02505184 5013 cis --TCONS_02505184 5013 cis --TCONS_02296410 2546 cis ARHGEF37TCONS_02460365 883 -- --TCONS_01484586 1968 cis --TCONS_01484586 1968 cis trpv4TCONS_01484586 1968 cis usp30TCONS_01484586 1968 cis tchpTCONS_01484586 1968 cis SGSM1 (1 of 2)TCONS_01484586 1968 cis ungaTCONS_01484586 1968 cis GATC

Page 84: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01484586 1968 cis --TCONS_01484586 1968 cis fam222aTCONS_01484586 1968 cis pxmp2TCONS_01484586 1968 cis --TCONS_01484586 1968 cis ankrd13aTCONS_01484586 1968 cis gltpaTCONS_01484586 1968 cis --TCONS_01484586 1968 cis slc6a4bTCONS_01484586 1968 cis isg15TCONS_01484586 1968 cis git2aTCONS_01484586 1968 cis alkbh2TCONS_01484586 1968 cis svopaTCONS_01069514 2254 cis SLC6A6 (1 of 2)TCONS_01069514 2254 cis grip2bTCONS_01065359 492 cis RIMS4TCONS_01065359 492 cis tgm8 (1 of 5)TCONS_01065359 492 cis abraaTCONS_01065359 492 cis YWHAB (1 of 2)TCONS_01065359 492 cis tomm34 (1 of 2)TCONS_02357160 1305 cis --TCONS_02357160 1305 cis -TCONS_02357160 1305 cis --TCONS_02357160 1305 cis --TCONS_02357160 1305 cis --TCONS_02319137 4255 cis --TCONS_02319137 4255 cis ponzr1 (4 of 11)TCONS_02319137 4255 cis ponzr1 (6 of 11)TCONS_02319137 4255 cis -TCONS_02319137 4255 cis ponzr1 (1 of 11)TCONS_02319137 4255 cis ponzr1 (3 of 11)TCONS_02319137 4255 cis ponzr1 (5 of 11)TCONS_02319137 4255 cis zgc:194312TCONS_02319137 4255 cis acadvlTCONS_02319137 4255 cis ponzr1 (2 of 11)TCONS_02319137 4255 cis dvl2TCONS_02423325 1168 cis ckbbTCONS_02423325 1168 cis prph2lTCONS_02423325 1168 cis -TCONS_02423325 1168 cis ahsa1TCONS_02423325 1168 cis cdc42bpbTCONS_02423325 1168 cis vipas39TCONS_02423325 1168 cis -TCONS_02423325 1168 cis GPR132TCONS_00699707 1915 cis pbx1bTCONS_00699707 1915 cis med8TCONS_00699707 1915 cis --TCONS_00699707 1915 cis aatfTCONS_00699707 1915 cis cpt2TCONS_00699707 1915 cis podnTCONS_00699707 1915 cis --TCONS_00699707 1915 cis uck2a

Page 85: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00699707 1915 cis magohTCONS_00699707 1915 cis aldh9a1a.2TCONS_02154710 4139 cis abhd12TCONS_02154710 4139 cis gins1TCONS_02154710 4139 cis nfkb2TCONS_02154710 4139 cis --TCONS_02154710 4139 cis entpd6TCONS_02154710 4139 cis elovl6lTCONS_02154710 4139 cis PSD (1 of 2)TCONS_02154710 4139 cis AIFM2TCONS_02154710 4139 cis --TCONS_02154710 4139 cis pygbTCONS_02154710 4139 cis glud1a (2 of 2)TCONS_02154710 4139 cis ninlTCONS_02154710 4139 cis --TCONS_00263230 8386 cis --TCONS_00263230 8386 cis SCML2 (1 of 2)TCONS_00263230 8386 cis SHROOM2 (1 of 2)TCONS_00263230 8386 cis nhsaTCONS_00263230 8386 cis RS1 (1 of 2)TCONS_00263230 8386 cis -TCONS_00263230 8386 cis -TCONS_00263230 8386 cis --TCONS_00263230 8386 cis CDKL5 (1 of 2)TCONS_00263230 8386 cis RAI2TCONS_01281203 1595 cis asah1bTCONS_01281203 1595 cis pcm1TCONS_01281203 1595 cis FRG1TCONS_02517542 613 -- --TCONS_00479374 396 cis -TCONS_00479374 396 cis aqp9bTCONS_00479374 396 cis POLR2MTCONS_00479374 396 cis --TCONS_00479374 396 cis sltmTCONS_00479374 396 cis lipcaTCONS_00479374 396 cis aldh1a2TCONS_00479374 396 cis --TCONS_00479374 396 cis --TCONS_00479374 396 cis --TCONS_00479374 396 cis polr2mTCONS_02015436 733 cis SSUH2TCONS_02015436 733 cis map1lc3aTCONS_02015436 733 cis eif6TCONS_02015436 733 cis --TCONS_02015436 733 cis mmp24TCONS_02015436 733 cis --TCONS_00947246 554 cis sh3bp4aTCONS_00947246 554 cis aox1TCONS_00947246 554 cis arl4cbTCONS_00947246 554 cis s100bTCONS_00947246 554 cis --

Page 86: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00947246 554 cis ahr2 (2 of 2)TCONS_01599532 1463 cis nr2f1aTCONS_01599532 1463 cis fam172aTCONS_01599532 1463 cis -TCONS_00886143 9601 cis efna5bTCONS_00886143 9601 cis gadd45gTCONS_01121214 2051 cis -TCONS_00399198 2043 cis --TCONS_00399198 2043 cis -TCONS_02404146 443 -- --TCONS_02510720 584 cis ltbp1TCONS_02543040 324 -- --TCONS_01945043 3414 cis lmo3TCONS_01945043 3414 cis msrb3TCONS_01945043 3414 cis -TCONS_01945043 3414 cis deraTCONS_01945043 3414 cis lemd3TCONS_01945043 3414 cis tmbim4TCONS_00241725 4483 cis cdc34aTCONS_00241725 4483 cis C2CD4C (2 of 2)TCONS_00241725 4483 cis gna11aTCONS_00241725 4483 cis gna15.1TCONS_02340795 473 cis --TCONS_02340795 473 cis -TCONS_02392520 1171 cis ARPC5 (1 of 2)TCONS_02392520 1171 cis rnf2TCONS_00019046 5529 cis --TCONS_00019046 5529 cis TSHZ3TCONS_00019046 5529 cis -TCONS_00801299 3960 cis bard1TCONS_00801299 3960 cis vwc2lTCONS_02368350 1957 cis --TCONS_02368350 1957 cis --TCONS_02368350 1957 cis --TCONS_02368350 1957 cis --TCONS_02368350 1957 cis --TCONS_02368350 1957 cis --TCONS_02368350 1957 cis --TCONS_00556513 3264 cis rpz5TCONS_00556513 3264 cis --TCONS_00556513 3264 cis --TCONS_00556513 3264 cis rpz4TCONS_00556513 3264 cis FRRS1 (3 of 4)TCONS_00556513 3264 cis FRRS1 (4 of 4)TCONS_00556513 3264 cis FRRS1 (2 of 4)TCONS_01778087 19377 cis lonrf1lTCONS_01778087 19377 cis cabp4TCONS_01778087 19377 cis spock3TCONS_01778087 19377 cis slc44a1aTCONS_01778087 19377 cis DLC1TCONS_01778087 19377 cis doc2d

Page 87: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01778087 19377 cis UGT8TCONS_00874364 1349 cis tpd52l2bTCONS_00874364 1349 cis --TCONS_00874364 1349 cis NOL4L (1 of 2)TCONS_00874364 1349 cis dnajc5abTCONS_00874364 1349 cis trim101TCONS_00874364 1349 cis lama5TCONS_00874364 1349 cis adrm1 (1 of 2)TCONS_00874364 1349 cis --TCONS_00874364 1349 cis ppdpfbTCONS_00874364 1349 cis SRMSTCONS_00822594 1822 cis LRFN5 (2 of 2)TCONS_00813637 1977 -- --TCONS_01874611 558 cis --TCONS_01874611 558 cis --TCONS_01874611 558 cis RNF135 (3 of 3)TCONS_01874611 558 cis --TCONS_01854558 1987 cis --TCONS_01854558 1987 cis --TCONS_01854558 1987 cis -TCONS_01854558 1987 cis plekhm3TCONS_01854558 1987 cis --TCONS_01854558 1987 cis --TCONS_01854558 1987 cis foxm1 (2 of 2)TCONS_00309394 8415 cis ddb2TCONS_00309394 8415 cis pias1bTCONS_00309394 8415 cis skor1bTCONS_00309394 8415 cis gro2TCONS_00309394 8415 cis morf4l1TCONS_00309394 8415 cis kbtbd4TCONS_00309394 8415 cis --TCONS_00309394 8415 cis kif23TCONS_00648339 2436 cis -TCONS_00648339 2436 cis --TCONS_00648339 2436 cis --TCONS_00648339 2436 cis --TCONS_00648339 2436 cis --TCONS_02488776 1368 cis mllt3TCONS_02488776 1368 cis FOCAD (1 of 2)TCONS_00804988 7430 cis gmppabTCONS_00804988 7430 cis TMBIM1 (1 of 2)TCONS_00804988 7430 cis asic4aTCONS_00804988 7430 cis darsTCONS_00804988 7430 cis pnkdTCONS_00297103 3946 cis mef2aaTCONS_00297103 3946 cis mctp2aTCONS_01687141 2253 cis --TCONS_01687141 2253 cis --TCONS_01687141 2253 cis sap30lTCONS_01687141 2253 cis HAND1TCONS_01748213 2834 cis -

Page 88: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00922171 1978 cis -TCONS_00922171 1978 cis --TCONS_00922171 1978 cis pyyaTCONS_00922171 1978 cis hspb9TCONS_00922171 1978 cis --TCONS_00922171 1978 cis --TCONS_00922171 1978 cis mpp2aTCONS_01950823 1372 cis ppp1r3caTCONS_01950823 1372 cis FGFBP3TCONS_01950823 1372 cis hectd2TCONS_01950823 1372 cis -TCONS_02541769 2920 cis --TCONS_01109194 1639 cis btbd11aTCONS_01109194 1639 cis th2TCONS_01109194 1639 cis -TCONS_01109194 1639 cis -TCONS_01109194 1639 cis igf-iTCONS_01109194 1639 cis pahTCONS_01109194 1639 cis parpbpTCONS_01109194 1639 cis nup37TCONS_02148397 1173 cis --TCONS_02148397 1173 cis --TCONS_02148397 1173 cis --TCONS_02148397 1173 cis -TCONS_02148397 1173 cis -TCONS_02148397 1173 cis -TCONS_02148397 1173 cis -TCONS_02148397 1173 cis -TCONS_02148397 1173 cis --TCONS_02148397 1173 cis --TCONS_02541764 3122 cis --TCONS_01315743 1470 cis SGCZ (2 of 2)TCONS_01315743 1470 cis abca1aTCONS_01699807 1759 cis b3galt2TCONS_01699807 1759 cis si:ch211-117l17.6TCONS_01699807 1759 cis glrx2TCONS_01699807 1759 cis rgs2TCONS_01699807 1759 cis si:ch211-117l17.5TCONS_01699807 1759 cis uchl5TCONS_02215317 3390 cis KNDC1TCONS_02215317 3390 cis hs3st1l1TCONS_02215317 3390 cis GPR123TCONS_02215317 3390 cis ventTCONS_02215317 3390 cis voxTCONS_02040707 1790 cis rnf150bTCONS_02040707 1790 cis -TCONS_02040707 1790 cis CDKL2TCONS_02040707 1790 cis -TCONS_02040707 1790 cis -TCONS_02040707 1790 cis tecTCONS_02040707 1790 cis TXK

Page 89: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02040707 1790 cis --TCONS_02040707 1790 cis abcg2aTCONS_00498150 1360 cis --TCONS_00498150 1360 cis --TCONS_00498150 1360 cis CASKIN2 (1 of 2)TCONS_00498150 1360 cis -TCONS_00498150 1360 cis -TCONS_00498150 1360 cis -TCONS_00498150 1360 cis --TCONS_00498150 1360 cis ST6GALNAC2TCONS_00498150 1360 cis --TCONS_00498150 1360 cis jmjd6TCONS_00498150 1360 cis METTL23TCONS_00498150 1360 cis TRIM35 (20 of 54)TCONS_02477925 1537 cis rtn4ip1TCONS_02477925 1537 cis --TCONS_02477925 1537 cis aim1aTCONS_02477925 1537 cis qrsl1TCONS_01863171 5483 cis prkcbbTCONS_01863171 5483 cis dctn5TCONS_01863171 5483 cis cacng3bTCONS_01863171 5483 cis TNRC6ATCONS_01863171 5483 cis -TCONS_01863171 5483 cis usp7TCONS_01863171 5483 cis ndufab1aTCONS_01863171 5483 cis C16orf72 (2 of 2)TCONS_01863171 5483 cis RBBP6 (2 of 2)TCONS_01279344 5858 cis erbb2ipTCONS_01279344 5858 cis sgtbTCONS_01279344 5858 cis mast4TCONS_01279344 5858 cis --TCONS_01279344 5858 cis trappc13TCONS_01279344 5858 cis --TCONS_01279344 5858 cis srek1TCONS_01279344 5858 cis nlnTCONS_01292247 5746 cis podxlTCONS_01292247 5746 cis mkln1TCONS_01292247 5746 cis net1TCONS_00005074 866 -- --TCONS_00607849 2081 cis bcmo1TCONS_00607849 2081 cis zc2hc1aTCONS_00607849 2081 cis PHLDB2 (2 of 2)TCONS_00607849 2081 cis tmem56aTCONS_00607849 2081 cis -TCONS_00607849 2081 cis ctnnd2aTCONS_01069555 3133 cis -TCONS_02107260 1570 cis ponzr2 (3 of 3)TCONS_02107260 1570 cis zgc:158856TCONS_02107260 1570 cis lcp2aTCONS_02107260 1570 cis hspb11TCONS_02107260 1570 cis zmat2

Page 90: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02107260 1570 cis FAM53C (2 of 2)TCONS_02107260 1570 cis havcr1 (2 of 2)TCONS_02107260 1570 cis --TCONS_02107260 1570 cis --TCONS_02107260 1570 cis pgap2TCONS_02107260 1570 cis timd4TCONS_02107260 1570 cis -TCONS_02107260 1570 cis -TCONS_02107260 1570 cis nhp2TCONS_00355977 1009 -- --TCONS_02035737 1014 cis ccdc9TCONS_02035737 1014 cis DMWDTCONS_02035737 1014 cis zgc:152863TCONS_02035737 1014 cis hif1alTCONS_02035737 1014 cis pak4TCONS_02035737 1014 cis MAP4K1TCONS_01799209 1264 cis snx10bTCONS_01799209 1264 cis jazf1bTCONS_01799209 1264 cis cbx3bTCONS_01799209 1264 cis NPY (1 of 2)TCONS_01799209 1264 cis OSBPL3 (1 of 2)TCONS_01799209 1264 cis MALSU1TCONS_01799209 1264 cis skap2TCONS_01799209 1264 cis mpp6aTCONS_01799209 1264 cis HOXA2 (1 of 2)TCONS_01799209 1264 cis dfna5TCONS_01799209 1264 cis pde11alTCONS_01799209 1264 cis hoxa9bTCONS_01799209 1264 cis hoxa13bTCONS_01799209 1264 cis hoxa10bTCONS_01799209 1264 cis hibadhbTCONS_01799209 1264 cis tax1bp1bTCONS_01799209 1264 cis smpd5TCONS_01799209 1264 cis hoxa11bTCONS_01389604 468 cis --TCONS_01389604 468 cis rbp1a (2 of 2)TCONS_01389604 468 cis ptpn6 (2 of 2)TCONS_01389604 468 cis --TCONS_01389604 468 cis --TCONS_01389604 468 cis LTBRTCONS_01389604 468 cis tapbplTCONS_01389604 468 cis tpi1bTCONS_01389604 468 cis C1RLTCONS_01389604 468 cis chd4bTCONS_01389604 468 cis cdc42l (5 of 5)TCONS_01389604 468 cis ptpn6 (1 of 2)TCONS_01389604 468 cis VAMP1 (2 of 2)TCONS_01389604 468 cis wnt4bTCONS_01389604 468 cis ENO2 (2 of 2)TCONS_01389604 468 cis lpcat3TCONS_01904743 398 cis -

Page 91: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01904743 398 cis BSN (1 of 2)TCONS_01516131 3479 cis --TCONS_00807518 1467 cis asic4aTCONS_00807518 1467 cis chpfaTCONS_02337847 2149 cis ATF6BTCONS_02337847 2149 cis -TCONS_02337847 2149 cis -TCONS_02337847 2149 cis TNXBTCONS_02337847 2149 cis -TCONS_02337847 2149 cis -TCONS_01063578 638 cis HTR4TCONS_01063578 638 cis slc36a1TCONS_01063578 638 cis sparcTCONS_01063578 638 cis lman2TCONS_01063578 638 cis --TCONS_01063578 638 cis --TCONS_02170147 3332 cis zgc:113363TCONS_02170147 3332 cis tfe3aTCONS_02170147 3332 cis hdac6TCONS_02170147 3332 cis --TCONS_02170147 3332 cis sypa (1 of 2)TCONS_02170147 3332 cis -TCONS_02170147 3332 cis fgdTCONS_02170147 3332 cis mecp2TCONS_02170147 3332 cis --TCONS_02170147 3332 cis cxxc1lTCONS_02170147 3332 cis --TCONS_02170147 3332 cis irak1TCONS_01951073 2385 cis --TCONS_01951073 2385 cis --TCONS_01951073 2385 cis EML6TCONS_01951073 2385 cis rtn4aTCONS_02407348 1176 cis --TCONS_02407348 1176 cis --TCONS_02407348 1176 cis f3bTCONS_02407348 1176 cis -TCONS_02407348 1176 cis --TCONS_02040588 510 cis --TCONS_02510144 1072 cis -TCONS_02510144 1072 cis -TCONS_02510144 1072 cis --TCONS_02510144 1072 cis --TCONS_02510144 1072 cis --TCONS_02510144 1072 cis --TCONS_02510144 1072 cis --TCONS_00971833 1319 cis f11rTCONS_00971833 1319 cis snx19aTCONS_00971833 1319 cis adamts15aTCONS_00971833 1319 cis thy1TCONS_00971833 1319 cis bco2aTCONS_00971833 1319 cis UBASH3B (1 of 2)

Page 92: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00971833 1319 cis --TCONS_00971833 1319 cis --TCONS_00971833 1319 cis -TCONS_00842885 3981 cis rradTCONS_00842885 3981 cis epha6TCONS_00842885 3981 cis nsun3TCONS_00842885 3981 cis CDH16TCONS_00842885 3981 cis arl6TCONS_00842885 3981 cis atp5g3aTCONS_00842885 3981 cis SLC5A7 (1 of 2)TCONS_00567608 701 cis ube2fTCONS_00567608 701 cis RAMP1 (1 of 2)TCONS_00567608 701 cis zgc:162780TCONS_00567608 701 cis zgc:162396TCONS_00060210 4357 cis -TCONS_00060210 4357 cis --TCONS_01270737 4715 cis --TCONS_01270737 4715 cis -TCONS_01270737 4715 cis -TCONS_01315762 1477 cis abca1aTCONS_01315762 1477 cis tmod1TCONS_01315762 1477 cis SGCZ (2 of 2)TCONS_01315762 1477 cis tdrd7TCONS_01315762 1477 cis zgc:162946TCONS_01722736 4538 cis -TCONS_00474717 2523 cis -TCONS_00474717 2523 cis soul5TCONS_00474717 2523 cis MYH13 (1 of 6)TCONS_00474717 2523 cis -TCONS_00474717 2523 cis -TCONS_00474717 2523 cis xab2TCONS_00474717 2523 cis notch3TCONS_00474717 2523 cis nr5a5TCONS_00474717 2523 cis -TCONS_00474717 2523 cis CAMSAP3TCONS_00474717 2523 cis -TCONS_02266177 1086 cis mamdc1TCONS_02219557 797 cis VMP1 (2 of 2)TCONS_02219557 797 cis med13aTCONS_02219557 797 cis ints2TCONS_02219557 797 cis rnft1TCONS_02219557 797 cis rps6kb1aTCONS_00795986 1251 cis glra4aTCONS_00795986 1251 cis diaph2TCONS_01753619 1622 cis si:ch211-120g10.1TCONS_01753619 1622 cis recql5lTCONS_01753619 1622 cis SLC9A3R1 (1 of 2)TCONS_01753619 1622 cis mapk3TCONS_01753619 1622 cis XYLT2TCONS_01753619 1622 cis --TCONS_01753619 1622 cis si:ch211-11k18.4

Page 93: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01753619 1622 cis ypel3TCONS_01753619 1622 cis nudt9TCONS_01753619 1622 cis ATP6V0C (1 of 2)TCONS_01753619 1622 cis gdpd3bTCONS_01753619 1622 cis -TCONS_01753619 1622 cis rabep2TCONS_01753619 1622 cis atp2a1TCONS_01291502 5780 cis -TCONS_01291502 5780 cis nav3TCONS_01659954 889 cis inhaTCONS_01659954 889 cis stk11ipTCONS_01659954 889 cis si:dkey-91f15.8TCONS_01659954 889 cis IGFBP5 (2 of 2)TCONS_01659954 889 cis igfbp2aTCONS_01659954 889 cis zgc:113142TCONS_00104626 1380 cis si:ch1073-59l16.1 (1 of 14)TCONS_00104626 1380 cis si:ch1073-59l16.1 (4 of 14)TCONS_00104626 1380 cis si:ch1073-59l16.1 (3 of 14)TCONS_00104626 1380 cis si:ch1073-59l16.1 (2 of 14)TCONS_02291226 806 cis scarf1TCONS_02291226 806 cis cpdaTCONS_02291226 806 cis vtnaTCONS_02291226 806 cis sarm1TCONS_02291226 806 cis foxn1TCONS_02291226 806 cis -TCONS_02291226 806 cis slc46a1TCONS_02291226 806 cis prpf8TCONS_02291226 806 cis FAM98C (2 of 2)TCONS_02291226 806 cis cryba1aTCONS_02291226 806 cis unc119aTCONS_02291226 806 cis zgc:153372TCONS_02291226 806 cis crybb1l3TCONS_02461879 577 cis A2ML1 (6 of 14)TCONS_01218426 2391 cis las1l (2 of 5)TCONS_01218426 2391 cis zgc:171775TCONS_01218426 2391 cis krt8TCONS_01218426 2391 cis --TCONS_01218426 2391 cis krt5TCONS_01218426 2391 cis plxnb1aTCONS_01218426 2391 cis -TCONS_01218426 2391 cis --TCONS_01218426 2391 cis --TCONS_01218427 1911 cis las1l (2 of 5)TCONS_01218427 1911 cis zgc:171775TCONS_01218427 1911 cis krt8TCONS_01218427 1911 cis --TCONS_01218427 1911 cis krt5TCONS_01218427 1911 cis plxnb1aTCONS_01218427 1911 cis -TCONS_01218427 1911 cis --TCONS_01218427 1911 cis --

Page 94: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02296236 1770 cis ARHGEF37TCONS_02311279 474 cis abhd5aTCONS_02311279 474 cis ANSNTCONS_00004372 2096 -- --TCONS_00271488 357 cis NPR2TCONS_00271488 357 cis pmchlTCONS_00271488 357 cis anxa1cTCONS_00271488 357 cis slc30a5TCONS_00271488 357 cis TMC2 (2 of 2)TCONS_00271488 357 cis ccnb1TCONS_00271488 357 cis --TCONS_00271488 357 cis zfand5bTCONS_01301011 3175 cis --TCONS_01301011 3175 cis --TCONS_01301011 3175 cis --TCONS_01301011 3175 cis DSCAM (2 of 2)TCONS_01018556 1886 cis GRB14TCONS_01018556 1886 cis slc38a11TCONS_01018556 1886 cis fign (1 of 2)TCONS_01018556 1886 cis COBLL1TCONS_01018556 1886 cis scn1a (1 of 2)TCONS_01018556 1886 cis scn1a (2 of 2)TCONS_00568820 5241 cis CCDC108TCONS_00568820 5241 cis lrp1bbTCONS_00568820 5241 cis myo1bTCONS_00568820 5241 cis -TCONS_00568820 5241 cis bzw1a (1 of 2)TCONS_01873763 518 cis --TCONS_01873763 518 cis --TCONS_01873763 518 cis --TCONS_01873763 518 cis -TCONS_01819523 1581 cis SORCS3 (2 of 2)TCONS_01770921 7893 cis -TCONS_01770921 7893 cis --TCONS_01770921 7893 cis CABP7 (1 of 2)TCONS_01770921 7893 cis zgc:112294TCONS_01770921 7893 cis rtn4rTCONS_01770921 7893 cis SCARF2TCONS_01154100 1258 cis tet3TCONS_01154100 1258 cis ap3m2TCONS_01154100 1258 cis kat6aTCONS_01154100 1258 cis npffr1l3TCONS_01154100 1258 cis --TCONS_02508153 434 cis --TCONS_02508153 434 cis --TCONS_02465362 3630 cis --TCONS_02465362 3630 cis -TCONS_02465362 3630 cis -TCONS_02465362 3630 cis --TCONS_02465362 3630 cis --TCONS_02465362 3630 cis --

Page 95: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02465362 3630 cis --TCONS_00228973 2549 cis SLC38A8 (2 of 2)TCONS_00228973 2549 cis pskh1TCONS_00228973 2549 cis necab2TCONS_00228973 2549 cis mbtps1TCONS_00228973 2549 cis --TCONS_01475859 1233 cis -TCONS_01475859 1233 cis SENP7 (1 of 2)TCONS_01475859 1233 cis atp6ap2TCONS_01475859 1233 cis bcor (1 of 2)TCONS_01475859 1233 cis ABI3BP (1 of 2)TCONS_01475859 1233 cis --TCONS_01475859 1233 cis --TCONS_01475859 1233 cis --TCONS_02244699 806 cis --TCONS_02244699 806 cis --TCONS_02244699 806 cis FAM160A1 (1 of 2)TCONS_02244699 806 cis SH3D19 (1 of 2)TCONS_02244699 806 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02478497 1521 cis --TCONS_02145768 1368 cis -TCONS_02145768 1368 cis -TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_02145768 1368 cis --TCONS_01400196 5348 cis wnt7baTCONS_01400196 5348 cis atxn10TCONS_01400196 5348 cis pparaaTCONS_01400196 5348 cis trim24TCONS_01400196 5348 cis -TCONS_01400196 5348 cis CDPF1TCONS_00420627 2779 cis smtlaTCONS_00420627 2779 cis ETS1TCONS_01848656 1778 cis -

Page 96: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01848656 1778 cis ASCC3TCONS_01848656 1778 cis GRIK2TCONS_00605901 2311 cis pde7aTCONS_00605901 2311 cis ythdf3TCONS_00605901 2311 cis TMPRSS7TCONS_00605901 2311 cis mtfr1TCONS_00605901 2311 cis tagln3bTCONS_00605901 2311 cis -TCONS_00605901 2311 cis crhbTCONS_00605901 2311 cis bhlhe22TCONS_00605901 2311 cis flt1TCONS_00605901 2311 cis spata13TCONS_00605901 2311 cis trim55bTCONS_00605901 2311 cis c1qtnf9TCONS_00605901 2311 cis armc1TCONS_00605901 2311 cis abhd10bTCONS_01130227 6713 cis ADORA3 (1 of 5)TCONS_01130227 6713 cis KCNA10 (1 of 2)TCONS_01130227 6713 cis ube2tTCONS_01130227 6713 cis PKP1 (1 of 2)TCONS_01130227 6713 cis tnnt2aTCONS_01130227 6713 cis tead3aTCONS_01130227 6713 cis PNPLA1TCONS_01130227 6713 cis zgc:194242TCONS_01130227 6713 cis LGR6TCONS_01130227 6713 cis phlda3TCONS_01130227 6713 cis TNNI1 (1 of 2)TCONS_01130227 6713 cis csrp1aTCONS_01130227 6713 cis lad1TCONS_01130227 6713 cis etv7TCONS_00242360 1371 cis si:dkey-239i20.4 (3 of 3)TCONS_00242360 1371 cis si:dkey-239i20.4 (2 of 3)TCONS_00242360 1371 cis si:dkey-239i20.4 (1 of 3)TCONS_00242360 1371 cis --TCONS_00242360 1371 cis ppapdc2 (1 of 2)TCONS_00242360 1371 cis prdx6TCONS_00242360 1371 cis junTCONS_00242360 1371 cis faslgTCONS_00242360 1371 cis si:dkey-86e18.1TCONS_02493301 3157 cis -TCONS_02493301 3157 cis --TCONS_02493301 3157 cis -TCONS_00411754 2792 cis celf4TCONS_02450599 386 cis atad1b (2 of 3)TCONS_02450599 386 cis -TCONS_02451357 898 cis zgc:172131 (12 of 13)TCONS_02451357 898 cis --TCONS_02451357 898 cis --TCONS_02451357 898 cis zgc:113625 (1 of 13)TCONS_00021642 4663 cis sall1aTCONS_00021642 4663 cis tox3

Page 97: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_01291943 1754 cis VWA5A (9 of 10)TCONS_01291943 1754 cis TRIM47 (57 of 70)TCONS_00345603 2937 cis --TCONS_00345603 2937 cis sec63TCONS_00345603 2937 cis cmybTCONS_00345603 2937 cis iydTCONS_00345603 2937 cis MAP7 (1 of 2)TCONS_00345603 2937 cis armc1lTCONS_00345603 2937 cis hbs1lTCONS_00345603 2937 cis -TCONS_00345603 2937 cis ppp1r14cTCONS_00345603 2937 cis PDE7BTCONS_01076174 2270 cis rpiaTCONS_01076174 2270 cis eif2ak3TCONS_01076174 2270 cis slc4a11TCONS_01076174 2270 cis atrnTCONS_00044611 5461 cis -TCONS_00044611 5461 cis znf536TCONS_02415564 712 cis -TCONS_02415564 712 cis -TCONS_02415564 712 cis -TCONS_01018717 1626 cis ACVR1CTCONS_01018717 1626 cis ACVR1TCONS_01018717 1626 cis nr4a2aTCONS_01018717 1626 cis GALNT5TCONS_01018717 1626 cis CYTIPTCONS_00944847 7248 cis CDK18TCONS_00944847 7248 cis PGBD4 (3 of 8)TCONS_00944847 7248 cis --TCONS_00944847 7248 cis -TCONS_00944847 7248 cis mfsd4aTCONS_00944847 7248 cis --TCONS_00944847 7248 cis elk4TCONS_02160715 2403 cis plag1TCONS_02160715 2403 cis f3aTCONS_02160715 2403 cis arhgef4TCONS_02160715 2403 cis --TCONS_02160715 2403 cis cnn3aTCONS_02160715 2403 cis --TCONS_02160715 2403 cis steap2TCONS_02160715 2403 cis mosTCONS_02160715 2403 cis --TCONS_02160715 2403 cis alg14TCONS_02160715 2403 cis --TCONS_02160715 2403 cis --TCONS_02160715 2403 cis --TCONS_02408383 1658 cis auh (1 of 2)TCONS_02224481 3444 -- --TCONS_02270629 829 -- --TCONS_00006331 937 -- --TCONS_02077451 3435 -- --

Page 98: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_02490652 297 cis --TCONS_02490652 297 cis -TCONS_02490652 297 cis --TCONS_02490652 297 cis -TCONS_00027518 1006 cis slc12a4TCONS_00027518 1006 cis CELF6TCONS_00027518 1006 cis lpcat2TCONS_00027518 1006 cis mmp2TCONS_00027518 1006 cis DPEP3TCONS_00027518 1006 cis slc6a2TCONS_00027518 1006 cis RPP25TCONS_02529712 569 cis --TCONS_00212938 2045 cis --TCONS_00212938 2045 cis --TCONS_00212938 2045 cis galnt18aTCONS_01055542 4833 cis -TCONS_02318905 6342 cis ponzr1 (6 of 11)TCONS_02318905 6342 cis -TCONS_02318905 6342 cis ponzr1 (1 of 11)TCONS_02318905 6342 cis --TCONS_02318905 6342 cis ponzr1 (4 of 11)TCONS_02318905 6342 cis ponzr1 (5 of 11)TCONS_02318905 6342 cis ponzr1 (3 of 11)TCONS_02318905 6342 cis zgc:194312TCONS_02318905 6342 cis dvl2TCONS_02318905 6342 cis acadvlTCONS_02318905 6342 cis ponzr1 (2 of 11)TCONS_00814610 862 -- --TCONS_01218316 308 cis --TCONS_01218316 308 cis --TCONS_01218316 308 cis kcnq2aTCONS_01218316 308 cis chrna4bTCONS_01218316 308 cis --TCONS_01218316 308 cis --TCONS_01218316 308 cis --TCONS_01218316 308 cis tti1TCONS_01218316 308 cis zgpatTCONS_02512941 1153 cis -TCONS_00899139 1115 cis -TCONS_00899139 1115 cis --TCONS_00899139 1115 cis -TCONS_00899139 1115 cis --TCONS_00015864 1224 cis ADAMTSL3TCONS_00015864 1224 cis EFTUD1TCONS_02555131 852 -- --TCONS_02555137 993 -- --TCONS_00232845 3457 cis MLKL (2 of 3)TCONS_00232845 3457 cis TDRD12TCONS_00232845 3457 cis --TCONS_00232845 3457 cis MLKL (1 of 3)TCONS_00232845 3457 cis TMED6

Page 99: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00232845 3457 cis --TCONS_00232845 3457 cis ANKRD27TCONS_00232845 3457 cis -TCONS_00232845 3457 cis C19orf40TCONS_00232845 3457 cis --TCONS_00215263 6235 cis mctp1bTCONS_00215263 6235 cis cldn5bTCONS_00215263 6235 cis -TCONS_00215263 6235 cis arrdc3bTCONS_00215263 6235 cis sept5bTCONS_00215263 6235 cis cetn3TCONS_00215263 6235 cis mef2caTCONS_00215263 6235 cis hapln1bTCONS_02393360 877 cis --TCONS_02393360 877 cis -TCONS_01433982 1862 -- --TCONS_00585897 3528 cis tmem144bTCONS_00585897 3528 cis -TCONS_00585897 3528 cis fam198bTCONS_00585897 3528 cis glrbbTCONS_00585897 3528 cis glur2bTCONS_00323412 466 cis mrps18aTCONS_00323412 466 cis gprc6a (1 of 2)TCONS_00323412 466 cis --TCONS_00323412 466 cis tmem63aTCONS_00323412 466 cis --TCONS_00323412 466 cis --TCONS_00323412 466 cis --TCONS_00323412 466 cis adcy3bTCONS_00323412 466 cis nagaTCONS_00323412 466 cis rsph9TCONS_01053526 9446 cis -TCONS_01101992 3510 cis --TCONS_01834094 339 cis arhgap1TCONS_01834094 339 cis --TCONS_01834094 339 cis -TCONS_01834094 339 cis kal1aTCONS_01834094 339 cis -TCONS_01834094 339 cis arl6ip6TCONS_00008684 1335 -- --TCONS_02364105 1537 cis -TCONS_02364105 1537 cis --TCONS_02364105 1537 cis atad1b (1 of 3)TCONS_01265819 1174 cis idh1TCONS_01265819 1174 cis akap11TCONS_01265819 1174 cis --TCONS_01265819 1174 cis dgkhTCONS_01265819 1174 cis --TCONS_01265819 1174 cis tnfsf11TCONS_01265819 1174 cis --TCONS_02537055 973 cis --

Page 100: transcript id length Target Type Target GeneName · transcript_id length Target_Type Target_GeneName TCONS_01031920 1618 cis CCNY (2 of 2) TCONS_01031920 1618 cis pard3 TCONS_01031920

TCONS_00832575 460 cis ggt5a (2 of 4)TCONS_00832575 460 cis fam211baTCONS_00832575 460 cis anapc5TCONS_00832575 460 cis ggt1aTCONS_00832575 460 cis ggt5a (3 of 4)TCONS_02208054 1655 cis fbxl16TCONS_02208054 1655 cis -TCONS_02208054 1655 cis tmem187TCONS_02208054 1655 cis --TCONS_02208054 1655 cis pplTCONS_02208054 1655 cis glyr1TCONS_02478681 3942 cis --TCONS_02478681 3942 cis --TCONS_02478681 3942 cis --TCONS_00800545 1276 cis darsTCONS_00800545 1276 cis pnkdTCONS_00800545 1276 cis cxcr4bTCONS_00800545 1276 cis TMBIM1 (1 of 2)TCONS_00800545 1276 cis gmppabTCONS_00517502 1893 cis cntn4TCONS_00517502 1893 cis BPIFC (3 of 3)TCONS_00517502 1893 cis CDK5RAP1TCONS_00517502 1893 cis BPIFC (2 of 3)TCONS_00517502 1893 cis EPB41L1 (2 of 2)