Nomenclature décryptée des mutations du gène CFTR

Emmanuelle GirodonMartin J Schwarz

11e Journées Scientifiques de la Société Française de l a MucoviscidoseParis, 12 Mars 2015

• Introduction

• Rationnel

• Les règles de base

• Les points faciles

• Les points compliqués

• Ce que vous devez savoir

• Introduction

• Rationnel

• Les règles de base

• Les points faciles

• Les points compliqués

• Ce que vous devez savoir

• Trop de noms pour la même mutation (F508del, DF508, dF508, ∆F508 etc)

• Un seul nom pour des mutations différentese.g. W846X TGG > TAG ou TGA

Y1092X TAC > TAG ou TAA

• De nouvelles mutations identifiées chaque jour

• Plus de séquençage � plus de complexité

• Risque réel d’erreur en diagnostic

� Que devons-nous apprendre ?

• Recommandations européennes d’utiliser les nomenclatures

HGVS et traditionnelle “Legacy”

(Human Genome Variation Society)

• Quand vous voyez ça :

c.[3718-2477C>T(;)350G>A;1210-34TG[12]T[5]]

• Vous devriez aussi voir quelque chose de plus familier !

3849+10kbC>T / R117H;TG12T5

• Introduction

• Rationnel

• Les règles de base

• Les points faciles

• Les points compliqués

• Ce que vous devez savoir

Rationnel

Exigences pour une nomenclature qui soit :

• universelle

• cohérente entre les gènes

• non équivoque

• simple

HGVS

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• Les règles de base

• Les points faciles

• Les points compliqués

• Ce que vous devez savoir

� Séquence de référence utilisée

• Génomique : NG_016465.3 190 000

1 mqrsplekas vvsklffswt rpilrkgyrq rlelsdiyqi psvdsadnls eklerewdre61 laskknpkli nalrrcffwr fmfygiflyl gevtkavqpl llgriiasyd pdnkeersia

.....1441 ispsdrvklf phrnsskcks kpqiaalkee teeevqdtrl

• Protéine : NP_000483.3 1480

• ADN complémentaire : NM_000492.3 6132

Exon 1 Exon 2

Numérotation continue des nucléotides de tout le gène

1 53 5453+ 54-

164164+

� Numérotation d’exons : 1 à 27 (1 à 24 avec 6a, 6b, 14a, 14b, 17a, 17b)

� Nom des mutations : - niveau ADNc (cDNA)- niveau protéique

� Numérotation nucléotidique : +1 = A de l’ATG

� Nom des mutations : - niveau ADNc (cDNA) « c.1521_1523del »- niveau protéique « p.Phe508del »

Nomenclature traditionelle : F508del(1653_1655delCTT)

� Numérotation nucléotidique : +1 = A de l’ATG

Que signifient c. et p.?

Gène CFTR

27 exons

Approx 190kb d’ADN génomique

Exon (coding region) n°22

Alamut v.2.0 Interactive Biosoftware

Partie de l’ADNg (gDNA, genomic DNA) de l‘exon 22

Partie de l’ADNc (cDNA, coding DNA) de l’exon 22

Partie de la séquence codante de l’exon 22

p. = séquence protéique

c. = cDNA = séquence codante

HGVS : La 1ère base du codon 1 (A de l’ATG) est appelée base N° 1

Traditionnelle : La 1ère base du codon 1 (A de l’ATG) est appelée base N° 133‘Legacy’

Donc : 621+1G>T devient c.489+1G>T

La numérotation des codons ne change pas ☺

Donc : F508del devient c.1521_1523delp.Phe508del

CFTR exon 1

Acide Aminé Abbréviation AbbréviationNom complet (3 Lettres) (1 lettre)

Alanine Ala AArginine Arg RAsparagine Asn NAspartate Asp DCysteine Cys CGlutamate Glu EGlutamine Gln QGlycine Gly GHistidine His HIsoleucine Ile ILeucine Leu LLysine Lys KMethionine Met MPhenylalanine Phe FProline Pro PSerine Ser SThreonine Thr TTyrosine Tyr YTryptophan Trp WValine Val VTermination Ter ou * X

� Préférence pour le code à 3 lettres

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• Les points faciles

• Les points compliqués

• Ce que vous devez savoir

Faux-sens (missense)p. c.

R117H p.Arg117His c.350G>A

D1152H p.Asp1152His c.3454G>C

Non sens / stop (nonsense)

p. c.

• G542X p.Gly542Ter (ou p.Gly542*) c.1624G>T

• W1282X p.Trp1282Ter (ou p.Trp1282*) c.3846G>A

• W846X p.Trp846Ter (ou p.Trp846*) 2 substitutions possibles

c.2537G>A

Non sens / stop (nonsense)

p. c.

• G542X p.Gly542Ter (ou p.Gly542*) c.1624G>T

• W1282X p.Trp1282Ter (ou p.Trp1282*) c.3846G>A

• W846X p.Trp846Ter (ou p.Trp846*) 2 substitutions possibles

c.2537G>A

c.2538G>A

Ciblée par le kit DNN

Epissage (Splicing)

• 621+1G>T c.489+1G>T

• 1898+1G>A c.1766+1G>A

• 2789+5G>A c.2657+5G>A

• etc

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• Les points faciles

• Les points compliqués

• Ce que vous devez savoir

Frameshift

c. p.

• 3659delC c.3528delC p.Lys1177SerfsTer15 (ou p.Lys1177fs)

• 2183AA>G c.2051_2052delinsG p.Lys684ThrfsTer4 (ou p.Lys684fs)

du nucléotide 2051 au nuléotide 2052

F508del � p.Phe508del

Numérotation

• Ne pas toujours soustraire 132 bases !

• Choisir la séquence normale la plus longue

• Exemples

délétion de 3 pb entre 1652 et 1655

� c.1521_1523del CTT

2711delT � c.2579del

mais c.2583delT

• Pourquoi 3905insT est devenue c.3773dup ?

L’insertion d’un nucléotide T dans une séquence polyT

est considérée comme une duplication

Et on choisit la séquence normale la plus longue

Etrangetés : mutations introniques “profondes” ?

• 3849+10kbC>T c.3717+….C>T

c.3718-2477C>T

• 1811+1.6kbA>G c.1679+….A>G

c.1680-886A>G

+10000 pb

-2500 pb

+1600 pb

- 900 pb

22(19)

23(20)C>T

c.3717 c.3718

1. Lerer 1999 Palestine

2. Nectoux 2006La Réunion

3. Feuillet-Fieux 2004Sénégal

4. Patient G.Mali

c.2988+1173_3468+2111del8899

c.2989-449_3468+644del5288

c.2989-?_3468+?del

c.2989-1695_3469-4457del14242

9 kb

5.3 kb

>6.6kb

14.2 kb

Et les grandes délétions ?

� Définition très précise des réarrangements et des points de cassure

� Distinction de plusieurs réarrangements impliquant les mêmes exons

1

2

3

4

CFTRdele17a_18

19(17a)

20(17b)

21(18)

18 (16)

22(19)

• Introduction

• Rationnel

• Les règles de base

• Les points faciles

• Les points compliqués

• Ce que vous devez savoir

• Essayez de comprendre le sens d’une mutation

• Sachez en quelle nomenclature elle est écrite

• Sachez s’il existe un équivalent en nomenclature traditionnelle

• Sachez si elle est à l’état homozygote ou hétérozygote(composite), quel est le génotype “en clair “?

• Comprenez surtout les implications du résultat : la signification de la mutation pour le diagnostic et le conseil génétique !

• Si vous ne comprenez pas un CR, renvoyez-le !(appelez le biologiste)

• Si vous êtes perdu.... emmanuelle.girodon@cch.aphp.fr

Attention, la nomenclature évolue… vite !

• W1282X p.Trp1282Ter

• Ou si vous avez du courage.... http://www.hgvs.org/mutnomen/https://mutayzer.nl/

Merci

Petits exercices d’application

HGVS c. HGVS p. Traditionnelle

Xc.262_263del

X

X

X

X

X

X

p.Arg117His R117H

711+1G>T

c.1585-1G>A

c.3484C>T R1162X

c.3909C>G p.Asn1303Lys

CFTRdel2,3 (21kb)

394delTT

c.350G>A

c.579+1G>T

1717-1G>A

p.Arg1162Ter

N1303K

c.54-5940_273+10250del