RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II

(Parasitik Dışkı Paneli II) real-time PCR

Art. Nr.: PG1725

100 Reaksiyon

In vitro diagnostik kullanım için

-20 °C

R-Biopharm AG, An der neuen Bergstraße 17, D-64297 Darmstadt, Germany

Tel.: +49 (0) 61 51 81 02-0 / Telefax: +49 (0) 61 51 81 02-20

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 2

1. Kullanım amacı

In vitro diagnostic kullanım içindir. RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II, insan dışkı

numunlerinde, Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum ve Entamoeba histolytica’nın

doğrudan kalitatif tespiti ve ayrımı için, multipleks real-time PCR'dır. RIDA®GENE

Parasitic Stool Panel II real-time PCR, parazitlerin neden olduğu mide-bağırsak

enfeksiyonu teşhisinde yardımcı olarak kullanılmak üzere tasarlanmıştır.

2. Test açıklaması

Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum ve Entamoena histolytica, diyareye sebep

olan en önemli protozoalardır.

Giardia lamblia (synonym G. intestinalis ve G. duodenales) diyarenin en önemli

nedenlerinden biridir. CDC (Hastalık Kontrol Merkezi) ‘ne göre, gelişmiş ülkelerdeki

çocukların yaklaşık %6-8’i ile yetişkinlerin %2, gelişmekte olan ülke insanlarının

yaklaşık üçte biri giardiasis1 ile enfektedir. CDC, ABD’de2 her yıl yaklaşık 77.000

giardiasis vak’ası olduğunu tahmin etmektedir. G. lamblia ile enfeksiyon, kontamine

gıda ve içme suyudaki kistlerin yenilip içilmesiyle ya da insandan insana fekal-oral yolla

meydana gelir. Kuluçka süresi 1 ila 3 haftadır. Giardiasis (lambliasis) semptomları, akut

veya kronik ishaldir, ancak asemptomik eliminasyonla da gerçekleşir. Akut semptomlar,

sulu ishal, iştah kaybı, bulantı, karın krampları ve kilo kaybıdır. 1 Cryptosporidium

parvum, insanda cryptosporidiosis'in neden olduğu yaygın Cryptosporidium cinsinin,

farklı türlerinden biridir. Cryptosporidium, sağlıklı bireylerde %2'ye kadar ve gelişmiş

ülkelerdeki diyareli hastaların yaklaşık %2'sinde tespit edilmiştir. Gelişmekte olan

ülkelerde ise görülme sıklığı % 9 kadar yükselmiştir.

Cryptosporidium, asemptomik HIV hastalarını %5'e kadar enfekte etmişken, bu oran

diyareli HIV hastalarında %14-24 olarak tespit edilmiştir. 3,4 1993'te ABD, Milwaukee

salgını sırasında, 400,000 'den fazla kişi hastalanmıştır. 5 ABD’de, her yıl yaklaşık

748,000 cryptosporidiosis vak’asının görüldüğü tahmin edilmektedir. 6 Enfeksiyon,

kontamine su ve gıdaların içindeki oositlerin alınmasından sonra, ayrıca insandan

insana fekal-oral yolla gerçekleşir. Immunokompetan kişilerde, mide bulantısı, karın

ağrısı ve kilo kaybının da eşlik edebileceği, 2-10 gün kadar devam ettikten sonra

kendiliğinden kaybolan sulu ishalden sonra, kendini gösterebilir.

Bağışıklığı baskılanmış kişilerde ise, çoğu kez ciddi, kronik ve bazen ölümcül hastalıklar

gelişir. 2,5 Entamoeba histolytica, sadece Entamoeba'nın insan potojenik cinsi ve

amoebiasis etkenidir. E. histolytica ile enfeksiyon, kontamine gıda ve içme suyudaki

kistlerin yenilip içilmesiyle ya da insandan insana fekal-oral yolla meydana gelir. E.

histolytica enfeksiyonlarının çoğu, asemptomik kolonizasyon olarak kendini gösterir.

Vak'aların %10'unda enfeksiyon, çoğunlukla karaciğer (amip karaciğer apsesi) için,

amipli kolit ve nadir durumlarda ekstraintestinal amibiyazis'e yol açar. Intestinal

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 3

amebiazisli ile ilişkili klinik semptomlar, mide ağrısı ve kanlı ve sümüksü dışkı ile şiddetli

diyaredir. WHO, her yıl 100,000 ölümle sonuçlanan dünyada yaklaşık 50 milyon kişinin

amibiyazisden muzdarip olduğunu tahmin etmektedir.2,7

Klasik olarak, G. lamblia, C. parvum Entamoeba türlerinin teşhisi, kişisel deneyim

gerektiren kişiler tarafından dışkı örneklerinin mikroskopik incelenmesiyle elde edilir.

RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II multiplex real-time PCR, dışkı örneklerinin testi

için yeni ve ilgi çekici bir alternatiftir ve diyareye neden olan en önemli üç parazitin (G.

lamblia, C. parvum ve E. histolytica) eş zamanlı saptanması için, son derece hassas

ve spesifik olduğu kanıtlanmıştır.

3. Test prensibi

The RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II, insan dışkı örneklerinde Giardia lamblia,

Cryptosporidium parvum ve Entamoeba histolytica’nın doğrudan ayırt edilmesi ve

kalitatif tespiti için multipleks real-time PCR'dır. DNA izolayonundan sonra, Giardia

lamblia, Cryptosporidium parvum ve Entamoeba histolytica için spesifik (18s-ITS,

mevcutsa) gen fragmanlarının amplifikasyonları meydana gelir.

Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum ve Entamoeba histolytica için amplifiye

hedefler, bir ucu quencher ile, diğer ucu floresan reporter boya (florofor) ile etiketlenmiş

olan hidroliz problarıyla tespit edilir. Hedef varlığında, problar amplikonları hibridize

eder. Uzatma aşaması esnasında Taq-polimeraz, reporter-quencher yakınlığını kırar.

Raportör, real-time PCR cihazının optik birimi tarafından tespit edilen bir floresan

sinyal yayar. Bu floresan sinyal, oluşan amplikonların miktarıyla artar.

RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II test i , örnek hazırlama prosedürünün internal kontrolü olarak ve olası PCR-inhibisyonunu belirlemek amacıyla bir Internal Control DNA (ICD) içerir.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 4

4. Sunulan reaktifler Tab.1: Sunulan reaktifler (Kit içindeki reaktifler 100 tespit için yeterlidir)

Kit Kodu Reaktif Miktar Kapak Rengi

1

Reaction Mix 2x 1100 µl sarı

2

Taq-Polymerase 1x 11 µl kırmızı

D

Internal Control DNA 2x 1800 µl turuncu

N

PCR Water 1x 500 µl beyaz

P

Positive Control 1x 200 µl mavi

5. Saklama Talimatları

- Tüm reaktifleri ışıktan koruyun ve -20°C de saklayın. Tüm reaktifler son kullanma

tarihine kadar kullanılabilir. Son kullanma tarihinden sonra kalite garantisi artık

geçerli değildir.

- Reaktifleri kullanmadan önce tamamen çözün ve dikkatlice eritin (örn.

Buzdolabında 2 - 8 °C).

- Reaktifler tahlil performansını etkilemeden, 5 defa donma/çözülmeye kadar

dayanabilir (örn: ilk çözdürme sonrası alikotlarına ayırın ve hemen dondurun).

- PCR hazırlığı esnasında tüm reaktifler uygun şekilde soğukta saklanmalıdır (2 -

8 °C).

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 5

6. İlave gerekli reaktifler ve gerekli ekipman

- DNA-Extraction kit (örn. RIDA® Xtract) veya

DNA-Extraction system (örn. Maxwell® 16 (Promega), NucliSENS easy®MAG™

(bioMérieux))

- Real-time PCR cihazı:

Roche: LightCycler 480II

Cepheid: SmartCycler

Applied Biosystems: ABI 7500

Abbott: m2000rt

Stratagene: Mx3005P

QIAGEN: Rotor-Gene Q

Bio-Rad: CFX96™

Not: Rotor-Gene Q (QIAGEN) da sadece 0.1 ml ‘lik tüpler kullanın.

- RIDAGENE Color Compensation Kit I (PG0001), LightCycler 480II (Roche)

ile kullanım içindir.

- Real-time PCR sarf malzemeleri (plakalar, tüpler, folyo)

- Reaksiyon şişeleri için rotorlu santrifüj

- Vortexer

- Pipetler (0.5 – 20 µl, 20 – 200 µl, 100 – 1000 µl)

- Filtre uçları

- Pudrasız-tek kullanımlık eldivenler

7. Kullanıcı önlemleri

- Sadece in vitro Diagnostic kullanım için.

- Ekstraksiyon, PCR hazırlama ve PCR çalışması çapraz-kontaminasyonları önlemek

için farklı odalarda ayrılmalıdır

- Bu test, sadece moleküler biyoloji yöntemlerinde eğitimli laboratuvar personeli

tarafından çalışılmalıdır.

- Kesinlikle çalışma talimatlarını izleyin.

- Numunelerle çalışırken, atılabilir eldiven giyin. Test çalışması bittikten sonra

ellerinizi yıkayın.

- Örneklerin veya test reaktiflerinin kullanıldığı alanlarda sigara içmeyin, bir şey

yemeyin veya içmeyin.

- Örnekler ve örneklere maruz kalan reaktifler ve materyaller, olası bulaşıcı olarak

işlenmelidir ve ulusal güvenlik düzenlemelerine göre kullanılmalıdır

- Son kullanma tarihinden sonra kiti kullanmayın.

- Rotor-Gene Q (QIAGEN) da sadece 0.1 ml ‘lik tüpler kullanın.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 6

8. Test prosedürü

8.1 Numune Hazırlama İnsan dışkı numunelerinin DNA izolasyonu için, mevcut ticari DNA izolasyon kiti (örn.

RIDA® Xtract) veya DNA ekstraksiyon sistemi kullanılır (örn. Maxwell® 16 (Promega)).

Üreticinin talimatlarına göre DNA yı ekstrakte edin.

Dışkı numunelerinin ekstraksiyon öncesi, su ile 1:3 oranında dilüe edilmesini öneririz.

Dilüe dışkı numunelerini kuvvetlice vorteksleyin ve 30sn.1000xg’de santrifüjleyin.

Süpernatantan, üreticinin talimatlarına göre uygun hacimde kullanın.

RIDA®GENE Parasitic stool panel II real-time PCR kiti, nükleik asit ekstrasiyonunun

yeterli olduğunu doğrulayan ve reaktif bütünlüğünü gözleyen, PCR inhibasyonunu tespit

eden bir internal kontrol (ICD) içerir.

Eğer ICD sadece PCR inhibasyon kontrolü olarak kullanılıyorsa, Master-Mix'e 1 µl ICD

eklenmelidir (Bakınız Tab. 3).

Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama prosedüründe bir

ekstraksiyon kontrolü olarak kullanılıyorsa, 20µl ICD, ekstraksiyon prosedürü

esnasında eklenmiş olmalıdır. ICD her zaman numune/lysis tampon karışımına

eklenmeli, kesinlikle örneğe doğrudan eklenmemelidir.

8.2 Master-Mix hazırlığı

Gereken toplam PCR reaksiyon sayısını (numune ve kontrol reaksiyonları) hesaplayın.

Her tahlil çalışmasının içinde, mutlaka bir pozitif ve negatif kontrolün olması gereklidir.

Pipetlemenin tam olarak karşılanması için, %10 ilave hacim hesaplanmasını tavsiye

ederiz (bakınız Tab. 2, Tab. 3). Kullanmadan önce, Reaction Mix, Taq-Polymerase,

Positive Control, PCR Water ve ICD’yı çözün, nazikçe karıştırın ve kısa bir süre

santrifüjleyin. Çalışma aşaması esnasında, reaktifleri uygun soğuklukta (2 - 8 °C)

muhafaza edin.

Tab.2: Hesaplama ve pipetleme, örneğin 10 Master-Mix reaksiyonu için

(Ekstraksiyon ve PCR inhibasyonu olarak ICD)

Kit kodu Master-Mix bileşenleri Reaksiyon başına hacim

10 reaksiyon (ekstra %10 )

1 Reaction Mix 19.9 µl 218.9 µl

2 Taq-Polymerase 0.1 µl 1.1 µl

Toplam 20.0 µl 220 µl

Master-Mix bileşenlerini yavaşça kısa süreliğine aşağıya döndürerek karıştırın.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 7

Tab.3: Hesaplama ve pipetleme, örneğin 10 Master-Mix resksiyonu için

(ICD, sadece PCR inhibasyon kontrolü olarak)

Kit kodu

Master-Mix bileşenleri

Reaksiyon başına hacim

10 reaksiyon

(ekstra %10)

1 Reaction Mix 19.9 µl 218.9 µl

2 Taq-Polymerase 0.1 µl 1.1 µl

D Internal Control DNA 1.0 µl 11 µl

Total 21.0 µl 231.0 µl

Master-Mix bileşenlerini yavaşça kısa süreliğine aşağıya döndürerek karıştırın.

8.3 PCR-Mix hazırlanması

Her bir reaksiyon şişesine (tüp veya plaka) 20 Master-Mix pipetleyin.

Negatif Kontrol: Önceden pipetlenen Master-Mix’e, negative kontrol olarak 5 µl PCR Water ekleyin.

Not: Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama prosedüründe ekstraksiyon

kontrolü olarak kullanılırsa, negatif kontrol PCR Mix'e 1 µl ICD ilave edilmesini öneririz.

Örnek: Önceden pipetlenen Master-Mix'e 5 µl DNA-Extract ekleyin. Pozitif Kontrol: Önceden pipetlenen Master-Mix'e 5 µl Pozitif kontrol ekleyin.

Not: Eğer ICD, PCR inhibasyon kontrolü ve numune hazırlama prosedüründe PCR inhibasyon

kontrolü olarak kullanılırsa, pozitif kontrol PCR Mix'e 1 µl ICD ilave edilmesini öneririz.

Tüpleri veya plakayı kapatın. Aşağıya döndürün ve real-time PCR cihazına yerleştirin.

PCR reaksiyonu, PCR cihaz ayarlarına göre başlatılmalıdır (bakınız Tab. 4, Tab. 5).

Not: Rotor-Gene Q (QIAGEN) da sadece 0.1 ml ‘lik tüpler kullanın.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 8

8.4 PCR Cihaz Ayarları

Tab.4: for LightCycler 480II, SmartCycler, Rotor-Gene Q için Real-time PCR profili

İlk Denatürasyon

Cycles

Denatürasyonu

Sertleştirme/Uzatma

1 dk, 95 °C

45 Cycles

10 sn 95 °C

15 sn, 60 °C

PCR

Sıcaklık Geçiş Hızı / Ramp Oranı

Maksimum

Not: Not: Sertleşme ve uzatma aynı aşamada meydana gelir.

Not: Manual Tresh Flour Ünitelerini SmartCycler® (Cepheid)'da, Kanal 1 için 30.0'a,

Kanal 2 için 2 ila 4'e ayarlayın. Farklı cycler’lar arasındaki değişiklikler nedeniyle,

Manual Thresh Fluor unitelerinin kanal 1 için ayrı adaptesi gerekebilir.

Tab.5: Mx3005P, ABI7500, m2000rt and CFX96™ için Real-time PCR profili

Ilk Denatürasyon

Cycles

Denatürasyonu

Sertleştirme/Uzatma

1 dk, 95 °C

45 Cycles

15 sn, 95 °C

30 sn, 60 °C

PCR

Sıcaklık Geçiş Hızı / Ramp Oranı

Maksimum

Not: Sertleşme ve uzatma aynı aşamada meydana gelir.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 9

8.5 Tespit Kanalı Ayarı Tab.6: Uygun tespit kanallarını seçin.

Real-time PCR Cihazı

Tespit Tespit Kanalı

Giardia lamblia 465/510

Not

Roche

LightCycler480II

ICD 533/580

Entamoeba histolytica 533/610

Cryptosporidium parvum 618/660

RIDA GENE Color Compensation Kit I (PG0001)

gereklidir

Cepheid

SmartCycler

Giardia lamblia Kanal 1

ICD Kanal 2

Entamoeba histolytica Kanal 3

Cryptosporidium parvum Kanal 4

Manual Tresh Flour Unitelerinin Kanal 1

için 30.0 ‘e, Kanal 2 ila 4 için 5.0’e ayarlanmış

olduğunu kontrol edin

ABI 7500

Giardia lamblia FAM

ICD VIC

Entamoeba histolytica ROX

Cryptosporidium parvum Cy5

ROX pasif referans opsiyonunun

olmadığını kontrol edin.

Giardia lamblia FAM

Abbott m2000rt

ICD VIC -

Entamoeba histolytica ROX

Cryptosporidium parvum Cy5

Stratagene Mx3005P

Giardia lamblia FAM

ICD HEX

Entamoeba histolytica ROX

Cryptosporidium parvum Cy5

Referans boyasının olmadığını kontrol edin.

Qiagen Rotor-Gene Q

Giardia lamblia Yeşil

ICD Sarı

Entamoeba histolytica Turuncu -

Cryptosporidium parvum Kırmızı

9. Sonuç Yorumlama

Numune analizleri, üreticinin talimatlarına göre real-time PCR cihazı yazılımı

tarafından yapılır. Pozitif ve negatif kontroller doğru sonuçları göstermek zorundadır.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 10

(bakınız Şekil1, Şekil 2, Şekil 3).

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 11

Pozitif kontrol, Cryptosporidium parvum için 103 kopya/ µl ve Giardia lamblia ve

Entamoeba histolytica için 104 kopya / µl konsantrasyonuna sahiptir. Her bir PCR

çalışmasında sırasıyla toplam, 5 x 104 ve 5 x 103 kopya miktarları kullanılır.

Şekil1: LightCycler 480II ‘da pozitif ve negative kontrollerin (Giardia lamblia) doğru çalışması

11 RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02

Şekil 2: LightCycler 480II ‘da pozitif ve negative kontrollerin (Entamoeba histolytica) doğru

çalışması

10.955

10.055

9.155

8.25

7.355

0

6.455

., i5.555

j 4.655

3.755

2.855

1.955 '=-=================----- 1.055

10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 42 44

Cvcles

12 RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02

Şekil 3: LightCycler 480II ‘da pozitif ve negative kontrollerin (Cryptosporidium parvum) doğru çalışması

7.033

6.433

5.833

5.233

4.633

:: 4.033

[

"i 3.433

! 2.833

2.233

1.633

1.033

0.433

10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 42 44 Cvcles

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 13

Sonuç yorumlanması Tablo 7'ye göre yapılır.

Tab.7: Numune yorumlama

Hedef Genler

Giardia lamblia

E. histolytica

C. parvum

ICD

Result

Tespit Kanalı

pozitif

negatif

negatif

pozitif/negatif Tepit edilen G. lamblia

Tespit

Kanalı negatif

pozitif

negatif

pozitif/negatif

Tepit edilen E.

histolytica

Tespit

Kanalı negatif

negatif

pozitif

pozitif/negatif

Tepit edilen

C. parvum

Tespit

Kanalı

pozitif

pozitif

negatif

pozitif/negatif

Tepit edilen

G. lamblia and E.

histolytica

Tespit

Kanalı pozitif

negatif

pozitif

pozitif/negatif

Tepit edilen

G. lamblia and C. parvum

Tespit

Kanalı negatif

pozitif

pozitif

pozitif/negatif

Tepit edilen

E. histolytica and C. parvum

Tespit

Kanalı pozitif

pozitif

pozitif

pozitif/negatif

Tepit edilen

G. lamblia, E. histolytica and C.

parvum Tespit

Kanalı negatif

negatif

negatif

pozitif

Hedef genler tespit edilmedi

Tespit

Kanalı

negatif

negatif

negatif

negatif

Geçersiz

Tespit sisteminde, Internal Control DNA (ICD) için bir amplifikasyon sinyali gözleniyorsa

ve numune DNA amplifikasyon sinyali gösterirse, Giardia lamblia, Entamoeba

histolytica ve Cryptosporidium parvum tespit edilir.

Tespit sisteminde, numune DNA amlifikasyon sinyali gösteriyorsa ama Internal Control

DNA (ICD) için bir amplifikasyon sinyali yoksa, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica

ve Cryptosporidium parvum tespit edilmez.

Internal Control DNA (ICD) tespiti gerekli değildir, çünkü amlifikasyonun yüksek

konsantrasyonları, internal amplifikasyon kontrolün zayıf ya da olmayan sinyaline

neden olabilir.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 14

Tespit sisteminde, Internal Control DNA (ICD) için bir amplifikasyon sinyali gözleniyor,

ancak numune DNA aplifikasyon sinyali göstermiyorsa, Giardia lamblia, Entamoeba

histolytica ve Cryptosporidium parvum tespit edilmez.

Ekstraksiyon prosedüründeki hata ya da PCR reaksiyonunun inhibasyonu, Internal

Control DNA (ICD)'nın tespiti ile ekarte edilebilir.

Eğer numune DNA, tespit sisteminde Giardia lamblia, Entamoeba histolytica,

Cryptosporidium parvum ve Internal Control DNA (ICD) amplifikasyon sinyali

göztermezse, numune geçersizdir. Ekstraksiyon prosedüründe ya bir hata oluşmuştur

ya da numune bir PCR inhibütörü içeriyordur. Ekstrakte numunenin PCR Water ile daha

fazla dilüe (1:10) edilip, yeniden amplifiye edilmesi ya da numune izolasyon ve

purifikasyonun geliştirilmesi gerekmektedir.

10. Performans Özellikleri

10.1 Analitik duyarlılık

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II multiplex real-time PCR’ın tespit sınırı, sırasıyla

Giardia lamblia, Cryptosporidium parvum ve Entamoeba histolytica için reaksiyon başına

≥ 5 DNA kopyadır (şekil 4, şekil 5, şekil 6’ya bakın).

Şekil 4: LightCycler 480II’da Giardia lamblia (µl başına 105 – 101 DNA kopya) dilüsyon serisi

Şekil 5: LightCycler 480II’da Entamoeba histolytica (IJI başına 105 – 101 DNA kopya) dilüsyon serisi

9.661-

8.861

8.061

7.261-

6.461

o­

::i 5.661

.. ;4.861

if 4.061

3.261

2.461

0.861

10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 42 44

Cllcles

RIDA®GENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 15

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 16

Şekil 6: LightCycler 480II’da Cryptosporidium parvum (µl başına 105 – 101 DNA kopya) dilüsyon serisi

Tüm prosedürün tespit limiti, numune matrisine, DNA ekstraksiyonuna ve DNA

konsantrasyonuna bağlıdır.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 17

10.2 Analitik özgünlük

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II multiplex real-time PCR analitik özgünlüğü, Giardia

lamblia, Entamoeba histolytica ve Cryptosporidium parvum için spesifiktir.

Aşağıdaki türler için (Tab.8’e bakın) çapraz reaktivite tespit edilmemiştir.

Tab.8: Çapraz reaktivite testi

Arcobacter butzleri

-

Clostridium perfringens

- Pseudomonas

aeruginosa

-

Adenovirus

(Type 40, 41)

-

Clostridium sordellii

-

Salmonella enteritidis

-

Aeromonas hydrophila

-

Enteropathogenic E. coli

-

Salmonella typhimurium

-

Bacillus cereus

-

Enterotoxigenic E. coli

-

Serratia liquefaciens

-

Bacteroides fragilis

- Enterohemorrhagic

E. coli

-

Shigella flexneri

-

Campylobacter coli

-

Enterobacter cloacae

-

Staphylococcus aureus

-

Campylobacter jejuni

-

Enterococcus faecalis

- Staphylococcus

epidermidis

-

Candida albicans

-

Klebsiella oxytoca

-

Vibrio parahaemolyticus

-

Citrobacter freundii

-

Norovirus

-

Yersinia enterocolitica

-

Clostridium difficile

-

Proteus vulgaris

-

11. Yöntem limitleri

1. Moleküler analiz sonuçları, tanı için yol gösterici olmamalıdır, ancak her zaman

hastanın semptomları ve tıbbi geçmişi bağlamında ele alınmalıdır.

2. Bu tahlil, sadece dışkı numuneleri için onaylanmıştır.

3. Uygunsuz örnek toplama, taşıma , depolama ve işleme veya patojen, analitik

hassasiyetin altındaki numunede, yalancı negatif sonuçlara neden olabilir.

4. PCR inhibitörlerinin varlığı geçersiz sonuçlara neden olabilir.

5. Primer veya prob bağlayıcı bölgelerdeki polimorfizm ya da mutasyonlar, RIDAGENE

Parasitic Stool Panel tahlili ile bir yalancı negatif sonuçta ortaya çıkan yeni türevlerin

tespitini etkileyebilir.

6. In vitro diagnostik testlere dayalı tüm PCR'larda olduğu gibi, tespit sınırı altında (LoD)

hedefin çok düşük seviyeleri tespit edilebilir ancak sonuçların tekrarlanabilirliği

olmayabilir.

RIDAGENE Parasitic Stool Panel II 13-10-02 18

7. Pozitif bir test sonucu, mutlaka canlı organizmaların varlığını işaret etmez. Bununla

birlikte, pozitif sonuç, hedef genlerinin(18s-ITS) mevcudiyeti için bir göstergedir.

12. Literatür

1. Centers for Disease Control and Prevention 2011. Giardia Epidemiology & Risk

Factors, http://www.cdc.gov/parasites/giardia/epi.html. Accessed 10.07.2012.

2. Food and Drug Administration (FDA) 2011. Bad Bug Book 2nd Edition.

http://www.fda.gov/food/foodsafety/foodborneillness/foodborneillnessfoodbornepa

thogensnaturaltoxins/badbugbook/default.htm. Accessed 10.07.2012.

3. Robert Koch Institut 2010. Kryptosporidiose (Cryptosporidium parvum).

RKI-Ratgeber für Ärzte 2004. Accessed 24.07.2012.

4. LEE JK, SONG HJ and Jae-Ran YU JR. Prevalence of diarrhea caused by

Cryptosporidium parvum in non-HIV patients in Jeollanam-do, Korea . Korean J

Parasitol. 2005, 43(3):111-114.

5. Leitch GJ and Qing He. Cryptosporidosis - an overview. J Biomed Res. 2012,

25(1): 1-16.

6. Scallan E et al. Foodborne Illness Acquired in the United States - Major

Pathogens. Emerg Infect Dis. 2011, 17(1): 7-15.

7. Fotedar R et al. Laboratory diagnostic techniques for Entamoeba species. Clin

Microbiol Rev. 2007, 20(3):511-532.