KULeuveniGEM2015 

 

TableofContents

Introduction  2 

Previous Sponsors  3 

What is iGEM?  4 

Synthetic biology  5 

Previous KU Leuven teams  6 

The iGEM2013 team  7 

Sponsor packages  8 

Media  10 

Contact: igem@chem.kuleuven.be 

Sponsorbrochure

Organizedby BioSCENTer

   

   

2

 Dear Sir/Madam,   May  we  introduce  you  to  the  iGEM  competition,  the  most  prestigious  students’  synthetic  biology competition? iGEM stands for ‘international Genetically Engineered Machine’. The iGEM competion brings interdisciplinary undergraduate (bachelors and master) student teams from all over the world together  in an effort to create micro‐organisms that can perform novel tasks.  The  iGEM competition advances synthetic biology but  is much more than the scientific project. Synthetic biology  is  an  end‐user  oriented,  interdisciplinary  science. Hence,  teams must  approach  their  project  as potential  spin‐offs: engage  in public debate,  incorporate  the demands of  the end‐users  in  their project, fulfil health and safety  requirements,  investigate  the ethical consequences of  their project,  find  financial support, organize high school visits to stimulate the next generation etc.   The  iGEM  competition  not  only  stimulates  research  but  also  education,  societal  service,  and entrepreneurship.  These goals are fully in line with the KU Leuven mission statement! The first KU Leuven iGEM team took part in 2008, 5 years after the competition’s inception at the Massachussetts Institute of Technology (Boston, MA), where the finals are still held every year.  KU Leuven iGEM teams scored a place in the iGEM finals in 2008 through hard work and dedication during a whole year, particularly in the summer months. The KU Leuven teams have continued to reach the finals in every participating year since (2009, 2011, and 2013). Moreover, in 2013, our team reached a new high by winning the “Best Undergraduate team Model” prize  in the finals, awarded to the team with the most encompassing and  innovative mathematical model. This  is no mean  feat considering  the competiton has grown exponentially from 84 teams in 2008 to 245 in 2013, with stiff regional pre‐selections since 2011.   To continue these good results, we are putting together an extremely motivated  interdisciplinary team to take part in 2015 but we also need some financial support. The scientific costs, the enrolment fees, travel and lodging expenses at the regional competition (Lyon, France) and hopefully the finals (Boston, MA, USA) are  adding up.    iGEM KU  Leuven  is organised  and  supported by BioSCENTer  and  the KU  Leuven.   Once again, iMinds Future Health Dept will support us and the European Union offers a small incentive.  Nonetheless, we need more help  to  reach our goal,  i.e. going  to  the  finals and  claim a prize! The  iGEM competition  is  the  largest  annual  gathering  of  synthetic  biologists  globally.  Our  sponsors  will  be compensated for their funding with worldwide publicity and the knowledge they supported young students on their road to become creative, collaborating, communicating, industrial thinking scientists.  Increase your visibility in this young & upcoming branch of science, become our sponsor!   We hope for your support for which we thank you very much in advance.   The KU Leuven iGEM 2015 team 

     

KU Leuven iGEM organizer     

KU Leuven iGEM 2013 sponsors Platinum 

 

 

 

 

 

 

Gold 

 

 

Silver 

 

 

 

Bronze 

 

 

 

 

Jamboree 

 

 

 

 

 

KU Leuven Sympathiser 

 

 

 

 

 

3

The iGEMfoundation 

   

 

   

 

    

 

iGEM  stands  for  ‘International Genetically Engineered Machine’.    It was  created  in  2003  as  a  student  course  at  the  Massachusetts Institute of Technology.  In 2012, the iGEM foundation was founded, an  independent  nonprofit  organization,  located  in  Cambridge, Massachusetts, USA.  The iGEM foundation is dedicated to education and  competition,  advancement  of  synthetic  biology,  and  the development of open community and collaboration. These  goals  are  reached  through  the  iGEM  competition,  a  global, yearly, synthetic biology student competition.   The  iGEM foundation also  established  and  operates  the  Registry  of  Standard  Biological Parts,  a  community  collection  of  biological  parts.    iGEM  brings together  a  broad  community  of  interested  parties,  from  schools, laboratories,  and  research  institutes  to  industry  and  the  general public.    iGEM  stimulates  their  collaboration  to  further  develop  the new field of synthetic biology. 

iGEM2015@KULeuven

October– November  2014 Information sessions Application deadline 

Team selection interviews  

December  2014 KU Leuven iGEM2015 selected 

Team presentation  

February – May  2015 Project selection Sponsor contacts Project preparation Scientific initiations 

Biological Parts kit arrival Initial stakeholder outreach 

 July – September  2015 Project implementation iGEM collaborations 

! Synthetic Biology day !  

October  2015 Regional championships 

Finalist selections  

November  2015 World championships ?! 

TheiGEMJamboreeisthelargestannualgatheringofsyntheticbiologists,withover200teamsandmorethan2000participantsin2014!

TheiGEMcompetition Teams  design  and  create  a  new  biological  system  in  living  cells, providing  them  with  improved  properties.    Teams  choose  their project  freely; hence  topics  vary  from perfume production  to  scent detection  and  from pathogen  remediation  to  aphid  repellent.    This underscores synthetic biology’s broad application base.  The  iGEM  competition  awards  projects  with  an  interdisciplinar, encompassing approach.   Systems  should not only be built but also modelled  to  support  efficient  building;  ethical  aspects  must  be considered  and  local  stakeholders  (general  public,  industry,  end‐users) interviewed early on to gauge the viability of the project.   Each spring, the iGEM foundation sends participating teams a kit with existing,  standardized  biological  parts  from  their  Registry. Furthermore, teams are encouraged to design new parts and submit them  to  the Registry  for  future use.   With  these parts,  teams build their novel biological  system.   Projects are developed at  the  teams’ university over the summer and presented at the respective Regional Jamborees in October 2015.  For European teams this will be at Lyon University,  France.    Best  teams  of  each  regional  Jamboree  are selected  to  showcase  their  work  at  the  World  Championship Jamboree in Boston, MA in November 2015.   For more information about iGEM see www.igem.org. 

4

   

 

 

5Syntheticbiology

Synthetic  Biology  is  a  recent  scientific  domain  where  biological functions  and  systems,  not  existing  in  nature,  are  created.    To improve  feasibility,  synthetic  biology  aims  to  use  a  modular approach whereby biological parts  (existing DNA stretches with a known  function) are  standardized.   This  improves  their  repeated implementation  in  a  variety  of  new  projects.   Within  the  iGEM competition,  these parts  are  referred  to  as BioBricks  and  stored for general use in the Registry.   Model  organisms  can  thus  be  re‐programmed  with  externally added  genetic  information  to  carry  out  a  new  function.    Initial systems were built in bacteria but now also mosses, worms, fungi or plants are being used.  Hence, synthetic biology can be seen as an extended form of biotechnology.   

 BioBricks connected to form a vanilline receptor  

Source: www.partsregistry.org 

 

  The  applications  of  Synthetic  Biology  are  very  diverse  and  can range  from  the production of  vaccines,  chemicals or bio‐fuels  to the creation of biosensors and so much more!  For example, a Dutch company manipulated the fungus Penicillium notatum to produce antibiotics of the cephalosporine‐group.  The KU Leuven, in cooperation with iMEC, developed a microchip that is  connected  to  a  bacterially  driven  biosensor.    This  microchip detects environmental  signals and generates an electric  signal  in response.   Synthetic  Biology  is  a  new,  innovative  scientific  branch.  All stakeholders,  eg  scientists,  industry,  general  public,  and  law makers have the unique opportunity to engage from the start in a fruitful dialogue about the uses and pitfalls of synthetic biology.   The  iGEM  foundation  and  competition  strongly  encourages  a public debate. The KU Leuven iGEM teams have followed suit with a  number  of  Synthetic  Biology  debates  and  symposia  and  high school visits with their Syn‐Bio School Kit.  

Biotechnology&Art

Tuur van Balen demonstrates that  Synthetic  Biology  is  not limited to the scientific world but has  flowed over  into  the art world.  His  project,  Pigeon  d’Or, proposes  the  use  of biotechnology  to  add  a beneficial  factor  to  city pigeons:  manipulate  their excrements  to  act  as  soap and  let  them  become  city‐wide window cleaners.  This conversion of excrement to  soap would be  stimulated by  adding  modified  bacteria to pigeon feed.   www.cohenvanbalen.com  

    

 

   

   

6 KULeuveniGEMteams 2008‐2011   The KU Leuven team first took part in the iGEM competition in 2008 with the project Dr. Coli. The goal was to manipulate E. coli bacteria so that they would produce the necessary antibiotics when needed in the human body. The KU Leuven team won their first gold medal at the World Championship Jamboree with this project.     In 2009 the KU Leuven team took part for a second time, this time with  a  new  team  and  project:  Essencia  coli,  a  vanilline  producing bacteria. Using a light receptor, it was possible to stimulate vanilline production with blue light. A built‐in feedback mechanism ensured a constant vanilline concentration. This  is a universal system and can be applied to other odours or tastes. Every application that requires a  constant  concentration  of  a  substance  can  make  use  of  this system. This project also received a gold medal.  

KULeuveniGEMteamshavereachedthefinalalready4times. The2013teambroughtbackthe“bestmodel”prizefromthefinals.

WehopetocontinuethistrendwiththeKULeuven2015team! 

After a year’s break, KU  Leuven decided  to participate again  in 2011. These  students built E.D.  frosti, a bacterium  that can  stimulate  the  formation of  ice as well as defrosting, depending on  the  stimulus. The bacteria could be used to form an anti‐freeze biofilm to cover roads, to prevent further melting of glaciers or create ice, even at higher temperatures. Each iGEM team builds security measures into their organisms to  prevent  their  unwanted  reproduction.  These  mechanisms,  “kill‐switches”,  will  destroy  the  iGEM organism when it is no longer required, or should not reproduce. The kill‐switch in the E.D. frosti bacterium is represented by the green skull. With E.D. frosti the 2011 team brought home a gold medal once again!   

 Schematic representation of E.D. frosti 

   

 

 

   

7

                

   

                

E.coligy:PlantswithBanAphids

The  2013  KU  Leuven  team  has  chosen  for  the  project ‘E.coligy: Plants with BanAphids’ (read ‘benefits’ but also ‘ban aphids’).  Crop waste due  to  aphid  infestations  is  a major, worldwide issue.  Current  remedies  focus  on  the  use  of  pesticides, harmful  for  the  ecosystem  and  inducing  resistance  in  the aphids. The KU Leuven  team designed a bacterial strain  (E.coligy)  to repel  aphids  from  garden  plants  or  industrial  fields.  The bacteria  will  produce  natural  pheromones,  able  to  repel aphids and attract their predators, eg the ladybug. The aim of the project is to reduce the use of harmful insecticides.     

BestMathematicalModelprize Our award winning model was a big hit with Mathworks, an iGEM  sponsor.  Our  model  consisted  of  3  tiers.  First  we modelled the impact of the new system on bacterial viability. Second,  we  modelled  oscillation  properties  (time,  peak height,  re‐synchronization  capacities)  of  our  self‐sustaining oscillation  circuit,  required  to  produce  the  appropriate pheromones. This section was done not only for one bacterial cell but also assumed a bacterial colony. Finally, we took into account  environmental  factors  such  as  wind  direction  and speed  to model  their  impact  on  pheromone  dispersal  and thus efficacy of our Banaphids. The model was built with data from  scientific  litterature  and  team  results  on  pheromone production by our BanAphids.   More  info  about  the  project  can  be  found  on  our  WIKI: www.2013.igem.org/Team:KULeuven 

In 2013, the team consisted of 16 enthusiastic students from (bio‐)  engineering, medicine,  biomedical  sciences,  sciences and  philosophy.  They  joined  hands  to  once  again  work during the year and in summer towards a succesful project.  

KULeuveniGEMteam2013

   8

SponsorpackagesTo successfully take part in this project, we need the help of sponsors. We are not only looking for financial support but  also  for  laboratory material  and other  consumables. All donations  are welcome! Above  40 Euro, you will receive a fiscal certificate from the KU Leuven and your donation becomes tax‐deductible!   Where does your support go to?   1. iGEM registration   2. Laboratory supplies, equipment, DNA sequencing   3. Flight tickets and accommodation  What do you get in return?  Corporate sponsors:  iGEM  is the biggest  international Synthetic Biology competition, where we can offer your company worldwide publicity! The logo of your company and a link to your website will be visible on our WIKI page (www.2013.igem.org/Team:KULeuven), which will be visited by thousands of visitors.   Private donation : we will thank you in person on our website and during our presentations, together with the other private sponsors – unless you would like to remain anonymous of course.   On  top of  that, we will  invite all sponsors  to our public events and keep everyone up‐to‐date via  the KU Leuven and BioSCENTer website (http://www.kuleuven.be/bioscenter/).  If you choose one of our  sponsor  formulas, we offer you different extra bonuses  (see  table on  the next page). In case you have suggestions or would like to have a customized sponsor formula, don’t hesitate to contact us at .igem@chem.kuleuven.be!  How to become a sponsor? Choose one of the sponsor formulas below, and contact us at igem@chem.kuleuven.be. We will send you a form with all the required info. You can also contact us via this address for any questions regarding iGEM.    

 The 2010 finalists at the world championship in Boston  

 

 

 

 

Sponsor Options iGEM 2015 KU Leuven 

Sponsor‐formula  Amount  Extra bonus

Platinum  €2,500.00  TALL LOGO on the iGEM2015 KU Leuven team wear 

LARGE LOGO in the promotion video of the iGEM2015 team 

LARGE LOGO on the poster in Lyon/Boston 

LARGE Acknowledgement on the presentation in Lyon/Boston 

WIKI : LOGO + introduction of your company with web‐link 

Gold  €2,000.00  LARGE LOGO on the iGEM2015 KU Leuven team wear 

LOGO in the promotion video of the iGEM2015 team 

LOGO on the poster in Lyon/Boston 

Acknowledgement on the presentation in Lyon/Boston 

WIKI : LOGO + introduction of your company with web‐link 

Silver  €1,500.00  LOGO on the iGEM2015 KU Leuven team wear 

Small LOGO in the promotion video of the iGEM2015 team 

Small LOGO on the poster in Lyon/Boston 

Acknowledgement on the presentation in Lyon/Boston  

WIKI : LOGO + introduction of your company with web‐link 

Bronze  €1,000.00  Small LOGO on the iGEM2015 KU Leuven team wear 

Small LOGO on the poster in Lyon/Boston 

Acknowledgement on the presentation in Lyon/Boston 

WIKI : LOGO + introduction of your company with web‐link 

Jamboree  €500.00  Acknowledgement on the presentation in Lyon/Boston 

WIKI : small LOGO + introduction of your company with web‐link 

iGEM KU Leuven sympathiser 

€300.00  Acknowledgement on the presentation in Lyon/Boston 

Acknowledgement on the WIKI 

Private donation  Negotiable  Acknowledgement on the WIKI 

 

   

9

 

  

Mediacoverage:selecteditemsKULeuveniGEM2011,2013.

The  projects  of  2011,  E.D.  frosti,  and  2013,  E.coligy:  “Plants with BanAphids”  received  a  lot  of media 

attention: on the radio (Radio 1), on television (ROB TV, VRT Journaal) and in some newspapers (e.g. De 

Standaard, Het Nieuwsblad en De Gazet Van Antwerpen). Please find some examples here. 

Note, these are not translated since they stem from local newspapers and we did not want to infringe on 

copyright laws. 

KULEUVENiGEM2011

Benelux‐biobricks naar iGEM finale (4th October 2011, C2W) 

De RU Groningen en de K.U.Leuven hebben de eindronde gehaald van iGEM 2011, het wereldkampioenschap synthetische biologie voor studenten. Met respectievelijk een tel‐ en een vriesbacterie bleven ze tijdens de Europese voorronde, afgelopen weekend in Amsterdam, het grootste deel van de concurrentie voor.  

iGEM staat voor International Genetically Engineered Machine Competition. De wedstrijd draait rond het inbouwen van extra DNA‐fragmenten (‘biobricks’) in bacteriën, zodat die commercieel interessante dingen gaan doen die ze van nature niet kunnen.  

Sinds 2005 wordt deze wedstrijd jaarlijks georganiseerd aan het Massachusetts Institute of Technology (MIT) in de VS. Vanwege de almaar toenemende belangstelling zijn dit jaar voor het eerst regionale voorrondes (jamborees’) georganiseerd in Europa, de VS en Azië.  

De Groningse inzending van dit jaar heet ‘Count coli’. Het moet een bacterie worden die het aantal keren kan bijhouden dat zij een inputsignaal (om precies te zijn een koude‐impuls) heeft gekregen. Via fluorescentie in verschillende kleuren moet zij dit getal ook kunnen aangeven.  

De Leuvense inzending heet E.D.Frosti. Dit moet een bacterie worden die naar keuze een antivrieseiwit (AFP) aanmaakt voor gladheidsbestrijding op de weg, of een INP‐eiwit dat de kristallisatie van water tot ijs juist bevordert. Als mogelijke toepassingen van dat laatste effect worden het maken van hightech ijsblokjes, het voorkómen van het smelten van gletsjers en het vergroten van de kans op een Elfstedentocht genoemd.  

Aan de voorronde deed tevens een gecombineerd team van de UvA en de VU mee, dat de koudetolerantie van E.coli wilde verbeteren. De Wageningse inzending betrof een bacteriële oscillator, Delft kwam met een ‘plakkerige’ bacterie en de Université Libre de Bruxelles bedacht een technische oplossing om E.coli eenvoudiger modificeerbaar te maken. Deze projecten overleefden de voorronde echter niet, al verdienden Amsterdam, Wageningen en Brussel wel een gouden medaille.  

De finale is van 5 tot en met 7 november aan het MIT.  

 

 

10

Zelfeenvriesbacteriebouwen(December2011,MeMo)

11

Wegmethetstooizout,levedebacteriën(1st&2ndOctober2011,GazetVanAntwerpen) 

ThankstotheConcentragroupforprovidinguswiththepdfversionofthisarticle.

12

KULEUVENiGEM2013

Television and Radio 

20th September 2013: Interview with Flore De Wit on Radio 2 Vlaams‐Brabant 

http://2013.igem.org/wiki/images/d/d7/KU_Leuven_iGEM_2013_radio.mp3    

14th October 2013: VRT Television News Item 

13u: http://www.deredactie.be/cm/vrtnieuws/videozone/programmas/journaal/2.30411?video=1.1754141  19u: http://www.deredactie.be/cm/vrtnieuws/videozone/programmas/journaal/2.30446?video=1.1754410   

Written Press 

22nd August 2013: Eos: Kaderstuk  

 

 

13

 

19th September 2013: DeMorgen; HLN; … 

KUL‐studenten creëren genetische gemanipuleerde ‘bladluisverschikker’ 

 

 

20th september 2013: Vilt 

KU Leuven creëeren bladluisverschrikker 

http://www.vilt.be/KU_Leuven_studenten_creeren_bladluisverschrikker   

 

14

1313

5th November 2013:  

De Standaard : KUL‐studenten winnen prijs met bladluisverschrikker 

http://www.standaard.be/cnt/dmf20131105_00825957 

  

VTM news website : Prijs voor Leuvense bladluisverschrikker 

http://nieuws.vtm.be/buitenland/66867‐prijs‐voor‐leuvense‐bladluisverschrikker 

 

 

 

15