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AXIMA-Performance

簡易説明書

PMF解析

（MS測定）

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この説明書について

弊社MALDIアプリケーション担当者の経験に

基づいた測定解析の推奨パラメータが記載されて

います。弊社装置を初めて測定される方が迅速に

測定解析ができるように配慮したものです。そのため、Getting Started Guideなどの正式

なマニュアルとはパラメータの値が多少異なるこ

とがありますのでご了承ください。詳細な操作説明やメンテナンスに関しては正式

なマニュアルをご参照ください。

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ペプチドのMS測定

（PMF）

標準物質と試料のサンプルプレートへの滴下

サンプルプレートの挿入

キャリブレーション

試料の測定

キャリブレーション用試料の測定

測定・解析手順

データベース検索に用いるピークの選択（PMF）

Mascotデータベース検索（PMF）

試料の前処理（電気泳動した試料のインゲル消化、脱塩など）

測定条件の設定

M

S

測

定

P

M

F

解

析

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１．標準試料と試料のサンプル

プレートへの滴下

1

測定試料をサンプルプレートに滴下、乾燥させます。２

較正に用いる標準物質をサンプルプレートに滴下、乾燥させます。出来る

だけ試料を滴下したウェルの近くに滴下します。３

較正は測定毎に行います。

以下、標準試料を用いて外部較正を行います

Bradykinin

fragment 1-7(Sigma B1651)

ACTH fragment 18-39

(Sigma A0673)

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２．サンプルプレートの挿入

1 52

3

１

Standbyをクリックします。（すでに押されている場合は

２

へ）

２

Open Door をクリックします。

３

Warning画面が表示されるので

Yes をクリックします。

４

プレートを挿入します。

５

プレート挿入後，Close Door を

クリックします。

Instrument Statusウィンドウ上でGauge1の表示圧力が

ポジティブモードで

1.0E-3Pa，ネガティブモードで8.0E-4Paより低くなると測定可能です。

プレートの切り口が右奥に

なるようにして，奥まで差

込みます。

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３．測定条件の設定

1 AcquisitionウィンドウのExp TechタブでTuning mode:を

reflectron

に変更します。

設定を変更される場合は，Standby状態で行ってください。

2

Mass Range:

には測定したい質量の範囲を入力します。PMFを行うときは「1-

4000」に設定します。

3 Operate ボタンをクリックします。

3

1

2

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1

2

5

3

4

7 8

910

1 Acquisition ウィンドウのFiringタブをクリックします。

2 プレート画面上で右クリックすると、以下画面が現れます。Well codeに試料ウェルの数

字を入力し、OKをクリックすると目的のウェルに移動します。

3 レーザーパワーを設定します。

スペクトルに応じて値を上下させます。

4 Profile：200を入力

、shots：

5 を選択します。

5 Blankを選択して700を入力します。

6 P.Extをチェックします。Optimize forに2500 を入力します。

7 Fireをクリックすると分析が始まります。

8

ここでレーザーの照射位置を微調整しながらピークが検出できる位置を探します。

9 測定を中止したい場合はAbort、一時停止したい場合はSuspend、再度測定を開始したい

場合はResumeをクリックします。

10測定が終了したら、Storeをクリックしてデータを保存します。

6

４．キャリブレーション用試料の測定

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５．キャリブレーションに用いるピークの

選択

1 メイン画面にて

Processingをクリックし、

Peak Processingを選択します。

をクリッ

クし、Spectrum Contentsウィンドウの

Processを選択しておきます。

2 Monoisotopic

Peak Picking タブをクリックし、左図のように

パラメーターの設定を行います。

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4 Apply toをクリックすると、設定した条件に基づいてピークが選択されます。

3

Peak Cleaupタブをクリックし、ピークの選択の設定を行います。以下の図を参考にパラメーターを入力します。Threshold offsetはスペクトルを見ながら任意の値を入力します・

任意

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1

Processingメニューから以下の

Calibrationウィンドウを開きます。

２ Massに最初の標準物質の[M+H]+の理論値を入力します。

3

Insert をクリックします。理論値が赤線で囲ったウインドウ内に表示されま

す。

４

各々の標準物質について２-３の作業を行います。

５

Toleranceを設定します。

メイン画面上で、較正前の標準物質の測定値と、２で入力した質量の理論値

との誤差を確認し、誤差より多少大きな値を入力します。

６

Calibrateボタンをクリックして質量を補正します。

７

Calibration file名を入力します。その都度新しいものを作成する必要はあり

ません。上書きでも可。

８

Calibration画面右上のSaveボタンをクリックします。

６．キャリブレーション

２

3 ５

通常はチェック

しません

６

８

注記

測定値と理論値の誤差が大きすぎて、ここで

示した方法では較正できないときは、AXIMA Performance スタートガイド

Software V2.8 第４章：MS分析

をご参照ください。

以下、２つの標準試料を用いてキャリブレーションします

Bradykinin1-7

；[M+H]+ monoisotopic

mass

757.40

ACTH fragment18-39

；[M+H]+ monoisotopic

mass

2465.20

７

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７．試料の測定

「４．キャリブレーション試料の測定」と同様に対象試料の測定とデータの保存を行い

ます。下図にBSAトリプシン消化物のマススペクトル例を示します。

８．データベース検索に用いるピークの選択「５．キャリブレーションに用いるピークの選択」と同様にPeak Processingのパラメー

ターを入力します 。

0

20

40

60

80

100

%Int.

1[c].C

18 mV Profile 101

0

20

40

60

80

100

%Int.

2500 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570m/z

1[c].C

12 mV[sum= 1197 mV] Profiles 1-101 Smooth Av 2 -Baseline 15

Data: BSAdigest0001.C3[c] 14 Nov 2004 12:03 Cal: Shima_PSD 14 Nov 2004 11:36 Shimadzu Biotech Axima CFRplus 2.8.3.20080616: Mode reflectron, Power: 74, Blanked, P.Ext. @ 2466 (bin 135)

2524

.56

2541

.60

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８．Mascotデータベース検索

1 メイン画面にて

をクリックし、

Internet search画面を表示させます。

2

左図に従って検索条件を入力

します。

＊実際のウインドウはスクロー

ルする必要があります。

＊特に赤矢印に注意してくださ

い

＊Database, Taxonomyの選択

は任意です。

3

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3

左図に従ってLowest peak

と,highest peakを入力します。

4

Fetch Peaksをクリックします

５

左のSelect Peaks画面が立ち上

がります。画面右をスクロールして、

目的のピークが検出されていること

を確認します。

ピークが検出されない場合、Peaks

の数（この場合４0）を増やしてか

らList peaksをクリックします。

６

左の画面を閉じます

注記

必ずSelect Peaks画面を閉じてくだ

さい。

７

Mass List for searchにピーク

が自動的に入力されます。

８

searchをクリックすると、左の

表示が現れ、実行します。