Use of species and specimen data … or advantages in sharing data

Dora Canhos (dora@cria.org.br)

Some assumptions...

Scientific progress depends on open access to data and information

Information and communication technology are provoking an evolution on scientific thinking and organization

Data sharing

data

Analysis / Synthesis

Publications

What happens to the data?

data

Analysis / Synthesis

Publication

Time

The data “pathway”...

data

PublicationsReportsThesisWeb Pages

Storage

Scientific publications

• Are vital for scientific progress• They reflect the vision of the authors• Facts interpreted at a certain time

If the data is to be reinterpreted by the author or by future generations it has to be available

data

Internet

Interface A

Interface B

More “beliefs” ...

Data and information that is freely and openly accessible promotes a greater return of the public investment, stimulates innovation and informed decisions

The integration of data from different disciplines, geographic spaces, analyzed by researchers also from different fields of knowledge and of different cultural origin, opens the way to new questions and to innovation

Building the knowlege base on biodiversity

• Collective, multi and inter-disciplinary• Requires an environment for global

cooperation• Depends on a comparative base of data and

knowledge

How to promote data sharing?

• Cultural barriers (internet, informatics, …)• Technological limitations (interoperability, archiving, …)• Legal impediments (biosafety, access to biodiversity, …)

It doesn’t only depend on the “will” to share data....• Must be organized: data models, standards, protocols...• Must be feasible (“doable”)• Must be planned: adequate resources, expertise,

infrastructure

Use of data

Indicators: use, content

Identifying data / information gaps

Data cleaning

Analysis

BIOTA/FAPESPBIOTA/FAPESP

The Biodiversity Virtual The Biodiversity Virtual

InstituteInstitute

Overall aim: inventory and characterize the biodiversity of the State of São Paulo, and define the mechanisms for its conservation and sustainable use.

http://www.biota.org.br

Atlas SinBiota

The main goal of

speciesLink was to

build a distributed

system integrating

several biological

collections and

making their primary

data available on the

Internet.

speciesLinkDistributed Information System for Biological Collections

http://splink.cria.org.br

DiGIR Portal

virtualcatalog

users queries

Collections (data providers)

HTTP / XML

SOAP

DiGIRProvider

DiGIRProvider

DiGIRProvider

HTTP / XML

RegionalServer

DiGIRProvider

locality data

precipitation

topography

distributional prediction

temperature

alg

ori

thm

locality data

precipitation

topography

distributional prediction

temperature

alg

ori

thm

locality data

precipitation

topography

distributional prediction

temperature

alg

ori

thm

locality data

precipitation

topography

distributional prediction

temperature

alg

ori

thm

occurrence data

temperature

rainfall

….

Potential distribution

modeling

Byrsonima subterranea Brad. & Mark. (Malpighiaceae)

Espécie considerada extinta pela lista da flora ameaçada de extinção no estado de São Paulo (SMA-SP 1997)

Byrsonima subterraneaByrsonima subterranea

Somente um registro de ocorrência

Inclusão na lista de espécies ameaçadas do Estado de São Paulo

Novo registro de ocorrência na Estação Ecológica de Assis

Uso da modelagem para auxiliar na localização da espécie

Modelagem de nicho fundamental para espécies com distribuição restrita ou com poucos pontos de amostragem

Estação Ecológica de Assis – SP

Dra Giselda Durigan

Cerrado e Floresta Estacional

Precipitação Média Anual

Tem

per

atu

ra M

édia

An

ual

Ponto original da espécie

Ponto próximo ao ponto original

Medida da distância no

espaço ambiental

Tomar a medida da distância ambiental (D) para todos os pontos da região de estudo

Ponto de orígem: Floresta Estadual de Asssis – IF

São Paulo

Modelagem de nicho fundamental para espécies com distribuição restrita ou com poucos pontos de amostragem

Espécie considerada provavelmente extinta - lista da flora ameaçada de exitnção no estado de São Paulo (SMA-SP 1997)

Byrsonima subterranea Brad. & Mark. (Malpighiaceae)

Área cinza = baixa similaridade ambiental

Área azul = alta similaridade ambiental

Fragmentos de Cerrado

Corte do Modelo utilizando dados de Corte do Modelo utilizando dados de solosolo

Facilitar o trabalho de campo diminuindo a área de busca

Registro de mais quatro ocorrência da espécie

Possíveis ProjeçõesG

eogr

afia

E

colo

gia

Pontos de Ocorrência

Algoritmo

Precipitação

Tem

pera

tura

Modelo do Nicho Ecológico

Previsão daDistribuição

Nativa

Projeção sobreClima Modificado

Projeçãosobre climaalterado

Previsão deInvasão

Projeção sobre outra região

Distribuição potencial no presente

no 1% aumento anual de CO2

0.5% aumento anual de CO2

Modelagem para espécies arbóreas do cerrado: presente e 2 cenários futuros considerando mudanças climáticas

hotspot

Crotalaria pallida (FABACEAE)

Região Nativa

Crotalaria pallida (FABACEAE)

Área de Invasão

Scenario involving the use of standards and protocolsScenario involving the use of standards and protocols

descriptivedata

nomenclature taxonomy

modeling

Data quality

maps

primary data

educationresearch

Decision making

Biological collection

Building data infrastructure

Is a collective effort.....

Obrigada

Dora Ann Lange Canhos

(dora@cria.org.br)http://splink.cria.org.brhttp://www.cria.org.br