THE JOURNAL OF TURKISH PHYTOPATHOLOGY · THE JOURNAL OF TURKISH PHYTOPATHOLOGY SCIENTIFIC REVIEW BOARD The Editor-in-Chief and Editorial Boards of The Journal of Turkish Phytopathology

THE JOURNAL OF TURKISH

PHYTOPATHOLOGY SCIENTIFIC REVIEW BOARD The Editor-in-Chief and Editorial Boards of The Journal of Turkish Phytopathology would like to extend their sincere appreciation to all those who have worked as referees for the Journal. Thank you for sharing your time, effort and professional expertise. Prof. Dr. Gülay TURHAN Prof. Dr. Semih ERKAN Prof. Dr. Ersin ONOĞUR Prof. Dr. Nafiz DELEN Prof. Dr. Filiz ERTUNÇ Prof. Dr. Figen YILDIZ Prof. Dr. Saadettin BALOĞLU Prof. Dr. Abuzer SAĞIR Prof. Dr. F. Sara DOLAR Prof. Dr. Mehmet E. GÜLDÜR Prof. Dr. Yeşim AYSAN Prof. Dr. Savaş KORKMAZ Prof. Dr. Emin ONAN Prof. Dr. Murat H.SİPAHİOĞLU Prof. Dr. Yusuf YANAR Prof. Dr. Semra DEMİR Prof. Dr. Berna TUNALI Prof. Dr. Soner SOYLU Prof. Dr. Bayram ÇEVİK Prof. Dr. Mustafa GÜMÜŞ Assoc. Prof. Dr. Himmet TEZCAN Assoc. Prof. Dr. Ömer ERİNCİK Assoc. Prof. Dr. Fikret DEMİRCİ Assoc. Prof. Dr. Dr. İlhan KAYA Assoc. Prof. Mona GAZEL Assoc. Prof. Dr. Dr. Hülya ÖZGENEN Assoc. Prof. Dr. Ümit ARSLAN Asist. Prof. Dr. Kadir İLHAN Assoc. Prof. Dr. Fatih ŞEN Asist. Prof. Dr. Mustafa KÜSEK Assoc. Prof. Havva İLBAĞI Dr. Mehmet DEMİRCİ Assoc. Prof. Dr. Sibel DERVİŞ Dr. Behçet Kemal ÇAĞLAR Asist. Prof. Dr. Kubilay K. BAŞTAŞ Dr. Suat KAYMAK Asist. Prof. Dr. İsmail Can PAYLAN Dr. Üftade GÜNER

All rights of articles published in this journal are reserved by The Turkish Phytopathological Society. Any use of the material, including reproduction in whole or in part requires permission in writing from The Turkish Phytopathological Society.

Meta Basım Matbaacılık Hizmetleri 87 Sok. No. 4 / A Bornova

(0.232) 343 64 54 [email protected] İzmir, 2014

Basım Tarihi: 29.12.2014

ISSN 0378 - 8024

http://www.fitopatoloji.org.tr

THE JOURNAL OF TURKISH PHYTOPATHOLOGY

TURKISH PHYTOPATHOLOGICAL SOCIETY

VOL. 42 2014, December NO. 1-3

CONTENTS

Melon necrotic spot virus (MNSV), A Newly Reported Virus Diseases for Turkey in Squash species Melon necrotic spot virus (MNSV), Kabak Türlerinde Türkiye için Yeni Bir Virüs Hastalığı G. KOÇ, H. FIDAN, S. BALOĞLU............................................................................................................. 1

The Investigation about The Effects of Strawberry latent ring spot virus on Certain Fruit Quality Characteristics of Olive Tree Çilek Latent Halkalı Leke Virüsü’nün Zeytinlerde Bazı Meyve Kalite Özelliklerine Etkilerinin Araştırılması S. ERİLMEZ, S. ERKAN ............................................................................................................................ 7 Prevalence, Isolation and Identification of Bacterial Canker Pathogens on Sweet Cherry Trees in Tekirdağ Tekirdağ'da Kiraz Ağaçlarında Bakteriyel Kanser Etmenlerinin Yaygınlığı, İzolasyonu ve Tanımlanması Üzerinde Araştırmalar M. BÜLBÜL, M. MİRİK............................................................................................................................ 15

Determination of the Best Forecast System for the Prediction of the Tomato Late Blight in the Field Tomato Growings of Balıkesir and Çanakkale provinces Balıkesir ve Çanakkale İllerinde Tarla Domatesi Yetiştiriciliğinde Geç Yanıklık (Phytophthora infestans (Mont.) De Bary) Hastalığına Karşı En Uygun Erken Uyarı Sisteminin Belirlenmesi M. H. AYDIN, N. ALTIN, M. E. GÖRE, Z. UÇKUN ............................................................................. 25 Detection of Viruses in Aegean Region Grapevines Ege Bölgesi Bağlarında Virüs Hastalıklarının Belirlenmesi A. KAYA, S. ERİLMEZ............................................................................................................................. 45

J. Turk. Phytopath., Vol. 43 No. 1-3, 1-6, 2014 ISSN 0378 - 8024

1

Melon necrotic spot virus (MNSV), A Newly Reported Virus Diseases for Turkey in Squash species

Gökmen KOÇ* Hakan FIDAN** Saadettin BALOĞLU***

* Ç.Ü. Pozantı Meslek Yüksekokulu, Pozantı, Adana/Turkey. [email protected] ** T.C. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Biyolojik Mücadele Araştırma İstasyonu. 01321 Adana/Türkiye *** Ç.Ü. Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü, Adana/Türkiye Accepted for publication July 7, 2014

ABSTRACT

The study was conducted on summer squash (Cucurbita pepo. Linneus, 1753) grown in the plateau of Pozantı which is a county of Adana, Turkey in 2013. During field surveys, systemic chlorotic rings and irregular yellowish dark brown necrotic spots were observed on squash plants. For identification, 49 leaf samples were tested by DAS-ELISA using polyclonal antiserum specific to viruses commonly infecting cucurbits including Squash mosaic virus (SqMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Watermelon mosaic virus 2(WMV-2), Watermelon mosaic virus 1 (WMV-1), Tomato ringspot virus (ToRSV), Tobacco ringspot virus(TRSV) and Melon necrotic spot virus (MNSV). Three samples were tested positive for MNSV in DAS-ELISA and the results were confirmed by RT-PCR using total RNA extracted from leaves (100mg). RT-PCR assay was conducted by Sense MNS-C10 and antisense MNS-N40 primer pairs specific to MNSV. As a result of RT-PCR, 485 bp cDNA bands were observed in 2% agarose gel. While occurrence of the ZYMV detected in five samples, remaining viruses were not detected in the tested samples. In Turkey, the occurrence of MNSV was previously reported at melon field samples by serological technique from Thrace region in 2006, also it was detected in cucurbit breeding materials by serologically and molecular techniques in Antalya in 2009. This study is not only first record of MNSV at squash in Turkey but also provide evidence of uncontrolled distribution among both species and regions.

Key words: Squash, MNSV, Pozantı, DAS-ELISA, RT-PCR

ÖZET

Melon necrotic spot virus (MNSV), Kabak Türlerinde Türkiye için Yeni Bir Virüs Hastalığı

Çalışma 2013 yılında Türkiye’nin Adana ili Pozantı ilçesinde yayla koşullarında yetiştirilen yazlık kabak (Cucurbita pepo Linneus, 1753) bitkilerinde gerçekleştirilmiştir. Gözlemler sırasında kabak bitkilerinin yapraklarında, sistemik klorotik halka ve düzensiz sarımsı koyu kahverengi nekrotik lekeler gözlenmiştir. Tanılanma için 49 yaprak örneği Agdia (USA)’dan temin edilen spesifik poliklonal antiserum ile DAS-ELISA tekniğine göre Squash mosaic virus (SqMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Watermelon mosaic virus 2 (WMV-2), Watermelon mosaic virus 1 (WMV-1), Tomato ringspot virus (ToRSV), Tobacco ringspot virus (TRSV) ve Melon necrotic spot virus (MNSV) gibi bilinen kabakgil virüslerine karşı testlenmiştir. Üç örnekteki MNSV pozitif DAS-ELISA sonuçları, 100 mg yapraktan ekstrakte edilen toplam RNA’ların RT-PCR’da kullanılmasıyla doğrulanmıştır. RT-PCR, Sense MNS-C10(-) ve antisense primerleri MNS-N40 (+) kullanılarak yapılmıştır. RT-PCR sonucu kılıf proteinine ait 485 bp büyüklüğünde DNA bantları %2’lik agaroz jelde gözlenmiştir. Beş örnekte ise ZYMV varlığı saptanmıştır. Hastalık 2006 yılında, Türkiye’nin Trakya bölgesi kavun bitkilerinde serolojik tekniklerle, 2009 yılında ise Antalya ilindeki hıyar bitkilerine ait ıslah materyallerinde hem serolojik hem moleküler olarak saptanmıştır. Bu çalışma yalnızca MNSV’nin Türkiye’de kabak bitkisindeki ilk kaydı olmayıp aynı zamanda etmenin türler ve bölgeler arasında kontrolsüz yayılımının göstermektedir.

Anahtar Kelimeler: Kabak, MNSV, Pozantı, DAS-ELISA, RT-PCR

MELON NECROTIC SPOT VIRUS (MNSV), A NEWLY REPORTED VIRUS DISEASES FOR TURKEY IN SQUASH SPECIES

2

INTRODUCTION

Squash (Cucurbita pepo Linneus, 1753) is an economically important cucurbit vegetable cultivated in upland, tropical and subtropical climates. There are many factors decreasing the quantity and quality of squash production as in other crops. The most important restrictive factors include plant disease and pests, but plant virus diseases are economically important since yet there are no efficient chemical treatments for protecting plants from virus infection (Ozaslan et al., 2006). Among the important agronomic traits, virus resistance is one of the major breeding objectives, as several diseases caused by viruses have great economic impact on squash production worldwide. For example, include Cucumber mosaic virus, Squash mosaic virus, Watermelon mosaic virus, Zucchini yellow mosaic virus, Cucumber vein yellowing virus, Papaya ringspot virus and Melon necrotic spot virus. Melon necrotic spot virus (MNSV) is a Carmovirus within the family Tombusviridae (Hibi and Furuki 1985), which is encountered in cucurbit crops worldwide, and leads to severe yield losses in melon (Kishi, 1966) and cucumber crops (Bos et al., 1984). MNSV can be transmitted mechanically, by the zoospores of the fungus Olpidium bornovanus and through seed (Matsuo et al. 1991). MNSV is transmitted through the soil by the fungal vector O. bornovanus and/or O. radicale, (the taxonomy of these species is apparently still under dispute) via zoospores (Campbell, 1996; Hibi, 1985). Fungal resting spores can survive in the soil for years. The virus (directly or via its vector fungus) can also be spread by seeds (for example at a rate of 10-40% in melon), plant to plant contact, and mechanical means. Since the virus may be both seed-borne and soil-borne, it may readily be distributed through the cucurbit seed market to become endemic in a district, where it can then be spread locally and persists for a long period in association with its soil-borne fungal vector. Soil fumigation by methyl bromide was used previously to sanitize the soil between cultivations. Since the use of this chemical is now prohibited in many countries for environmental objections. Disease management therefore relies on use of certified virus-free seed and phytosanitary cultural practices (Gu et al. 2008).

The symptoms induced by MNSV in melon include local necrotic spots or large necrotic lesions on leaves, and necrosis on stems and petioles (Matsuo et al. 1991) and occasional plant death (Gu et al. 2008) The MNSV host range is restricted to members of the Cucurbitaceae family, where severity of the symptoms depends on the growing conditions, and the species and cultivar used. The MNSV genome is a single-stranded positive sense RNA molecule of 4.3 kb with five open reading frames (Diaz et al. 2004; Riviere and Rochon 1990). The spread of MNSV in cultivated cucurbits can be controlled through the use of virus-free seeds, control of the fungal vector and production materials; and the use of resistant cultivars (Morales et al., 2005; Coudriet et al. 1981).

In this study surveys (2013) were conducted to determine the presence and distribution of common cucurbit viruses, including MNSV in Pozantı upland (having high potential for summer production) where existence of cucurbit viruses has not been explored. Additionally, other viruses infecting cucurbits, including Squash mosaic virus (SqMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Watermelon mosaic virus 2 (WMV-2), Watermelon mosaic virus 1 (WMV-1), Tomato ringspot virus (ToRSV) and Tobacco ringspot virus (TRSV), were analyzed in 2013 due to symptomatic similarities. Furthermore, MNSV detected by ELISA was confirmed by molecular tests.

MATERIALS AND METHODS

The research was conducted in Pozantı Upland of the Çukurova Region in 2013 (Fig 1). A total of 49 samples were collected from suspected plants in cucurbit fields at different locations in the Upland.

G. KOÇ, H. FİDAN, S. BALOĞLU

3

Fig.1. The map of Pozantı Upland

Serological Tests

The study was conducted on summer squash grown in plateau in Pozantı county of Adana, Turkey in 2013. During the surveys, systemic chlorotic rings and irregular yellowish dark brown necrotic spots were observed on squash plants. Surveys were conducted from May to August of the growing season and only symptomatic samples were collected randomly throughout the area in the county. The samples, were labeled and placed in separate plastic bags, brought to the Virology Laboratory by placing in ice bucket and kept at 4°C. All samples were processed within 24 hours.

Double Antibody Sandwich Enzyme Linked Immunosorbent Assay (DAS-ELISA)

For identification viruses infecting summer squash, leaf samples were tested by DAS-ELISA using polyclonal antiserum specific to Squash mosaic virus (SqMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Watermelon mosaic virus 2 (WMV-2), Watermelon mosaic virus 1 (WMV-1), Tomato ringspot virus (ToRSV), Tobacco ringspot virus (TRSV) and Melon necrotic spot virus (MNSV) supplied by Agdia (USA)

Tests involved detection of cucurbit viruses in infected young leaves and carried out according to Clark and Adams, (1977). Polystyrene microtiter plates were coated with 1:200 dilution of gamma globulin . The leaves of infected young plants were grounded in the extraction buffer (phosphate buffered saline, PBS, pH 7.0). Plant samples were applied at a dilution of l/5 (Wff) in PBS (pH7.0), containing 0.05 volume Tween-20, 0.2% polyvinyl pyrrolidone (PVP-40) and 2% bovine serum albumin (BSA). IgG-conjugate was applied at the concentration of 1 ul/200 ul. Alkaline phosphatase conjugate was used at a 1/1000 dilution.

Results were acquired spectrophotometrically at 405 nm Medispec ESR 200 ELISA microplate reader. Also, negative controls (healthy samples), twice the mean value of healthy specimen were considered positive. Positive controls of all viruses were supplied in lyophilized form with the kits and were resuspended in the sampled buffer as recommended by the manufacturers (Agdia, Inc.).

Total RNA isolation and Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

Total RNA extracts (Astruc et al., 1996) of MNSV infected squash plants were used in a reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) with sense (MNS-C10 (-) CTCCATAAGCGCCAAGCAACC and antisense primer MNS-N40 (+) AGCGGGGGAAAACAGAAGAA primers ,designed based on an nucleotide sequences alignment of CP genes of diverse MNSV isolates(Jung et.al., 2005). First and second strand cDNAs were synthesized from MNSV RNA using murine leukemia virus reverse transcriptase at 42 oC (45 min) in a termocycler. cDNA's were amplified from the first strand cDNA of MNSV RNA using Taq DNA polymerase and the specific


4

primers. The template cDNA's and a set of primers were mixed in a reaction solution containing 10mM tris-HCl (pH 8.9), 50mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.01% (w/v) gelatin, 0.24 mM of each dNTP and 5 units of Taq DNA polymerase. Samples were overlaid with one drop of mineral oil and amplification proceeded through a cycle of denaturation at 95 oC (45 sec), annealing at 50 oC (1 min) and extension at 72 oC (1 min) for a total of 35 cycles in Techne Genius thermal cycler.

Analysis of RT-PCR products

Ten microlitres of the PCR reaction mixture was combined with gel loading buffer and analyzed on a 2% agarose gel containing 0.5 mg/ml of ethidium bromide and photographed (Sambrook et al., 1989). One kb DNA ladder (Gibco, BRL, MD) or Bio MarkerTM Low (Bio Ventures, Inc.) were used on each gel to determine the length of the amplified product.

RESULTS

Occurrence and detection of viruses by ELISA.

Two (MNSV and ZYMV ) out of eight viruses were detected in samples collected from Pozantı county, while none of the samples were positive with Squash mosaic virus (SqMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Watermelon mosaic virus 2 (WMV-2), Watermelon mosaic virus 1 (WMV-1), Tomato ringspot virus (ToRSV), Tobacco ringspot virus (TRSV) which is a severe virus of Squash and other cucurbits. MNSV and ZYMV have been previously reported on cucurbits in Turkey (Yılmaz et. al.1992; Köklü and Yılmaz, 2006; Fidan et al., 2009). MNSV was the most prevalent virus, being detected in 3 samples collected from different squash plants in the Pozantı county. Disease incidence of MNSV from collected samples was 6% and ZYMV was 10% by DAS-ELISA. No results confirmed the mixed infections of MNSV and ZYMV in collected plants.

Type of symptoms

Infected leaves in the fields were reduced in size and weight (Fig.2-3). Also, Leaf deformation, caused by ZYMV.

Fig.2. Chlorotic spots on squash leaf induced by MNSV Fig.3. Leaf distortion, mosaic, necrosis spots on squash induced by MNSV

The RT-PCR amplification

In order to verify the infection, RT-PCR amplified MNSV RNA yielding an expected product of 485 bp (Fig.4) on agarose gel (2%) in all tree samples of squash were tested. Consequently, RT-PCR results confirmed the infections of MNSV in DAS-ELISA for positive plants.

G. KOÇ, H. FİDAN, S. BALOĞLU

5

Fig.4. RT-PCR product of 485 bp of MNSV CP on agarose gel (2%); First lane MDNA ladder, Lane 1-3 samples positive of squash in Pozantı;

Lane 4 Positive control of melon; Lane 5-7 MNSV cucurbit isolates provided by Dr. Hakan Fidan

DISCUSSION

This study revealed the natural distribution and occurrence of cucurbit and squash viruses in areas located in Pozantı county of Adana. The previous study by Yılmaz et. al. (1992) reported the incidence of viruses in Turkey. Our results pointed out the sanitary conditions for the eight viruses in cucurbit growing fields in Pozantı. ZYMV was the most widespread virus infecting squash crops in Pozantı, belonging to the genus Potyvirus and is transmitted in a nonpersistent manner by aphids, management of which are difficult.

The study was focused on MNSV due to first occurrence on squash which has a less incidence than ZYMV. Also the ZYMV is not a new finding (Özaslan et al., 2006). Similar infections were observed in summer squash and other cucurbits in Turkey (Yılmaz et.al.1989; Özaslan et al., 2006). Another important point is that, MNSV may survive in various weed species not belonging to the family Cucurbitaceae serving as a reservoir in the early season for fungus vectors. This allows MNSV to be spread more progressively and to occur with high incidence, after primary infection by infected seedling or seed inoculums sources (Yılmaz et.al.1989; Özaslan et al., 2006).

The previous study by Köklü and Yilmaz, (2006) on melon and Fidan et al. (2009) on cucurbits had been done. In Turkey, the occurrence of MNSV was reported at melon field samples by serological techniques from Thrace region in 2006 (Köklü and Yılmaz, 2006), also at cucurbit breeding materials by serological and molecular techniques in Antalya in 2009 (Fidan et al., 2009).

This is the first report of MNSV infected Squash for Adana and Turkey. It is also infers uncontrolled distribution according to both species and regions, from the North West to the southern side of the country.

Further studies are planned for screening of seed sources, identifying respective vectors and unknown epidemiological acts and characteristics of the virus, possible new viruses perpetuating in weeds and adjacent crop species at the county. Novel management strategies for diseases will be devised upon these studies.

Acknowledgments

This work was supported partly by Virology Labs of Biological Research Station of Adana and Plant Protection Dept. at Çukurova University.

LITERATURE CITED

Bos, L., Van Dost, H. J. M., Huttigna, H. And Maat, D. Z. 1984. Further characterization of melon necrotic spot virus causing severe diseases in glasshouse cucumbers in the Netherlands and its control. Neth. J. Plant Pathol. 90:55-69.

Compbell, R. N. 1996. Fungal transmision of plant viruses. Annu.Rev. Phytopathol. 34:87-108.


6

Clark, M.F., And Adams, A.N., 1977. Charecteristic of Microplate method of Enzyme- linked Immunosorbent Assay for the Detection of Plant Viruses. J. Gen. Virol., 342 475-483.

Coudriet Dl, Kishaba An, Bohn Gw 1981. Inheritance of resistance to muskmelon necrotic spot virus in a melon aphidresistant breeding line of muskmelon. J Am Soc Hort Sci 106:789–791

Di´Az Ja, Nieto C, Moriones E, Truniger V, Aranda Ma (2004) Molecular characterization of a Melon necrotic spot virus strain that overcomes the resistance in melon and non-host plants. Mol Plant Microbe Interact 6:668–675

Fidan, H., Unlu, A., Koc, G., Unlu, M. 2010 Turkiye’de Hıyar Bitkisinde Yeni Bir Virus Hastalıgı. Melon Necrotic Spot Virus (MNSV) VIII. Sebze Tarymy Sempozyumu 23 Haziran-26 Haziran 2010 - VAN / TURKYEVan S:490-494

Gu, Q.-S., Bao W.-H.,, Tian, Y.-P., Prins, M., Yang, H.-X., Lu, J., Liu, L.-F, and Penga, B.2008, Melon necrotic spot virüs newly reported in China, Plant Pathology (2008) 57, 765, Doi: 10.1111/j.1365-3059.2008.01847.x

Hibi T, And Furuki, I., (1985) Melon necrotic spot virus. In: (eds) CMI/ AAB Descriptions of plant viruses. Association of applied biologists, Warwick, UK

Jung, J. A., Kim, S. M., Kim, H. R., Lee, S. H., Choi, H. S., Park, J. W. And Kim, T. W. 2005. Diagnosis of Melon necrotic spot carmovirus by using RT-PCR and efficiency comparison with other diagnostic methods Plant Pathol. J. 21:434 (abstract).

Kishi, K. 1966. Necrotic spot of melon, a new virüs disease. Ann.Phytopath. Soc. Japan 32:138-144.

Koklu, G., And Yilmaz, O., 2006 Occurrence of cucurbit viruses on field-grown melon and watermelon in the Thrace region of Turkey Phytoprotection, vol. 87, n° 3, 2006, p. 123- 130.

Matsuo K, Kameya-Iwaki M, Ota T 1991. Two new strains of Melon necrotic spot virus. Ann Phytopatol Soc Jpn 57:558–567

Morales, M., Orjeda, G., Nieto, C., Van Leeuwen, H., Monfor, A., Charpentier, M., Caboche, M., Arús, P., Puigdomènech, P., Aranda, M.A., Dogimont, C., Bendahmane, A., And Garcia-Mas, J., 2005. A physical map covering the nsv locus that confers resistance to Melon necrotic spot virus in melon (Cucumis melo L.). Theor Appl Genet (2005), DOI 10.1007/s00122-005-0019-y

N. Astruc, J.F. Marcos, G. Macquaire, T. Candresse, V. Pallás, 1996. Studies on the diagnosis of hop stunt viroid in fruit trees: identification of new hosts and application of a nucleic acid extraction procedure based on non-organic solvents Eur. J. Plant Pathol., 102 (1996), pp. 837–846

Ozaslan, M., Aytekin, T., Bas, B., Kilic, H.I., Afacan D., And Dag,D.S. 2006. Virus Diseases of Cucurbits in Gaziantep-Turkey. Plant Pathology Journal, 5: 24-27.

Riviere Cj, Rochon Dm 1990. Nucleotide sequence and genomic organization of Melon necrotic spot virus. J Gen Virol 71:1887– 1896

Sambrook, J., Fritsch, E.F. And Maniatis, T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edn. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY.

Yilmaz, M.A., Ozaslan, M., Ozaslan, D., 1989. Cucumber Vein Yellowing Virus in Cucurbiteceae in Turkey. Plant DiseaseT3 (7)z 610 (Abst).

Yilmaz,M.A., Lecoq, H., Abak, K., Baloglu, S., Ve Sari, N., 1992. Ttirkiye'de Kabakgil Sebze TiirlerindeZarar Yapan Virusler. Türkiye I. Ulusal Bahge Bitkileri Kongresi, Ege Universitesi Ziraat Fakiiltesi, Bornova, izmir, Cilt I Sebze, (439- 442) 13-16 Ekim, 1992.


7

The Investigation about The Effects of Strawberry latent ring spot virus on Certain Fruit Quality Characteristics of Olive Tree

Serpil ERİLMEZ* Semih ERKAN**

* Bornova Zirai Mücadele Araştırma İstasyonu, İzmir/ TÜRKİYE, [email protected] ** Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü, İzmir/ TÜRKİYE Accepted for publication October 8, 2014

ABSTRACT

In order to examine the effects of Strawberry latent ring spot virus (SLRSV) infection on certain fruit quality characteristics, the fruits from SLRSV infected and non-infected olive trees were analyzed and compared with a trial which was performed in olive plantations. The characteristics such as fruit yield per tree, fruit weight and volume were considered in the trial. According to the results of pomological analysis, it was found to be statistically significant differences between non-infected and infected orchards from the stand point of fruit yield per tree, fruit weight and volume. It was determined that the values of mentioned fruit properties were lower in virus- infected trees in comparison to non-infected trees.

Key words: Olive, Strawberry latent ring spot virus, Yield and quality

ÖZET

Çilek Latent Halkalı Leke Virüsü’nün Zeytinlerde Bazı Meyve Kalite Özelliklerine Etkilerinin Araştırılması

Bu çalışmada, Çilek latent halkalı leke virüsü (SLRSV, Strawberry latent ring spot virus) ile enfekteli zeytin ağaçlarının meyve verim ve kalitesi ile ilişkili analizlerin (ağaç başına meyve verimi, meyve ağırlığı ve hacmi) yapılarak, bu virüsün ülkemiz zeytin yetiştiriciliğinde neden olabileceği ekonomik kayıplara yönelik bulguların ortaya konulması amaçlanmıştır. Bazı meyve kalite özellikleri üzerine virüs enfeksiyonunun etkilerini incelemek amacıyla, SLRSV ile enfekteli ve enfekteli olmayan zeytin ağaçlarının bulunduğu bahçede denemeler kurulmuş ve karşılaştırma yapılmıştır. Bu denemelerde ağaç başına meyve verimi, meyve ağırlığı, ve hacmi gibi fiziksel özellikler karşılaştırılmıştır. Pomolojik analiz sonuçlarına göre, ağaç başına meyve verimi, meyve ağırlığı ve meyve hacmi açısından enfekteli olmayan ve enfekteli ağaçlar arasında istatistiksel olarak önemli farklılıklar olduğu bulunmuştur. Belirtilen özelliklere ilişkin değerlerin virüs ile enfekteli olan ağaçlarda daha düşük olduğu görülmüştür.

Anahtar Kelimeler: Zeytin, Çilek halkalı leke virüsü, Verim ve kalite

GİRİŞ

Zeytinin ve zeytinyağının insan beslenmesindeki değeri, ekonomik önemi ve mutfak kültüründeki geçmişi, 8.000 yıl gibi çok eski tarihlere dayanmaktadır (Öztürk, 2008). Son yıllarda “Akdeniz beslenme tarzı” veya “Akdeniz diyeti” kavramı, sağlıklı beslenme ve kalp hastalıkları yönünden özellikle dikkate alınan bir beslenme şekli olmuştur. Bu beslenme tarzıyla, Yunanistan’ın bazı yörelerinde ve Güney İtalya gibi zeytin yetiştirilen bölgelerde görülen

THE INVESTIGATION ABOUT THE EFFECTS OF STRAWBERRY LATENT RING SPOT VIRUS ON CERTAIN FRUIT QUALITY CHARACTERISTICS OF OLIVE TREE

8

beslenme tarzı kastedilmektedir. Akdeniz beslenme tarzında, bol miktarda tüketilen zeytinyağının insan sağlığına olumlu yöndeki etkilerinin çok fazla olduğu açıklanmaktadır (Demirci ve Bölükbaşı, 2003).

Derinlere uzayan kökleri sayesinde kalkerli, çakıllı, taşlı ve kurak topraklarda yetiştirilmeye elverişli olan zeytin ağacı için en verimli ortam yazları sıcak, kışları ise ılıman geçen iklimlerin bulunduğu alanlardır. Çünkü, zeytin ağacı ışığı, güneşi ve 150C’nin üstündeki sıcaklıkları sevmekte ve yıllık ortalama 220 mm düzeyindeki yağış, zeytin ağacının verimli bir şekilde büyümesi için yeterli olmaktadır. Zeytin ağacı genellikle rakımı düşük alanlarda yetişmektedir. Ancak, denizden 1000 m yükseklikteki alanlarda da zeytin tarımı yapılabilmektedir. Çalı görünümündeki zeytin ağacının yapraklarının üst yüzü koyu, alt yüzü ise gümüş rengindedir. Yapraklar mükemmel bir düzen içinde dalın her iki tarafında karşılıklı olarak yer almaktadır. Yaklaşık olarak 40-50 cm genişliğinde olan gövde, çürümeye karşı çok dayanıklıdır ve ağacın yaşlanması durumunda, yumrulardan gelişen yeni uçlar gövdeyi tazelemektedir. Ortalama boyu 4 ile 10 m arasında değişen zeytin ağacı, bir yıl bol, bir yıl az ürün vermektedir. Çiçek verme mevsimi kuzey yarım kürede Nisan - Haziran ayları arasındadır. Yeşil zeytinler, Ağustos ayı sonundan Kasım ayı başına kadar olan süre içinde olgunlaşmaktadır (Bakırlıoğlu, 2006).

300–400 enlemleri arasında, % 98’i kuzey yarım kürede olmak üzere dünyada 37 ülkede ekonomik anlamda zeytin üretimi yapılmaktadır. 9.4 milyon hektar dünya zeytin üretim alanının % 95’lik bölümü kuzeyde Akdeniz bölgesinde yer almaktadır. 2013 yılı istatistiklerine göre; yaklaşık 20.6 milyon ton olan dünya dane zeytin üretiminin % 98’lik kısmı Akdeniz’e kıyısı olan İspanya, Yunanistan, İtalya, Türkiye, Mısır, Cezayir, Suriye, Fas, ve Arjantin gibi önemli üretici ülkelerden elde edilmektedir. Türkiye bu ülkeler içerisinde gerek üretim ve gerekse zeytin alanı bakımından yıllara göre değişmekle birlikte genellikle 4. sırada yer almaktadır (FAO, 2013).

2013 yılı istatistiklerine göre, Türkiye’de 1 676 000 ton zeytin üretilmekte ve üretimin % 45’i Ege Bölgesi’nde, % 26.’sı Marmara Bölgesi’nde, % 27’si Akdeniz Bölgesi’nde ve % 2’si Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde gerçekleştirilmektedir (TÜİK, 2013).

2013 yılı verilerine göre (TÜİK, 2013); Aydın, İzmir ve Balıkesir illeri arasında en fazla ağaç sayısı 24.197.309 ile Aydın ilinde yer alırken bunu 19.189.520 ile İzmir ili takip etmektedir. Ağaç sayısı olarak 11.301.245 ile Balıkesir ili son sırada yer alırken, üretime bakıldığında da yine Aydın ve İzmir illerinden sonraki sırada yer almaktadır (Çizelge 1).

Çizelge 1. Aydın, İzmir, Balıkesir illerinde zeytin ağaç sayısı ve üretim miktarları (TÜİK, 2013

Ağaç Sayısı (Adet) İl Adı

Meyve Veren Meyve Vermeyen Toplam Toplam Zeytin Üretimi (ton)

Aydın 22.029.290 2.168.019 24.197.309 335.039 İzmir 16.001.003 3.188.517 19.189.520 220.213 Balıkesir 10.760.072 541.173 11.301.245 96.384

Toplam 48.790.365 5.897.709 54.688.074 651.636

Türkiye ekonomisinde önemli bir yere sahip olan zeytinin ürün verimine, kalitesine ve ömrünün uzunluğuna etki eden önemli faktörlerden birisi de hastalıklar ve zararlılardır. Ülkemizde birçok yerli zeytin çeşitlerinin çok eski çağlardan beri yetiştirilmesi ve ülkemizin bu bitki için gen kaynağı merkezi konumunda olması bu bitkideki özellikle virüs hastalıklarının incelenmesini önemli kılmaktadır. Virüs, viroid ve fitoplazma gibi etmenlerin yol açtığı hastalıklar ağaçların zayıflamasına ve ölümüne, ürünün kalite ve miktarının düşmesine, aşı tutma ve köklenme oranında azalmalara neden olabilmektedir (Candresse et al., 1995).

Zeytin ağaçları birçok virüs ve virüs benzeri etmenden etkilenmektedir. Dünyada bugüne kadar yapılan çalışmalar sonucunda, zeytin ağaçlarının 9 cinse ait 15 farklı virüsün konukçusu olduğu saptanmıştır. Zeytinde saptanan virüsler arasında; Strawberry latent ringspot virus (SLRSV, çilek latent halkalı leke virüsü), Arabis mosaic virus (ArMV, arabis mozaik virüsü), Cherry leaf roll virus (CLRV, kiraz yaprak kıvrılma virüsü), Cucumber mosaic virus (CMV, hıyar mozaik virüsü), Olive latent ringspot virus (OLRSV, zeytin latent halka leke virüsü), Olive latent-1 virus (OLV-1, zeytin latent-1 virüsü), Olive latent-2 virus (OLV-2, zeytin latent-2 virüsü), Olive vein

S. EĞİLMEZ, S. ERKAN

9

yellowing-associated virus (OVYaV, zeytin damar sararması ile ilişkili virüs), Olive yellow mottling and decline associated virus (OYMDaV, zeytin sarı beneklenme ve geriye doğru ölümle ilişkili virüs), Tobacco mosaic virus (TMV, tütün mozaik virüsü), Olive semilatent virus (OSLV, zeytin yarı latent virüsü), Olive leaf yellowing-associated virus (OLYaV, zeytin yaprak sararması ile ilişkili virüs), Tobacco necrosis virus-D (TNV-D, tütün nekroz virüsü), Olive mild mosaic virus (OMMV, zeytin ılımlı mozaik virüsü) ve Olive latent-3 virus (OLV-3, zeytin latent-3 virüsü) bulunmaktadır (Martelli, 1999; Cardoso et al., 2005; Felix and Clara, 2006; Alabdullah et al., 2009; Çağlayan et al., 2011)

ABD’nde bütün bitkisel ürünlerde virüs hastalıklarının neden olduğu kaybın 1.5-2 milyar $ civarında olduğu bildirilmiştir. ABD’nde sadece Tristeza virüsü (CTV) nün zararı yüzünden 20 milyon turunçgil ağaçı kuruduğu ve Brezilya’da Sao Paulo bölgesinde ise aynı virüsün enfeksiyonu nedeniyle 1936-1946 yılları arasında 10 milyon ağacın söküldüğü belirtilmektedir (Corbett, 1964).

Çeltik bitkilerinde virüslerin 1.5x109 $, buğdayda sadece barley yellow dwarf virüsü (BYDV, arpa sarı cücelik virüsü) nün 6x106 £, patateste potato leaf roll virus (PLRV, patates yaprak kıvırcıklığı virüsü), potato virus X (PVX, patates X virüsü) ve potato virus Y (PVY, patates Y virüsü) adlı virüslerinin 3-5x107 £ düzeyinde zararlara neden oldukları tespit edilmiştir (Hull, 2002).

Bu patojenlerin ve diğerlerinin bitkilerde neden olduğu zararlar yalnızca verim ve kalite kaybı ile sınırlı olmayıp, sosyal açıdan da önemli etkilere sahip bulunmaktadır. Özellikle tarımsal üretimleri birkaç ürünle sınırlı olan ülkelerde, bu ürünleri etkileyen virüs hastalıkları ekonomik yönden de önemli kayıplara neden olmaktadır.

Meijneke et al. (1963)’a göre, virüs hastalıklarının bir kısmı doğrudan doğruya meyveye zarar verirken; bir kısmı da ağacın gelişmesini ve verimini etkileyerek meyve kalitesini dolaylı olarak düşürmektedir. Örneğin zeytinde saptanan virüslerden SLRSV’ nün küçük, armut şekilli buruşuk meyve oluşumuna, çekirdeklerde şekil bozukluklarına (tümsekli meyve), yapraklarda daralma ve bükülmeye, boğum aralarında kısalmaya, sürgünlerde çalımsı büyümeye ve üründe azalmaya yol açtığı bildirilmiştir (Marte et al., 1986).

Bahçeler kurulduktan sonra fark edilen hastalıklı fidanlar bazı üreticiler tarafından sökülürken, bazı üreticiler tarafından önemsenmemekte ve bu ağaçlarla yetiştiricilik yapılmaya devam edilmektedirler. Virüs hastalıklarında hastalık şiddetinin bitkideki virüs yoğunluğuna ve çevre şartlarına bağlı olarak farklılık göstermesi, hastalık belirtilerinin besin noksanlığı ve fizyolojik hastalıklarla karıştırılması, üreticilerin virüs hastalıklarıyla mücadeleye gereken önemi vermesini zorlaştırmaktadır. Bu durumda, hastalıkla mücadele güçleşmekte, zeytin yetiştiriciliğinin yapıldığı bölgelerde de hızla yayılmaktadır.

Virüslerin kültür bitkilerine verdiği zararlarla ilgili pek çok kayıt bulunmaktadır. Ancak, ülkemizde hangi virüsün hangi bitkide ne kadar zarar verdiği, bu zararların verim ve kaliteye olan etkisi ve ekonomik analizi ile ilgili veriler henüz yeterince mevcut olmadığı gözlenmektedir.

Bu çalışma ile SLRSV ile enfekteli zeytin ağaçlarının meyve verim ve kalitesi ile ilişkili analizlerin (ağaç başına meyve verimi, meyve ağırlığı ve hacmi) yapılarak, bu virüslerin ülkemiz zeytin yetiştiriciliğinde neden olabileceği ekonomik kayıplara yönelik bulguların ortaya konulması amaçlanmıştır.

MATERYAL VE METOT MATERYAL

Virüs enfeksiyonu olduğu saptanan ağaçlardan, verim ve kalite analizlerini yapmak amacıyla alınan meyve örnekleri bu bölümün ana materyalini oluşturmuştur. Meyve verim ve kalitesi ile ilgili analizlerin yapılabilmesi için meyve örneklerinin alındığı ağaçlar besin elementi yönüyle toprak analizlerinin yapıldığı bahçelerden seçilmiştir. Örnek alınan bahçelerdeki ağaçların tek bir virüs ile enfekteli olmasına, karışık enfeksiyon olmamasına dikkat edilmiştir. Bu amaçla, Ayvalık çeşidi olduğu belirlenen ve sadece SLRSV ile enfekteli ağaçların bulunduğu (Erilmez ve Erkan, 2014) farklı iki bahçeden meyve örnekleri toplanmıştır. Her iki bahçeden de tek virüs ile enfekteli ikişer ağaçtan ve virüs saptanmayan ikişer ağaçtan örnekler alınmıştır.


10

METOT

Meyve kalite analizleri

Denemelerde 4 adet enfekteli, 4 adet sağlıklı ağaç seçilmiş ve ağaç başına meyve verimini belirlemek amacıyla örnek alınmadan önce her iki ağacın bütün meyveleri hasat edilmiş ve tartılmıştır. Elde edilen verilerden ağaç başına ortalama meyve ağırlığı saptanmış, sonuçlar kg/ağaç olarak verilmiştir. Meyve ağırlığını belirlemek için, SLRSV ile enfekteli olan ve olmayan (sağlıklı) ağaçların her birinden tesadüf ilkesi çerçevesinde alınan 50’şer adet meyvenin hassas terazide tartılması sonucu, elde edilen verilerden ortalama meyve ağırlıkları saptanmış, sonuçlar g/adet olarak verilmiştir. Meyve hacmi, enfekteli ve sağlıklı ağaçlardan alınan meyvelerden 10’ar adetinin içerisinde belli miktarda su bulunan mezüre konulması ile arttırdığı su miktarından belirlenmiştir. Sonuçlar ml/adet olarak ifade edilmiştir (Kaya ve Tekintaş, 2006).

Elde edilen bulgulara SPSS 15.0 İstatistik Programında Duncan çoklu karşılaştırma testi uygulanmış, hastalıklı ve sağlıklı ağaçlardan alınan meyvelerin hacim ve ağırlık olarak farklılıkları ortaya konulmuştur (Miran, 2002).

SONUÇLAR VE TARTIŞMA

Meyve Verim ve Kalite Analizlerine Ait Bulgular

Ağaç başına verim ve meyve kalite analizlerine yönelik yapılan çalışmalarda, SLRSV ile enfekteli Ayvalık çeşidinin bulunduğu bahçelerden örnekler alınmıştır. Bu deneme alanlarının seçiminde aynı bahçe içerisinde hem tek bir virüs ile enfekteli ve sağlıklı ağaçların tespit edilmesi, hem de lokasyon olarak bahçeler arasında fark olmaması etkili olmuştur. SLRSV enfeksiyonu olan zeytin bahçelerinde pomolojik analizlerden ağaç başı verim, meyve ağırlığı ve meyve hacmi analizleri sonucunda, ağaç başına verim, meyve ağırlığı ve meyve hacmi açısından ortalamalar arasındaki fark istatistiki olarak önemli bulunmuştur. Bu verilere ait varyans analiz tablosu Çizelge 2 ve 3’de, istatistiki gruplandırmalar ise Çizelge 4’te verilmiştir.

Çizelge 2. Meyve ağırlıklarına ait varyans analiz tablosu.

Ağırlık Kareler toplamı Sd Kareler ortalaması F Anlamlılık

Gruplar arası 1521,000 1 1521,000 21,021* 0,000

Grup içi 1013,000 14 72,357

Toplam 2534,000 15

* Önemli %5 alfa seviyesinde Çizelge 3. Meyve hacmine ait varyans analiz tablosu.

Hacim Kareler toplamı Sd Kareler ortalaması F Anlamlılık

Gruplar arası 1580,063 1 1580,063 15,623* 0,001

Grup içi 1415,875 14 101,134

Toplam 2995,938 15

* Önemli %5 alfa seviyesinde

Çizelge 4. SLRSV ile enfekteli ve sağlıklı olan zeytin ağaçlarında meyvelerin ağırlık, hacim ve verimlerinin karşılaştırılması.

Bahçe No Ağaçların Enfeksiyon

Durumu Ağırlık Ortalaması

(g/adet) Hacim Ortalaması

(ml/adet) Verim (kg)

Virüs ile enfekteli 107,710 b* 107,50 b 179 1

Sağlıklı 131,127 a 131,25 a 218

Virüs ile enfekteli 108,487 b 109,75 ab 118 2

Sağlıklı 124,222 a 125,75 a 157

* Farklı harfle gösterilen ortalamalar arasındaki fark istatistiki olarak önemlidir.


11

Çizelge 4’te verilen verilere göre; ağırlık açısından bakıldığında her iki bahçede de SLRSV içeren ağaç ile virüs enfeksiyonu olmayan ağaç arasında farklılıklar olduğu görülmektedir. Bu veriler ışığında, virüs ile enfekteli ağaçlardaki meyve ağırlıklarının, sağlıklı ağaçlardakine oranla azaldığı dikkati çekmektedir. Hacim açısından incelendiğinde, 1 numaralı bahçede virüslü olan ve virüs bulunmayan ağaçlardaki meyveler arasında farklılık olduğu ve buna karşın, 2 numaralı bahçede ise hacimsel olarak benzerlik bulunduğu görülmektedir. Her iki bahçede de virüslü olan ağaçların meyvelerinde, hacim olarak bir azalma olduğu tespit edilmiştir (Çizelge 4).

Ağaç başına verime bakıldığında, 1 numaralı bahçede virüs ile enfekteli ağaçlarda verim 179 kg tespit edilirken, sağlıklı olan ağaçta verim 218 kg olarak belirlenmiştir. 2 numaralı bahçede ise bu değerler hastalıklı ve sağlıklı ağaçlarda sırasıyla 118 kg ve 157 kg olarak saptanmıştır. Ağaç başına verim ile ilgili değerler dikkate alındığında, SLRSV enfeksiyonu olan ağaçlarda yaklaşık olarak % 18 ile % 25 oranlarında bir verim azalması olduğu dikkati çekmektedir (Çizelge 4).

Virüslerin kültür bitkilerine verdiği zararlarla ilgili pek çok kayıt bulunmaktadır. Ancak, ülkemizde hangi virüsün, hangi bitkide ne kadar zarara sebep olduğu, bu zararların verim ve kaliteye olan etkisi ve ekonomik analizi ile ilgili veriler, henüz yeterince mevcut değildir. Zeytin virüslerinin verim ve kalite üzerine etkilerini araştıran çalışmaların, ülkemizde hiç yapılmadığı görülmekte ve dünya literatüründe de SLRSV dışında son derece az sayıda yürütüldüğü dikkati çekmektedir. Benzer konuda yapılan bir çalışmada, yaprak ve meyvelerde hastalık simptomu gösteren ağaçlardan alınan aşı çubuklarının simptom göstermeyenlerden alınanlara oranla daha düşük seviyede köklenme yeteneğine sahip olduklarını bildirmişlerdir (Rei et al., 1993). SLRSV’nün cv. Ascolana tenera adlı zeytin çeşidinde yapraklarda daralma, bükülme, çalılaşma ve ürün azalmasına sebep olduğu belirtilmektedir (Marte et al., 1986; Rebenstorf et al., 2006). CLRV’nün Avrupa’da ceviz yetiştiriciliğinde ekonomik zarara neden olduğu, son yıllarda A.B.D.’nde kiraz ağaçlarında ürün azalmasına neden olduğu bildirilmiştir (Çağlayan et al., 2007).

Zeytin ağaçlarında CLRV’nün ekonomik önemine ilişkin bir kayıt olmamasına rağmen, bu konuda yeni bir çalışma Hırvatistan’da yapılmıştır. Frantoio ve Ascolana tenera çeşitlerinden elde edilen sızma zeytinyağının kalitesine, miktarına ve kimyasal özelliklerine CLRV’nün etkisini saptamak amacıyla bir çalışma yapılmıştır. CLRV ile enfekteli zeytinlerde, sağlıklı olanlara göre yağ miktarı ve olgunluk indeksi oldukça düşük çıkmıştır. Enfekteli ağaçların meyvelerinden elde edilen yağın K232 ve K270 değerleri düşük, toplam fenolik bileşik içeriğinin ise çok yüksek olduğu bildirilmiştir (Godena et al., 2012).

Bu çalışma kapsamında yapılan verim ve meyve kalite analizlerinde; ağaç başına verim değerleri 1. bahçede SLRSV ile enfekteli ağaçta 179 kg tespit edilirken, sağlıklı ağaçta ise 218 kg olarak belirlenmiştir. 2. bahçede SLRSV ile enfekteli ağaçta verimin 118 kg ve kontroldeki ağaç başına verimin 157 kg olduğu tespit edilmiştir. Meyve ağırlığında, her iki bahçede de virüs olan ve virüs olmayan ağaçlar arasında ağırlık açısından fark bulunduğu belirlenmiştir. Meyve hacminde, yine her iki bahçede de virüslü ve virüssüz olan ağaçların zeytinlerde hacim açısından fark olduğu görülmüştür. Bu çalışma olgun bitkilerde ve sadece bir yıllık verilerle değerlendirilmiş olup, virüs enfekteli ve sağlıklı bitkiler arasında fark olduğunu ortaya koymuştur. Bunun en önemli sebebinin, virüs enfeksiyonlarının çok yıllık bitkilerin verim ve kalitesine uzun yıllar sonra belirgin şekilde etki yapması olduğu düşünülmektedir. Bu nedenle, virüs enfeksiyonlarının bitkilerde verim, kalite ve gelişme üzerine etkilerinin belirlenmesi için yapılacak çalışmaların, gelişme döneminde olan bitkilerle ve daha uzun süreçlerde (5-10 yıllık) yapılması gerekmektedir.

Araştırıcıların elde ettiği bulgulara göre, genelde virüs hastalıklarının meyve verim ve kalitesinin yanında, morfolojik olarak bazı farklılıklara neden olabildiği bildirilmektedir. Ancak, virüslerin verim ve kaliteye etkileriyle ilgili yapılacak çalışmaların, fidan döneminden itibaren enfekte edilecek virüslerin gözlenmesine dayanarak planlanmasıyla elde edilecek sonuçların daha sağlıklı olacağı belirtilmektedir. Virüs hastalıklarının etkilerinin belirlenmesinde, ancak meyve ağaçlarındaki verim ve kalite kriterlerindeki değişikliklerin, uzun yıllar etkileri belirlenerek daha net verilerin ortaya konulacağı ifade edilmiştir (Kaymak ve ark., 2012).


12

TEŞEKKÜR

Bu araştırmanın TAGEM-BS-06/04-04/02-09 no’lu projesi olarak yürütülmesinde verdikleri destek ve katkılar için T.C. Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü‘ne ve Bornova Zirai Mücadele Araştırma İstasyonu Müdürlüğü’ne teşekkür ederiz.

LITERATURE CITED

Alabdullah, A., Elbeaino, T., Minafra A., Digiaro, M. and Martelli G.P., 2009. Detection and variability of olive latent virus 3 in the mediterranean region. Journal of Plant Pathology 91 (3): 521–525.

Bakırlıoğlu, D., 2006. Avrupa Birliğindeki Önemli Zeytinyağı İhracatçıları ve Türkiye, Yüksek Lisans Tezi, Dokuz Eylül Üniversitesi İşletme Fakültesi, 152 s.

Çağlayan, K., Ulubaş Serçe, Ç. and Gazel, M., 2007. Olive Viruses. Characterization, Diagnosis and Management of Plant Viruses. Vol. 1: Industrial Crops. p. 305-338.

Çağlayan, K., Faggioli, F. and Barba, M. 2011. Viruses, phytoplasmas and diseases of unknown etiology of olive viruses. In: Virus and Virus-like Diseases of Pome and Stone Fruits (Eds. A. Hadidi, M. Barba, T. Candresse, W. Jelkmann). APS Press. p. 289-297.

Candresse, T., Lannneau,T., Revers, F., Grasseau, N., Macquaire, G., German, S., Malinowsky, T., Dunez, J., 1995. An immunocapture PCR assay adapted to the detection and theanalysis of the moleculer varibality of apple chlorotic leafspotvirus. Acta Horticulturae, 386: 136-147.

Cardoso, J.M.S., Felix, M.R.,Clara, M.I.E and Oliveira, S., 2005. The complete genome sequence of a new necro virus isolated from Olea europea L. Archives of Virology. 150: 815-823.

Corbett, M.K., 1964. Introduction in Plant Virology. University of Florida Pres, Gainesville.p.1-16

Demirci, M. ve Bölükbaşı, B., 2003. Akdeniz Beslenme Tarzında Zeytinyağının Önemi. Türkiye 1. Zeytinyağı ve Sofralık Zeytin Sempozyumu Bildirileri, s.41-48.

Erilmez, S. ve Erkan, S., 2014. Aydın, Balıkesir ve İzmir illerinde zeytin ağaçlarındaki viral hastalık etmenlerinin tanılanması ve bulunma durumlarının belirlenmesi. Bitki Koruma Bülteni, 54 (1): 45-67.

FAOSTAT, 2010. Food and Agriculture Organization Statistics Division. http://faostat.fao.org/site/567/ DesktopDefault.aspx? PageID=567#ancor (Erişim Tarihi: 02 Ekim 2014).

Felix, M.R. and Clara, M.I.E., 2006. Characterization of viruses occurring on Olea europaea L. In: Rao G.P., Valverde A., Dovas C.I. (eds). Techniques in Diagnosis of Plant Viruses, pp. 173-216. Studium Press, Houston, TX, USA.

Godena, S., Bendini, A.,Giambanelli, E., Cerretani, L., Dermic, D. and Dermic, E., 2012. Cherry leafroll virus: impact on olive fruit and virgin olive oil quality. European Journal of Lipid Science and Technology.114 (2).

Hull, R., 2002. Matthews Plant Virology, fourth ed. Academic Press, a Harcourt Science and Technology Company, NY.

Kaya, H. ve Tekintaş, F.E., 2006. Aydın ilinde yetiştirilen yamalak sarısı mahalli zeytin çeşidinin fenotipik özelliklerinin tanımlaması. ADU Ziraat Fakültesi Dergisi, 3(2): 69-76.

Kaymak, S., Öztürk, Y., Çevik, B., İşçi, M., Şenyurt, H., Atay, E. ve Akol, S., 2012. Elma virüs hastalıklarının Granny Smith elma çeşidinde verime ve kaliteye olan etkisi. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü (SONUÇ RAPORU).

Marte, M., Gadani, F., Savino, V. and Rugini, E., 1986. Strawberry latent ringspot virus associated with a new disease of olive in central Italy. Plant Disease, 70: 171-172.

Martelli, G.P., 1999. Infectious diseases and certification of olive: an overview. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin 29: 127-133.


13

Meijneke, R. A. C., Posnette, A. F. and Schuch, K., 1963. The Economic Importance of Virus Diseases of Apples and Pears. Virus Diseases of apples and pears, pp. 1-4, Edit. A. F. Posnette. Commanwealth Agricultural Bureaux Farnham Royal Bucks, England.

Miran, B., 2002. Temel İstatistik. Ege Üniversitesi Matbaası, Bornova.189s.

Öztürk, F., 2008. Türkiye’de ve Dünyada Zeytincilik Sektörü. Zeytincilik Araştırma Enstitüsü, Basılmamış Bilgisayar Kayıtları (İzmir – 2008).

Rebenstorf, K., Candresse, T., Dulucq, M. J., Büttner, C. and Obermeier, C., 2006. Host species dependent population structure of a pollen-borne plant virus, Cherry leaf roll virus. Journal of Virology 80: 2453-2462.

Rei, F.T., Henriques, M.I.C., Leitao, F.A., Serrano, L.F. and Potes, M.F., 1993. Immunodiagnosis of cucumber mosaic cucumovirus in different olive cultivars. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin 23: 510-514.

TÜİK, 2013. Türkiye İstatistik Kurumu. http://www.tuik.gov.tr. (Erişim Tarihi: 02 Ekim 2014)


14


15

Prevalence, Isolation and Identification of Bacterial Canker Pathogens on Sweet Cherry Trees in Tekirdağ

Merve BÜLBÜL Mustafa MİRİK

Namık Kemal Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü, 59030 Tekirdağ, Turkey Accepted for publication October 27, 2014

ABSTRACT

Sweet cherry (Prunus avium L.) is one of the most important fruit trees grown in Tekirdağ. Bacterial canker which reduces yield and quality of sweet cherry fruit and cause death of trees were investigated. For this purpose a survey study was conducted in 2012-2013 and 129 plant tissue samples were collected from symptomatic trees. As a result of survey studies, bacterial canker was determined in all orchards and diseases prevalence rate of bacterial canker was determined as 20-57%. Severity of disease was measured as 20-85% in Tekirdağ Province depending on orchards. As a result of laboratory studies 41 bacterial isolates of Pseudomonas syringae were obtained. As a result of classical and molecular identification tests, 23 isolates were identified as Pseudomonas syringae pv. morsprunorum and 18 out of 41 isolates were identified as a Pseudomonas syringae pv. syringae.

Key words: Cerasus avium, LOPAT, GATTa, Pseudomonas syringae pv. syringae, Pseudomonas syringae pv. morsprunorum

Tekirdağ'da Kiraz Ağaçlarında Bakteriyel Kanser Etmenlerinin Yaygınlığı, İzolasyonu ve Tanımlanması Üzerinde Araştırmalar

ÖZET

Kiraz (Prunus avium L.) Tekirdağ’ da yetiştirilen önemli bir meyve türüdür. Kirazda verim ve kaliteyi düşüren, ağaçları kurutan kiraz dal kanseri hastalığı bu çalışma ile araştırılmıştır. Tekirdağ ili kiraz bahçelerinde 2012-2013 yıllarında gerçekleştirilen sörvey araştırmaları sonucu 129 ayrı hasta bitki örneği toplanmıştır. Tekirdağ ilinde sörveylenen bahçelerin tümünde hastalık yaygınlığı %20-57 oranında, enfekteli ağaçların %20-85 oranında hastalık şiddetine sahip olduğu tespit edilmiştir. Laboratuarda yapılan çalışmalar sonucu bu örneklerden 41 farklı Pseudomonas syringae izolatı elde edilmiştir. Yapılan klasik ve moleküler tanı testleri sonucunda 23 izolatın Pseudomonas syringae pv. morsprunorum, 18 izolatın ise Pseudomonas syringae pv. syringae olduğu tanılanmıştır. Anahtar kelimeler: Cerasus avium, LOPAT, GATTa, Pseudomonas syringae pv. syringae, Pseudomonas syringae

pv. morsprunorum

GİRİŞ

Meyveler insan beslenmesinde eskiden beri önemli yer tutmaktadır. Çünkü meyvelerin sağladıkları kalori, içerdikleri tuz, asitler ve vitaminler insan beslenmesinde büyük öneme sahiptirler (Gerçekçioğlu ve ark. 2006).

PREVALENCE, ISOLATION AND IDENTIFICATION OF BACTERIAL CANKER PATHOGENS ON SWEET CHERRY TREES IN TEKİRDAĞ

16

Türkiye birçok meyvenin anavatanı ve meyvecilik kültürünün beşiğidir. Bugün meyvecilik tarımında önem kazanmış olan elma, armut, ayva, erik, üzüm, incir gibi birçok meyve türü ülkemiz topraklarında ortaya çıkmıştır. Hazar Denizi ile Karadeniz arasındaki bölge kirazın anavatanı olarak bilinmektedir. Avrupa ve diğer kıtalara kirazın yayılması tohumların kuşlar, diğer hayvanlar ve göçmenler tarafından taşınmalarıyla olmuştur. Türkiye’de her bölgede kiraz yetiştiriciliği yapılmakta olup üretilen kirazın hemen hemen hepsi taze halde tüketilmektedir (Burak 2003).

Dünyada kiraz üretimi coğrafik olarak dünyanın farklı bölgelerine yayılmış durumdadır. Dünyada 2012 yılı kiraz üretimi 2.256.519 ton olup bu üretimin yaklaşık %21.30 ’unu Türkiye, %17.04’ünü Amerika Birleşik Devletleri (ABD), %8.86 ’sını İran üretmektedir. Türkiye’ nin 2012 yılı kiraz üretimi 480.748 ton olup birinci sırada yer almaktadır. ABD 2012 yılında 384.646 tonluk üretimi ile ikinci sırada olup bunu sırasıyla İran ve İtalya izlemektedir.

Ülkemizde kiraz üretimi son yıllarda gerek ağaç sayısı gerekse üretim olarak sürekli artış göstermektedir. 2013 yılında meyve veren ağaç sayısı 17.922.000 meyve vermeyen ağaç sayısı ise 7.236.000 adet ağaçtan 494.325 ton kiraz üretimi gerçekleşmiştir (TÜİK, 2013). İl bazında kiraz üretiminde İzmir, Manisa ve Konya ilk sıralarda yer almaktadır. Tekirdağ ilindeki kiraz üretimi ise yıllık 2.441 ton olarak gerçekleşmektedir (TÜİK 2013).

Ülkemizdeki kiraz üretimini tehdit eden pek çok biyotik ve abiyotik sorunlar vardır. Fitopatolojik problemler arasında yaprak delen hastalığına neden olan Stigmina carpophila, monilya (mumya) hastalığına neden olan Monilinia laxa, dal yanıklığı hastalığına neden olan Nectria galligena, bakteriyel hastalıklardan ise bakteriyel kansere neden olan Pseudomonas syringae pv. syringae ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum gibi önemli hastalık etmenleri hem ürün kayıplarına hem de ağaç ölümlerine neden olmaktadır.

Pseudomonas syringae’nin neden olduğu dal kanseri hastalığı dünyada meyve üretimi yapılan her yerde yaygın olarak görülmektedir. Hastalık mücadelesinin zor olmasından dolayı kirazda her yıl önemli verim kayıplarına neden olmaktadır. Fidan üretim alanlarında meydana gelen sistemik enfeksiyonlar sonucunda da fidan ölümleri sonucunda önemli ekonomik kayıplar meydana gelmektedir. Hastalıktan dolayı her yıl Almanya’da ağaçların %30’u ölürken, benzer kayıplar İtalya ve diğer Avrupa ülkelerinde de görülmektedir (Kennelly ve ark. 2007).

Hastalığa neden olan bakteriyel etmenler Pseudomonas syringae pv. syringae ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum düz ya da eğik çubuk şeklinde, bir veya iki kamçıya sahip gram negatif hücre yapısına sahiptir. Eni 0.5-1 µm, boyu 1.5-4.0 µm arasında değişmektedir. DNA’ nın %58-71 mol’ ü G+C içermektedir (Schaad ve ark. 2001). Pseudomonas syringae'nin ilk orijinal izolatı 1902 yılında Van Hall tarafından hastalıklı bir leylak (Syringae vulgaris) bitkisinden izole edilmiştir. Pseudomonas syringae kompleks bir patojen olup Gardan ve ark. (1999) önce 56 farklı pathovarlarının bulunduğunu ve DNA:DNA hibridizasyonu sonucunda izolatların 6 genomospeciese ayrıldığını belirlemişlerdir. Kaluzna ve ark. (2012) ise etmenin yaklaşık 64 pathovarı olduğunu bildirmiştir. Bunlar DNA:DNA hibridizasyonuna göre genom yapısı açısından 3 farklı genomospeciese ayrılmıştır. Birincisi içerisinde Pseudomonas syringae pv. syringae, ikincisinde Pseudomonas syringae pv. morspurunorum ırk 1, üçüncüsünde ise Pseudomonas syringae pv. morspurunorum ırk 2, Pseudomonas syringae pv. avii ve Pseudomonas syringae pv. persicae’nin yer aldığını bildirmişlerdir. Aynı zamanda bu 5 patojen Prunus spp. (Sert çekirdekli meyve ağaçları)’da hastalığa neden olmaktadır (Kaluzna ve ark 2012).

Pseudomonas syringae pv. syringae ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum kirazlarda bakteriyel kansere neden olan önemli patojenlerdir. Hastalık etmeni patojenlerin ağacın kök hariç bütün organlarına ve yapılarına saldırması bu etmenlerin önemini daha da arttırmaktadır. Hastalığın tipik belirtisi çeşide, ağacın yaşına, bitki dokusuna, patojen izolata ve çevresel koşullara göre değişebilir (Gasic ve ark. 2012). Hastalık belirtileri içerisinde çiçek demeti yanıklığı, sürgünlerde geriye doğru ölüm, yaprak ve meyve lekeleri, odun dokularında açık yaralarla (kanser) birlikte zamklanma ve genel olarak meyve miktarında azalmalar şeklinde ortaya çıkmaktadır (Kennelly ve ark. 2007). Ancak en zararlı hali gövde ve dallarda görülmektedir. Kabuk, dal ve ince sürgünlerde yer alan kanserli dokulardan yaz ve ilkbaharın sonlarında bakteriyel akıntılar görülür. Kanserli dalların terminal yaprakları yaz veya sonbaharın başlarında dalın ucuna doğru yaprakların pörsümesi, sararması şeklinde gözlenir. Sonuçta yapraklar solar ve ölürler. Yaprak ve meyve infeksiyonları serin ve yağışlı havalarda önemli ekonomik

M. BÜLBÜL, M. MİRİK

17

kayıplara neden olur. Yaprak lekeleri koyu kahverengi, daireselden düzensiz şekillere kadar değişen lekeler şeklinde ve bazı zamanlarda sarı hale ile çevrilidir. Lekeler büyüyerek birleşir ve daha büyük ölü alanlar meydana getirir, lekelerin merkezleri dökülerek saçma ile delinmiş bir görüntü alır (Ogawa ve ark. 1995). Yeşil kiraz meyvelerindeki belirtileri ise su emmiş leke veya nemli bir alanla çevrilmiş kahverengi lekelerdir. İnfektelenmiş meyvelerde çökük-derin çukurlar, siyah et benzeri lekeler ve meyvenin yaşına bağlı olarak merkezi sarı-kırmızı renginde lezyonlar meydana gelir. Meyve sapları kahverengi ve su emmiş leke şeklinde görülür. İnfekteli yaprak ve çiçek demetleri baharda açmaz ve ölü tomurcuk olarak adlandırılan belirtiler ortaya çıkar. Bu ölü sürgünlerde küçük kanserler görülür. Diğer infekteli demetler baharda açar fakat yaz başlarında ölür, yapraklar solar ve meyveler kurur (Ogawa ve ark. 1995). Dallarda derin yaralar şeklinde görülen kanser formu genelde ağacın zayıflamasına neden olan don olayları, yaralanma ve stres gibi faktörlerden sonra daha şiddetli gözlenir. Kanser oluşumunu don olayını teşvik eden gövdenin su içeriği, su emmiş lekeler ve büyük gövde çapları gibi faktörler teşvik etmektedir. Kanserli bölgeler konukçu-patojen ilişkisine göre küçük veya büyük olabilmekte ve ağacın ölümüne neden olabilmektedir. Kanserler, bakterinin kışı dormant olarak geçirdiği yerler olan çiçek demetlerinden ve tomurcuklardan odun dokusuna geçmesiyle başlamaktadır (Kennelly ve ark. 2007).Çiçek demeti infeksiyonu sonucunda ise demetin tamamı kurur. Etmen canlılığını bir üretim döneminden diğerine kanserli dokularda geçirir, sağlıklı sürgün ve iletim demetleri ile yayılır. Bakteri doku içerisinde baharda yağmurlarla beraber çoğalır ve genç yaprak ile çiçek demetlerine yağmur yardımıyla yayılır. Etmen simptom oluşturmadan epifitik olarak yaprak ve çiçeklerde de bulunabilir. Bakteriyel etmen yaprakların döküldüğü taze yaralardan gövdeye giriş yapar. Bakteriyel kanserin belirtileri ilkbaharda serin, nemli bir periyot veya yaprak ve çiçeklerden rüzgar nedeniyle oluşan yaraların olması durumunda ortaya çıkmaktadır. Yapraklarda serbest su filminin ve yüksek nemin en az 24 saat devam etmesi sonucunda yaprak infeksiyonları gerçekleşir (Jones ve Sutton 1996).

Pseudomonas syringae pv. syringae ülkemizde; Antalya, Mersin ve Adana’da Turunçgillerde (Mirik ve ark. 2005), Erzurum ve ilçelerinde kayısı ağaçlarında (Görmez 2011), Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ise kirazda Marmara ve Ege Bölgesi, bademde ise Ege Bölgesinde görülebilmektedir (Anonim 2008).

Pseudomonas syringae pathovarlarının tanılama çalışmalarında, LOPAT, GATTa testleri gibi klasik yöntemlerin yanı sıra; patojenisite ve patolojik temelli fitotoksinlerinin dikkate alındığı in vitro’ da syringomycin üretimi, buz çekirdeği oluşturma aktivitesinin saptanması kullanılmaktadır. Ayrıca, moleküler yöntemlerle de yapılan çalışmalar tanıları desteklemektedir (Ertimurtaş ve ark. 2014).

Pseudomonas syringae pv. syringae’nin moleküler tanılanmasında kullanılan syrB geninin primerlerinin dizilimi, (B1 5’–CTTTCCGTGGTCTTGATGAGG-3’ ve primer B2 5’- TCGATTTTGCCGTGATGAGTC-3’) kullanılarak yapılır. Jele verildikten sonraki görüntüde primer uzunluğu 752-bp’ye ulaşmış ise etmen Pseudomonas syringae pv. syringae olarak tanılanır (Abbasi ve ark. 2014). Pseudomonas syringae pv. morsprunorum’un moleküler tanılanmasında kullanılan cfl genine göre dizayn edilmiş primerler (GGCGCTCCCTCGCACTT ve GGTATTGGCGGGGGTGC) kullanılarak moleküler tanılanması yapılabileceği bildirilmiştir. Söz konusu primerlerin PCR ürünleri agaroz jelde 650 bp büyüklüğünde band oluşturmaktadır (Abelleria ve ark. 2014). Bu primer setleri izolatların pathovar düzeyinde moleküler tanısında son derece başarılı olarak kullanılmaktadır.

Bu çalışma kapsamında Tekirdağ ilinde kiraz üretimin yapıldığı Merkez, Naip, Kumbağ, Karahisarlı, Çanakçı, Barbaros yörelerinde 25 adet kiraz üretim alanı ziyaret edilmiş ve 129 adet ağaçtan örnek toplanmıştır. Yapılan izolasyonlar sonucu elde edilen 387 adet bakteri izolatının patojenitesi, LOPAT (L: Levan oluşumu, O: Oksidaz reaksiyonu, P: Pektolitik aktivite, A: Arginin dehidrolaz, T: Tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu), GATTa (G: Jelatin hidrolizi, A: Esculin hidrolizi, T: Tyrosine kullanma, Ta:Tartarik asidi kullanma) testleri, karbon kaynaklarından asit oluşumu gibi klasik testlerle tanısı yapılarak bakteri izolatlarının Pseudomonas syringae olduğu tanılanmıştır. İzolatların pathovar düzeyinde tanısında Pseudomonas syringae pv. syringae ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum’a spesifik olan yukarıda belirtilen iki primer seti kullanılarak PCR testleriyle moleküler düzeyde araştırmalar yapılmıştır. Ayrıca Tekirdağ ilinde kiraz dal kanseri hastalığının yaygınlığı, gezilen bahçelerdeki bulaşık ağaç sayısı oranı ve bulaşık ağaçtaki hastalık şiddeti tespit edilmiştir.


18

MATERYAL VE METOD

MATERYAL

Karakteristik hastalık belirtisi gösteren kiraz bitki örneklerinden izole edilen bakterilerin tanılanması çalışmalarında karşılaştırma kültürleri olarak Çukurova Üniveristesi Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü Öğretim üyesi Prof. Dr. Yeşim AYSAN’dan temin edilen tanısı yapılmış Pseudomonas syringae pv. syringae izolatı, Tekirdağ Merkez ve çevresinden izole edilen Pseudomonas syringae pv. syringae izolatları, Yalova Bahçe Kültürleri Atatürk Araştırma Enstitüsü’nde çalışan Yük. Zir. Müh. Nesrin TUNALI’dan tanısı yapılmış Erwinia amylovora 57 izolatı, besi yerleri, çeşitli kimyasallar, laboratuar malzemeleri, inkübatör, etüv, otoklav, pH metre, spektrofotometre ve PCR aleti bu çalışmanın materyalini oluşturmuştur.

METOD

Hastalığın Yaygınlığının Tespiti

Arazi çalışması için gidilen bahçelerdeki ağaçlar Lazarow (1961) metoduna göre incelenmiştir. Bu metoda göre 20 meyve ağacı olan bahçenin %100’ü, 21-70 meyve ağacı olan bahçede 21-30 ağaç, 151-500 meyve ağacı olan bahçede 41-80 ağaç, 501-1000 meyve ağacı olan bahçede ağaçların %15’i, 1000’den fazla meyve ağacı olan bahçede ağaçların %5’ i (en az 150 ağaç) kontrol edilerek hasta bitki örnekleri Tekirdağ’ın Naip, Merkez, Mermer, Kumbağ, Karahisarlı, Çanakçı, Barboros ve Kumbağ ilçelerinden toplanmıştır. Gezilen bölgedeki bahçe sayısına, hastalıklı bahçe sayısı oranlanarak hastalığın yöredeki yaygınlığı hesaplanmıştır. Ayrıca her kiraz bahçesi, çapraz olarak gezilmiş, hastalıklı ve sağlıklı ağaçların sayıları belirlenerek basit ortalama metoduna göre bahçelerdeki hastalık yüzdesi hesaplanarak hastalığın bahçedeki bulunma oranı tespit edilmiştir. Ayrıca infekteli ağaçlardaki hastalık şiddeti ise ortalama 10 ağaçta hastalıklı kısmın ağacın % kaçını kapladığı hesaplanarak belirlenmiştir.

Bakteriyel Kanser Etmeninin İzolasyonu

Bakteriyel kanser belirtisi gösteren örneklerin hastalıklı ve sağlıklı doku kısımlarını içeren 0.5 cm’lik bitki parçaları % 70’lik alkol veya %1’lik NaOCl ile yüzeyden dezenfekte edilmiştir. Parçalar steril havanda %0.85 NaCl içeren saline buffer da homojenize edilmiştir. Elde edilen ekstraktan bir öze dolusu süspansiyon alınarak King B

besi yeri içeren petrilere çizgi ekimiyle çizilmiştir. 25oC’de 48 saatlik inkübasyondan sonra gelişen krem renkli koloniler saflaştırılmış ve gelecekteki çalışmalarda kullanılmak üzere eğik olarak hazırlanmış YDC ortamında

+4oC’de buzdolabında saklanmıştır (Lelliott ve Stead, 1987).

Patojenite Testi

Hastalıklı kiraz dokularından izole edilen bakteri izolatlarının patojenitesi Lelliott ve Stead (1987)’nin

bildirdiğine göre 3 farklı yöntem kullanılarak yapılmıştır. Patojenite testi çalışmalarında 108 hücre/ml inokulum yoğunluğu kullanılmıştır. Patojenite testlerinde pozitif kontrol olarak Pseudomonas syringae pv. syringae referans kültürü, negatif kontrol olarak ise steril su kullanılmıştır. Çalışmada çiçek demetlerine püskürtme, sürgünlerin uç kısımlarına injeksiyon ve meyve inokulasyonu olmak üzere üç farklı inokulasyon yöntemi kullanılmıştır.

Re-İzolasyon

İnokulasyon yapılan kiraz sürgün, açılmamış çiçek demetleri ve meyvelerinde meydana gelen kahverengilikler ve kurumalar incelemeye alınmıştır. Örnekler küçük parçalara ayrılmış ve %70 etil alkol ile yüzeyden dezenfekte edilmiştir. Örnekler porselen havan içerisine konulmuş ve 2 ml steril saline buffer eklenerek süspansiyonlar hazırlanmıştır. Havanlar 15-20 dakika bekletilerek bakterinin saline buffer süspansiyonuna geçmesi sağlanmıştır. Bekleme sonunda içerisinde King B besiyeri bulunan petrilere üç çizgi yöntemine göre çizimler yapılmıştır (Janse

2006). İzolasyon petrileri 25oC’de 48 saat inkübatörde bekletilmiştir. King B besi yerinde floresan tipte, küçük, yuvarlak ve kabarık olmayan tipte krem renginde gelişen koloniler saflaştırılmıştır. Simptom veren bitkilerden re-izolasyonlar yapılarak elde edilen re-izolatlar cam tüplerde eğik olarak hazırlanmış yeast dekstroz kalsiyum karbonat agar (YDCA) besi yerine çizimleri yapılarak tanı çalışmaları yapılmak üzere buzdolabında saklanmıştır.


19

Bakteri İzolatlarının Morfolojik, Fizyolojik ve Biyokimyasal Testlerle Tanısı

129 hasta bitkiden izole edilen 387 izolat içinden seçilen 41 adet re-izolat ile tanı çalışmaları yapılmıştır. Geleneksel yöntemlerle tanı Lelliott ve Stead (1987) ile Schaad ve ark. (2001)’e göre yapılmıştır. KOH ile gram reaksiyonu ve LOPAT (L: levan oluşumu, O: oksidaz testi, P: patateste pektolitik aktivite, A: arginin dehidrolaz aktivitesi, T: tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu), GATTa (G: Jelatin hidrolizi, A: Esculin hidrolizi, T: Tyrosine kullanma, Ta:Tartarik asidi kullanma) testlerinin sonucuna göre izolatların tanıları yapılmıştır. Çalışmada Pseudomonas syringae pv. syringae’nin referans kültürü ile her bir test için pozitif ve negatif sonuç veren referans bakteri kültürleri kullanılmıştır.

Bakteri İzolatlarının PCR Testi ile Tanısı

Tekirdağ ilinden elde edilen 41 adet izolatın PCR ile tanısı yapılmıştır. İzolatlar nutrient broth sıvı besi yerinde geliştirilerek De Boer ve Ward (1995)’e göre saflaştırılmış genomik DNA’lar PCR çalışmalarında kullanılmıştır.

PCR çalışmasında syrB gen Primer B1 (5’-CTTTCCGTGGTCTTGATGAGG-3’) ve syrB gen Primer B2 (5’-TCGATTTTGCCGTGATGAGTC-3’) (Bereswill 1992) ile cfl gen Primer CFLF (5’-GGCGCTCCCTCGCACTT-3’) ve cfl gen Primer CFLR (5’-GGTATTGGCGGGGGTGC-3’) Abbasi 2013) primer setleri kullanılmıştır. Çalışma, reaksiyon tüpü adı verilen 0.5 ml’lik ince duvarlı eppendorf tüplerde toplam hacmi 25 μl olan reaksiyon karışımının (12.5 µl PCR Master Mix (Promega, M7502), 2.0 µl 20 pmole primer1 ve primer2, 6.5 µl H2O, 2.0 µl g-DNA) kullanılmasıyla gerçekleştirilmiştir. B1 ve B2 primerlerinin PCR işlemi için kullanılan program; İlk denatürasyon 94oC’de 4 dak., 35 döngü 94oC’de 1 dak., 60oC’de 1.5 dak., 72oC’de 1.5 dak., Final extention 72oC’de 10 dak. olarak PCR cihazına programlanmıştır. CFLF ve CFLR primerlerinin PCR işlemi için kullanılan program ise İlk denatürasyon 93oC’de 4 dak., 37 döngü 93oC’de 1 dak., 52oC’de 2 dak., 72oC’de 1.5 dak., Final extention 72oC’de 10 dak. olarak PCR cihazına programlanmıştır. Elde edilen bakteri DNA’sının ve PCR ürünlerinin Agarose jel elektroforezine yönelik çalışmalar Sambrook ve ark. (1989)’a göre yapılmıştır. Bunun için 0.9 g agarose 90 ml 1 X TAE tamponuna konularak mikrodalga fırında eriyinceye kadar kaynatılmıştır. Yaklaşık 50ºC’ye kadar soğutulan solüsyon, taraklar yerleştirilen jel tepsisine dökülmüştür. Agaroz jelin donmasından sonra jel tankı içerisine jeli örtünceye kadar 1XTBEbuffer konmuştur. Daha sonra örnek koymak için kullanılan tarak dikkatlice çekilerek çıkarılmıştır. Bu şekilde hazırlanan agaroz jel çukurlarına 3 µl loading buffer ve 12 µl PCR ürünü karışımı bir mikropipet yardımı ile dikkatlice verilmiştir. Moleküler ağırlık işaretleyici (Marker) olarak 100 bp DNA işaretleyici (Marker, Fermentas SM 0623) kullanılmıştır. Elektroforez tankında agroz jeldeki örnek hücrelerin bulunduğu yer güç kaynağının negatif (-) kutbuna denk gelecek şekilde yerleştirilmiş ve PCR ürünleri 100 V elektrik akımında yaklaşık 1 saat süre ile yürütülmüştür. Bantların görülmesi için ethidium bromür ile (10 mg/ml) 10 dak. boyama yapılmış ve bunu takiben 15 dak. saf su ile jel yıkanarak transliminatörde (302 nm) bantlar incelenmiş ve fotoğraflanmıştır.

BULGULAR VE TARTIŞMA

Hastalıklı Bitki Materyalinin Elde Edilmesi: Tekirdağ ilinde7 farklı yörede Merkez, Naip, Mermer, Kumbağ, Karahisarlı, Çanakçı, Barboros kiraz üretim alanlarına 2012 ve 2013 yılının Mart-Haziran aylarında periyodik olarak ziyaretler yapılmış ve ziyaret edilen kiraz bahçelerinde bakteriyel kanserin neden olduğu karakteristik hastalık belirtileri olan çiçek demeti yanıklığı, sürgünlerde geriye doğru ölüm, yaprak ve meyve lekeleri ile odun dokularında kanserle birlikte zamklanma belirtileri gözlenmiştir. Arazi çalışmalarında ziyaret edilen bahçelerde hastalığın bulunma oranı %100 olarak belirlenmiştir. Tekirdağ ili mevkilerine göre ziyaret edilen bahçelerde hastalığın bulunma oranları ise Naip’te %35.6, Mermer’de %33.3, Merkez’de %17.4, Kumbağ’da %38.5, Karahisarlı’da %25.0, Çanakçı’da %20.0, Barboros’ ta %57.1 olarak belirlenirken, hastalık şiddetinin ise %28.5-50.7 arasında değişen oranlarda belirlenmiştir.

Hastalık etmeninin izolasyonu:Tekirdağ çevresinde bakteriyel kanser belirtisi gösteren 129 adet bitki örneğinin hastalıklı ve sağlıklı doku kısımlarını içeren parçalardan King B besi yerine yapılan izolasyonlarda 2-3 gün içinde krem-beyaz renkte ve floresan tipte kolonilerden 387 adet bakteri izolatı elde edilmiş ve tanı testleri yapılmıştır.


20

Patojenite testinde kullanılan bakteri populasyonunun hesaplanması: King B besi yerinde geliştirilen 48 saatlik izolatlar spektrofotometrede 600 nm 0.1 absorbans değerine ayarlanarak süspansiyonlar hazırlanmış ve yapılan seyreltme serilerinden besiyerinde gelişen koloniler sayılarak ml’ deki bakteri populasyonu 7 x 108 hücre/ml yoğunluğunda olduğu hesaplanmıştır (Klement ve ark. 1990).

Patojenite testi: Hastalıklı kiraz dokularından izole edilen ve tanı çalışmasında kullanılan 41 bakteri izolatı ve referans kültür King B besi yerinde geliştirilen 24 saatlik bakteri izolatlarının 7 x 108 hücre/ml yoğunluğundaki süspansiyonları hazırlanmıştır. Namık Kemal Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe bitkileri Demonstrasyon Kiraz bahçesinden toplanan çiçek, sürgün ve meyvelere inokulasyon yapılmış ve 25oC ve %70 nem içeren sera bölmesinde muhafaza edilmiştir. Pozitif kontrolle bulaşık bitkilerde dıştan gözle görülür simptomlar oluşunca yaklaşık çiçek ve sürgünler 8-10 gün sonra meyve denemeleri ise 5-7 gün sonra değerlendirme yapılmıştır (Janse 1981). Tipik hastalık simptomu gösteren bitkilerden yapılan re-izolasyonlar sonucu seçilen 41 re-izolat tekrar izole edilmiş ve tanı testlerinde kullanılmıştır.

Bakteri İzolatlarının Morfolojik, Fizyolojik ve Biyokimyasal Testlerle Tanısı: Hastalık belirtisi gösteren kiraz bahçelerinden izole edilen 41adet bölge izolatı ve bir referans izolat olmak üzere 42 adet re-izolatla yapılan tanı çalışmaları sonucunda; izolatlar King B besi yerinde krem renkli flouresan koloni, gram negatif, levan tipte koloni oluşumu ve tütünde aşırı duyarlılık pozitif olarak belirlenmiştir. Oksidaz, pektolitik aktivite ve arginin dehidrolaz ise negatif olarak belirlenmiştir. İzolatların tür ayırımında kullanılan GATTa testi sonucunda iki gruba ayrılmıştır. Birinci grup içerisinde yer alan 23 izolatın GATTa sonuçları -, -, +, + olarak belirlenmiş ve bunların Pseudomonas syringae pv.morsprunorum olduğu belirlenmiştir. Geriye kalan 23 izolatın ise GATTa sonuçları +, +, -, - olarak saptanmış, izolatların Pseudomonas syringae pv.syringae olarak tanıları yapılmıştır. İzolatlara yapılan tanı testlerinin sonuçları Çizelge 1‘de özetlenmiştir.

Elde edilen re-izolatların tanılarının yapılmasında mutlaka GATTa testinin kullanılması gerektiği bu çalışma ile de ortaya konmuştur. Re-izolatlarla yapılan GATTa testi sonucunda iki gruba ayrılmıştır. Birinci grup içerisinde yer alan 23 izolatın GATTa sonuçları -, -, +, + olarak belirlenmiş ve bunların Pseudomonas syringae pv. morsprunorum olduğu belirlenmiştir. Geriye kalan 23 izolatın ise GATTa sonuçları +, +, -, - olarak saptanmış izolatların Pseudomonas syringae pv. syringae olarak tanıları yapılmıştır.

Bakteri İzolatlarının PCR Testiyle Tanısı: B1-B2 primerleri kullanılarak yapılan PCR testlerinde 18 re-izolatın (Naip1/1, Naip 2/1, Naip3/1, Naip 4/1, Naip5/1, Naip 6/1, Naip7/1, Mermer 1/1, Mermer 2/1, Mermer 3/1, Mermer 4/1, Barboros 1/1, Barboros 2/1, Barboros 3/1, Barboros 4/1, Barboros 5/1, Barboros 6/1, Barboros 7/1) %1.5 agaroz jelde 752 bp büyüklüğünde bantlar oluşturmuştur. Moleküler ağırlık işaretleyicisi olarak kullanılan 100 bp’lik marker PCR ürününün 752 bp büyüklüğünde olduğu Şekil 4. 18’de görülmektedir. B1-B2 pimerleri kullanılarak yapılan PCR çalışması sonucunda 18 adet izolatın Pseudomonas syringae pv.syringae olduğu belirlenmiştir. CFLF-CFLR primerleri ile yapılan PCR çalışmasında ise re-izolatların 23 adedi (Naip 8/1, Naip 9/1, Naip 10/1, Naip 11/1, Naip 12/1, Naip 13/1, Naip 14/1, Naip 15/1, Naip 16/1, Merkez 1/1, Merkez 2/1, Merkez 3/1, Merkez 4/1, Kumbağ 1/1, Kumbağ 2/1, Kumbağ 3/1, Kumbağ 4/1, Kumbağ 5/1, Karahisarli 1/1, Karahisarli 2/1, Karahisarli 3/1, Çanakçı 1/1, Barboros 8/1) %1.5 agaroz jeld e Şekil 4.19’da görüldüğü gibi 650 bp baz uzunluğu oluşturarak Pseudomonas syringae pv. syringae olarak tanımlanmıştır.

Çizelge 1’de de görüldüğü üzere izolatların tanılama çalışmalarında kullanılan klasik yöntemlerden LOPAT karakterizasyonuna göre izolatların tamamı +,-,-,-,+ özellikler göstererek Pseudomonas syringae olduğu ortaya konulmuştur. Elde edilen re-izolatların tanılarının yapılmasında mutlaka GATTa testinin kullanılması gerektiği bu çalışma ile de ortaya konmuştur. Re-izolatların yapılan GATTa testi sonucunda iki gruba ayrılmıştır. Birinci grup içerisinde yer alan 23 izolatın GATTa sonuçları -, -, +, + olarak belirlenmiş ve bunların Pseudomonas syringae pv. morsprunorum olduğu belirlenmiştir. Geriye kalan 18 izolatın ise GATTa sonuçları +, +, -, - olarak saptanmış izolatların Pseudomonas syringae pv. syringae olarak tanıları yapılmıştır.

F: King B’de floresan tip koloni gelişimi, L: Levan oluşumu, O: Oksidaz reaksiyonu, P: Pektolitik aktivite, A: Arginin dehidrolaz, T: Tütünde aşırı duyarlılık reaksiyonu, G: Jelatin hidrolizi, A: Esculin hidrolizi, T: Tyrosine


21

kullanma, Ta: Tartarik asidi kullanma, Pss: Pseudomonas syringae pv. syringae, Psm: Pseudomonas syringae pv. morsprunorum

Çizelge 1. Bakteri izolatlarının test sonuçları

PCR İzolat Adı

Gram Reaksiyon

F L O P A T G A T Ta

Cfl syrB Tanı

Sonucu

Naip 1/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Naip 2/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Naip 3/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Naip 4/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Naip 5/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Naip 6/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Naip 7/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Naip 8/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 9/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 10/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 11/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 12/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 13/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 14/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 15/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Naip 16/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Mermer 1/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Mermer 2/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Mermer 3/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Mermer 4/1 - + - - - - + + + - - - + Pss

Merkez 1/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Merkez 2/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Merkez 3/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Merkez 4/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Kumbağ 1/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Kumbağ 2/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Kumbağ 3/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Kumbağ 4/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Kumbağ 5/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Karahisarlı 1/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Karahisarlı 2/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Karahisarlı 3/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Çanakçı 1/1 - + + - - - + - - + + + - Psm

Barbaros 1/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Barbaros 2/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Barbaros 3/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Barbaros 4/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Barbaros 5/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Barbaros 6/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Barbaros 7/1 - + + - - - + + + - - - + Pss

Barbaros 8/1 - + + - - - + - - + + + - Psm


22

Ivanovic ve ark (2009) izolatların GATTa testine göre iki farklı gruba ayrıldığını belirlemiştir. GATTa birinci grupta yer alan izolatlar jelatin ve esculini hidrolize ederken thyrosinaz ve tartatatı kullanmamalarından dolayı Pseudomonas syringae pv. syringae olarak tanılamışlardır. İkinci grup içinde bulunan izolatlar jelatin ve esculin hidrolize etmezken, thyrosinaz ve tartarattan kullanmalarından dolayı Pseudomonas syringae pv. morsprunorum olarak tanılanmıştır. Kaluzna ve ark. (2010) farklı sert çekirdekli meyvelerden izole ettikleri 30 adet Pseudomonas’ın 23 adedi LOPAT testlerine göre Pseudomonas syringae olarak tanılanmıştır. Tam olarak tür ayırımını yapmak için GATTa kullanmaları sonucunda 10 tanesi Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 1, 6 tanesi Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 2 ve 6 tanesi de Pseudomonas syringae pv. syringae olarak tanılamışlardır. Gavriloviç ve ark. (2012) ise kiraz üretim alanlarından elde ettiği Pseudomonas izolatlarının tanısını patojenite testi ve GATTa testine jelatin ve esculin pozitif, tyrisonas ve tartarat ise negatif olarak Pseudomonas syringae pv. syringae olarak, jelatin ve esculin negatif, tyrosine ve tartarat ise pozitif olan izolatları ise Pseudomonas syringae pv. morsprunorum olarak tanılanmıştır. Gasic ve ark. (2012) gram reaksiyonu, KB’de floresan ve LOPAT testleri Pseudomoas türlerini birbirinden ve bazı diğer cinslerden ayırmada kullanılan testler olarak kullanılabileceğini belirtmiştir. GATTa testi Pseudomonas syringae pv. syringae ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 1 ayırmada kullanılırken (Latorre ve Jones 1979) Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 2’de ise uygun olmamıştır (Gilbert ve ark. 2009). Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 2 jelatin ve esculini hidrolize etmiş, tyrosine üretmiş ama tartarik asidi kullanmamıştır. GATTa testi Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 1 için uygun olduğu belirlenmiştir. Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 1 jelatin ve esculini hidrolize etmezken tyrosine ve tartarik asidi kullanmaktadır (Bultreys ve Kaluzna 2010). Bu yüzden GATTa testinde Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 1 ve ırk 2’yi ayırmada sadece jelatin hidrolizi kullanılabilir. Vicente ve Roberts (2007) bazı Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 2 izolatlarının GATTa test sonucu (++--) Pseudomonas syringae pv. syringae’ye benzer olduğunu bildirmiştir. Bunun yanında GATTa test Pseudomonas syringae pv. syringae ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ayırmada kullanılacak bir yöntem olduğu ama Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ırk 2 için buz çekirdeği aktivitesi, sukroz nutrient broth besiyerinde gelişim ve insitoldan asit üretimi gibi ekstra testlerin eklenmesi gerekmektedir. Pseudomonas syringae pathovarlarının simptomolojik ve genel karakteristik özellikleri nedeniyle sert çekirdeklilerde ayırımı kolaylıkla karıştırılabilmektedir. Sadece LOPAT testi Pseudomonas syringae pv. syringae ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ayırmada yeterli olmadığı gerek yaptığımız çalışmada gerekse diğer yapılan çalışmalarda da görüldüğü gibi uygun olmamaktadır. Bu nedenle yapılan bütün çalışmalar GATTa gibi ayırıcı testlerin yapılması daha doğru sonuçların alınmasında faydalı olacaktır. Ayrıca elde edilen re-izolatların tanısında moleküler yöntemlerle desteklenmesinin gerektiği birçok araştırmacı tarafaından önerilmektedir. İki farklı primer dizilimleri kullanılarak yapılan PCR çalışmaları sonucunda elde edilen re-izolatların iki farklı tür olduğu saptanmıştır. İzolatların 23 tanesi cfl genine göre elde edilen primerlere reaksiyon verirken 18 adet izolat ise syrB genine göre dizayn edilen primerlerle reaksiyon vermiştir. Bu reaksiyonlar sonucunda elde edilen verilerle GATTa testinden elde edilen sonuçlar benzerlik göstermiştir. cfl genine göre reaksiyon veren ve 650 bp baz uzunluğunda ürün veren izolatların Pseudomonas syringae pv. morsprunorum olarak tanılanırken, syrB genine reaksiyon veren ve 752bp baz uzunluğunda tekrarlanabilen bantlar oluşturan izolatlar ise Pseudomonas syringae pv. syringae olarak tanılanmıştır. Gasic ve ark. (2012) PCR metotlarında toksin üretimlerinin belirlenmesinde, Pseudomonas syringae pv. syringae için syrB ve syrD, Pseudomonas syringae pv. morsprunorum için cfl genlere dayalı PCR testlerinin izolaların ayırımında yeterli olacağını bildirmiştir. Ertimurtaş ve ark. (2014) Pseudomonas syringae pathovarlarının moleküler yöntemlerle yapılan tanısında Pseudomonas syringae pv. syringae’nin syringomycin sentezinden sorumlu syrB geni ve Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ’nin coronatine sentezinden sorumlu cfl genlerine göre belirlemiştir. Benzer olarak Abbasi ve ark. (2012) Pseudomonas syringae pv. syringae’nin moleküler tanılanmasında syrB genine göre dizayn edilen primer kullanıldığında 752bp baz uzunluğunda PCR ürünleri elde edilirken, Albelleria ve ark. (2014) yaptıkları çalışmada Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ’un moleküler tanılanmasında kullanılan cfl geninin kullanıldığı PCR çalışmalarında ise 650 bp baz uzunluğunda PCR ürünlerinin elde edildiğini belirlemişlerdir. Elde ettiğimiz sonuçlar ile araştırıcıların sonuçları paralellik göstermektedir.


23

TEŞEKKÜR

Bu çalışma Namık Kemal Üniversitesi Bilimsel Araştırma Proje ofisi tarafından NKUBAP.00.24.YL.14.06 nolu proje olarak desteklenmiştir.


LİTERATÜR LİSTESİ

Abbasi, V., Rahminian, H., Ghanbari, M. A. T. 2012. Genetic variability of Iranian strains of Pseudomonas syringae causing bacreial canker disease on stone fruits. Eur J Plant Pathol, 135: 225-235.

Abbasi, V., Rahimian, H. and Tajick-Ghanbari, M. A. 2013. Genetic variability of Iranian strains of Pseudomonas syringae pv. syringae causing bacterial canker disease of stone fruits. European journal of plant pathology, 135: 225-235.

Abelleira, A., Ares, A., Augin, O., Picoaga, A., Lopez, M. M., Mansilla, P. 2014. Current situation and characterization of Pseudomonas syringae pv. actinidae on kiwifruit in Galicia (northwest Spain).Plant Pathology, 691-699.

Anonim 2008. Sert çekirdekli meyvelerde bakteriyel yanıklık hastalığı. Zirai Mücadele Teknik Talimatları, Ankara, Cilt 4, 66-68.

Burak, M. 2003. Meyvecilik-1, 147-151.

De Boer, S. H., Ward, L. J. 1995. PCR detection of Erwinia caratovora subsp. atroseptica associated with potato tissue. Phytopathology, 85:854-858.

Ertimurtaş, D., Özaktan, H. 2014. Sert çekirdekli meyvelerde bakteriyel kansere neden olan Pseudomonas syringae pathovarlarının tanısı. Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, Antalya.

Gavrilovic, V., Zivkovic, S., Dolovac, N., Trkulja, N., Dolovac, E. P., Popovic, T., Ivanovic, D., 2012. Pseudomonas syringae-pathogen of sweet cherry in Serbia. Pestic. Phytomed, 27(2): 141-149.

Gerçekçioğlu, R., Bilginer, Ş., Soylu, A. 2006. Genel meyvecilik (Meyve yetiştiriciliği esasları kitabı).

Görmez, A. 2011. Erzurum ilinde kayısı ağaçlarından izole edilen Pseudomonas türlerinin tanısı, karakterizasyonu ve çeşit reksiyonları. Doktora tezi, Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Erzurum.

Ivanovic, Z., Zivkovic, S., Starovic, M., Josic, D., Stankovic, S., Gavrilovic, V. 2009. Diversity among Pseudomonas syringae strains originating from fruit trees in Serbia. Arch. Biol. Sci., 61(4): 863-870.

Janse, J. D. 1981. The bacterial disease of ash (Fraxinus excelsior), caused by Pseudomonas syringae subsp. savastanoi pv. fraxini. II. Etiology and taxonomic considerations. European Journal of Forest Pathology, 11: 425–38.

Janse, J. D. 2006. Phytobacteriology. Principles and Practice. Wallingford, UK and Oxford Press, New York, 208-209.

Jones, A. L., Sutton, T. B. 2006. Pseudomonas syringae pv. syringae and Pseudomonas syringae pv. morsprunorum. West Virginia University, 1-3.

Kaluzna, M., Ferrante, P., Sobiczewski, P., Scortichini, M. 2010. Characterization and genetic diversity of Pseudomonas syringae from stone fruits and hazelnut using repetiyive-PCR and MLST. Journal of Plant Pathology, 92(3): 781-787.

Kaluzna, M., Janse, J. D., Young, J. M. 2012. Detection and identification methods and new tests as used and developed in the framework of cost 873 for bacteria pathogenic to stone fruits and nuts. Journal of Plant Pathology, 94(1): 117-126.


24

Kennely, M. M., Cazorla, F. M., Vicente, A., Ramos, C., Sundin, G. W. 2007. Pseudomonas syringae disease on fruit trees. Plant Disease, 91(1).

Klement, Z., Rudolph, K., Sands, D. C. 1990. Methods in Phytobacteriology, Akademia Kiado, Budapest, XIV+568p.

Lelliot, R. A., Stead, D. E. 1987. Methods for the Diagnosis of Bacterial Diseases of Plants. Oxford, UK: Blackwell Scientific Publications.

Mirik, M., Baloğlu, S., Aysan, Y., Çetinkaya Yıldız, R., Küsek, M. and Şahin, F. 2005. First outbreak and occurrence of citrus blast disease, caused by Pseudomonas syringae pv. syringae on orange and mandarin trees in Turkey. Plant Pathology, 54 (2): 238.

Ogawa, J. M., Zehr, E. L., Bird, G. W., Ritchie, D. F., Uriu, K. and Uyemoto, J. K. 1995. Compendium of stone fruit diseases, 78-87.

Sambrook, J., Fritsch, E. F. and Maniatis, T. 1989. Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. N.Y., Cold Spring Harbor Laboratory Press,1659 p.

Schaad, N. W., Jones, J. B. and Chun, W. 2001. Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria. The American Phytopathological Society, St. Paul, MN., USA.

TÜİK, 2013. www.tuik.gov.tr. Türkiye’de kiraz ağaç sayısı ve üretim miktarı. 23\07\2014.


25

Determination of the Best Forecast System for the Prediction of the Tomato Late Blight in the Tomato Fields of Balıkesir and Çanakkale Provinces*

M. Hadi AYDIN* Nedim ALTIN** M. Erhan GÖRE*** Zafer UÇKUN****

* Siirt Üniversitesi, Ziraat Fakültesi,Bitki Koruma Bölümü, 56100 Kezer/SİİRT ** Agricon Zirai İlaç Deneme ve Danışmanlık Tic. Ltd. Şti, 35230 Konak/İZMİR *** İ. B Üniversitesi, Ziraat ve Doğa Bilimler Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, BOLU **** BASF, Product Manager, 35230 Konak / İZMİR Accepted for publication November 7, 2014

ABSTRACT

A large number of late blight forecasting models exist and are currently used in many tomato and potato production areas throughout the World. The use of forecast systems to predict disease has the potential of reducing fungicide applications without reducing yield. This study carried out in the tomato growing areas of Balıkesir (Merkez, Manyas, Susurluk) and Çanakkale (Batak ovası) provinces between the years of 2006-2010. In the region where the automatic weather stations were located no fungicide applications were carried out in the control tomato fields until the occurrence of the first symptoms of the disease on the plants. Surveys were carried out once and sometimes twice a week to determine the occurence of the first symptoms of the disease. Comparisons were made between the predictions of the model and the actual date of the occurence of the blight late in the field ,with aim to verify the suitibility of the tested model. In study had used SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI, TOMCAST and Tomcast model was used with modification as named modified TOMCAST forecasting models which are predict infection conditions of tomato late blight, caused by Phytophthora infestans. These models were compared between the actual date when blight was found in the crop and predict infection date of these models. Thus, The most appropriate models were determined according to study areas. After result of study, modified TOMCAST model were found to be the suitable at Balıkesir regions. and SMITH model were found to be the suitable at Çanakkale regions.

Keywords: Late blight, Tomato, Forecast Models

ÖZET

Balıkesir ve Çanakkale İllerinde Tarla Domatesi Yetiştiriciliğinde Geç Yanıklık (Phytophthora infestans (Mont.) De Bary) Hastalığına Karşı En Uygun Erken Uyarı Sisteminin Belirlenmesi

Dünya’da patates ve domates üretiminde önemli kayıplara neden olabilen Mildiyö (Geç Yanıklık) hastalığına karşı hem etkili bir mücadele yapabilmek hem de uygulanan fungisit sayısını azaltabilmek için çok sayıda tahmin uyarı modeli geliştirilmiş ve günümüzde kullanılmaktadır. Bu çalışma 2006-2010 yılları arasında Balıkesir ili merkez, Susurluk, Manyas ilçeleri ve Çanakkale ili Batak ovasında domates üretimi yapılan tarlalarda yürütülmüştür. Rasat istasyonlarının bulunduğu bölgelerde seçilen kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtisi görülünceye kadar ilaçlama yapılmamıştır. Surveyle ilk belirtiler görülünceye kadar haftada bir bazen iki defa yapılmıştır. Modellerin tahmini enfeksiyon tarihleri ile arazide tespit edilen ilk hastalık belirtileri karşılaştırılmış olup, denenen modellerin

Bu çalışma Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) tarafından desteklenmiştir.

DETERMINATION OF THE BEST FORECAST SYSTEM FOR THE PREDICTION OF THE TOMATO LATE BLIGHT IN THE TOMATO FIELDS OF BALIKESIR AND ÇANAKKALE PROVINCES

26

uygunluğu test edilmiştir. Çalışmada domates mildiyösü hastalığı etmeni olan Phytophthora infestans’ın doğa koşullarında tahminine yönelik SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI, TOMCAST ve Tomcast modeli modifiye edilerek, modifiye TOMCAST tahmin uyarı modelleri kullanılmıştır. Modellerin enfeksiyon tahmini ile doğada gerçekleşen enfeksiyonlar karşılaştırılarak modeller değerlendirilmiştir. Böylece çalışma alanlarına göre uygun modeller belirlenmiştir. Çalışmalar sonucunda Balıkesir bölgesinde modifiye TOMCAST modeli, Çanakkale ilinde ise SMITH modeli en uygun modeller olarak belirlenmiştir.

Anahtar Kelimeler: Mildiyö (Geç yanıklık), Domates, Tahmin Uyarı Modelleri

GİRİŞ

Domates içerdiği besin değerleri ile insan beslenmesinde önemli bir yere sahiptir. Ülkemizde 2013 yılı verilerine göre 11.820.000 ton /yıl üretim ile sebze grubu içerisinde ilk sırayı almaktadır. Ayrıca tarımsal sanayinin özellikle salça üretiminde vazgeçilemez temel bir ürün haline gelmiştir. Ege bölgesi domates üretimi ve domatese bağlı sanayisi ile Marmara ve Akdeniz bölgesi ile beraber önemli bir potansiyeli oluşturmaktadır. Bölgemizde Çanakkale ve Balıkesir illerinin toplam üretim değeri 945.600 ton/yıl’dır. Bu iki ilin toplam üretim miktarı Türkiye genelinin yaklaşık % 8’ini oluşturmaktadır (Anonymus,2013).

Domates üretiminde de diğer kültür bitkilerinde olduğu gibi verime doğrudan etki eden önemli hastalıklar bulunmaktadır. Bu hastalıklardan birisi de Phytophtora infestans 'ın neden olduğu mildiyö hastalığıdır. Özellikle ılıman iklime sahip ve yağışlı, nemli yörelerde bu hastalık salgın yapabilme özelliğine sahiptir (Onoğur,1996). Bu etmen kışı çürümüş bitki artıklarında Oospor formunda geçirir. Oospor çimlenmesi primer enfeksiyonu başlatır. Etmenin domates tarlasında yayılması eşeysiz üreme şekli olan sporangifor ve sporangium oluşumu ile meydana gelir. Uygun çevresel koşullarda ( ≤ 20 °C, oransal nem % 95-100) bitkinin yaprak ve gövdesinde düzensiz açık yeşilden grimsi renge sahip lekeler ortaya çıkar ve hızlı bir şekilde diğer organlara geçer (Şekil 1). Hava sıcaklığının 30 °C’nin üzerine çıkması ve nemin düşmesiyle hastalığın gelişimi ve yayılması durur; İklim koşulların tekrar uygun hale gelmesiyle etmen tekrar gelişmeye devam eder (Trentin et al, 2009). Etmen epidemik yayılma olanağı bulduğunda, önlem alınmazsa %70'e varan ürün kaybına neden olabilmektedir (Onoğur,1996). Hastalık için uygun koşullar ortaya çıktığında hastalığın kontrolü için kimyasal ilaçlama yapmak gerekir. Fungisitlerin kullanımı çoğunlukla zamansız ve yüksek dozlarda olmaktadır. Bu durum çevresel kirlenmelere, ürünlerde kalıntı problemlerine ve ürünlerin üretim maliyetinin artışına neden olmaktadır.

Çanakkale ve Balıkesir illerindeki domates üretim alanlarında bazı yıllarda bu hastalığın önemli zararlara neden olduğu görülmüştür. Nitekim 1997 yılında Balıkesir Merkez ve ilçelerinde, 1998 yılında ise Çanakkale ili Batak ovasında iklim koşullarının hastalık için uygun gitmesi nedeniyle epidemiler meydana gelmiştir (Şekil 2a). Üreticilerin bu hastalığın mücadelesine yönelik yeterli bilgiye sahip olmaması ve zamanında müdahale edememesinden dolayı hastalık salgın yapmış ve büyük verim kayıpları meydana gelmiştir.

Söz konusu etmenin yüksek üreme gücü ve kısa bir sürede yayılma özelliği dikkate alındığında bu hastalıkla mücadelede başarıya ulaşmak için ilk koşul; konukçu, patojen ve çevre koşulları arasındaki ilişkileri en iyi biçimde saptayarak doğru zamanda uygulama yapmaktır. Bu amaca ulaşmak için çeşitli ülkelerde tahmin-uyarı sistemlerini geliştirme ve uygulama yönünde yoğun çalışmalar yapılmıştır. Dünyadaki domates üretimi yapan gelişmiş ülkelere bakıldığında bu hastalığa karşı yaygın bir şekilde bu sistemleri kullandıkları görülmektedir (Agrios, 2005; Harrison, 1992 ve 1995).

Tahmin uyarı sistemlerinde; hava sıcaklığı, orantılı hava nemi ve yaprakların ıslak kalma süresi takip edilerek hastalık ile mücadelede en uygun zaman belirlenmeye çalışılmaktadır. Bunun yanında konukçu duyarlılığı, dikim zamanı ve tarladaki bulaşma ocaklarının sayısı da göz önünde tutulmaktadır (Wallin,1951; Hyre,1954; Smith,1956; Forsund, 1983; Stevenson,1993; Fyr et al.,1983; Schepers,1996; Apaydın ve ark.,2000; Tosun ve ark., 2003).

Bu amaca yönelik olarak proje kapsamında Balıkesir ve Çanakkale illerine uygun olabileceği düşünülen SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI, TOMCAST ve modifiye TOMCAST modelleri kullanılmıştır. Modellerin

M.H. AYDIN, N. ALTIN, M.E. GÖRE, Z. UÇKUN

27

enfeksiyon tahmini ile doğada gerçekleşen enfeksiyonlar karşılaştırılarak modellerin uygunluğu değerlendirilmiş ve Balıkesir ve Çanakkale koşullarında söz konusu hastalığın enfeksiyon zamanlarını en iyi tahmin eden model veya modeller belirlenmeye çalışılmıştır.

MATERYAL VE METOD

Materyal

Bu çalışmanın ana materyalini Balıkesir’de ve Çanakkale’de kurulu elektronik rasat istasyonları, domates bitkisi, tahmin uyarı modelleri (SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI ve TOMCAST ve modifiye TOMCAST), bazı besi ortamları (Rye A veya Rye B agar) ile gerekli laboratuar malzemeleri oluşturmuştur.

Metot

İklim verilerinin elde edilmesi

İklim verileri Çanakkale ve Balıkesir Tarım İl Müdürlüğü tarafından Çanakkale Batak ovası ile Balıkesir ili Merkez, Susurluk ve Manyas ilçelerinde kurulan elektronik rasat istasyonlarından temin edilmiştir. Sıcaklık, nispi nem ve yaprak ıslaklık değerleri elektronik rasat istasyonu tarafından 12 dakikada bir ölçülerek kaydedilmiştir. Bu veriler GSM veri aktarımı sayesinde bilgisayara aktarılarak modellere uygulanmıştır.

(a)

(b) (c)

Şekil 1. Çalışma alanlarında görülen domateste geç yanıklık hastalığının yaprakta (a), meyvede(b)ve tarladaki belirtileri(c) .

(a)

(b)

Şekil 2. Çanakkale Batak ovasında domates tarlasında, 1997 yıllında P. infenstans’ın neden olduğu epideminin görüntüsü(a), 2010 yıllında üretim alanlarından bir görüntü(b)

Doğal enfeksiyonların saptanması

Çanakkale ili Batak ovası ile Balıkesir ili Merkez, Manyas ve Susurluk ilçelerinde yıllara göre farklı sayıda bölgeyi temsil edecek şekilde seçilen tarlalarda doğada gerçekleşen enfeksiyonları saptamak amacıyla üretim sezonu


28

boyunca haftada bir, kritik dönemlerde ise birden fazla gözlem şeklinde hastalık gözlemleri yapılmış ve bu tarlalarda saptanan ilk belirti tarihleri ile modellerin verdiği uyarılar karşılaştırılmıştır. Seçili tarlaların dışındaki domates yetiştirilen tüm alanlarda üretim sezonu boyunca gözlem altında tutulmuştur. Hastalık gözlem çalışmaları seçilen tarlaların 1-5 da’lık kısmında yürütülmüştür. Bu alanda fungal hastalıklara karşı herhangi bir ilaçlama yapılmamış diğer uygulamalar çiftçi uygulaması şeklinde yürütülmüştür.

Erken Uyarı modelleri

Modeller tarlaya domates fidelerinin dikimi ile birlikte çalışmaya başlamış ve hasatla birlikte modellerin çalışması sonlandırılmıştır.

SMITH modeli’nde; iki gün üst üste ve toplam 21 saat boyunca %90 ve üzerinde nispi nem ve hava sıcaklığının 10 oC üstünde olması durumuna bakılmıştır. Burada iki koşul vardır. Birinci gün toplam 10 saat %90 ve üzeri nispi nem olmalıdır. Birinci günde toplam 10 saat % 90 ve üzerinde nispi nem olması %90 Smith periyodunu oluşturur. İkinci gün toplam 11 saat % 90 ve üzerinde nisbi nem olması gerekir. Bu koşulda %100 Smith periyodu oluşmaktadır. Uyarı %100 Smith periyodu oluştuğunda meydana gelmiştir. (Smith,1956).

IPI modeli; kış aylarında tarlada domates olmadığını ve baharda Phytophtora infestans bulunmadığını varsaymış ve arazide Phytophtora infestans artışını değerlendirmiştir (Bugiani et all., 1993). Hesaplamalar aşağıdaki formüllere göre yapılmaktadır.

T Index = (-2.19247+0.259906 xT - 0.000139 x T3 - 6.095832 x10-6 x T4) Fc.

(Fc = Düzeltme faktörü = 0.35 + 0.05 x Tmin; T = Günlük ortalama sıcaklık (C))

RH Index = -34.9972725 + 0.751 x RH - 0.003909 x RH2

RH = Günlük ortamla nispi nem

R Index = 0.006667 + 0.194405 x R + 0.0002239 x R2.

R = Son 48 saatteki toplam yağış miktarı (mm)

T Index, RH Index ve R Index her gün hesaplanır ve birbirleri ile kombine edilir. Kombinasyon ya T Index ile Rh Index’in çarpımıyla olur. Bu kombinasyon sonucu elde edilen rakam günlük IPI değerini oluşturur. Bu günlük IPI değerleri toplanarak toplam IPI değeri oluşturulur. Toplam IPI değeri 15’in üzerine çıkarsa model uyarı verir.

Fry Phytophtora Unit modeli

Model nispi nemin %90’ın üzerinde olduğu süreyi ve bu süre esnasındaki hava sıcaklığını dikkate alır. Sıcaklık ve nispi nem süreleri dikkate alınarak sınıflandırma yapılmıştır. Sınıflandırmada 0 ile 7 arasında değer verilmiştir. 0 değeri enfeksiyon olmadığı 7 değeri ise ağır enfeksiyon olduğunu gösterir (Çizelge 1). İlk adım olarak bu model enfeksiyon dönemini belirlemiştir. Bu sonuçlar, Fry Units toplamında kullanılmış ve ilaçlama ihtiyacının olup olmadığını göstermiştir (Fry et. all.,1983). Modele göre enfeksiyon koşullarının oluşması için toplam indeks değerinin orta dayanıklı (MR) çeşitlerde 40, orta hassas (MS) çeşitlerde 35 ve hassas (S) çeşitlerde 30 olması gerekir.

TOMCAST modeli

TOMCAST erken uyarı modeli tarladaki hava sıcaklığı ile yaprak ıslaklığı değerlerini kullanarak enfeksiyon için uygun koşulların oluşup oluşmadığını tahmin etmektedir. Model bu iklim verilerini kullanarak günlük indeks değerlerini hesaplamaktadır (Çizelge 2). Günlük indeks değeri hesaplanırken yaprak ıslaklık süresi dikkate alınmaktadır. Ayrıca yaprak ıslaklığının devam ettiği süredeki ortalama sıcaklık da belirlenmektedir. Bu iki değer Çizelge 2’de çakıştırılarak günlük indeks değeri bulunmaktadır. Bu değer her gün üst üste toplanmış ve toplam indeks değeri elde edilmiştir. Toplam indeks değeri 18 olduğunda model uyarı vermiştir (Madden et. all.,1978).


29

Çizelge 1. Fry Phytophtora Unit modeline göre nisbi nem ve sıcaklık değerinin günlük hesaplanması

Nispi rutubetin kesintisiz %90 ve üzerinde olduğu saat Ortalama Sıcaklık (oC)

Çeşit dayanıklılığı* 0 1 2 3 4 5 6 7

>27 S 24 - - - - - - -

MS 24 - - - - - - -

MR 24 - - - - - - -

23-27 S 6 7-9 10-12 13-15 16-18 19-24 - -

MS 9 10-18 19-24 - - - - -

MR 15 16-24 - - - - - -

13-22 S 6 - - - - 7-9 10-12 13-24

MS 6 7 8 9 10 11-12 13-24 -

MR 6 7 8 9 10-12 13-24 - -

8-12 S 6 7 8-9 10 11-12 13-15 16-24 -

MS 6 7-9 10 12 13-15 16-18 19-24 -

MR 9 10-12 13-15 16-24 - - - -

3-7 S 9 10-12 13-15 16-18 19-24 - - -

MS 12 13-24 - - - - - -

MR 18 19-24 - - - - - -

<3 S 24 - - - - - - -

MS 24 - - - - - - -

MR 24 - - - - - - -

*S: Hassas, MS: Orta derecede hassas, MR: Orta dayanıklı

Çizelge 2. TOMCAST İndeks Değerlerini (İD)Belirleme Tablosu

Ortalma

Sıcaklık (oC) Yaprak ıslaklığı süresi (saat)

<13 13 oC’nin altındaki hava sıcaklığında İD hesaplanmaz

13-17 <7 7-15 16-20 >20

18-20 <4 4-8 9-15 16-22 >22

21-25 <2 3-5 6-12 13-20 >20

26-29 <4 4-8 9-15 16-22 >22

İndeks Değeri

0

İndeks Değeri

1

İndeks Değeri

2

İndeks Değeri

3

İndeks Değeri

4

İD= İndeks değeri

Modifiye TOMCAST modeli

TOMCAST modelinden Modifiye edilerek kullanılan, Modifiye TOMCAST modeli, tarladaki hava sıcaklığı ile nisbi nemin %90 ve üzeri değerlerini kullanarak enfeksiyon için uygun koşulların oluşup oluşmadığını tespit etmektedir. Model bu iklim verilerini kullanarak günlük hastalık şiddeti değerlerini hesaplamaktadır (Çizelge 3). Günlük indeks değeri hesaplanırken nisbi nemin %90 ve üzerinde olduğu süre dikkate alınmaktadır. Ayrıca nisbi nemin %90 ve üzerinde olduğu süredeki ortalama sıcaklık da belirlenmektedir. Bu iki değer Çizelge 3’te çakıştırılarak günlük indeks değeri bulunmaktadır. Bu değer her gün üst üste toplanmış ve toplam indeks değeri elde edilmiştir. Toplam indeks değeri 17 olduğunda modelin uyarı verdiği babul edilmektedir.

İzolasyon çalışmaları ve Teşhis

Hastalık gözlemleri sırasında domates tarlalarında ilk hastalık belirtileri görüldüğünde, hastalıklı bitkilerden örnekler alınmış ve laboratuvarda nemli ortamda 22-24 oC’de tutulmuştur. Bitki özerinde gelişen fungus kolonileri mikroskop altında incelenmiştir. Gerekli görülmesi halinde Rye A veya Rye B agar ortamına da ekim yapılarak gelişen koloniler mikroskop altında teşhisi yapılmıştır (Fry, 1999).


30

Çizelge 3. Modifiye TOMCAST İndeks Değerlerini (İD)Belirleme Tablosu

Ortalma

Sıcaklık (oC) Nisbi nemin %90 ve üzerinde olduğu süre (saat)

<13 13 oC’nin altındaki hava sıcaklığında İD hesaplanmaz

13-17 <7 7-15 16-20 >20

18-20 <4 4-8 9-15 16-22 >22

21-25 <2 3-5 6-12 13-20 >20

26-29 <4 4-8 9-15 16-22 >22

İndeks Değeri

0

İndeks Değeri

1

İndeks Değeri

2

İndeks Değeri

3

İndeks Değeri

4

İD= İndeks değeri


Sonuçlar

Balıkesir ili Merkez, Susurluk, Manyas ilçeleri ile Çanakkale ili Batak ovasında domates üretim bölgelerinde 2006-2010 yıllarında yapılan çalışmalara domates fidelerinin tarlaya dikilişi ile başlanmıştır. Fideler dikildikten sonra elektronik rasat istasyonlarından GSM veri aktarımı sayesinde belirli aralıklarla iklim verileri alınmış ve bilgisayara aktarılarak modellere uygulanmıştır. Yine 2010 yılında uygulamaya verilen modellerin takibi için Balıkesir ilinde çalışmalar yürütülmüştür. Bu çalışma sonuçları yayında değerlendirilmiştir. Çalışmaya, Balıkesir ve Çanakkale illerinde dört tahmin uyarı modeliyle (SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI ve TOMCAST) başlamıştır. 2007 yıllında ise Fry Phytophtora Unit modeli hariç diğer üç model ile çalışmalara devam edilmiştir. Bu modellerin çalışma süresince hastalığın enfeksiyon koşullarını tespit etmede farklı sonuçlar verdiği görülmüştür. Elde edilen iklim verileri üzerinde yapılan değerlendirmeler sonucunda TOMCAST modelinde bazı değişikliklere gidilerek Modifiye TOMCAST modelinin de çalışılmasına karar verilmiştir.

Balıkesir İlinde Yürütülen Çalışmaları

2006-2009 yıllarında Balıkesir ilindeki hastalık gözlemlerinin yapıldığı tarlalarda dikim tarihleri, çeşit isimleri ve tarlada ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler Çizelge 4’te verilmektedir.

Balıkesir ilinde kontrol ve diğer tarlalarda tespit edilen ilk hastalık belirti tarihleri merkez ve ilçelere göre

farklılık göstermiştir. Merkez ilçede 2006 ve 2008 yıllarında hastalık tespit edilmemiştir. Diğer iki yılda ise hasadın yaklaştığı dönemde ağustos ayının ilk haftasında kontrol tarlalarında hastalık belirtileri tespit edilmiştir. Manyas ve Susurluk ilçelerinde ise, Susurluk ilçesi 2007 yılı hariç, genellikle daha erken dönemde temmuz ayının ilk haftasında ilk hastalık belirtileri tespit edilmiştir. Bu tarihler dikkate alınarak, Balıkesir ilinde yürütülen çalışmalarda modellere göre alınan sonuçlar aşağıdaki verilmektedir.

SMITH modeli

Model, doğa koşullarında %100 smith periyodu oluştuğunda uyarı vermektedir. Bu model ile Balıkesir ilinde yürütülen çalışmalarda elde edilen sonuçlar Çizelge 5’te verilmektedir.


31

Çizelge 4. Balıkesir ilinde 2006-2009 yıllarında yılında hastalık gözlemlerinin yapıldığı tarlaların dikim tarihleri, çeşit isimleri ve ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler

Çalışmanın Yürütüldüğü

Yıl

Çalışmanın yürütüldüğü

ilçe Üretici Adı Dikim Tarihi Çeşit

İlk Hastalık Belirtilerinin

Görüldüğü Tarih

Hasan KARAGÖZ 11.05.2006 27-10

Mehmet KESKİN 18.05.2006 58-11 Merkez

Mesut ÇATAL 28.04.2006 27-10

Hastalık tespit edilmedi

M. Ali ÖZDEN 10.05.2006 74-91 Manyas

Hüseyin ÖREN 13.05.2006 Şhasta

----------- 05.05.2006 74-91

2006

Susurluk Hidayet BULUT 05.05.2006 Alta

04.07.2006

Mehmet KESKİN 09.05.2007 Alta Merkez

Hasan KARAGÖZ 07.05.2007 Alta 08.08.2007

M. Ali ÖZDEN 13.05.2007 98-88

Hüseyin ÖREN 15.05.2007 Şhasta Manyas

Nuri ESER 15.05.2007 ------

19.07.2007

İlhami ÖZHAN 20.05.2007 Anatolia

2007

Susurluk Hidayet BULUT 05.05.2007 27-10

02.08.2007

Mehmet KESKİN 19.05.2008 9491

Celal BAYSAL 01.05.2008 2710

Ahmet GÖKÇAY 07.05.2008 Dallı Tokat Merkez

Hasan KARAGÖZ 10.05.2008 5811


M. Ali ÖZDEN 10.05.2008 5822

Şerif Ali BORAN 10.05.2008 5811

Yener KAVAK 10.05.2008 Anotolia

Zekeriya ZEYTİNCİ 15.05.2008 9491

Manyas

Nuri ESER 13.05.2008 5811

08.07.2008

İlhami ÖZHAN 20.05.2008 Anatolia

2008

Susurluk Hidayet BULUT 10.05.2008 2710

09.07.2008

Celal BAYSAL 01.05.2009 5811

Hasan YORULMAZ 20.05.2009 SÜPER A

Recep BAŞKURT 20.05.2009 6109 Merkez

Abdullah YAHŞİ 28.05.2009 9491

06.08.2009

Cevat SERİN 10.05.2009 9888

Nuri ESER 05.05.2009 Anatolia Manyas

İbrahim BORAN 22.05.2009 6200

04.07. 2009

İlhami ÖZHAN 04.05.2009 5811

2009

Susurluk Hidayet BULUT 05.05.2009 2710

05.07.2009


32

Çizelge 5. Balıkesir ilinde 2006-2009 yıllarında yapılan çalışmalar sonucunda SMITH modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği ve kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler


Yıl

Çalışmanın yürütüldüğü ilçe

Modele göre %90 Smıth periyodunun oluştuğu

tarihler

Modele göre %100 Smith periyodunun oluştuğu ve

modelin uyarı verdiği tarih

Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin

görüldüğü tarihler Merkez ---- ----- Hastalık tespit edilmedi

Manyas ---- ----- 04.07.2006 2006

Susurluk 08.06.2006 09.06.2006 04.07.2006

19.05.2007 20.05.2007

22.05.2007 23.05.2007

24.05.2007 25.05.2007 Merkez

26.05.2007 27.05.2007

08.08.2007

Manyas 21.05.2007 22.05.2007 19.07.2007

2007

Susurluk 21.05.2007 22.05.2007 02.08.2007

Merkez ----- -------- Hastalık tespit edilmedi

Manyas 07.06.2008 08.06.2008 08.07.2008 2008 Susurluk 07.06.2008 08.06.2008 09.07.2008

Merkez 09.09.2009 10.09.2009 06.08.2009

Manyas 04.06.2009 05.06.2009 04.07.2009 2009

Susurluk ------ ----- 05.07.2009

Çizelge 5 incelendiğinde 2006-2009 yılları boyunca Balıkesir ilinde SMITH modelinin doğa koşullarında

meydana gelen enfeksiyon koşullarını tahminde yetersiz kaldığı tespit edilmiştir. 2009 yıllında Merkez ilçesi hariç, diğer bölgelerde doğa koşullarında hastalık çıkışı olmadan önce uyarı verdiği görülmektedir. Model, 2009 yıllında Merkez ilçede ise Kontrol parsellerinde görülen ilk hastalık belirtilerinden bir ay sonra uyarı vermiştir. Bazı yıllarda, bazı ilçelerde hastalık çıkmasına rağmen, %100 Smith periyodunun oluşmadığı tespit edilmiştir.

Fry Phytophtora Unit modeli

Balıkesir ilinde yapılan çalışmalarda modele göre oluşması gereken enfeksiyon koşullarının tarihleri ve kontrol tarlalarındaki ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihleri Çizelge 6’da verilmektedir. Çizelge 6 incelendiğinde bu modelin duyarlılığı farklı olan çeşitlerde, hastalık çıkış tarihlerini tespit etmede erken davrandığı bazen de geç kaldığı tespit edilmiştir. Bu model sadece 2006 yılı çalışmalarında kullanılmıştır. Bu dönemde enfeksiyon koşullarının tahmininde sonuç alınamadığından ve bölgede üretimi yapılan çeşitlerin hastalığa karşı duyarlılıkları konusunda yeterli bilgilerin olmadığı kanısına varılmış ve diğer yıllarda çalışılmaması yönünde karar alınmıştır.

Çizelge 6. Balıkesir ilinde 2006 yılında Fry Phytophtora Unit modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği ve kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler

Modele göre enfeksiyon koşulunun oluştuğu tarihler Çalışmanın yürütüldüğü ilçe

S MS MR

Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarih

Merkez 15.06.2006 24.08.2006 Oluşmadı Hastalık tespit edilmedi

Manyas 25.05.2006 24.07.2006 Oluşmadı 04.07.2006

Susurluk 25.05.2006 15.06.2006 02.08.2006 04.07.2006

S: Hassas, MS: Orta hassas, MR: Orta dayanıklı

IPI modeli

Bu model ile yapılan çalışmalarda elde edilen sonuçlar çizelge 7’de verilmiştir.


33

Çizelge 7. Balıkesir ilinde 2006-2009 yıllarında yapılan çalışmalar sonucunda IPI modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği ve kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler

Çalışmanın Yürütüldüğü Yıl


Modele göre uyarı verilen tarihler Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarih

Merkez --------- Hastalık tespit edilmedi

Manyas --------- 04.07.2006 2006

Susurluk --------- 04.07.2006

Merkez --------- 08.08.2007

Manyas --------- 19.07.2007 2007

Susurluk --------- 02.08.2007

Merkez --------- Hastalık tespit edilmedi

Manyas --------- 08.07.2008 2008

Susurluk --------- 09.07.2008

Merkez 11.09.2009 06.08.2009

Manyas 29.08.2009 04.07.2009 2009

Susurluk 9.09.2009 05.07.2009

Çizelge 7 incelendiğinde, model her üç ilçede de 2006, 2007, 2008 üretim sezonu boyunca uyarı vermemiştir.

Ancak hastalık gözlem tarlalarında 2006 ve 2008 yıllarda merkez ilçe hariç Manyas ve Susurluk ilçelerinde hastalık tespit edilmiştir. 2009 yılında ise model, merkez ilçesinde enfeksiyon koşullarının oluştuğu toplam indeks olan 15 değerine 11.09.2009 tarihinde, Manyas ilçesinde 29.08.2009 tarihinde ve Susurluk ilçesinde ise 09.09.2009 tarihinde ulaşmıştır. Ancak bu üç ilçede de kontrol tarlalarında hastalık daha erken dönemde görülmüştür. Böylece IPI modeli, Merkez, Manyas ve Susurluk’ta kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihlere göre enfeksiyon koşullarının tahmininde geç kalmıştır.

TOMCAST modeli

Modele göre enfeksiyon koşullarının oluşması için toplam indeks değerinin (İD) 18 olması gerekmektedir. Bu model ile yapılan çalışmalarda elde edilen sonuçlar Çizelge 8’de verilmektedir.

Çizelge 8. Balıkesir ilinde 2006-2009 yıllarında TOMCAST modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği tarihler, kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler ve bu tarihlerde indeks değerleri



Modele göre toplam hastalık şiddeti değerinin 18 olduğu tarihler

Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler ve indeks değerleri

Merkez 26.07.2006 Hastalık tespit edilmedi

Manyas 24.07.2006 04.07.2006 - (13)* 2006

Susurluk 28.06.2006 04.07.2006 - (23)

Merkez 07.06.2007 08.08.2007- (30)

Manyas 28.07.2007 19.07.2007- (12)

2007

Susurluk 03.07.2007 02.08.2007- (50)

Merkez 18 değerine ulaşmadı Hastalık tespit edilmedi

Manyas 08.06.2008 08.07.2008 - (28)

2008

Susurluk 17.07.2008 09.07.2008 - (12)

Merkez 08.08.2009 06.08.2009- (14)

Manyas 04.07.2009 04.07.2009 - (18)

2009

Susurluk 06.07.2009 05.07.2009 - (17)

*Parantez içinde verilen rakamlar kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri görüldüğü tarihlerde toplam indeks değerini belirtmektedir.

Çizelge 8 incelendiğinde 2006 yılında merkez ilçede toplam hastalık şiddeti değeri 18’e, 26.07.2006 tarihinde ulaşılmıştır. Ancak bu ilçede tüm üretim sezonu boyunca hastalık tespit edilmemiştir. Manyas ilçesinde uyarı 24.07.2006 tarihinde, Susurluk ilçesinde ise 28.06.2006 tarihinde verilmiştir. Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri ise 04.07.2006 tarihinde tespit edilmiştir. Böylece merkez ilçede hastalık çıkmamasına rağmen model uyarı vermiş, Manyas ilçesinde ise uyarı geç dönemde verilmiştir. Mildiyö hastalığı etmeni Phytophtora infestans’ın domates bitkisine enfeksiyonundan sonra, bitkide ilk belirtilerin oluşmasına kadar geçen süre İnkübasyon peryodu


34

olarak değerlendirilmektedir (Agrios, 2005). Bu süre hastalığın geliştiği bölgenin sıcaklık değerlerine bağlı olarak birkaç günden birkaç haftaya kadar çıkabilmektedir (Ek 1). Susurluk ilçesinde, hastalığın inkubasyon dönemi dikkate alındığında kontrol tarlalarında enfeksiyon koşullarının yaklaşık olarak 30.06.2006 tarihinde gerçekleşmesi gerekmektedir. Böylece model bu alanda enfeksiyon koşullarının tahmininde doğru sonuca çok yaklaşmıştır. 2007 yılında modelin uyarıyı, merkez ve susurluk ilçelerinde enfeksiyon koşullarının tespitinde erken vermiş; Manyas ilçesinde ise geç kalmıştır. 2008 yıllında model, Merkez ilçede uyarı vermemiştir. Yine bu bölgede sezon boyunca hastalık tespit edilmemiştir. Manyas ilçesinde, uyarının erken yapıldığı görülmüştür. Susurluk ilçesinde ise model tersi bir sonuç vermiş, kontrol tarlalarında hastalık çıkışından sonra uyarı vermiştir. 2009 yılında modele göre enfeksiyon koşullarının oluşması için gereken toplam indeks değerine çalışmanın yürütüldüğü bütün ilçelerde ulaşmıştır. Yine bütün ilçelerde hastalık gözlem tarlalarında belirtiler tespit edilmiştir. Ancak Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler ile Modelin uyarı verdiği tarihler arasında farklılıklar olduğu belirlenmiştir. Merkez ilçede inkübasyon süresi dikkate alındığında geç dönemde, Manyas ilçesinde modele göre enfeksiyon koşullarının oluşması için gereken toplam indeks değerine, 04.07.2009 tarihinde ulaşılmıştır. Hastalık gözlem tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin yine aynı tarih ile çakıştığı belirlenmiştir. inkubasyon süresi de göz önüne alındığında ilk enfeksiyon koşullarının oluştuğu tarihin tahmini olarak 01.07.2009 tarihinde olması gerekmektedir. Böylece modelin enfeksiyon koşullarının oluşumunun tespitini birkaç gün gecikmeyle tahmin ettiği belirlenmiştir. Susurluk ilçesinde de Manyas ilçesinde olduğu gibi model enfeksiyon koşullarını birkaç gün gecikmeyle tahmin ettiği belirlenmiştir. Tomcast modelinin bu bölgede yıllar itibarıyla farklı sonuçlar vermesi, doğa koşullarında meydana gelen enfeksiyon koşullarını tahminde yetersiz kaldığını göstermektedir.


Çalışmaya, 2006 yılında Balıkesir ve Çanakkale illerinde dört tahmin uyarı modeliyle (SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI ve TOMCAST) başlamıştır. 2007 yıllında ise Fry Phytophtora Unit modeli hariç diğer üç model ile çalışmalara devam edilmiştir. Bu modellerin çalışma süresince hastalığın enfeksiyon koşullarını tespit etmede farklı sonuçlar verdiği görülmüştür. Elde edilen iklim verileri üzerinde yapılan değerlendirme sonucunda TOMCAST modelinde kullanılan Hastalık şiddeti değerlerinin belirtildiği Çizelge 2’deki tabloda yaprak ıslaklığı yerine % 90 ve üzerinde nispi nem değeri dikkate alındığında, toplam indeks değerlerinin enfeksiyon koşullarının tahmininde daha iyi sonuçlar verdiği görülmüştür. Böylece TOMCAST modelinin modifiye edilerek çalışılmasına karar verilmiştir. Yine, 2006 yılı için elde edilen iklim verileri (sıcaklık, yaprak ıslaklığı ve nisbi nem) geriye doğru incelenerek modifiye TOMCAST modeline uyarlanmıştır. Modele göre enfeksiyon koşullarının oluşması için toplam indeks değeri de 17 olarak alınmıştır. Bu model ile ilgili elde edilen bulgular Çizelge 9’da verilmiştir.

Çizelge 9. Balıkesir ilinde 2006-2009 yılında modifiye TOMCAST modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği tarihler, kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler ve bu tarihlerde indeks değerleri



Modele göre toplam indeks değerinin 17 olduğu tarihler

Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarih ve indeks değerleri


Manyas 30.06.2006 04.07.2006 (18)* 2006

Susurluk 30.06.2006 04.07.2006 (19)

Merkez 29.07.2007 08.08.2007 (22)

Manyas 04.07.2007 19.07.2007(19) 2007

Susurluk 16.07.2007 02.08.2007 (23)


Manyas 22.07.2008 08.07.2008 (14) 2008

Susurluk 24.07.2008 09.07.2008 (13)

Merkez 11.07.2009 06.08.2009 (23)

Manyas 10.07.2009 04.07.2009 (15) 2009

Susurluk 10.07.2009 05.07.2009 (15)

* Parantez içinde verilen rakamlar kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri görüldüğü tarihlerde indeks değerini belirtmektedir.

Çizelge 9. incelendiğinde model 2006 yıllında merkez ilçede uyarı vermemiştir. Hastalık gözlem tarlalarında da sezon boyunca hastalık belirtileri tespit edilememiştir. Manyas ve Susurluk ilçelerinde uyarı 30.06.2006 tarihinde


35

verilmiştir. Hastalık gözlem tarlalarında ilk hastalık belirtileri ise her iki ilçede 04.07.2006 tarihinde tespit edilmiştir. İnkubasyon peryodu da dikkate alındığında enfeksiyon koşullarının yaklaşık olarak 30.06.2006 tarihinde meydana geldiği düşünülmektedir. Böylece modelin enfeksiyon koşullarını zamanında tespit yaptığı belirlenmiştir. 2007 yılında hastalık gözlem tarlalarında ilk belirtilerin tespit edildiği tarih ile, modelinin vermiş olduğu uyarı tarihleri arasında 6 ile 17 günlük fark bulunduğu görülmektedir. Hastalığın inkubasyon süresi de göz önüne alındığında uyarıların kontrol tarlalarında hastalık çıkışından önce veya yakın zamanda verildiği tespit edilmiştir. 2008 yılında Merkez ilçede model uyarı vermemiş ve tarlalarda hastalık görülmemiştir. Manyas ve Susurluk ilçelerinde model, uyarıyı sırasıyla 22.07.2008 ve 24.07.2008 tarihlerinde vermiştir. Hastalık gözlem tarlalarında ilk hastalık belirtileri ise 08.07.2008 ve 09.07.2008 tarihlerinde bulunmuştur. Bu tarihler dikkate alındığında bu ilçelerde modelin enfeksiyon koşullarının tespitinde geç kaldığı görülmektedir. Ancak, Balıkesir ilinde bu dönemde, 2006 ve 2007 yıllarından farklı olarak Karacabey ve Mustafakemalpaşa ovalarında da gözlemler yapılmıştır. Bu gözlemlerde Mustafakemalpaşa ilçesinin bazı domates tarlalarında 04.07.2008 tarihinde hastalık belirtileri bulunmuştur. Bu belirtilerin ilk enfeksiyonlar olmadığı, hastalığın bu tarihten önce oluştuğu ve bölgeye yayıldığı kanısına varılmıştır. Yine Bu dönemde yöredeki hakim rüzgarın Mustafakemalpaşa ovasından Karacabey, Susurluk ve Manyas ovalarına doğru estiği gözlemlenmiştir. bu tespitin ardından 08.07.2008 tarihinden sonra Manyas, Susurluk ve Karacabey ovasındaki domates tarlalarında hastalık belirtileri görülmeye başlanmıştır. Bu belirtilerin genelde domates bitkisinin üst yapraklarında olduğu görülmüştür. Geçmiş yıllarda ilk belirtiler domates bitkisinin alt yapraklarında ortaya çıkmakta ve buralarda ocaklar oluşmaktaydı. Domates tarlalarında bitkilerin üst yapraklarındaki bu belirtilerin dışarıdan gelen sporların sekonder enfeksiyonları sonucunda oluştuğu tahmin edilmektedir. Temmuz ayının başında oluşan bu enfeksiyonların ardından ilerleyen dönemlerde bu tarlalarda sekonder enfeksiyonların da oluşması nedeniyle hastalık gözlem tarlalarında ilk belirtilerin tespiti konusunda güçlükler yaşanmasına rağmen bazı çiftçi tarlalarında modifiye TOMCAST modelinin uyarı tarihine uygun olarak ilk belirtiler tespit edilmiştir. Bu durum Balıkesir merkez ovasında yaşanmamıştır. Balıkesir ovası ile Mustafakemalpaşa ovası arasında dağların bulunması ve rüzgarın farklı yönde esmesi nedeniyle spor uçuşlarının buraya ulaşmadığı düşünülmektedir. Sezon boyunca yapılan gözlemlerde burada hastalık tespit edilmemiştir. Modellerde burada uyarı vermemiştir. 2009 yılında model bütün ilçelerde uyarı vermiştir. Merkez ilçede toplam indeks değerinin 17 olduğu 11.07.2009 tarihten sonra 06.08.2009 tarihinde kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerini görülmüştür. Böylece bu model bu dönemde erken uyarı vermiştir. Manyas ve susurluk ilçelerinde toplam indeks değerine, 10.07.2009 tarihinde ulaşılmıştır. Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri sırasıyla 04.07.2009 ve 05.07.2009 tarihlerinde tespit edilmiştir. Modele göre enfeksiyon koşullarının oluştuğu tarih ile hastalık gözlem tarlalarında ilk enfeksiyon koşullarının oluştuğu tahmini tarih karşılaştırıldığında bu iki bölgede de modelin enfeksiyon koşullarının oluşumunun tespitinde biraz geç kaldığı görülmüştür.

Balıkesir Merkez, Susurluk ve Manyas ilçelerinde, 2006-2009 yıllarında çalışmalar sonucu hastalığın tespitinde öne çıkan TOMCAST ve modifiye TOMCAST modelleri dikkate alınarak 2010 yıllında da çalışmalara devam edilmiştir. Kontrol parsellerinde hastalığın ortaya çıkışı ile modellerin uyarı verdiği tarihler karşılaştırılmıştır. Bu modellerle ilgili bulgular Çizelge 10’da verilmiştir.

Çizelge 10. Balıkesir ilinde 2010 yılında yapılan çalışmalar sonucunda TOMCAST ve Modifiye TOMCAST modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği tarihler, kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler ve bu tarihlerde indeks değerleri

MODELLER Çalışmanın yürütüldüğü ilçeler

Modellerin uyarı verdiği tarihler

Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarih ve indeks değerleri

Merkez 09.07.2010 30.06.2010 (10)*

Manyas 18.06.2010 23.06.2010 (24)

TOMCAST

Susurluk 24.06.2010 25.06.2010 (18)

Merkez 23.06.2010 30.06.2010 (24)

Manyas 19.06.2010 23.06.2010 (23)

Modifiye TOMCAST

Susurluk 20.06.2010 25.06.2010 (20)

* Parantez içinde verilen rakamlar kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri görüldüğü tarihlerde indeks değerini belirtmektedir.

Çizelge 10 incelendiğinde 2010 yılında Balıkesir’in her üç ilçesinde de kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin haziran ayının son haftasında ortaya çıktığı görülmektedir. Tomcast modelinin merkez ilçede uyarıyı geç verdiği, Manyas ilçesinde ise kontrol tarlasında hastalık çıkışından 5 gün önce uyarı verdiği belirlenmiştir. Etmenin İnkübasyon peryodu dikkate alındığında Manyas ilçesinde uyarının doğru zamanda verildiği belirlenmiştir. Susurluk ilçesinde ise model uyarıyı kontrol parsellerinde hastalık belirtilerinin tespit edilmesinden 1 gün önce


36

vermiştir. Böylece bu bölgede model hastalığın gelişim dönemini bir kaç gün gecikmeyle tahmin etmiştir; Ancak, kimyasal mücadeleye başlamak için önemli bir kriter olan ilk hastalık belirtilerin ortaya çıktığı dönemde uyarı vermiş olması önemli bulunmuştur. Modifiye TOMCAST modeli ise, her üç ilçede de hastalığın kontrol tarlalarında tespit edilmesinden 5-7 gün önce uyarı vermiştir. Hastalığın bitkide ilk belirtilerini oluşturmadan önceki gelişim süreci dikkate alındığında uyarıların uygun zamanlarda verildiği görülmektedir.

2010 yılında Ege bölgesi genelinde epidemi koşulları oluşmuş ve bu dönemde önlem alınmayan veya zamansız uygulama yapılan tarlalarda büyük oranda zarar meydana gelmiştir. Hastalığın ortaya çıktığı bu dönemde, Balıkesir, Merkez ve ilçelerinde kontrol parsellerinde ve bazı çiftçi tarlalarında nem, sıcaklık ve yağış durumu incelenmiş ve grafikler üzerinde verilmiştir.

Grafiklerde Balıkesir Merkez, Susurluk ve Manyas ilçelerinde hastalığın kontrol tarlalarında tespit edildiği dönemde (Haziran ayının son haftası) yağış ve nem değerleri ile birlikte sıcaklık değerleri görülmektedir. Hastalığın ortaya çıkmaya başladığı bu dönemde (21-27 haziran) Gün boyunca sıcaklığın 18-22 0C arasında seyrettiği görülmektedir. Yine yağış ve nem oranında artış olduğu görülmektedir. Sıcaklık başta olmak üzere bu değerin hastalığın ortaya çıkmasında ve yayılmasında önemli rol oynadığı kanısına varılmıştır.

Çanakkale Çalışmaları

Çanakkale Batak ovasında, domates bitkisi, dikim tarihlerine göre iki dönemde yetiştirilmektedir. Birinci dönemde dikimler ilkbahar mevsiminde nisan ayı içinde yapılmaktadır. İkinci dönem sonbahar dikimlerine ise haziran ayında başlanılmaktadır. Çalışmalar her iki dönemde domates fidelerinin tarlaya dikilmesiyle başlanmıştır. Fideler dikildikten sonra elektronik rasat istasyonlarından GSM veri aktarımı sayesinde belirli aralıklarla iklim verileri alınmış ve bilgisayara aktarılarak modellere uygulanmıştır. Ancak 2006 yılında Rasat istasyonun kurulum aşamasında yaşanan sorunlar nedeniyle veriler alınamamıştır. Bununla birlikte çalışma alanında üretici tarlalarında genel gözlemler yapılmıştır.

2006-2009 yıllarında Çanakkale ilindeki hastalık gözlemlerinin yapıldığı tarlalarda dikim tarihleri, çeşit isimleri ve tarlada ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler Çizelge 11’de verilmektedir.

Çizelge 11. Çanakkale ilinde Batak ovasında, 2006-2009 yıllarında hastalık gözlemlerinin yapıldığı tarlalarda dikim tarihleri, çeşit isimleri ve ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler


Çalışmanın yürütüldüğü Dönem

Üretici Adı Dikim Tarihi Çeşit İlk Hastalık Belirtilerinin

Görüldüğü Tarih İlkbahar dönemi Mehmet Doğan 20.04.2006 Truva Hastalık tespit edilmedi.

İsmail Şevik 15.06.2006 Yakut Halil Özkurt 15.06.2006 83-54

2006 Sonbahar dönemi

Rafet Gündoğan 27.06.2006 Süper ret 6.10.2006

İsmail Köseoğlu 20.04.2007 83-54, İmpala İlkbahar dönemi

Reşat Özenç 19.04.2007 83-54, İmpala 18.06.2007

İsmail Taşel 22.06.2007 Süper-ret Ahmet Şaşmaz 21.06.2007 Süper-ret Zühtü Mutlu 25.06.2007 Süper-ret, 83-54

2007 Sonbahar dönemi

Mehmet Kalınbacak 25.06.2007 -----

23.10.2007

Vahit Yücel 1.05.2008 Saden (İlkbahar dönemi) İsmail Doğan 22.04.2008 İmpala


Kadir Akpınar 06.06.2008 83-54 Ahmet Şaşmaz 20.06.2008 Süper-ret

2008 (Sonbahar dönemi)

Necmi Mutlu 25.06.2008 Süper-ret 15.10.2008

Nevzat Sevik 02.05.2009 İmpala Nevzat Göngör 01.05.2009 Samba (İlkbahar dönemi) Ahmet Davutlar 02.05.2009 İmpala


Ahmet Davutlar 06.06.2009 83-54 Süleyman Duran 06.06.2009 Süper-ret Nevzat göngör 15.06.2009 Süper-ret

2009

(Sonbahar dönemi)

Nevzat Sevik 05.07.2009 Süper-ret

13.09.2009

Çanakkale ili Batak ovasında çalışmanın yürütüldüğü kontrol ve diğer tarlalarda ilk hastalık belirtileri ilkbahar döneminde 2007 yılı hariç diğer yıllarda ortaya çıkmamıştır. 2007 yılında ise 18 Haziran tarihinde tespit


37

edilmiştir. Sonbahar döneminde ise kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri 2009 yılının eylül ayında görülmüş; diğer yıllarda ise ekim ayında tespit edilmiştir. Batak ovası domates üretim bölgesinde hastalığın ortaya çıkış tarihleri dikkate alınarak modellere göre alınan sonuçlar aşağıdaki verilmiştir.

Nisbi nem (%) Sıcaklık (ºC) Yaprak ıslaklığı (m) Yağış (mm)

Şekil 3. Manyas ilçesinde 2010 yılında elektronik rasat istasyonundan elde edilen iklim verileri


Şekil 4. Susurluk ilçesinde 2010 yılında elektronik rasat istasyonundan elde edilen iklim verileri


Şekil 5. Merkez ilçede 2010 yılında elektronik rasat istasyonundan elde edilen iklim verileri


38

SMITH modeli

Model, doğa koşullarında %100 smith periyodu oluştuğunda uyarı vermektedir. Bu model ile Çanakkale ilinde yürütülen çalışmalarda elde edilen sonuçlar çizelge 12’de verilmiştir. Çizelge 12. Çanakkale ilinde 2007-2009 yıllarında yapılan çalışmalar sonucunda SMITH modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği ve

kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler.


Yıl


Modele göre %90 Smith periyodunun oluştuğu

tarih

Modele göre %100 Smith periyodunun oluştuğu tarih

Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin

görüldüğü tarih

2006 Sadece genel gözlem yapılmıştır. 6.10.2006

21.05.2007 22.05.2007

23.05.2007 24.05.2007

25.05.2007 26.05.2007 İlkbahar Dönemi

06.06.2007 07.06.2007

18.06.2007 2007

Sonbahar dönemi 21.10.2007 22.10.2007 23.10.2007

İlkbahar Dönemi --------- ---------- Hastalık tespit edilmedi

23.09.2008 24.09.2008 2008 Sonbahar dönemi

14.10.2008 15.10.2008 15.10.2008

İlkbahar Dönemi -------- --------- Hastalık tespit edilmedi

09.09.2009 10.09.2009 2009 Sonbahar dönemi

15.10.2009 16.10.2009 13.09.2009

Çizelge 12 incelendiğinde 2007 yılı ilkbahar döneminde sırasıyla 22.05.2007, 24.05.2007, 26.05.2007,

07.06.2007 ve sonbahar döneminde 22.10.2007 tarihlerinde olmak üzere 5 kez %100 Smith periyodu oluşmuş ve model uyarı vermiştir. Hastalık gözlem tarlalarında yapılan surveylerde ise ilk hastalık belirtileri ilkbahar döneminde 18.06.2007 tarihinde sonbahar döneminde ise 23.10.2007 tarihinde görülmüştür. Modele göre ilkbahar döneminde 07.06.2007 tarihinde yapılan uyarı, inkübasyon peryodu da dikkate alındığında ilk belirtinin görüldüğü tarihe yaklaşmıştır. Sonbahar döneminde ise model ilk belirtilerin görüldüğü 23.10.2007 tarihinden hemen bir gün önce 22.10.2007 tarihinde uyarı vermiştir. 2008 yılı sonuçlarına göre ilkbahar döneminde model uyarı vermemiştir. Hastalık gözlem tarlalarında hastalık belirtileri tespit edilmemiştir. Sonbahar döneminde ise modele göre 23.09.2008 ve 14.10.2008 tarihlerinde oluşan %90 Smith periyodunu takiben 24.09.2008 ve 15.10.2008 tarihlerinde 2 kez %100 Smith periyodu oluşmuş ve model uyarı vermiştir. Hastalık gözlem tarlalarında ilk hastalık belirtileri 15.10.2008 tarihinde tespit edilmiştir. Bu durumda ikinci uyarı ile hastalığın çıkış tarihi çakışmaktadır. 2009 yılında İlkbahar döneminde %100 Smith periyodunun oluşmadığı ve modelin uyarı vermediği görülmektedir. Kontrol tarlalarında, ilkbahar döneminde hastalık belirtileri tespit edilmemiştir. Sonbahar döneminde ise modele göre %100 Smith periyodunun 10.09.2009 ve 16.10.2009 tarihlerinde oluştuğunu ve modellin bu tarihlerde uyarı verdiği belirlenmiştir. Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri 13.09.2009 tarihinde tespit edilmiştir. Modele göre enfeksiyon koşullarının oluştuğu tarih ile belirtilere göre enfeksiyon koşullarının oluştuğu tahmini tarih karşılaştırıldığında modelin verdiği uyarının birbirine yakın olduğu görülmektedir. Sonuç olarak, Smith modelinin Çanakkale ili Batak ovasında 2007-2009 yıllarında verdiği uyarıların hastalığın kontrol parsellerinde tespit edildiği dönemlere yakın ve genellikle uygun olduğu belirlenmiştir.

IPI modeli

Bu model ile yapılan çalışmalarda elde edilen sonuçlar Çizelge 13’te verilmiştir.


39

Çizelge13. Çanakkale ilinde 2006-2009 yıllarında yapılan çalışmalar sonucunda IPI modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği ve kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin görüldüğü tarihler.



Modele göre Toplam Index değerinin 15 olduğu tarihler



İlkbahar Dönemi 20.05.2007 18.06.2007 2007

Sonbahar dönemi 22.10.2007 23.10.2007

İlkbahar Dönemi 15’e ulaşmadı Hastalık tespit edilmedi 2008

Sonbahar dönemi 05.10.2008 15.10.2008

İlkbahar Dönemi 15’e ulaşmadı Hastalık tespit edilmedi 2009

Sonbahar dönemi 13.09.2009 13.09.2009

Modele göre 2007-2009 yıllarında enfeksiyon koşullarının oluştuğu tarihler ile belirtilere göre ilk enfeksiyon koşullarının oluştuğu tahmini tarihler karşılaştırıldığında modelin enfeksiyon koşullarının tahmininde uyarıyı bir kaç günlük gecikmeyle verdiği belirlenmiştir. IPI modeli, sonbahar dönemlerinde uyarıyı genellikle kontrol tarlalarında ilk hastalık çıkışından birkaç gün sonra veya aynı dönemde vermiştir.

TOMCAST modeli

Bu model ile yapılan çalışmalarda elde edilen sonuçlar çizelge 14’te verilmiştir.

Çizelge 14. Çanakkale ilinde 2007-2009 yıllarında yapılan çalışmalar sonucunda TOMCAST modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği tarihler.



Modele göre toplam hastalık şiddeti değerinin 18 olduğu tarihler



İlkbahar Dönemi 30.07.2007 18.06.2007 2007

Sonbahar dönemi 14.08.2007 23.10.2007

İlkbahar Dönemi 18 değerine ulaşmadı Hastalık tespit edilmedi 2008

Sonbahar dönemi 29.07.2008 15.10.2008

İlkbahar Dönemi 25.06.2009 Hastalık tespit edilmedi 2009

Sonbahar dönemi 07.07.2009 13.09.2009

2007 yılında modelin hem ilkbahar döneminde hem de sonbahar döneminde kontrol parsellerindeki hastalığın çıkışını tahmin edemediği görülmektedir. İlkbahar döneminde geç uyarı verilmiş, sonbahar döneminde ise uyarı erken dönemde meydana gelmiştir. 2008 yılında modele ilkbahar döneminde uyarı vermemiştir. Kontrol tarlalarında hastalık belirtileri tespit edilmemiştir. Sonbahar döneminde ise toplam indeks değeri 18’e 29.07.2008 tarihinde ulaşılmıştır. Hastalık gözlem tarlalarında ise ilk hastalık belirtileri 15.10.2008 tarihinde görülmüştür. Böylece modelin enfeksiyon koşullarının oluşumunun tespitini erken yaptığı belirlenmiştir. 2009 ilkbahar döneminde modele 25.06.2009 tarihinde uyarı vermiştir. Ancak hastalık gözlem tarlalarında hastalık belirtileri bulunamamıştır. Böylece hastalık çıkmamasına rağmen bu dönemde model uyarı vermiştir. Sonbahar döneminde ise enfeksiyon koşullarının oluşması için gereken değere 07.07.2009 tarihinde ulaşılmıştır. Hastalık gözlem tarlalarında ise ilk hastalık belirtileri 13.09.2009 tarihinde görülmüştür. burada da modelin enfeksiyon koşullarının oluşumunun tespitini çok erken yaptığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, Tomcast modeli, bu bölgede kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin tespitinde uyarıları uygun dönemde vermediği ve yetersiz kaldığı belirlenmiştir.


Modele göre enfeksiyon koşullarının oluşması için toplam indeks değerinin 17 olması gerekmektedir. Bu model ile ilgili bulgular Çizelge 15’de verilmiştir.


40

Çizelge 15. Çanakkale ilinde 2007-2009 yılında modifiye TOMCAST modelinin enfeksiyon koşullarını tahmin ettiği tarihler.



Modele göre toplam indeks değerinin 17 olduğu tarihler



İlkbahar Dönemi 12.06.2007 18.06.2007 2007

Sonbahar dönemi 13.10.2007 23.10.2007

İlkbahar Dönemi 17 değerine ulaşmadı (2) Hastalık görülmedi 2008

Sonbahar dönemi 17.09.2008 15.10.2008

İlkbahar Dönemi 27.06.2009 Hastalık görülmedi 2009

Sonbahar dönemi 06.07.2009 13.09.2009

Çizelge 15 incelendiğinde 2007 yılında ilkbahar ve sonbahar döneminde hastalık gözlem tarlalarında ilk

belirtilerin tespit edildiği tarih ile, modifiye TOMCAST modelinin vermiş olduğu uyarı tarihleri arasında 6 ile 10 günlük fark bulunduğu görülmektedir. Hastalığın inkubasyon süresi de göz önüne alındığında uyarıların doğruya yakın zamanda verildiği görülmektedir. 2008 yılında ilkbahar döneminde model uyarı vermemiştir. Hastalık gözlem tarlalarında yapılan incelemelerde de hastalık belirtileri bulunamamıştır. Sonbahar döneminde ise uyarı 17.09.2008 tarihinde ulaşılmıştır. Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri 15.10.2008 tarihinde görülmüştür. Modelin enfeksiyon koşulları tespitini erken yaptığı belirlenmiştir. 2009 yılında ilkbahar döneminde uyarı, 27.06.2009 tarihinde verilmiştir. Ancak kontrol tarlalarında hastalık belirtileri görülmemiştir. Sonbahar döneminde ise uyarı, 06.07.2009 tarihinde verilmiş; Kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtileri ise 13.09.2009 tarihinde görülmüştür. Model, hastalık çıkışından önce uyarı vermiştir. Sonuç olarak, Modifiye Tomcast modelinin bu bölgede kontrol tarlalarında hastalık çıkış dönemlerini tahmininde yıllar itibarıyla yetersiz kaldığı belirlenmiştir.

Çanakkale ilinde 2009 yılında hastalığın kontrol parsellerinde tespit edildiği Eylül ayında nem, sıcaklık ve yağış durumu grafik üzerinde verilmiştir.


Şekil 6. Çanakkale Batak ovasında 2009 yılında elektronik rasat istasyonundan elde edilen iklim verileri

Şekil 4’te Batak ovasında hastalığın kontrol tarlalarında hastalığın tespit edildiği dönemde yağış ve nem

değerleri ile birlikte sıcaklık değerleri görülmektedir. Günlük sıcaklık, 7- 14 eylül tarihleri arasında 18-20 0C ve nisbi neminde % 90’nın üzerinde seyrettiği görülmektedir. Bu sıcaklık ve nem değerleri hastalığın ortaya çıkmasında önemli rol oynadığı ve Smith modelinin verdiği uyarıya uygun olduğu tespit edilmiştir.

TARTIŞMA

Dünya’nın birçok ülkesinde önemli bitki hastalıklarına karşı farklı özellikte tahmin uyarı sistemleri kullanılmaktadır (Schepers,1996). Bu sistemlerin genel amacı, mildiyö hastalığının enfeksiyon koşullarının oluşmaya başladığını saptamak ve bu bilgileri tarla gözlemleriyle destekleyerek bildirmektir. Böylece mücadele programları oluşturulmaktadır. Bu çalışmanın yürütüldüğü Balıkesir ve Çanakkale domates üretim bölgelerinde


41

kurulu rasat istasyonlarından alınan verilerin toplandığı bilgisayarlarda SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI ve TOMCAST modelleri bulunmaktadır. Yine TOMCAST modeli modifiye edilerek “ modifiye TOMCAST” modeli oluşturulmuştur. Seçilen tarlalarda ilk hastalık belirtilerin tespit edildiği tarihler ile bu modellerin uyarı verdiği tarihler karşılaştırılmıştır. Genel olarak kontrol tarlalarında hastalık belirtilerin ortaya çıktığı dönemlerde, çalışmanın yürütüldüğü bölgelere ve yıllara göre modellerin birbirinden farklı sonuçlar verdiği belirlenmiştir.

Balıkesir bölgesinde (Merkez, Susurluk ve Manyas ilçeleri), SMITH, Fry Phytophtora Unit, IPI tahmin uyarı modelleri hastalık çıkışını tahmin etmede yıllara ve ilçelere göre farklı sonuçlar vererek başarısız olmuşlardır. Tomcast ve Modifiye Tomcast modelleri ise diğer modellere göre doğa koşullarında hastalık çıkışını tahmininde daha ümitvar sonuçlar vermişlerdir. Bu iki modelin bazı yıllarda hastalığın tahmininde sapmalar göstermesinin farklı nedenleri olabilir. Etmene karşı dayanıklı çeşitler olmamasına rağmen bazı çeşitlerin etmene karşı gösterdiği duyarlılıklarda farklılıklar olabilir (Stevenson, 1993). Bazı çeşitlerde hastalık belirtileri daha geç ortaya çıkabilir. Yine son yıllarda patojenin farklı virulenslikte strainlerinin varlığı ortaya konulmuştur (McLoad et al.,2001). Bu strainlerin bitkide meydana getirdiği belirti ve zarar derecesinde de farklılıklar olabileceği düşünülmektedir. Böylece bazı yıllarda model uygun uyarı vermesine rağmen diğer yılda birkaç günlük gecikme veya erken uyarı vermesi bu durumdan kaynaklanmış olabilir. Nitekim modifiye Tomcast modeli 2006, 2007 ve 2010 yıllarında hastalığın çıkışından önce uyarı vermesine rağmen 2009 yıllında 4-5 günlük gecikmeyle uyarı vermiştir. Bu modelin 2008 yıllında verilen uyarı döneminde ise kontrol parsellerinde, proje alanın dışında rüzgarla gelen sporangiumların enfeksiyonu sonucu sekonder enfeksiyonlar meydana gelmiştir. Bu yüzden ilk belirtilerin tespitinde zorluklar yaşanmıştır. Ancak uyarının verildiği dönemde bazı çiftçi tarlalarında ilk enfeksiyonların görülmesi, modelin bu dönemde de uygun uyarı vermiş olabileceğini düşündürmektedir. Türkiye’de ilk kayıt olarak, yapılan mating tip testleri sonucunda A2 mating tipinin olduğu saptanmıştır. Ege ve Akdeniz bölgelerinde elde edilen toplam 160 P. İnfestans izolatından 59 tanesinin (% 36.9) A2 mating tipi, 101 tanesinin (% 63.1) ise A1 mating tip olduğu belirlenmiştir (Tosun ve ark, 2007). Dünya genelinde de A2 mating tipinin, A1’e göre daha sonra yayıldığı ve yaygın bir şekilde görüldüğü bildirilmektedir (McLoad et al.,2001). Meksika’dan bir çok ülkeye yayılan A2 tipinin Kuzey ve Güney Amerika, Avrupa, Japonya gibi yerlerde tespit edildiği bildirilmekte ve A2 tipinin A1’den daha saldırgan daha şiddetli epidemilere neden olduğu belirtilmektedir (Fry and Goodwin, 1997). Aynı tarlada A1ve A2 mating tiplerinin bulunmasının mümkün olduğu bildirilmektedir (Peters et al,1998). A2 tipinin yayılmasındaki bu artış P. İnfestans populasyonunda genetik çeşitliliğe neden olmuştur. Bu durum mücadele yönetiminde yeni bazı kriterlerin ele alınmasına da sebep olmuştur.

Tahmin uyarı modelleri çalışmalarında genellikle uygun bir model seçildikten sonra ilaçlama programı hazırlanır ve bunun geleneksel çiftçi uygulamalarıyla karşılaştırılması yapılarak ilaçlama sayısının düşürülmesi hedeflenir. Nitekim Tosun ve ark.(2003), Bursa ilinde salçalık domates üretim bölgelerinde yaptıkları çalışmalarda Tomcast modellini kullanmışlardır. Modelin uyarılarına göre 5 ilaçlama önerilirken, geleneksel çiftçi uygulamalarında ise ilaçlamaların sayısının 8’i bulduğunu belirtmişlerdir. Balıkesir ilinde de proje süresince kontrol tarlalarında ilk hastalık belirtilerinin tespit edilmesiyle ilaçlama uyarıları verilmiştir. 2010 yılında kontrol tarlalarındaki belirtiler ve Modifiye Tomcast’ın uyarısı dikkate alınarak Manyas ve Susurluk ilçelerinde üreticiler ilaçlama yapma konusunda uyarılmıştır. Haziran ayının aşırı yağışlı ve nemli geçmesinden dolayı hastalık bu dönemde Türkiye’nin birçok bölgesinde domates üretimi yapılan alanlarda epidemi yaparak önemli derecede verim kayıplarına neden olmuştur. Ancak Manyas ve Susurluk ilçelerinde zamanında ilaçlama uyarısı verildiğinden dolayı zarar oranı son derece düşük kalmıştır. Farklı ülkelerde de benzer yaklaşımlar mevcuttur. Örneğin, A.B.D ve Meksika’da kullanılan erken uyarı sistemi yardımıyla ilaçlama sayıları en aza indirilirken, domates geç yanıklığı hastalığıyla başarılı bir şekilde mücadele gerçekleştirilmektedir. Çiftçi uygulamalarına göre fungisitlerle ilaçlama sayıları azaldığı için domateste önemli bir sorun olan fungisit kalıntıları da güvenli bir düzeye indirilmiştir (Bolkan and Reinert,1994).

Modeller, genellikle patojen için enfeksiyon koşulları oluştuğunda uyarı vermektedir. Bulaşıcı hastalıkların dönemlerinden inkubasyon (kuluçka) dönemi, hastalanmanın başlangıcından ilk hastalık belirtilerin göründüğü zamana kadar geçen süreyi ifade eder. Bu dönemde patojen konukçu bünyesi içerisinde gelişir ve yayılır. inkubasyon dönemi çevre koşullarına bağlı olarak değişkenlik gösterir. Burada sıcaklık faktörü önemlidir. inkubasyon süresinin hava sıcaklığı optimuma göre arttıkça ve azaldıkça uzamaktadır. Örneğin; Phytophthora infestans’ın inkubasyon süresi 22 ºC’de 3.5 gün iken, 12 C’de 13 gün, 30 C’de 10 gün olmaktadır (Ek 1). Bir hastalığın kuluçka dönemini bilmenin kimyasal savaşım açısından pratik bir yararı vardır. İlaçlama kuluçka döneminde ya da daha önce yapılmalıdır. Geç kalındığı zaman ilaçlamanın etkiliğinde düşme olacaktır (Baykal,


42

1995; Ullrich and Schrodter, 1966). Bu yüzden modellerin bölgelere göre sonuçları değerlendirirken, kontrol tarlalarında hastalık çıkışı ile modelin uyarı tarihleri çakışmasında sıcaklığa bağlı olarak patojenin kuluçka dönemi de dikkate alınmaktadır.

Balıkesir bölgesinde sanayi tipi salçalık domates üretimi yapılmakta ve sezon sonunda tek veya iki seferde hasat edilmektedir. Fide dikimleri çoğunlukla mayıs ayının ilk haftasında, hasat ise eylül ayı içinde yapılmaktadır. Kısaca domates üretim sezonu yaz döneminde (Mayıs-Eylül) yapılmaktadır. İlk hastalık belirtileri Manyas ve Susurluk ilçelerinde temmuz ayının ilk haftasında ya da 2010 yılında olduğu gibi yağışlı ve nemli geçen dönemde haziran ayının son haftasında ortaya çıkmıştır. Merkez ilçede ise yine 2010 yılı hariç ya hastalık gelişme imkanı bulamamakta ya da ağustos ayı içerisinde ortaya çıkmaktadır (Çizelge 4, Çizelge 10). Bu tarihlerde, hastalığın ortaya çıkışında yağış ve nisbi nem artışının yanında asıl önemli faktörün sıcaklık olduğu kanısına varılmıştır. Karasal iklimin hakim olduğu bu bölgede mayıs aylarında gece hava sıcaklıklarının 10 °C’nin altında olması, yine haziran-Temmuz aylarında gündüz sıcaklıklarının günün belli saatlerinde 30 °C’nin üzerine çıkması hastalığın gelişmesi ve yayılmasını yada epidemi koşullarına geçmesini engellemektedir. Ancak hastalığın ortaya çıktığı dönemleri incelediğimizde, örneğin, 2010 yılında hastalığın tespit edildiği ilçelerde, 20-27 haziran tarihleri arasında gündüz sıcaklıklarının düştüğü ve gece sıcaklıklarının da yükseldiği, ortalama 18-22 °C’yi bulduğu grafikler üzerinde görülmektedir (Şekil 3,4,5). Bu sıcaklık değerleri nem ve yaprak ıslaklığı ile beraber P.infestans’ın gelişmesi ve yayılması için uygun değerlerdir. (Trentin et all., 2009).

Çanakkale ilinde Batak ovasında erken dikimlerde (İlkbahar dönemi) 2007 yılı hariç hastalık tespit edilmemiştir. 2007 yılında hastalık çıkmasına rağmen daha sonra yayılma göstermemiştir. Proje süresince kontrol parsellerinde hastalık çıkışı genellikle geç dönemde Eylül-Ekim aylarında meydana gelmiştir. Bu dönemde, yağışlar artmakta, nem yükselmekte ve sıcaklıklar düşmektedir. Ayrıca bu iklimsel faktörler belli bir süre devam etmektedir. Yine bu dönemlerde sıcaklık etmenin gelişmesini ve yayılmasını sağlayacak değerlere ulaşmaktadır. Örneğin; 2009 yılında hastalığın ortaya çıktığı dönemde, 6-14 Eylül tarihleri arasında gece-gündüz sıcaklıkları birbirine yakın seyretmiş ve ortalama 18-20 oC olmuştur (Şekil 6). Hastalığın ortaya çıktığı bu dönemlerde Tomcast, Modifiye Tomcast ve Fry Phytophtora Unit, tahmin uyarı modelleri hastalık çıkışını tahmin etmede başarısız olmuşlardır. SMITH ve IPI modelleri ise uyarıyı hastalık çıkışına yakın dönemde vermişlerdir. Batak ovasında SMİTH modelinin hastalık koşullarının ortaya çıkışını tahmin etmede en etkili model olduğu belirlenmiştir. Sıcaklığın 10 oC’nin üzerinde ve en az 48 saat boyunca devam etmesi ve bu sırada % 90’nın üzerinde yüksek nisbi nemin de en az 21 saat boyunca devam etmesi gerekmektedir. Bu koşullar altında fungus sporangium üretir ve çevredeki bitkileri enfekte eder. Bu bölgede Smith modelinin uyarı tarihleri ile hastalığın ortaya çıkış tarihlerinin birkaç günlük ara ile birbirine yakın olması bu durumu açıklamaktadır. Patojenin yaşam çemberinde sıcaklığın çok önemli olduğu bazı araştırmalarla ortaya konulmuştur. Sıcaklık belirgin bir biçimde spor çimlenmesini, miselyal gelişme oranını, inokulum oluşumunu ve canlılığı etkileyebilmektedir. 20 ºC’nin altındaki sıcaklıklar, optimum 12-13 ºC arasında, sporangium çimlenmesini indirekt olarak teşvik etmektedir. Zoospor oluşumunun 20 C’nin üzerindeki sıcaklıklar 24 C’de optimum olarak direkt çimlenmeyi teşvik eder (Harrison and Lowe, 1989; Sato, 1994).

Çanakkale Batak ovasında bazı yıllarda kontrol parsellerinde ve bazı çiftçi tarlalarında hastalık ortaya çıkmasına ve bazı parsellerde ilaçlama yapılmamasına rağmen daha sonra bu alanlarda hastalığın gelişip yayılmadığı görülmüştür. Bu durum şu şekilde açıklanabilir; bölgede 1998 yılında şiddetli bir epidemi yaşanmış ve binlerce dekarlık domates tarlaları yok olmuştur. (Şekil 2a) Bu olay daha sonraki yıllarda üreticilerin bilinçsiz bir şekilde aşırı ilaçlama yapmalarına neden olmuştur. Bu şekilde yapılan aşırı ilaçlamalar sonucunda hastalığın inokulum kaynaklarının azaldığı düşünülmektedir. Yine, geçmişte karık usulu sulamalar yerine, günümüzde bütün ovada damlama sulama şeklinde sulamalar yapılmaktadır. Bu şekilde yapılan sulama bitkinin alt kısımlarında nemi azaltmaktadır. Bitki sıra arası mesafelerin geçmişe göre geniş tutulduğu, yine Çanakkale boğazına paralel uzanan ovanın sürekli rüzgara açık olması nedeniyle nemin ve yaprak ıslaklığının uzun süre devam etmesini engellemektedir (Şekil 2b). Böylece etmenin sporlarının çimlenmesi veya sporangium oluşturarak yayılması engellenmektedir. Nitekim mildiyö hastalığının gelişmesi için öncellikle fungal sporların çimlenmesi gerekmektedir. Bunun için uygun sıcaklık, bitki yüzeyinde su tabakası, çiğ ve yağış gibi yüksek orantılı neme ihtiyaç vardır. Patojenin penetrasyonu için nemli koşulların belli bir süre devam etmesi gerekmektedir, aksi takdirde patojen yaşama imkanı bulamamaktadır. Spor çimlenmesinden sonra oluşan sekonder sporlar (zoosporlar) başarılı bir penetrasyonu yapabilmek için hareket etmeleri gerekmektedir. Yaprak üzerinde suyun varlığı, birçok yaprak patojeninde olduğu gibi mildiyö hastalığı etmeni Phytophthora infestans’ın etkinliğini artırmaktadır. Bu yüzden, yaprak ıslaklığı periyodunun süresi, mildiyö hastalığının epidemi oluşturma riskinin bir kritik saptayıcısı olarak


43

yaygın biçimde erken uyarı sistemlerinde kullanılmaktadır (Agrios, 1997; Harrison, 1992 and 1995). Sonuç olarak, Bu proje süresince elde edilen veriler incelendiğinde, çalışılan modeller içinde Balıkesir ilinde Modifiye Tomcast modeli, Çanakkale ilinde ise Smith modelinin doğada meydana gelen enfeksiyonların tahmininde diğer modellere göre daha iyi sonuç verdiği belirlenmiştir.

TEŞEKKÜR

Bu projenin yürütülmesinde sundukları katkılarından dolayı Balıkesir Tarım İl Müdürlüğü ve Çanakkale Tarım İl Müdürlüğü Bitki Koruma Şubesi teknik elemanlarına teşekkür ederiz.



Agrios, G., 2005 Plant Pathology. 5th ed. Academic Pres, Inc. San Diego, CA, 925 p

Anonymus., 2013,www.tuik.gov.tr, 2.11.2014

Apaydın, A., O. Çakır., H. Kar., C. Özdemir., ve A.Gemici, 2000. Karadeniz Bölgesinde Domates Mildiyösünün Tahmin Uyarıya Esas Teşkil Edecek Kriterlerinin Araştırılması, Sonuç Rap., K.T.A.E.-Samsun.

Baykal, N., 1995. Fitopatoloji, Uludağ Üniversitesi Basımevi, 47-49s. Bursa

Bolkan, H. and W.R. Reinert.,1994. Developing and Implementing IPM Strategies to Asist Farmers: An Industry Approach. Plant Disease, 78 (6), 545-550.

Bugiani, R., P. Cavanni, and I. Ponti.,1993. An advisory service for the occurrence of Phytophthora infestans on tomato in Emillia- Romagna region. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin 23, 607-613

Forsund, E.,1983. Late bligt forecasting in Norway 1957-1980. EPPO Bull. 13 (2) 255-258

Fry, W. E., A. E. Apple, and J. A. Bruhn.,1983. Evaluation of potato late blight forecasts modified to incorporate host resistance and fungicide weathering. Phytopathology 73:1054-1059.

Fry, W.E., S.B. Goodwin., 1997. Re- emergence of potato and tomato blight in the United States. Plant disease, 81: 1349-1357.

Fry, W. E.,1999. http//ppathw3.cals.cornell.edu/fry

Harrison, J.G. and R. Lowe.,1989. Effect of humidity and air speed on sporulation of P. infestans on potato leaves. Plant Pathology 38: 585-591.

Harrison, J.G., 1992. Effects of the aerial environment on late blight of potato foliage. Plant pathology, 41:384-416.

Harrison, J.G., 1995. Factors involved in the development of potato late blight diseases (phytophthora infestans) Pages 215-236 in Potato Ecolgy and Modelling of Crops Under Conditions Limiting Growth. A.J. Haverkort and D.K.L. McKerron, eds. Kluwer Acsdemic Publishers, Dordrecht, Netherlands.

Hyre, R.A.,1954. Progress in forecasting late blight of potato and tomato. Plant Disease Reporter, 38: 245-253

Mcload, A., S. Denman., A. Sadie., F.D.N. Denner. 2001. Characterization of South african Isolates of phytophthora infestans. Plant dis., 85:287-291.

Madden, L., S.P. Pennypacker and A. MacNab, 1978, Tom-cast, tomato disease forecaster. Phytopathology 68: 1354-1358

Onoğur, E., 1996, Bitki Fungal Hastalıkları 1., E.Ü.Zir. Fak. Ofset Basımevi, 214s.


44

Peters, R.D., H.W. Plant., R. Hall, 1998. Characterization of changes in populations of phytophthora infestans in canada during mating types and metalaxyl sensitivity markers. Can J. Of Plant Pathology, 20: 259-273.

Sato, N. 1994. Effect of sporulating temperature on the limit temperature in indirect germination of the sporangia of P. infestans. Ann. Phytopath. Soc. Japan. 60:60-65.

Schepers, H.T.A.M., E. Bouma., C.B. Bus,1996. State of the art of Phytophthora infestans control in Europe Erno Bouma & Huub Schepers (eds) Proceedings of the Workshop on the European network for development of an integrated control strategy of potato late blight Lelystad, The Netherlands 30 September - 3 October

Smith, L.P., 1956. Potato blight forecasting by 90 % humidity criteria. Plant Pathology 5:83-87 Steveenson, W.R., 1993. Management of Early Blight and Late Blight. In: Potato Health Management. Ed: R.C.

Rowe. APS Pres, 141-147.

Tosun, N., H. Turkusay., H. Saygılı., B. Tanyolaç., 2003. Sanayi domatesi yetiştiriciliğinde geç yanıklık (Phytophthora infestans (Mont.) deBary) hastalığının kontrolünde erken uyarı sisteminin kullanılması üzerinde araştırmalar. Ege Üniversitesi bilimsel araştırma proje raporu, 2000/Bil/005, İZMİR. (Yayınlanmamış Rapor)

Tosun, N., A.Yıldırım., H. Turkusay., B. Tanyolaç., 2007. Genetic variation among Phytophthora infestans (Tomato Blight) izolates from western Turkey revealed by inter simple sequence repeat (ISSR) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. Pak. J. Bot., 39(3): 897-902.

Trentin, G., A.B. Heldwein., L. Streck., G.F. Maass., S.Z. Radons., R. Trentin,2009. Controlling potato cv. ‘Asterix’ late blight base on forecast systems. Ciencia Rural, v.39, n.2, p.393-399.

Ullrich, J. and H. Schrodter, 1966. Das problem der Vorhersage des Auftretens der Kartoffelkrutfaule (Phytophthora infestans) und die MoglichkietvseinervLosung eine Negativprognose. Nechricten Dt Pflanzenschutzdienst (Braunschweig), 18:33-40.

Wallin, J.R. and P.E. Waggoner, 1951. The ınfluence of climate on the develepmont and spread of Phytophthora infestans in articially inoculated potato plots. Plant Disease Reporter Suppl. 190: 19-33.

İNKUBASYON CETVELİ

Ortalama sıcaklık Gün

12 13 13 12 14 10 15 9 16 7 17 6 18 6 19 5 20 4.5 21 4 22 3.5 23 4 24 4.5 25 5 26 6 27 7 28 8 29 9 30 10

EK 1. İnkübasyon cetveli


45

Detection of Viruses in Aegean Region Grapevines

Aydan KAYA Serpil ERİLMEZ

Bornova Zirai Mücadele Araştırma İstasyonu, İzmir/ TÜRKİYE, [email protected]

Accepted for publication October 8, 2014

ABSTRACT

This study was conducted to determine virus diseases on grapes in İzmir and Manisa provinces in 2007-2010 using serological and molecular methods. In addition to this, detection and identification of grapevine viruses on samples from Çanakkale and Denizli in 2009-2010 were performed.

To identify of viruses in grapevine production areas in the four provinces, the samples were collected from plants showing virus symptoms. Sampling was done 2 times a year in the spring and in the autumn. In the spring, shoot and leaf samples were taken from annual shoots of plants with virus like symptoms (yellow mosaic,vein clearing, ringspot, vein banding, fasciations, zigzag growth, shortening of internodes, abnormal branching). In the autumn, reddish and rolling downwards leaf samples from annual shoots were collected. Totally 746 samples were taken from plants with virus like symptoms in surveyed area in 2007-2010.

Identification of viruses was performed using serological and molecular methods. DAS-ELISA test results showed that the plants were infected with GFLV, GFkV, ArMV, GLRaV 1, 2, 3 and 4-9 viruses. PCR analysis confirmed DAS-ELISA results. In PCR tests, bands for GFLV, GFkV, ArMV, GLRaV 1, 2, 3 and 4 were obtained.

Keywords: Grapevine, grapevine viruses, survey, ELISA, PCR

ÖZET

Ege Bölgesi Bağlarında Virüs Hastalıklarının Belirlenmesi

Bu çalışma 2007 ve 2010 yıllarında İzmir ve Manisa illerinde bağ alanlardaki virüs hastalıklarını serolojik ve moleküler yöntemlerle belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Ayrıca 2009 ve 2010 yıllarında Çanakkale ve Denizli illerinden gelen sorunlar nedeniyle bu illerden de örnek alınarak virüs tanıları yapılmıştır.

Çalışma alanını kapsayan 4 ilde bağlarda bulunan virüsleri tanılamak için virüs belirtisi gösteren bitkileri toplamak amacıyla güdümlü örnekleme yapılmıştır. Örnekleme, ilkbahar ve sonbahar olmak üzere iki dönemde yapılmıştır. İlkbahar döneminde, virüs benzeri belirti (mozaik, damarlarda renk açılması, halkalı lekeler, damar bantlaşması, sürgünlerde yassılaşma, çatallaşma, şekil bozukluğu, gelişme geriliği) gösteren asma bitkilerinin yıllık sürgünlerinden yaprak ve sürgün örnekleri toplanmıştır. Sonbahar döneminde ise yine yıllık sürgünlerde, yapraklarda kızarma ve aşağı doğru kıvrılma (özellikle alt yapraklar) gösteren örnekler toplanmıştır. 2007 ve 2010 yıllarında survey alanında virüs belirtisi gösteren asma bitkilerinden toplam 746 örnek alınmıştır.

Hastalık etmenlerinin tanılanması serolojik ve moleküler yöntemler kullanılarak yapılmıştır. DAS-ELISA testi sonucu asma bitkilerinde GFLV, GFkV, ArMV, GLRaV 1, 2, 3 ve 4-9 enfeksiyonu olduğu saptanmıştır. PCR analiz sonuçları, DAS-ELISA sonuçları ile paralel olmuş ve birbirini doğrulamıştır. PCR çalışmalarında, GFLV, GFkV, GLRaV 1,2,3 ve 4’e ait bantlar elde edilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Asma, asma virüsleri, survey, ELISA, PCR.

DETECTION OF VIRUSES IN AEGEAN REGION GRAPEVINES

46

GİRİŞ

Dünyada bağcılık için en elverişli iklim kuşağında yer alan ülkemiz çok eski ve köklü bir bağcılık kültürüne sahiptir. Arkeolojik bulgulara göre, asma türünün ilk olarak Kafkasya ve Anadolu’da kültüre alındığı ve zamanla buradan dünyanın hemen her yerine dağıldığı kabul edilmektedir.

Ülkemiz istatistiklere göre, dünya ülkeleri arasında, bağ alanı yönünden İspanya, Fransa ve İtalya’dan sonra 4.sırada (540.000 ha), yaş üzüm üretimi yönünden ise 5. (3.923.040 ton) sıradadır. Ülkemiz bölgeleri arasında ise; gerek alan (1.416.747da), gerekse üretim (1.517.968ton) açısından ilk sırayı Ege Bölgesi almaktadır (% 29). Türkiye bağcılığı iller bazında değerlendirildiğinde ise, hem alan (563.496 da) hem de üzüm üretimi (1.080.043 ton) yönünden % 51 oranı ile Manisa ilk sırada yer almaktadır. Bunu %33 ile Denizli ve %10 ile İzmir takip etmektedir (TÜİK, 2010).

Ülkemizde üretilen 3.923.040 ton yaş üzümün yaklaşık %25’i sofralık olarak tüketilirken, %17,5’i çekirdeksiz kuru üzüm ve %15’i çekirdekli kuru üzüm olarak değerlendirilmektedir. Türkiye üzüm ihracatı ile ülke ekonomisi için önemli bir gelir kaynağını oluşturmaktadır.

Asma bitkisi verim ve kaliteyi olumsuz etkileyen çok sayıda virüs ve virüs benzeri etmenlere konukçuluk etmektedir. Dünyada asmalarda 60’a yakın virüs hastalığı kayıtlıdır. Asma virüs hastalıklarının bitki ve ürün üzerindeki etkisi virüsün ırkına, şiddetine ve çevresel koşullara göre değişkenlik gösterir. Hafif ırklar zararlı etkiye sebep olmazlar. Ancak şiddetli ırklar, asmanın zayıflamasına, ölümüne, üründe verim ve kalite kaybına (% 60-80), üretim materyali alımında azalmaya ve pazar değerinin düşmesine neden olurlar. Türkiye’de asmalarda en önemli virüslerin Asma yelpaze yapraklılık virüsü (Grapevine fanleaf nepovirus-GFLV), Domates siyah halka leke virüsü (Tomato ringspot nepovirus-ToRSV), Arabis mozaik virüsü (Arabis mosaic nepovirus-ArMV), Yıldızımsı mozaik virüsü, Gövde çukurlaşması virüsü, Asma flek virüsü (Grapevine fleck vitivirus-GFkV), Asma A virüsü (Grapevine A virus-GVA), Çilek latent halkalı leke virüsü (Strawberry latent ringspot nepovirus-SLRSV), Ahududu halkaleke virüsü (Raspberry ringspot nepovirus-RpRSV) ve Asma yaprak kıvrılma virüsleri 1,2,3,5,6 ve 7 (Grapevine leafroll associated closterovirus 1,2,3,5,6,7) olduğu bildirilmektedir (Kepsutlu ve ark., 1962; Tekinel ve ark., 1972; Erdiller, 1982; Azeri, 1983; Gürsoy ve ark., 1988; Gürsoy, 1991; Azeri ve Çiçek, 1995; Akbaş ve Erdiller, 1993; Özaslan ve Yılmaz, 1994; Yılmaz ve ark., 1997; Çağlayan ve Gazel, 1998; Köklü,1999; Köklü ve Baloğlu, 2000; Çığşar, 2002; Akbaş ve ark., 2007; Buzkan ve ark., 2010).

Ülkemizde ve özellikle Ege bölgesinde çok eski zamanlardan beri asmanın yetiştirilmesi virüs ve virüs benzeri hastalıkların durumunun incelenmesini önemli kılmaktadır. Asma gibi vejetatif olarak çoğaltılan bitkilerde sistemik olarak bulunan bu hastalık etmenleri üretim materyali ile yayılmaktadır.

Bu çalışma ile 2007-2010 yıllarında Ege bölgesi bağ alanlarının % 60’ını oluşturan Manisa, İzmir, Çanakkale ve Denizli illeri bağ alanlarından virüs belirtisi gösteren asma örnekleri toplanarak, serolojik ve moleküler yöntemlerle incelenmiş, bu hastalıklar açısından son durumu ortaya konmuştur.

MATERYAL VE METOT

MATERYAL

Çalışmanın ana materyalini, Manisa, İzmir, Çanakkale ve Denizli illerinde bağlarda virüs simptomları gösteren asma bitkileri, asma virüslerinin tanısında kullanılan ELISA kitleri, primerler ve moleküler analiz için gerekli olan kimyasal maddeleri oluşturmuştur.

METOT

Survey

Çalışma alanını kapsayan 2 ilde (Manisa ve İzmir) bağlarda bulunan virüsleri tanılamak için virüs belirtisi gösteren bitkileri toplamak amacıyla güdümlü örnekleme yapılmıştır (Hewitt and Gifford 1956, Bovey 1965, Bora

A. KAYA, S. ERİLMEZ

47

ve Karaca 1970). Tarım il müdürlüklerinden alınan ekiliş alanları, ekolojik faktörler, işgücü ve zaman faktörleri de göz önüne alınarak 2007–2010 yıllarında kontroller yapılmıştır. Örneklemeler sırasında ekolojik faktörlerden dolayı farklı virüsleri belirleyebilmek amacıyla birbirinden uzak ve değişik yönlerdeki yerleşim birimleri kontrol edilmiştir.

Surveyler sırasında 4 ile bağlı, 13 ilçe sınırları içerisinde bulunan toplam 189 bağ alanında gözlemler yapılarak yaprak ve sürgün örnekleri alınmıştır.

Örnekleme, ilkbahar ve sonbahar olmak üzere iki dönemde yapılmıştır. İlkbahar döneminde, virüs benzeri belirti (mozaik, damarlarda renk açılması, halkalı lekeler, damar bantlaşması, sürgünlerde yassılaşma, çatallaşma, şekil bozukluğu, gelişme geriliği) gösteren asma bitkilerinin bir yıllık sürgünlerinden yaprak ve sürgün örnekleri toplanmıştır. Sonbahar döneminde ise yine bir yıllık sürgünlerde, yapraklarda kızarma ve aşağı doğru kıvrılma (özellikle alt yapraklar) gösteren bitkilerden örnekler toplanmıştır. Kontrollerde omcaların dört tarafında yaprak, sürgün, salkım ve gövdeleri incelenmiş, örnekleme yapılmıştır. Toplanan örnekler polietilen torbalar içinde etiketlenerek buz kutusunda laboratuvara getirilmiş ve testleninceye kadar + 4°C’ de buzdolabında saklanmıştır.

Survey alanında, Manisa ili ve ilçelerinde Yuvarlak çekirdeksiz, İzmir ili Menemen ilçesinde Yuvarlak çekirdeksiz, Kemalpaşa ilçesinde Yuvarlak çekirdeksiz ve şaraplık çeşitler, Urla ilçesinde şaraplık çeşitler (Boğazkere, Öküzgözü, Syrah, Cabarnet Sauvignon, Merlot, Bornova Misketi), Menderes ilçesi Oğlananası beldesinde şaraplık çeşitler (Merlot, Syrah, Colombar, Öküzgözü), Efem Çukuru beldesinde ise sofralık çeşitlerden (Alphonse Lavallee) örnek alınmıştır. Çanakkale ili Merkez ilçesinden şaraplık çeşitlerden, Denizli ili Çal ilçesinden Çal karası, Yuvarlak çekirdeksiz, Boğazkere, Öküzgözü, Kınıklı ve Sarayköy ilçelerinden ise Yuvarlak çekirdeksiz çeşitlerinden örnek alınmıştır.

Serolojik Yöntemler (DAS-ELISA)

Survey çalışmaları sonucunda ilkbaharda ve sonbaharda asma bitkilerinden alınan yaprak ve sürgünlerdeki virüsleri tespit etmek için DAS- ELISA testi yapılmıştır (Clark and Adams, 1977; Gonsalves, 1979; Ramsdell et al., 1979; Engelbrecht, 1980; Shanmugathan and Fletcher, 1982). Asma örnekleri, ilkbahar döneminde Grapevine fanleaf nepovirus (GFLV), Arabis mosaic nepovirus (ArMV), Tobacco black ring nepovirus (TBRV), Strawberry latent ringspot nepovirus (SLRSV), Raspberry ringspot nepovirus (RpRSV), Tobacco ringspot nepovirus (TRSV), Tomato ringspot nepovirus (ToRSV), Grapevine fleck vitivirus (GFkV) ve Grapevine A vitivirus (GVA), sonbahar döneminde ise Grapevine leafroll associated closterovirus 1,2,3,4-9,6,7 (GLRaV 1,2,3,4-9,6,7) tanı kitleri ile BIOREBA firmasının prosedürlerine göre DAS-ELISA testleri gerçekleştirilmiştir. GLRaV-5 için ADGEN firmasının önerdiği prosedüre göre DAS-ELISA testleri yapılmıştır.

Bağlarda, ilkbaharda asmaların virüs belirtisi gösteren genç yapraklarından ve sürgünlerin floem kazıntılarından, sonbaharda ise belirti gösteren orta ve alt yapraklardan ve sürgünlerin floem kazıntılarından örnek hazırlanarak DAS-ELISA testleri gerçekleştirilmiştir.

Sonuçlar E Max Precision Microplate Reader cihazı kullanılarak 405 nm dalga boyunda spektrofotometrik olarak değerlendirilmiştir. Örneklerde sağlıklı kontrolün 3 katı olan absorbans değerleri enfekteli olarak değerlendirilmiştir (Erkan ve ark.,1994).

Moleküler Yöntemler

Total Nükleik Asit (TNA) Ekstraksiyonu

TNA ekstraksiyonunda kullanılan tüm malzemeler yapısına uygun olarak ekstrakte edilmiştir. Her izolat için yaklaşık 100 mg yaprak kullanılarak, 1 ml %1 mercapto-ethanol içeren ekstraksiyon tampon çözeltisi varlığında steril örnek poşetleri içinde ezilmiştir. Tüpler ısıtıcıda 70 0C 10 dakika bekletildikten sonra 5 dakika buzda bekletilmiştir. Daha sonra örnekler 14000 rpm’de 10 dakika santrifüj edilmiş, üst sıvıdan 300 μl alınarak yeni tüplere aktarılmıştır. Tüplere 150 μl ethanol, 300 μl 6M NaI, 50 μl silika süspansiyonu eklenerek 10 dakika oda sıcaklığında bırakılmıştır. Tüpler 6000 rpm’de 1 dakika santrifüj edildikten sonra üst sıvı atılmış tüpün içinde kalan


48

silika partiküllerinin yıkanması için 500 μl yıkama tampon çözeltisi eklenmiştir. Bu işlemden sonra tüpler 6000 rpm’de santrifüj edilmiştir. Yıkama işlemi iki kere yapılmıştır. Yıkamadan sonra silika partikülleri içeren tüplere 150 μl RNAse’dan ari steril su eklenmistir. Tüpler 70 o C’de 4 dakika inkube edilen tüpler 13000 rpm’de 3 dakika santrifüj edilmiştir. Tüpün üst kısmında kalan sıvıdan 100μl alınarak yeni tüplere aktarılmış ve TNA ekstraksiyonu tamamlanmıştır. Örnekler cDNA sentez ve PCR uygulamaları yapılıncaya kadar -80oC’de derin dondurucuda saklanmıştır (Foissac et al., 2000).

Komplementer DNA (cDNA) Sentezi

TNA ekstraksiyonu yapılmıs olan örneklerden komplementer DNA (cDNA) sentezi gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla Fermentas firmasından temin edilen cDNA sentez kiti firmanın belirttiği prosedür doğrultusunda kullanılmıştır. Çalışmada ilk olarak ependorf tüplerinin içerisine 2 μl TNA, 1 μl Oligo(dt) primer konulmuş ve RNAse free su ile 12μl’ye tamamlanmıştır. 65 oC’de 5 dakika inkubasyon uygulandıktan sonra tüpler buz üzerine konulmuş ve içlerine sırasıyla 4 μl 5X reaction buffer,1 μl Ribolock Ribonuclease inhibitörü, 2 μl 10mM dNTP, 1 μl M-MuLV reverse transcriptase eklenerek toplam 20 μl hacme ulaşılmıştır.

Kısa süreli santrifüj uygulandıktan sonra 42 oC’de 60 dakika ve 70 oC’de 5 dakika inkubasyon uygulanarak cDNA sentez aşaması tamamlanmıştır.

PCR Yöntemi

PCR çalışmalarında, GFLV, GFkV, GLRaV-1, 2, 3,4 ve 9 için kullanılan primerler Çizelge 1’de verilmiştir. PCR işlemi Fermentas firmasının önerdiği prosedüre göre 50 μl hacimde yapılmıştır. Steril PCR tüplerine 25 μl 2x PCR master mix, 1 μl primer1, 1 μl primer 2, 2 μl cDNA ve 21 μl nuclease free su eklenmiştir. Tüpler PCR cihazına yerleştirilerek test edilecek virüs için spesifik olan program uygulanmıştır. Tüm işlemler boyunca eldiven kullanılmış ve herhangi bir kontaminasyon olasılığını belirlemek için de nükleik asit eklemeden sadece karışımın yer aldığı bir tüpte (su kontrol) PCR programında örneklerle birlikte çoğaltma işlemine tabi tutulmuştur.

Çizelge 1. Moleküler yöntemle testlenen asma virüsleri, primerleri ve PCR programları

Hedef Virüs/Primer Primer Dizilimi Baz Uzunluğu Referans

GFLV–V1-F

GFLV-C1-R

ACC GGA TTG ACG TGG GTG AT

CCA AAG TTG GTT TCC CAA GA 321 bp Rowhani et al.,1993

GFkV-F

GFkV-R

TTCCTCTTCATGAACATGACCGTGG ACAACACAATCCAGAAGGATAC 262 bp Matus et al., 2008

GLRaV1-F

GLRaV1-R

CGA CCC CTT TAT TGT TTG AGT ATG

GTT ACG GCC CTT TGT TTA TTA TGG 401 bp Martin et al., 2005

GLRaV 2-F

GLRaV 2-R

ATA ATT CGG CGT ACA TCC CCA CTT

GCC CTC CGC GCA ACT AAT GAC AG 332 bp Martin et al., 2005

GLRaV3-F

GLRaV3-R

CGC TAG GGC TGT GGA AGT ATT

GTT GTC CCG GGT ACC AGA TAT 546 bp Turturo et al., 2005

GLRaV4up

GLRaV4do

CCAACTGTCGTGGGTATAAGGAAT

CCCAGACACCGGTCCTATACTIA 243 bp Maliogka et al.,2008

GLRaV9-F

GLRaV9-R

CGGCATAAGAAAAGATGGCAC

TCATTCACCACTGCTTTGAAC 393 bp Alkowni et al.,2004


49

Agaroz Jel Elektroforez Yöntemi

100 ml 1X TAE tamponu içine 1,5 g agaroz konularak mikrodalga fırında 3.5 dakika tutulmuş ve eritilmiştir.

Elektroforez koşumu, 100 V’da, yatay düzenekte 60 dakika süreyle ve 1X TAE çözeltisi içerisinde uygulanmıştır. Jel yükleme yapılmadan önce örneklere (10μl örneğe) 2μl yükleme tamponu eklenmiştir.

Elektroforez işleminden sonra etidium bromide ile boyama işlemi gerçekleştirilmiştir. Etidium boyamadan sonra jel görüntüleme cihazı ile görüntülenmiş ve fotoğrafı çekilmiştir.


Survey Çalışmalarına İlişkin Bulgular

2007 ve 2010 yılları arasında gerçekleştirilen survey çalışmalarında, Manisa, İzmir, Denizli ve Çanakkale illerinden 13 ilçe ve 189 bağda kontroller yapılmış ve 746 omcadan örnek alınmıştır. Surveyler sırasında kontrol edilen il ve ilçeler, bağ sayıları ve alınan örnek miktarları Çizelge 2’de gösterilmiştir.

Çizelge 2. 2007-2010 yıllarında Manisa, İzmir, Denizli ve Çanakkale illerindeki bağlarda örnekleme yerleri ve alınan örnek sayıları

Alınan örnek sayısı İl İlçe Örneklenen bağ sayısı

İlkbahar Sonbahar

Ahmetli 10 13 10

Alaşehir 35 97 72

Salihli 20 18 16

Sarıgöl 29 37 28

MANİSA

Turgutlu 15 20 16

Toplam 109 185 142

Kemalpaşa 20 51 50

Menderes 10 49 73

Menemen 20 29 24 İZMİR

Urla 7 25 26

Toplam 57 154 173

Çal 5 5 5

Kınıklı 2 4 6 DENİZLİ

Sarayköy 7 10 15

Toplam 14 19 26

ÇANAKKALE Merkez 9 22 25

Genel Toplam 189 746

Bağ Alanlarındaki Asmalarda Görülen Belirtiler

Survey yapılan bütün bağ alanlarının büyük bir kısmında virüs hastalıklarının belirtilerini gösteren omcalara rastlanmıştır. İlkbahar döneminde, asmaların yapraklarında damar açılması, damar bantlaşması, deformasyon, sarı lekelenme, sararma, anormal dişlenme, yelpaze şeklini alma ve küçülme; sürgünlerde boğum aralarında kısalma, zig zag gelişme, çatallanma, çift sürgün oluşumu ve yassılaşma; salkım ve danelerde küçülme, seyrek dane oluşumu en çok karşılaşılan belirtiler olmuştur (Şekil 1).

Sonbahar döneminde, yapraklarda içe doğru kıvrılma, yaprak damarları yeşil kalıp yaprak ayalarında kırmızılaşma (kırmızı asma çeşitlerinde), yaprak ayalarında sararma (beyaz asma çeşitlerinde); salkım ve danelerde geç ve düzensiz olgunlaşma, danelerin normal rengini alamaması en önemli belirtiler olarak gözlenmiştir (Şekil 2).


50

Şekil 1. GFLV ile enfekteli asma yapraklarında sarı lekelenme ve sararma, sürgünlerinde boğum aralarında kısalma ve çatallanma

Şekil 2. GLRaV ile enfekteli asma yapraklarında kızarma ve içe doğru kıvrılma (kırmızı çeşit), sararma ve içe doğru kıvrılma (beyaz çeşit)

DAS-ELISA Testlerinden Elde Edilen Bulgular

Bağlarda, ilkbaharda asmaların virüs belirtili genç yapraklarından ve sürgünlerin floem kazıntılarından, sonbahar da ise virüs belirtili orta ve alt yapraklar ile sürgünlerin floem kazıntılarından örnek hazırlanarak DAS-ELISA testleri gerçekleştirilmiştir.

Manisa, İzmir, Denizli ve Çanakkale bağ alanlarında asma bitkilerinden alınan örneklerde virüslerin saptanması amacıyla DAS-ELISA testleri gerçekleştirilmiş ve sonuçlar Çizelge 3, 4, 5’de gösterilmiştir.


51

Çizelge 3. 2007-2010 yıllarında Manisa ili ve ilçelerinden alınan örnek sayıları ve DAS-ELISA testi sonucu asma örneklerinde saptanan virüslerin dağılımı

İlkbahar Sonbahar Virüslü örnek sayısı Virüslü örnek sayısı

İl

İlçe

Top

lam

GF

LV

ToR

SV

ArM

V

TB

RV

SL

RS

V

Rp

RS

V

GF

kV

TR

SV

GV

A

CL

RV

GF

LV

+ G

Fk

V

GF

LV

+A

rMV

Vir

üs

sap

tan

may

an ö

rnek

sayısı

Top

lam

GL

RaV

1

GL

RaV

2

GL

RaV

3

GL

RaV

4-9

GL

RaV

5

GL

RaV

6

GL

RaV

7

1+3

2+3

1+2+

3

Vir

üs

sap

tan

may

an ö

rnek

sayısı

Ahm

etli

13 5 - - - - - - - - - - - 8 10 - - 4 - - - - - - - 6

Alaşe

hir

97 48 - 4 - - - 7 - - - 7 7 24 72 10 - 32 3 - - - - - - 27

Sal

ihli

18 10 - - - - - - - - - - - 8 16 - - 8 - - - - - - - 8

Sarıg

öl

37 17 - - - - - - - - - - - 20 28 - - 17 - - - - - - - 11

MA

NİS

A

Tur

gutl

u

20 5 - - - - - - - - - 4 - 11 16 - - - - - - - - - - 16

Genel Toplam

185 85 - 4 - - - 7 - - - 11 7 71 142 10 - 61 3 - - - - - - 68


52

Çizelge 4. 2007-2010 yıllarında İzmir ili ve ilçelerinden alınan örnek sayıları ve DAS-ELISA testi sonucu asma örneklerinde saptanan virüslerin dağılımı

İlkbahar Sonbahar

Virüslü örnek sayısı Virüslü örnek sayısı

İl

İlçe

Top

lam

GF

LV

ToR

SV

ArM

V

TB

RV

SL

RS

V

Rp

RS

V

GF

kV

TR

SV

GV

A

CL

RV

GF

LV

+ G

Fk

V

GF

LV

+A

rMV

Vir

üs

sap

tan

may

an ö

rnek

sa

yısı

Top

lam

GL

RaV

1

GL

RaV

2

GL

RaV

3

GL

RaV

4-9

GL

RaV

5

GL

RaV

6

GL

RaV

7

1+3

2+3

1+2+

3

Vir

üs

sap

tan

may

an ö

rnek

sa

yısı

Kem

alpaşa

51 15 - - - - - 2 - - - 4 - 30 50 2 2 19 - - - - 1 1 - 25

Men

dere

s

49 12 - 8 - - - - - - - 3 - 26 73 5 6 34 5 - - - - 9 4 10

Men

emen

29 11 - - - - - 1 - - - 1 - 16 24 - 2 10 - - - - - - - 12

İZMİR

Url

a

25 - - 4 - - - - - - - - - 21 26 1 1 11 - - - - 3 4 - 6

Genel Toplam

154 38 - 12 - - - 3 - - - 8 - 93 173 8 11 74 5 - - - 4 14 4 53

Çizelge 3, 4, 5 incelendiğinde, 2007-2010 yıllarında, Manisa ilinde, virüs şüpheli asma bitkilerinden ilkbahar döneminde alınan 185 örneğin, % 46’sı GFLV, % 2.16’sı ArMV, % 3.78’i GFkV ile enfekteli bulunmuştur. Ayrıca örneklerin % 6’sında GFLV ve GFkV’nin, % 3.80’inde GFLV ve ArMV’nin birlikte bulunduğu karışık enfeksiyonlar saptanmıştır. İlkbahar dönemlerinde bağlardan alınan örneklerde test sonuçlarına göre % 46 oranıyla en yaygın virüs olarak GFLV belirlenmiştir. İzmir ilinde ise ilkbahar döneminde alınan 154 örneğin, % 24.67’si GFLV, % 7.79’u ArMV, % 1.94’ü GFkV ile enfekteli bulunmuştur. Ayrıca örneklerin % 5.19’unda GFLV ve GFkV’nin birlikte bulunduğu karışık enfeksiyonlar saptanmıştır. İlkbahar dönemlerinde bağlardan alınan örneklerde test sonuçlarına göre % 24.67 oranıyla en yaygın virüs olarak GFLV belirlenmiştir. Çanakkale ilinden virüs şüpheli asma bitkilerinden ilkbahar döneminde alınan 22 örneğin, % 19’u GFLV, ve % 19’u GFkV ile enfekteli bulunmuştur. İlkbahar dönemlerinde bağlardan alınan örneklerde test sonuçlarına göre yaygın virüsler olarak GFLV ve GFkV belirlenmiştir. Sonbahar dönemlerinde ise % 20 oranı ile GLRV-3 saptanmıştır. Denizli ilinden ise virüs şüpheli asma bitkilerinden ilkbahar döneminde alınan 19 örneğin % %53’ü GFLV ve % 15.8’i GFkV ile enfekteli bulunmuştur. Sonbahar döneminde ise % 11.54’ oranında GLRV-3 saptanmıştır. Bölgemizde asma virüsleri ile ilgili yürütülen çalışmalarda; Ege bölgesinde Akdoğan (1958) ve Kepsutlu ve ark.(1962), makroskobik gözlemlerde asmalarda verimsizlik ve durgunluğun bulaşık soysuzlaşma hastalığından (GFLV) kaynaklandığını bildirmiştir. Azeri (1983), İzmir ve Manisa illerinde Sultani çekirdeksiz asmaların % 100 Yelpaze yaprak virüsü ile bulaşık


53

olduğunu saptamıştır. Gürsoy ve ark. (1988), bölgemizde iyi gelişme gösteren asmalarda bile GFLV enfeksiyonu olduğunu bildirmiştir. Yaprak kıvrılma hastalıkları (GLRaV) ile ilgili yapılan çalışmalarda da, Azeri (1990) İzmir, Manisa ve Tekirdağ illeri bağ alanlarında üretilen Alphonse, Emperior, Gamay, Papaz karası, Semillon ve Tokay gibi çeşitlerde GLRaV’nin % 45-85 oranında bulunduğunu ve hastalığın meyve ve verim kalitesinde azalmalara yol açtığını bildirmiştir. Yılmaz ve ark. (1997) Bozcaada, Çanakkale, İzmir, Manisa ve Nevşehir yöresindeki bağ sahalarında yapmış oldukları surveylerde, GLRaV’nin 1, 3 ve 7tiplerinin olduğunu ortaya koymuşlardır. Güneydoğu Anadolu bölgesinde bağ alanlarında yapılan çalışmada da ELISA yöntemi ve biyolojik indeksleme sonucunda GFLV, GLRaV, ArMV ve GFkV virüsünü tespit etmişlerdir (Özaslan ve Yılmaz,1994).Akbaş ve ark. (2007 ve 2009), İç Anadolu bölgesinde asmalarda en sık karşılaşılan virüsü GLRaV-1 olduğunu, bunu GLRaV-3, 7 ve 2’nin izlediğini belirtmişlerdir. Trakya bölgesinde de asma yaprak kıvrılma virüslerinden GLRaV-1 ve GLRaV-3 en yaygın olarak saptanmıştır (Köklü ve Baloğlu, 2000). Bu çalışmadan ve konu ile ilgili yapılan diğer çalışmalardan da görüldüğü gibi, bölgemizde, kısa boğum, bulaşık soysuzlaşma ya da yelpaze yapraklılık olarak adlandırılan GFLV, yaprak kıvrılma hastalıklarından GLRaV 1 ve 3’ün yaygın ve önemli olduğu görülmektedir.

Çizelge 5. 2009-2010 yıllarında Çanakkale ve Denizli illeri ve ilçelerinden alınan örnek sayıları ve DAS-ELISA testi sonucu asma örneklerinde saptanan virüslerin dağılımı

İlkbahar Sonbahar Virüslü örnek sayısı Virüslü örnek sayısı

İl

İlçe

Top

lam

GF

LV

ToR

SV

ArM

V

TB

RV

SL

RS

V

Rp

RS

V

GF

kV

TR

SV

GV

A

CL

RV

GF

LV

+ G

Fk

V

GF

LV

+A

rMV

Vir

üs

sap

tan

may

an ö

rnek

sayısı

Top

lam

GL

RaV

1

GL

RaV

2

GL

RaV

3

GL

RaV

4-9

GL

RaV

5

GL

RaV

6

GL

RaV

7

1+3

2+3

1+2+

3

Vir

üs

sap

tan

may

an ö

rnek

sayısı

Çal

5 3 - - - - - 1 - - - - - 1 5 - - - - - - - - - - 5

Kınık

lı

4 2 - - - - - 2 - - - - - - 6 - - - - - - - - - - 6

DE

NİZ

Lİ

Sar

aykö

y

10 5 - - - - - - - - - - - 5 15 - - 3 - - - - - - - 12

Toplam 19 10 - - - - - 3 - - - - - 6 26 - - 3 - - - - - - - 23

ÇA

NA

KK

AL

E

Mer

kez

22 4 - - - - - 4 - - - - - 14 25 - - 5 - - - - - - 20

MolekülerTestlerden Elde Edilen Bulgular

İzmir ve Manisa illerinden toplanan ve DAS-ELISA testi sonucunda GFLV ile enfekteli bulunan asma bitki örneklerinden, PCR çalışmaları sonucunda 321 baz çifti büyüklüğünde DNA bantları elde edilmiştir. GLRaV-3 ile enfekteli asma bitki örneklerinden ise 546 baz çifti büyüklüğünde bantlar görüntülenmiştir(Şekil 3).


54

Şekil 3. GLRaV-3 ve GFLV için uygulanmış olan RT-PCR testi sonucunun jel görüntüleme sisteminde çekilmiş fotoğrafı.

PCR çalışmaları sonucunda, GLRaV-2 ile enfekteli asma bitki örneklerinde 332 baz çifti, GLRaV-1 ile

enfekteli asma bitki örneklerinden 401 baz çifti büyüklüklerinde DNA bantları elde edilmiştir (Şekil 4,5).

Şekil 4. GLRaV-2 için uygulanmış olan RT-PCR testi sonucunun jel görüntüleme sisteminde çekilmiş fotografı

Şekil 5. GLRaV-1 için uygulanmış olan RT-PCR testi sonucunun jel görüntüleme sisteminde çekilmiş fotografı

PCR analizleri ile, GFkV ile enfekteli asma bitki örneklerinden 262 baz çifti büyüklüğünde DNA bantları elde edilmiştir (Şekil 6).

DAS-ELISA testinde GLRaV 4-9 antiserumu ile pozitif reaksiyon veren asma bitki örneklerine GLRaV-4 ve GLRaV-9’a ait primerler kullanılarak PCR analizleri yapılmıştır. PCR çalışmaları sonucunda, asma bitki örneklerinde GLRaV-4 için 204 baz çifti büyüklüğünde DNA bantları elde edilmiştir (Şekil 7). GLRaV-9 primerleri ile yapılan PCR analizlerinde ise bant elde edilmemiştir.


55

Şekil 6. GFkV için uygulanmış olan RT-PCR testi sonucunun jel

görüntüleme sisteminde çekilmiş fotografı Şekil 7. GLRaV-4 için uygulanmış olan RT-PCR testi sonucunun jel

görüntüleme sisteminde çekilmiş fotografı

Asma virüslerinin tanılanmasında biyolojik indeksleme, serolojik testler (DAS-ELISA), dsRNA, RT-PCR, nested PCR ve Real Time PCR yöntemleri kullanılmaktadır (Gugerli et al. 1984, Rowhani 1992, Habili et al. 1992, Boscia et al. 1997, Acheche,et al., 1999, Digiaro et al. 2000, Rowhani et al.,2000, Dovas and Katis 2003, Maliogka et al. 2008). Bu çalışmada asma virüslerinin teşhisinde DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri kullanılmıştır. Analiz sonuçlarına göre, testlenen örneklerde DAS-ELISA testleri ve RT-PCR sonuçları birlikte değerlendirildiğinde, sonuçların birbirleri ile paralel olduğu görülmektedir. Bu çalışmada da Buzkan ve Walker (2001)’in bildirdiği gibi, viral RNA’yı elde etmede kullanılan silika yöntemi etkili bulunmuş, virüsün bitki dokusunda düşük konsantrasyonda olması ve düzensiz dağılmasına rağmen yüksek kalitede RNA elde edilmiştir.

PCR çalışmalarında, GFLV Rowhani et al (1993), Buzkan ve Walker (2001); GLRaV-3 Turturo et al (2005); GLRaV-1 ve 2 Martin et al (2005); GFkV, Matus et al. (2008) ve GLRaV-4 Maliogka et al. (2008)’un önerdiği primerler kullanılarak RT-PCR yöntemi uygulanmış ve aynı sonuçlar elde edilmiştir.


Acheche, H., Fattouch, S., M’hırsı, S., Marzoukı, N., And Marrakchı, M., (1999). Use of Optimised PCR Methods for the Detection of GLRaV 3: A Closterovirus Associated with Grapevine Leafroll in Tunusian Grapevine Plants. Plant Molecular Biology Reporter 17:31-42.

Akbaş, B.,Erdiller, G. 1993. Researches on Grapevine Virus Diaseases and Determination of Their İncidences in Ankara. The Journal of Turkish Phytopathology, 22 (2-3): 55-64.

Akbaş, B., Kunter, B., İlhan, D. 2007. Occurence and Distribution of Grapevine Leafroll Associated Viruses 1,2,3, and 7 in Turkey. J. Phytopathol. 155:122-124.

Akbaş, B., Kunter, B., İlhan, D. 2009. Influence of Leafroll on Local Grapevine Cultivars in Agroecological Conditions of Central Anatolia Region. Horticultural Science, 97-104.

Alknownı, R. Rowhanı, A., Daubert, S., Golıno, D. 2004. Partial Characterization of a New Ampelovirus Associated with Grapevine leafroll Disease. J. Plant Pathology. 86, 123-133.

Azeri, T., 1983. Ülkemiz Bağcılığında Virus Sorunu ve Virussuz Bağ Üretim Programı. Bornova Zir. Müc. Araş. Enst. Md.lüğü, Yıllık, 1 (1) : 61-69.

Azeri, T., Çiçek, Y. 1995. Introdüksiyon ve Klon Seleksiyonuyla Elde Edilmiş Bazı Bağ Çeşitleri ve Anaçlarındaki Virus ve Virus Benzeri Hastalıkların Saptanmasına Yönelik Araştırmalar. VII. Türkiye Fitopatoloji Kongresi, Bildiriler, s.374-377, Adana.


56

Bora,T. Ve Karaca,İ., 1970. Kültür Bitkilerinde Hastalığın ve Zararın Ölçülmesi. E.Ü. Ziraat Fakültesi Yardımcı Ders Kitabı, Yayın No:167, pp:43

Boscia, D. Minafra, A., Martelli, G.P. (1997). Filamentous Viruses of Woody Plants, ed: Monette, 19-28.

Bovey, R., 1965. Indentification of Viruses in Clonally Propagated Plants Having One or More Viruses. Proc. Conf. On Virus And Vector On Perennial Hosts With Special Reference to Vitis, 223-227.

Buzkan, N., Walker M.A. (2001). İnfekteli Asmalarda Asma Kısa Boğum Virüsünün (GFLV) Güvenilir Teşhisi İçin RNA Ekstraksiyon Yöntemlerinin Kıyaslanması, Türkiye IX. Fitopatoloji Kongresi, 3-8 Eylül 2001, Tekirdağ, 496-505.

Buzkan, N.,Karadağ, S. Öztekin, V., Kaya, A., Mınafra, A., Ben-Dov, Y. 2010. First Report of the Occurence of Grapevine Leafroll Associated Virus-5 in Turkish Vineyards. J. Phytopathol. 158: 448-449

Clark, M.F. And Adams, A.N., 1977. Characteristics of the Microplate Method of Enzyme-Linked Immunosorbent Assay For the Detection of Plant Viruses. J. Gen. Virol. 34, 475-483.

Çağlayan, K., Gazel, M. H. 1998. Asma Virüslerinin Saptanmasında F (Ab’) 2 Antibadi Fragmentlerinin Kullanımı. Türkiye VIII. Fitopatoloji Kongresi, 21-25 Eylül, Ankara. 158-161

Çığşar, İ. 2002. Güneydoğu Anadolu Bölgesi ve Nevşehir İllerinde Bağlarda Zararlı Virüs ve Virüs Benzeri Hastalıklarının Biyolojik ve Serolojik Yöntemlerle Saptanması ve İki Nepovirüsün Karakterizasyonu. Ç.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü. Doktora Tezi. Pp:111.

Dıgıaro, M., Martellı, G.P., Savıno, V. (2000). Phloem-limited Viruses of the Grapevine in the Mediterranean and Near East. Extended Abstracts 13 th ICGV, Adelaide, 75-76.

Dovas, C.I., Katıs,N.I.(2003). A Spot Multiplex Nested RT-PCR fort he Simultaneous and Generic Detection of Viruses Involved in the Aetiology of Grapevine Leafroll and Rugose Wood of Grapevine. Journal of Virological, 109, 217-226.

Engelbrecht, D.J., 1980. Application of the Enzyme-Linked Immunosorbent Assay Procedure to the Detection of Grapevine Fanleaf Virus. S. Afr. J. Enol. Viticult. 1, 103-106.

Erdiller, G., 1982. Kısaboğum Hastalığı Etmeni (Grapevine Fan Leaf Virus Hewitt)’Nin Morfolojik, Serolojik Özellikleri ve Standart Irklarla Karşılaştırılması Üzerinde Araştırmalar. Ankara Üniv. Zir. Fak. Yayınları: 834, Pp 58.

Erkan, S., Gümüş, M., Yorgancı, Ü Ve Yoltaş, T, 1994. Sanayi domatesi tohum örneklerinde domates mozaik virüsü ve bakteriyel kanser etmenlerinin bulunma durumunun saptanması üzerinde araştırmalar. Sanayi domatesi Üretimini Geliştirme Projesi Çalışma Raporu. İzmir. pp: 47.

Foissac, X., Svanella-Dumas , L., Gentit, P., Dulucq, M.J., Candresse, T., 2001. Polyvalent Detection of Fruit Tree Tricho, Capillo And Foveaviruses By Nested RT_PCR Using Degenerated and İnosine Containing Primers (PDO RT-PCR). 18th International Symposium Virus and Viruslike Diaseases of Fruit Trees, July 9-15 2000, Canterbury, 48.

Gonsalves, D., 1979. Detection of Tomato Ringspot Virus İn Grapevines: A Comparison Of Chenopodium Quinoa And Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (Elısa). Plant Disease Rep. 63, 962-965.

Gugerlı, P. Brugger J.J Nad Bovey R., (1984). L’enroulement De La Vigne; Mise En Evidence De Particules Virales Et Development D’une Methode İmmuno-Enziymatique Pour Le Diagnostic Rapide. Revue Suisse Vitic. Arboric. Hortic. Vol. 16 (5): 299-304.

Gürsoy, Y.Z. (1991) . Asma Yaprak Kıvrılma Virusu (Grapevine Leafroll Virus Tip I Ve Iıı)’Nun Bazı Üzüm Çeşitlerinde Elısa İle Saptanması. Vı. Türkiye Fitapatoloji Kongresi 7-11 Ekim 1991, İzmir, 397-400.

Gürsoy, Y.Z., Yorgancı, Ü., Erkan, S. 1988. Horozköy Ve Çevresindeki Bağlarda Görülen Virüs Hastalıkları Üzerinde Ön Çalışmalar. Iıı. Bağcılık Ve Şarapçılık Sempozyumu, Bildiri Özetleri, 1988, Bursa.

Habılı, N., Krake, L.R., Barlas, M., Rezaıan, M.A., (1992). Evaluation of Biological Indexing dsRNA Analysis in Grapevine Virus Elemination. Annals Applied Biology 121, 277-281.


57

Hewıtt, W.B., Gıfford, E. M., 1956. Symptoms For Identifying Fanleaf İn Dormant Grapevines. The Bulletin Deparment Of Agriculture State Of California, Vol Xlv, Number 3.

Kepsutlu, İ., Özekmekçi, E., Özek, B. Ve Uğur, A.,1962. Ege Bağcılığında Bulaşık Soysuzlaşma (Kısaboğum) Üzerinde Çalışmalar. Tarım Bakanlığı Mesleki Kitaplar Serisi D/35.

Köklü, G., Baloğlu, S. 2000. Determination Of Incidence Of Grapevine Leafroll Associated Viruses İn Some Grapevine Varieties Grown İn Thrace Region. The Journal Of Turkish Phytopathology 29 (2-3), 85-94.

Malıogka, V.I., Dovas, C.I., Katıs, N.I., 2008. Generic And Species-Specific Detection Of Viruses Belonging To An Evolutionary Distint Lineage Within The Ampelovirus Genus. Journal Of Virological Methods 154, 41-47.

Martin, R.R., Eastwell, K.C., Wagner,A., Lamprecht,S., I. E. Tzanetakis, 2005.Survey For Viruses Of Grapevine İn Oregon And Washington. Plant Disease Vol:89 No:7,763-766.

Matus, J.T., Vega,A., Loyola, R., Serrano,C., Cabrera, S. Arce-Johnson P. 2008. Phytoplasma And Virus Detection İn Commercial Plantings Of Vitis Vinifera Cv. Merlot Exhibiting Premature Berry Dehydration. Electronic Journal Of Biotechnology, Vol: 11, No.5

Özaslan, M., Yılmaz, M.A., (1994). Virus Diseases Of Grapevine İn Southeastern Anatolian Region İn Türkiye. 9 Th. Congress Of The Mediterranean Phytopathological Union, Kuşadası-Aydın, Türkiye,Pp.425-427.

Ramsdell, D.C., Andrews, R.W., Gillet, J.W., Morris, C.E., 1979. A Comparison Between Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (Elısa) And Chenopodium Quinoa For Detection Of Peach Rosette Mosaic Virus İn ‘’Concord’’grapevines. Plant Disease Rep. 63. 74-78.

Rowhani, A. (1992). Use of F(ab’)2 Antibody Fragment in ELISA For Detection of Grapevine Viruses. Am. J. Enol. Vitic. 43: 38-40.

Rowhani, A., Chay,C., Golino, D.A., Folk, B.W., 1993. Development Of A Polymerase Chain Reaction Technique For The Detection Of Grapevine Fanleaf Virus İn Grapevine Tissue. Phytopathology 83 (7), 749-753.

Rowhani, Bıardı, L., Jonson, R., Saldarellı, P., Zhang, Y.P., Chın, J., Gren, M. (2000). Simplified Sample Preparation Method and one-tube RT-PCR for Grapevine Viruses. Extended Abstracts 13th Meeting of ICVG, Adelaide, Australia. P 148.

Shanmugathan, N., Fletcher, G., 1982. Enzyme-Linked Immunosorbent Assay To Detect Fanleaf Virus In Grapevines Grown In Containers. Plant Disease, 66, 704-707.

Tekinel, N., Dolar, M. S., Nas, Z., Bilgin, N., Salih, H., Salcan, Y., 1972. Akdeniz Bölgesi Bağlarında Bulaşık Soysuzlaşma (Fanleaf)’Nın Araştırılması. Bitki Koruma Bülteni, 11: (4) 225-246.

Turturo C., Pasquale S., Dong Y., Michele D.,Angelantonio M., Vito S., Martelli G.P., 2005.Genetic Variability And Population Structure Ofgrapevine Leafroll-Associated Virus 3 Isolates. Journal Of General Virology, 86, 217-224.

TÜİK, 2010. Türkiye İstatistik Kurumu. http://www.tuik.gov.tr. (Erişim Tarihi: 01 Temmuz 2012).

Yılmaz, M.A., Yurtmen, M.İ Çiğsar, İ., Özaslan, M., 1997. A Survey Of Grapevine Viruses İn Turkey. 12 Th Meeting Of The Icvg. Extended Abstracts, Lisbon, Portugal, 113.


58

Documents

THE JOURNAL OF TURKISH PHYTOPATHOLOGY · THE JOURNAL OF TURKISH PHYTOPATHOLOGY SCIENTIFIC REVIEW BOARD The Editor-in-Chief and Editorial Boards of The Journal of Turkish Phytopathology