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RIKEN Center for Life Science Technologies
The FANTOM web resourceShuhei Noguchi1), Marina Lizio1), Imad Abugessaisa1), Jessica Severin1), Takeya Kasukawa1), Hideya Kawaji1,2,3)
1) RIKEN CLST 2) RIKEN PMI 3) RIKEN ACCC
AcknowledgeFANTOM5 was made possible by a Research Grant for RIKEN Omics Science Center from MEXT and a Grant of the Innovative Cell Biology by Innovative Technology (Cell Innovation Program) from the MEXT.
This study is also supported by Research Grants from MEXT through RIKEN Preventive Medicine and Diagnosis Innovation Program and RIKEN Centre for Life Science, Division of Genomic Technologies.
We would also like to thank all members of the FANTOM5 consortium for contributing to generation of samples and analysis of the data-set and thank GeNAS for data production
Resources in FANTOM5
SSTAR - semantic representation
of the FANTOM5 resources
ZENBU - dynamic visualization
of the FANTOM5 resources
biolayout - 3-D dynamic visualization
of expression states
TET - easy-to-use interface to
download subsets of
the FANTOM5 expression data
Biomart interface for retrieving data
sets in resources of FANTOM5
Track hub interface for overlaying
FANTOM5 resources
in UCSC genome browser
FANTOM5 web resources for data browsing
FANTOM5 web resources for data downloading
FANTOM web portal (http://fantom.gsc.riken.jp/)
http://www.biolayout.org/
http://www.biomart.org/
Organization of FANTOM5 web resources
Interactivenavigation
Reference toanalyzed data
Data retrieval
TSS activitiesTSS
coordinationSample
informationCo-expressed
clustersDNA motif
ZENBU
UCSC datahub
SSTAR
BioLayoutExpress3D
TET BioMart
File explorer
FANTOM CAT Browser
FANTOM5 miRNA atlas
http://fantom.gsc.riken.jp/cat/v1http://fantom.gsc.riken.jp/5/suppl/De_Rie_et_
al_2017/vis_viewer/
FANTOM CAT browser FANTOM5 miRNA atlas
• 約3,000サンプルから得たトランスクリプトーム– ~180種以上のヒト細胞を含む。
– 単一手法・プロジェクトでの解析としては世界最大規模
• 一塩基解像度での転写開始活性 (CAGE)
• ヒトゲノム機能領域の「アトラス」
http://www.nature.com/collections/fantom5
プロモーター (20万個) Nature 507:462–470 (2014), Science 347:1010-1014 (2015)
エンハンサー (6.5万個)Nature 507:455–461 (2014), Science 347:1010-1014 (2015)
非コードRNA (2.9万個)Nature 543:199–204 (2017)
miRNA (6千個)Nature Biotech 35:872-878 (2017)
Genome Biol. 16:22 (2015); Nucleic Acids Res. 45: D737-D743 (2017)
ゲノムDNA
遺伝子
エンハンサー
プロモーター非コードRNA
FANTOM5 collections
哺乳類ゲノムの機能アノテーションを目的とした国際共同研究FANTOM (Functional ANnoTation Of Mammalian Genome) プロジェクトの第五回目であるFANTOM5では、ヒトやマウスなどの様々な初代培養細胞や臓器、細胞株、時系列サンプルより構成される約3000サンプルを対象に、転写開始の頻度を一塩基単位でゲノムワイドに測定した。本測定データを元に、ヒトゲノムの機能領域として重要な役割を果たすプロモーター、エンハンサー、そして非コードRNAのアトラス(地図)を作成した。これまでに知られていなかった機能領域を多数含むのみならず、各細胞における機能領域の活性情報が網羅的に付加されているこれらアトラスは、ゲノム科学に留まらず細胞生物学や臨床研究においても活用が期待される。得られたデータや解析結果については、オントロジーを用い体系的に整理されたサンプル情報と共に、データアーカイブそして複数のデータベースに格納され、多様な側面からの利用に供されている。
Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス
(c)2017 野口修平(理研CLST)