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The evolutionary history of plasmodium vivax from mitochondrial genomes

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Apesar dos progressos para o controle da malária, ainda existem muitos casos da doença .

Atualmente, 2,6 bilhões de pessoas estão emrisco de infecção,

Havendo cerca de 200 milhões de pessoasinfectadas a cada ano

Dos 5 parasitas causadores de maláriahumana, Plasmodium vivax é responsável pela

maior morbilidade na áfrica.

Este parasita resurgiu em muitas regiões do mundo onde a malária foi eliminada nas

décadas de 1950 e 1960.

A chamada “Malária terciária benigna” não é inofensíva, novas evidências sugerem que as

agravações da malária podem ser maiscomuns do que imaginava-se.

Apresentando manifestações graves como: anemias, trombocitopenia e baixo peso

neonatal.

Dadas as limitações das ferramentas de avaliação para pesquisa e controle, existemfalhas que podem atrasar a eliminação da

malária.

Uma dessas falhas é a pouca informaçãosobre a história demográfica e estrutural das

populações de P. vivax.

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Pela análise Bayesiana horizonte da amostra de genomas mitocondriais sugere que o

crescimento global de P. vivax população começou a acelerar cerca de 60 ka (milhares de

anos),prazo que é consistente com a história demográfica das populações humanas.

As populações mais evidentes P. vivax são encontrados na euro-asiáticas contemporâneas

ou derivado, que se acredita ter se expandido mais rapidamente do que as populações

africanas após a sua divisão ( Gravel et al. 2.011 ).

Pela análise do horizonte feito em várias amostras regionais, incluindo as do Sul da

Ásia, Sudeste da Ásia, a América do Sul, aponta um crescimento rápido da população em

cada uma das populações ancestrais que correspondem à cerca de 60-70 ka.

As populações de parasitas encontradas nessas três regiões derivam em grande parte da

mesma população ancestral existente há dezenas de milhares de anos.

Dependendo da escolha dos marcadores, os estudos de variação genética em populações

de P. vivax nas Américas chegaram a conclusões diferentes.

As pesquisas de genomas mitocondriais relataram uma variação limitada de acordo com a recente

introdução do parasita no Novo Mundo (Cornejo e Escalante 2005; Mu et al, 2005 ; Culleton et

al 2011 ).

Foram feitos dois estudos recentes do genoma nuclear de P. vivax e descobriram que o genoma

amostrado nas Américas é divergente dos outros amostrados em outros continentes ( Chan et al

2012. ; . Neafsey et al 2012 ).

Essa diferença pode ser tanto na amostragem e nas características biológicas como taxa de

mutação e seleção.

Através da análise de genomas mitocondriais de vários continentes, mostraram que as populações

da América do Sul de P. vivax têm:

- maior diversidade mitocondrial;

- maior número de haplótipos identificados;

- maior a diversidade de nucleótidos;

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• Apesar das limitações do genoma mitocondrial, este estudo revela padrões nas Américas

que devem ser considerados em investigações genômicas de populações.

• Os estudos demográficos com base em genomas mitocondriais ou em microssatelites

podem ser usados para projetar pesquisas mais eficientes da variação do genoma

P. vivax ( Carlton et al. 2.013 ).

• O presente estudo tem documentado altos níveis de variação mitocondrial nas Américas e

a presença de múltiplas linhagens divergentes, acreditamos que estudos genômicos da

população mundial de P. vivax deve incluir a diversidade de vários amostras isolados em

todos os continentes.

• Esses dados vão ajudar a resolver o quadro sobre a origem do P. vivax nas Américas e vai

levar a uma melhor compreensão dos processos históricos por que este parasita colonizaram

grande parte do planeta.

As populações americanas de P. vivax abriga inúmeros haplótipos privados, alguns dos

quais podem ter diversificadas in situ, é melhor explicada por dois modelos alternativos.

- 1° modelo apresenta uma introdução pré-colombiana, com os seres humanos, entre

15 e 30 ka, transportando um grupo de parasitas originários Beríngia.

- 2° modelo consiste em dados baseados em apresentações pós-europeu

possivelmente envolvendo múltiplas populações fontes de P. vivax , incluindo a

população européia extinta de P. vivax.

Um cenário semelhante é proposto por Culleton et al. (2011) sugere que ambas as

populações européias e asiáticas de P. vivax foram derivadas de uma antiga população

Africana de parasitos levados à extinção pela disseminação de negatividade Duffy no

hospedeiro humano.

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AMOSTRAS

• Amostras de sangue foram coletados em ácido etilenoaminotetracético de vários países da América Latina ( Colômbia, Peru, Venezuela e Brasil), Madagascar, Turquia, Camboja e Paquistão entre 2003 e 2007.

• O DNA foi extraído usando o QIamp® DNA blood mini Kit.

• Cerca de 5.800 bp de 6KB do genoma mitocondrial (mtDNA) do parasita, foram amplificados utilizando oligos com a TaqTMPolimerase

Foward 5’ GAG GAT TCT CTC ACA CTT CAA TTC AAT TCG TAC TTC 3’

Reverse 5’ CAG GAA AAT WAT AGA CCG AAC CTT GGA CTC 3’

• As condições de PCR foram desnaturação parcial a 94ºC em ciclos de 1 min, 30ºC a 94º C por 30s , 68ºC por 7 minutos e com extensão final a 72ºC durante 10min. Amostras foram clonadas e sequenciadas diretamente

• As reações de PCR, ambas as cadeias dos insertos clonados foram sequenciados utilizando prímers internos com pelo menos 100pb

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Estimativas de diversidade

• Arlequim v3.5 foi utilizado para estimar os níveis globais, regionais e nacionais de diversidade de nucleotídeos e de haplótipos (gene) do genoma mitocondrial de P. vivax e para a realização de Tajima e testes de neutralidade de Fu’s (estes dois testes comparam diferentes estimativas da taxa de mutação em escala com base na diversidade de nucleotídeos e alelos e pode ser usado para detectar infrações de equilíbrio, mutação e deriva causada por seleção ou alterando o tamanho da população).

• Também foi usado Arlequim para estimar o índice de fixação (FST) e a média do número de nucleotídeos diferentes entre cada par de regiões e estes foram testados utilizando testes de permutação unilaterais com 1000 simulações.

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Análises Filogeográficas

• A dinâmica espacial de P. vivax mtDNA das linhagens foram estudadas utilizando o modelo desenvolvido por filogeográfico sLemey et ai. (2009) e implementado em * BEAST .

• Não só estima a magnitude de taxa de migração entre cada par de populações , mas também a probabilidade posterior Pinc que a taxa é diferente de zero .

Note-se que quanto mais próximo a probabilidade Pinc é de 1, mais forte é a evidência de

migração entre aquele par de populações.

Foram feitas duas análises usando duas diferentes subdivisões da área geográfica de P. vivax :

Primeira análise, subdivide o intervalo em nove regiões descrito na seção de estimativas de diversidade ( leste da Ásia, Sul da Ásia, Sudeste da Ásia, Melanésia , Madagascar , África, o Oriente Médio, América Central e América do Sul),

Segunda análise foi subdividida em faixas de 18 regiões em sua maioria correspondentes a cada país (Colômbia , Venezuela, Brasil , Peru, Indonésia , Camboja, Vietna, China , Tailândia, Myanmar, Coréia, Paquistao, Índia e Madagascar ), exceto para quatro regiões transnacionais (América Central , Melanésia , África Sub -Saariana e Oriente Médio ), que incluiu sequencias de países com tamanhos de amostra muito pequena.

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http://fpslivroaberto.blogspot.com.br/2010/01/parasitas-plasmodium-spp-e-malaria.htmlhttp://www.paho.org/bra/index.php?option=com_content&view=article&id=2744&Itemid=1http://www.sciencealert.com.au/news/20132503-24190.htmlhttp://g1.globo.com/bemestar/noticia/2013/10/primeira-vacina-contra-malaria-pode-entrar-no-mercado-partir-de-2014.htmlhttp://www.ads-ngo.com/2011/03/17/malaria-multiplies-deaths-red-cross/http://www.photomacrography.net/forum/viewtopic.php?p=70487&sid=033c88db505cdf8336cfb62b0be62172http://kids.britannica.com/comptons/art-15787/Anopheles-mosquito-carrier-of-the-malarial-parasite