PUBMED

INTRODUZIONE

a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino ‘Carlo Bo ’

Pubmed: che cosa è?

Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la NLM (National library of medicine’s)

La NLM è la biblioteca affiliata all’NIH (National Institute of Health ) punto di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti.

E’ la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello mondiale

un po’ di storia

1879: INDEX MEDICUS 1964: NASCE IL MEDLARS (Medical

literature Analysis and retrieval system) 1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE 1980 Riversamento in CD-ROM 1997: DAL MEDLINE AL PUBMED

MEDLARS

Attualmente è composto da 40 banche dati.

Ricordiamo: Pubmed Toxnet: base di dati di tossicologia che

permette di interrogare gli archivi CCRIS, DART,IRIS, GENETOX …

Cancernet: b.d. per l’oncologia con gli archivi CANCERLIT (bibliografico) e PDQ (protocolli di trattamento)

Pubmed: Cosa contiene? 4 database MEDLINE :

citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale;

OLDMEDLINE: con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH

PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento giornaliero

PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente

dall’editore. Non ancora pubblicate in cartaceo

Medline: Un po’ di numeri: circa 17 milioni di citazioni di articoli

scientifici di ambito biomedico o scienze affini (dalle 500 alle 3000 ogni giorno)

Copre circa il 25 % dell’intera produzione mondiale di riviste biomediche (4800 riviste)

Le riviste provengono per il 40% dall’area statunitense e l’88% degli articoli è in lingua inglese

Gli abstract sono presenti nel 76 % degli articoli

il testo pieno non è previsto a meno che non si trovino articoli disponibili gratuitamente online. Questi sono raggiungibili grazie al sistema di linking ed al software ENTREZ

PUBMED e non solo : il sistema ENTREZ ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze

Database System) sviluppato dal NCBI. Sistema che integra la banca dati

Pubmed con archivi sulla biologia molecolare

permette, in un insieme integrato, di ricercare sequenze molecolari e informazioni bibliografiche

Accesso agli archivi disponibili

NUCLEOTIDE: sequenze di DNAPROTEIN: sequenze di proteineGENOME: dati su genoma STRUCTURE : strutture a 3DTAXONOMYOMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini geneticiPMC (Pubmed central)

PUBMED http://pubmed.gov

II. LA RICERCA

http://pubmed.gov

Maschera per ricercare

Per raffinare la ricerca

Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili

La Citazione bibliografica:

autoreTitolo articolo

Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine

n. Identificativo del premedline

I record bibliografici:

Base dati è una collezione di dati organizzati in record

Ogni record è una citazione bibliografica

Record è un insieme di campi Campo è un singolo specifico dato Ogni campo è contraddistinto da

etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate

TAG PRINCIPALI utili nella ricerca(elenco completo nell’help) [AU] campo autore

[TI] campo titolo

[TA] nome della rivista

[LA] lingua di pubblicazione dell’articolo

[MH] Mesh terms (soggetti)

[DP] data di pubblicazione(A/M/G)

[EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G)

[AB] abstract

Funzioni di ricerca comuni a tutte le basi dati Stopwords (articoli, congiunzioni…):

trascrizione superflua

Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in comune

Operatori booleani: AND, OR, NOT n.b. trascriverli in maiuscolo

Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità

Tipologie di ricerca: semplice o complessa

RICERCA SEMPLICE

Per cercare gli articoli più recenti Quando si ha un solo termine di ricerca Per cercare gli articoli di un autore Per cercare gli articoli con il titolo di un

periodico

Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2)

1. RICERCA LIBERA

la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che vengono così ricercati in tutti i campi.

N.B.: Utile usare la funzione Limits (filtri) per delimitare la ricerca

Ricerca libera

2. RICERCA PER CAMPI

Serve a limitare i risultati di una ricerca con termine non qualificato che ha dato troppi risultati

Come limitare ? Termine [TAG del campo]

Esempi di ricerca per campi

CellCell [AU]Cell [TA]Cell [TI]

Come si ricerca un autore:

Cognome + iniziale/i nome (es Veronesi U)

oppureCognome [AU]

RICERCA COMPLESSA:

Quando: si utilizza più di un concetto e bisogna

combinare più termini o più ricerche

si vogliono usare voci di soggetto (MESH)

Ricerca complessa con più termini

Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo):

AND (intersezione) per recuperare documenti che contengono entrambi i termini inseriti in ricerca

OR (unione) per recuperare documenti che contengono almeno uno dei due termini

NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo termine di ricerca escludendo l’altro

Ricerca per frase

Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw]

Automaticamente trova le frasi da una lista preordinata

Esempio:- Breast tumours =

così trova i casi di tumore – non necessariamente al seno - and ghiandola mammaria (145593)

- “breast tumours” = tumori al seno (1347)

Ricerca con parentesi: ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca

Ricerca per soggetto: i MESH Tesauro MeSH (Medical Subject Headings)dizionario di termini controllati usati per sintetizzare i soggetti del documento e descrivere il contenuto informativo dell’articolo

Vantaggi: Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o

voci affini Precisione nella ricerca

Svantaggi: Non si trovano record premedline e publisher

supplied (i più recenti!)

I Mesh Per ogni articolo vengono assegnati uno

o più intestazioni (max=15)

Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni mesh

Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di visualizzazione Medline

Ricerca con il TAG Mesh: risultati 0

Il Mesh database = Archivio dei soggetti

Vantaggi del Mesh Database

Controllo del termine immesso:

se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni

Visualizzazione:dei sinonimi (entry terms), della struttura ad albero delle sottointestazioni

Automatic explosion, No expl

Argomento principale (Major Topic)

Esempio di ricerca con il mesh database

Definizione del concetto

Mesh database: Struttura ad albero

Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione

visualizza come viene

interpretata la strategia di ricerca da pubmed

Si possono inserire altri

termini liberi o intestazioni

usando AND,OR,NOT

Altre funzioni utili nella ricerca:

A. La barra degli strumenti

1. Limits2. Preview/Index3. History4. Clipboard5. Details

3. History (archivio delle ricerche) Pubmed conserva le strategia di ricerca

e i risultati numerandole e ponendole nell’ordine in cui sono state eseguite

Si possono combinare le ricerche eseguite usando gli operatori booleani (si deve riportare il simbolo cancelletto)

Accetta un massimo di 100 ricerche

Le ricerche vanno perse dopo un’ora

2. Preview/index(no premedline, né publisher supplied )

Permette di vedere e selezionare i soggetti presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal termine in esame

fra parentesi accanto c’è l’indicazione del numero dei record

Altre funzioni:B. La barra a sinistra PUBMED TUTORIAL

(guida ufficiale interattiva) PUBMED help

(strutturato a capitoli come un libro)

1. SINGLE CITATION MATCHER2. CLINICAL QUERIES ( per articoli che si

riferiscono alla ricerca clinica)3. JOURNAL DATABASE

1. Single citation matcher utile per rintracciare rapidamente

una citazione

si conoscono già alcuni dati del riferimento, ma la citazione è incompleta o sbagliata

utile anche per trovare gli indici della rivista indicando la rivista e l’anno

3. JOURNAL DATABASE

Permette di selezionare un periodico tramite il titolo (anche abbreviato), ISSN.

Serve per cercare citazioni tratte da quel periodico

PUBMED http://pubmed.gov

III. I RISULTATI DELLA RICERCA

IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI

I risultati

Quadro sintetico ma esauriente dello stato della ricerca in

determinati settori

Visualizzazione dei risultati

Risultati Lista in ordine cronologico inverso (dal più

recente al meno recente) Per visualizzarne uno cliccare sugli autori Per visualizzarne più di uno: spuntare le

citazioni e cliccare su display dopo aver scelto il formato

Il formato automatico è il summary Altri formati:Brief (con primo autore parte del titolo e pmid)Abstract con ‘abstract ma non i meshCitation con abstract più meshMedline: con tutti i campi

PUBMED: dalla citazione al full-text(A sinistra di ogni citazione)

Foglio vuoto: citazione priva di abstractFoglio scritto: citazione con abstractFoglio evidenziato in arancio e verde: citazione con fulltext disponibile in nell’archivio pubmed centralFoglio evidenziato in verde: citazione con link al sito dell’editore che offre gratuitamente il full text

Pubmed: i servizi

Related articlespermette di cercare articoli su argomenti simili, in ordine di somiglianza

Links: si può accedere a books (libri attinenti), link out (ulteriori risorse online), composti e altro. Variano per ogni citazione

Link out: esempio

Selezionando la citazione:Links al full text dell’editore e del

PMC

= related articles

IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI

TEMPORANEA: Clipboard = blocco appunti

max 500 citazioni selezionatesi svuota dopo 8 ore di inattività

PERMANENTE:Send to file = salva fino a 10000 record alla volta in formato .txt o .html

Per salvare

Per stampare

Anteprima di stampa (selezionando send to print)

Per Stampare

Selezionare send to print

Oppure

Selezionare formato con abstract per le citazioni che interessano e selezionare il file stampa del browser

Per salvare una strategia di ricerca: MyNcbi Utile per strategie che hanno dato

ottimi risultati Occorre registrarsi (gratuita) Salva fino a 100 ricerche Permette aggiornamenti:

servizio che ripete periodicamente le ricerche e invia i risultati alla mail data in fase di registrazione

TOXNET:l’informazione tossicologica

http://toxnet.nlm.nih.gov

TOXNET: archivi contenutiBase dati Produttore Contenuto

CCRIS Chem. Carc. Res Inform sys

NCINational Cancer Inst

8000 record chimici con risultati di test di carcinogeneticità e mutagenicità

CHEMID PLUS NLM 367000 schede di sostanze chimiche

DART/ETICDevelop. Reproductive toxic / Environ. Terat. Inform center

NLM > 100000 citazioni bibliografiche relative alla tossicologia dello sviluppo e della riproduzione

TOXLINE NLM + di 3 milioni di citazioni bibliografiche a carattere tossicologico

GENE-TOX EPAEnvironm Protection Ag

Dati di mutagenesi su oltre 3000 sostanze

IRIS EPA Dati relativi al rischio umano da esposizione a oltre 500 sostanze chimiche

TRI EPA Stime annue dei rilasci di sostanze chimiche nell’ambiente

HSDB (Hazardous Substances Data Bank)

Base dati fattuale prodotta dalla NLM Contiene informazioni sulla tossicità di oltre 4500

sostanze chimiche potenzialmente pericolose Dati peer-reviewed = revisionati da una

commisione di esperti (fra pari) nominati dalla NLM

Lactmed (Drugs and Lactation Database)

Base dati con informazioni riguardanti l’allattamento al seno e la tossicità dei farmaci ai quali sono esposte madri e neonati

Basi dati bibliografic

he

Basi dati fattuali

Dizionario chimico

ChemIDPlus: l’informazione chimica

LINK UTILI NLM Gateway: interfaccia unica per la ricerca

contemporanea in tutte le risorse della NLM

http://gateway.nlm.nih.gov Dizionario dei termini medici in internet

(italiano/inglese)http://scientifico.pneumonet.it/tradform.asp

Mesh / traduzione italianaa cura dell’Istituto superiore di Sanità: accesso gratuito previa registrazionehttp://www.iss.it/site/Mesh

LINK utili

SCIRUS (http://www.scirus.com)motore di ricerca specializzato per informazione scientifica (selezione di oltre 300 milioni di pag web)integra ricerca su web con ricerca su basi dati disponibili online (citazioni Medline, articoli di archivi come Biomed central,e-prints depositati in ArXiv e CogPrints)

DOAJ (directory of open access journal) archivio di oltre 2500 periodici scientifici

disponibili gratuitamente online

http://www.doaj.org/

NLM Gateway: interfaccia unica

Ricerca nel gateway con linguaggio indicizzato

Esempi

Esempi di ricerca: all’inizio libera

Poi con due termini per specificare l’aspetto che

interessa

Poi con frase esatta “”

Associando più termini con operatori

Infine qualificando il termine come soggetto

E associando il soggetto con un altro termine

Riassumendo:

Esempio di ricerca integrata: pubmed-Omim Ricerca di articoli sulla Corea di

Huntington (termine di soggetto)

Invia la ricerca in Pubmed

Selezionare Linkout

Link al Medline Plus: l’informazione per il

grande pubblico

Link ad un archivio del

Toxnet

Archivio Hazardous Substances Database (toxnet)

Medline Plus: informazione medica per tutti

Spiegazione del difetto genetico e link a banche dati genetiche

Link all’archivio OMIM dei disordini genetici

Per la localizzazione su cromosoma

Corea di Huntington: localizzazione sul cromosomaricerca in archivi GENE e OMIM

Struttura dell’emoglobina

Come impostare una strategia di ricerca: consigliato l’uso del mesh database

Scrivi la frase che esprime la tua ricercaEs cerco articoli che parlino del sangue dal naso

in rapporto all’ipertensione) Dividi il soggetto in concetti essenziali

es. sangue dal naso e ipertensione Traduci in inglese (nosebleed, hypertension) Cerca i termini nel Mesh database

(epistaxis, hypertension) Combina i concetti con AND, OR, NOT

Per approfondimenti:

PubMed Tutorial : guida realizzata dalla National Library of Medicine, contiene anche dimostrazioni animate delle procedure di interrogazione, un glossario e link ad altre pagine webhttp://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/

Pubmed in pillole : (come imparare ad usare PubMed in un'ora o poco più), a cura di Carlo Drago e Rita Strazzeri, Università di Roma "La Sapienza" http://w3.uniroma1.it/vrd-medicina/Sommario.htm

La ricerca nelle banche dati bibliografiche: l'esempio di PubMed : (una piccola introduzione per i non addetti ai lavori), di Caterina Barazia http://www.aib.it/aib/contr/barazia1.htm