Jurnal Ph Acara 2

J. Biol. Indon. Vol 6, No.2 (2010)

Vol. 6, No. 2, Juni 2010

Akreditasi: No 816/D/08/2009

BOGOR, INDONESIA

JURNALBIOLOGIINDONESIA

ISSN 0854-4425

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua Rini Riffiani

153

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977-2006 Onrizal

163

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

173

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

185

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species Didik Widyatmoko

195

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi dan Bahan Penghambat Nitrifikasi A. Wihardjaka

211

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

225

JURNALBIOLOGIINDONESIA

ISSN 0854-4425

J. Biol. Indon. Vol 6, No. 2 (2010)

Jurnal Biologi Indonesia diterbitkan oleh Perhimpunan Biologi Indonesia.Jurnal ini memuat hasil penelitian ataupun kajian yang berkaitan dengan masalah biologiyang diterbitkan secara berkala dua kali setahun (Juni dan Desember).

Editor Pengelola

Dr. Ibnu MaryantoDr. I Made Sudiana

Dr. Anggoro Hadi PrasetyoDr. Izu Andry Fijridiyanto

Dewan Editor Ilmiah

Dr. Abinawanto, F MIPA UIDr. Achmad Farajalah, FMIPA IPB

Dr. Ambariyanto, F. Perikanan dan Kelautan UNDIPDr. Aswin Usup F. Pertanian Universitas Palangkaraya

Dr. Didik Widiyatmoko, PK Tumbuhan, Kebun Raya Cibodas-LIPIDr. Dwi Nugroho Wibowo, F. Biologi UNSOED

Dr. Parikesit, F. MIPA UNPADProf. Dr. Mohd.Tajuddin Abdullah, Universiti Malaysia Sarawak Malaysia

Assoc. Prof. Monica Suleiman, Universiti Malaysia Sabah, MalaysiaDr. Srihadi Agung priyono, F. Kedokteran Hewan IPB

Y. Surjadi MSc, Pusat Penelitian ICABIOGRADDrs. Suharjono, Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Dr. Tri Widianto, Pusat Penelitian Limnologi-LIPIDr. Witjaksono Pusat Penelitian Biologi-LIPI

Alamat RedaksiSekretariat

Oscar efendi SSi MSid/a Pusat Penelitian Biologi - LIPI

Jl. Ir. H. Juanda No. 18, Bogor 16002 , Telp. (021) 8765056Fax. (021) 8765068

Email : [email protected] : http://biologi.or.id

Jurnal ini telah diakreditasi ulang dengan nilai A berdasarkan SK Kepala LIPI 816/D/2009 tanggal 28 Agustus 2009.


KATA PENGANTAR

Jurnal Biologi Indonesia edisi volume 6 nomer 2 tahun 2010 yaitu memuat 11artikel lengkap dan sebuah artikel tulisan pendek. Penulis pada edisi ini sangatberagam yaitu dari Departemen Kementerian Kehutanan, Pertanian, Fakultas MIPAIPB, Fakultas Kehutanan IPB, Fakultas. MIPA Universitas Indonesia, FakultasPertanian Universitas Sumatra Utara, Pusat Konservasi Kebun Raya Bogor, PusatPenelitian Limnologi-LIPI Bogor dan Pusat Penelitian Biologi LIPI Bogor. Topikyang dibahas pada edisi ini meliputi empat topik dalam bidang Botani, dua topiktentang mikrobiologi satu topik mengenaik hasil perombakan bakteri dan bahanorganik lainnya dan lima topik dalam bidang zoologi

Beragamnya penulis pada edisi ini yang membahas tiga topik utama yaituZoologi, Botani dan Mikrobiologi diharapkan semakin banyak keragaman pembacadan akhir kata yang diharapkan dari editor jurnal ini akan semakin banyak penulisyang berkeinginan membagi hasil karya penelitiannya dengan menulis ke dalamJurnal Biologi Indonesia.

Editor


UCAPAN TERIMA KASIH

Jurnal Biologi Indonesia mengucapkan terima kasih dan penghargaan kepadapara pakar yang telah turut sebagai penelaah dalam Volume 6, No 2, Juni 2010:

Dr. Niken TM. Pratiwi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPBIr. Majariana Krisanti MSi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan-IPBOnrizal MSi, Universitas Sumatra UtaraDr.Tike Sartika, Balitnak, Departemen Pertania, Ciawi bogorDr. Dwi Astuti, Puslit Biologi-LIPIDrs. Edi Mirmanto MSc, Puslit Biologi-LIPIDrs. Roemantyo, Puslit Biologi-LIPIDrs. M. Noerdjito, Puslit Biologi-LIPIDrh. Anang S. Achmadi MSc, Puslit Biologi-LIPISigit Wiantoro SSi ,MSc Puslit Biologi-LIPIIr. Dwi Agustiyani MSc, Puslit Biologi-LIPI

Edisi ini dibiayai oleh DIPA Puslit Biologi-LIPI 2010


DAFTAR ISI

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati Raja Ampat Papua Rini Riffiani

153

Perubahan Tutupan Hutan Mangrove di Pantai Timur Sumatera Utara Periode 1977-2006 Onrizal

163

Keragaman Genetika Ramin [Gonystylus bancanus (Miq.) Kurz] dari Provinsi Riau Berdasarkan Profil Random Amplified Polymorphic DNA Yulita Kusumadewi, Yuyu S. Poerba, &Tukirin Partomihardjo

173

Laju Kehilangan dan Kondisi Terkini Habitat Baning Sulawesi (Indotestudo forstenii) di Semenanjung Santigi, Sulawesi Tengah, Indonesia Awal Riyanto, Suprayogo Soemarno dan Achmad Farajallah

185

Plant- β Diversity and Composition in Mount Nok and the Waifoi Forest of the Waigeo Raja Ampat Islands: with Special Reference to The Threatened Species Didik Widyatmoko

195

Emisi Gas Dinitrogen Oksida dari Tanah Sawah Tadah Hujan yang diberi Jerami Padi dan Bahan Penghambat Nitrifikasi A. Wihardjaka

211

Pengelompokan Kelelawar Pemakan Buah dan Nektar Berdasarkan Karakteristik Jenis Pakan Polen di Kebun Raya Bogor, Indonesia Sri Soegiharto, Agus P. Kartono, & Ibnu Maryanto

225

Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen Eko Sulistyadi

237

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey (Presbytis rubicunda Mueller, 1838) Wartika Rosa Farida

255

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi AerobikDwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

265

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah Penduduk dan Industri Eko Harsono dan Sulung Nomosatryo

277

TULISAN PENDEK Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, Cerambicidae) Woro Anggaraitoningsih Noerdjito

289

153

Jurnal Biologi Indonesia 6(2): 153-161 (2010)

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta-Salawati RajaAmpat Papua

Rini Riffiani

Bidang Mikrobiologi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Jl. Jakarta – Bogor km 46, Cibinong,Email: [email protected]

ABSTRACT

Isolation of Bacteria Degrading Phenanthrene in Batanta- Salawati Districts Raja AmpatPapua. Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are important environmental contaminantsin soil and water. These compounds have a potential risk to human health, as many of them arecarsinogenic and toxic to marine organisms such as diatome, gasthrophode, mussel, and fish.Phenanthrene is one of the hazardous hydrocarbon compounds. The purpose of this researchwas to characterize microbial strains from Batanta-Salawati Raja Ampat Papua Island and theirability to remove phenanthrene. Two isolates were identified at their physiological characteristicsbased on salinity tolerance, pH tolerance and the composition of nitrogen base. Molecularidentification based on 16S rRNA gene sequences indicated that bacteria had the highestsimilarity with Rhodobacteraceae bacterium F9 and Roseobacter sp. RW 37.Rhodobacteraceae bacterium F9 could grow optimum on ONR7a media with 5% salinity andat pH of 5-7,5 while Roseobacter sp. RW 37 could grow optimum on ONR7a media with 2%salinity and at pH of 6,2-7,5.

Key words: Phenanthrene, physiological characteristic, molecular identification, Raja Ampat

PENDAHULUAN

Berbagai kegiatan eksplorasi,eksploitasi, transportasi melalui medialaut, sering menghasilkan kejadiankebocoran tumpahan minyak kelingkungan. Tumpahan minyak di lauttelah berdampak terhadap pencemaranmultidimensi bagi makhluk hayati laut itusendiri, usaha perikanan, usahapariwisata, sampai kepada tingkatkerusakan laut (Edwards & White 1999).Kecelakaan tanker pengangkut minyak,tumpahan minyak mentah dari kegiataneksplorasi minyak bumi sering terjadi diperairan Indonesia, yang memerlukan

perhatian dan tindakan bioremediasi yanglebih optimum dengan memanfaatkanteknologi biostimulasi dan bioaugmentasi.

Aplikasi teknologi bioremidiasimemerlukan data dasar diversitas jenisdan fungsi fisiologis mikroba laut. Bakterimampu mendegradasi bahan kimiaberbahaya dalam lingkungan menjadi airdan gas yang tidak berbahaya (CO

2)

(Vidali 2001). Menurut Yamikov et al.(2004), bakteri pendegradasi senyawahidrokarbon dalam minyak bumi banyakditemukan di laut. Beberapa bakteri yangdiketahui dapat mendegradasi senyawaPAH (Polycyclic Aromatic Hydrocar-bon) dalam minyak bumi antara lain

154

Rini Riffiani

Cycloclasticus, Marinobacter, Pseu-domonas, dan Sphingomonas (Kasaiet al.2002). Phenanthrene merupakansalah satu dari senyawa PAH yangberpotensi sebagai zat karsinogen danbersifat racun terhadap biota laut sepertidiatom, gastropoda, remis, serta ikan(Ouyang 2006; Sack et al. 1997).

Kepulaun Raja Ampat merupakankawasan tropis dengan produktivitasekosistem yang tinggi, yang mempunyaiperan sentral dalam menjaga ekosistemdunia. Batanta dan Salawati merupakanpulau yang masuk dalam wilayahKepulaun Raja Ampat. Kepulaun initerletak antara pulau Halmahera danPapua. Kawasan ini merupakan pulau-pulau yang berbatasan dengan kawasanWallacea dan dikenal memiliki kekayaanhayati laut sangat tinggi. Ekosistem RajaAmpat telah mengalami perubahandengan adanya kegiatan penambangan,penyelundupan kayu ilegal melaluikepulauan Raja Ampat oleh sejumlahkapal asing, dan ekploitasi sumber dayaperairan. Hampir 99 % mata pencaharianwarga kepulauan Raja Ampat di laut, danumumnya warga setempat memilikikendaraan laut yang menggunakan bahanbakar minyak yang dapat mencemariperairan laut (Kadarusman 2007). Olehkarena itu, tujuan penelitian ini adalahuntuk mendapatkan bakteri yang dapatmendegradasi senyawa phenanthrene dipulau Batanta-Salawati kepulauan PapuaRaja Ampat. Diharapkan dari penelitianini dapat diperoleh bakteri unggulan yangdapat digunakan sebagai landasan untukpengembangan teknologi bioremidiasihidrokarbon di lepas pantai.

BAHAN DAN CARA KERJA

SamplingSampel penelitian diambil dari

Kepulauan Raja Ampat, Papua Baratpada tanggal 21 April-11 Mei 2008.Kordinat geografi astronomi dari lokasipengambilan sampel adalah S: 00.18.865E: 130.55.17 dan sampai S: 00.19.189 E:130.066 (Gambar 1).

Sampel yang dikumpulkan berupaair laut. Untuk menghindari terjadinyadegradasi jumlah bakteri dan kematianbakteri pada sampel, dilakukan metodepengayaan (enrichment). Mediapengayaan yang digunakan adalahmedium artificial seawater mineral saltmedium (ONR7a) yang mengandungphenanthrene (1000 ppm). Komposisimedia ONR7a per liter: 22,79 g NaCl,3,99 g Na2SO4, 0,72 g KCl, 83 mg NaBr,31 mg NaHCO3, 27 mg H3BO3, 2.6 gNaF, 0,27 g NH4Cl, 83 mg Na2HPO4,1,3 g TAPSO, 11,18 g MgCl2, 1,46 gCaCl2, 24 mg SrCl2, 2 mg FeCl2 (Sherylet al.1995).

Pengayaan dilakukan dengan caramenambahkan 100 μL sampel air lautpada tabung (PCR tube) yang telah berisi2 ml medium enrichment secara aseptikdan dilakukan langsung di lapangansetelah pengambilan sampel. Sampelkemudian disimpan pada suhu ruang 27-280C.

Isolasi bakteri pendegradasi phenan-threne

Bakteri pendegradasi phenanthrenediisolasi pada medium minimum agarONR7a dengan menggunakan metodesebar (spread). Medium yang telah

155

Isolasi Bakteri Pendegradasi Phenanthrene dari Batanta

Gambar 1. Lokasi pengambilan sampel

diinokulasikan kemudian disublimasidengan cara memanaskan senyawaphenanthrene pada suhu optimum yaitu100°C selama 10 menit. Kondisidemikian menyebabkan senyawatersebut menguap, lalu tertangkap padamedium yang diberi pendingin berupabatu es (Gambar 2). Pemberian batu esdi atas medium yang telah diinokulasiuntuk mencegah mencairnya mediumagar karena terkena uap panas senyawaphenanthrene.

Medium yang telah disublimasikemudian diinkubasi selama 7 hari padatemperatur 300C. Bakteri yang dapatmendegradasi senyawa phenanthreneditandai dengan terbentuknya zonabening di sekeliling koloni.

Pemurnian Biakan Potensial Pende-gradasi Phenanthrene

Isolat yang tumbuh dalam zonabening kemudian diisolasi secara aseptikdan diinokulasikan kembali ke mediumONR7a. Kultur kemudian diinkubasipada suhu 300C selama 24-72 jam.Kemurnian biakan diuji dengan diino-kulasikan kembali pada medium kaya,yaitu marine agar. Media marine agarmengandung 5 gr pepton, 1 gr yeast ex-

tract, 0,1 gr ferric citrate, 19,45 gr sodiumchloride, 8,8 gr MgCl, 3,24 gr sodiumsulfate, 1,88 gr calcium chloride, 0,55 pot-tasium chloride, 0,16 gr sodium bicarbo-nate, 15 gr agar, 34 mg stronsium chloride,22 mg boric acid, 4 mg sodium sillicate,2,4 mg sodium flouride, 1,6 gr ammoniumnitrat, dan 8 mg disodium phosfate.

Pengujian KonfirmasiPengujian konfirmasi bertujuan

untuk memastikan kemampuan biakterseleksi dalam mendegradasi phenan-threne. Isolat terseleksi diinokulasikankembali pada medium ONR7a, dandisublimasi kembali dengan senyawaphenanthrene. Kultur kemudian diinkubasipada suhu 300 C selama 24-72 jam. Pem-bentukan zona bening pada mediumONR7a kemudian diamati. Zona beningyang terbentuk di sekeliling kolonimenandakan bahwa isolat tersebut mam-pu mendegradasi senyawa phenanthrene.

Pengujian Pengaruh Salinitas dan pHTerhadap Isolat Terpilih

Pengaruh salinitas dan pH terhadappertumbuhan isolat SL49 dan B29dilakukan dengan cara menumbuhkankedua isolat dalam medium ONR7a

156

Rini Riffiani

dengan variasi salinitas (NaCl) 0%, 2%,5%, dan 10% serta variasi pH 5, 6,2, 7,dan 10. Kultur diinkubasi pada shakerinkubator dengan suhu 300C dankecepatan 100 rpm selama 4 hari.Pengukuran pertumbuhan mikroba (OD)dilakukan dengan spektrofotometer padapanjang gelombang 600 nm. Pengukurandilakukan setiap 4 jam dan 16 jam.

Penelitian yang dilakukan menggu-nakan rancangan acak lengkap, dengantiga kali ulangan. Data yang diperolehdianalisis dengan metode Analysis ofVarian (ANOVA) pada taraf nyata 5%dan dilanjutkan dengan uji Duncandengan program SPSS versi 12.

Identifikasi dan Analisis Filoge-netik.

Identifikasi dilakukan secaramolekular dengan 16S rDNA. Analisismolekuler yang dilakukan berupaekstraksi DNA dan PCR amplifikasi,purifikasi PCR produk dan sekuensing.Ekstraksi DNA menggunakan intragenematrix kit (Biorad) dilanjutkan denganamplifikasi. Hasil optimasi PCR diperolehkomposisi per reaksi sebesar 25 µLdengan menggunakan Primer 9F(5‘GAGTTTGATCCTGGCTCG) dan

1510R (5‘ GGCTACCTTGTTACGACTT) .

Analisis DNA menggunakanprogram BioEdit dan dilakukan blastpada Bank Gen NCBI dataLibrary.Analisis Filogenetik menggunakanprogram multiple aligment Clustal Xversi 1.83. Konstruksi pohon filogenetikberdasarkan jarak kekerabatan genetikdengan metode Neighbor joining.Konstruksi jarak evolusi dalam derajatkepercayaan menggunakan bootstrapvalue pada program NJ plot.

HASIL

Penapisan mikroba pendegradasisenyawa penanthrene

Hasil isolasi bakteri pendegradasipenanthrene menggunakan metodesublimasi terlihat dengan terbentuknyazona bening di sekeliling koloni. Setelahdipurifikasi ditemukan 2 isolat, yaitu SL49dan B29.

Pengaruh Salinitas TerhadapPertumbuhan Isolat Terseleksi

Hasil penelitian menunjukkan bahwapertumbuhan optimum bakteri SL49terjadi pada medium dengan salinitas(NaCl) 2% (Gambar 3A), sedangkan

Gambar 2. Teknik sublimasi untuk isolasi mikroba pendegradasi PAHs

157


pertumbuhan isolat B29 berada padakisaran salinitas lebih luas dibandingkanSL49, yaitu pada kisaran salinitas 2-10%,dengan pertumbuhan optimum terjadipada salinitas (NaCl) 5% dengan setelahdiinkubasi selama 28 jam (Gambar 3B).Berdasarkan uji statistik terjadi perbedaanyang nyata pada pertumbuhan bakteri SL49 dan B29 dengan perlakuan denganvariasi salinitas pada taraf uji 0,05.

Pengaruh pH Terhadap PertumbuhanIsolat Terpilih

Hasil pengujian pH terhadappertumbuhan menunjukkan bahwapertumbuhan optimum bakteri SL49terjadi pada pH normal, yaitu padakisaran 6,2-7,5 (Gambar 4A). Pada pHasam (pH 5) dan pH basa (pH 10)pertumbuhan bakteri terlihat kurangoptimal.

Pertumbuhan bakteri B29 memilikikisaran pH yang lebih luas dibandingkandengan SL49, yaitu pada kisaran 5-7,5.Hasil tersebut menunjukkan bakteri B29memiliki toleransi terhadap pH dansalinitas yang lebih luas dibandingkanbakteri SL49 (Gambar 4B). Berdasarkan

uji statistik terjadi perbedaan yang nyatapada pertumbuhan bakteri SL49 dan B29dengan perlakuan dengan variasi pH padataraf uji 0,05.

Identifikasi dan Analisis FilogenetikIsolat Terpilih

Berdasarkan analisis penjajaranurutan nukleotida parsial gen pengkode16S rDNA menggunakan programBLAST, bakteri dengan kode isolat B29mempunyai tingkat kesamaan tertinggidengan Rhodobacteraceae bacteriumF9 dengan persentase tingkat kesamaan100% dan urutan nukleotida yang dapatdideteksi mencapai hingga 1026 bp.Sedangkan bakteri dengan kode isolat SL49 mempunyai tingkat kesamaan denganRoseobacter sp. RW 37 dengan tingkatkesamaan 99% dan nukleotida yangdapat dideteksi mencapai 910 bp.

PEMBAHASAN

Terbentuknya zona bening disekeliling koloni bakteri menunjukkanbahwa koloni bakteri tersebut dapatmenggunakan senyawa phenanthrene

Gambar 3. (A) Kurva pertumbuhan bakteri SL 49; (B) B 29 dalam medium ONR7 dengan variasisalinitas

A) B)

158

Rini Riffiani

sebagai sumber karbon dan energi bagipertumbuhannya. Oleh karena mediaONR7a merupakan media minimummineral, setelah sumber karbon darimedium digunakan untuk pertumbuhanhabis, maka bakteri akan menggunakansenyawa karbon aromatik yaituphenanthrene sebagai sumber karbondan energi bagi bakteri (Sheryl et al.1995).

Menurut Iwabuchi & Harayama.(1997), biodegradasi senyawa PAHdiawali dengan masuknya atom oksigen(reaksi oksidasi) ke dalam inti aromatik.Reaksi ini dikatalisis oleh multikomponendioksigenase. Senyawa PAH yangteroksidasi akan membentuk prekursorintermediet dari siklus asam sitrat.Sebagai produk dari siklus tersebut padaakhirnya akan terbentuk air dan karbondioksida.

Senyawa phenanthrene dapatdidegradasi secara sempurna oleh bakterimenjadi air dan karbon dioksida melaluisalah satu dari dua jalur yang ada, yaknijalur o-phthalat dan salisilat (Iwabuchi &Harayama 1997). Kedua jalur tersebutmelalui senyawa intermediet yang sama,yaitu 1-hydroxy-2-napthoic acid.

Bakteri Aeromonas dan Nocardioidessp. strain KP7 mendegradasi senyawaphenanthrene melalui jalur o-phthalat,sedangkan bakteri Burkholderiacepacia F297 melalui jalur salisilat(Iwabuchi & Harayama 1997; Mroziket al.2002). Serangkaian reaksi yangterjadi dalam proses biodegradasisenyawa phenanthrene baik melalui jaluro-phthalat maupun salisilat dapat dilihatpada.

Menurut Anthoni (2006), NaClsangat mempengaruhi salinitas air laut,karena konsentrasinya paling dominandibandingkan dengan senyawa lainnya.Air laut dengan salinitas 3,5%mengandung sekitar 85,62% NaCl,artinya konsentrasi senyawa NaCl didalam air laut sebesar 3%. Oleh karenaitu, bakteri SL49 dapat tumbuh optimumpada medium dengan salinitas (NaCl)2%, karena konsentrasi NaCl yangterkandung di dalamnya hampirmenyerupai habitat aslinya (air laut) yaitusebesar 3%.

Pertumbuhan isolat B29 beradapada kisaran salinitas lebih luasdibandingkan SL49, yaitu pada kisaransalinitas 2-10%, dengan pertumbuhan

Gambar 4 (A) Kurva pertumbuhan bakteri SL49; (B) B29 dalam medium ONR7a dengan variasipH

A) B)

159


optimum terjadi pada salinitas (NaCl) 5%dengan OD 1,396 setelah diinkubasiselama 28 jam (Gambar 3B). Hal inididuga stabilitas membran, aktivitasenzim, maupun mekanisme transpor aktifbakteri ini tidak terganggu oleh kenaikankonsentrasi Na+. Menurut Kogure et al.(1991), sebagian bakteri laut memilikiketergantungan terhadap ion Na+ untukmenjaga stabilitas membran, aktivitasenzim, dan mekanisme tranpor aktif.

Pertumbuhan bakteri B29 memilikikisaran pH yang lebih luas dibandingkandengan SL49, yaitu pada kisaran 5-7,5.Hasil tersebut menunjukkan bakteri B29memiliki toleransi terhadap pH dansalinitas yang lebih luas dibandingkanbakteri SL49 (Gambar 4A dan 4B). Hal

ini menunjukkan bahwa bakteri SL49memiliki pH optimum untuk pertumbuhansesuai dengan pH habitat asli dari bakterilaut, yaitu sekitar 7-8,5 (Peter 2003).

Hasil analisis menampilkan pohonfilogeni kedua isolat bakteri tersebut dapatdilihat pada Gambar 5. Pohon filogenitersebut menunjukkan bahwa B29 adalahRhodobacteraceae bacterium F9 danbakteri SL49 adalah Roseobacter sp.RW 37 memiliki kekerabatan yang dekat.Kedua kelompok tersebut termasuk kedalam kelompok α-Proteobacteria.Mikroba laut dari kelompok Sub klasProteobacteria merupakan mikroba lautterkultur yang mempunyai peran dalamproses bioremediasi senyawa toksikseperti senyawa PAH (Polycyclic

Gambar 5. Pohon kekerabatan 2 bakteri potensial pendegradasi phenanthrene yaitu B29(Rhodobacteraceae bacterium F9) dan bakteri SL49 (Roseobacter sp. RW 37) dengankelompok luar sebagai pembanding Microbacteriaceae bacterium yang dianalisisdengan program BioEdit. Tingkat ketelitian dendogram ditentukan melalui nilaibootstrap dengan pengulangan 1000 kali.

160

Rini Riffiani

Aromatic Hydrocarbon) yang banyakterdapat pada bahan bakar fosil terutamaminyak bumi (Kasai et al. 2002)

KESIMPULAN

Dua bakteri pendegradasi senyawaphenanathrene dari kepulauan RajaAmpat telah diisolasi, masing-masingadalah Roseobacter sp. RW 37 danRhodobacteraceae bacterium F9.Keduanya merupakan kelompok α-Proteobacteria. Pertumbuhan optimumRoseobacter sp. RW 37 berlangsungpada salinitas 2% dan pada kisaran pH6,2-7,5 sedangkan Rhodobacteraceaebacterium F9 pada salinitas 5% dan padakisaran pH 5-7,5.

UCAPAN TERIMAKASIH

Ucapan terimakasih penulissampaikan kepada Dr. BambangSunarko, Dr. I Made Sudiana, Dra. NunikSulistinah, Arif Nurkanto S. Si, yang telahmemberikan kontribusi yang besarselama penelitian.

DAFTAR PUSTAKA

Anthoni, FJ. 2006. The ChemicalComposition of Seawater. http://www.seafriends.orgnz/oceano/seawater.htm

Edward, R.& I.White. 1999. The SeaEmpress Oil Spill.EnvironmentalImpact and Recovery. Procee-ding of International Oil SpillConference. American PetroleumInstitute Washington DC.

Iwabuchi, T.& S. Harayama. 1997.Biochemical and Genetic Charac-terization of 2-Carboxybenzalde-hyde Dehydrogenase, an EnzymeInvolved in PhenanthreneDegradation by Nocardioides sp.Strain KP7. J. Bacteriology. 179:6488-6494.

Kadarusman, 2007. Studi AwalPengeboman Ikan di Raja Ampat,Suatu Ancaman MegadiversitasJantung Segitiga Karang Dunia.Factsheet Apsor: www.apsordkp.com. Akademi Perikanan Sorong-DKP. Sorong, Papua Barat.

Kasai, Y, H. Kishira, & S. Harayama.2002. Bacteria Belonging to theGenus Cycloclasticus Play aPrimary Role in the Degradationof Aromatic HydrocarbonsReleased in a Marine Environment.Appl.& Envi. Microbiology.5625–5633.

Kogure, K, O. Suwan, K. Ohwada, &U. Simidu. 1991. Correlationbetween Possession of aRespiration-Dependent Na+ Pumpand Na+ Requirement for Growthof Marine Bacteria”. Appl.&Envi.Microbiology. 57. 1844-1846.

MacLeod, RA. 1965. The Question ofthe Existence Specific MarineBacter ia. BacteriologicalReview, 29 (1).

Mrozik, A., Z. Piotrowska-Seget & S.Labuzek. 2002. BacterialDegradation and Bioremediationof Polycyclic Aromatic Hydrocar-bons. Polish Journal of Envir.Studies 12: 15-25.

161


Ouyang, Jun. 2006. PhenanthrenePathway Map. http://umbbd.msi.umn. edu/pha/phamap. html

Peter L., JA.Musick & JeanetteWyneken. 2003. The Biology ofSea Turtles. II: 420.CRC PressLLC.

Sack, U, MH.Thomas, D. Joanna, EC.Carl, M. Rainer, Z. Frantisek & F.Wolfgang 1997. Comparison ofPhenanthrene and Pyrene Degra-dation by Different Wood-Deca-ying Fungi”. Appl.& Envi.Microbiolog. 63: 3919-3925.

Yamikov, MM., Laura G., Renata D.,Ermanno C., Tatiana N. C., Wolf-Rainer A., Heinrich L., KennethN. Timmis & Peter N. Golyshin.2004. “Thalassolituus oleivorans

gen. nov., sp. nov., a Novel MarineBacterium That Obligately UtilizesHydrocar-bons”. InternationalJournal of Systematic andEvolutionary Microbiology,141–148

Sheryl, E Dykstershouse, JP. Gray, RP.Herwig, Canolara & JT. Staley.1995. Cycloclasticus pugetii gen.Nov, sp. Nov, on AromaticH y d r o c a r b o n - D e g r a d i n gBacterium from Marine Sadi-ments. International Journal ofSystematic Bacteriology. 116-123.

Vidali, M. 2001. “Bioremediation andOverview”. Pure and Applied.Chemistry.IUPAC, Vol. 73, 7:1163–1172.

Memasukkan: Mei 2009Diterima: Desember 2009


PANDUAN PENULIS

Naskah dapat ditulis dalam bahasa Indonesia atau bahasa Inggris. Naskah disusun dengan urutan:JUDUL (bahasa Indonesia dan Inggris), NAMA PENULIS (yang disertai dengan alamat Lembaga/Instansi), ABSTRAK (bahasa Inggris, maksimal 250 kata), KATA KUNCI (maksimal 6 kata),PENDAHULUAN, BAHAN DAN CARA KERJA, HASIL, PEMBAHASAN, UCAPANTERIMA KASIH (jika diperlukan) dan DAFTAR PUSTAKA.

Naskah diketik dengan spasi ganda pada kertas HVS A4 maksimum 15 halaman termasukgambar, foto, dan tabel disertai CD. Batas dari tepi kiri 3 cm, kanan, atas, dan bawah masing-masing 2,5 cm dengan program pengolah kata Microsoft Word dan tipe huruf Times New Romanberukuran 12 point. Setiap halaman diberi nomor halaman secara berurutan. Gambar dalambentuk grafik/diagram harus asli (bukan fotokopi) dan foto (dicetak di kertas licin atau di scan).Gambar dan Tabel di tulis dan ditempatkan di halam terpisah di akhir naskah. Penulisan simbol α,β, χ, dan lain-lain dimasukkan melalui fasilitas insert, tanpa mengubah jenis huruf. Kata dalambahasa asing dicetak miring. Naskah dikirimkan ke alamat Redaksi sebanyak 3 eksemplar (2 eksemplartanpa nama dan lembaga penulis).

Penggunaan nama suatu tumbuhan atau hewan dalam bahasa Indonesia/Daerah harusdiikuti nama ilmiahnya (cetak miring) beserta Authornya pada pengungkapan pertama kali.

Daftar pustaka ditulis secara abjad menggunakan sistem nama-tahun. Contoh penulisanpustaka acuan sebagai berikut :

Jurnal :Hara, T., JR. Zhang, & S. Ueda. 1983. Identification of plasmids linked with polyglutamate

production in B. subtilis. J. Gen. Apll. Microbiol. 29: 345-354.Buku :Chaplin, MF. & C. Bucke. 1990. Enzyme Technology. Cambridge University Press. Cambridge.Bab dalam Buku :Gerhart, P. & SW. Drew. 1994. Liquid culture. Dalam : Gerhart, P., R.G.E. Murray, W.A. Wood,

& N.R. Krieg (eds.). Methods for General and Molecular Bacteriology. ASM., Washington.248-277.

Abstrak :Suryajaya, D. 1982. Perkembangan tanaman polong-polongan utama di Indonesia. Abstrak

Pertemuan Ilmiah Mikrobiologi. Jakarta . 15 –18 Oktober 1982. 42.Prosiding :Mubarik, NR., A. Suwanto, & MT. Suhartono. 2000. Isolasi dan karakterisasi protease

ekstrasellular dari bakteri isolat termofilik ekstrim. Prosiding Seminar nasional IndustriEnzim dan Bioteknologi II. Jakarta, 15-16 Februari 2000. 151-158.

Skripsi, Tesis, Disertasi :Kemala, S. 1987. Pola Pertanian, Industri Perdagangan Kelapa dan Kelapa Sawit di

Indonesia.[Disertasi]. Bogor : Institut Pertanian Bogor.Informasi dari Internet :Schulze, H. 1999. Detection and Identification of Lories and Pottos in The Wild; Information

for surveys/Estimated of population density. http//www.species.net/primates/loris/lorCp.1.html.


Kemampuan Kawasan Nir-Konservasi dalam Melindungi Kelestarian Burung Endemik Dataran Rendah Pulau Jawa Studi Kasus di Kabupaten Kebumen Eko Sulistyadi

237

Analysis of Nutrient Requirement and Feed Efficiency Ratio of Maroon Leaf Monkey (Presbytis rubicunda Mueller, 1838) Wartika Rosa Farida

255

Oksidasi Nitrit Oleh Bakteri Heterotrofik Pada Kondisi AerobikDwi Agustiyani, Ruly Marthina Kayadoe & Hartati Imamuddin

265

Pencirian Karbon Organik Air Sungai Citarum Hulu Dari Masukan Air Limbah Penduduk dan Industri Eko Harsono & Sulung Nomosatryo

277

TULISAN PENDEK Arti Kebun Raya Bogor Bagi Kehidupan Kumbang Sungut Panjang (Coleoptera, Cerambicidae) Woro Anggaraitoningsih Noerdjito

289

Documents

Jurnal Ph Acara 2