Feny K 13-37 tutorial 3.doc

8/17/2019 Feny K 13-37 tutorial 3.doc

1/12

Bioinformatika

Tutorial 3: Blast

1. Berikut adalah tiga versi (mRNA, cDNA dan protein) suatu sekuen yang tidak diketahui sumber dan ungsinya!

mRNA

acauuugcuu cugacacaac uguguucacu agcaaccuca aacagacacc auggugcacc

ugacuccuga ggagaagucu gcgguuacug cccugugggg caaggugaac guggaugaag

uuggugguga ggcccugggc aggcugcugg uggucuaccc uuggacccag agguucuuug

aguccuuugg ggaucugucc acuccugaug caguuauggg caacccuaag gugaaggcuc

auggcaagaa agugcucggu gccuuuagug auggccuggc ucaccuggac aaccucaagg

gcaccuuugc cacacugagu gagcugcacu gugacaagcu gcacguggau ccugagaacu

ucaggcuccu gggcaacgug cuggucugug ugcuggccca ucacuuuggc aaagaauuca

ccccaccagu gcaggcugcc uaucagaaag ugguggcugg uguggcuaau gcccuggccc

acaaguauca cuaagcucgc uuucuugcug uccaauuucu auuaaagguu ccuuuguucc

cuaaguccaa cuacuaaacu gggggauauu augaagggcc uugagcaucu ggauucugcc

uaauaaaaaa cauuuauuuu cauugc

cDNA

acatttgctt ctgacacaac tgtgttcact agcaacctca aacagacacc atggtgcacc

tgactcctga ggagaagtct gcggttactg ccctgtgggg caaggtgaac gtggatgaag

ttggtggtga ggccctgggc aggctgctgg tggtctaccc ttggacccag aggttctttg

agtcctttgg ggatctgtcc actcctgatg cagttatggg caaccctaag gtgaaggctc

atggcaagaa agtgctcggt gcctttagtg atggcctggc tcacctggac aacctcaagg

gcacctttgc cacactgagt gagctgcact gtgacaagct gcacgtggat cctgagaact

tcaggctcct gggcaacgtg ctggtctgtg tgctggccca tcactttggc aaagaattca


2/12

ccccaccagt gcaggctgcc tatcagaaag tggtggctgg tgtggctaat gccctggccc

acaagtatca ctaagctcgc tttcttgctg tccaatttct attaaaggtt cctttgttcc

ctaagtccaa ctactaaact gggggatatt atgaagggcc ttgagcatct ggattctgcc

taataaaaaa catttatttt cattgc

Asam Amino

MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFES

FGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENF

RLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

2 Lakukan pencarian Blast dengan masing-masing sekuen, di http://www.ncbi.nlm.nih.go/BL!"T/. #ilih program dan

database $ang sesuai. %unakan blastn untuk nukleotida dan blastp pada swissprot untuk asam amino.

"ampilan pencarian Blast di http!##$$$.ncbi.nlm.nih.gov#B%A&"# .

'ntuk sekuen mRNA dan cDNA menggunakan nucleotide blast

'ntuk sekuen Asam Amino menggunakan protein blast

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/


3/12

asukan seuence yang akan di cari (*nter +uery &euence)

lik Blast untuk melakukan pencarian.


4/12

%etakan kursor mouse sesuai keperluan yang diinginkan. lik double di salah satu garis merah tersebut.

-asil Blast memperlihatkan kecenderungan tingkat homologi yang relati

tinggi yang berkisar pada daerah sekuen /0 bp.

&ecara teoritis kisaran skor / 2 bits dengan *3value / e34 pada analisis blast menun5uk3 kan tingkat kemiripan yang tinggi.


5/12


6/12

&asil cop$ paste dari se'dump m()!

/gi6074896emb6:47;.16 -uman messenger RNA or beta3globin

&asil cop$ paste dari se'dump c*)!

/gi6074896emb6:47;.16 -uman messenger RNA or beta3globin

&asil cop$ paste dari se'dump !sam !mino

/gi69

?ambar di atas adalah tampilan Bentuk alignments


7/12

@ada hasil Deskripsi di perhatikan point teratas serta nilai tertinggi dari a score, *3:alue, dent

"ampilan hasil deskripsi dari sekuen mRNA tersebut adalah -uman messenger RNA or beta3globin

"ampilan hasil deskripsi dari sekuen cDNA tersebut adalah -uman messenger RNA or beta3globin

"ampilan hasil deskripsi dari sekuen asam amino tersebut adalah hemoglobin beta


8/12


9/12

pencarian asam amino dengan blastp dan s$issprot3uniprot, keduanya sama3sama menghasilkan hemoglobin subunit beta

3 #erhatikan hasil pencarian !nda. !pa makna Score, E-value and Identities. +ntuk $ang terakhir ini lihat pada bagian

$ang dimulai dengan tanda > .

a. &core merupakan 5umlah yang digunakan untuk menilai hubungan kterkaitan # relevansi terhadap temuan biologis. &core

mempunyai pengertian sebagai 5umlah keselarasan semua segmen dari urutan database yang cocok dengan urutan nukleotida.

Nilai skor dimaknai untuk menun5ukkan keakuratan nilai persamaan#kemiripan sekuens berupa nukleotida yang tidak diketahui

dengan sekuens nukleotida yang terdapat di dalam genbank. &ekuen ?ene Bank yang paling mirip 5ika dilihat berdasarkan


10/12

scoreC dicirikan dengan nilai a &core dan "otal &core sama. &emakin tinggi nilai skor yang diperoleh maka semakin tinggi

tingkat homologi kedua sekuensnya.

b. *3value adalah nilai dugaan yang memberikan ukuran statistik yang signiikan terhadap kedua sekuen. Nilai *3value yang

semakin tinggi menun5ukkan tingkat homologi anta sekuens semakin rendah, sedangkan nilai *3value yang semakin rendah

menun5ukkan tingkat homologi antar sekuens semakin tinggi. Nilai *3value bernilai (nol) menun5ukkan bah$a kedua

sekuens tersebut identik

c. Nilai ma dentities sebesar 77 mengindikasikan bah$a isolat dianggap sebagai spesies yang sama. &edangkan homologi

E7; dapat dinyatakan bah$a isolat yang dibandingkan berada pada genus yang sama dan homologi antara


11/12

1 !pa fungsi protein $ang disandi oleh gen tersebut0

?en pada sekuen tersebut merupakan gen (beta globulin) hemoglobin beta pada homo &apiens. -emoglobin adalah protein

yang membuat darah ber$arna merah. hemoglobin terdiri dari empat rantai protein, dua rantai ala dan dua rantai beta, masing3

masing dengan satu cincin heme yang mengandung atom besi.

Gungsi protein -emoglobin adalah !

(engikat Hksigen). @rotein dalam sel darah merah memiliki ungsi sebagai pengikat oksigen yang akan disirkulasikan ke

paru3paru. engatur pertukaran oksigen dengan karbondioksida pada seluruh 5aringan yang ada di dalam tubuh dan kemudian

dibuang ke udara bebas melalui paru3paru.

enyuplai nutrisi ke 5aringan tubuh dan mengangkut Iat sebagai hasil dari metabolisme.

(@ertahanan "ubuh). &irkulasi darah yang terus dipompa oleh 5antung dapat mempertahankan tubuh dari serangan virus, bahan

kimia, maupun bakteri. Darah tersebut nantinya akan disaring oleh ungsi gin5al dan dikeluarkan melalui urine sebagai hasil

toksin dari tubuh.

a. !pa sekuen lainn$a $ang mirip dengan sekuen ini0 Berasal dari organisme apa dan apa fungsin$a0

&ekuen yang mirip dengan sekuen hemoglobin sub beta manusia adalah !

synthetic construc, Frystal &tructure Determination o Duck, Fhain *, -uman embriyonic ?o$er li Farbonmonoy

-emoglobin, dll.Hrganisme yang memiliki kemiripan dengan sekuen hemoglobin sub beta manusia adalah !

@an troglodytes, @an paniscus, @ongo abelii, nomascus leucogenys, gorilla, dll organisme tersebut memiliki kemiripan karena

satu kingdom dengan tingkat kekerabatan yang dekat dan homolog sehingga gen antar spesies terdapat kemiripan. Jika dilihat

dari pohon ilogenetik organism ini termasuk eukariotik khususnya mamalia yang berbentuk semacam gorilla dll.


12/12

Gungsi sekuen pada organism lain tersebut memiliki ungsi sama 5uga dengan hemoglobin beta pada manusia yaitu ! mengikat

Hksigen, menyuplai ke 5aringan, dan sebagai pertahanan tubuh.

b. !pakah semua ersi sekuen itu memberikan hasil $ang sama0

ya. &emua versi sekuen dari mRNA, cDNA, dan Asam amino tersebut memberikan hasil yang sama dengan menghasilkan

urutan nukleotida dan asam amino hemoglobin beta pada -omo sapiens (anusia).

Documents

Feny K 13-37 tutorial 3.doc