Diagnostic des infections respiratoires virales 2019

Méthodes diagnostiques des

infections respiratoires virales

4e Journée Hôpital Propre, 16 mai 2019

Lepiller Quentin

Laboratoire de Virologie, CHU Besançon

[email protected]

Infections respiratoires virales

• Infections aigues les plus fréquentes chez l’homme

– Jeunes enfants : 6-8 épisodes/an

– Adultes : 2-4 épisodes/an

• Conséquences économiques et sociales

• Conséquences sanitaires

Heikkinen T, Lancet, 2003

56 % des épisodes de détection virale associés à des symptômes

Infections respiratoires virales à la maison

Byington CL, Clin Infect Dis, 2015

Etude prospective : 36 familles (108 personnes) pendant 1 an





Questions

Quels virus?

Quels prélèvements ?

Quelles techniques ?

Questions

Quels virus?



Virus Influenza: A (H1, H3), B, C

Virus respiratoire syncytial A/B

Virus parainfluenza 1-4

Rhinovirus/ Entérovirus

Adénovirus

Coronavirus 229E et OC43

Autres : CMV, VZV,…

Métapneumovirus

Coronavirus HKU1

Coronavirus NL63

Bocavirus

Polyomavirus WU et KI

Influenza A H5N1, H7N9

Influenza A H1N1- v2009

SARS-CoV

MERS-CoV

Entérovirus D68

Virus responsables

XXème siècle EmergentsXXIème siècle

Quel(s) virus rechercher ?

Choix orienté par la clinique ?

• Rhino-pharyngite

– Rhinovirus, coronavirus

– VRS, métapneumovirus, influenza, parainfluenza, adénovirus,…

• Laryngite

– Parainfluenza

• Bronchiolite

– VRS, métapneumovirus, PIV-3, rhinovirus,…

• Pneumonie

– Influenza, VRS, adénovirus,…

Difficile d’associer

1 virus à 1 localisation

� PCR Multiplex

Exemple : premiers mois de l’enfant T

Bronchiolites et infections respiratoires aiguës

� 4 mois : Parainfluenza 1, Entéro/rhinovirus

� 5 mois : VRS

� 6 mois : Entéro/rhinovirus, Bocavirus

� 6,5 mois : Coronavirus HKU1, Bocavirus

� 8 mois : Métapneumovirus, Coronavirus NL63, Adénovirus, Bocavirus

� 16 mois : VRS, Entéro/rhinovirus, Adénovirus

Bronchiolites et infections respiratoires aiguës

� 4 mois : Parainfluenza 1, Entéro/rhinovirus

� 5 mois : VRS

� 6 mois : Entéro/rhinovirus, Bocavirus

� 6,5 mois : Coronavirus HKU1, Bocavirus

� 8 mois : Métapneumovirus, Coronavirus NL63, Adénovirus, Bocavirus

� 16 mois : VRS, Entéro/rhinovirus, Adénovirus

Jain S, N Engl J Med, 2015

Exemple : virus respiratoires et pneumonies aiguës

• 2638 enfants hospitalisés pour pneumonies aigües communautaires

• Agents pathogènes détectés dans 81% des cas : virus (66%), bactérie (8%), mixte (7%)

Jain S, N Engl J Med, 2015


• 2320 adultes hospitalisés pour pneumonies aigües communautaires

Etude GABRIEL (Cambodge, Chine, Haïti, Inde, Madagascar, Mali, Mongolie, Paraguay)


Benet T, Clin Infect Dis, 2017

Choix orienté par la saison ?

Fry AM, Clin Infect Dis, 2006

0

5

10

15

20

25

30

De

tect

ion

fre

qu

en

cy(%

)

HCoV-229E

HCoV-HKU1

HCoV-NL63

HCoV-OC43

Lepiller Q, J Clin Microbiol, 2013

Choix orienté par la saison ?

Quels virus ? messages

Multiplexage

Epidémiologie

Clinique saison

Projet de soins Terrain

Questions

Quels virus?



• En phase aiguë

• Prélèvement haut : frottis NP, lavage NP, aspiration NP, frottis gorge

• Prélèvement bas : LBA, expectorations, aspiration trachéo-bronchique

• Objectif : cellules respiratoires infectées

Règles générales

Mauvais prélèvement = faible probabilité de détecter le virus

Population Clinique Sensibilités Techniques Réf

Enfants (n=314) IRA basseFNP = 79 – 89 %

LNP = 69 - 94%RT-PCR

DeByle C, J Virol Method,

2012

Enfants (n=98) IRAANP = 92%

FN = 67%RT-PCR

Meerhoff TJ, Eur J Clin

Microbiol Infect Dis, 2010

Adultes (n=1000) IRA basse

LNP = 84.9%

FNP = 73.3%

FG = 54.2%

RT-PCRLieberman D, J Clin

Microbiol, 2009

Adultes (n=532) IRAFN + FG = 67%

Crachats = 94 %RT-PCR

Falsey AR, J Clin Microbiol,

2011

Adultes (n=154) IRA Crachats > FNP RT-PCR Jeong JH, J Med Virol, 2014

Adultes (n=73) Pharyngite

FNP = 74%

LNP = 49%

FG = 49%

RT-PCR Li L, BMC Infect Dis, 2013

Adultes (n=268) IRAFNP = 87%

FN = 75%RT-PCR

Spencer S, J Clin Microbiol,

2013

Sensibilité des prélèvements respiratoires

FNP = frottis naso-pharyngé ; LNP = lavage naso-pharyngé ; ANP = aspiration naso-pharyngée ; FN = frottis nez ; FG = frottis gorge





2012


FN = 67%RT-PCR




LNP = 84.9%

FNP = 73.3%

FG = 54.2%


Microbiol, 2009




2011



FNP = 74%

LNP = 49%

FG = 49%



FN = 75%RT-PCR


2013







2012


FN = 67%RT-PCR




LNP = 84.9%

FNP = 73.3%

FG = 54.2%


Microbiol, 2009




2011



FNP = 74%

LNP = 49%

FG = 49%



FN = 75%RT-PCR


2013



Frottis naso-pharyngé

http://content.nejm.org/cgi/content/full/NEJMe0903992/DC1

https://www.youtube.com/watch?v=DVJNWefmHjE

Technique de prélèvement

Choix de l’écouvillon

Structure

Classique Fibres en nylon, coton, moussesFloqué

Matière

Adaptée au patient

Tige souple

Taille


Classique Floqué

Type d’écouvillonNombre de cellules épithéliales / champ

p

Ecouvillon floqué Ecouvillon non floqué

Frottis naso-pharyngé 58.6 23.9 0.02

Frottis nasal 31.3 15.2 0.03


Daley P, J Clin Microbiol, 2006

Meilleure performance des écouvillons floqués

Impact du milieu de transport sur la PCR

4 °C 37 °C

Peu de différences entre les milieux liquides à 4°C

Druce J, J Clin Microbiol, 2011

Aspiration naso-pharyngée

Ce

lls

n = 800 prélèvements naso-pharyngés

Bonnin P, BMC Infect Dis, 2016

Cellularité variable selon âge et type de prélèvement

Intérêt de l’aspiration naso-pharyngée chez l’enfant

Prélèvements respiratoires : messages

Prélèvements naso-pharyngés : sensibilité 70 - 90 %

Différences enfants – adultes : % détection, facilité

Eviter frottis gorge, frottis narine

Bien choisir ses écouvillons

Penser aux expectorations

Questions

Quels virus?



Les outils du virologue

• Culture

– Cellulaire (MDCK, LLC MK2), œufs embryonnés

• Immunofluorescence directe

– Sensibilité vs. culture : 60 – 80 %

• Sérologie

– ELISA, HAI, séro-neutralisation, fixation complément


• Tests rapides (TROD) : Immunochromatographie, IF

• Biologie moléculaire

– PCR monoplex vs. PCR multiplex

– Techniques rapides vs. traditionnelles

– PCR vs. non PCR

– Séquençage à haut débit


• Tests rapides : Immunochromatographie, IF

• Biologie moléculaire

– PCR monoplex vs. PCR multiplex

– Techniques rapides vs. traditionnelles

– PCR vs. non PCR

– Séquençage à haut débit

TROD

Avantages

Rapidité

Facilité d’utilisation

Spécificité

Typage grippe A / B

Point-of-care ?

Coût ?

Inconvénients

Sensibilité faible

Non multiplexé

Surtout grippe et VRS

Lecture subjective (ICT)

Problème de la sensibilité des TROD grippe

Virus ARN = variabilité génétique

Exemple : grippe

Glissement antigénique

Echappement aux Ac de l’hôte

Echappement aux Ac du TROD

Petrova VN, Nat Rev Microbiol, 2018 ; Xu R, Science, 2010

Bruning AHL, Clin Infect Dis, 2017

Performances TROD grippe

Méta-analyse TROD grippe (n = 134 études)

Population Sensibilité Spécificité

Enfants 66,1 % 98,3 %

Adultes 34,1 % 99,2 %

Bruning AHL, Clin Infect Dis, 2017

Performances TROD grippe

Méta-analyse TROD grippe (n = 134 études)


Enfants 66,1 % 98,3 %

Adultes 34,1 % 99,2 %

Type de TROD Sensibilité Spécificité

Quick Vue Influenza® 44,6 % 99,3 %

Sofia Influenza® 75,3 % 95,3 %

Binax Now Influenza® 44,1 % 99,4 %

Direct Flu A + B® 35,8 % 99,2 %

Performances TROD VRS

Méta-analyse TROD VRS (n = 71 études)


Enfants 81 % 96 %

Adultes 29 % 99 %

Chartrand C, J Clin Microbiol, 2015

Performances TROD VRS

Méta-analyse TROD VRS (n = 71 études)


Enfants 81 % 96 %

Adultes 29 % 99 %

Type de TROD Sensibilité Spécificité

Directigen RSV® 80 % 93 %

Binax Now VRS® 81 % 97 %

RSV Respi-Strip® 79 % 99 %

Chartrand C, J Clin Microbiol, 2015

PCR multiplex

Avantages

Sensibilité

Spécificité

Tout type de prélèvement

Approche syndromique

Large panel de virus détectés

Détection des co-infections

Inconvénients

Durée ?

Coût ?

Contaminations PCR ?

Inhibitions PCR

Excrétions asymptomatiques

PCR multiplex

30 min 1h 2h 4h

Cobas® Liat

Xpert® xpressXpert®

Simplexa®

ARIES®

Panther

fusion®Simplexa®

grippe

+ VRS

Film

Array®

Verigene®

ePlex®

Panther

fusion®

NxTAG®

Allplex®Multiplex

Durée des PCR commerciales multiplex

Tendance : rapidité, simplicité d’utilisation, approches syndromiques

Questions

Quels virus?

Orientation clinique/épidémiologique difficile � large panel


Sensibilités variables : nature du prélèvement, qualité des écouvillons


Présent : attention aux TROD ; Avenir : approche syndromique

Merci de votre attention

Documents

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