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EXPERIENCE du CHU NOTRE DAME des SECOURS –Jbeil Liban
Pr Christian Haddad
Laboratoire et CTS CHU-NDS/USEK
APPROCHE SYNDROMIQUE dans les MENINGITES/ENCEPHALITES
3èmes Journées Internationales Francophones de Médecine de Laboratoire 4ème Journées de Biologie Praticienne
Alger 10-11 0ctobre 2019
PLAN
A- Discussion de cas
B- EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
C- METHODES de DIAGNOSTIC
D- FILMARRAY MULTIPLEX PCR/ PANEL ME
E- EXPERIENCE du CHU-NDS
PRESENTATION de CAS#1
• Femme de 48 ans
• Fièvre + céphalée + confusion (3j)
• T˚= 39.7˚C; pouls 90/mn; PA = 100/70 mmHg,
• EP: Désorientation (+)
• Vomissements (-), raideur de la nuque (-),
• M/E suspectées
• Examens de Labos + Rx+ PL
• Antibiotiques et Acyclovir
PRESENTATION de CAS#1 • TEST de LABOS: - GB = 13800/mm3; CRP = 14 mg/L; Créa/Urée/Gluc/Electrolytes: Normaux
- Analyse urines: Normale - Hémocultures: Négatives • ANALYSE du LCR:
- GB = 180/μl (80% Lymhocytes) - Glucose 67 mg/dL; Protéines = 98 mg/dL - Gram (-), agglutination latex test (-) - Culture du LCR - Multiplex PCR: ME panel
PRESENTATION de CAS #1
• FA ME panel (Multiplex PCR):
• HSV-1: détecté en moins de 70 min
• Arrêt des antibiotiques
• ACYCLOVIR 750 mg/ 8h
• Identification de l’agent causal:
1.5 h après la PL
PRESENTATION de CAS #2
• H 60 ans
• Fièvre (+) céphalée (1 mois)
• T˚= 38.5˚C; pouls 118 /mn
• PE: Vomissements (-), raideur nuque (+/-)
On a Suspecté M/E
• Tests labo + Rx + PL
• Traitement pour TB
PRESENTATION CAS #2 • IRM: négative TESTS LABOS: • GB = 8700/mm3 ; CRP = 0.33mg/L; VS=28 mm;
Crea/BUN/Electrolytes: Normaux • ANA: + 1/1280 F mouchetée • Urines: Normales • Hémocultures : Négatives ETUDE du LCR: - GB= 550/μl (80% Lymphocytes) - Glucose 47 mg/dL; Protéines = 297 mg/dL; Albumine: 1779 mg/dL - Gram (-) Latex agglutination test (-) - Herpes IgG+; VDRL - TPHA - ; HIV - ; ECA - ; RF - ; - Culture LCR - PCR pour TB - Multiplex PCR: ME panel
TRAITEMENT: anti TB , Diflucan , Rocéphine patient se détériore (somnolence, …)
PRESENTATION CAS#2
• FA ME panel (Multiplex PCR):
• HSV-2: diagnostiqué
• Acyclovir Amélioration clinique rapide
PLAN
A- Discussion de cas
B- EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
C- METHODES de DIAGNOSTIC
D- FILMARRAY MULTIPLEX PCR/ PANEL ME
E- EXPERIENCE du CHU-NDS
EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
• Urgences médicales/ Pronostic vital • Méningites: 1.7 million cas/an dans
le monde. • Méningites bactériennes: 170,000
décès /an dans le monde. • Encéphalites: 4.3 million cas/an et
150,000 décès/ an dans le monde.
- World Health Organisation 2012, Bacterial meningitis. http://www.who.int/nuvi/meningitis/en/index.html - Global, regional, and national incidence, prevalence, and years lived with disability for 310 diseases and injuries: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study. Lancet, 2015
EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
Rodrigo Hasbun et al. Clinical Infectious Diseases. 2017;65(3):359–63
EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
Rodrigo Hasbun et al. Clinical Infectious Diseases. 2017;65(3):359–63
EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
• Coût du traitement des méningites et des encéphalites chez les patients aux USA
J.M. Balada-Llasat et al. International Journal of Infectious Diseases. 71 (2018): 117-121
EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
• Diminution du fardeau des ME et amélioration
le traitement du patient Par identification précoce du pathogène en cause Traitement efficace avec le traitement adéquat. Réduire les risques de comorbidités et de
mortalité Réduire le coût de l’hospitalisation et du
traitement
PLAN
A- PRESENTATION de CAS
B- EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
C- METHODES de DIAGNOSTIC
D- FILMARRAY MULTIPLEX PCR/ME PANEL
E- EXPERIENCE du CHU-NDS
METHODES de DIAGNOSTIC
• Les techniques Moléculaires commercialisées disponibles FDA-approved pour la détection des pathogènes dans le LCR
T. He et al. Curr Infect Dis Rep, 2016
Fabricant Nom du test Organisme détecté Technologie Échantillon biologique
Temps de réalisation
Cepheid Xpert® EV Assay Enterovirus Real-time
PCR LCR 2.5h
BioMérieux NucliSENS EasyQ Enterovirus assay
Enterovirus NASBA et Real time
LCR 5h
Focus Diagnostics Simplexa HSV-1&2
Direct HSV-1, HSV-2
Real-time PCR
LCR : lésions
génitales 1 h
BioFire Diagnostics FilmArray® ME
panel 14 pathogènes
Multiplex PCR
LCR 1h
PLAN
A- Discussion de cas
B- EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
C- METHODES de DIAGNOSTIC
D- FILMARRAY MULTIPLEX PCR/ PANEL ME
E- EXPERIENCE du CHU-NDS
FILMARRAY® MULTIPLEX PCR • Panel multiplex PCR panel pour la mee des pathogènes
dasn le LCR (BioFire® Diagnostics LLC, Salt Lake City, UT).
• FDA : Octobre 2015.
• 14 pathogènes en 70 min.
• 200 μl de LCR.
Echantillon requis Paramètres et performance
• Type échantillon: LCR • Hands-on time: près de 2 minutes
• Volume nécessaire: 200 µL • Turnaround time: près d’1 heure
1. head of laboratory department at CHU-NDS
Comment fonctionne le FilmArray?
• The FilmArray :
La cassette du test: contient les réactifs sous forme lyophilisée nécessaires pour l’extraction , la PCR, et la détection
1. head of laboratory department at CHU-NDS
Comment fonctionne le FilmArray?
• Avant la mise en route, l’utilisateur injecte la solution de réhydratation et l’échantillon en même temps avec le tampon dans la poche.
• Le FilmArray fait le reste…
1. head of laboratory department at CHU-NDS
Comment fonctionne le FilmArray?
• D’abord, le FilmArray extrait et purifie tous les acides nucléiques de l’échantillon.
• Ensuite, le FilmArray effectue une PCR nichée (nested multiplex PCR) en 2 étapes
1. head of laboratory department at CHU-NDS
Comment fonctionne le FilmArray?
1- la première PCR, est une réaction est une réaction hautement multiplexée pour amplifier toutes les cibles du panel.
1. head of laboratory department at CHU-NDS
Comment fonctionne le FilmArray?
2- La deuxième PCR amplifie chaque cible individuellement dans un puits défini à l’aide d’un couple de la première PCR
1. head of laboratory department at CHU-NDS
Comment fonctionne le FilmArray?
• L’analyse automatique des courbes de fusion par le logiciel permet de générer le rapport des résultats
1. head of laboratory department at CHU-NDS
FILMARRAY® MULTIPLEX PCR
• 14 pathogènes en ̴ 70 min:
• 7 Virus, 6 Bactéries and 1 champignon
Bacteries Virus
Escherichia coli K1 Cytomegalovirus
Haemophilus influenzae Enterovirus
Listeria monocytogenes Herpes simplex virus 1
Neisseria meningitidis Herpes simplex virus 2
Streptococcus agalactiae Human herpesvirus 6
Streptococcus pneumoniae Human parechovirus
Varicella zoster virus
champignons
Cryptococcus neoformans/gattii
FILMARRAY® ME PANEL: Sensibilité et/Spécificité
Leber et al. J Clin Microbiol. 2016 Sep;54(9):2251-61
FILMARRAY® ME PANEL : durée du test
• le panel ME a démontré:
– 96% de concordance avec les méthodes conventionnelles de diagnostic
– Amélioration du temps nécessaire au diagnostic par 10.3 heures
Messacar K et al. Diagn Microbiol Infect Dis. 2016 Sep;86(1):118-20
Comparaison de performance
Tests conventionnels FilmArray ME Panel
Temps de diagnostic 13.3 hrs
(CI 10.7-16.0 hrs)
3 hrs
Rendement 45/138 43/138
Concordance 96%
FILMARRAY® ME PANEL: Duration of ATB therapy
• Comparison avec les méthodes de diagnostic conventionnelles.
• Durée du traitement antibiotique dans chaque cas
Tae Hun Kim et al. Open Forum Infectious Diseases, 2017.
TAT moyen 3.7 heures
Sensitibilité 100%
Spécificité 100%
Durée du traitement antibiotique Diminué : 76.69 h vs 28.38 h (P = 0.04)
Le FA° augmente le taux de positivité pour les infections virales er bactériennes Le FA° diminue le TAT
PLAN
A- Discussion de cas
B- EPIDEMIOLOGIE et FARDEAU des MENINGITES/ENCEPHALITES
C- METHODES de DIAGNOSTIC
D- FILMARRAY MULTIPLEX PCR/ PANEL ME
E- EXPERIENCE du CHU-NDS
EXPERIENCE du CHU-NDS
• 45 LCR : FilmArray® ME panel.
• Janvier 2018 – Juillet 2019.
• 27 H ; 18 F
• 17 adultes and 28 cas pédiatriques.
Intervalle Médiane
Age 1J – 92 ans 35.8 ans
GB dans le LCR/mm3 1 – 450/mm3 45/mm3
Temps d’obtention du résultat (h) 1.5 - 10 4.5
EXPERIENCE du CHU-NDS
Pathogènes détectés
Résultats
FilmArray® ME effectué sur LCR
45 patients
15 résultats Positifs
12 patients Enterovirus (+)
1 patient HSV-1 (+)
1 patient HSV 2 (+)
1patient HHV-6 (+)
30 résultats Négatifs
EXPERIENCE du CHU-NDS PATIENTS à RESULATS (+) POUR ME PANEL (n=15)
• 12 patients: Entérovirus (+); 1 patient: HSV-1 (+); 1patient HSV-2 (+); 1 patient HHV-6 (+)
• Les colos de Gram, latex et cultures de LCR étaient négatifs
Médiane Intervalle
Fièvre (:C) 39.1 38.5 - 40
GB sang /μL 9675 4570 - 14100
CRP (mg/L) 15 3 - 54
GB LCR /mm3 113 1 - 450
Du Résultat à l’arrêt du traitement ATB (h) 36.3 1 - 72
Durée hospitalisation( j) 4 2 - 14
EXPERIENCE CHU-NDS • Résultats Positifs: repris par Real-time PCR PPA = 100%.
FA ME PANEL XPERT® EV (CEPHEID) RESULTATS CONCORDANTS
P 1 EV (+) EV (+) OUI
P 2 EV (+) EV (+) OUI
P 3 EV (+) EV (+) OUI
P 4 EV (+) EV (+) OUI
P 5 EV (+) EV (+) OUI
P 6 EV (+) EV (+) OUI
P 7 EV (+) EV (+) OUI
P 8 EV (+) EV (+) OUI
P 9 EV (+) EV (+) OUI
P 10 EV (+) EV (+) OUI
P 11 EV (+) EV (+) OUI
P 12 EV (+) EV (+) OUI
FA ME PANEL ARTUS® HSV-1/2 PCR (QIAGEN) RESULTATS CONCORDANTS
P 13 HSV-1 (+) HSV-1 (+) OUI
P 14 HSV-2 (+) HSV-2 (+) OUI
EXPERIENCE du CHU-NDS CONCLUSION
• The FilmArray® ME panel showed:
– Amélioration de la rapidité du diagnostic si comparé aux méthodes traditionnelles: 4.5 h vs 13 h.
– Réduction d’une antibiothérapie INUTILE: 36.3 h vs 72 h.
TAKE-HOME MESSAGE
• M/E sont un enjeu vital et sont associés à un grand nombre d’hospitalisations, un coût élevé et la surconsommation d’ ATB
• Une rapide identification des pathogènes en cause est cruciale pour diminuer le fardeau sanitaire
• Le Multiplex PCR a démontré : Des résultats précis en comparison avec les méthodes
traditionnelles. Un TAT rapide + réduction des antibiothérapies inutiles Réduction du coût par réduction de la durée d’hospitalisation.
• Importance de l’approche syndromique pour améliorer les soins
patients