97–108 No. 11 Weekly epidemiological record Relevé … · 2012, 87, 97–108 No. 11 Contents 97 Antigenic and genetic characteristics of zoonotic influenza viruses and development

Weekly epidemiological recordRelevé épidémiologique hebdomadaire 16 MARCH 2012, 87th yeAR / 16 MARS 2012, 87e AnnéeNo. 11, 2012, 87, 97–108http://www.who.int/wer

2012, 87, 97–108 No. 11

Contents

97 Antigenic and genetic characteristics of zoonotic influenza viruses and development of candidate vaccine viruses for pandemic preparedness

Sommaire97 Caractéristiques antigéniques

et génétiques des virus grippaux zoonosiques et mise au point de virus vaccins candidats en vue de la préparation à une pandémie

97

World HealtH orgaNizatioN

geneva

orgaNiSatioN moNdiale de la SaNté

genève

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03.2012ISSn 0049-8114

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antigenic and genetic characteristics of zoonotic influenza viruses and development of candidate vaccine viruses for pandemic preparedness

February 2012 The development of representative can-didate influenza vaccine viruses, coordi-nated by WHO, remains an essential component of the overall global strategy for pandemic preparedness. Comparisons of the candidate vaccine viruses with re-spect to antigenicity and their relationship to newly emerging viruses are ongoing and will be reported periodically by WHO.

(1) Influenza A(H5N1)Since their re-emergence in 2003, highly pathogenic avian influenza A(H5N1) viruses have become enzootic in some countries and continue to cause outbreaks in poultry as well as sporadic human infections. The A(H5N1) viruses have diversified both genetically and antigeni-cally leading to the need for multiple candidate vaccine viruses for pandemic preparedness purposes. This summary provides updates on the characterization of A(H5N1) viruses isolated from birds and humans, and the current status of the development of candidate A(H5N1) vaccine viruses.

Influenza A(H5N1) activity: 20 September 2011–21 February 2012A(H5N1) viruses have been detected in birds in Africa, Asia, and the Middle East. Human infections have been reported to WHO from Cambodia, China, Egypt, Indonesia and Viet Nam, countries in which infections have also been reported in birds (Table 1).

antigenic and genetic characteristics

The nomenclature for phylogenetic rela-tionships among the haemagglutinin (HA)

Caractéristiques antigéniques et génétiques des virus grippaux zoonosiques et mise au point de virus vaccins candidats en vue de la préparation à une pandémie

Février 2012 La mise au point de virus vaccins grippaux candidats représentatifs, coordonnée par l’OMS, reste une composante essentielle de la stratégie mondiale de préparation à une pandémie. Les comparaisons entre virus vaccins candidats, s’agissant de leur antigéni-cité et de leur parenté avec les nouveaux virus émergents, se poursuivent et l’OMS en rendra compte périodiquement.

1) Grippe A (H5N1)Depuis leur réémergence en 2003, les virus grippaux A (H5N1) hautement pathogènes sont devenus enzootiques dans certains pays et continuent de provoquer des flambées chez les volailles et des infections sporadiques chez l’homme. Ces virus se sont diversifiés sur le plan génétique et antigénique, d’où la néces-sité de mettre au point de nombreux virus vaccins candidats dans le cadre de la prépara-tion à une pandémie. Le présent résumé fait le point de la caractérisation des virus A (H5N1) isolés chez des oiseaux et chez l’homme, ainsi que de l’état d’avancement des virus vaccins candidats.

Activité de la grippe A(H5N1): 20 septembre 2011-21 février 2012Des virus A (H5N1) ont été retrouvés chez des oiseaux en Afrique, en Asie et au Moyen-Orient. Des infections chez l’homme ont été notifiées à l’OMS par le Cambodge, la Chine, l’Égypte, l’Indonésie et le Viet Nam, pays dans lesquels des infections ont également été signalées chez les oiseaux (Tableau 1).

Caractéristiques antigéniques et génétiquesLa nomenclature des liens de parenté phylo-génétique existant entre les gènes de l’hémag-

98 Weekly ePIdeMIologICAl ReCoRd, no. 11, 16 MARCH 2012

genes of A(H5N1) viruses is defined in consultation with representatives of WHO, the Food and Agriculture Or-ganization of the United Nations (FAO), the World Or-ganisation for Animal Health (OIE) and academic insti-tutions. The updated nomenclature report can be found on the WHO website.1

Viruses circulating and characterized from 20 Septem-ber 2011 to 21 February 2012 belonged to the following clades.

Clade 1.1 viruses were detected in poultry, wild birds and one human in Cambodia, and in poultry and 2 humans in Viet Nam. Genetic characterization of the HA genes of the human viruses showed that they were closely related to clade 1.1 viruses that circulate in poul-try in these countries (Figure 1). The recent human and avian viruses reacted well with post-infection ferret antisera against the clade 1 viruses A/Viet Nam/1203/2004 and/or A/Viet Nam/1194/2004, viruses from which can-didate vaccine viruses have been developed (Table 2).

Clade 2.1.3.2 viruses were detected in three human cases in Indonesia. Genetic characterization of the HA genes of these viruses showed that they were similar to previ-ously reported clade 2.1.3.2 viruses isolated from birds and humans (Figure 2). Two of the human viruses were tested in HI assays and reacted well with post-infection ferret antiserum against the clade 2.1.3.2 vaccine can-

glutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) est définie en consultation avec des représentants de l’OMS, de l’Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation et l’Agriculture (FAO), de l’Organisation mondiale de la Santé animale (OIE) et d’ins-tituts universitaires. Le rapport portant sur cette actualisation de la nomenclature est publié sur le site Web de l’OMS.1

Les virus circulants et caractérisés entre le 20 septembre 2011 et le 21 février 2012 appartiennent aux clades qui suivent.

Des virus du clade 1.1 ont été détectés chez des volailles et une personne au Cambodge, ainsi que chez des volailles et 2 personnes au Viet Nam. La caractérisation génétique des gènes HA des virus humains a montré qu’ils étaient étroitement apparentés aux virus du clade 1.1 circulant chez les volailles dans ces pays (Figure 1). Les virus humains et aviaires récents ont bien réagi en présence d’immunsérums de furet postinfec-tion obtenus après inoculation des virus A/Viet Nam/1203/2004 et/ou A/Viet Nam/1194/2004 du clade 1, à partir desquels des virus vaccins candidats ont été mis au point (Tableau 2).

Des virus du clade 2.1.3.2 ont été détectés chez 3 cas humains en Indonésie. La caractérisation génétique des gènes HA de ces virus a montré qu’ils étaient comparables aux virus du clade 2.1.3.2 précédemment signalés et isolés chez des oiseaux et des êtres humains (Figure 2). Des épreuves IH ont été faites pour 2 des virus humains et ils ont bien réagi en présence d’immunsérum de furet postinfection obtenu après inoculation

1 Updated unified nomenclature system for the highly pathogenic H5N1 avian influenza viruses. Geneva, World Health Organization, 2011 (http://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/h5n1_nomenclature/en/, accessed March 2012).

1 Updated unified nomenclature system for the highly pathogenic H5N1 avian influenza viruses. Genève, Organisation mondiale de la Santé, 2011 (http://www.who.int/influenza/gisrs_labora-tory/h5n1_nomenclature/en/, consulté en mars 2012).

Table 1 Worldwide influenza A(H5N1) activity, 20 September 2011 – 22 February 2012Tableau 1 Activité de la grippe dans le monde, 20 septembre 2011-22 février 2012

Country, area or territory – Pays, zones ou territoires Host - Hôte Genetic clade – Clade génétique

Bangladesh Poultry – VolaillesWild birds – Oiseaux sauvages

2.2.2/2.3.2.12.3.2.1

Bhutan – Bhoutan Poultry – Volailles Unknown – Inconnu

Cambodia – Cambodge Poultry – VolaillesWild birds – Oiseaux sauvages

Human (1)a – Humain (1)a

1.11.11.1

China – Chine Poultry – Volailles Human (2) – Humain (2)

2.3.2.12.3.2.1/2.3.4.2

China, Hong Kong SAR – Chine, Hong Kong RAS Poultry – VolaillesWild birds – Oiseaux sauvages

2.3.2.12.3.2.1

Egypt – Egypte Poultry – VolaillesHuman (9) – Humain (9)

2.2.1/2.2.1.12.2.1 [5]b

India – Inde Poultry – VolaillesWild bird – Oiseaux sauvages

Unknown – InconnuUnknown – Inconnu

Indonesia – Indonésie Poultry – VolaillesHuman (7) – Humain (7)

Unknown – Inconnu2.1.3.2 [2]

Iran (Islamic Republic of) – Iran (République islamique d’) Poultry – Volailles 2.3.2.1

Nepal – Népal Poultry – VolaillesWild birds – Oiseaux sauvages

2.3.2.12.3.2.1

Viet Nam Poultry – VolaillesHuman (2) – Humain (2)

1.1/2.3.2.11.1 [2]

a Numbers in parentheses denote number of reported cases during this period. – Les chiffres entre parenthèses correspondent au nombre de cas confirmés survenus au cours de cette période.b Numbers in brackets denote the number of viruses for which genetic information is available. – Les chiffres entre crochets correspondent au nombre de virus pour lesquels les caractéristiques

génétiques sont connues.

Releve ePIdeMIologIque HebdoMAdAIRe, no 11, 16 MARS 2012 99

Figure 1 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clade 1 and 1.1 virus haemagglutinin (HA) genes showing available vaccine viruses (bold). Human influenza viruses are underlined.Figure 1 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) appartenant aux clades 1 et 1.1 montrant les virus vaccins disponibles (en gras). Les virus grippaux humains sont soulignés.

We gratefully acknowledge the contributions of the originating laboratories and countries which have provided samples and/or submitted sequence data to the DNA Data Bank of Japan, the European Molecular Biology Laboratory (England), GenBank, the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data and other public databases. Sequences have also been provided by the United Nations Food and Agriculture Organization Network of Expertise on Animal Influenza (OFFLU). – Nous remercions sincèrement pour leurs contributions les laboratoires et pays d’origine ayant fourni des échantillons et/ou soumis les données du séquençage à la Banque d’ADN du Japon, au Laboratoire européen de biologie moléculaire (Angleterre), au GenBank, à l’Initiative mondiale d’échange des données sur la grippe aviaire et autres banques de données publiques. Des séquences ont également été fournies par le Réseau d’experts de la grippe animale (OFFLU) de l’Organisation mondiale de la Santé animale/Organisation des Nations Unies pour l’Alimentation et l’Agriculture.

0.0050

A/duck/Can Tho Vietnam/CT-S3-190/2009


A/chicken/Vietnam/NCVD-425/2009

A/heron/Cambodia/TM068/2011

A/Vietnam/VP12-3/2012

A/Cambodia/V0401301/2011

A/marabou stork/Cambodia/TM068/2011

A/Vietnam/1203/2004

A/duck/Vietnam/NCVD-363/2009



A/Cambodia/W0112303/2012





A/Cambodia/R0405050/2007

A/Vietnam/1194/2004

A/duck/Bac Lieu Vietnam/BL-S4-1417/2009

A/chicken/Vietnam/V0131304/2011




A/muscovy duck/Vietnam/OIE-559/2011

A/chicken/Can Tho Vietnam/CT-S11-401/2010




A/Cambodia/U0417030/2010


A/chicken/Bac Lieu Vietnam/BL-S12-1415/2009


A/Cambodia/JP52a/2005


1

1.1


didate virus produced from A/Indonesia/5/2005 (Ta-ble 3). No virologic information is yet available for the other most recent human cases in Indonesia. Clade 2.1.3.1 and 2.1.3.2 viruses were isolated from poultry in Indo-nesia during 2011.

Clade 2.2.1 viruses continue to circulate in commercial and backyard poultry in Egypt with sporadic transmis-sion to humans. Viruses detected during the period were genetically similar to those isolated previously from poultry and humans (Figure 3). Recent human viruses available for testing reacted with post-infection ferret antiserum against A/Egypt/N03072/2010 (albeit with reduced titres), a virus from which a candidate vaccine virus has been developed.

Clade 2.2.1.1 viruses previously circulated in the com-mercial poultry sector in Egypt but were not identified in the reporting period.

Clade 2.2.2 viruses were detected in poultry in Bangla-desh. Genetically these viruses were similar to viruses detected in this region in previous years. Post-infection ferret antiserum against the clade 2.2 virus A/bar-headed goose/Qinghai Lake/1A/2005, a virus from which a candidate vaccine virus has been developed, reacted well with the recent clade 2.2.2 viruses.

Clade 2.3.2.1 viruses were detected in wild birds in Bangladesh and China Hong Kong Special Administra-tive Region (China Hong Kong SAR), in poultry in Bangladesh, China, China Hong Kong SAR, the Islamic Republic of Iran, Nepal and Viet Nam, and in a human in China. Those clade 2.3.2.1 viruses belonging to the A/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010-like genetic group, which included the human virus from

du virus vaccin candidat du clade 2.1.3.2, produit à partir du virus A/Indonesia/5/2005 (Tableau 3). On ne dispose pas encore d’informations virologiques pour les autres cas humains les plus récents en Indonésie. Des virus appartenant aux clades 2.1.3.1 et 2.1.3.2 ont été isolés chez des volailles en Indo-nésie en 2011.

Des virus appartenant au clade 2.2.1 continuent de circuler chez les volailles commerciales ou de basse cour en Égypte avec transmission sporadique à l’homme. Les virus détectés au cours de la période étaient génétiquement comparables à ceux isolés précédemment chez les volailles et chez l’homme (Figure 3). Les virus récemment retrouvés chez l’homme et disponibles pour analyse ont réagi en présence d’immunsérum de furet postin-fection obtenu après inoculation du virus A/Egypt/N03072/2010 (bien qu’avec des titres réduits), à partir duquel un virus vaccin candidat a été mis au point.

Des virus du clade 2.2.1.1 ont circulé précédemment dans le secteur des volailles commerciales en Égypte mais aucun n’a été retrouvé au cours de la période de notification.

Des virus du clade 2.2.2 ont été détectés chez des volailles au Bangladesh. Sur le plan génétique, ces virus étaient comparables à ceux retrouvés dans cette région les années précédentes. Ces virus récents du clade 2.2.2 ont bien réagi en présence d’im-munsérum de furet postinfection obtenu après inoculation du virus A/bar-headed goose/Qinghai Lake/1A/2005, à partir duquel un virus vaccin candidat a été mis au point.

Des virus appartenant au clade 2.3.2.1 ont été détectés chez des oiseaux sauvages au Bangladesh et en Chine (Région adminis-trative spéciale (RAS) de Hong Kong), ainsi que chez des volailles au Bangladesh, en Chine (Région administrative spéciale (RAS) de Hong Kong), au Népal, en République isla-mique d’Iran et au Vietnam et chez une personne en Chine. Les virus du clade 2.3.2.1 appartenant au groupe génétique de type A/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010, parmi lesquels le

Table 2 Antigenic properties of recent influenza clade 1.1 A(H5N1) virusesTableau 2 Propriétés antigéniques des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 1.1

Reference ferret antisera – Immunsérums de furet de référence

Antigens – Antigènes Clade Vn/1203/04 Vn/1194/04Ck/Vn

/NCVD-775/11Egypt/3300/08

Reference viruses – Virus de référence

A/Viet Nam/1203/2004 1 320 160 160 5

A/Viet Nam/1194/2004 1 160 80 160 5

A/chicken/Viet Nam/NCVD-775/2011 1.1 160 80 80 5

A/Egypt/3300-NAMRU3/2008 2.2.1.1 20 5 5 5120

Test viruses – Virus d’épreuve


A/duck/Viet Nam/NCVD-363/2009 1.1 320 80 160 5


A/duck/Viet Nam/NCVD-827/2011 1.1 80 40 80 5


A/Cambodia/V0401301/2011 1.1 640 1280 640 5

A/Viet Nam/VP12-3/2012 1.1 80 20 160 5

Numbers in bold indicate homologous antiserum/antigen titres. – Les chiffres en caractères gras indiquent des titres homologues d’antisérum en présence d’antigènes.


Figure 2 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clade 2.1 virus haemagglutinin (HA) genes (bold). Human influenza viruses are underlined.Figure 2 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.1 (en gras). Les virus grippaux humains sont soulignés.


0.0050

A/chicken/Deli/BPPVRI-238-2/2008

A/chicken/Banjarbaru/BPPVRV-26/2010

A/chicken/Payakumbuh/BPPVRII-236/2009

A/Indonesia/7/2005A/Indonesia/5/2005

A/duck/Hunan/795/2002

A/chicken/Banyumas/BBVW-1555b-XII/2008

A/chicken/Sleman/BBVW-180-III/2010

A/Indonesia/625/2006

A/chicken/Indonesia/157/2011

A/chicken/Klaten/BBVW109-II/2010

A/chicken/Lampung/BPPVRIII-10-161/2010

A/chicken/Mamuju/BBV Maros/2007

A/chicken/Pinrang/BBV Maros1/2007


A/chicken/Ambon-2/BBV Maros/2007


A/chicken/Denpasar BBV Dps/182/2007

A/bird/Gunung_Kidul/BBVW-52-I/2010

A/chicken/Maros-1/BBV Maros/2008

A/chicken/Ponorogo/BBVW-197/2007

A/chicken/Sidrap/BBV Maros/2008

A/chicken/East-Java/Blitar/029/2009

A/chicken/Palu/BBVM-67/2010

A/chicken/Bantaeng/BBV Maros/2008

A/chicken/Agam/BPPVRII-682/2009

A/Indonesia/NIHRD11767/2011

A/Indonesia/7272/2008A/Indonesia/7261/2008

A/chicken/Tasikmalaa/BBVW-991-VI/2009


A/quail/Klaten/BBVW-110-II/2010

A/chicken/Sleman/BBVWts Aciar28-95/2008A/Indonesia/CDC1032/2007


A/chicken/Badung BBVet Dps/302/2007

A/chicken/Kudus/BBVW-1486-IX/2009

A/chicken/Palopo/BBV Maros/2007

A/chicken/BBVet Dps/560/2007


A/Indonesia/NIHRD11771/2011

A/chicken/Kapuas/BPPVRV-342/2009

A/chicken/Kuningan/BBVW-1004-VI/2009


A/chicken/Temanggung/BBVW-1203b-VIII/2009

2.1.3.2

2.1.3.1

2.1.3.3

2.12.1.12.1.22.1.3


China, reacted well with post-infection ferret antiserum to the candidate vaccine virus A/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010 (Table 4a) and were genetically similar to each other (Figure 4). Some recent clade 2.3.2.1 avian viruses from Bangladesh and Viet Nam belonging to the A/Hubei/1/2010-like genetic group showed reduced reactivity with post-infection ferret antiserum against A/Hubei/1/2010, a virus from which a candidate vaccine virus has been developed. They retained good reactivity with post-infection ferret anti-serum against A/common magpie/Hong Kong/5052/2007, a virus from which a candidate vaccine virus has been developed (Table 4b). Increased genetic heterogeneity in HA gene sequence was observed within the A/Hubei/1/2010-like group (Figure 4).

A Clade 2.3.4.2 virus was isolated from a human in China. Although this virus was genetically distinct from viruses characterised previously (Figure 5), it reacted

Table 3 Antigenic properties of recent influenza clade 2.1.3.2 A(H5N1) virusesTableau 3 Propriétés antigéniques des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.1.3.2


Antigens – Antigènes Clade Indo/5/05 Indo/5/05 RG2 Anhui/05Indo/NIHRD11771/11

Reference viruses – Virus de référenceA/Indonesia/5/2005 2.1.3.2 320 320 40 160

A/Indonesia/5/2005 IBCDC-RG2 2.1.3.2 640 640 80 160

A/Anhui/1/2005 IBCDC-RG5 2.3.4.2 320 160 640 320

Test viruses – Virus d’épreuveA/Indonesia/NIHRD11771/2011 2.1.3.2 160 80 10 1280

A/Indonesia/NIHRD11767/2011 2.1.3.2 160 80 20 640


virus humain en Chine, ont bien réagi en présence d’immun-sérum de furet postinfection obtenu après inoculation du virus vaccin candidat A/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010 (Tableau 4a) et étaient génétiquement comparables les uns aux autres (Figure 4). Certains virus aviaires récents du clade 2.3.2.1 provenant du Bangladesh et du Viet Nam et appartenant au groupe génétique de type A/Hubei/1/2010 ont eu une réaction réduite en présence d’immunsérum de furet postinfection obtenu après inoculation du virus A/Hubei/1/2010, à partir duquel un virus vaccin candidat a été mis au point. Ils ont conservé une bonne réactivité en présence d’immunsérum de furet postinfection obtenu après inoculation du virus A/common magpie/Hong Kong/5052/2007, à partir duquel un virus vaccin candidat a été mis au point (Tableau 4b). On a observé une hétérogénéité génétique croissante sur la séquence du gène HA dans le groupe de type A/Hubei/1/2010 (Figure 4).

Un virus du clade 2.3.4.2 a été isolé chez une personne en Chine. Bien que ce virus ait été génétiquement distinct des virus carac-térisés auparavant (Figure 5), il a bien réagi en présence d’im-

Table 4a Antigenic properties of recent influenza clade 2.3.2.1 A(H5N1) virusesTableau 4a Propriétés antigéniques des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.3.2.1


Antigens – Antigènes Clade BS/HK/1161/10 Ck/HK/729.1/09 Ck/HK/5572/10 Ck/HK/6841/10 MD/ Vm/1/09

Reference viruses – Virus de référenceA/barn swallow/Hong Kong/1161/2010 2.3.2.1 160 40 80 320 <40

A/chicken/Hong Kong/729.1/2009 2.3.2.1 640 1280 160 1280 80

A/chicken/Hong Kong/5572/2010 2.3.2.1 40 <40 640 320 <40

A/chicken/Hong Kong/6841/2010 2.3.2.1 160 40 160 640 <40

A/Muscovy duck/Viet Nam/1/2009 2.3.4.3 <40 <40 <40 <40 640

Test viruses – Virus d’épreuveA/Guangdong/1/2011 2.3.2.1 40 160 160 160 <40

A/black-headed gull/Hong Kong/44/2012 2.3.2.1 40 80 80 80 <40

A/black-headed gull/Hong Kong/6671/2011 2.3.2.1 40 160 80 160 <40

A/little egret /Hong Kong/1237/2012 2.3.2.1 40 80 80 80 <40

A/chicken/Hong Kong/7035.1/2011 2.3.2.1 40 <40 160 160 <40

A/goose/Hong Kong /1771/2012 2.3.2.1 80 <40 80 320 <40



Figure 3 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clade 2.2.1 virus haemagglutinin (HA) genes (bold). Human influenza viruses are underlined.Figure 3 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.2.1 montrant les virus vaccins disponibles (en gras). Les virus grippaux humains sont soulignés.


0.0050A/chicken/Egypt/11506sf/2011

A/chicken/Egypt/3982-14/2010

A/chicken/Egypt/9403-NAMRU3/2007

A/chicken/Egypt/11VIR4453-68/VRLCU/2011

A/Egypt/N11470/2011

A/Egypt/2321-NAMRU3/2007

A/Egypt/N09966/2011

A/goose/Egypt/M2794E/2011


A/Egypt/N09539/2009

A/chicken/Egypt/S3280D/2011

A/duck/Egypt/Q2645C/2010


A/duck/Egypt/M2583A/2010

A/Egypt/N6828/2011



A/Egypt/N03072/2010


A/whooper_swan/Mongolia/244/2005A/turkey/Turkey/1/2005

A/Egypt/N6322/2011

A/chicken/Egypt/S3093A/2011

A/chicken/Egypt/1119AF/2011

A/Egypt/N10621/2011

A/Egypt/N01982/2010

A/Egypt/N7562/2011



A/Egypt/N6774/2011

A/ck/Egypt/11VIR4453-18/VRLCU/2010

A/duck/Egypt/M3075B/2011

A/chicken/Egypt/11765s/2011

A/duck/Egypt/M2583D/2010A/duck/Egypt/M2583C/2010

A/Egypt/N0544/2011

A/duck/Egypt/11762s/2011


A/Egypt/N11126/2011A/duck/Egypt/11685s/2011



A/duck/Egypt/1120smf/2011


A/bar-headed goose/Qinghai/1A/2005

A/Bangladesh/3233/2011

A/chicken/Egypt/S3280B/2011

A/chicken/Egypt/115AD/1201


A/chicken/Israel/65/2010

A/Egypt/N7724/2011

A/chicken/Egypt/11764s/2011

A/Egypt/N0423/2011


A/chicken/India/NIV33487/2006

A/chicken/Egypt/M2773A/2011

A/goose/Egypt/M2794A/2011

2.2.1.1

2.2.1


Figure 4 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clade 2.3.2.1 virus haemagglutinin (HA) genes (bold). Human influenza viruses are underlined.Figure 4 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.3.2.1 (en gras). Les virus grippaux humains sont soulignés.


0.0040

A/common buzzard/Bulgaria/38WB/2010

A/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010


A/duck/Bangladesh/4120T/2011

A/Peregrine falcon/HK/2316/2012

A/waterfowl/Bangladesh/31935/2011


A/duck/Iran/11VIR5316-1/2011

A/duck/Laos/471/2010A/Hong_Kong/6841/2010

A/whooper swan/Hokkaido/1/2008

A/domestic goose/Hong Kong/1733/2011

A/chicken/Tibet/1/2011

A/crow/Bangladesh/1008/2011


A/goose/Bangladesh/11VIR5234-21/2011

A/chicken/Yinmarbin Myanmar/SP-10-295/2010

A/chicken/Hong Kong/729-1/2009

A/Guangxi/1/2009

A/crow/Bangladesh/11rs1984-11/2011



A/Guangdong/1/2011


A/duck/Laos/1020/2010

A/herring gull/Mongolia/833T/2009

A/duck/Nepal/5Tzoo/2011

A/chicken/Hong Kong/5572/2010A/duck/Vietnam/NCVD-885/2010

A/domestic goose/Hong Kong/1771/2012

A/Hubei/1/2010

A/Black-headed gull/Hong Kong/44/2012

A/chicken/Bangladesh/4070T/2011

A/chicken/Tanse Myanmar/SP-11-329/2011

A/Black-headed Gull/Hong Kong/84/2012


A/chicken/Bangladesh/11303/2011



A/wild bird/Bangladesh/315T/2011


A/chicken/Bangladesh/11VIR5234-37/2011


A/duck/Nepal/DTS24/2010


A/duck/India/02AF1/2011

A/common magpie/HK/5052/2007

A/chicken/Nepal/T10-BH/2011



A/whooper_swan/Hokkaido/4/2011

A/duck/Bangladesh/11VIR5234-24/2011

A/goose/Hong Kong/631.1/2009


A/bar-headedgoose/Mongolia/X53/2009


A/tundra swan/Mongolia/1T/2010


A/chicken/Sittwe Myanmar/11-084/2011

A/duck/Lao/152/2011

A/swine/Guangxi/NS592/2011


A/little egret/Hong Kong/1237/2012

A/chicken/India/CA0302/2011


well with post-infection ferret antiserum against A/Anhui/1/2005, a virus from which a candidate vaccine virus has been developed.

Influenza A(H5N1) candidate vaccine viruses Based on the current antigenic, genetic and epidemio-logical data, no new candidate vaccine viruses are pro-posed. The available and proposed A(H5N1) candidate vaccine viruses are listed in Table 5. On the basis of geographic spread, epidemiology and antigenic and ge-netic properties of the A(H5N1) viruses in particular locations, national authorities may consider the use of one or more of these candidate vaccine viruses for pilot lot vaccine production, for clinical trials and other pan-demic preparedness purposes.

As the viruses continue to evolve, new A(H5N1) candi-date vaccine viruses will be developed and announced as they become available. Institutions, companies and others who wish to receive these candidate vaccine viruses should contact WHO at [email protected] or the institutions listed in announcements published on the WHO website.2

(2) Influenza A(H9N2)Influenza A(H9N2) viruses are enzootic in poultry popu- lations in parts of Asia and the Middle East. The majority of viruses that have been sequenced belong either to the G1 clade or the chicken/Beijing (Y280/G9)

munsérum de furet postinfection obtenu après inoculation du virus A/Anhui/1/2005, à partir duquel un virus vaccin candidat a été mis au point.

Virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1) En se basant sur les données antigéniques, génétiques et épidé-miologiques actuelles, aucun nouveau virus vaccin candidat n’est proposé. Les virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1) disponibles sont énumérés dans le Tableau 5. Sur la base de la propagation géographique, de l’épidémiologie et des propriétés antigéniques et génétiques des virus A (H5N1) dans certains endroits, les autorités nationales peuvent envisager d’utiliser un ou plusieurs de ces virus vaccins candidats pour la production de lots de vaccins pilotes destinés à des essais cliniques et à la préparation à une pandémie.

Au fur et à mesure de l’évolution des virus, de nouveaux virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1) vont être mis au point et annoncés dès qu’ils seront disponibles. Les institutions, les firmes et autres entités souhaitant recevoir ces virus vaccins candidats doivent contacter l’OMS à l’adresse suivante: [email protected] ou les institutions dont les noms figurent dans les communiqués publiés sur le site Web de l’OMS.2

2) grippe a (H9N2)Les virus grippaux A (H9N2) sont enzootiques dans les popula-tions de volailles de certaines parties d’Asie et du Moyen-Orient. La majorité des virus qui ont été séquencés appartiennent au clade G1 ou au clade chicken/Beijing (Y280/G9). Depuis 1998,

Table 4b Antigenic properties of recent influenza clade 2.3.2.1 A(H5N1) virusesTableau 4b Propriétés antigéniques des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.3.2.1


Antigens – Antigènes Clade cm/HK/5052/07 HK/6841/10 Hubei/10 cr/Bang/1061/11 ck/Vn/700/11 Anhui/05

Reference viruses – Virus de référenceA/common magpie/Hong Kong/5052/2007 2.3.2.1 320 320 40 160 40 5

A/Hong Kong/6841/2010 2.3.2.1 320 160 80 160 40 5

A/Hubei/1/2010 PR8 IDCDC RG-30 2.3.2.1 320 320 320 160 40 5

A/crow/Bangladesh/1061/2011 2.3.2.1 20 80 40 80 40 5

A/chicken/Viet Nam/NCVD-700/2011 2.3.2.1 40 160 80 80 160 5

A/Anhui/1/2005 2.3.4 40 20 20 5 80 320

Test viruses – Virus d’épreuveA/duck/Viet Nam/NCVD-760/2011 2.3.2.1 20 80 80 80 160 5

A/duck/Viet Nam/NCVD-815/2010 2.3.2.1 320 160 40 80 40 5

A/chicken/Bangladesh/4070T/2011 2.3.2.1 160 320 80 160 40 5

A/chicken/Bangladesh/11303/2011 2.3.2.1 320 320 80 160 160 5

A/duck/Bangladesh/4120T/2011 2.3.2.1 320 320 80 320 40 5

A/duck/Bangladesh/4124T/2011 2.3.2.1 160 320 40 80 40 5

A/wild bird/Bangladesh /315T/2011 2.3.2.1 160 320 40 160 40 5

A/crow/Bangladesh/1058/2011 2.3.2.1 160 160 80 160 40 5


2 Candidate vaccine viruses and potency testing reagents for influenza A(H5N1). Available at http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/candidates_reagents/a_h5n1/en/, accessed March 2012.

2 Candidate vaccine viruses and potency testing reagents for influenza A(H5N1). Voir: http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/candidates_reagents/a_h5n1/en/, consulté en mars 2012.


Figure 5 Phylogenetic relationships of influenza A(H5N1) clade 2.3.4 virus haemagglutinin (HA) genes (bold). Human influenza viruses are underlined. A vaccine virus pending final development is shown in the box.Figure 5 Classification phylogénétique des gènes de l’hémagglutinine (HA) des virus grippaux A (H5N1) appartenant au clade 2.3.4 (en gras). Les virus grippaux humains sont soulignés. Un virus grippal en attente de mise au point finale est montré dans la boîte.


0.0040

A/Guizhou/1/2009


A/duck/Laos/9/2010




A/chicken/Debayin Myanmar/PM-11-449/2011

A/duck/Laos/3295/2006A/Anhui/1/2005

A/chicken/Bangladesh/3012/2011



A/chicken/Mayangone Myanmar/PM-10-182/2010

A/Vietnam/UT31413II/2008

A/chicken/Vietnam/27310/2009


A/chicken/Guiyang/821/2011

A/Muscovy Duck/Vietnam/1/2009


A/Vietnam/HN36282/2010


A/chicken/Hong Kong/AP156/2009

A/Vietnam/HN31432M/2008

A/chicken/Laos/KL001/2010


A/Hunan/2/2009

A/chicken/Bangladesh/11rs1984-30/2011

A/chicken/Mingalardone Myanmar/PM-10-254/2010


A/chicken/Ye U Myanmar/PM-11-525/2011

A/Vietnam/HN31323/2007

A/Guizhou/1/2012

A/environment/Guizhou/2/2009

A/Japanese white-eye/HK/1038/2006

2.3.4.2

2.3.4

2.3.4.3

2.3.4

2.3.4.1

clade. Since 1998, when the first human infection was de-tected, the isolation of A(H9N2) viruses from humans and swine has been reported infrequently. In all human cases the associated disease symptoms have been mild and there has been no evidence of human-to-human transmission.

Influenza A(H9N2) activity: 20 September 2011–21 February 2012No human cases of A(H9N2) infections have been re-ported in the period. A(H9N2) viruses of the G1 clade

année au cours de laquelle on a détecté le premier cas d’infection humaine, l’isolement des virus A (H9N2) chez l’homme et chez le porc a été peu souvent notifié. Dans tous les cas connus chez l’homme, les symptômes associés ont été bénins et aucune transmission interhumaine n’a été mise en évidence.

activité de la grippe a (H9N2): 20 septembre 2011-21 février 2012On n’a enregistré aucun cas d’infection humaine par le virus A (H9N2) au cours de cette période. Des virus A (H9N2) du


have been reported in poultry in Egypt for the first time. Viruses from poultry in the Middle East and Bangladesh also belonged to this clade. In China and Viet Nam the majority of the A(H9N2) viruses detected in poultry belonged to the Y280 and Korean clades. Y280-like and G1-like viruses circulate in poultry in China Hong Kong SAR.

As the viruses continue to evolve, new A(H9N2) candi-date vaccine viruses will be developed (Table 6) and announced as they become available. Institutions, com-panies and others who wish to receive these candidate vaccine viruses should contact WHO at [email protected] or the institutions listed in announcements published on the WHO website.3

(3) Influenza A(H3N2) variant (v)4

Eight human infections of A(H3N2)v in 4 states of the United States were detected in the period. Genetically

clade G1 ont été signalés pour la première fois chez des volailles en Égypte. Les virus chez des volailles au Moyen-Orient et au Bangladesh appartenaient aussi à ce clade. En Chine et au Viet Nam, la majorité des virus A (H9N2) détectés chez des volailles appartenaient aux clades Y280 et Korean. Des virus de type Y280 et de type G1 circulent chez les volailles en Chine (Région admi-nistrative spéciale (RAS) de Hong Kong).

Au fur et à mesure de l’évolution des virus, de nouveaux virus vaccins candidats contre la grippe A (H9N2) vont être mis au point (Tableau 6) et annoncés dès qu’ils seront disponibles. Les institutions, les firmes et autres entités souhaitant recevoir ces virus vaccins candidats doivent contacter l’OMS à l’adresse suivante: [email protected], ou les institutions dont les noms figurent dans les communiqués publiés sur le site Web de l’OMS.3

3) grippe a(H3N2) variant (v)4

Huit cas d’infection humaine par le virus A (H3N2)v dans 4 États des Etats-Unis ont été détectés au cours de la période.

Table 5 Status of development of influenza A(H5N1) candidate vaccine viruses, February 2012Tableau 5 État d’avancement de la mise au point des virus vaccins candidats contre la grippe A (H5N1), février 2012

Virus Clade Institutiona Availability – Disponibilité

Candidate vaccine viruses – Virus vaccins candidats

A/Cambodia/R0405050/2007 1.1 NIBSC Yes – OuiA/Viet Nam/1203/2004 1 CDC & SJCRH Yes – OuiA/Viet Nam/1194/2004 1 NIBSC Yes – OuiA/duck/Hunan/795/2002 2.1 SJCRH Yes – OuiA/Indonesia/5/2005 2.1.3.2 CDC Yes – OuiA/bar-headed goose/Qinghai/1A/2005 2.2 SJCRH Yes – OuiA/chicken/India/NIV33487/2006 2.2 CDC/NIV Yes – OuiA/whooper swan/Mongolia/244/2005 2.2 SJCRH Yes – OuiA/Egypt/3300-NAMRU3/2008 2.2.1.1 CDC Yes – OuiA/Egypt/2321-NAMRU3/2007 2.2.1 CDC Yes – OuiA/Turkey/Turkey/1/2005 2.2.1 NIBSC Yes – OuiA/Egypt/N03072/2010 2.2.1 CDC Yes – OuiA/common magpie/Hong Kong/5052/2007 2.3.2.1 SJCRH Yes – OuiA/Hubei/1/2010 2.3.2.1 CDC Yes – OuiA/barn swallow/Hong Kong/D10-1161/2010 2.3.2.1 SJCRH Pending – En attenteA/chicken/Hong Kong/AP156/2008 2.3.4 SJCRH Yes – OuiA/Anhui/1/2005 2.3.4 CDC Yes – OuiA/duck/Laos/3295/2006 2.3.4 FDA Yes – OuiA/Japanese white eye/Hong Kong/1038/2006 2.3.4 SJCRH Yes – OuiA/goose/Guiyang/337/2006 4 SJCRH Yes – OuiA/chicken/Viet Nam/NCVD-016/2008 7.1 CDC Yes – OuiA/chicken/Viet Nam/NCDV-03/2008 7.1 CDC Pending – En attente

Candidate vaccine viruses in preparation – Virus vaccins candidats en préparation

A/chicken/Bangladesh/11rs1984-30/2011-like 2.3.4.2 CDC Pending – En attente

a Institutions distributing the candidate vaccine virus – Institutions distribuant le virus vaccin candidat

CDC, Centers for Disease Control and Prevention, United States; CDC/NIV; Centers for Disease Control and Prevention, United States, in collaboration with the National Institute of Virology, India; FDA, Food and Drug Administration, United States; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, England; SJCRH, St Jude Children’s Research Hospital, United States.– CDC, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis; CDC/NIC, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis en collaboration avec le National Institute of Virology, Inde; FDA, Food and Drug Administration, États-Unis; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, Angleterre; SJCRH, St. Jude Children’s Research Hospital, États-Unis.

3 Candidate vaccine viruses for A(H9N2). Available at http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/candidates_reagents/a_h9n2/en/, accessed March 2012.

4 Standardization of terminology for the variant A(H3N2) virus recently infecting humans. Available at http://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/terminology_ah3n2v/en/, accessed March 2012.

3 Candidate vaccine viruses for A(H9N2). Voir http://www.who.int/influenza/vaccines/virus/candi-dates_reagents/a_h9n2/en/, consulté en mars 2012.

4 Standardization of terminology for the variant A(H3N2) virus recently infecting humans. Voir http://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/terminology_ah3n2v/en/, consulté en mars 2012.


these 8 viruses were similar to viruses that circulate in swine in the United States and also to the previously reported 2011 A(H3N2)v viruses.5 These viruses reacted well with post-infection ferret antisera to A/Minne-sota/11/2010 and A/Indiana/10/2011, viruses from which candidate vaccine viruses (NYMC X-203 and NYMC X-213, respectively) have been developed. Available can-didate vaccine viruses are shown in Table 7.

(4) Influenza A(H1N1)v and A(H1N2)vSingle human infections with A(H1N2)v and A(H1N1)v viruses have been detected in the United States in the reporting period.6 The A(H1N2)v virus is similar to viruses known to circulate in swine in the United States and has HA, NA and PA genes of human virus origin. The A(H1N1)v virus is a reassortant between endemic North American swine viruses and A(H1N1)pdm09 vi-ruses which are also known to circulate in swine in this region; its HA and NA genes are derived from classical A(H1N1) swine viruses. Candidate vaccine viruses are not proposed at this time based on a risk assessment of the antigenic and genetic characteristics of these A(H1N1)v and A(H1N2)v viruses.

Sur le plan génétique, ces 8 virus étaient comparables à ceux qui circulent chez le porc aux États-Unis, ainsi qu’aux virus A(H3N2)v précédemment notifiés en 2011.5 Ces virus ont bien réagi en présence d’immunsérums de furet postinfection obte-nus après inoculation des virus A/Minnesota/11/2010 and A/Indiana/10/2011, à partir desquels des virus vaccins candidats (NYMC X-203 and NYMC X-213, respectivement) ont été mis au point. Les virus vaccins candidats disponibles sont présentés au Tableau 7.

4) grippe a(H1N1)v et a(H1N2)vDes cas uniques d’infection humaine par les virus A(H1N2)v et A(H1N1)v ont été détectés aux États-Unis au cours de la période de notification.6 Le virus A(H1N2)v est comparable aux virus dont on sait qu’ils circulent chez les porcs aux Etats-Unis et il a des gènes HA, NA et PA provenant de virus humains. Le A(H1N1)v est un virus réassorti entre les virus porcins endé-miques en Amérique du Nord et les virus A(H1N1)pdm09 dont on sait qu’ils circulent aussi chez les porcs dans cette région; ses gènes HA et NA dérivent des virus porcins A (H1N1) clas-siques. Il n’est pas proposé de virus vaccins candidats pour l’instant, sur la base de l’évaluation du risque et des caractéris-tiques antigéniques et génétiques de ces virus A(H1N1)v et A(H1N2)v.

Table 6 Status of development of influenza A(H9N2) candidate vaccine viruses, February 2012Tableau 6 État d’avancement de la mise au point des virus vaccins candidats contre la grippe A(H9N2), février 2012

Virus Type Clade Institutiona Availability – Disponibilité

Available candidate vaccine viruses – Virus vaccines disponiblesA/Hong Kong/1073/1999 Wild type – Type sauvage G1 NIBSC Yes – OuiA/chicken/Hong Kong/G9/1997 Reverse genetics – Génétique inverse Y280/G9 NIBSC Yes – OuiA/chicken/Hong Kong/G9/1997 Conventional reassortant – Réassorti classique Y280/G9 CDC Yes – OuiA/Hong Kong/33982/2009(IBCDC-RG26) Reverse genetics – Génétique inverse G1 CDC Yes – Oui

Viruses proposed by WHO for candidate vaccine virus preparation – Virus proposés par l’OMS pour la préparation de vaccins candidatsA/Bangladesh/0994/2011-like Reverse genetics and conventional –

Génétique inverse et classiqueG1 CDC/NIBSC


CDC, Centers for Disease Control and Prevention, United States; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, England.– CDC, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis; NIBSC, National Institute for Biological Standards and Control, Health Protection Agency, Angleterre.

5 Variant (Swine Origin) Influenza Viruses in Humans. Available at http://www.cdc.gov/flu/swineflu/variant.htm, accessed March 2012.

6 See http://www.cdc.gov/mmwr/

5 Variant (Swine Origin) Influenza Viruses in Humans. Voir http://www.cdc.gov/flu/swineflu/va-riant.htm, consulté en mars 2012.

6 Voir http://www.cdc.gov/mmwr/

Table 7 Status of development of influenza A(H3N2)v candidate vaccine viruses, February 2012Tableau 7 État d’avancement de la mise au point des virus vaccins candidats contre la grippe A(H3N2)v, février 2012

Virus Type Institutiona Availability – Disponibilité

Candidate vaccine viruses – Virus vaccins candidats A/Minnesota/11/2010 (NYMC X-203) Conventional reassortant – Réassorti classique CDC Yes – OuiA/Indiana/10/2011 (NYMC X-213) Conventional reassortant – Réassorti classique CDC Yes – Oui


CDC, Centers for Disease Control and Prevention, United States. – CDC, Centers for Disease Control and Prevention, États-Unis.

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97–108 No. 11 Weekly epidemiological record Relevé … · 2012, 87, 97–108 No. 11 Contents 97 Antigenic and genetic characteristics of zoonotic influenza viruses and development