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Sequence Retrieval System
Motores de búsqueda
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Bases de datosNucleotide Database
DNA de GenBank, EMBL y DDBJ (+ Genome Sequence Data Base (GSDB) …..)Expressed Sequence Tagged (dbEST)Sequence Tagged Sites (dbSTS)Single Nucleotide Polymorphirms (dbSNP)Genome Survey Sequences Database (similar to dbEST but genomic in origin)
Protein DatabaseTraducción secuencias de DNA de GenBank, EMBL and DDBJ y proteínas de PIR, SWISSPROT, PRF, Protein Data Bank (PDB)
Genome DatabaseGenomas, comosomas, mapas genéticos, físicos,…
Structure DatabaseDatos cristalográficos experimentales de PDB
PopSet DatabaseSecuencias alineadas de poblaciones
RefSeqSecuencias de referencia “curadas”
TaxonomyIndexación secuencias por organismo
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Límites
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Índice: permite visualizar las indexaciones
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Organización indexación
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acceso a la historia de la sesiónfacilita combinación de búsquedasHistory
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Búsquedas en Entrez•Por defecto los términos se combinan con AND•Operadores boolenaos
AND, OR, NOT, frases (“ “), palabras truncadas (*)•Autores: Gutierrez A•Búsquedas por Unique Identifiers
accession numbers (AC)GenBank/EMBL/DDBJ
Una letra + 5 dígitos: U12345Dos letras + 6 dígitos: AF123456
SwissProt/PIR Una letra + 5 dígitos: P12345
•Combinación de búsquedas mediante History•Refinamiento de las búsquedas mediante LIMITS
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Ejercicio
Acceder a EntrezRealizar una nueva búsqueda con Streptococcus pneumoniaeRealizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante Limit toRealizar una búsqueda de todas las secuencias con la “frase” “ferric uptake”Mediante History, combinar las dos búsquedas anterioresVisualizar la secuencia en distintos formatos (gráficos)Acceder a los hipervínculos del documentoGuardar la secuencia en formato FASTA
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Sequence Retrieval SystemBuscador relacionalVínculos con
otras bases de datos Programas ejecutables
Implementado en diferentes servidoresSistema abierto (libre para instituciones públicas)
Motor de búsqueda
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Bases de datos en EBI
Para ver esta película, debe disponer de QuickTime™ y de un descompresor TIFF (sin comprimir).
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Búsquedas mediante SRS
Opciones de búsqueda•Quick Search (siempre usa el operador OR entre términos)
•Standard (formulario para realizar búsquedas combinadas)
•Extended (formulario para realizar búsquedas combinadas)
Búsquedas lógicasCombinaciones AND, OR, BUTNOT
de términos de búsquedas previas mediante Results Operador * (aaa*/ aa*aa)
SRS User Guide
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Entrada SRS
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Menú principalSelección base(s) datos y tipo de búsqueda
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Standard Query Form
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Tools Menu
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EjercicioAcceder a SRSRealizar una nueva búsqueda en Quick con Streptococcus pneumoniaeRepetir la búsqueda en StandardRealizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante OrganismRealizar una búsqueda de “ferric uptake”Mediante Results combinar las dos búsquedas anterioresVisualizar la secuencia en distintos formatos y compararla con la obtenida en GenBankAcceder a los hipervínculos del documentoRealizar un mapa de restricción mediante Tools