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Cloning, sequence analysis, and expression of the genes encoding lytic
functions of Bacteriophage Ogle
瀬 鋸ay&Ok蓋a,M櫨ik◎Kakik我 響a議,Ka灘y◎Yam我daa,Ak三raTaketob,Ken-Ichi]Kodairaa,
aん 盈}1εc諺夏ar8め どogy6蔑 》鐸ジ,C海 ε解ica!andβ めcherrcicalE鷺9錘8ε 霞羅9,Fαc駕 琵yρ プEngineering,T《)yα 吻 αUniversiり ㌧3190,Go.f'uku,
Toga灘,Toga灘93α 」吻 αη
わ」匿)εμz搾 燐 ε寵 ρプ8ぎoc海8桝 誌甜yI,auk厩Medicalscゐoo♂,atsuoka,F麗 ん鷹,auk厩910-11,Japan
A轟鑓臨 雛
丁瓶e豊ysisg¢ ・ 嫉o諏 磁 鰐P恥 郷 φ菖1¢w¢r¢clo麟,一,,鑓dexpressedinE3c海 醜 厩co∫ ∫.Nucleotjdesequencing
◎f&3813-bpφ 菖1¢DNArev《 妻a叢¢(藍嚢v愈s臆cc奮ss重v¢oP¢n・frames(ORF),IZorf50,Roげ 〃8,hol,andゆ ・∫andRorプ175,i捻the
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奴01i聡(whichar¢th◎4t◎beacy鑑o夢las翻c瓢e鵬bra雛e頑sr腿P纐9μoteln)e皿codedbyotherphagessuchasmvlfrom
趣`励 磁 伽5触r9頗6織 幽 曲 飾 鵬 捻 伽 肱c∫lr紹9鰯 飢 盆swe且 蚕asmo取ocl麗 飽◎mL醜 紘Ontheotherhand,theputativeogle
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d¢騨di豊 解 麗yme細u膿midase),羅 曲av曲e。 磁ivide"
into several subgroups: lysozyme, glycosidase, amidasc or endopeptidase (for reviews, see Young, 1992; Sabi( and Lortal, 1995).
Several presumptive lysins and holins have been re-ported from phages of lactic acid bacteria: Oadh frorr Lactobacillus gasseri (Henrich et al., 1995), mvl and mv4 from Lactobacillus bulgaricus (Boizet et al., 1990) and OLC3 (Birkeland, 1994) and Tuc2009 (Arendt et al. 1994) from Lactococcus lactis.
In contrast to coliphage lambda (Young, 1992 Campbell, 1994) and P2 (Ziermann et al., 1994), molecu-lar details on the lytic pathway of the phages from lactic acid bacteria are still insufficient; thus structure, expres-sion, function and enzymatic feature on the phage genes mostly remain to be elucidated (Young, 1992. Sable and Lortal, 1995).
Recently, we isolated a new Lactobacillus phage termed Ogle, which contains an about 42.5-kbp DNA and identified the major phage capsid genes (Kakikawa et al., 1996). In this report, we described structures of
Ogle genes related to cytolytic process, and theii expressions in E. coli.
2。 擁 鍾 ¢撫 昼§踊d朧 馨磁 磯 §
2.1,翫o勲 α,擁 卿,纒 耀 蜘5諏`お
Th晦s◎ 騨icL照 ぬc'撫5s£ra癬Glca簸di亀s童emper・
頴epha蓼 ¢φgjewere◎rig諭 εも登yis◎ 重鼠乞edi鷺o雛r蓋ab◎ratory
(Kakl髭awaeta1.,1996),顕d聡r¢pr◎pag叙edl簸M茎7
b猷h《Terza麟la簸dS鍛di鵜1975).TheE.融vector
P璽asmidspUC豆8,PUC118,鍛dpUC1藍9,雛dthe重rh◎s蜜
XL蓋 四b1臆eaj窪dC民111野8ご/蛋lac+wer《}f虻o鵬 ◎縫rlabora一
意◎蜜ystock(K◎d&豊ra¢ 重al.,19~ 》2),a職(量we罫epropa碁ated
i簸L猛ar2YThr◎ 豊h(SambrO◎ke乳aL,198攣).
22.護 蔀躍どy3ゴ∫《ぞブ乏)ハ1/童
α ◎鷺inga簸dsequeHcl聡 捷簸alysesofφgieDNAwere
ca綴edo滋esse賊ia且1yasdescribedbyKakik我waetal.
(璽9%).Rec◎mb漁 蹴 幽smidswere裏 瞭 ◎d醜cedi脚
F.coliXL1-b短ebyCat+一(量epende裁 竈ransf◎r搬at量 ◎鍛or
e豊ec鞭OP◎rati《 矯(Taketo,董98S).F併DNAse(lue戴cing,
V撮10鷺sde撤io霞cl◎ 聾¢swerec◎ 簸S翻uct¢dfromseve撒l
series◎f鰍riαlon丑ibr鋸yfr㈱ φ91eDNAIKak童Sawa
e童a蓋.,茎996)byex◎r践 旦dease(至iges竜 重on(Kodaira¢ 重aL,
茎勢 制 ぼheDNAse磯uc簸cewas戯em痴e曲yせhechal蕪
terinatian醗eξho(豊(Sa罰geretal.,1~ η7)。A賛o臨er
pr◎oe(i蟹eswereperf◎r拠e(iasdescribedprev玉o糠sly
(Kodairae塾aL,1994b).
2.3.Ex躍 謡 徽 ガψ91898麟 鍛 駐coli
E.coliXL璽 一b1鵬carryi薮gareco曲i難 煎 幽smld,
whlc熱c◎ 難重ai離s達heφ 蓼1eg¢ 雌es,wasgrownat25℃1魏
LBmedl騰c◎ 漁 翻 登g蹴pici撫(60μ 創ml)。When由c
A660◎f癒ecu1載 礎e飯a(i罫eadled◎.3,thegr◎w街tcmpeト
a蹴 ¢陥ss髄 ¢d秘 μ ◎37°Cwi出o罫wi癒 幟addi縫 ◎n
◎f亘s◎pr◎ 蔦)y1一β畷)一童ぬio慈農夏&c窺◎py鍛n◎sideαPTG}(員nal
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G&且actos漁se顧 玉v蕪y癬 蓬hesupem漁 磁wasassay¢d
滋37℃ 翼sl簸暮0-n疑r◎phe簸yl一 β一9ぬc宅oslde(0,7mM)in
α1醸sod沁 搬ph◎sph飢eb賎 餓 うr(P冤遭73).Thcact豊v煮y
w薦 鯉 ◎聡dby贈as瓢1薮9浸42。of繍 脚 麩e鶴o葦released,
All◎ 童heギm紬ods 'nrinVIVC7exひeτ 重me窟swereas
desc罫 量bedprev量 ◎臆slybyKod雄a硫a1.〈1992).
24.撫 η 耀3醗4わ ∫oc舵 擁c認5
飛¢s建重Ct重o難¢羅zy麹至es,phageT尋DNA難gase,and畿 葺ka-
line凶os麟 撫se(calfl瓢estlne!werep騒rchasedfrom
T'akaraShuzo(Kyoto)andNipponGene(Toyama),
,"foreachenzymcswereasrecommendedbythe
蓬nanufacturers。
[x-32P]dCTPwasfromNEN.A蓋lothermaterials
wereasdescribedpreviouslybyKadairaetal.(1992}.
3。 艶s麟s翻 繍戯sc鵬 §量⑭髄
3.1,Sequence⑳ 助5な げthe吻geφ918姻59ε 魏ε5
8acter雲ophageφ91einducedfr◎maIysogenic
加 αo勧cl撫 ∬tral簸G董ehasadouble-strandedDNAof
approximately42.5kbp.decently,wehaveconstructed
aφ 琶1erestrictionreap,&nddetermlnedthenucle◎ 象idc
lnt)segcaenceso鍬)urstructuralgenes,G,P,B,andO,
whichcodeformajorcapsidproteins(Kakikawaetal.,
1.996}.
Downs芝reamofthegeneO,theextendedsequenci捻g
analysis◎fa38B-bpDNArevealed伽eORFsRoヴ50
(茎53bp),R《 》げ▼〃8(357bp),阪 ♪'(429bp},'y(1329bp),
袋ndRoψ75(528bp),inadditめntoa.min◎r・ ・
Roが94(285bp)andonetrunc飢edORFRolプ148
(Fig.1>.InFig.2,theDNAsequenceof38Bbpcon{ain-
ing撫eseORFs(geneOthroughRorf148)ispresented
togetherwiththeirpredictedaminoacid(aajsequences.
X111theC)RFsareencodedononestrand,andpreceded
byap◎tentialribos◎mebindingsequence,which{sin
goodagreementwi山 由oseofscvera1加 α0わ 如 伽3
(5㌦AGGAGG-3',Pouwe豆sandLcer,1993)alx蓋
勲cω`occ鋸(5'-AGAAAGGAGGT-3',LudwigetaL,
195;Schouleretai.,1934}genes.
figsdescribedbelow,thetwopotentialgenesholand
lysareprobablyinvolvedinbacterialcelllysis,andtheir
putativeμoduc竃sweretermedh◎linandlysin,respec一
亀ively.ノcolbeginswithATGatntposition978(Fig,2),
andcodesfarabasicprotein(holm)of142aa,whase
es瞼 飢edMWandp∫arc9450and14.2,respectively.
Gntheotherhand,tysstartswithGTGlocatedatnt
position1390(Fig.2),anditsputativeproduct(藍ys量n>
of422as(48.4・kDa.)量salsobasic(with9.700fpl).lys
hasonemarepotentialstartcolon(!-LTG}locatedatnt
pUSition1.432,althoughitsribosomalbindingsequence
(5'●CiCaA-3')isveryshort(Fig_2}_
1no撫erthreeORFsRα ヅ50,Roヴ118,andIRoヴ175
aswellasaminorORFRα ヅ94,theirputativeproducts
shownosignificantsimilaritiestootherprofeins,and
theirfunctionsinthedigledevelopmenthavenatbeen
ascer捻i且ed.Y簸gpRoヴ175,however,itsm至(圭dlcregions
sh●wsalimnedresemblance(30%identical,40%sim-
filar)蓬oalysisprotein,namedLysA,ofcohphageP2,
whichhasbeenpredictedtoplayaroleinthecorrect
timingoflysisgalthoughnonessential(Ziermannetal.,
1994).gpRoが50(50aa)lsveryacid三c(w嚢h3.850fpl),
a簸dhε 匿saleucine-richhydr◎phobicN-terminus(F{9.2),
Ec Ps 滅HiXb麟 とG SuDrHi 擁dεc}唱d3a費s彫 緒dEc
・ \〕噺 「/
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臥 籔8旺蝿し 《管 》
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r¢c◎mbina蹴plasr践 緑s至s滋 磁c縫 豊ed諭 了畿b}eLTh¢closedb◎xessh◎w胎eφgleDNAinner重sc豊o陰edu鍛derthe'αcZ'pfomoter.Thclyt韮cphcnotype
(+or-)WiLSpredlctedby出edecrease◎f£.coli¢ell匙 蟹bkii£yasshown藍nF1孟g.6.Ba,BurnHl;鷺c,EcoKI;Dr,Prα1;Hd,H腕dlII;}{i,Hincll;Ps,
1'stl;S雛,ε 鼻躍3Ai;X毫),♪ ぐわ鐸夏.
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N-te繊1TitYS,W短 曲S◎mc曲 滋rese曲1¢S撫e雛g量 血e一
鑑ichr駿 ◎笠if藪)雛簸d雲na蝕ti重err践h茎 我t◎rpro重 ¢i豊s◎fc◎璽ipぬa琶es
重&瓢bd盆 段簸dφ21,農 費dS認 蹴o麗8」髭肩yρ 腕溺鐸r・旗灘ph盆 慈eP22
(f◎rareview,se露 蟹da籔dDreyf魏ss,1勢4).
3.2.5醜cε 灘lc肱 耀 言e臨 ∫c3(ゾ漉εφ91ε 秒5魏
φ9蓋e至ysi鍍sha,resS重 慈賊妻}c暴登tsim銭 縁ritywi豊}玉pres猛 撚P一
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a磁v鯉 伊 ◎u醜a磁 薮 農sh,1978).N『 一欝 麟 簸us◎fφ91e
1ysinhasalsoide飢lcalaaresidues,Asp36andGlu6フ
(Fig.3A),s糠99estingtha亀anactivecen毛erofφ91elysin
islocalizedi践theN-terminus(seeFig.6C).Middie
regionofφglelysin(inabout90-aaregion)contains
fourhomologousregionswiththatofotherphagessuch
asφadh,mv4,φLC3,andCp-1(Fig、3B).Henricheta1.
{1995)havereportedthatthesefourregions,termed
motifA,B,C,andD,mayplaysomestructuralor
f魏nctio蹴alr◎les.C一 建erminalhalfofφ91eIysinisdifferent
fromotherlysinsinbothlengthandassequence{see
dig.S).IntheC-terminusof43aa,oglesharessequence
sim銭army(19aaidentica1,seeFig.3C)withφLC3.Tn
φLC3〈 駐irkclandJ994),the43-aaregi・nhasbccn
suggestedtobeafunctiOnaldomaininvolvedinbinding
tothebacterialcellwall,possiblythroughrecognition
ofthepeptido搭1ycanmoiety.Thus,φgleIyslnseemsto
beGomp◎sedofthreemodulos:theN-terminus(termed
medalsICE}functianingasanactivecenterofthe
e鷲zyme;伍emiddleregion(moduleABCD);the
σ 蔵crml簸alhalf(moduleMEM)actingasarecognition
sitols)ofcellwal1(Fig.5).Aspo重nte(五 ◎utbyBirkeiand
{1994),exchangeofthesemodularunitsmaybean
importantprincipleinlysisproteinevolution.
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tion,a照e難zymaticpropertiesoftheφ91elysisge勲es
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Kod&1餓 諏.一 互.,God鵬,GN翻dT舞ke重o,A.(1タ 食4b)c◎ 脚 段藤 三ve
s魔diesoぎ 宅he艶i煕s磁 夢烈 殖晦 鍵s。fEscher醜 αcolispわ εrical
single-str雛d磁D婦Aph聡es3i◎chim.13至O飾ys.Ac臓126◎,玉91-199,
Lu翻g,w.,s¢e細 磁,£.,K至 鞠e罫 一顕1z,瓦,Sch雌 驚r,K}{.,
鍛agm磁,L.,脚(>es¢,Cjま,,.F◎x,G.】E3.a贅dS重ackebra黙d亀,]E.(1≦)85)
Thephyt◎ge韻 蜘 憾1◎n◎fSire脚co鐡 εa麟 君耀roωcc擁&∫.G肌
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