หัวข้อบรรยาย - DLDexpert.dld.go.th/images/news/DrWut/Lecture2.pdf · 0.01...

หวขอบรรยาย

ขนตอนการวเคราะหคา EBV

Pedigree

Data fileh2, correlations

คา EBV ของแตละลกษณะ

Variance componentSAS

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

ขอจ ากดจากการวเคราะหดวย SAS : ตองวเคราะหองคประกอบความแปรปรวน และพารามเตอรทางพนธกรรม เชน

อตราพนธกรรม สหสมพนธทางพนธกรรม จากโปรแกรมเฉพาะอนๆ กอน (Pest, VEC) แลวจงน ามาเพมในไฟลค าสง

Pest, VEC

Asreml

ดชน (index) จากหลายลกษณะรวมเปนคาเดยว

คา EBV ของแตละลกษณะ

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

การเตรยมขอมลในการ RunInput file ทใชในการ Run ขอมลประกอบดวย 4 ไฟล ดงน

1. ไฟลพนธประวต pedpt.csv2. ไฟลขอมล PT52_inb.csv3. ไฟลค าสง PT_inb.as4. ไฟลค าสง PT_inb.pin ได output file เปน

PT_inb.pvc

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

Pedigree file : pedpt.csv

ไฟลค าสง PT_inb.as เขยนในโปรแกรม notepad

โครงสรางเรยงตาม data file pt52_inb.csv

pedigree file : pedpt.csv และ data file pt52_inb.csv

ลกษณะท าการวเคราะหม 4 ลกษณะ ไดแก FCR, ADG, BFX, LEA1X

ท าการประเมนอทธพลคงท ไดแก SEX, INTWT, FIWT ท าการประมาณอทธพลสมแบบบวกสะสม

โครงสรางของ variances และ co variances ของ residual ทง 4 ลกษณะ

โครงสรางของ variances และ co variances ของอทธพลแบบบวกสะสม ทง 4 ลกษณะ

การใชโปรแกรมผาน window interface

การใชโปรแกรมผาน window interface ไฟลค าสง PT_inb.pin

ไดไฟลผลลพธนามสกล PT_inb. PVCค านวณ คา H, Correlations พรอมคา SE

2

สาธตการใชโปรแกรม

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

output file ทไดจากการ Run ประกอบดวย 3 ไฟลทส าคญ ดงน1. ไฟล PT_inb.asr2. ไฟล PT_inb.pvc3. ไฟล PT_inb.sln

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ไฟลผลลพธ PT_inb. asrแสดงคา LogL, Variance ของ Residual,Additive gene

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ไฟลผลลพธ PT_inb. asrแสดงคา Covariance, Correlation Matrix

ไฟล PT_inb.pvc

h + SE2

Genetic correlation + SE

Residual correlation + SE

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNFixed effects HYS

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 1 (FCR)

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 2 (ADG)

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 3 (BFX)

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ไฟลผลลพธ PT_inb. SLNแสดงคา EBV และ SE ของTrait ท 4 (LEA1X)

ACC = 1- SE Va

Va1_FCR = 0.03Va2_ADG = 4024Va3_BFX = 0.05Va4_LEA1 = 2.63

การค านวณคาความแมนย าของแตลกษณะ

2

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

ตวอยาง :

ID Trait EBV SE ACC (%)

RC5U2005 FCR -0.08 0.13 97.3CH5V2287 BFX 0.019 0.06 94.4

ACC = 1- (0.13)0.036

2

ACC = 1- (0.06)0.05

2

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Multivariate animal model

คา EBV ทวเคราะหไดจะน ามาใชประโยชนในการคดเลอก อยางไรกตามการคดเลอกเพอใหบรรลวตถประสงคตองมการคดเลอกจากหลาย

ลกษณะ (multi-trait selection) นยมก าหนดวตถประสงคการปรบปรงพนธ จากผลรวมของคาพนธกรรมทตองการ

คดเลอกนนๆ ถวงดวยคาเศรษฐกจ เรยกวา คาพนธกรรมถวงคาเศรษฐกจรวม (aggregate genotype) ซงมรปสมการเปน :

H = v1EBV1+ v2EBV2+ v3EBV3 +……….. vmEBVm

เมอ H = คาพนธกรรมถวงคาเศรษฐกจรวม v = คาทางเศรษฐกจของลกษณะ (economic value or economic weight)EBV = คาผสมพนธทไดจากการวเคราะห

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Aggregate genotype

คาทางเศรษฐกจ เปนคาการใหน าหนกคาพนธกรรมของสตววาควรเนนหรอใหความส าคญรวมถงทศทางในการปรบปรงแตละลกษณะใหเปนไปในแนวทางอยางไร

เกยวของกบความคมคาของการสรางแผนการปรบปรงพนธตามวตถประสงคทก าหนด รวมถงการตอบสนองการคดเลอก

- คาสงจะถกปรบปรงไดเรวกวาคาทใหความส าคญทางเศรษฐกจต ากวา- คาลบ การคดเลอกใหลกษณะมคาลดลงจะชวยเพมคาเศรษฐกจ เชน BF,

FCR

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Aggregate genotype

1. การก าหนดคาถวงสมพทธอยางงาย

Index = c1EBV1+ c2EBV2+ c3EBV3 +………..

∑ ci = 1 หรอ ∑ ci = 100

ไมเกยวของกบคาเศรษฐกจโดยตรง จงนยมเรยกวาคาถวงสมพทธ ท าไดโดย

ก าหนดคาสมประสทธของแตละลกษณะมน าหนกตามความส าคญในรปของสดสวน

- ใชไดดกบลกษณะทมสเกลหนวยวดเดยวกน เชน การประเมนดชนเตานม

UDC = 0.30EBV1+ 0.16EBV2+ 0.16EBV3 + 0.16EBV4+ 0.12EBV5+ 0.10EBV6

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

การค านวณคาเศรษฐกจ

2. การหาอนพนธของน าหนกเศรษฐกจจากสมการผลก าไร

- น าหนกเศรษฐกจของลกษณะหนงๆ หมายถง อตราการเปลยนแปลงในผล

ก าไร เมอลกษณะนนไดรบการปรบปรงโดยจดใหลกษณะอนๆ ทเหลอไมมการ

เปลยนแปลง

- สามารถประเมนน าหนกเศรษฐกจของแตละลกษณะไดโดยตรงจาก

production model หรอค านวณจากการหา first derivation ของ profit function

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

การค านวณคาเศรษฐกจ

Example:

Sire Index = 0.02*EBVADG - 96.36* EBVFCR - 3.62*EBVBF

Dam Index = 17.7*EBVNBA + 0.02*EBVADG - 79.9*EBVFCR -3.0*EBVBF

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Aggregate genotype

การประเมนพนธกรรมสตวดวย BLUP

Index for selection

Selection and Matingการคดเลอกสตวเปนพอแมพนธจากคา EBV

- พอแมพนธทมคาการผสมพนธทสงกวาคาเฉลย เมอผสมพนธกนแลวจะท าใหเกดผลตอบสนองจากการคดเลอกในรนลกสงขน

Selection and Matingจากสตร

Ryr = is + if คาอตราพนธกรรม * คาเบยงเบนมาตรฐานls + lf

Ryr = ผลตอบสนองจากการคดเลอกตอป is = ความเขมขนในการคดเลอกพอพนธ

if = ความเขมขนในการคดเลอกแมพนธls = อายเฉลยของพอพนธเมอใหลกlf = อายเฉลยของแมพนธเมอใหลก

Selection and Mating

สดสวนคดเลอกไว ความเขมขนในการคดเลอก

0.001 3.4

0.005 2.9

0.01 2.7

0.05 2.1

0.10 1.8

0.15 1.6

0.20 1.4

0.60 0.6

0.70 0.5

Selection and MatingE.g. ในแกะฝงหนงมแมพนธ 1,000 ตว และมพอพนธ 20 ตว มอายตามตาราง ใชพอพนธผสม 2 ป และแมพนธ 6 ป แมพนธใหลกตวแรกอาย 2 ป ใชพอ 1 ตว ผสมกบแม 50 ตว คาอตราพนธกรรมของน าหนกขน = 0.3 ความเบยงเบนมาตรฐาน = 0.4 กก. อตราการหยานม = 80%

อาย 2 3 4 5 6 7 รวม

พอพนธ 12 8 20

แมพนธ 250 200 180 150 120 100 1000

Selection and Mating- อายเฉลยของพอพนธเมอใหลก = ((12*2) +(8*3)/(12+8) = 2.4 ป- อายเฉลยของแมพนธเมอใหลก = ((250*2) +(200*3)+(180+4) + (150*5) +

(120*6) + (100*7) /1000 = 3.99 ป- แมพนธ 1,000 ตว ใหลก 80% = 800 ตวตอป เพศผ 400 ตว เพศเมย 400 ตว- สดสวนคดเลอกไวเปนพอพนธ ปละ 12 ตว จาก 400 ตว = 12/400 = 0.03

คา p ท 0.03 จะไดคา is = 2.268- สดสวนคดเลอกไวเปนแมพนธ ปละ 250 ตว จาก 800 ตว = 250/400 = 0.625

คา p ท 0.625 จะไดคา if = 0.607

Selection and Matingจากสตร

Ryr = is + if * คาอตราพนธกรรม * คาเบยงเบนมาตรฐานls + lf

Ryr = 2.268 + 0.607 * 0.3 * 0.42.4+ 3.99

Ryr = 0.054 กก.ป