Introduction to theDistributed Annotation System

Biohackathon 2

Alberto Labarga –alberto.labarga@scientifik.info

Distributed Annotation System

• Developed in 1999/2000 by Lincoln Stein (CSHL) and collaborators as a GFF‐based web service.

• Biodas.org (http://www.biodas.org):• A client‐server system in which a single client integrates information from multiple servers.

• It allows a single machine to gather up genome annotation information from multiple distant websites, collate the information, and display it to the user in a single view.

General Feature Format• Genome annotations, especially structural annotations, are often stored in 

GFF (General Feature Format) files.

• GFF is a simple tab‐delimited data format.

• Fields are: 

<seqname> <source> <feature> <start> <end> <score> <strand> <frame> [attributes] [comments]

• See also: http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/

DAS Concept

Reference server

Annotation server BAnnotation server A Annotation server C

Client

DAS Registry

http://www.dasregistry.org

DAS Server

• DAS request to retrieve the data sources

• http://das.ensembl.org/das/dsn

• Result:

DAS Server

• DAS request to retrieve features on a segment:• http://das.ensembl.org/das/ens_36_omim_genes/features?segment=1:1,1000000

• Result:

Das viewer

http://www.ebi.ac.uk/dasty