Bases de datos secundarias
Bases de datos secundarias
Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274
Bases de datos secundarias
http://prosite.expasy.org/
Puedes descargarte
la BD
Bases de datos secundarias
Información almacenada en PROSITE
Bases de datos secundarias
Información registrada en un Fichero .DAT
- La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea
- Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan regiones conservadas en una secuencia
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE. DAT con un patrón (en formato plano)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con formato PROSITE
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (1)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (2)
Bases de datos secundarias
Los registros PROSITE.DOC
Bases de datos secundarias
Estructura de un registro PROSITE.DOC (formato plano)
1.- Descripción de las características de la familia o
dominio, junto con una lista de las proteínas que lo contienen
2.- La sección técnica describe el patrón o perfil conservado.
3.- Referencias bibliográficas
Códigos ID
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC con formato PROSITE
Referencias
Parte técnica
Descripción
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (1)
Bases de datos secundarias
Puedes ir directamente a la
parte del registro .DOC que te
interesaEl patrón
Puedes ver el logo
Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (2)
Bases de datos secundarias
Logo del patrón almacenado en PROSITE
Bases de datos secundarias
PROSITE también almacena perfiles
Bases de datos secundarias
Construcción de perfiles
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (1)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (2)
Bases de datos secundariasPenalizaciones aplicadas
por defecto a la introduccion de
inserciones o deleciones y a sus extensiones
Región más tolerante a la presencia de indels
Distintos estados M (match) e I (insertion)
Puntuaciones específicas para cada posición
Ejemplo de un perfil de PROSITE (PS50002)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (1)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (2)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (1)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (2)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil
Formato planoFormato PROSITE
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (1)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (2)
Bases de datos secundarias
Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (3)
Bases de datos secundarias
Las reglas de PRORULE permiten generar anotaciones de forma automática.
PRORULE: Las reglas de PROSITE
Bases de datos secundarias
Cómo utilizar PRORULE
http://prosite.expasy.org/prorule.html
Introduce aquí el código de acceso de la
regla o una palabra clave
Puedes ver los registros de
PRORULE según diversos criterios
Bases de datos secundarias
Fichero .DAT de una regla
Bases de datos secundarias
Fichero de una regla en formato Nice Site
Bases de datos secundarias
Puedes ver los registros de la BD
según diversos criterios
Acceso directo a un registro de la
BD (introduciendo un código o una palabra clave)
Acceso directo a un registro de PROSITE
Bases de datos secundarias
Introduce aquí el nombre de un dominio:
leucine zipper
1.- Búsqueda de un dominio por palabras clave
Bases de datos secundarias
PROSITE: Resultado de la búsqueda
Pincha aquí para acceder a la información
sobre el dominio (el fichero .DOC)
Bases de datos secundarias
El fichero .DOC contiene información sobre el dominio
Pincha aquí para ver el patrón o el
perfil (el fichero .DAT)
Bases de datos secundarias
El fichero .DAT describe el perfil del dominio
Bases de datos secundarias
http://prosite.expasy.org/scanprosite/
Bases de datos secundarias
Introduce aquí una secuencia en formato FASTA (o un identificador
válido)
1.- Búsqueda rápida
Bases de datos secundarias
Resultado de la búsqueda (1)
Bases de datos secundarias
Resultado de la búsqueda (2)
Ha encontrado dos perfiles
También ha encontrado
dos patrones
Pincha aquí para acceder a la documentación del perfil
Pincha aquí para acceder a la
documentación del perfil
Bases de datos secundarias
Resultado de la búsqueda (3)
Ha encontrado dos patrones
Pincha aquí para acceder a la
documentación del patrón
Pincha aquí para acceder a la documentación del patrón
Bases de datos secundarias
2.- Búsqueda avanzada
Bases de datos secundarias
Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 1
Option 1 - Submit PROTEIN sequences to scan them against
the PROSITE collection of motifs
Bases de datos secundarias
Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 2
Option 2 - Submit MOTIFS to scan them
against a PROTEIN sequence database.
Bases de datos secundarias
Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 3
Option 3 - Submit PROTEIN sequences and
MOTIFS to scan them against each other.
Bases de datos secundarias
Bases de datos secundarias
Nucleic Acids Research 29 (2001): 202-204
Bases de datos secundarias
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998): 5865-5871
Bases de datos secundarias
Puedes bajarte el software EMOTIF
http://motif.stanford.edu/distributions/emotif/
Bases de datos secundarias
Programas incluidos en el software EMOTIF