AULA 2 – Genoma – Estrutura e Análise
•BLUMENTHAL T., EVANS D., LINK C. D., GUFFANTI A., LAWSON D., THIERRY-MIEG J., THIERRY-MIEG D., CHIUK W. L., DUKE K., KIRALY M. & KIM S.K. (2002) A global analysis of Caenorhabditis elegans operons. Nature 417, 851-854.
•DURET L. (2000) tRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes. TIG 16, 287-289.
•REBOUL J. e cols. (2003) C. elegans ORFeome version 1.1: experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nature Genetics 34, 35-41.
Os cromossomos de C. elegans são multicêntricos
Imunofluorescência com anticorpos que reconhecem proteínas centroméricas
C. elegans H. sapiens D. melanogaster
Henikoff e cols. Science 293, 1098-1102, 2001
Sternberg, Cell 105, 173-176, 2001
Informação genômica e pós-genômica
Comparação de genomas
Permitem responder diferentes perguntas Hardison, PLoS Biol 1, 156-160, 2003
Comparação entre genes de C. briggsae e C. elegans que codificam proteínas
Stein e cols., PLoS Biol. 1, 166-192, 2003
Mudanças rápidas no genoma e conservação física nos nematóides
blocos de genes cuja ordem é conservada
troca silenciosa de bases
perda e ganho de introns
reorganização do genoma
Blaxter, Nature 426, 395-396, 2003
Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001
Uma janela do Intronerator
Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001
RNAi
Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001
Perfis de expressão gênica a partir de experimentos de "microarray"
Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001
Perfil de expressão de mcm-5
ref = RNA extraído de hermafroditas de diferentes estágios misturados
Comparação de adultos selvagens (wt) e mutantes sem linhagem germinativa (glp-4) e entre mutantes que só produzem espermatozóides [fem-1(gf)] e só ovócitos [fem-3(lf)]
Perfil de expressão de mcm-5
Outro exemplo de "microarray" para estudar expressão
Reinke, Nature Genet.(suppl) 32, 541-546, 2002
Clo
nage
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gate
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" do
OR
Feo
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Reboul et cols. Nature Genet. 2003
OCE (ORF cloning eficiency)
Reboul et cols. Nature Genet. 2003
Operons em C. elegans
von Mering & Boork, Nature 417, 797-798, 2002
O primeiro operon identificado em C. elegans
Blumenthal & Gleason, Nature Rev. Genet. 4, 110-118, 2003
Classes funcionais
Classes funcionaisTipos de proteínas
Classes de operons em C. elegans
Blumenthal & Gleason, Nature Rev. Genet. 4, 110-118, 2003
Freqüência de aminoácidos e tRNAs isoaceptores
Duret, TIG 16, 287-289, 2000