14

Vs 1 komputasi

Embed Size (px)

DESCRIPTION

virtual screening

Citation preview

Page 1: Vs 1 komputasi
Page 2: Vs 1 komputasi
Page 3: Vs 1 komputasi
Page 4: Vs 1 komputasi
Page 5: Vs 1 komputasi
Page 6: Vs 1 komputasi
Page 7: Vs 1 komputasi
Page 8: Vs 1 komputasi

Vs 1

-7,40767 (1)

-8,34385 (2)

-8,55515 (3)

-8,70052

-9,59441

-8,02407

-9,35726

-7,97061

-10,2806

-8,13017

-7,79384

-10,5168

-10,5384

-9,53634

Page 9: Vs 1 komputasi

-10,3915

-8,96437

-8,90885

-8,0689

-10,6266

-8,82741

-9,41718

-10,7087

-10,8533

-8,55476

-12,1056

-7,33687

-8,24354

-9,22296

-9,78635

-8,11058

GADOCK

-7,47089, -7.16978

Vs1

-7,88633

-8,27202

-9,14837

-9,50096

-10,2333

Page 10: Vs 1 komputasi

-8,55664

-9,24929

-8,52098

-9,26007

-6,12738

-5,754

-10,1769

-9,26162

-8,94027

2,35211

-9,46333

-9,63944

-9,02038

-8,51353

-8,93518

-8,03775

-7,89391

-10,1553

-8,73837

-9,98367

-9,78829

-10,9073

-8,33632

-9,47873

-8,28414

Page 11: Vs 1 komputasi
Page 12: Vs 1 komputasi
Page 13: Vs 1 komputasi

ArgusLab menyediakan dua jenis perangkat docking,yaitu ArgusDock dan GADock yang mampu melakukandocking molekular dengan cara menempatkan suatuligan pada suatu tempat pengikatan (binding site) dari reseptor, dengan memanfaatkan data struktur kristalsinar-x dari Protein databank. Akurasi dan signifikansibiologis GADock lebih baik dari pada ArgusDock,

Perhitungan docking dilakukan denganmenggunakan metode docking Lamarckian GeneticAlgorithm (GADock) dan Exhaustive Search(ArgusDock), dengan resolusi grid 0,4 Ǻ, dengan fungsiperhitungan energi bebas ikatan Ascore.

ArgusLab menyediakan dua fasilitas dockingengine, yaitu ArgusDock (ShapeDock atau ExhaustiveSearch) dan GADock (Lamarckian Genetic AlgorithmDock). Kedua metode docking ini berbeda dalam halpendekatan yang digunakan. Pada metode ArgusDockligan hanya diarahkan pada suatu posisi tertentu dalamstruktur molekul target, sedangkan pada metodeGADock, ligan diarahkan pada berbagai posisi yangmemungkinkan. Hal ini menyebabkan metodeArgusDock bersifat reprodusibel sedangkan metodeGADock bersifat nonreprodusibel.