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MISE AU POINT

Utilisation pratique de PubMed : comment chercher ?Practical use of PubMed: how to search?

J. Viala*

* Service des maladies respiratoires et digestives de l’enfant, hôpital Robert-Debré, AP-HP, Paris.

La connaissance médicale s’étend de façon exponentielle. À l’inverse des siècles précé-dents, la difficulté relève moins de l’accès à la

connaissance que du tri des données. Heureusement, le monde scientifique de la biologie possède des outils très efficaces pour trouver et ordonnancer les connaissances scientifiques. Le National Center for Biotechnology Information (NCBI) offre aux méde-cins et aux biologistes un ensemble d’outils informa-tiques disponibles gratuitement sur son site Internet (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Nous verrons qu’une recherche bibliographique dans PubMed se raisonne selon une stratégie de recherche en utili-sant des règles rigoureuses.

Quelle stratégie de recherche ?

De manière générale, il existe 2 stratégies de recherche. Lors de l’écriture d’une thèse par exemple, la recherche se doit d’être exhaustive, quitte à sélectionner des articles moins pertinents. À l’inverse, les questions quotidiennes de pratique clinique appellent des recherches plus sélectives, quitte à perdre certains articles. En fait, tout travail de recherche bibliographique, même en vue d’un travail exhaustif devrait débuter par une recherche sélective, puis s’étendre progressivement autour du “noyau dur” du sujet.

Moteur de PubMed

L’indexation dans le MeSH

Avant de parler de la pratique par elle-même, il est utile de comprendre les bases de fonctionnement de l’outil d’indexation PubMed. Quand un article est accepté par un journal référencé, il est envoyé au NCBI pour y être indexé. Le personnel du NCBI redéfinit alors les caractéristiques de l’article selon ses propres critères. L’article est alors rangé dans le

Medical Subject Headings (MeSH), qui classe toutes pathologies selon des arborescences qui peuvent s’interconnecter. Ainsi, la maladie de Crohn apparaît aussi bien dans l’arborescence des pathologies diges-tives que dans celle des pathologies inflammatoires.

Comment PubMed fonctionne-t-il ?

Lorsque vous tapez des mots-clés dans la barre de recherche, PubMed va rechercher l’association de ces mots successivement dans 3 bases de données, la table de traduction des termes MeSH, celle des journaux et celle des auteurs. Quand PubMed recherche un mot, il suit certaines règles syntaxiques. Il réalise ainsi une “explosion automatique” pour tous les termes génériques. Le terme face est donc remplacé par eye, nose, mouth, chin, etc. Il convient donc d’éviter au maximum les termes généraux qui altèrent grandement la conci-sion de la réponse. D’autres termes sont également à proscrire : les stopwords. Ce sont tous les petits mots de la langue courante qui ne seront pas pris en compte pour la recherche : again, kg, perhaps, because, very, enough, etc. Il est possible de forcer volontairement l’explosion d’un mot quand le terme à rechercher est difficile à définir. Il faut alors utiliser la troncature par le symbole *. Ainsi, le mot lymphangiom* ramènera des réponses pour lym-phangiom, lymphangiomyoma, lymphangiomyoma-tosis, etc. À l’inverse, des mots entre guillemets ou réunis par un trait d’union sont considérés comme insécables et sont analysés en groupe.

Le choix des termes de la recherche

Les 2 plus importantes étapes de la recherche sont le choix des mots-clés et celui de la syntaxe de la règle booléenne. Les mots de la recherche doivent être aussi pertinents que possible pour que les réponses soient sélectives. Plus ils seront précis,

Figure 1. Recherche en termes MeSH. En déroulant le menu ①, il est possible de vérifi er si chaque mot­clé correspond à un terme MeSH ②. Une recherche peut être ciblée à différents sous­groupes ③. Ce fi ltre s’avère très sélectif, surtout s’il est restreint au sujet principal ④. Pour croiser plusieurs termes MeSH, il faut les ajouter à la fenêtre ⑤ en cliquant sur Add to search builder, après avoir sélectionné un critère de liaison ⑥. Quand la phrase complète est prête, le bouton Search PubMed fournit les résultats ⑥.

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Points forts » PubMed est un outil puissant quand il est employé en suivant une stratégie adaptée. Les étapes essen-

tielles sont :1. Commencer par une recherche très spécifique qui s’élargira secondairement si nécessaire.2. Bien choisir ses mots-clés est l’étape essentielle. Le moteur de recherche MeSH et les mots-clés des articles sont une aide précieuse. 3. Agencer sa recherche selon la règle booléenne.4. Affiner les mots-clés avec les marqueurs. Une recherche en [tw] évite de perdre les derniers articles en cours de publication.5. Utiliser les filtres pour éliminer une partie des résultats inutiles.

Mots-clésBibliométrieRecherche biomédicaleMoteur de recherche

Higlights

KeywordsBibliometrics

Biomedical Research

Search Engine

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Figure 2. Recherche en text-words. Avec le marqueur [tw] ①, le mot­clé sera cherché dans les paramètres fournis par le journal d’origine : titre, résumé, mots­clés, journal, auteurs, table des substances, et quelques autres bases de données, avant même que PubMed ait indexé l’article en termes MeSH, ce qui peut représenter beaucoup d’articles récents ②.

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Figure 3. La fenêtre des résultats et les fi ltres. La fenêtre des résultats se compose de 4 cadres : les fi ltres ①, les résultats proprement dits ②, dont la présentation peut être modifi ée par le menu ③ et divers outils ④. Pour fi ltrer les langues, cliquez sur Show additional fi lters ⑤ puis cocher Languages pour voir le fi ltre apparaître ⑥. Mais le fi ltre n’est pas actif même si English est visible par défaut. Il faut cliquer sur English pour le colorer en bleu et rendre le fi ltre actif. Le nombre de résultats exprimé dans le cadre central supérieur ② diminue d’autant. Pour accéder aux références en français, il faudra suivre la même procédure avec le lien More… ⑦ puis cocher French ⑧ avant d’activer le fi ltre comme précédemment. Il devient bleu également. Si vous n’avez pas activé English auparavant, tous les articles anglophones disparaîtront.

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adaptés à votre problématique, et moins vous aurez à trier les résultats pour trouver les articles qui correspondent réellement à votre question. Plusieurs voies existent pour les définir au mieux. Une bonne connaissance de l’anglais médical est indispensable. Certains dictionnaires en ligne peuvent vous aider, tels que celui de l’Office qué-bécois pour la langue française (http://www.oqlf.gouv.qc.ca/), le reverso médical (http://diction-naire.reverso.net/medical-francais-anglais/) ou Termscience qui regroupe le lexique d’organismes d’État (http://www.termsciences.fr/). Si vous possédez déjà un article publié dans le champ exact de votre recherche, le plus efficace est souvent d’utiliser les mots-clés proposés dans cet article. En croisant plusieurs articles, la sélec-tion devient souvent très performante et sélective. L’autre technique, plus longue, mais plus rigou-reuse, est d’utiliser directement le moteur d’in-dexation de PubMed : le MeSH. Vous pourrez ainsi vérifier que le vrai nom du syndrome de Kelly-Paterson est en fait le syndrome de Plummer-Vinson (figure 1, p. 31). Mais surtout, vous pouvez limiter votre recherche aux informations diagnostiques, pronostiques, épidémiologiques, génétiques, etc. (figure 1, p. 31). Si la recherche en termes MeSH permet d’aug-menter la spécificité d’une recherche, elle souffre d’une limite importante à connaître. Les articles non indexés dans PubMed, comme les articles les plus récents, ne possèdent pas de classement MeSH et ne sont donc pas sélectionnés par une recherche en termes MeSH. Des retards d’indexa-tion PubMed sont fréquents pour les articles qui n’existent encore que sous forme d’épreuves (proofs) sur le site du journal d’origine, pour cer-tains journaux lents à adresser leurs articles à PubMed, ou quand le NCBI voit ses budgets de fonctionnement gelés, comme c'est arrivé récem-ment. Pour éviter tous ces écueils et obtenir des réponses qui incluent les derniers articles, il est important de doubler la recherche en termes MeSH par une recherche en text-word. Pour ce faire, il faut accoler [tw] après chaque mot dans la barre de recherche (figure 2).

La règle booléenne

Maintenant que les mots correspondant à notre recherche sont définis, il nous faut les proposer à l’analyse de PubMed avec une syntaxe qui lui est

compréhensible. Tous les moteurs de recherche, de Google à PubMed analysent les demandes avec les mêmes règles booléennes (tableau I). Il est très important de bien agencer les mots si rigoureuse-ment choisis à l’étape précédente. Pour réaliser une recherche initiale plus sélective, il est préférable de multiplier le nombre de termes reliés par AND. À l’inverse, plus les recherches ultérieures se vou-dront exhaustives, et plus les OR seront nombreux.

Les sélecteurs

D’autres sélecteurs que [tw] peuvent être utilisés pour forcer PubMed à une recherche ciblée. Cer-tains limitent la recherche aux bases de données des termes MeSH [mh], des journaux [ta] ou des auteurs [au]. D’autres abréviations peuvent être utiles pour caractériser un mot précis (tableau II). Les mêmes fonctions sont en général accessibles via des menus déroulants ou par une recherche avancée via le lien Advanced présent sous la barre de recherche. Cepen-dant, en apprenant certaines de ces abréviations, vous devriez gagner un temps précieux.

Tableau I. Les règles d’or de PubMed : les règles booléennes.

Ordre Les premiers mots sont plus importants que les suivants.

(...) Les parties entre parenthèses sont traitées avant les autres.

AND Les mots reliés par AND ou par un espace limitent la recherche aux articles parlant des 2 mots (recherche sélective).

OR Les mots reliés par OR élargissent la recherche aux articles qui traitent d’un mot ou de l’autre (recherche très vaste). Préférez OR au sein de parenthèses lors de la première recherche, plus sélective.

NOT Le mot suivant NOT restreint les réponses en excluant les articles traitant de ce mot (outil à risque dont l’utilisation est généralement déconseillée).

Ainsi, pour une thèse traitant de “l’intérêt diagnostique des sérologies ASCA et ANCA au cours des maladies inflammatoires digestives”, la recherche devrait être formulée ainsi : (ASCA OR ANCA) AND (Crohn disease OR ulcerative colitis). La recherche ramène 604 articles en 2014. La demande “ASCA ANCA Crohn disease ulcerative colitis” n’aurait fourni que les articles traitant de tous les critères. Les résultats tombent à 69 en 2014 soit 90 % de perte !

Tableau II. Abréviations utiles à mémoriser pour accélérer sa vitesse de recherche.

[mh] Terme MeSH

[ta] Titre de journal

[au] Auteur

[1au] Premier auteur

[la] Langage de rédaction

[majr] Sujet essentiel

[dp] Année de publication de l’article

[tw] Mot du texte pour les articles non encore indexés par PubMed

[tiab] Mot présent dans le titre ou l’abstract

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Les résultats

Après avoir cliqué sur le bouton Search, PubMed nous propose sa fenêtre de résultats (figure 3, p. 32). Avant de se précipiter dessus, il est utile de filtrer les résultats pour affiner encore leur sélec-tivité.

Les filtres

Face aux résultats initiaux, la première étape consiste à les filtrer pour affiner encore la spécifi-cité de la réponse. Certains filtres sont très utiles, voire indispensables. Il est ainsi inutile de conserver les articles écrits dans une langue que l’on ne peut lire… L’utilisation des filtres n’est pas très conviviale, puisqu’il faut sélectionner l’affichage du réglage avant de l’activer (figure 3, p. 32). D’autres filtres moins évidents que la langue sont également utiles. Si vous recherchez un renseigne-ment clinique, par exemple, il est inutile de recevoir tous les articles traitant de science fondamentale développés sur l’animal. Activez alors le filtre Human de la rubrique Species. Un autre filtre méconnu, et pourtant très utile, permet de sélectionner le type de publication (Article types). Lors d’une recherche pour une question clinique pratique, il est utile de faire une recherche centrée sur les Controlled clinical trial, Guideline, Meta-Analysis, Practice guideline, Reviews et Systematic reviews. Quand ils sont dispo-nibles, ces types d’articles sont capables de fournir rapidement une vue globale de la connaissance pour une problématique donnée.

Modifier la présentation

Le Display Settings regroupe 3 outils dans le bandeau supérieur, au-dessus de la fenêtre des résultats. Il permet de modifier l’aspect des résultats. Le Format de présentation peut être modifié pour faire appa-raître tout ou partie de l’en-tête des articles pro-posés. La présentation Abstract donne accès au résumé quand vous désirez réaliser un tri très précis, plus fin que l’analyse du simple titre. Augmenter le nombre d’articles visibles dans une même page (Items per page) permet d’éviter d’avoir à faire défiler sans cesse les pages de résultats. Enfin, les articles proposés dans les résultats ne sont pas classés par date de publication dans les journaux, mais par date d’arrivée au NCBI. C’est pourquoi, en début d’année civile, certains articles de l’année précédente apparaissent après ceux de la nouvelle année. Un classement par Pub Date rangera les réponses par ordre chronologique de publication. Au moment où j’écris ces lignes, Pubmed propose un nouveau critère de rangement selon la relevance. Celui-ci utilise un algorithme pour ranger les réponses selon le nombre de mots de la requête présents dans l’article et le type de champ où ils le sont ; les mots du titre “pesant” plus que ceux du résumé. Les articles récents jouissent d’une surcote bienvenue. Si la performance de cet algorithme demande encore à être testée, il me semble très intéressant.Nous voici prêts à analyser nos résultats. Dans un prochain numéro, nous verrons comment les sélec-tionner, les archiver et continuer à élargir notre recherche sélective pour nous diriger vers des résul-tats plus exhaustifs. ■