RZPD Deutsches Ressourcenzentrumfür Genomforschung GmbH

DESPRAD-Meeting02/09/2003

Steffen Schulze-Kremer (until 7/2003)Bernd Drescher (since 8/2003)

Robert Wagner

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RzpdExpress

• Public database for gene expression data• Based on MAGE-OM• Simple query and analysis interface• Available as of 11/2003

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Data Import

• Import from primary database of RZPD– Export to MAGE-ML

• Affymetrix Data– CDF and sequences available in MAGE-ML– GDAC Exporter converts EXP, CEL and CHP into

MAGE-ML– Buggy

• MIAMExpress

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Web Interface

• Query for experiments by certain criteria (name, type, species, ...)

• Display of hybridizations, samples, arrays, reporters

• Simple statistical analysis– Histogram– Scatterplot tool– Normalized ratios– T-test

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Content

• 19 experiments, 103 bio assays• 79 arrays of 42 array designs• 64 bio sources• 370 protocols

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Implementation

• Oracle• Tomcat• Java, Perl

– Generated APIs from Oracle data dictionary• Object-relational mapping• Database interface

• R, Bioconductor– Lose coupling to Java Interface

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Problems

• Data aquisition• Data not MIAME compatible• Operating system restrictions• Performance

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Next Steps

• Automated analysis pipeline• Further cooperations with new partners• User training• Integration into RZPD system (clone ordering)• Use GO annotations for analysis