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01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 1
ProLINT
生体分子の熱力学データと構造データの統合
機能
熱力学 構造
統合化技術
熱力学情報と構造情報のクロスレファレンス
オントロジーの整備
データ交換フォーマットの整備
文献 収集 PDBj
テキストマイニング技術
データを含む論文の自動収集
テキストからのデータの自動抽出
ProTherm ProNIT
資料 ６
01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 2
熱力学データベースについて
データは文献から収集し、手動でデータを抽出（次ページ参照）
蛋白質と変異体の熱力学データベース、ProTherm、は1998年
に公開を開始し、現在までに25,000件以上のデータを収録
蛋白質・核酸相互作用の熱力学データベース、ProNIT、は2000
年に公開を開始し、現在までに10,000件以上のデータを収録
すでに200件以上の論文に引用され、データベースを用いて解
析を行った研究論文も多く出版される
データは原則的に完全公開（一括ダウンロードも可）
01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 3
•Protein name,source
•Experimentaldetails•Thermodynamic
data•Keywords•Remarks
•PubMed search•Searching in
selected journals•Direct contact
マーキング
データ収集
修正？
Yes
NoNo
Yes
Yes
Yes
No
No
文献からのデータ収集とデータベース構築プロセス
データ入力
データチェックPhase I
データクロスチェック
Phase II
データ修正Phase I
計算機による自動チェック
Phase III
ASA 計算,配列
構造情報
データプロセスランダムチェック
(Data checkPhase IV)
データ修正Phase II
公開
データ修正Phase III
テストサイト
キュレータの
最終チェック
データ修正Phase IV
論文著者によるチェック
修正？
修正？
修正？
PIR PDB
S.PROT
フィードバック
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01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 4
進捗状況の要約
蛋白質と変異体の熱力学データと構造データを対応させるクロスレ
ファレンスの作成
蛋白質と核酸の相互作用の熱力学データを対応させるクロスレファ
レンスの作成
蛋白質・蛋白質相互作用データベースのプロトタイプの試験運用
蛋白質・核酸相互作用熱力学データのXMLフォーマットへの変換と
公開
熱力学データのControlled Vocabularyの整備
統合DBセンターが開発した文献自動収集ツールTogoDocの評価と
改良
01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 5
01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 6
２２年度業務計画
新規に発生した蛋白質と変異体の熱力学データについて構造データ
と対応させるクロスレファレンスを作成する
新規に発生した蛋白質と核酸の相互作用の熱力学データについて
構造データと対応させるクロスレファレンスを作成する
蛋白質・蛋白質相互作用のデータベースを作成し試験運用を行う
引き続き、熱力学データをXML化し公開する
引き続き、熱力学データのオントロジーの整備を進める
TogoDocを用いて文献から蛋白・核酸相互作用データを自動収集で
きるように改良を行う
01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 7
本事業終了後の計画
熱力学データの収集と構造データとの統合を継続
さまざまなデータ（相互作用データ、機能データ、変異データ、疾
病データなど）と統合
データ収集や入力の自動化
文献収集、データ抽出の自動化
データ原著者による入力システムの作成
熱力学データのオントロジーの整備を継続
インターフェイスの改良などによる利便性の向上
01Jun10作業部会分科会 九工大・皿井 8
コメントへの回答 「今回の業務計画書とは関係ないかもしれないが、現在更新が止まってい
る遺伝研が構築していたPMD (Protein Mutation Database)との連携と更新
も入っているといいのではないかと思った。」
PMDとの統合は行っていたが、現在更新が止まっている。他の変異
データベース（MutDB, SNP, HGMD, GAD）との統合もすすめつつある。
「特徴あるデータベースが構築されているが、アノテーターに依存するとこ
ろ大なので、今後、如何に長期的に運用更新していく体制をとり続けられる
か検討と準備が必要。」
アノテーションの労力をできるだけ軽減するため、データ収集やデータ
抽出の過程を自動化したい。
「小規模な個別DBとしては意義があるが、このようなDBを今後どのように
統合して行くのか検討が必要。」
さまざまな分野のデータベース開発は専門家が行う必要があり、この
ような個別のデータベースの維持のための資金援助や統合のための
システム整備をオールジャパン体制で行ってもらうとありがたい。
