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Elles touchent la charpente de la souche et conduisent à plus ou
moins long terme à la mort du cep.
Elles remettent en cause l'outil de production et sa pérennité.
Impact
EutypioseBlack dead arm ‘Esca’
Apoplexie
Floraison Véraison VendangesDébourrement
Symptomatologie et leur chronologie
d’apparition
Impact
2015 : - moindre expression des symptômes d’esca / BDA
- très faible expression de l’eutypiose (entre 0 et 1 %) à l’exception du
Cognac (9 %)
- 13 % de ceps improductifs
Coordination DRAF / SRAL /DGAL
Bordeaux Jura Cognac
ANTIQUITE
1928
Arsénite
de sodium
OIV
1979
Groupe 1 des
agents
cancérogènes
1980
1978
Eutypiose
Eutypiose
1988 - 1995
Groupe Eutypiose Charentes
Groupe National Dépérissements
Groupe Européen Eutypiose
(observatoire, pratiques
culturales, biologie, lutte
chimique,
COMMUNICATION….)
Organisation et moyens de recherche
Hier
1863
PhylloxéraReconstitution
Retrait de l’arsénite de sodium
Aujourd’hui
Organisation et moyens de recherche 2016
1996 1997 1998 1999 ## ### 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019
PSPE2
2 FUI
0 Coopération Universitaire F / Tn
0 Bacchus Winetwork
1 Mycoarrays Hennessy
Interprofessions
CNIV Fondation PoupelainCOST
FAVOR Interprofession - privé AAP Casdar AAP Casdar/CNIV
FAIR Esca FAM et programmes régionaux
Acteurs français de la Recherche et Développement sur les maladies du bois
Groupe national coordonné par
IFV
Dernière réunion Colmar en nov. 2015
Pathologie
Chimie
Physiologie
Génétique
Mycologie
Bactériologie
Epidémiologie
Agronomie
Etc.
LUBEM
Phytoeurop (fongicides)
Belchim (agents biologiques, protection des plaies de taille)
Bayer (via Agrauxine, agents biologiques, protection des plaies de taille)
BASF (fongicides, protection des plaies de taille)
Biovitis (agents biologiques)
Protecta (mastics)
Pépinières Mercier (agents biologiques)
Pépinières Guillaume (agents biologiques)
etc.
Initiatives privées
Trouver une alternative à l’arsénite de
sodium
Diagnostiquer
Proposer des variétés plus tolérantes
Préconiser des pratiques culturales
ou des itinéraires techniques pour
limiter leur incidence
Proposer des méthodes
prophylactiques et curatives
L’objectif
Trouver une
alternative à
l’arsénite de
sodium
Produits chimiquesAgents de
biocontrôlesEliciteurs
Variétés tolérantes
Pratiques culturalesBonne conduite de la vigne (itinéraires
techniques)
Diagnostic
Se doter d’outils
Produits chimiques
Agents de
biocontrôles
Eliciteurs…
(FUI, AAP
Casdar, FAM,
interprofessions)
Produire des plants
sains
Protéger les voies de
pénétration
Diminuer l’inoculum
(au-dessous du seuil de
nuisibilité)
Limiter leur
propagation dans la
plante
Produits chimiques (molécules ambimobiles, fongicides, éliciteurs)Bactéries et champignons (ex : Pythium oligandrum)
Boîte de Petri, boutures, vignoble
Les travaux de recherches en cours
Identifier le cycle biologique
(périodes de dissémination, voies
de pénétration, sources
d’inoculum, …) (FAM)
Identifier une microflore
protectrice (AAP Casdar/CNIV,
Hennessy)
Bien connaître le dialogue
moléculaire entre l’agent
pathogène et la plante (AAP
Casdar/CNIV, Hennessy)
Comprendre le mode d’action de
l’arsénite (AAP Casdar/CNIV)
Les travaux de recherches en coursEcologie microbienne April:
June:September:January: Symptomatique / Asymptomatique
Extraction d’ADN
(champignons/bactéries)
Isolements, identification par séquençage
Observations dans les tissus ligneux
Réseaux des communautés
Localisation des microrganismes par marquage
Photos : Emilie Bruez
Photo : Rana Haidar
Les travaux de recherches en cours
Transformation
+ Comprendre le développement des champignons dans la plante
+ Création de champignons transformés pour les rendre fluorescents
Photos : Alban Jacques
Bien connaître le dialogue moléculaire entre l’agent pathogène et la plante
Les travaux de recherches en coursBien connaître le dialogue moléculaire entre l’agent pathogène et la plante
► Bien identifier les déterminants du pouvoir pathogène (toxines : petites molécules, protéines…)
Culture en milieu liquide
Sélection des molécules toxiques
Isoler et identifier
Connaître ses produits de dégradation
La rechercher dans la plante
Montrer son rôle dans la pathogénèse
Inoculer la toxine dans une plante
Inoculer un mutant qui ne synthétise plus la toxine
Photo : Cecila Rego
Les travaux de recherches en coursBien connaître le dialogue moléculaire entre l’agent pathogène et la plante
Asymptomatique / symptomatique
Extraction des transcrits
(ARN)
Identification des voies métaboliques touchées
Biopuces (génome total ou gènes ciblés)
Comparaison de cépages tolérants et sensibles/agents pathogènes
Identifier les marqueurs de tolérance
Comparaison de souches agressives et non agressives (sélection sur boutures)
Identifier les composantes du pouvoir pathogène
Connaissance du génome de la vigne et celui des différents agents pathogènes
Les travaux de recherches en coursComprendre le mode d’action de l’arsénite de sodium
Na As 02Localisation de l’arsenic
- Surtout dans les nécroses
Modification de l’équilibre microbien
- Diminution de certains agents pathogènes dans les tissus ligneux
- Augmentation des Penicillium spp., Fusarium spp. et Trichoderma spp.
- Diminution des agents pathogènes sur les écorces des coursons
Modification de la physiologie de la plante (variable selon les années,
selon les sites)
Figure : Mary-Lorène Goddard
- Modification de la physiologie de la plante et modification de l’équilibre microbien : seulement une conséquence,
n’explique pas la disparition des symptômes
- à l’origine de la disparition des symptômes
Deux hypothèses :
Les travaux de recherches en coursComprendre le mode d’action de l’arsénite de sodium
Na As 02
4EN
3EN
2EN
VB
0
5
10
15
20
25
30
35
T T T T AS AS AS AS
02-mai 30-mai 18-juil 18-août 02-mai 30-mai 18-juil 18-août
Diplodia seriata
4EN 3EN 2EN VB
0
5
10
15
20
25
30
35
J0 J1 J2 J3 J4 J5 J6 J8 J9 J10 J12 J16 J23 J27
Diplodia seriata
TEMOIN AS
0
10
20
30
40
50
J0 J1 J2 J3 J4 J5 J6 J8 J9 J10 J12 J16 J23 J27
Diplodia seriata
TEMOIN AS
Les travaux de recherches en coursComprendre le mode d’action de l’arsénite de sodium
Na As 02
+ Raréfaction des contaminations des plaies de taille et de leur développement dans les
rameaux serait liée à une forte réduction des sources d’inoculum.
+ La quasi absence de nouvelles contaminations conduirait à la non manifestation de
symptômes sur la partie herbacée ce qui suggère que ce seraient les contaminations
annuelles qui seraient responsables des symptômes sur la partie herbacée.
(Pourrait expliquer aussi la fluctuation des symptômes)
+ Protection des plaies de taille avec l’arsénite : 50 % d’efficacité
Hypothèses
Travaux à réaliser
Produits chimiques
Agents de
biocontrôles
Eliciteurs…
(FUI, AAP
Casdar, FAM,
interprofessions)
Produire des plants
sains
Protéger les voies de
pénétration
Diminuer l’inoculum
(au-dessous du seuil de
nuisibilité)
Limiter leur
propagation dans la
plante
Produits chimiques (molécules ambimobiles, fongicides, éliciteurs)Bactéries et champignons (ex : Pythium oligandrum)
Boîte de Petri, boutures, vignoble
Les travaux de recherches en cours
Identifier le cycle biologique
(périodes de dissémination, voies
de pénétration, sources
d’inoculum, …) (FAM)
Identifier une microflore
protectrice (AAP Casdar/CNIV,
Hennessy)
Bien connaître le dialogue
moléculaire entre l’agent
pathogène et la plante (AAP
Casdar/CNIV, Hennessy)
Comprendre le mode d’action de
l’arsénite (AAP Casdar/CNIV)
Les travaux de recherches en coursExemple : Pythium oligandrum
Sélection des souches / production d’oligandrine
Evaluation de la colonisation racinaire
Protection de boutures aux agressions de P. chlamydospora
Evaluation des réponses spécifiques de la plante au niveau du tronc (qRTPCR)
Isolement de la rhizosphère de vigne
Activité conférée chez des greffés-soudés
Essais en plein champ
Les travaux de recherches en coursExemple : Burkholderia phytofirmans / profongicides
7 jours
Burkholderia phytofirmans(strain PsJN::gfp2x)
107 CFU.g-1 soil
8 semaines 3 semaines
profongicide
Evaluation de l’effet protecteur
couplé de
B. phytofirmans et du
profongicide in planta
Contr
ole
Np
Np +
PSJN
Np +
SM
26
Np +
PSJN
+ S
M26
0
20
40
60
80
100
120
b
a
b b
taill
e m
oyen
ne d
es lésio
ns (
mm
2)
a
Effet synergique de PSJN et SM26 sur la réduction de la taille des lésions
pour le modèle bouture
Photos : Florence Fontaine
Variétés
tolérantes
Trouver les
marqueurs de
tolérance
Comprendre l’interaction entre
la plante et les agents
pathogènes (identification des
voies métaboliques touchées et
des déterminants du pouvoir
pathogène) (AAP Casdar,
Hennessy)
Marqueurs testés à l’égard de
l’eutypiose, des Botryosphaeriaceae
(AAP Casdar, Hennessy)
Les travaux de recherches en cours
Eutypa lata : liés aux transports d’hexoses
et de nitrates
Botryosphaeriaceae : Vitis sylvestris plus
grande tolérance, expression des gènes de
défense plus précoce et plus intense
Criblage de cépages, Vitis
spp. / agents pathogènes
(Fondation Poupelain,
Bacchus)
Pch et Pmi : travaux en cours
Prophylaxie,
Restauration des
souches
Hennessy
FAM
Bonnes pratiques
De la pépinière au
vignoble
(Préparation du sol,
choix du porte-greffe,
établissement, système
de taille, entrée de
production, charge,
vigueur,….)
Influence des facteurs
environnementaux :
fertilisation, enherbement,
porte-greffes, clone, densité,
irrigation, taille, greffes,…
Environnement : climat, sol
(AAP Casdar, FAM)
Les travaux de recherches en cours
Curetage, regreffage, recépage
au pied ou systématique,
repiquage (Hennessy, FAM,
Interprofession)
Préconiser des itinéraires
techniques pour limiter leur
incidence ou des pratiques culturales
- Climat / Sol : effet de deux facteurs abiotiques, choc thermique et stress hydrique, à l’égard
des interactions hôte – Botryosphaeria (Hennessy)
- Evaluation de la taille (systèmes de conduite, qualité) (AAP Casdar, Hennessy, FAM,
Interprofession, Conseil régional,…), établissement de la vigne (FAM, interprofession, …)
- Evaluation de la densité, irrigation, alimentation azotée, … (FAM, interprofession)
- Porte-greffes, clone…
-Type de greffe (plus de symptômes sur les parcelles avec greffage semi-manuel que manuel)
Comparaison greffe oméga / greffe anglaise (interprofession)
- Etc.
Les travaux de recherches en cours
Conjugaison de plusieurs facteurs simultanément
Préconiser des pratiques
culturales ou des itinéraires
techniques pour limiter leur incidence
Prophylaxie,
Restauration des
souches
Bonnes pratiques
De la pépinière au
vignoble
(Préparation du sol,
choix du porte-greffe,
établissement, système
de taille, entrée de
production, charge,
vigueur,….)
Influence des facteurs
environnementaux :
fertilisation, enherbement,
porte-greffes, clone, densité,
irrigation, taille, greffes,…
Environnement : climat, sol
(AAP Casdar, FAM)
Les travaux de recherches en cours
Curetage, regreffage, recépage
au pied ou systématique,
repiquage (Hennessy, FAM,
Interprofession)
Les travaux de recherches en coursLe curetage (SICAVAC)
Sauvignon, 600 pieds curetés et 700 témoin (nov. 2012)
Résultats 2015
Diagnostic
Impact
œnologique et
microbiologique
des maladies du
bois
Outils d’aide à la décision
basés sur l’imagerie avec
signal spectral spécifique
(ULM/drone) (FUI)
Outils moléculaires
(Mycoarrays, FUI)
Sélection du
matériel végétal
source
Etat sanitaire de la
parcelle, évaluation
du risque et
préconisation de
traitement
Les travaux de recherches en cours
Retard de maturité importantComposition phénolique impactée avec réduction des anthocyanes> 5 %, propriétés sensorielles altérées
Les travaux de recherches en cours
Etudier la dynamique temporelle et spatio-temporelle de l’esca/BDA en intégrant des
données pédo-climatiques spatialisées à échelle locale (plante, parcelles) et des données
agronomiques
Construction de modèles de compréhension et de prédiction des symptômes
Eutypiose
Manquant
Mort
Esca/BDA
Sain
Modélisation:
Densité de maladieRépartition des différentes
catégories de cepsFig. Guérin Dubrana
Pas ou peu de contagion à petite distance à partir des ceps symptomatiques
La probabilité qu’un cep soit malade augmente avec l’augmentation de la réserve utile jusqu’à un seuil
Microrganismes, éléments minéraux,
azote, eau,…SOL
CLIMAT Rayonnement solaire,
pluies, températures,
hygrométrie…
Activité
humaineConduite de la vigne(taille, traitements, porte-greffe, …)
Agents pathogènes
Fertilisation, labours, irrigation, enherbement … …
Modèle conceptuelAAP Casdar
VIGNE
Microrganismes(bactéries, champignons)
Les travaux de
recherches en cours
Interaction hôte- pathogène
MATERIEL VEGETAL GREFFE-BOUTURES PLANTS 5 ANS 12 ANS 20 ANS > 30 ANS
Vigueur, charge, entrée en production, maladies…
Mécanisation
Les réseaux européens
Action COST FA1303 “Sustainable control of Grapevine Trunk Diseases”
117 participants
23 paysDomaines de Compétence :
MycologieMicrobiologiePathologie des plantesPhysiologie de la vigneChimieBiochimieEpidemiologieGestion des maladiesPratiques culturales
Organismes concernés :Universités, INRAInstituts (IFV, …)Pépinièristes
Les réseaux européens
Action COST FA1303 “Sustainable control of Grapevine Trunk Diseases”
Quatre groupes de travail :
- Caractérisation et détection des pathogènes et épidémiologie
- Ecologie microbienne
- Interaction hôte-pathogène, champignons – autres microrganismes
- Moyens de lutte
Durée : 4 années (fin 2017)
Réunions des groupes de travail : 1 fois / an
Mini-congrès : juin 2015 (Cognac), juillet 2017 (Reims)
Les réseaux européens
Action COST FA1303 “Sustainable control of Grapevine Trunk Diseases”
Mise en commun des méthodologies d’études :
- outils de diagnostic, modèles sur boutures, etc.
- l’harmonisation des expérimentations pour évaluer des stratégies pour les limiter,
- la mise en collection des différents agents pathogènes dans une banque européenne,
- etc.
Les réseaux européens
Action COST FA1303 “Sustainable control of Grapevine Trunk Diseases”
Formations
- Méthodes de métagénomique (Bordeaux 2015)
- Méthodes d’isolement et identification des agents pathogènes (Valence 2016)
Missions (de courte durée)
+ Favoriser la collaboration et d'apprendre de nouvelles techniques, l'accès aux
instruments et méthodes spécifiques non disponibles dans leur propre institution.
+ Favoriser la collaboration en permettant aux scientifiques de visiter une institution
ou d'un laboratoire dans un autre
Les réseaux européensWinetwork (European knowledge transfert)
Mars 2015 – septembre 2017 (30 mois)
7 pays : Allemagne, Croatie, Espagne,
France (Alsace, Sud-Ouest / IFV,
URCA), Hongrie, Italie, Portugal
11 régions
Coordination : IFV
Objectif : mise au point d’une méthodologie basée sur l’établissement d’une relation directe
entre les viticulteurs, les scientifiques et les entités de référence grâce aux agents facilitateurs
Exemples choisis : maladies du bois et Flavescence dorée
Les réseaux européensWinetwork (European knowledge transfert)
- Groupe de travail régional de travail technique :
(techniciens, viticulteurs, Fredon, OPABA, caves
coopératives et de distribution, vignerons)
+ Collecte des bonnes pratiques et expérience de terrain
auprès des vignerons
+ Aide les agents facilitateurs pour la réalisation
d’enquêtes de terrain. Animation du groupe technique.
Echange avec les chercheurs pour diffuser les connaissances
compréhensibles et accessibles
- Groupe scientifique (10 personnes)
Collecte et synthèse des résultats de la recherche et les
transfère à l’agent facilitateur
Les résultats des enquêtes, les bonnes pratiques régionales ainsi que les bonnes pratiques à
l’échelle européenne seront discutés et validés pour un transfert à l’échelle du bassin régional