Isolation and Screening of Microorganisms

Nyoman S. Antara, Ph.D.Industrial Microbiology

Isolasi Mikroorganisme

Mikroba di alam selalu tercampur Isolasi mikroba untuk produk yang spesifik Sumber mikroba Jenis Mikroba Produk spesifik:

– Metabolite products– Enzyme– Transformation compounds– Biomass

Isolasi Bakteri

Memisahkan bakteri dari campuran mikroba

Kultur (spesies) tunggal untuk dipelajari lebih lanjut

Dua metode konvensional isolasi bakteri:– Metode cawan gores– Metode cawan tuang

Cawan Gores

Cawan Tuang

Isolation of Lactic Acid Bacteria from Urutan

GYP medium (per L)

Glucose 10 gYeast extraxt 10 gPeptone 5 gBeef extract 2 gNa-acetate 3H2O 2 gTween 5% sol. 10 mlSalt sol.* 　 5 mlBromocresol purple 60 mgAgar 12 gCaCO3 5 g

pH 6.8*each ml contains: MgSO4 7H2O, 40 mg; MnSO4.4H2O, 2 mg; FeSO4.7H2O, 7 mg; NaCl, 2 mg

GYP medium

Urutan

Day 1

Day 2

Day 3

Day 5

IsolationFrom day 1 2 3 5 Total

Number of isolates 19 22 19 11 71

Phenotypic characterization

Gram staining and catalase test

Cell morphologyGas production from glucoseUtilization of sugarsGrowth at various temperatures

13 representative isolates:

Stereoisomers of lactic acid

Sequence of 16S rDNA

71 isolates

Rod: 9 groupsCocci: 4 groups

Penapisan/Screening

Seleksi mikroba tertentu Uji produksi Uji produktivitas Seleksi gen Rekayasa genetik

Isolasi Actinomycetes

Actinomycetes : anggota family dari Actinomycetales Dieksploitasi untuk produksi antibiotik, enzim, dan

senyawa komersial lainnya Hampir 5000 paten sudah dihasilkan dari klas

actinomycetes Streptomyces merupakan genus yang paling banyak

dieksploitasi Actinomycetes dapat ditemukan di mana-mana,

tanah merupakan reservoar paling besar, juga diisolasi dari sedimen lumpur danau, sungai, dan juga dari fresh water dan marine environment

Selective Pretreatment

Pretreatment Selection forDry heat, 120oC for 1 h Micromonospora,

Microbispora, and Streptosporangium

Moist heat, 45oC for 2 h Rhodococcus

Moist heat, 50oC for 10 min Elimination of spreading bacterial colonies on soil plate

Moist heat, 70oC for 30 min Micromonospora

Selective Media

Actinomycetes dapat survive dan tumbuh pada media dengan nutrisi sangat rendah

Media dengan carbon-to-nitrogen ratio yang tinggi

Kandungan sumber karbon dan nitrogen yang kompleks mengurangi tumbuhnya bakteri

Ke dalam media harus ditambahkan cycloheximide (50 ug/ml) dan nystatin (50 ug/ml) untuk mencegah tumbuhnya fungi

Incubation Condition

Suhu inkubasi 25 – 30oC Streptomyces diinkubasi selama 7 – 14 hari Micromonospora diinkubasi selama 14 – 21

hari Genera lain perlu tambahan waktu inkubasi 3 – 5 minggu

Actinomycetes termofilik diinkubasi pada suhu 45 – 50oC, selama 2 – 5 hari, cawan di cek setiap hari

Preservation of Isolates

Isolate Actinomycetes jangan disimpan dengan agar miring

Lyofilisasi digunakan untuk preservasi dalam jangka waktu lama

Sering digunakan cryoprotective: susu skim, beef serum, 12% sucrose broth steril

Pembekuan juga bisa digunakan untuk mengawetkan Actinomycetes

Viabilitas terbaik bila disimpan pada suhu -70oC Penggunaan suhu -20 – 50oC dapat bertahan 1 – 5

tahun

Isolation of Filamentous Fungi

Materials Collecting Samples Media Basic Techniques Purifying Cultures Maintaining Cultures Identification

Filamentous Fungi

Eucaryotic organism Occupy a wide range of habitats Oriental foods, soy sauce and tempe, and European

cheeses Six general catagories of fungal products:

– Organic acids– Pharmaceuticals– Enzymes– Insecticides– Polysaccharides– biomass

Citric acid produced by A. niger