Introduction aux données de la recherche

URFIST de Strasbourg /SBU

Université de Strasbourg

Noël Thiboud / Stéphanie Cheviron

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg2

1. Contexte

2. Définition

3. Gestion des données : principes et outils

4. Ressources pour la science ouverte

Sommaire

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg3

Définition(s)

Cosserat, F. et Ciolek_Figiel, A. Gestion et diffusion des données de la recherche, 2016

2007

2018 Plan national pour la Science ouverte

les données brutes font partie des « contributions » souhaitées à l’Open

Access

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Recommandation OCDE (2007)

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« La valeur des données réside dans leur exploitation. L’accès total et ouvert aux données scientifiques devrait devenir la norme internationale pour l’échange des données scientifiques issues de la recherche financée sur fonds publics »

Principes et lignes directrices de l’OCDE pour l’accès aux données de la recherche financée sur fonds publics OCDE, Paris, 2007. [En ligne] http://www.oecd.org/fr/science/sci-tech/38500823.pdf

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Loi pour une République numérique (2016)

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Dès lors que les données issues d’une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l’État, des collectivités territoriales, des établissements publics, des subventions d’agences de financement nationales ou par des fonds de l’Union européenne ne sont pas protégées par un droit spécifique ou une réglementation particulière et qu’elles ont été rendues publiques par le chercheur, l’établissement ou l’organisme de recherche, leur réutilisation est libre.

Loi n°2016-1321 du 7 octobre 2016 - art. 30

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Plan national pour la science ouverte (2018)

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Enjeux politiques et sociaux

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• renforcer la démocratie (transparence, concertation)

• Contribuer au dialogue science/société, implication des citoyens : science citoyenne

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Enjeux économiques

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• rendre l’action publique plus efficace

• optimiser la recherche : les données créées ont une forte valeur lorsqu’elles sont ensuite régulièrement réutilisées

• favoriser l’émergence d’un environnement propice à la croissance économique en stimulant l’innovation

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Enjeux scientifiques

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• garantir la qualité ́ scientifique d’une recherche :

• reproductibilité des résultats

• traçabilité des données

• Intégrité scientifique

• réutiliser des données de la recherche :

• capitaliser les savoirs et savoir-faire d’une structure de recherche

• favoriser de nouvelles recherches

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Enjeux scientifiques

10

ouverture des résultats de la science

+

nouvelle façon de faire de la recherche, passant par l’ouverture des processus, des codes, des méthodes

Féret Romain, Bracco Laetitia, Cheviron Stéphanie, Lehoux Elise, Arènes Cécile et Li Ling, « Améliorer les chances de succès de son projet ANR grâce à la Science Ouverte (Version 1) », 21 avril 2020, Zenodo. URL : https://zenodo.org/record/3741666#.XqCfx1P7QWq

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Verbatim

11

«[…]un projet se termine, on passe à un autre, je l'archive tant bien que mal. En fait, l'archivage c'est comme un

enterrement. C'est-à-dire que si on doit y revenir, c'est presque une exhumation, c'est vraiment très dur. Et donc ça, ça me peine un peu parce qu'en fait on n'est pas dans

une logique de valorisation des travaux antérieurs.»

« On refait la même chose parce qu'on ne sait plus ce qu'on a fait. Et on ne sait plus ce qu'on a fait parce que c'est mal

archivé, mal valorisé, mal documenté.»

« Nous, le problème (...) c'est de trouver des moyens de partager nos données à l'intérieur d'une équipe qui mène un même projet.

On a déjà du mal actuellement à avoir des outils qui nous permettent de mettre en commun nos données, même à petite

échelle, à échelle intersite.»

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Enjeux scientifiques

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Françoise Genova, directrice du Centre de données astronomiques de Strasbourg (CDS)

« l’utilisation des données de l’archive du satellite IUE (1978-1996) [a] produit cinq fois plus de publications scientifiques que l’exploitation initiale des données par les équipes qui les ont obtenues. »

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Enjeux scientifiques

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Direction de l’Information Scientifique et Technique - CNRS. Livre blanc - Une Science ouverte dans une République numérique.

« L’Open Science est une nouvelle approche transversale de l’accès au travail scientifique, des visées et du partage des résultats de la science mais aussi une nouvelle façon de FAIRE de la science, en ouvrant les processus, les codes et les méthodes. »

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Définition(s)

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OCDE (2007) :

« Les données de la recherche sont définies comme des enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons), qui sont utilisés comme sources principales pour la recherche scientifique et sont généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider les résultats de la recherche. »

OCDE, Organisation de Coopération et de Développement Economiques. Principes et lignes directrices de l’OCDE pour l’accès aux données de la recherche financée sur fonds publics. p. 18 [en ligne]. 2007. Disponible sur : http://www.oecd.org/fr/science/inno/38500823.pdf

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Définition(s)

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OCDE (2007) : exclut

« Les données de la recherche sont définies comme des enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons), qui sont utilisés comme sources principales pour la recherche scientifique et sont généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider les résultats de la recherche. »

• les données administratives (programmes ou projets de recherche, analyses préliminaires, documents financiers…)

• communications personnelles avec des collègues

• cahiers de laboratoire

• objets matériels (échantillons de laboratoire, animaux de laboratoire...),

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Définition(s)

Source : Alain Rivet, Marie-Laure Bachèlerie, Auriane Denis-Meyere et Delphine Tisserand - Traçabilité des activités de recherche et gestion

des connaissances - Guide pratique de mise en place – 2018 - http://qualite-en-

recherche.cnrs.fr/IMG/pdf/guide_tracabilite_activites_recherche_gestion_connaissances.pdf

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Définition(s)

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Une synthèse ?

« Les données de la recherche sont un ensemble d'informations factuelles enregistrées sur des supports, produites ou collectées, selon divers procédés au cours d'un processus de recherche »

REYMONET, Nathalie, « Améliorer l’exposition des données de la recherche: la publication de data papers », Archivesic, 2017, [En ligne : https://archivesic.ccsd.cnrs.fr/sic_01427978/].

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg18

Typologie par origine

Typologie(s)

Edition

:Chloée Fabre. Gestion et utilisation des données de la recherche. Présentation stage URFIST. Toulouse, 7-8 novembre 2018.

Ex. : Corpus de textes

Ex. : mesures sismiques ; enregistrements sur le terrain

Ex. séquences de gènes,

chromatogrammes, résultats d’essais

agronomiques

Ex. : modèles climatiques, modèles économiques,

Ex. : statistiques de population

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg19

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Les principes FAIR

20

European Commission. New Guidelines on FAIR Data Management in Horizon 2020, 2016

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Les principes FAIR

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Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Les identifiants

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o Définition : code numérique unique,

invariable, associé de manière permanente à

une personne (> chercheur) ou à un objet (>

donnée, article)

o pérenne quel que soit le chemin de la

ressource ou de la personne

o ouverts et interopérables = indépendants des

plateformes

o Rendent les données accessibles et citables,

permettent de les lier aux publications,

augmentent la visibilité

o Plusieurs systèmes d’identifiant (selon leur

producteur et/ou leur objet)

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Exemples

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o DOI : Digital Object Identifier, identifiant

numérique d’objet

Identifie aussi bien un article qu’un

jeu de données

o ORCID (Open Researcher and Contributor

ID ) identifie de façon univoque un

chercheur dans un environnement

numérique (Base de données, site de

dépôt de publications ou de données …)

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Un outil : le DMP (Digital management plan)

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en français : PGD ou Plan de Gestion des Données.

Document à concevoir au début d’un projet de recherche expliquant la façon dont les données de recherche recueillies ou générées seront gérées durant le projet et après son terme.

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg25

le

modèle DMP H2020 établi par la Commission européenne

Source : :Doranum

Autres modèles : https://dmp.opidor.fr

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Sécurité des données

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« Si vous me volez mon ordi portable et mon disque dur externe, qui est là et celui qui est

à la maison, j'aurai perdu 6 ans de recherches avec aucun moyen de récupérer ces données là. Donc c'est plus de ça qu'on a

peur. »

« Dans les manipulations, une sauvegarde de l'ordinateur a écrasé ce qui était déposé sur le

disque, donc c'était une perte vraiment considérable pour moi. C'est comme après un

incendie, je repartais à zéro »

j'ai perdu toutes les données de ma thèse […] à l'époque […] j'avais enregistré et sauvegardé ça sur disquette. Et aujourd'hui, je n'ai plus les moyens de convertir ça. Données pas perdues physiquement, mais inaccessibles. Jamais pensé à les convertir » ;

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Conservation et archivage des données

27

J'ai deux types de sources vidéo. J'en ai qui datent de la fin des années 1990, début

2000 et je crois que je n'arrive même plus à les lire maintenant parce qu'il y a les codecs

qui ne fonctionnent plus.»

Sur l'archivage des données une fois numérisées, c'est pareil. C'est un peu chaque collègue qui archive, soit sur son poste, soit sur un lecteur externe. Il n’y a pas d'espace d'archivage à l'échelle du labo.» ;

« avant même que les équipes de recherche n'existent, on avait déjà construit des bases de données multilingues[…], c'est un gros dossier que l'on a sur un vieux serveur qui ne fonctionne plus, on sait plus très bien qu'en faire alors que

c'était quand même de la recherche de qualité avec beaucoup de données en plusieurs langues, […], cet outil là n'est plus

utilisable. »

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Conservation et archivage des données

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o Conserver les données produites : anticiper

l’obsolescence des supports

o Organiser un espace collaboratif dédié au projet

pour le stockage, la sauvegarde, l’accès et le

partage des données entre les partenaires

o serveurs locaux (machines virtuelles), cloud

institutionnel…

o contrôle des accès et modalités de partage

des données

o Estimer, indiquer la volumétrie prévisionnelle

des données

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Archivage / Partage des données

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o Définir les règles de nommage des

fichiers de données, de gestion des

versions et de classement des données

pour un partage intelligible entre

partenaires

o Formats et outils de production, de

traitement, de conversion des données

: privilégier des formats et des logiciels

ouverts, standardisés et pérennes.

garantir au maximum la réutilisation et

la conservation des données dans le

temps (obsolescence des formats)

o Comment seront préservées les

données à long terme ?

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg31

Source : Alain Rivet, Marie-Laure Bachèlerie, Auriane Denis-Meyere et Delphine Tisserand - Traçabilité des activités de recherche

et gestion des connaissances - Guide pratique de mise en place – 2018 - http://qualite-en-

recherche.cnrs.fr/IMG/pdf/guide_tracabilite_activites_recherche_gestion_connaissances.pdf

Le Centre Informatique National de l’Enseignement Supérieur (CINES) met à disposition un service de validation de formats destiné à vérifier l'éligibilité de documents sur sa plate-forme d’archivage (https://facile.cines.fr/ ).

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Questions juridiques

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« on a été confronté au problème il y a quelque temps. En l'occurrence j'ai écrit un article que je n'ai jamais pu soumettre parce que je risquais de m'exposer à des problèmes, j'ai préféré laisser mes résultats de côté, c'est un peu dommage parce que c'était un projet chronophage, intéressant et scientifiquement porteur »

« sur des données communes, qui a la propriété des données ? Et là, je ne parle pas des résultats scientifiques, je parle des données brutes ». […] « on s'est retrouvé bloqués pour les utiliser parce qu'on n’avait pas de réponse sur ce qu'on avait le droit de faire avec ces données »

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Questions juridiques

34

o Qui a les droits ? Le chercheur,

son établissement, quelqu’un

d’autre ? Dans le cadre d’un

projet, la propriété des données

est fixée dans l’accord de

consortium. S’il n’en existe pas,

elle sera précisée dans le Plan de

Gestion des Données.

o Licences de diffusion : attribuer

une licence de diffusion lorsque

les données sont communicables

permet d’afficher clairement les

modalités de réutilisation

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Questions juridiques

35

o identifier les différents droits mis

en jeu (à l’occasion d’entretiens,

de prises de vues, de collecte

d’informations, de consultation

d’archives..., etc.).

o étape cruciale pour le chercheur

parce qu’elle détermine la latitude

dont il/elle disposera ensuite pour

publier, diffuser, communiquer à

un autre chercheur (ou à un tiers)

les données et les résultats de ses

recherches.

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Questions juridiques

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o Les données produites par les

établissements de recherche et

d’enseignement dans le cadre de leur

mission de service public sont

considérées comme des documents

administratifs et sont donc

communicables à toute personne qui en

fait la demande, sauf exceptions légales.

o Cependant, la loi précise que ne peuvent

être accessibles au public que les

documents « achevés ». Par conséquent,

tous les documents préparatoires ne sont

pas communicables. On peut en déduire

que les cahiers de laboratoire sont exclus

de la réglementation sur l'ouverture des

données.

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Questions juridiques

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réutilisation de données issues d'une

activité de recherche

la loi n°2016-1321 pour une République

numérique du 7 octobre 2016 prévoit qu'elle

est libre si :

o ces données sont issues d'une activité

de recherche financée au moins pour

moitié par des fonds publics ;

o ces données ne sont pas protégées par un

droit spécifique ;

o ces données ont été rendues publiques

par le chercheur ou l'établissement.

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg38

Exceptions légales

Source : Y, Lafosse. Initiation aux données de la recherche – Formation Urfist Paris – 27 et 28 mars 2019

Questions juridiques

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BECARD Nicolas, CASTETS-RENARD Céline, CHASSANG Gauthier, COURTOIS Mary-Audrey,

DANTANT Martin, GANDON Nathalie, MARTIN Caroline, MARTELLETTI Andrea, MENDOZA-

CAMINADE Alexandra, MOCRETTE Nathalie.

Ouverture des données de la recherche. Guide d’analyse du cadre juridique en

France, 2017, 45 p.

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Entrepôts de données

•Généralistes

•Disciplinaires

•Institutionnels

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Source : Pline : Silos a cereales a Nemours le long du Loing, Ile de France, Francehttps://commons.wikimedia.org/wiki/File:Silos_a_cereales_a_Nemours_P1050498.JPG

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg41

Les entrepôts généralistes

Zenodo

• Permet de déposer des ensembles de données et de les lier aux publications• Issu du projet européen OpenAIREplus, développé par le CERN• différents types de documents : jeux de données, images, posters, présentations,

publications, vidéos/audios• Affecte des DOIs aux objets déposés

En savoir plus : https://doranum.fr/depot-entrepots/depot-donnees-recherche-zenodo/

Entrepôt généraliste

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg42

Les entrepôts disciplinaires

Sciences humaines et sociales :

• NAKALA propose deux grands types de services : des services d'accès aux données elles-mêmes et des services de présentation des métadonnées. En savoir plus https://www.huma-num.fr/services-et-outils/exposer/

Entrepôts disciplinaires

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg43

Les entrepôts disciplinaires

Sciences sociales :

• répondre aux problématiques d’archivage, de documentation et de diffusion des données françaises pour la recherche en sciences humaines et sociales.

• Plus de 1550 jeux de données actuellement accessibles

• . En savoir plus http://www.progedo.fr/partager/donnees-francaises/

Entrepôts disciplinaires

Sciences : DRYAD

• Dryad est un référentiel disciplinaire international de données sous-jacentes aux publications scientifiques et médicales.

• . En savoir plus http://datadryad.org/pages/faq/

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Astronomie: CDS (Centre de Données astronomiques de Strasbourg)

• Services d'accès à des données publiques

• Prend en charge la conservation des données à long terme

• Évolution des métadonnées

• Identifiants pérennes ORCID et DOI

Entrepôts disciplinaires

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Les entrepôts institutionnels

UNIVOAK : plateforme de dépôt des établissements alsaciens d'enseignement supérieur et de recherche (BNU, INSA, UHA, Unistra et établissements associés) https://univoak.eu/

• Publications• Jeux de données

entrepôt institutionnel - Alsace

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Rechercher des jeux de données

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Publier ses données

47

• dans une revue scientifique traditionnelle : les données sont dans des fichiers supplémentaires associés à l’article

• dans un data journal : revue spécialisée dans les data papers

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Publier ses données :les data papers

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• les data papers ont pour but de rendre les données accessibles, interprétables et réutilisables, plutôt que de tester des hypothèses ou présenter de nouvelles analyses.

• Ils suivent la même logique de processus éditorial que les articles scientifiques classiques

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Publier ses données :les data papers

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Structure

• Partie descriptive : Éléments communs aux articles classiques : titre, résumé, mots-clés… + Éléments spécifiques aux données : types de données, formats, processus et méthodes de production, métadonnées, réutilisation…

• Accès aux données : intégrées dans l’article ou déposées dans un entrepôt

• L’identifiant des données (exemple DOI) permet d’établir le lien du data paper vers les données

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Publier ses données :les data papers

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Exemples

• En STM : https://www.nature.com/articles/sdata20

1828

• En SHS: Research Data Journal for the

Humanities and Social Sciences(Brill)

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On peut vous aider ?

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Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

autres acteurs de la gestion des données

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• Les bibliothécaires et documentalistes : indexation, gestion des métadonnées, participation à l'archivage, services d'appui aux chercheurs du SBU...

• Les ingénieurs-projet, les informaticiens: PUD, Dnum, interopérabilité, stockage, diffusion des données, gestion des entrepôts de données

• Les experts juristes : CIL, DPO conseils aux chercheurs pour les aspects juridiques

• Les formateurs IST :sensibilisation, formation, services, conseils aux chercheurs...

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Aide aux chercheurs

service d'appui aux chercheurs du SBU

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Aide aux chercheurs

Plateforme universitaire de données - MISHA• Accompagnement dans les travaux de recherche avec une utilisation de données quantitatives• présentation du service (Vidéo – 12’34) :

Responsable scientifique : Nicolas CAUCHI-DUVAL cauchiduval@unistra.frIngénieure d’études : Floriane VARIERAS floriane.varieras@misha.fr

C O N T A C T : PUD-S@misha.fr

http://www.misha.fr/page_pud_s.htm

MISHAMaison Interuniversitaire des Sciences de l'Homme –AlsaceBureau 1345, allée du Général RouvilloisCS 5000867084 STRASBOURG cedex

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg55

Aide aux chercheurs

La déléguée à la protection des données (DPO – Data Protection Officer)

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg57

Aide aux chercheurs

Formations de l’Urfist

urfist@unistra.fr

http://urfist.unistra.fr

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Sites utiles

58

• DoRANum : https://doranum.fr/

• DEBOIN, Marie-Claude. S’initier en ligne aux données de la recherche. Dans : CoopIST - Coopérer en information scientifique et technique [en ligne]. 23 janvier 2020. https://coop-

ist.cirad.fr/gerer-des-donnees/s-initier-en-

ligne-aux-donnees-de-la-recherche/1-

familiarisez-vous-avec-le-concept-de-donnees-de-la-recherche

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Sites utiles

59

• Modèles de DMP :https://dmp.opidor.fr

Introduction aux données de la recherche URFIST de Strasbourg

Merci de votre attention

urfist@unistra.fr

http://urfist.unistra.fr

61