Institut d’Administration des Entreprises de Parisfrapaupas.free.fr/synthia/synthia71.doc · Web viewIssue: The world’s largest seed and agrochemical corporations are stockpiling

Institut d’administration des entreprises de ParisUniversité Paris 1 Panthéon Sorbonne

Master d’Administration des Entreprises

Mémoire de fin d’étudesPromotion 2006-2008

Biologie synthétique, quel business model ?

Situation actuelle du secteur, contextes technique et concurrentiel, étude de cas.

Auteur : François Le Fèvre

Domaine scientifique : Organisation et Stratégie de l’entreprise, Management de projet et Gestion de l’Innovation Entreprenariat

Francois Le Fevre , 18/05/08,

La police du titre est un peu petite !


Retirer ?


D’ ??


Titre exacte


En avoir que 2


Quel polices ?


Meilleur titre à trouver

Informations du Correcteur et engagement éthique

Informations du Jury et Engagement Ethique

NOM : LE FEVRE

PRÉNOM : FRANÇOIS

ADRESSE : 14 BOULEVARD GAMBETTA94130 NOGENT-SUR-MARNE

TÉL. : 0950752803 / 0665604928

MAIL : [email protected] , [email protected]

CYCLE : LONG NUMÉRO DE GROUPE : 306-302

DIPLÔME LE PLUS ELEVE OBTENU AVANT L’ENTREE A L’I.A.E : MAGISTÈRE DE BIOTECHNOLOGIES MASTER EN INFORMATIQUE APPLIQUÉE À LA BIOLOGIE

ENTREPRISE : GENOSCOPE COMMISSARIAT À L’ENERGIE ATOMIQUE,

DIRECTION DES SCIENCES DU VIVANT INSTITUT DE GÉNOMIQUE

SECTEUR OU BRANCHE : BIOTECHNOLOGIES

VOTRE FONCTION DANS L’ENTREPRISE : INGÉNIEUR EN BIOINFORMATIQUE

MEMOIRE DE STAGE : NON CONFIDENTIEL

ETHIQUE :

JE CERTIFIE :

AVOIR RÉDIGÉ PERSONNELLEMENT CE RAPPORT D’ACTIVITÉ AVOIR REMIS CE RAPPORT D’ACTIVITÉ UNIQUEMENT A L’I.A.E DE PARIS ET A AUCUN

AUTRE ORGANISME DE FORMATION. AVOIR MIS EN ITALIQUE OU INDIQUÉ CLAIREMENT TOUT TEXTE INSÉRÉ PAR « COPIER-

COLLER » OU TOUT AUTRE MODE D’INSERTION (HORS LES TEXTES EN ANNEXE) NE PAS AVOIR DÉPASSÉ 20% DU TEXTE EN COPIER-COLLER (OU TEXTE INSÉRÉ) DANS

LA RÉDACTION DU RAPPORT (HORS LES TEXTES EN ANNEXE)

DATE :

SIGNATURE :

Copyright François Le Fèvre – - 11:15:31 17/05/2023 i


Passe le à confidentiel pour que tu en soit propriétaire ?


Demander à pascale de retaper cette page et la dernière pour ne aps avoir els majuscules bizarres !


a completer par le redacteur du rapport d’activité

mailto:[email protected]


Cette page est intentionnellement laissée vierge.

Copyright François Le Fèvre – - 11:15:31 17/05/2023 ii

Remerciements

Remerciements

Merci à ma femme, Pascale, pour le soutien continu au cours de ces 2 dernières années dans nos multiples activités respectives: thèse et enseignement pour toi, Genoscope et MBA pour moi. De nos jours, il est difficile que les personnes d’un même couple puissent tous deux mener leur vie professionnelle de front avec leur vie familiale. Malgré des hauts comme des bas, je pense que ces épreuves nous ont rapprochés. Ce fut également pour nous deux de la découverte et de l’apprentissage d’un nouveau métier : celui de parents.

Merci à Patrick Winckler [Responsable X], Francis Quetier [ ] et Jean-Marc Aury []: pour les discussions relatives aux conditions de la création du Centre National de Séquençage.

Merci à Vincent Schächter pour le choix du sujet et ses conseils préliminaires.Enfin un grand merci à Christian Vincent [XX] pour sa disponiXXXXXXX, Romain

Marlange et XX pour les conseils et l’accès aux ressources sur le domaine de la valorisation et des brevets.

Je dédie ce mémoire à Pauline M. C. O.

« Les nanosystèmes pourraient avoir pour but de court-circuiter l'errance darwienne et de promouvoir le succès du design »

Damien Broderick, Écrivain de science-fiction et chercheur honoraire de l'université de Melbourne

Figure 1: Errance darwinienne et succès du design en biologie synthétique. Le scientifique cherche à obtenir un organisme capable d’effectuer une application (production de métabolite par ex.). En prenant l’organisme initial, celui-ci peut par des mutations successives acquérir de nouvelles propriétés, qui, si elles sont sélectionnées, permettent d’obtenir un organisme offrant de meilleures capacités que l’organisme initial. Toutefois, plusieurs mutations peut s’avérer nécessaires ; de plus l’organisme peut être confronté à des sauts évolutifs trop complexes (« barrière génétique »). Le scientifique peut aujourd’hui, grâce à la biologie synthétique, s’abstraire de ces contraintes, et designer un organisme qui répond à ces exigences. Il faut noter que la biologie synthétique ne substitue pas à l’évolution mais doit s’ajouter en parallèle au processus de sélection naturelle ou dirigée. D’après un exposé de Philippe Marlière, généticien – Isthmus, en 2006.Source : François Le Fèvre (2008)

Copyright François Le Fèvre – - 11:15:31 17/05/2023

OrganismeHorizon génétiqueBarrière génétiqueProgression par évolutionProgression par design

Légende:


Est-ce que je mets le d’apres, alors que je me suis approprié la chose ?


Illustrer ces propos par l’image de Philippe sur les sauts ?!


Verifier l’orthographe de tous les noms !


Est-ce que je dois mettre les titres et responsabilités de chacun, est ce qu’ils sont engagés par mes propos ?


Qui remercie exactement car tout seuk mais redore blason relation cea ?


Supprimer chapitre

Cette page est intentionnellement laissée vierge..


Résumé

A. Synthèse

1. Objectif du rapport

2. Méthodologie utilisée pour l’étude du thème choisi

3. Conclusions précises de l’étude réalisée

4. Mots-cléBiologie synthétique, biologie de synthèse, biologie systèmique, biologie des systèmes, biotechnologies

B. Summary

1.

2. Keywordssynthetic biology, system biology, biosafety, biosecurity, biofab,



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Enlever le mots chapitre

Sommaire

Informations du Jury et Engagement Ethique..............................................................................iRemerciements..........................................................................................................................iiiRésumé........................................................................................................................................v

A. Synthèse..........................................................................................................................v1. Objectif du rapport......................................................................................................v2. Méthodologie utilisée pour l’étude du thème choisi...................................................v3. Conclusions précises de l’étude réalisée.....................................................................v4. Mots-clé......................................................................................................................v

B. Summary.........................................................................................................................v1...........................................................................................................................................v2. Keywords....................................................................................................................v

Sommaire...................................................................................................................................viFigures.......................................................................................................................................ixTableaux......................................................................................................................................xAvant-propos : quelques éléments sur mon parcours.................................................................3

A. Cursus universitaire........................................................................................................3B. Bioinformaticien au Genoscope......................................................................................3

1. Historique du Genoscope............................................................................................32. Missions du Genoscope..............................................................................................33. Les missions d’un bioinformaticien en « System biology ».......................................4

C. Pourquoi l'IAE ?..............................................................................................................4D. Contexte de ce mémoire..................................................................................................5

Introduction.................................................................................................................................9Chapitre 1 : Qu’est ce que la biologie synthétique ?............................................................13

A. Biologie des systèmes et Biologie Synthétique............................................................131. Définition..................................................................................................................132. Histoire......................................................................................................................15

B. Technologies.................................................................................................................161. Séquençage des acides nucléiques............................................................................162. Synthèse d’ADN.......................................................................................................17

C. Approches complémentaires en biologie synthétique...................................................201. Top-down – Dé assemblage......................................................................................202. Botton-Up - Assemblage...........................................................................................21

D. Applications..................................................................................................................231. Nouveaux processus pour la production de médicaments et de produits chimiques : les microbes et plantes comme usines de fabrication.......................................................232. Bio senseurs..............................................................................................................233. Production d’énergie.................................................................................................234. Bioremédiation..........................................................................................................235. Systèmes communicants...........................................................................................246. Agents thérapeutiques de nouvelles générations......................................................24

E. Evolution et limites à venir de la biologie synthétique................................................251. Evolution des technologiques de synthèse/séquençage............................................252. Loi de Moore.............................................................................................................263. Standardisation et Design.........................................................................................274. Roadmap...................................................................................................................28

Chapitre 2 : Acteurs majeurs de la biologie synthétique......................................................31



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Sommaire

A. Des personnalités fortes influencent la biologie synthétique........................................311. BioFab Group............................................................................................................312. Autres personnalités liées à la biologie synthétique.................................................31

B. Acteurs académiques : une domination américaine......................................................321. Publications et financement......................................................................................322. Enseignement et biologie synthétique......................................................................34

C. Les entreprises du secteur de la biologie synthétique...................................................351. Les Gene Foundries..................................................................................................352. Les BioSynTechs : les « pure players »....................................................................433. Bilan].........................................................................................................................47

D. Pouvoir Publics Autorité de régulation.........................................................................471. Actions américaines pour la biologie synthétique....................................................472. Initiative pour soutenir le développement de la biologie synthétique en Europe.....483. Actions au niveau de la France.................................................................................514. Autres ONGs.............................................................................................................54

Chapitre 3 : Stratégie autour du marché de la biologie synthétique.....................................57A. Caractéristiques du marché...........................................................................................57

1. Essor : un marché en pleine explosion......................................................................572. Offshore pour les Gene Foundries............................................................................583. Défis à relever pour les Gene Foundries...................................................................584. Hypercompétition.....................................................................................................59

B. De société de production à celle de services.................................................................59C. Alliances.......................................................................................................................60D. Financement..................................................................................................................70

1. Fonds personnels.......................................................................................................712. Business angels.........................................................................................................713. Oseo..........................................................................................................................714. Fonds d’amorçage.....................................................................................................715. Capital risque............................................................................................................716. Marché public...........................................................................................................717. Autofinancement.......................................................................................................71

Chapitre 4 : Propriété intellectuelle......................................................................................74A. Quelques éléments sur les brevets................................................................................74

1. Critères de brevetabilité............................................................................................742. Brevets européen.......................................................................................................743. Qu’est ce qui est brevetable aujourd’hui en biologie synthétiques ?........................784. Brevet OGM..............................................................................................................795. Favoriser l’approche Open source............................................................................81

Chapitre 5 : Risques associés à la biologie synthétique........................................................85A. Biosafety.......................................................................................................................85

1. Définition..................................................................................................................852. Risques......................................................................................................................853. Mesures.....................................................................................................................86

B. Biosécurité....................................................................................................................881. Définition..................................................................................................................882. Risques......................................................................................................................883. Mesures.....................................................................................................................89

C. Société et éthique..........................................................................................................911. Exemple de questions...............................................................................................912. Points clé...................................................................................................................91

Copyright François Le Fèvre – 11:15:3117/05/2023vii

Sommaire

3. Développement durable............................................................................................92Discusion...................................................................................................................................97

A. De l’opportunité de créer une plateforme.....................................................................98B. Le CEA, acteur d cette plateforme..............................................................................103

1. Propriété Intellectuel & Culture de l’Innovation....................................................1032. Gestion du risque....................................................................................................1033. Ethique & Société...................................................................................................1034. Technology.............................................................................................................1035. Bilan CEA...............................................................................................................103

Conclusion..............................................................................................................................110Citations..................................................................................................................................114Glossaire.................................................................................................................................115Glossaires des abréviations et des termes spécifiques rarement utilisés.................................117

A. Termes en relation avec le domaine de la biologie.....................................................117B. Termes en relation avec le domaine de la finance......................................................118C. Termes en relation avec l’Europe...............................................................................119D. Autres..........................................................................................................................120

Annexes...................................................................................................................................131A. Etudes de cas...............................................................................................................131

1. Genosphere.............................................................................................................1312. GeneArt...................................................................................................................1313. CodonDevice...........................................................................................................1314. Helicos....................................................................................................................1315. Blue Heron Biotechnology.....................................................................................131

B. Liste des entreprises dont le marché est relatif à la synthèse d’acides nucléiques (ADN, ARN).......................................................................................................................131C. Brevets........................................................................................................................132D. Interview Craig Venter ??...........................................................................................135E. Listes des métabolites polluants..................................................................................136F. iGEM...........................................................................................................................137

1. Diplôme iGEM........................................................................................................1372. Mettre les journaux iGEM......................................................................................137

G. Curriculum vitae.........................................................................................................137Index.......................................................................................................................................140

Copyright François Le Fèvre – 11:15:3117/05/2023viii

Figures

Figure 1: Errance darwinienne et succès du design en biologie synthétique............................iiiFigure 13 : klklj lkjlkjlkj.............................................................................................................9Figure 2 : Comparaison entre protocole de recherche sans et avec biologie synthétique.........14Figure 3 : Différentes technologies de séquençage de l’ADN..................................................16Figure 4 : Photos des princpaux séquenceurs de la nouvelle génération..................................17Figure 5 : Domaines de longueur de fragments d’ADN synthétisés........................................18Figure 6 : Différents procédés de synthèse de l’ADN..............................................................18Figure 7 : Procédé actuel de synthèse de gènes et de génomes à partir d’oligonucléotides.....19Figure 8: Le scientifique commande directement via un portail Internet la séquence de ces gènes intérêt. Il recevra sous 14 jours la totalité de la séquence par la poste...........................19Figure 9 : Modules de la biologie synthétique..........................................................................21Figure 10 : Point d’inflexion dans les technologies de biologie...............................................22Figure 11 : Coût du séquençage et de la synthèse d’une paire de base d’ADN.......................25Figure 12 : Amélioration de la productivité dans la synthèse et le séquençage de l’ADN.......26Figure 13 : klklj lkjlkjlkj...........................................................................................................27Figure 14 : Publication dans le domaine de la biologie synthétique par année........................33Figure 15 : Répartition des publications scientifiques, et des financements par pays..............33Figure 16 : Capture d’écran su site web “The Registry of Standard Parts” du MIT................35Figure 17: Répartition mondiale des Gene Foundri..................................................................37Figure 18 : Process de fabrication et produits typique d’une Gene Foundries.........................38Figure 19 : Répartition de la taille des fragments d’Adn synthétisés par une Gene Foundries....................................................................................................................................................38Figure 20 : Point d’inflexion dans les technologies de biologie...............................................40Figure 21 : Etude des différents acteurs du marché des Gene Foundries.................................42Figure 22 : jkhjh k.....................................................................................................................44Figure 23 :Etude des différents acteurs du marche des BioSynTechs......................................46Figure 24 : Analyse économique de la plateforme GeneMarker contre la PCR.......................58Figure 25 : Stratégies des entreprises du secteur de la biologie synthétique............................64Figure 26 : Evolution du nombre de brevet en biologie synthétique au cours des années.......79Figure 27 : Répartition en classes des brevets « Synthetic biology ».......................................79Figure 28 : Acteurs ayant déposé un brevet en « synthetic biology »......................................80Figure 29 : metabolic engineering............................................................................................80Figure 30 : metabolic engineering class....................................................................................80Figure 31 : Contraintes et implications des brevets ou de l’approche open source..................83Figure 32 : ljjkl..........................................................................................................................85Figure 33 : Spectre du risqué: Bin Laden Genetics, Inc...........................................................88Figure 34 : kllk..........................................................................................................................89Figure 35 : lkjlkj lkjkljlj............................................................................................................92Figure 36: Concept de la bio-rafenerie...................................................................................102Figure 37 : SWOT analysis.....................................................................................................105Figure 38 : Model de flux de produits issu. Analogue à celui de l’industrie pétrochimique.106


Tableaux

Table 1 : Evolution des chiffres clés du secteur des biotechnologies dans le monde...............11Table 2 : Evénements marquant de la biolgie synthétique.......................................................15Table 3 : Comparaison des performances de la prochaine génération de séquenceurs............16Table 4 : Technologies de synthèse d’ADN.............................................................................18Table 5 : Sélection de deux projets dit « top down »................................................................20Table 6 : Définitions et exemples d’implémentation des différentes couches..........................21Table 7 : Liste des 12 métabolites d’intérêt identifies par le Department Of Energy USA en 2004 ..........................................................................................................................................23Table 8 : Délai de synthèse de gène en fonction de la longueur du fragment..........................25Table 9 : Exemple de logiciel...................................................................................................28Table 10 : Avancés nécessaires au développement de l’industrie de la biologie synthétique. .28Table 11 : Membres du « Bio Fab group », à l’origine du développement de la biologie synthétique................................................................................................................................31Table 12 : Acteurs « moteur » de la biologie synthétique sur le plan prive ou académique.. . .32Table 13 : Universités partenaires dans le centre SynBERC basé à Berkeley..........................34Table 14 : Les « Big 4 » de la synthèse d’ADN.......................................................................36Table 15 : Domaines d’activités stratégiques des Gene Foundries...........................................37Table 16 : Critères de différenciation des Gene Foundries.......................................................41Table 17 : Extrait de la liste des BioSynTech ou « pure player ».............................................43Table 18 : lkj.............................................................................................................................45Table 19 : Projets de biologie synthétique financés par le FP6 de l’Europe...........................49Table 20 : Liste des activités soutenues par le FP7 dans la catégorie Applied Life Sciences.. 50Table 21 : Projets retenus pour « Activity 2.3: Life Sciences Biotechnology and Biochemistry for Sustainable Non-Food »......................................................................................................50Table 22 : Grandes groupes internationaux investissant dans le secteur de la biologie synthétique................................................................................................................................61Table 23 : Liste des brevets « Synthetic Biology »................................................................133Table 24 : Liste des 31 métabolites The National Waste Minimization Program focuses efforts on reducing 31 Priority Chemicals (PCs) found in our nation's products and wastes by finding ways to eliminate or substantially reduce their use in production. If these chemicals cannot easily be eliminated or reduced at the source, we focus on recovering or recycling them.....136


Copyright François Le Fèvre 11:15:31 17/05/20231

Partie 1 :

Avant-Propos


Avant-propos : quelques éléments sur mon parcours

A. Cursus universitaireAprès une classe préparatoire en « Biologie Chimie Physique et Sciences de la

Terre »1 j’ai fait le choix d’une formation théorique et pratique de haut niveau en génomique en étudiant au Magistère de Biotechnologies2. J’ai poursuivi ces études par l’obtention d’un Master en Informatique Appliquée à la Biologie3. Ces études m’ont permis d’acquérir des bases fondamentales dans les biotechnologies et les sciences de l’information ainsi que de développer un esprit critique. J’ai pu également développer des compétences techniques lors de nombreux stages dans des instituts de prestige tant en France (INRA : Clonage4, ParisXI : Bioinfo5), qu’à l’étranger (Institut de cancérologie/d’océanologie en Allemagne6 ; Institut de Biomédecine aux Etats-Unis7). Ces différents stages m’ont permis de rencontrer des étudiants et étudiantes aux cultures différentes et ainsi d’apprendre à comprendre l’autre et à travailler avec lui. J’ai pu également travailler avec des scientifiques de haut niveau, et des entrepreneurs en biotechnologies. J’ai ainsi pris conscience des différences de compétences existant entre le domaine de la recherche et celui du business.

B. Bioinformaticien au GenoscopeCe parcours universitaire m’a permis d’intégrer en 2004 le Centre National de

Séquençage (CNS), en qualité de bioinformaticien. Cet établissement de recherche est connu au niveau international sous la dénomination de Genoscope.

1. Historique du GenoscopeLe Genoscope a été créé en 1997 pour 10 ans en tant que Groupement d’Intérêt Public (GIP). En 2002, le Genoscope, le Centre National de Génotypage (CNG) et le Réseau National des Genopoles (RNG) ont intégré le Consortium National de Recherche en Génomique (CNRG).Depuis le 1er mai 2007, le Genoscope et le Centre National de Génotypage ont intégré la Direction des Sciences du Vivant (DSV) du Commissariat à l'Energie Atomique (CEA) sous la forme d'un institut, l'Institut de Génomique. Ce rapprochement a, entre autres, pour but de pérenniser le statut de CNS/CNG, d'établir des synergies et de renforcer le CEA dans le domaine des sciences de la vie, à l’image de ce qui se passe aux États-Unis avec l’équivalent du CEA, le Département de l’Energie (DOE).

2. Missions du GenoscopeL’une des missions initiales du Genoscope a été de participer en tant qu’acteur majeur

au séquençage du génome humain, au sein du consortium international « Human Genome Project » (HGP). Le Genoscope s’est ainsi investi dans le séquençage, l’assemblage et l’annotation du bras long du chromosome 14, soit 87 410 661 nucléotides. Une première version du génome humain a été publié dans la revue Nature le 15 février 2001, la version finale le 14 avril 2003. Le séquençage à lui seul représente ainsi 10 millions d'euros. Les autres missions du Genoscope consistent à « participer à l’effort des nations développées de produire, en accès libre, des données de séquence d’intérêt général, répondre aux besoins en

1 BCPST Chateaubriant2 Magistère de Biotech : ens pxi3 DESS Informatique appliquée4 INRA5 Termier6 allemagne7 USA

Copyright François Le Fèvre – 11:15:3117/05/20233

séquençage à grande échelle de la communauté académique et permettre de se maintenir au niveau de l’état de l’art dans le domaine du séquençage et de l’analyse de la séquence» .

Depuis quelques années, le Genoscope a pris un nouveau virage : « le cap vers la génomique environnementale ». Le but est d’être capable d’identifier des fonctions biologiques pouvant être utilisées dans le cadre des industries chimiques. Nous parlons ici des « biotechs blanches » par opposition aux biotech rouges, vertes, grises et bleues, qui relèvent respectivement des interactions avec l’industrie pharmacologique, l’agro-industrie, l’environnement et les ressources océaniques. « C’est dans une logique de développement durable que le Genoscope cherche des solutions biologiques dans la chimie de synthèse, afin de la rendre moins polluante et moins consommatrice d’énergie et de carbone fossile.» 8 , propos de Jean Weissenbach, chef de l’Institut de Génomique.

L’intégration au CEA étant toute récente je n’ai pas assez de recul pour en faire l’analyse. Je ne développerai donc pas ce point.

3. Les missions d’un bioinformaticien en « System biology »Depuis 2004, j’ai intégré une équipe de recherche en modélisation du métabolisme au

niveau de l’échelle de la cellule. Ce domaine de recherche vise à comprendre les relations entre les propriétés de « haut niveau », encore appelé le phénotype (La cellule est elle capable de pousser sur un milieu riche en glucose ?) et le contenu en gènes des cellules. La spécificité de ce domaine, la biologie des systèmes ou biologie systémique, est que le chercheur ne s’intéresse pas à caractériser en particulier un des acteurs de la cellule mais bien l’ensemble des acteurs et les interactions qui les unissent.

Mon métier de bioinformaticien au sein de l’équipe « Computational and System biology » consiste à développer des applications informatiques dédiées à la modélisation des réseaux du métabolisme. Un des buts poursuivis par notre équipe est ainsi d’être capable de prédire le phénotype de « pousse/pousse pas » de bactéries ensemencées sur différents milieux. Pour cela nous effectuons des analyses dites « in silico » qui sont comparées à des expériences « in vivo ». Nous travaillons donc en forte interaction avec des expérimentateurs. Les logiciels créés sont valorisés au travers de travaux de recherche qui mènent à des publications scientifiques et à la mise à la disposition pour la communauté scientifique de bases de données et d’outils en ligne. Ce travail est mené en étroite collaboration avec des étudiants réalisant des stages, des thèses, avec des post-doctorants et des chercheurs que ceux-ci soient spécialistes en statistiques, mathématiques, optimisation, en biochimie ou en informatique. La pluridisciplinarité de cet environnement en fait toute sa richesse.

C. Pourquoi l'IAE ?Plusieurs éléments sont à l’origine de mon choix de suivre la formation du Master

« Administration des Entreprises » de l’IAE de Paris Lors de mon cursus universitaire, j’ai pu m’investir dans une initiation au management et

à la propriété intellectuelle, ce qui m’a donné envie de me perfectionner dans la maîtrise de ces outils. Mes différents stages m’ont également permis de rencontrer des bio-entrepreneurs, j’ai pu ainsi mesurer les difficultés pour un chercheur de valoriser ses inventions au travers d’une innovation et la création d’une entreprise. J’ai donc suivi par moi-même différents séminaires9 visant à me donner des outils et des clés de compréhension. Mais pour atteindre mes objectifs il me faut aller plus loin : améliorer mes compétences managériales et acquérir des qualités de leadership.

8 Jean Weissenbach, site web du Genoscope http://www.genoscope.cns.fr/spip/Presentation-du-Centre,36.html#mot 9 Salon du Medec-Bioentreprendre (2005-2007), Chaire d'innovation technologique au Collège de France (2008)



Quels sont –ils ?


Mettre le détail ou pas (communication, gestion, marketing, stratégie, business plan)


Développer plus ? veille tech, nouvelle techno, brainstorming


J’ai le droit ??


Mettre toutes citations en italiques !


Simple ou double quote , attention à trop de « «

http://www.genoscope.cns.fr/spip/Presentation-du-Centre,36.html#mot

http://www.genoscope.cns.fr/spip/Presentation-du-Centre,36.html#mot

Je me suis donc naturellement tourné vers les formations généralistes pour cadres. L’IAE de Paris à travers le MAE vise à former des hommes et des femmes capables d’assumer les challenges des entreprises de demain. Pour être apte à gérer des projets nécessitant la compréhension globale de l’entreprise et de son environnement, j’ai donc voulu associer à ma formation initiale, à mes qualités personnelles et à ma première expérience professionnelle, la formule unique du MAE. Malgré le manque de recul à ce jour, l’intégration au MAE de l’IAE de Paris m’a permis d’accéder à une formation généraliste en management de haute qualité, qui m’a donné une vue approfondie des différentes facettes d’une entreprise : gestion des hommes et des femmes, gestion de projet, aspect macro-économique, financier, relation avec les clients/fournisseurs, pour n’en citer que quelques uns. Ensuite cela a été une expérience unique pour travailler avec des étudiants issus d’entreprises et de cultures différentes. Je suis en effet convaincu que de la confrontation des idées naissent les solutions les plus novatrices. En suivant la formation MAE en cours du soir, en me spécialisant avec le suivi de la thématique « Management de projet et Gestion de l’Innovation » et en poursuivant mon métier, j’ai ainsi pu développer en parallèle mes capacités d’analyse et de synthèse à l’IAE, et acquérir une rigueur et un réalisme dans la gestion de projet. Enfin j’ai pu me créer un réseau de professionnels que je pourrais ainsi entretenir et réactiver pour pouvoir rebondir tout au long de ma carrière.

Le suivi du MAE s'inscrit donc pour moi dans la continuité de mon projet professionnel. Cette transversalité des compétences s’avèrera indispensable pour me permettre d’accéder à un poste de manager afin de relever les nouveaux défis liés à la création et au management des projets scientifiques transversaux dans les entreprises européennes de demain.

D. Contexte de ce mémoireLa biologie synthétique est une approche récente de l'ingénierie de la biologie basée

sur des technologies dédiées à la synthèse d'ADN, le support de l'information dans le monde du vivant. À titre professionnel, mais aussi à titre personnel, je suis très intéressé par son développement et les applications prometteuses qui semblent en découler. Je me suis ainsi personnellement investit dans un concours international de biologie synthétique iGEM10 qui a permis à des étudiants français de mener à bien un projet et de remporter au MIT le prix de recherche fondamentale.

Ce mémoire est pour moi l’occasion de faire le point sur ce domaine, non pas en terme scientifique mais bien dans le cadre d’une approche « business ». Outre la validation de mon MBA, mon objectif est de rentre un rapport qui puisse servir de document de base, de réflexion à différents acteurs du domaine de la biologie synthétique:

- chercheur qui souhaite créer une entreprise,- acteur financier (Business Analyste, Venture capital …) qui cherche à

comprendre quelles sont les clés d’analyse de ce secteur,- entreprises, telles que le CEA, qui doivent évaluer l’opportunité et les risques

ou non de lancer des programmes de recherche & développement, voire d’innovation en biologie synthétique.

Ce mémoire n’est donc pas à exactement un mémoire d’activité mais un mémoire centré sur un secteur économique en développement, la biologie synthétique. C’est pour moi le moyen de prendre du recul, afin d’ évaluer les perspectives et les contraintes du futur modèle économique de la biologie synthétique. Certains points du rapport m’ont tenu plus cœur que d’autres, mais ont été traités de manière concise pour garder un équilibre entre les parties du rapport : ceci concerne tout ce qui touche la valorisation et la propriété intellectuelle, ainsi que la « biosecurity ».10 iGEM : The international Genetically Engineered Machine competition



insister sur le fait que j’ai souhaité mettre tab bioremidation, biorazfenireie car applications potentiels que doit cibler un futur entreprenuenr en biologie synthétique


pluriel singuklier au dessus


pourquoi ce sujet plutot qu'un autre?Quel business modèle pour la biologie synthétique

Par ailleurs, je tiens à préciser que ce rapport n’engage que ma propre personne, celui-ci n’ayant pas été réalisé avec le support de mon entreprise, le CEA. Les analyses et interprétations n’engagent donc que ma personne.

Note : Pour plus de détail sur mon parcours, je vous invite à consulter mon CV en annexe X.


Introduction

Partie 2 :

Synthia

Copyright François Le Fèvre 7 11:15:3117/05/2023

Introduction

IntroductionProblématique : introduire succintement ce qu’est le domaine d’étude ? qu’est ce que la BS ? Quelles technologies ? Quelles applications ?

Depuis une dizaine d’année, des avancées technologiques et scientifiques ont permis de développer des outils pour analyser, manipuler les systèmes biologiques. Le séquençage et la synthèse d’ADN, molécule support de l’information, permettent aujourd’hui d’ouvrir une nouvelle ère dans l’ingénierie des systèmes biologiques.SBLa biologie synthétique résulte de l’intégration de différentes technologies venant de la biologie, mais aussi des nanotechnologies, de l’ingénierie, de l’électronique et de la chimie

Les impacts potentiels La bs est dirigé sur la création de systems biologique artifielDifférentes définitions de la biologie synthétique ont été proposé. Dans le cadre de notre étude, nous nous baserons sur la défintion de la communauté europenne issue du rapport de Hubert Bernauer pour le projet Synbiology :“Synthetic biology is the engineering of biological components and systems that do not exist in nature and the re-engineering of existing biological elements; it is determined on the intentional design of artificial biological systems, rather than on the understanding of natural biology.” [XX]

Figure 2 : klklj lkjlkjlkj

Il y a 10 ans, le genie génétique permettait de faire des copier-coller d’ADN d’organismes existants dans d’autres .Succès de la biologie synthétique passe par évaluation économiqueAinsi amyris biotech, artemisinin,5 ans = $20 m = 95% identifier resoudre les interactions non vouluCout d’un projet pourrait de 25% dès la première reutlisation departs



Drew Endy - Genetic systems design from the DNA modules


Hubert Bernauer of ATG:Biosynthetics (Feiburg, Germany) for consortium leader Sociedade Portuguesa de Inovação (Baltimore). Deliverable Number 3 of project FP6-2003-NESTB4 Project 015357 – SYNBIOLOGY.


attention copier/coller bio-era !

Introduction

[The economics of synthetic biology msb]utlisation

They distinguish their work from an older biological engineeringcanon, which encompasses fermentation and process engineeringas well as biomedical engineering (prosthetic limbs, laser cathetersguided through arteries and implants). They also distinguish it from asecond, newer recombinant DNA canon, which encompasses engi-2 T h e c h a r a c t e r i s t i c s o f s y n t h e t i c b i o l o g y13neered organisms that produce proteins or simple chemicals, plantsengineered to produce pesticides and phage vectors designed withattributes relevant to gene therapy.

Bs est domaine emergentPotenialité important tant scienti que econoDomaine d’application variée etndu : santé, environnement, nouveaux materiaux, nouveaux process.Base d une nouvelle révolution,1er revoltion indus2ieme info3ieme aube de la troisième Un certain nbre d entrepsie se crée aux usa, peu en europePourquoi ? financemnt ? innovation ?Décrire les

risques

La biologie synthétique est une approche de l'ingénierie de la biologie basée sur des technologies dédiées à la synthèse d'ADN, le support de l'information dans le monde du vivant. Notre analyse visera à déterminer le business modèle des entreprises opérant dans le domaine de la biologie synthétique; en particulier nous nous demanderons s'il diffère de celui du secteur des biotechnologies. Pour cela, notre mémoire s'attachera donc après un descriptif rapide des technologies mises en jeu et des applications possibles, à répondre à plusieurs questions: 1) quels sont les acteurs de ce secteur? 2) quel est le marché? 3) quels sont les modes de financement? Nous nous focaliserons ensuite sur la détermination des facteurs clés dans ce secteur (maillage économique, infrastructure, partenariat privé/publique, enseignement supérieur). L'Europe dispose-t-elle ou non de ces éléments pour ne pas rater le virage de la biologie synthétique? Enfin, nous aborderons des questions éthiques et aussi de sécurité liées à l'utilisation de la biologie synthétique.

Ce mémoire, en fonction de sa réussite ou non à synthésiser le champ de biologie synthétique, pourra être le support à la rédaction de futurs Business Plan.


Introduction

Table 1 : Evolution des chiffres clés du secteur des biotechnologies dans le monde.Source : Ernst & Young, (2007)

Travailler à l’interface entre la recherche scinetifique et le « business development


Remerciements

Chapitre 1 :

Qu’est ce que la biologie synthétique ?

_______


Remerciements

Chapitre 1 : Qu’est ce que la biologie synthétique ?

Cette partie vise à apporter les clés de compréhension de la biologie synthétique pour un non spécialiste du domaine. Nous nous attacherons donc à déterminer les contours précis de la biologie synthétique, puis à regarder sur quelles technologies se base cette discipline, pour enfin donner donner quelques exemples non exhaustifs de ses applications.

A. Biologie des systèmes versus biologie synthétique

1. DéfinitionLe terme « synthetic biology » peut-être traduit par « biologie de synthèse » ou « biologie synthétique », nous utiliserons ce dernier dans le présent rapport. Différentes définitions de la biologie synthétique ont été proposées afin de délimiter ce nouveau champ d’application.[XX] Dans le cadre de notre étude, nous nous baserons sur la définition de la communauté européenne issue du rapport de Hubert BERNAUER pour le projet Synbiology [XX] :

“Synthetic biology is the engineering of biological components and systems that do not exist in nature and the re-engineering of existing biological elements; it is determined on the intentional design of artificial biological systems, rather than on the understanding of natural biology.” [XX]

La biologie synthétique est donc la synthèse et l’ingénierie de composants et de systèmes biologiques nouveaux ou le re-ingénierie d’éléments biologiques préexistants dans le but de créer des systèmes réalisant des fonctions utiles.

La biologie synthétique se distingue de nombreux domaines scientifiques récents. Elle s’oppose ainsi à la biologie systémique, qui vise à comprendre les systèmes biologiques dans leur ensemble. En effet, la biologie systémique développe une perspective scientifique (faire de la science pour de la science – même si des retombées dans le domaine médical sont actuellement en cours) alors que la biologie synthétique vise à des objectifs plus technologiques et surtout plus appliqués. Ces deux approches scientifiques sont bien entendu complémentaires.La biologie synthétique se différencie également du génie génétique dont l’un des buts est l’obtention d’organismes réalisant une fonction donnée, mais ce grâce à l’utilisation et aux transferts de gènes existants modifiés ou non par la technologie de l’ADN. La biologie synthétique permet de s’abstraire totalement de cette contrainte d’ADN préexistant. La biologie synthétique, de par son approche dite de synthèse, révolutionne ainsi le travail quotidien des équipes de recherche. En effet, de nos jours, les scientifiques passent une grande partie de leur temps à obtenir leur gène d’intérêt via des techniques de biologie moléculaire : des « copier coller » de fragments d’ADN entre organismes. Ceci nécessite du temps et des moyens humains conséquents, mais désormais ils peuvent commander leur gène directement via Internet auprès d’entreprises de biologie synthétique – Gene Foundries - et ce sous 10 jours. Ceci est illustré dans la Figure 3.

Les entreprises de biotechnologies traditionnelles ont procédé jusqu’à présent d’une manière plus ou moins empirique, la biologie synthétique grâce au design rationnel et au re-design va permettre le passage à grande échelle et instaurer des modifications en profondeur dans la conduite des projets de biotechnologies.



Le temps passé present pas d’accord


Ou est ce que c’est mieux de mettre la reference ?


Hubert Bernauer of ATG:Biosynthetics (Feiburg, Germany) for consortium leader Sociedade Portuguesa de Inovação (Baltimore). Deliverable Number 3 of project FP6-2003-NESTB4 Project 015357 – SYNBIOLOGY.


Peu de scientifiques se sont arrêtés sur le fait de donner une définition claire à la biologie synthétique. Les industriels n’ont plus. Pourtant c’est un point clé, qui permets aux différentes instances gouvernementales et aux investisseurs privées de financer ce domaine de façon précise et sans redondance avec d’autres programmes.


A ou 1.1 ?

Remerciements

Figure 3 : Comparaison entre protocole de recherche sans et avec biologie synthétique.Dans le protocole du haut sans biologie synthétique, le chercheur est contraint avec son équipe de modifier son fragment d’ADN afin d’obtenir la séquence d’intérêt. Ce qui a demandé 3 ans. Dans le protocole du bas, il lui suffit de commander via Internet la séquence désirée qu’il recevra par la poste sous 14 jours. Source : figure extraite du rapport «Synthetic Genomics, options for governance. » [XX]


Remerciements

2. HistoireLe tableau suivant présente une chronologie des événements clés qui ont permis l’avènement de la biologie synthétique.

Date Evénement C.1953 Watson et Crick découvrent que le support de l’information génétique est l’ADN S1970 Arrêt Chakrabartu USA conduisant à la brevetabilité du vivant aux USA M1974 Waclaw Szybalski introduit pour la première fois le terme « synthetic biology » S1975 Asilomar International Conference sur les technologies recombinantes M1977 Maxam et Gilbert publient "DNA sequencing by chemical degradation" S1977 Fred Sanger publie "DNA sequencing by enzymatic synthesis". S1978 Prix Nobel pour Smith, Arber et Nathans pour la découverte des enzymes de restriction M1978 Séquençage du premier génome, le virus PhiX174 S1979 Khorana (+17pers) réalise la synthèse d’un gène pour la première fois (207 bp) S1980 Bayh Dole Act, loi permettant aux universités de breveter des inventions sur fondspublics M1981 Racaniello et Baltimore ont construit un poliovirus par assemblage de cDNA S1986 Première publication publique sur la PCR par Kary Mullis S1995 Première bactérie séquencée, Haemophilus influenzae S1995 Stemmer synthétise un grand gène (2700 bp) par PCR S1998 Directive européenne sur la brevetabilité des gènes et des séquences partielles de gènes M1999 Clonage complet d’un virus influenza de type A S1999 Création de l’entreprise GeneArt E1999 Création de l’entreprise Blue Heron Biotech E2000 Séquençage du génome humain M2001 Attaque du 11 septembre M2002 Wimmer construit un poliovirus avec des oligonucléotides commandés sur internet en 1an M2003 Synthèse en 14 jours d’un virus phiX174 (5386bp) par un group de l’institut Venter S2003 Création de l’entreprise DNA2.0 E2004 Premier concours de biologie synthétique S2004 Synthetic Biology, première conférence internationale sur la biologie synthétique au MIT M2004 Tian développe un procédé de synthèse de séquences longues de 14.5 kb (DMD) S2004 Création de Codon Devices E2005 Synthèse direct du virus de la grippe espagnol (1918) par Tumpey S2005 Chan1, Kosuri et Endy synthétise en le redesignant un bactériophage T7 S2005 Première compétition internationale de biologie synthétique iGEM M2005 Création de l’entreprise Synthetic Genomics E2006 Reconstruction d’un virus fossile S2006 Synthetic Biology 2.0, à l’université de California, Berkeley M2006 Création de l’institut J. Craig Venter E2006 Création du Synthetic Biology Engineering Research Center E2006 Depôt de brevet sur l’organisme minimal Synthia (20070122826) E2006 Synthèse commerciale d’un fragment d’ADN de 35kbp par Codon Devices E2007 Rapport par le groupe ETC sur la “Extreme Genetic Engineering” M2007 Synthetic Biology 3.0, à l’ETH de Zurich M2008 Synthèse commerciale d’un fragment d’ADN de 52kbp E2008 Synthèse du génome complet d’une bactérie Mycoplasma genitalium (582,970 bp) E2008 Synthetic Biology 4.0, ; Hong Kong MTable 2 : Evénements marquant de la biolgie synthétique. La troisième colonne, C. ou catégorie, vise à organiser par grands domamines les évenements. Ainsi S,E,M représentent respectivement les catégories Science, Entreprise et Société.Source : François Le Fèvre (2008)



mettre les l


M ou S pour cela


Choix par une lettre ou un chiffre ??


ajouter ou pas le code couleur sur la case finale ou sur toute la ligne?

Remerciements

B. TechnologiesDeux grands types de technologies sont associées à la biologie synthétique : celle qui permet de lire la séquence de l’ADN (plus ancienne) et celle qui permet de synthétiser ce même ADN – la synthèse. Ces deux technologies sont au cœur de l’industrie de biologie synthétique : l’une permettant de synthétiser les gènes, l’autre permettant de vérifier la synthèse obtenue.

3. Séquençage des acides nucléiquesLe séquençage de l’ADN consiste à déterminer l’enchaînement des nucléotides, Adénine (A), Guanine (G), Cytosine (C) et Thymine (T), composants de l’ADN. La séquence ainsi obtenue permet ensuite grâce à des analyses bioinformatiques de déterminer la position et aussi la fonction des gènes. Cette technologie est utilisée en biologie synthétique afin de déterminer si les séquences produites sont bien conformes à la séquence demandée par le client.

Technologie de séquençage Entreprise / Produit StatutPyrosequencing 454 Life Sciences / GS 20 CommercialiséPar synthèse Illumina CommercialiséLigation-based Applied Biosystems CommercialiséSingle DNA molecule Helicos CommercialiséMicrocapillaire Divers laboratoires DéveloppementNanoPore Université de Harvard DéveloppementDNA chip Divers laboratoires DéveloppementSingle Molecule Real Time Pacific Biosciences DéveloppementFluorescence Resonance Energy Transfer VisiGen DéveloppementElectron microscopy Divers laboratoires Développement

Figure 4 : Différentes technologies de séquençage de l’ADN. Source : François Le Fèvre (2008) à partir d’une présentation de Jean-Marc Aury.

Les différentes technologies de séquençage actuellement commercialisée se distingue par :- Leur rapidité de séquençage ( nb de lecture par run)- La longueur des lectures- Le temps de chaque run

Ces paramètres influencent sur la qualité de la séquence en terme de nombre d’erreur, mais aussi sur la facilité à réaliser l’opération d’assemblage. Les technologies actuelles ne permettent pas de séquencer en seule fois un génome, il faut pour cela le découper en plusieurs parties chevauchantes, qui sont chacune séquencée puis mis bout à bout lors de l’opération d’assemblage. Plus les séquences de lectures sont petites, plus le nombre de combinaison pour assembler est grand et nécessite de puissants algorithmes et ordinateurs.

Table 3 : Comparaison des performances de la prochaine génération de séquenceurs. Source : The impact of next-generation sequencing technology on genetics by Elaine R. Mardis.[http://www.ajhg.org/images/mardis.pdf]



Verifier que tous les tableaux font la même largueur


Aucune figure pour illustrer ces propos ? photos de séquenceur du genoscope ? est ce que c’est utile ?


ou est la valeur ajoutée de ton rapport par rapport à Bio-Era !! Est-ce que tu es dans le scope ??


attention ne pas trop détaillé cela car c'est un rapport de management, faire des liens vers les bons rapports

Remerciements

Applied Biosystems ABI 3730XL Roche / 454 Genome Sequencer FLX

Illumina / Solexa Genetic Analyzer Applied BiosystemsSOLiDFigure 5 : Photos des princpaux séquenceurs de la nouvelle génération.Source : à partir d’une présentation de Jean-Marc Aury

Il faut noter que l’amélioration de ces technologies induit une augmentation considérable des volumes de données numériques à gérer, ce qui nécessite outre l’utilisation de matériels informatiques de hautement performant, des logiciels et algorithmes de bioinformatique permettant d’explorer, d’analyser ces données pour en extraire une information pertinente.Plusieurs entreprises précédemment citées participent au X-Price : « 1000 génomes » dont le but est de séquencé 1000 génomes humains en 10 jours pour moins de 10.000$ par génome. L’avenir nous réserve de fantastiques applications dans ce domaine.

4. Synthèse d’ADNLa biologie synthétique repose sur la possibilité de synthétiser des gènes, voire des génomes et ce sans matrice initiale, ce qui s’oppose au génie génétique. D’autre part, la biologie synthétique développe une approche de type ingénierie qui permet aux scientifiques d’industrialiser le procédé de design de ces fragments d’ADN par l’utilisation de « parts, devices et systèmes » standardisés. [Voir p22] Depuis 30 ans, le génie génétique consiste à utiliser des technologies de biologie moléculaire (essentiellement la Polymerase Chain Reaction - PCR) afin de couper/coller des fragments d’ADN provenant d’organismes initiaux stockés dans des banques dans des organismes hôtes grâce aux enzymes de restrictions. Grâce à la mutagenèse dirigée, les scientifiques pouvaient modifier ponctuellement la séquence à coller, pour ainsi étudier les effets d’une mutation.La biologie synthétique offre un tout autre type d’outil. Tout d’abord, les scientifiques sont capables de faire synthétiser à la demande toutes séquences d’ADN contenues dans les bases de données mais également toutes séquences non naturelles, c'est-à-dire n’ayant pas d’équivalent dans la Nature. La longueur de ces séquences, supérieure à 200 bp différencie ainsi l’industrie de la biologie synthétique de celle liée à la synthèse d’oligonucléotides, fragment d’ADN inférieure à 200 bp, éléments de base pour des approches de type biologie moléculaire (PCR, cloning etc…). Voir la Figure 6.



bla bla bla ??

Remerciements

Figure 6 : Domaines de longueur de fragments d’ADN synthétisés. L’échelle en haut représente le nombre de paire de base synthétisée en puissance de 10. Ainsi les oligonucléotides vont de 1 à 200 nucléotides.Inspirée d’une présentation powerpoint de Carr et Kong du MIT Media Laboratory [cba.mit.edu/events/07.05.fluid/Carr_Kong.ppt]

Les différents procédés de synthèse sont résumés dans le Table 4, le matériel dédié à la synthèse est illustré succinctement dans la [XX]6. La Figure 8 explicite le procédé majeur de synthèse de long fragments d’ADN.

Technologie EntreprisePhotolithographie AffymetrixControl de la localisation de la synthèse (par la lumière / chaleur) sur puce à ADN Nimblegen Inc.

Impression par jet AgilentTable 4 : Technologies de synthèse d’ADN.Source : François Le Fèvre (2008)

Figure 7 : Présentation des différents procédés de synthèse de l’ADN.A Synthèse d’ADN par le procédé inkjet d’Agilent . B Synthèse d’ADN par le procédé Digital Mirror device de Nimblegen, Inc.. C. Microfluidics for Gene Fabrication.

Source


101 102 103 104 105 106 107

OligosGèneCircuits génétiquesGénome minimalGénome design


est ce que vraiment utlie pour le méoire ? je le mets en annexe ou je le vire ?


est ce que vraiment utlie pour le méoire ? je le mets en annexe ou je le vire ?


reduire la taille des 3 figures pour que cela tiennent sur une page unqiue ?


est ce que vraiment utlie pour le méoire ?


completer la référence


aligner les chiffres

Remerciements

A : site web de Agilent [http://www.chem.agilent.com/temp/radD75B2/00000176.PDFB : site web de Nimblegen [http://www.nimblegen.com/images/synthesis_illustration.jpg]C : Présentation du MIT Media Laboratory [cba.mit.edu/events/07.05.fluid/Carr_Kong.ppt]]


Remerciements

Figure 8 : Procédé actuel de synthèse de gènes et de génomes à partir d’oligonucléotides. Cette figure est extraite du rapport Synthetics genomics, option for Governance [YY]

Figure 9: Le scientifique commande directement via un portail Internet la séquence de ces gènes intérêt. Il recevra sous 14 jours la totalité de la séquence par la poste. Cette illustration est tiré du site de l’entreprise Mr. Gene. [http://mrgene.com/PortalData/1/Resources/imagepool/business_model.gif].



faut-il prefrer cette illustration à celle au-dessu plus compliquée, est ce quoi je dois la modifier pour rajoutrer le test contre les db de virus etc … ?


preferer la formulation Source : ???


est ce que cela necessite plus de légende ?

Remerciements

B. Approches complémentaires en biologie synthétiqueLa biologie synthétique s’organise en deux approches complémentaires: dé assemblage de la vie ou l’assemblage de la vie.

1. Top-down – Dé assemblageCette approche consiste à prendre un système biologique existant et à le manipuler de façon à obtenir un système plus simple et ainsi plus compréhensible et manipulable. Concrètement, cela consiste à prendre une bactérie et à lui retirer souvent ses gènes un à un pour obtenir un génome contenant uniquement les gènes nécessaires pour pousser dans des conditions contrôlées en laboratoire. Le projet actuel le plus abouti est celui de l’Institut J.C. Venter avec l’organisme synthétique « Synthia ». Un groupe de recherche mené par le prix Nobel Hamilton Smith travaille à concevoir Mycoplasma laboratorium, une bactérie à génome minimal issu de Mycoplasma genitalium. Ainsi en 1999, l’équipe avait identifié la liste des gènes nécessaires et suffisants pour créer cette bactérie. En 2008, l’équipe associée à la Gene Foundries, Blue Heron Biotechnology, a synthétisé le génome complet, soit 580 000 paires de bases d’ADN. La prochaine étape consistera à injecter ce génome synthétisé dans une bactérie receveuse afin de remplacer son génome initial, et de créer ainsi la première vie synthétique ! Le but de l’Insitut J.C. Venter est de créer des organismes synthétiques pour produire des bio-carburants. Nous reviendrons plusieurs fois dans ce rapport pour aborder les différents aspects de ce projet : propriété intellectuel, éthique. Le groupe activiste ETC a d’ailleurs donné le nom de « Synthia, or the pandora bug » à ce projet pour alerter l’opinion publique sur les expériences de biologie.

Bactérie originale Mycoplasma genitaliumBactérie finale Mycoplasma laboratoriumNom de « code » SynthiaNombre de gènes initiaux 482Nombre de gènes finals 381Institut Insitut J.C.VenterChef de projet Hamilton SmithAnnée 1999-2008

Table 5 : Quelques données clé sur le projet phare M. laboratorium.Source : François Le Fèvre (2008)


Remerciements

2. Bottom-Up - AssemblageL’approche dite « Botton-Up » consiste à définir des briques élémentaires et à les assembler pour fabriquer un génome répondant à des spécifications fonctionnelles précises. Les concepts de base ont été définis par les membres du groupe « BioFab » [XX] :

- Création de différents niveaux de hiérarchisation : DNA, parts, devices et systems

Niveau Définition ExempleDNA séquence de nucléotides ATGGATCATGATGPart une séquence de DNA réalisant une fonction

spécifiqueRBS, CDS, promoteur, terminateur

Device Ensemble de parts avec une fonction de plus haut niveau

Inverseur

System Ensemble de devices organisés OscillateurTable 6 : Définitions et exemples d’implémentation des différentes couches de BioBriocks.Source : François Le Fèvre (2008)

- Abstraction : - Découplage :e- Standardisation :

Ces concepts de base marquent une rupture par rapport à l’ingénierie génétique, et apportent une vue clairement issue de l’ingénierie logiciel ou de l’industrie électronique.

Figure 10 : Modules de la biologie synthétique.Abstraction barriers (red) block all exchange of information between abstraction levels. Interfaces (green) enable the limited and principled exchange of information between levels. Example exchanges are given in quotes. Source : Foundations for engineering biology, Drew Endy. Nature 2005



Développer la légende pour pascale


Par contre la légende est a traduite !


L’image est en anglais est ce que c’est un problème ??


A traduire en francais !


Definir plus bas

Remerciements

Ces concepts d’assemblage marquent une rupture par rapport à l’approche classique de génie génétique, qui pourrait conduire à un changement de paradigme scientifique. L’utilisation de ces concepts d’ingénierie ainsi que le développement des technologies associées et des gains en temps/coût vont ainsi d’améliorer considérablement la performance de la biologie synthétique. Dès lors, des impacts économiques sont à prévoir dans différents secteurs d’activités.

Figure 11 : Point d’inflexion dans les technologies de biologie.L’amélioration des technologies clés, de séquençage et de synthèse d’ADN, et le développement d’approche de bio ingénierie pourraient marquer le commencement d’une nouvelle révolution ayant des implications dans toutes l’économie.Source : Rapport Bio-Era R. Carlson [XX]



Est-ce que ce paragraphe est au bon endroits ??


Ne pas oublier de remmettre à jour les différents champs des figures/rtableaux pour l’ordre

Remerciements

C. ApplicationsLes domaines d’applications de la biologie synthétique sont très vastes et auront un impact sur l’économie mondiale. Nous avons choisi d’en détailler certains.

1. Nouveaux processus pour la production de médicaments et de produits chimiques : les microbes et plantes comme usines de fabrication

Production de matériaux initalement dérivé de l’indsutrie du petroldu pont and ate&lyle chemical used in textiles from corn sugarartemisinin U of California berkeley/ Gates foundation anti-malaria drug $43mXX

1,4 succinic, fumaric and malic acids2,5 furan dicarboxylic acid3 hydroxy propionic acidaspartic acidglucaric acidglutamic aciditaconic acidlevulinic acid3-hydroxybutyrolactoneglycerolsorbitolxylitol/arabinitol

Table 7 : Liste des 12 métabolites d’intérêt identifies par le Department Of Energy USA en 2004 . Ces métabolites peuvent aisément être produits à partir de sucres issus de l’agro-industrie. Ils peuvent être ensuite converti dans des produits et matériaux chimiques à haute valeur ajoutés. Ils sont connus sous la dénomination « The top 12 building blocks ».

2. Bio senseursu of edinburgh detection d'arsenic dans l'eau par une bacterie pHbiological sentinels

3. Production d’énergieBiofuels: generation ethanol a partir de plant matter $600m uofcalifornia from BP and DOEPhotosynthesishydrogen production

4. BioremédiationLa biologie synthétique va permettre de développer des organismes capable d’éliminer des produits toxiques de leur environnement à une toute autre échelle que l’ingénierie géntique.Ainsi degradationd'organophosphate = pesticide par pseudomonas



Quel est le temps present futur que je dois choisir ??


use domestic, sustainable resources from plants and plant-derived resources to augment our domestic energy supply


REACH (réforme de la législation sur les substances chimiques impliquant des actions urgentes de la part des entreprises et pouvant avoir des impacts non négligeables dans l'industrie


Copier/coller entre guillemets rapide simple sans pretention, pas d’analyse ici !!

Remerciements

5. Systèmes communicants

6. Agents thérapeutiques de nouvelles générations

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDonnées pour les applicationsBio-Process pour l’industrie chimique= $70 billion 2010 >10% de l’industrie chimiqueBiofuel $22 b 2006 $40 b 2010 $110-150 2020Vaccine $20 b 2010XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX


Remerciements

D. Evolution et limites à venir de la biologie synthétique

1. Evolution des technologies de synthèse/séquençage.Il est important de noter que le coût des technologies de biologie systhètique est en diminution rapide et que les rendements (nombre de bases séquencés ou synthétisés), est en augmentation très rapide.Ainsi, si il a fallu une année pour que Khorana et son équipe de 17 personnes synthétise le premier gène (207 bp) en 1979, aujourd’hui la synthèse d’un gène de 1000 bp demande 10 jours et ce pour moins de 1000$.Les améliorations des technologies portent surtout sur la parallélisation et de la miniaturisation de ces systèmes de synthèse, ce qui évite les manipulations humaines, et les pertes de matériels.

Figure 12 : Coût du séquençage et de la synthèse d’une paire de base d’ADN. Source : Rapport Bio-Era R. Carlson [XX]

Les technologies actuelles de synthèse de gène sont toutefois limitées tant par le temps de synthèse, la longueur du fragment obtenu (voir le Table 8) et enfin le taux d’erreur. Celui-ci est diminué à environ 1 erreur pour 4000 bases synthétisées grâce à l’utilisation d’enzyme de détection et réparation des mauvais appariements (MutS)

Longueur/Délai Moyen RapideJusqu’à 1000 bp 12 jours 8 jours1001 - 3000 bp 17 jours 13 jours> 3000 bp 26 jours 4 joursTable 8 : Délai de synthèse de gène en fonction de la longueur du fragment.Compilation sur les Big Four (Blue heron Biotechnology, DNA2.0, Codon Devices, GeneArt).Source : François Le Fèvre



rajouter les tendances sur la figure ?


Rajouter : Plusieurs auteurs parle ainsi de l’application de la loi de Moore à la biologie synthétique. Procéde de Jong : 14,5 kb voire de 92kb Dès lors, on comprends bien que le développement de la biologie synthétique est très liée au domaine de la microfluidic, permettant des synthèses


Redondant avec ton tableau roadmap !!!!

Remerciements

2. Loi de MooreCertains scientifiques montrent que la biologie synthétique, par l’évolution de ces rendements de synthèse, semble suivre la loi de Moore. En 1965, M. Moore proposa un énoncé qui s’est avéré exacte entre 1971 et 2005 : « la puissance des microprocesseurs double tous les 18 mois à prix constant ». Cette énoncé est connue sous le nom de : « loi de Moore ».

Figure 13 : Amélioration de la productivité dans la synthèse et le séquençage de l’ADN. L’enzyme naturelle responsable de la synthèse d’ADN chez Escherichia coli est la DNA polymerase de type 3. Ce graphique illustre ainsi l’évolution des technologies de séquençage et de synthèse, en les comparant à l’évolution du nombre de transistors par puce. Il semblerait que les technologies du « bio » et de « l’ electron » suivent la même progression.Source : Rapport Bio-Era R. Carlson[XX]

Les prédictions pour 2010 tablent sur 0,01$ bp séquencée et 0,1 $ bp synthetisée. Ainsi, la synthèse du plus petit génome de bactérie, Mycoplasma genitalium, reviendrait à moins de 60.000 $. Ces éléments laissent à penser que à Jean-Michel Billaut, conseiller au département Information Technologie de BNP-Paribas, « après la révolution Agricole (1.0), après la révolution industrielle (2.0), et la 3.0 (la révolution numérique), la 4.0 démarre »11

11 http://billaut.typepad.com/revolution3point0/



http://www.synthetic-biology.info/links.html

http://billaut.typepad.com/revolution3point0/

Remerciements

Figure 14 : klklj lkjlkjlkj

3. Standardisation et DesignLa biologie synthétique doit pouvoir développer son approche dite d’ingénierie. Pour cela, des outils doivent être développés pour permettre de designer, tester et standardiser les briques élémentaires. Des outils informatiques basés sur des connaissances biochimiques et de biologie des systèmes devront être capable de designer la séquence l’ADN en fonctions de propriétés physico-chimiques (température de fusion, biais de codon, teneur GC) mais aussi de propriétés de contrôle et régulation de bas niveau ( promoteur, régulateur ….) et de haut niveau (interaction entre parts, design de circuits génétique et protéique), voire de niveau supérieur (interaction au niveau écologique entre organismes).A terme, l’industrie de la biologie synthétique devra donc développer des logiciels de modélisation et de design de haut niveau, tels ceux qui sont actuellement utilisés en aéronautique, en construction automobile, navale ou dans le bâtiment. A titre d’exemple, nous pouvons ainsi mentionner CATIA, (Conception Assistée Tridimensionnelle Interactive Appliquée / Computer-Aided Threedimensional Interactive Application), un logiciel de conception assistée par ordinateur (CAO) créé par la société Dassault et utilisé par Boeing pour la réalisation du 777.La biologie synthétique va développer un nouveau type d’industrie de service, passant des « DNA fabrication shops » à « DNA design houses », proposant des « Computer Aided Genome Design Application »

Niveau Logiciel Entreprise FonctionnalitéBas Gene Designer GeneArt Design de gènes

Moyen Gene Composer Emerald Biosystems Design de gènes pour avoir des proteines aux fonctions désirées

Haut Sympheny GenomaticaModélisation et analyse des phénotypes, optimisation de souches

Haut VirtualCellHaut BioJadeHaut E-Cell



Drew Endy - Genetic systems design from the DNA modules

Remerciements

Haut NemoStudio CEAModélisation et analyse des phénotypes, optimisation de souches

BioSpiceTable 9 : Exemples de logiciels dédiés à la modélisation en biologie synthétique. Ce tableau regourpe des logiciels dit de « bas niveau » permettant de designer des séquences de gènes en fonction de propriétés physico-chimique, de moyen niveau permettant de designer des gènes ou protéines par rapport à leur fonction macroscopique (interaction entre domaine de protéine) ou encore des logiciels de haut niveau permettant d’intégrer à l’échelle d’une cellule de grands nombres de propriétés (concentration de molécule, activation de gène, présence /absence de réaction) Source : François Le Fèvre

4. RoadmapLa biologie synthétique est un domaine très prometteur mais encore immature comme le montre l’état de l’art actuel, tant sur le point de vue scientifique, technique ou financier et éthique. Un certain nombre d’obstacles doivent être levés pour permettre à l’industrie de la biologie synthétique de se développer pleinement. Le Table 10 présente une liste non exhausitive des questions et problèmes auxquels la biologie synthétique devra apporter une réponse pour passer à l’échelle industrielle. Nous reviendrons tout au long de ce rapport sur ces éléments.

Technologie- Diminuer les délais de synthèse - Diminuer le coût de synthèse- Diminuer le taux d’erreur de synthèse - Augmenter la taille des fragments synthétisés- Passer à l’échelle des chromosomes- Standardiser les composants - Développer des logiciels de modélisation, de design et de test de parts, devices et

systems - Améliorer les transferts de ces séquences dans des organismes receveurs.

Science- Etre capable de démarrer un génome entièrement synthétique dans une cellule hôte- Avancer dans les aspects de modélisation des systèmes biologiques

Finance- Etre capable de trouver les financements initiaux pour les start-up (difficulté en

Europe)Industrie

- Développer le tissu économique nécessaire au développement des bioraffineries- Augmenter les capacités de production d’ADN synthétique

Ethique – Société – Propriété Intellectuelle- Avancer dans la réflexion autour des organismes génétiquement modifiés- Permettre une protection des inventions tout en garantissant l’accès aux technologies

de base à l’ensemble de la communauté- Développer les formations universitaires dans ce domaineTable 10 : Avancées nécessaires au développement de l’industrie de la biologie synthétiqueSource : François Le Fèvre (2008)



Trop elements dans cette categorie ?


Terme non introduit a ce niveau là, c grave ou pas ?


Cela devrait pas etre mis en conclusion ?


retrouver celui pour les microprocessuers !

Remerciements

Chapitre 2 :

Acteurs majeurs de la biologie synthétique

_______


Chapitre 2 : Acteurs de la biologie synthétique

Chapitre 2 : Acteurs majeurs de la biologie synthétique

Après avoir défini la biologie synthétique, regardé sur quelles technologies elle se basait, évalué ses applications potentielles, il convient maintenant de déterminer quels sont les acteurs de ce secteur. La biologie synthétique est un domaine encore immature scientifiquement et pourtant des acteurs privés, les Gene Foundries et les BioSynTechs, ont déjà développé le marché de la biologie synthétique au niveau mondiale. Dans ce chapitre, nous nous efforcerons de caractériser au mieux ces acteurs : Quelles sont les personnalités clé de ce secteur ? Qui sont les Gene Foundries et les BioSynTechs ? Sur quel(s) marché(s) se développent-t-elles ? Qui sont leurs clients, leurs fournisseurs ? Comment sont nés ces acteurs majeures du secteur ?

A. Des personnalités fortes influencent la biologie synthétique

1. BioFab GroupParmi les acteurs principaux de la biologie synthétique, nous devions cité le « BioFab Group ». Ce groupe rassemble des scientifiques des plus grands universités américaines, qui ont développé la biologie synthétique au sein de leurs laboratoires mais également au sein des premières entreprises de biologie synthétique, en tant que fondateurs ou conseillers scientifiques. Leur relation avec le secteur privé et le monde politique est un élément clé de la compréhension du secteur de la biologie synthétique. C’est pour cela que nous avons souhaité les mentionner.

Scientifique Université EntrepriseDavid Baker University of Washington Conseiller scientifique to Codon DevicesJim Collins Boston University Conseiller scientifique to Codon Devices

Drew Endy Massachusetts Institute of Technology

Fondateur/ Conseiller scientifique to Codon DevicesFondateur BioBricks Foundation

Joseph Jacobson Massachusetts Instituteof Technology

Fondateur / Conseiller scientifique to Codon Devices

George Church Harvard Medical School Fondateur / Conseiller scientifique to Codon Devices

Jay Keasling University of California, Berkeley

Fondateur / Conseiller scientifique to Codon DevicesFondateur Amyris Biotechnologies

Paul Modrich Duke University Conseiller scientifique to Codon DevicesRon Weiss Princeton University Conseiller scientifique to Codon Devices

Christina Smolke California Institute of Technology Conseiller scientifique to Codon Devices

Table 11 : Membres du « Bio Fab group », à l’origine du développement de la biologie synthétique.

2. Autres personnalités liées à la biologie synthétiqueBien sûr la liste des personnalités ne s’arrête pas là. Nous avons donc tenu à compléter cette liste avec d’autres éléments. Il faut toutefois remarquer que les acteurs européens sont beaucoup moins liés avec des entreprises par rapport à leurs confrères américains. Une liste



Hypercompetition p185 Ne pas oublier qq part !


nulle comme mots !


très détaillée est décrite dans le rapport « Synbiology, An Analysis of Synthetic Biology Research in Europe and North America ».Au sein de ces acteurs apparaît le nom de Craig Venter, le scientifique à la tête de l’entreprise Celera qui avait défié le consortium international lors du séquençage du génome humain. Aujourd’hui, avec Hamilton Smith, prix Nobel, Craig Venter travaille au sein de Synthetics Genomics à la réalisation de la première bactérie synthétique, Mycoplasma laboratorium dérivé de Mycoplasma genitalium. Début 2008 en partenariat avec Blue Heron Biotechnology, ils ont synthétisé le premier génome bactérien. Cette bactérie synthétique doit servir de support à la fabrication d’usine cellulaire pour la synthèse de bio-carburant. Pour l’instant la transplantation de ce génome synthétique au sein d’une bactérie receveuse n’a pas réussi, mais nul doute que cela devrait arriver très bientôt.

Personne Entreprise/Université PaysHamilton SMITH Synthetics Genomics USACraig VENTER Synthetics Genomics USARichard Jefferson CAMBIA

GeneArt EUAntoine Danchin EUAlfonso Jaramillo EUPhilipe Marlière EUSwen EUVictor EUTable 12 : Acteurs « moteur » de la biologie synthétique sur le plan prive ou académique. Source : François Le Fèvre (2008), recherche sur Internet et lecture de revue de presse.

B. Acteurs académiques : une domination américaineLa biologie synthétique n’est pas une science totalement mûre, pour l’instant elle se développe beaucoup au sein des grandes universités nord américaine et européenne. L’analyse des publications (nombre, origine, financement) effectuée par le projet SYNBIOCOMM permets de dégager quelques pistes.

1. Publications et financementL’analyse effectuée par le projet SYNBIOCOMM mets en évidence que le champ de la biologie synthétique, né dans les années 1970’, n’est en train de décoller que depuis 2004. Ainsi le nombre de publication a été multiplié par 5 entre 2000 et 2004.Ce changement est dû entre autre aux avancées technologiques qui ont résulté en baisse significative des coûts : la synthèse d’une paire de base en 1970 coûté 30$, en 2004, elle coûte 1$, en 2008, nous sommes aux alentours de 0.80$ la paire de base synthétisé.



tendances, grandes lignes


Figure 15 : Nombre de publication dans le domaine de la biologie synthétique par année.Ce diagramme montre le décollage des publications depuis 2004, et également le soutient politique qui s’est amorcé depuis 2003 et ainsi permis le financement de nombreux travaux de recherche.Source : Synbiology, An Analysis of Synthetic Biology Research in Europe and North America[XX]

Les experts de SynBioComm notent toutefois un décalage important entre l’Amérique du Nord et l’Europe : tant par le nombre de publications, un délai de temps et par les financements publics qui soutiennent les projets de biologie synthétiques. Il est à noter que 85% des financements pour des projets de recherches publiques dans le monde sont financés par les Etats-Unis.

Figure 16 : Répartition des publications scientifiques et des financements par pays.Le cadran de gauche montre que près de 70% des publications en biologie synthétique sont du à des équipes américaines, alors que l’Europe représente seulement 24% des publications scientifiques. La différence entre les Etats-Unis et le reste du monde est encore plus flagrante lorsque l’on compare les financements qui sont à 85% d’origine américaines.Source : Synbiology, An Analysis of Synthetic Biology Research in Europe and North America



a quoi cela sert ? compilation de tout est n’importe quoi ? ou pour dire que la recherche est evaluées en focntion de critères qui sont les publications + les brevets + les fonsds + la création d’entreprises.


[XX]

2. Enseignement et biologie synthétique Il est important de noter que peu de cours d’enseignement supérieur sont dédiés à la biologie synthétique. Toutefois, il convient d’attirer l’attention sur deux éléments : le centre SynBERC et le concours iGEM.

a) The Synthetic Biology Engineering Research CenterEn 2000, un centre de recherché dédié à la biologie synthétique à été créé: SynBERC ou Synthetic Biology Engineering Research Center.[ www.SynBERC.org] Ce centre fait partie de 5 établissements de Recherche et d’Ingénierie financé par le National Science Foundation (NSF) pour 10 ans, dans le but est de développé des programmes de recherche interdisciplinaire dans des domaines de hautes technologies et des applications industrielles.La force de cette approche est de combiner dans un même lieux :

- des étudiants et étudiantes très motivés,- des enseignants-chercheurs, experts en biologie, mathématiques, informatique ou

ingénierie,- un réseaux très connecté avec les industriels du secteur,

o suppliers of genetic tools and custom DNA components,o pharmaceutical and chemical firms, o firms interested in developing simulation software and computational tools,

- des contacts avec des Venture Capital afin de conseiller et d’aider au développement de start-up,

- de l’argent, du matériel de haute qualité et des bâtiments dédiésLe SynBERC a pour vocation de développer grâce à la biologie synthétique de nouveaux composants biologiques dédiés à des applications médicales ( détection et destruction de tumeurs), ou de biorémédiation, voire de détection d’agents biologiques pathogènes. Ces applications seront détectées et transformées en innovation, voire en start-up ou directement intégré via des brevets au sein des grands groupes du secteur.

University of California at BerkeleyHarvard UniversityMassachusetts Institute of TechnologyPrairie View A&M UniversityUniversity of California, San Francisco

Table 13 : Universités partenaires dans le centre SynBERC basé à Berkeley

b) iGemUne initiative américaine a conduit au développement d’un concours de biologie synthétique: International Genetically Engineered Machinery- organisé au MIT. Ce concours vise à pemettre à des equipes de jeunes étudiants de toute discipline à créer un projet de biologie synthétique. Le « MIT Registry of Standartd Biological parts » mets à leur disposition l’ensemble des parts open-source développés par lors des concours antérieurs. Sans beaucoup de connaissance en biologie, ces étudiants sont capables d’assembler ces fragments d’ADN pour réaliser des fonctions de haut niveaux : détecteur d’arsenic induisant un changement de pH du milieux, ou bio senseur émettant une odeur de banane, film bactérien au propriété photographique … La liste est longue et s’agrandit chaque année.



Ou est ce quel histoirdes fonds de bill gates ??


Terme français !


En français !


Ce concours permet de donner le goût de la biologie synthétique à ces étudiants, de leur apprendre à travailler dans un environnement interdisciplinaire, mais aussi concrètement à implémenter avec les concepts de la biologie synthétique des systèmes opérationnels. Le détecteur d’arsenic, par exemple, voulait répondre à un besoin des populations indiennes qui ne disposaient pas de méthode peu onéreuse pour détecter ce polluant dans leur eau.Cette année, en 2007, une équipe française a conçu un organisme multicellulaire bactérien et a remporté le premier prix de recherche fondamental. J’ai pu, en tant que conseiller, participé à l’élaboration de ce projet. [XX]

Figure 17 : Capture d’écran du site web “The Registry of Standard Parts” du MITCet écran est le point d’entrée de la communauté open-source pour la biologie synthétique. Vous pouvez en quelques clics selectionner les « parts » afin de fabriquer un « device » ou circuit génétique pour l’implémenter dans un « chassis » donné (bactérie, cell-free, cellule de mammifère)Source : [http://partsregistry.org/Part_Type]

C. Les entreprises du secteur de la biologie synthétiqueNous pouvons distingué actuellement deux grandes catégories d’entreprise de biologie synthétique :

- celles en charge de synthétiser à proprement parler des gènes ou « Gene Foundries » - celles qui utilisent ces gènes ou génomes synthétique afin de produire des applications

à hautes valeurs ajoutées, ou « BioSynTech », par analogie avec le mot Biotech.Nous allons les étudier afin d’en déterminer leurs caractéristiques, leurs clients et fournisseurs, le type de marché sur lequel elles évoluent.

1. Les Gene Foundries

a) Définition – Cœur de métierInitialement, les Gene Foundries sont des entreprises de biologie synthétique qui produisent pour leur client des fragments d’ADN. Quatres entreprises de type « Gene Foundries » se distinguent sur le marché mondiale de part leur envergure en terme de capacité de production, leur technologies, de leur poids financiers. Nous les avons prénommés les « Big Four », la liste est dans le Table 14. L’analyse détaillée de ces « Big four » nous permettra de dégager des éléments caractéristiques de ce secteurs.



Gene ou DNA Synthesis Foundries ?


Il faut noter que celle-ci se dépalce sur les services de design celles qui designent des organsimes ou « Gene Design House »


Donner les pointeurs dans la presse


On s’en fout ! voire de tout le paragraphe ?


Entreprise Création Statut PaysBlue Heron Biotechnology Privée USACodon Devices Privée USAGeneArt Public DEDNA2.0 Privée USA

Table 14 : Les « Big 4 » de la synthèse de gène. Extrait de la liste des Gene Foundries fournie en annexe [YY]Source : François Le Fèvre (2008)

b) Liste et répartitionNous avons établis une liste plus complète mais non exhaustive des Gene Foundries dans le monde grâce à des recherches par mots clés sur Internet mais aussi en utilisant les listes suivantes :

- Bio-Era XXXX auteur- ETC- SynBio

Celle-ci est présentée en intégralité en annexe [XX] et publiée directement sur Internet sous la forme d’un tableur et d’une carte interactive [XX]De plus, nous avons également fait une analyse plus détaillée de certaines d’entre elles, les « Big Four », en établissant une fiche d’identité précise de ces compagnies avec des recherches sur le site de leur société et avec des recherches dans des revues de presse. Ces fiches d’identité sont présente en annexe [XX] et publiée sur Internet [XX].Nous avons ainsi évalué à 70[XX] entreprises de type Gene Foundries dans le monde. Elles sont majoritairement localisées aux USA. Les continents Amérique du sud et Afrique en sont presque dépourvu. L’Asie accueille plusieurs de ces entreprises, de part une volonté des Gene Foundries américaines de s’implanter localement pour être au plus proche de leur client mais également par une prise de conscience par les gouvernements d’Asie de l’importance des applications ouvertes à la biologie synthétique, comme en témoigne l’investissement par l’Inde de US$1.6 billion sur les cinq prochaines années12. Nos recherches ont toutefois été difficiles car la confusion avec des entreprises de synthèse d’oligonucléotides est possible.

12 Blog de Rob Carlson http://synthesis.typepad.com/



Quel est l’évolution de ce nombre


Citer completement


Est-ce que je fais un seul tableau ou 2 car plus de figure ?


Est-ce que je mets orgine ciic ???


D’une manière générale, je centre ou pas mes tableaux ? et je leur fait prendre tout la largeur ou pas ?


Figure 18: Répartition mondiale des Gene Foundri.La carte cliquable et interactive est disponible à l’adresse suivante : [XX]Source : François Le Fèvre (2008)

c) Domaines d’activitésL’analyse des différents sites web des Big Four nous a permis de distinguer 6 domaines d’activités stratégiques qui sont présentés dans la Table 15.

Domaines d’activité Stratégique des Gene FoundriesSynthèse d’oligonucléode (<200 bp)* Optimisation de l’expressionSynthèse de gène (>200 bp) Ingénierie de protéineSynthèse de génome (>300 kbp) Obtention de collection de variantsTable 15 : Domaines d’activités stratégiques des Gene Foundries.Synthèse réalisée à partir de l’analyse des différents produits et services décrits sur les sites web des 4 Big Gene Foundries. (*) ce domaine d’activité n’est pas stratégique au sens des Gene Foundries car il est plutôt relatif aux entreprises de synthèse d’oligonucléotide.Source : François Le Fèvre (2008)

(1) Synthèse d’ADN Le cœur du métier des Gene Foundries est de synthétiser des fragments d’ADN de différentes tailles, nous avons tenu à distinguer les secteurs en fonctions de la taille du fragments. La procédure classique de commande d’un gène est décrite à la Figure 19. Il est important de noter que l’activité de synthèse d’oligonucléotides, c'est-à-dire de court fragment, ne représente que 40% de l’activité totale de la synthèse réalisée par les Gene Foundries, ce qui les distingue clairement des entreprises qui ne synthétise que des oligonucléotides pour les PCR. (Voir Figure XX)Pour l’instant, le domaine d’activité « synthèse de génome » n’est pas d’actualité, même si nous pouvons noter la toute première commande commerciale pour la synthèse du génome bactérien Mycoplasma laboratorium par Blue Heron Biotechnology pour SS.



completer


Remettre tous les liens bon !


Arriver à tous les mettres


Figure 19 : Process de fabrication et produits typique d’une Gene Foundries Après avoir commandé votre gène, celui-ci vous est livré sous la forme d’un plasmide lyophilisé, d’une culture de bactérie contenant votre plasmide, du chromatogramme des deux brins de votre gène et de la carte génétique du plasmide d’insert.Source 1: GeneArt [http://www.geneart.com/english/products-services/gene-synthesis/superspeed-delivery-kopie-1/index.html]Source 2 : Site de l’entreprise DNA2.0 [http://www.dna20.com/genesyn/custom/productspecs.php]

Figure 20 : Répartition de la taille des fragments d’Adn synthétisés par une Gene Foundries.Extrait du site web de GeneArt [http://www.geneart.com/english/products-services/gene-synthesis/technologies/index.html]

(2) Optimisation de l’expressionLes Gene Foundries développent de puissants algorithmes et une expertise afin d’optimiser l’expression de la séquence d’ADN demandée par le client : en optimisant la séquence au regard de l’organisme hôte (Biais dans l’usage des codons) mais aussi en optimisant la structure de l’ARNm afin que celui-ci soit traduit dans des conditions optimales. Ces services de design et d’optimisation peuvent être payant ou gratuit suivant les packages choisis.

(3) Ingénierie de protéineLes protéines résultent de l’expression des gènes. Les Gene Foundries commencent à proposer des services permettant de designer des sites actifs de proteines, qui sont en charge de la réalisation d’une réaction chimique. Ces services sont tout récent et sont fournis sous la forme d’un partenariat.

(4) Obtention de collection de variantsLes Gene Foundries ont développés des technologies de synthèse qui leur permettent d’introduire des mutations dans la séquence initiale permettant ainsi de créer des variations. Ces technologies permettent de créer des collections de variants qui sont ensuite tester, « screener » par les clients dans le but de trouver la séquence du gène qui conduit à la protéine



mettre dans glossaire


mettre dans glossaire


ayant l’activité désirée. Ainsi, les Gene Foundries peuvent construire des banques de plusieurs millions de variations infimes ( 1011) , qui sont ensuite toutes tester en parallèle.

d) Environnement d’évolution des Gene FoundriesAfin de bien cerner le marché de ces entreprises, nous avons regroupés au sein d’un même schéma les différents acteurs. Ce schéma est basé sur les analyses de M. Porter, Choix stratégiques et concurrence, paru dans la revue Economica en 1992.

(1) Fournisseurs- Matières premières

Les Gene Foundries ont besoin essentiellement de matières premières que sont les 4 bases nucléiques (A,T,C,G). Elles se fournissent auprès de « chemical provider ». Ces fournisseurs de produits chimiques sont présent depuis plusieurs années sur le secteur des biotechnologies et sont capable de fournir de grandes quantités de ces molécules. En effet, afin de synthétiser des gènes, les Gene Foundries ont besoin des briques élémentaires que sont les acides nucléiques : les quatre bases Adénine, Guanine, Cytosine, Thymine. Les Gene Foundries ont également besoin d’enzyme permettant de réaliser la synthèse et la ligation de grands fragments d’ADN et les corrections d’erreur. En effet, il est intéressant de noter que ces grâces à des enzymes du Vivant (MutS entre autre) que les technologies de synthèse d’ADN sont réalisées. Les machines humaines ne peuvent pas encore rivaliser avec les machines du Vivant qui ont évolué pendant plusieurs milliard d’année. Même si aujourd’hui il existe des technologies dans les laboratoires permettant de faire des synthèse purement chimique de long fragments13.

- RobotsAfin d’abaisser les coûts de production et de diminuer les délais, les Gene Foundries ont besoin de robots de hautes technologies leur permettant d’automatiser l’ensemble de leur processus. Elles utilisent entre autres des synthétiseurs et des séquenceurs (pour vérifier la bonne exécution de leur synthèse). Ces entreprises et technologies ont été présentée dans la partie [XX].

- Technologies de l’InformationCe secteur demande également des ressources informatiques importantes permettant aux Gene Foundries de designer et d’optimiser la synthèse des gènes et de leur produits. Mais également de gérer l’ensemble des flux de synthèse. En effet, il convient d’insister sur le fait que le produit de synthèse est unique pour chaque client. On parle ici de « mass customization »14.

- HumaineEnfin, les Gene Foundries ont besoin de chercheurs et d’ingénieurs capables de relever les défis de ce secteur de haute technologie soumis à l’hypercompétition. Voir [XX].

(2) ClientsIl existe 3 grands types de clients :

- des BioSynTechs, qui seront détaillée dans la partie suivante,- des grands acteurs publiques : les universités, les gouvernements,- des grandes entreprises multinationales présentes dans l’industrie pharmaceutique et

l’agro-industrie. [VOIR LISTE APPLICATION]Pour l’instant, les gènes de synthèse semblent être trop onéreux pour toucher l’ensemble des acteurs de la biotechnologies (Start-up, petits instituts et laboratoires). Mais des analyses détaillées sur les coûts et les avantages de la recherche avec des gène de synthèse plutôt

13 Technologie non commerciale dite de Digital Device Miror par 14 How do you like your Genes ? Biofabs take orders, par Andrew Pollack, Septembre 2007



relation privliégie secret


quel est la différence entre une note de pas de page et une citation endnote, j’ai merdé là !


différent ?


mettre dans le glossaire


qu’avec de simple PCR mettent en évidence l’intérêt pour tous les acteurs d’externaliser ces fonctions vers les Gene Foundries. [VOIR XXX]L’ensemble des activités des Gene Foundries vise exclusivement une clientèle d’entreprise ou laboratoire, on parle donc de Business to Business. Les relations avec les clients sont dans ce secteur très importantes car chaque produit de synthèse est unique. Les relations avec le monde académique permettent non seulement de sécuriser les contrats et d’être toujours à la pointe des demandes mais aussi d’investir un nouveau marché comme en témoigne l’expérience de GeneArt. GeneArt a remporté un grant du National Instituts of Health aux USA pour synthétiser de 2000 à 3000 gènes complexes. La réussite de ce projet a permis à GeneArt de s’installer sur le marché américain, et de détenir à terme 25% du marché mondiale de la synthèse de gène.Les Gene Foundries ont pour client de grandes multinationales dans les domaines pharmaceutiques et agroalimentaires. En effet dans ces deux secteurs, ils existent une course à l’innovation : plutôt que d’attendre des potentiels produits de PCR, plutôt que de se restreindre aux gènes existants, ces entreprises font appel aux Gene Foundries pour des gains en temps, en argent et en innovation.

(3) SubstitutsLes substituts dans le marché consistent essentiellement en les entreprises de synthèse de court fragment et de leur utilisation par PCR. Cette technologie, PCR, semble être sur le déclin comme le montre les différentes analyses présentes dans ce mémoire. Ils ne consistent dès lors par une menace. Pour rappel :

Figure 21 : Point d’inflexion dans les technologies de biologie.L’amélioration des technologies clés, de séquençage et de synthèse d’ADN, et le développement d’approche de bio ingénierie pourraient marquer le commencement d’une nouvelle révolution ayant des implications dans toutes l’économie.Source : Rapport Bio-Era R. Carlson [XX]

(4) Nouveaux entrantsLes barrières à l’entrée du marché des Gene Foundries sont nombreuses. Tout d’abord, une grand partie du marché est verrouillée par les portefeuilles de brevet que détiennent les quelques grands acteurs clé du marché. Certains d’entre eux sont déjà en bataille juridique quant au droits intellectuels sur certaines technologies, comme en témoigne



Est-ce que ce paragraphe est au bon endroits ??


Ne pas oublier de remmettre à jour les différents champs des figures/rtableaux pour l’ordre


l’accord passer entre Blue Heron Biotechnology et Codon Devices du 31 mars 2008. Ensuite les coûts de matériel sont très important : tant qu’en matériel (nombreux robots), qu’en frais de R&D. Nous assistons déjà une délocalisation de certains sites de production en Corée. De plus, pour accéder à ce marché, de nombreuses autorisations gouvernementales sont à obtenir en raison des mesures de biosécurité. Les Gene Foundries se sont rassemblées autour du consortium ICPs : The International Consortium for Polynucleotide Synthesis pour gérer ces différents points.[VOIR XX] Enfin, un nouvel entrant doit tout de suite être capable de rivaliser avec les autres acteurs et ce au niveau mondial.

e) Critères de différenciation des Gene Foundries

Critères de différenciation des Gene FoundriesSimplicité de soumissionOutils informatique pour aider au designExpertise humaine pour aider au designDélai de synthèse Obtention sous différentes formes ( différent vecteurs, dans hôte )OptimisationSynthèse exacte3 niveaux de synthèse : standard, rapide et complexeInsertion dans des vecteurs de partenaires

Table 16 : Critères de différenciation des Gene FoundriesSynthèse réalisée à partir de l’étude des 4 Big gene Foundries à travers le site web des entreprises et d’articles de presse.Source : François Le Fèvre (2008)

Cette analyse nous a permis de mieux cerner le marché des Gene Foundries, nous allons maintenant nous focaliser sur le deuxième acteur de la biologie synthétique : les BioSynTechs.



Un peu chinat comme conlu par rapport à la place de l’image ??


Mettre cela plutot dans l’analyse du marché ??


Ne pas confondre office et site de production !


Multiplication plutot atteindre autre marché


Figure 22 : Etude des différents acteurs du marché des Gene Foundries.Source : François Le Fèvre (2008)



2. Les BioSynTechs : les « pure players »

a) Définition – cœur de métierLes BioSyntechs sont les entreprises qui part des approches de biologie synthétique visent à designer des microorganismes capables de produire des bio-carburants, des produits bio-chimiques, des médicaments ou d’avoir un rôle de bio-sensors, des capacités de biorémédiation . Voir Liste des non exhaustives applications [YY]. A la différence des Gene Foundries, le marché des BioSynTechs est beaucoup plus vaste et difficile à appréhender en raison des multiples applications potentielles.

b) OrigineDes entreprises existantes qui se redirige vers le développement de nouveaux processOutsourcing process dvt to small business companieP55 eraXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXUnivresité et labo qui achete les oligos, genesChemical manufactrung[synthèse chimique est couteuse en energie, en catalyseur ( principe pollueur-payeur) et fourni des produits non chiraux donc non utlisable en pharmaceutiqueNeutraceutiaclpharmaceuticalPetrochemicalXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

c) Liste et répartitionPar le même type d’analyse bibliographique et de recherche sur Internet présenté pour les Gene Foundries, nous avons été amène de faire une liste des BioSynTechs. Cette liste est présente à la fois en annexe, sous la forme d’un tableau et d’une carte interactive publié sur Internet. [http://]

Entreprise Création/Pays Domaines d’investigationGevo 2000/USA Développement de biofuel

Synthetics Genomics USA Synthèse du premier organisme synthétique pour le développement de biofuel, et de produits chimiques

AmyrisDéveloppement de médicaments, produits chimiques et de biofuel. Succès pour la bio-synthèse d’un médicament anti-malaria.

ProtoLifeLS9MascomaTable 17 : Extrait de la liste des BioSynTech ou « pure player »Voir annexe [YY] pour une liste plus détaillée.Source : François Le Fèvre (2008)



Mettre le nom


completer


Figure 23 : jkhjh kSource : François Le Fèvre (2008)

Par rapport aux Gene Foundries, les BioSynTechs sont beaucoup moins nombreuses. Le biais de répartition mondiale est encore plus important puisqu’il semblerait qu’elles soient toutes localisées aux USA.

d) Environnement économique des BioSynTechsL’environnement des BioSynTechs est beaucoup plus difficile à appréhender car les domaines activités sont très nombreux. Nous ne pouvons pas parlé « du » marché des BioSynTechs. En effet chaque BioSynTechs fabrique un ensemble de produits dédiés à un secteur d’activité donné. Toutefois chacune des BioSynTechs a au moins en commun le fournisseur de fragment d’ADN, les Gene Foundries. Ces deux types d’entreprises établissent des liens forts. Nous avons établi un schéma générique où ces différents acteurs sont repris. [XX]

DAS Rafinerie Carburant

Secteur Agro-industrie Industrie chimique Energie Industrie

pharmaceutiqueFournisseur Gene Foundries

Fournisseur

Matières premières (déchet, matière végétale)

Matières premières (déchet, matière végétale)

Produits

Tous les produits dérivés de l’industrie pétrochimique

ClientsCeux de l’industrie petrochimique



Rajouter les cuves, frigo dans sa maison


USA ou Etats Unis


Mettre les bonnes entreprises. Rajoutées Deinove + Metabolic Explorer ??


Nouveaux entrants Les BioSynTechs

Substituts Industrie petrochimique

Table 18 : lkj Source : François Le Fèvre (2008)



Sur ton schéma on dirait pas ??


Figure 24 :Etude des différents acteurs du marche des BioSynTechs.Source : François Le Fèvre (2008)



3. Bilan

a) OrigineLa Gene Foundries actuelles résultent souvent de start-up issues du monde académique. En effet, c’est au sein des universités que sont développées les nouvelles technologies de synthèse de gène. Ces technologies sont ainsi brevetées et apportées au capital initial de l’entreprise.Quant aux BioSynTechs, celles-ci résultent soit de start-up universitaire ou de spin-off de l’industrie. En effet, elles nécessitent non seulement une innovation majeure - nouvelle voie de synthèse – mais aussi un partenariat très proche avec les clients finaux de façon à passer à l’échelle industrielle.

b) Les Gene Design HousesLes acteurs principaux du secteur de la biologie synthétique, les Gene Foundries et les BioSynTechs, sont en interaction continue. Elles développent plus que de simples liens clients fournisseurs : elles nouent ainsi des partenariats. En plus de ces deux acteurs clés, l’apparition d’un troisième acteur doit être envisagé: les « Gene Design Houses ». Ces entreprises résulteraient de l’externalisation depuis les Gene Foundries et les BioSynTechs de la fonction de services de design de gènes, circuits génétiques et génomes. Les « Gene design Houses » seront des experts industriels en biologie synthétique et en biologie des systèmes permettant de design au mieux les futures organismes. N’ayant pas beaucoup plus d’éléments sur le sujet, nous ne développerons pas, mai il nous sembler important de le mentionner.

D. Pouvoir Publics et Autorité de régulationXXXXXLe secteur de la biologie synthétique est un secteur en plein essor, avec des risques, comme dans tout autre hature technologie.Toutefois, les biologistes obnt détécté les. Une asimovar internationalXXXXXX

1. Actions américaines pour la biologie synthétiqueComme nous l’avons mentionné auparavant le développement de la biologie synthétique au niveau mondiale est soutenue financièrement à plus de 60% par les organismes publiques américains. Le développement de la biologie synthétique reçoit énormément de soutient de la part du Department Of Energy (DOE) et du Department Of Army (DOA). La biologie synthétique a en effet un impact important dans le développement de nouvelles énergies, de bioremediation et synthèse de produits initialement issus de la filière pétrochimique. De plus la biologie synthétique a été identifié par le DOA comme un secteur stratégique tant du point de vue de la défense que du développement d’arme de destruction majeure. [VOIR ] Une des actions majeures des Etats-Unis a été la création de l’institut SynBERC [VoirXX]. Outre l’investissement publique initiale, des laboratoires très proches de l’institut ont reçu des fonds importants de fondation :

- 43 millions $ de la fondation Bill et Melissa Gates pour la synthèse de l’artemisinin- 600 millions $ sur plusieurs années de la part du DOE et de BP pour la production de

biocarburant.

Copyright François Le Fèvre

11:15:33 17/05/2023

49


Migrer la paragraphe et juste dire que l’on va pas développer usa


Est-ce que le titre va bien avec le contenu ?? est ce que c’est là au je mets loi innovation et compagnie ? oseo ?


Developpées ??


Ici plutot que de le mettre en 2 fois car petits paragraphe ?


2. Initiative pour soutenir le développement de la biologie synthétique en Europe

Face à la mondialisation et le développement des technologies, le conseil européen de Lisbonne en 2000 a défini une stratégie visant à faire de l’Europe « l'économie de la connaissance la plus compétitive et la plus dynamique du monde, capable d'une croissance économique durable accompagnée d'une amélioration quantitative et qualitative de l'emploi et d'une plus grande cohésion sociale. ». Pour atteindre cet objectif, la stratégie de Lisbonne doit permettre de :

- développer des moyen de politiques répondant mieux aux besoins de la société de l'information et de la Recherche et développement,

- accélérer les réformes structurelles visant à développer l'innovation et la compétitivité.

L’Espace Européen de la Recherche (EER) a ainsi été un des premiers outils européen visant à la coopération en recherche. Il a été mis en place en 2000, il est l’équivalent pour la recherche à ce qu’est le marché commun à l’économie européenne.C’est dans ce cadre que s’inscrit le soutient de l’Europe à la recherche et à l’innovation en biologie synthétique. Nous avons souhaité ici synthétiser certaines initiatives et actions européennes visant à soutenir et promouvoir le développement de la biologie synthétique. Les initiatives européennes s’organisent à travers les « Research Framework Program » - FP ou « Programme Cadre de Recherche et Développement » - PCRD. Les premières initiatives dédiées à la biologie synthétique ont vu le jour dès le 6ième PCRD couvrant la période 2003-2008 , et sont suivies par des actions dans le 7ième PCRD du 2007-2013. Ces PCRD fonctionnent par différents appels d’offre auxquels peuvent répondre des regroupements d’équipes de recherche, de petites et moyennes entreprises et également d’industriels. Il nous a semblé opportun de les mentionner ici car ces outils européens sont essentiels pour lever des financements mais également pour réunir autour d’une même plateforme différents collaborateurs experts de leur domaine afin de créer un réseau et un cercle vertueux de recherche et d’innovation.

a) FP6Le 6ième PCRD est constitué entre autre de l’activité NEST, « New and Emerging Science and Technology », qui vise à permettre le développement de recherche avancée visionnaire. NEST est doté de 215 million €. Cette activité est elle-même sous divisée en trois grands items :

- ADVENTURE projects are ‘visionary’ research projects that will develop new scientific and technological opportunities in areas identified by the researchers themselves;

- INSIGHT projects assess new discoveries or newly-observed phenomena which could indicate risks or problems to society;

- PATHFINDER initiatives are focused on specific, highly challenging objectives in emerging scientific and technological fields, and involve groups of complementary projects.

Le programme NEST PATHFINDER a ainsi financé 18 projets directement relatés à la biologie synthétique. L’ensemble de ces projets arrivent donc à terme bientôt et une multitude de rapport de clôture sont à venir. Ces projets délivrent toutefois des délivrables intermédiaires qui nous ont servis de support pour le présent mémoire. [XX].Voir [XX]

Projet Objectif TypeBIOMODULARH2 Engineered Modular Bacterial Hydrogen

Photoproduction of HydrogenSTREP



A traduire en francais ??


Quel est le budget total ?


BIONANO - SWITCH

A Biological Nanoactuator as a Molecular Switch for Biosensing STREP

CELLCOMPUT Biological computation built on cell communication systems STREP

COBIOSEngineering and COntrol of BIOlogical Systems: a new way to tackle complex diseases and biotechnological innovation

STREP

EMERGENCE Setting the bases for Synthetic Biology in Europe CAEUROBIOSYN A modular platform for biosynthesis of complex

molecules STREP

FuSyMEM Functional Synthetic Membranes for GPCR based Sensing STREP

HYBLIB Human monoclonal antibodies from a library of hybridomas STREP

NANOMOTSynthetic Biomimetic Nanoengines: A Modular Platform for Engineering of Nanomechanical Actuator Building Blocks

STREP

NEONUCLEI Self-assembly of synthetic nuclei: key modules for semibiotic STREP

NETSENSOR Design and Engineering of gene networks to respond to and correct alterations in signal transduction pathways. STREP

ORTHOSOME An orthogonal episome: An artificial genetic system based on a novel type of nucleic acids STREP

PROBACTYS Programmable Bacterial Catalysts STREPSynBioComm Towards a European Synthetic Biology Community SSASYNBIOLOGY An Analysis of Synthetic Biology Research in Europe and

North America. SSASYNBIOSAFE Safety and Ethical Aspects of Synthetic Biology SSASYNTHCELLS Approaches to the bioengineering of synthetic minimal

cells STREPTESSY Towards a European Strategy for Synthetic Biology SSATable 19 : Projets de biologie synthétique financés par le FP6 de l’EuropeFinancement à travers la commission européenne NEST (New and Emerging Science and Technology) Pathfinder initiative [http://www.synbiosafe.eu/index.php?page=emergence]STREP=Specific Targeted Reasearch Project ; CA=Coordination Action ; SSA=Specific Support Action.Une description plus complete est disponible ici: ftp://ftp.cordis.europa.eu/pub/nest/docs/5-nest-synthetic-080507.pdf.

b) FP7. A la différence des autres FP, le FP7 s’étale sur 7 ans de 2007-2013, pour un budget total de plus de 72 billions $, soit 63% d’augmentation par rapport au FP6.Peu de documents sont actuellement disponible pour le FP7 en relation directe avec la biologie synthétique puisque celui-ci vient juste de commencer. Les appels à projet s’étalent en effet sur toutes la période. Nous avons pu toutefois identifié certains éléments de biologie synthétique.Le FP7 s’organise en 4 grandes catégories (hors recherche nucléaire - EURATOM):

- COOPERATION : développer une recherche collaborative à travers l’Europe et d’autres pays partenaires, fondée sur plusieurs grands domaines thématiques

- PEOPLE : renforcer le soutien dédié à la mobilité et au développement de carrière des chercheurs de l’Union européenne et de pays tiers.

- CAPACITIES : renforcer et à optimiser les capacités de connaissances dont a besoin l’Europe pour devenir une économie prospère fondée sur la connaissance. Par le renforcement des capacités de recherche et d’innovation et de la compétitivité à l’échelon européen, ce programme stimule pleinement le potentiel de recherche et les connaissances de l’Europe. Le programme compte six domaines spécifiques de la



connaissance, comprenant les infrastructures de recherche, la recherche au profit des PME, les régions de la connaissance, le potentiel de recherche, la science dans la société et les activités de coopération internationale.

- IDEAS : permettre le développement d’une idée de recherche pure et exploratoire à la frontière de la science et des technologies, indépendamment des priorités thématiques

C’est dans la catégorie IDEAS et plus exactement dans le sous-domaines Biological and Life Sciences, thématique que nous avons identifié une activité liées à la biologie synthétique : LS7Applied Life Sciences.

Genetic engineering, transgenic organisms, recombinant proteins, biosensors

Synthetic biology & new bioengineering concepts

Chemical biology Agriculture & food: animal husbandry, dairying, livestock raising, crop production, soil biology & cultivation, applied plant biology

Aquaculture, fisheries Forestry, biomass productionEnvironmental biotechnology: bioremediation, biodegradation

Industrial biotechnology: bioreactors, industrial microbiology

Drug discovery, drug design Biofuels, biomimeticsBiohazards, biological containment, biosafety, biosecurity

Ethics in life sciences (other than medical & health sciences)

Table 20 : Liste des activités soutenues par le FP7 dans la catégorie Applied Life Sciences.

Acronym Topic title Type Participants SME BEEU-PEARLS Biopolymers LCP 12 2 3ICON Green oil LCP 23 1 1FORBIOPLAST Forest products LCP 1 7 3OXYGREEN Designer enzymes LCP 14 4 3BACSIN Improved microbes LCP 16 4 0RENEWAL Plant cell walls LCP 23 3 2DISCO Lignocellulosic enz SCP 11 3 2LIPOYEAST Lipic enzymes SCP 7 2 0ENERGY POPLAR

Energy plants SCP 10 1 0

SYSINBIO Improved microbes SCP 21 3 5TARPOL Synthetic biology SCP 18 3 0AQUATERRE Biomass supply SCP 19 8 04FCROPS Future crops SCP 14 2 0PROSPARE Animal by-products SCP 8 3 0

Total 197 46 19Moyenne 16 3,2 1,3

Proportion 75% 18% 7%Table 21 : Projets retenus pour « Activity 2.3: Life Sciences Biotechnology and Biochemistry for Sustainable Non-Food »Sélection par la commission européen de 14 projets sur 67 pour un budget de 45 M€.Source : Synthèse faite à partir d’un powerpoint de Dr Piero Venturi €



est ce que cela a avoir vraimzent avec le sujet du rapport


c) Bilan des actions européennes.Nous n’avons pas bien sûr la prétention de synthétiser ici toutes les actions européennes permettant de promouvoir la biologie synthétique mais il était essentiel de mentionner les principales. Tout récemment vient d’être créer le European Research Council (ERC) ou Conseil européen de la recherche (C.E.R.) qui visera à coordonner l’ensemble des efforts de recherche au niveau européen, comme le fait aux Etats-Unis son homologue, le National Science Foundation. Le FP7 sera déterminant dans la mise en place de collaboration visant à innover en biologie synthétique. Les chercheurs, les futurs entrepreneurs et les industriels se doivent d’être attentifs aux différents appels de projets. De grandes multinationales commencent ainsi à s’intéresser à ces appels dans le domaine de la biologie synthétique, nous pouvons citer : Google, Microsoft, IBM ou encore SAP.

3. Actions au niveau de la FranceNous avons souhaité également nous focaliser sur les initiatives permettant de favoriser la recherche en France. Celles-ci ne sont pas directement tournées vers la biologie synthétique mais doivent, comme les actions européennes, être prise en compte lors de la création de start-up, au développement de partenariat.

a) Instruments pour l’innovationUn certain nombre d’outils ont été développé en France pour soutenir de façon spécifique la recherche et l’innovation. Ces outils doivent être utilisés lors de projets de création d’entreprises innovantes dans le domaine de la biologie synthétique.

(1) Loi sur la Recherche et l’innovation – loi Allègre 1999

La loi sur la Recherche et l’innovation a été voté en 1999 sur proposition de Claude Allègre, ministre de la recherche. Cette loi est le reflet français de la disposition américaine « ayh-Dole Act or University and Small Business Patent Procedures Act» de 1980. Elle permet aux universitaires et aux chercheurs de créer une entreprise et de déposer des brevets dont les recherches ont été financés par des fonds publiques. Elle permet ainsi au chercheur de :

- créer une entreprise valorisant ses travaux de recherche (en tant que dirigeant ou associé)(art. 25.1)

- d’être consultant auprès d’une entreprise valorisant ses travaux : le concours scientifique de longue durée (art. 25.2)

- de prendre une participation au capital d’une entreprise qui valorise ses travaux (art. 25.2)

- de participer au conseil de surveillance d’une société anonyme (art. 25.3)

(2) Agence nationale de la recherche ANR 2005Créer en 2005 par le gouvernement Villepin sous le forme d’un Groupement d'Intérêt Public, l'Agence nationale de la Recherche (ANR) est un établissement public à caractère administratif depuis le 1er janvier 2007. Ses missions consiste à favoriser le développement de nouvelles connaissances en encourageant les partenariat entre els acteurs publiques et privés. Pour cela, elle est doté d’un budget de près 1 milliard € pour 2008 pour financer sur appel des projets de durée inférieure à 4 ans, présentant de hautes qualités scientifiques et potentiels débouchés économique.

Site de référence: www.agence-nationale-recherche.fr/



(3) Pôles de compétitivité juillet 2005Dans la ligne du traité de Lisbonne, la France s’est doté dès 2005 d’une structure visant à favoriser l’innovation : les pôles de compétitivité.

« Un pôle de compétitivité est, sur un territoire donné, l'association d'entreprises, de centres de recherche et d'organismes de formation , engagés dans une stratégie commune de développement, destinée à dégager des synergies autour de projets innovants conduits en commun en direction d'un (ou de) marché(s) donné(s). »15

La mise en cluster de ces acteurs permet en effet de: - entretenir une source d’innovation,- attirer les investisseurs et les entreprises internationales par l’effet de la concentration,- diminuer les délocalisations en soutenant l’industrie locale.

Nous avons ainsi identifié 19 pôles de compétitivité parmi les 71 pôles qui peuvent accueillir à terme des projets innovants liés à la biologie synthétique. Certains peuvent paraître éloigner comme InnoViande, pôle de compétitivité sur les proccess de fabrication des viandes, toutefois les Etats-unis ont engagés des réflexions quant à la production de protéines animales via de grands bio-reacteurs.16

Site de référence : http://www.competitivite.gouv.fr/

Pôle DescriptionLyonbiopôle la lutte mondiale contre les maladies infectieusesMedicen Paris Region Innovation thérapeutiquesALSACE BIOVALLEY Innovations Thérapeutiques

Chimie-Environnement Lyon Rhône-Alpes

"Passer d'une chimie curative de ses effets à une chimie d'avant-garde intégrant dès l'amont, la maîtrise de sa relation à l'environnement"

Industries et Agroressourcesles valorisations non alimentaires du végétal (les bioénergies, les biomatériaux, les biomolécules, les ingrédients alimentaires et bioraffineries.

Végépolys innovation dans le végétal

Atlantic Biotherapies chaîne de valeur du bio-médicament depuis la découverte de cibles jusqu’à l’évaluation clinique

Capenergies énergies du futur, non génératrices de gaz à effet de serre dont la Biomasse et l’Hydrogène

Céréales Vallée

concevoir les semences du futur et nationale et régionale pour valoriser les productions agricoles via les filières agro-industrielles performantes, pour mieux répondre aux nouveaux besoins alimentaires et non alimentaires

InnoViandeapporter des réponses en matière de recherche, développement, innovation et formation aux besoins des entreprises de la filière viande et produits carnés

MAUD Matériaux A usage domestique : Détergence, environnement et chimie verte

Mobilité et transports Avancés

Carburants et matériaux d'origine végétale

Eurasanté Biologie SantéOrpheme Pathologies EMErgentes et Maladies ORPHElines :

immunologie, cancérologie, neurologie, maladies infectieuses

15 http://www.alsace-biovalley.com/fr/pole-de-competitivite/16 Retrouver la note



retourver la note bio-era ?


la concentration des acteurs sur un territoire offre une visibilité internationale),


.(la proximité stimule la circulation de l’information et des compétences et facilite ainsi la naissance de projets plus innovants),


et tropicalesPlastipolis plasturgie françaiseCancéropôle Lutte contre le cancer

Prod'Innov brassage des compétences sur la chaîne de l'Aliment au Médicament

Qualitropic

la filière canne-sucre et ses dérivés, avec comme objectif de renforcer la sélection variétale, de progresser encore en compétitivité de la production à la transformation, en particulier sur la valorisation des produits et co-produits

TENERRDIS

Développer la production d’énergies renouvelables (solaire, biomasse, hydraulique) et assurer leur transformation sur des vecteurs d’énergie actuels et futurs (électricité, chaleur et hydrogène)

Table 22 : Pôles de compétitivité ayant des thématiques pouvant accueillir des projets de biologie synthétique.Source : François Le Fèvre (2008), recherche sur les sites web des pôles

(4) Pôles de recherche et d’enseignement supérieur (PRES , avril 2006)

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

b) De la superposition à la réorganisationPour atteindre les objectifs fixés en 2000 lors du sommet de Lisbonne, la réorganisation de la recherche française semble nécessaire. Cette refonte – à l’opposé d’une superposition d’outils et structures – permettrait ainsi de faire de la France un des moteurs de l’Europe pour le développement de « l’économie de la connaissance la plus compétitive et la plus dynamique du monde ». Ce choix doit se concrétiser entre autre par la concentration sur les activités à forte valeur ajoutée exigeant un processus d’innovation constant.Le gouvernement actuel, sous la présidence de Nicolas Sarkozy, est entrain d’engager des réformes profondes concernant l’INSERM et le CNRS. Ces éléments étant tous très récent, nous ne disposons pas d’assez de recul et d’information pour en faire une analyse. Mais il est sûr que ceux-ci vont impacter profondément la recherche française, nous ne nous positionnons pas si cela sera en bien ou en mal.

(1) OSEO = Fusion de Banque du développement des PME ANVAR et sofaris janvier 2005

OSEO est un Établissement public à caractère industriel et commercial qui résulte de la fusion d’un ensemble d’outils dédiés à l’innovation et au soutient des PME:

fusion de l’Agence nationale de valorisation de la recherche (ANVAR) et de l'Agence de l'innovation industrielle (AII) pour le soutien à l’innovation (OSEO),

restructuration de la Banque du développement des PME (BDPME) pour le financement des investissements et du cycle d'exploitation (OSEO financement),

restructuration de SOFARIS pour la garantie des financements bancaires et des interventions en fonds propres (OSEO garantie)

(2) Loi de programme pour la recherche (2006)XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX



Loi de programme pour la recherche


(3) Loi relative aux libertés et responsabilités des universités du 13 juillet 2007

Dans un contexte où les universités françaises manquent de visibilité au niveau internationale et où de nombreux étudiants subissent un échec d’orientation, le gouvernement a souhaité donner plus d’autonomie aux universités. La loi du 10 août 2007 vise ainsi à17:

Rendre l’université attractive Sortir de la paralysie de la gouvernance actuelle Rendre la recherche universitaire visible à l’échelle internationale

Afin d’atteindre ses objectifs, l’organisation des universités a été refondue, les universités ont obtenu la gestion de son parc immobilier et la possibilité de créer des fondations pour recueillir des fonds. De plus 10 « pôles d’excellence » universitaires vont être doté de 5 milliards d’euros, en fonction des priorités de recherche mais aussi du taux d’insertion professionnelles des étudiants et le nombre de partenariat établis avec les entreprises. Cette action vise à donner aux universités les capacités d’accueillir des projets innovant. Nous en disposons pas assez de recul pour savoir si cette loi permettra à la France de « devenir un lieu d'excellence universitaire et scientifique ».18 Ce point est important car l’essor de la biologie synthétique a eu lieu au sein même des universités américaines. Celles-ci sont caractérisées par des financements d’origine diverse (public et privé) et par une organisation plus souple et flexible, qui a permis de voir naître des initiatives comme iGEM[XX]. Ces éléments sont des facteurs clés pour permettre le développement de la biologie synthétique.

4. Autres ONGsNous reviendrons plus en détail sur les aspects éthique et société de la biologie synthétique dans la partie [XX]. Toutefois, il convenait de mentionner dans ce chapitre l’ensemble des acteurs du secteur de la biologie synthétique les organisations non gouvernemental en charge de vulgariser et d’attirer l’attention du grand publics et des autres acteurs sur l’avancé de la biologie synthétique. Deux « watchdogs groups » ont particulièrement été actifs au regard des développement de la biologie synthétique : on peut ici nommer

- GeneWatch basé au Royamme Uni,- ETC Group base au Canada

5. BilanCette analyse détaillée des acteurs du marché permet de mieux mesurer les risques liés à la biologie synthétique et ainsi de mettre en place des procédures de contrôle. Celles-ci seront détaillées dans le [XX]. Après avoir fait le tour des différents acteurs de la biologie synthétique et expliciter les différents outils visant au soutien de l’innovation en Europe et en France, le chapitre suivant vise à déterminer quels sont les moteurs de ce marché, quelles sont les relations existent-ils entre ces acteurs et quelles sont les stratégies Business des entreprises de biologie synthétique ?

17 Pourquoi la réforme de l’université ? [http://www.nouvelleuniversite.gouv.fr/]18 Lettre de mission de M. Nicolas SARKOZY, Président de la République, adressée à Mme Valérie Pécresse, ministre de l'Enseignement supérieur et de la recherche. [http://www.elysee.fr/elysee/elysee.fr/francais/interventions/2007/juillet/lettre_de_mission_adressee_a_mme_valerie_pecresse_ministre_de_l_enseignement_superieur_et_de_la_recherche.79114.html]


Chapitre 3 :

Stratégie autour du marché de la biologie synthétique

_______


11:15:33 17/05/2023

57

Chapitre 3 : Stratégie autour du marché de la biologie synthétique

Chapitre 3 : Stratégies autour du marché de la biologie synthétique

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXQuels sont les facteurs clés de succès ?1-cout de synthese va diminuer + apprentissage sur the art of gene and genome synthesis2-open source/proprietary software pour parser les sequences en des unites qui peuvent etre facilement synthesisé et assembler.XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

A. Caractéristiques du marché

1. Essor : un marché en pleine explosionLe business de la synthèse de gène est en plein essor comme en témoigne l’explosion du nombre d’entreprises offrant des services dans ce domaine. Le marché de synthèse pure est ainsi évalué à $30-$40 million en 2006, ce qui peut au regard du marché du séquençage qui devrait peser environ $7 billion (équipement, consommable, service) avec un taux de croissance de 10 à 15% jusqu’en 2009 . Même si plus petit, le marché de la synthèse est en croissance beaucoup plus rapide. Ainsi dès 2010, il devrait atteindre $700 million, puis $3 billion en 2015, soit un taux de croissance annuelle de 30 à 50%.

La progression de ce marché est porté non seulement par l’essor des biotechnologies mais également la prise de conscience des décideurs les intérêts évident d’utiliser la biologie synthétique par rapport à la PCR et d’externaliser cette synthèse. Ainsi des études menés par les Gene Foundries donnent les raisons suivantes :

- Rapidité : toute les séquences sont faisables à priori, engagement de qualité - Délai : en fonction de la complexité et de la longueur de 4 jours à 15 jours- Les coûts : moins chère que la PCR, de plus le budget est maîtrisé- La stabilité et la flexibilité : - L’accès aux dernières technologies de synthèse et de design - Sécurisé et confidentiel : accès par des sites web dédiés et protégés,- Propriété intellectuelle : elles n’ont aucun droits sur les fragments synthétisés, le client

est propriétaire de la séquence.



outsourcing enables consistent standard of operations for production while allowing instant scalability


fusion avec Illumina achete Solex


Figure 25 : Analyse économique de la plateforme GeneMarker contre la PCR. Cette analyse tends à montrer que les coûts d’accès à des séquences de fragments d’AND supérieure à 200bp sont moins chères par la plateforme GeneMarker de l’entreprise Blue Heron Biotechnology que par une synthèse “au laboratoire” par PCR. De plus les délais sont extrénement plus courts pour Blue Heron Biotechnology.Source : Blue Heron Biotechnlogy [XX]

2. Offshore pour les Gene FoundriesDepuis un peu plus d’un an, nous assistons au déploiement de filiale à l’étranger : Offshore.Cette volonté de délocalisation peut avoir son origine bien sûr dans l’optimisation des coûts de production, ou de fiscalité mais surtout dans le but d’être au plus proche des marchés et des clients afin d’assurer une rapidité de réponse à la demande. La biologie de synthèse ne nécessite pas du personnel très qualifiés au niveau de la production, en effet, les activités de production de gène sont hautement automatisés par des robots.

3. Défis à relever pour les Gene FoundriesLes Gene Foundries se focalisent pour l’instant sur les éléments suivants:

- La longueur maximal du fragment quelles sont capables de synthétiser en un runo En moyenne 2/3 kbpo Les leaders : 40 kbp Blue Heron ;

- La longueur total d’assemblageo Le leader Blue Heron Biotechnology avec la synthèse du premier génome

bactérien- L’absence d’erreur dans la séquence produite,- La capacité de synthèse en nombre de paire de base par jour par centre

o 500 kbp par mois pour GeneArt- Le prix de la synthèse

o De 40$ bp pour un long fragment en 2000 nous sommes passés en dessous de 1$ en 2006. Aujourd’hui [XX]

o Les perspectives à long terme devraient être de l’ordre du penny / bp

Pour rappel, le séquençage d’une base coûtait $40 en 1990 et ne coûte plus que $0.001 en 2006. Les derniers chiffres tendent à confirmer que la biologie synthétique suit la loi de Copyright François Le Fèvre

11:15:33 17/05/2023

60


bioera p17


[[Extreme genetic engineering p7 ]]


Nb le taux d’erreur en diminution continue [[bioera 18]]


Moore : de nouvelles technologies sont entrain d’arriver : telle la microfluidic, la synthèse par Digital Micromirror device…

XX

4. HypercompétitionP185 manuel stratégie

5. De société de production à celle de servicesIl est important de noter que nombres ces entreprises commencent à proposer de nombreux services annexes :

- Design d’ADNo Réduction de la complexitéo Optimisation de l’usage de codono Amélioration de l’expression

- Design de composant ou parts, voire de circuits génétiques complexesCes services ne peuvent être vu juste en tant qu’annexe, en effet il apporte une réelle valeur ajoutée qui va au-delà de simplicité d’utilisation pour une mise à la portée du plus grand nombre de clients. Nous pouvons penser que cette activité puisse être externaliser des Gene Foundries vers des « Gene Design House » qui seraient des sociétés de conseil en design de briques de biologies synthétiques.



[[p22 bioera]]


a mettre en image + centrer + legende !


6. Start-Up et Spin-Off

7. AlliancesDe grands groupes internationaux investissent dans les laboratoires de biologie synthétique et développent des partenariats avec des start-up de type BioSynTechs. Nous assistons à un remodelage de certaines industries, comme celle de la pétrochimie, les quantité d’argent mis en jeux sont énormes.

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXStartup companies angling for a piece of the synthetic biology market fall into two categories: gene synthesizers and applied biotechnology companies. Gene synthesizers, including Codon Devices of Cambridge, MA, and GeneArt of Regensburg, Germany, design and manufacture genetic material for customers in the biotechnology industry. Their aim is to be faster, cheaper, and more accurate than traditional genetic material suppliers. They also say they can produce longer stretches of DNA to order.Other companies are devoted to creating microorganisms that cleanly and cheaply produce pharmaceuticals, fuels, and other industrial materials. Baltimore’s Synthetic Genomics, founded by J. Craig Venter of human genome fame, is developing microbes that cost-effectively generate ethanol and hydrogen. Amyris Biotechnologies, of Emeryville, CA, is working on microbes that produce a potent antimalaria drug cheaply enough that developing countries can afford it.Amyris Biotechnologies, which was founded by Jay Keasling, a Berkeley synthetic biology whiz who initially sought to make cheaper malaria medicines. (That effort got him a $43 million grant from the Bill and Melinda Gates Foundation.http://www.forbes.com/2007/07/03/bp-genomics-energy-biz-sci-cx-mh_0703green_bp.htmlBP is a plan to spend $500 million over 10 years to fund the Energy Biosciences Institute (EBI), a proposed laboratory at the University of California, Berkeley.XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX



Dans quel ordre je mets les différents points ??

http://www.forbes.com/2007/07/03/bp-genomics-energy-biz-sci-cx-mh_0703green_bp.html


Enterprise Context CA Secteur d’activité avec impact potentiel de la biologie synthétique Rôle

Cargill

fournisseur international de services et produits liés à l’alimentation, à l’agriculture et à la gestion des risques à l’international

88 266 M$ (2007)2ième plus grande société non côté aux USA

Agriculture, Santé, Industrie, Alimentation Soutient la R&D

British Petroleum

BP is one of the world's largest energy companies, providing its customers with fuel for transportation, energy for heat and light, retail services and petrochemicals products for everyday items

$284 billion (year 2007)

Acteur majeure dans le domaine de l’énergie, et plus particulièrement du secteur pétrochimique

$500 million sur 10 ans pour financer l’Energy Biosciences Institute (EBI), de l’université de California, Berkeley et dans l’entreprise Synthetic Genomics

DuPont firme transnationale de la science, de la chimie et de la biologie

2007 revenues: $29.4 billion

électroniques et technologies de communication, matériaux d'exécution, enduits et technologies de couleur, sûreté et protection, et agriculture et nutrition

Première plateforme opérationnelle de production du 1,3-propanediol, intermédiaire critique pour des polymers (SoronaTM) développé avec Genencor et Tate&Lyle

Pfizer Géant du secteur pharmaceutique 2006 $48.4 billion

Développement de nouveaux médicaments mais aussi process de synthèse

R&D en biologie synthétique, participation à des congrès dans ce domaine

Virgin Group

groupe industriel très diversifié qui regroupe entre autres des compagnies aériennes, des opérateurs de téléphonie mobile et des sociétés de distribution.

2007 US$20 billion

Fuel de deuxième génération pour les trains et les avions. Investissement dans Gevo

Table 23 : Grandes groupes internationaux investissant dans le secteur de la biologie synthétique.D’autres entreprises peuvent être cité comme Chevron qui a fait un partenariat avec Solazyme pour dvelopper un biodiesel, Google, qui a recruté Craig Venter ou encore Microsoft qui propose de nombreuses GRANT dans le domaine de la R&D en biologie synthétiqueSource : François Le Fèvre (2008)



Fusion de la colonne context et secteur d’activité ?


Homogeniser les prix ca


Bien choisir les colonnes, est ce qu’il y a un interet a ce tableau, pourquoi ne pas le mettre à l’horizontal sur une apge ?


8. Bilan des stratégies des différents acteurs de la biologie synthétique

Le schéma suivant vise à synthétiser les différentes stratégies des entreprises de biologie synthétique


11:15:34 17/05/2023

64


Figure 26 : Stratégies des entreprises du secteur de la biologie synthétiqueSource : François Le Fèvre (2008)



Grille de lecture/Description de la [XX]: Stratégies des entreprises du secteur de la biologie synthétique.

- Acteurso Chaque rectangle représente un acteur du marché au sens large de la biologie synthétique. o Ainsi sont présent au centre de la figure, en orange et rose respectivement les Gene Foundries et les BioSynTechs. o Ensuite, on a mis en bleu clair, on retrouve quelques fournisseurs externes (de produits chimiques, de synthétiseur, de bioréacteur,

de matières premières …) . o En bas, nous retrouvons les principaux clients du marché de la biologie synthétique : industrie agroalimentaire, pharmaceutique,

de l’énergie et chimique). o Nous avons également représenté les entreprises en charge du marché des oligonucléotides en jaune claire (en haut à gauche)o et les Design houses en bleu foncé. o Enfin, nous avons mis les acteurs universitaires en marrons.

- Relation Clients-Fournisseurso Les relations client fournisseur sont symbolisées par des doubles flèches larges bleus. Par exemple, la Gene Foundries n°1 vends

des produits « Gene Synthesis » à la première BioSynTechs n°1.- Start-Up/Spin-Off

o La création des Gene Foundries se fait essentiellement par des start-up qui quittent l’environnement universitaire avec un brevet à forte valeur ajouté qui permet de synthétiser des gènes. Par contre les BioSynTechs ont des origines multiples : bine sûr les universités mais également l’ensemble des clients du secteur : industrie agro-alimentaire, pharmaceutique, de l’énergie ou chimique.

- Financemento Au-dessus de la Gene Foundries et de la BioSynTechs la plus à droite, nous avons rajoutés une flèche circulaire qui part et revient

vers l’entreprise : celles-ci symbolisent le besoin en fonds et financement de ces start-up, voire l’introduction en bourse (GeneArt[XX]) .

- Acteurs locaux et globauxo Au-dessus de la Gene Foundries et de la BioSynTechs la plus à droite, nous avons rajoutés une flèche circulaire qui part de

l’entreprise et va vers l’extérieur : celles-ci symbolisent que ces entreprises peuvent soit rester sur un marché local ou au contraire viser un marché à l’international. D’après nos analyses, l’envergure international est obligatoire dans ce secteur de la biologie synthétique. En effet, les produits de synthèse se commandent via Internet et sont livrés par la poste et ce depuis n’importe quel lieux sur la planète. Toutefois, nous avons noté que plusieurs Gene Foundries ont déployés des bureaux sur les différents continents voire déployer de nouvelles usines. Nous pouvons y voir la volonté d’être au plus proche de ces clients : tant par les délais de synthèse/livraison que du conseil et du suivi du client.

- Spécialisation / Diversificationo Au niveau des Gene Foundries et des BioSynTechs, nous avons voulu symboliser que celles-ci pouvaient soit se spécialiser dans

un type de produit ou au contraire se diversifier dans de multiples produits. Pour l’instant, il semblerait- Externalisation

o Un nouveau type d’acteur pourrait intervenir. En effet, l’activité de « design » des gènes, circuits génétiques voire génome, fait intervenir des compétences spécifiques. Celles-ci pourraient dès lors être externaliser des Gene Foundries et BioSynTechs où elles sont actuellement présentes. Elles se retrouveraient dans des « Gene Design Houses » qui seraient des boîtes de conseils spécialisées dans la construction de circuits génétiques complexes. Nous pensons que c’est l’endroit où il y irait la plus forte création de valeur ajoutée. En effet, les Gene Foundries deviendrons des « usines de production » à haut débits d’organismes synthétiques, alors que les BioSynTechs deviendrons des bioréacteurs, c'est-à-dire des lieux de cultures et de maintien de ces organismes, afin qu’ils puissent produire les métabolites ou fonctions demandées.

- Intégrationo Il est très peu probable que les Gene Foundries vont racheter les entreprises de synthèse d’oligonucléotides. En effet, les Gene

Foundries se spécialisent sur le secteurs de longs fragments d’ADN, en produisant également des oligos, cela pourraient nuire à leur image. De plus les technologies ne sont pas exactement les mêmes. Toutefois, nous tenions à le mentionner. Par contre, il est tout à fait envisageable que le secteur des Gene Foundries commencent à se concentrer des achats entre concurrents sont à envisager au court des 5 prochaines années. A plus long terme, nous pouvons envisager que le Gene Foundries réalisent une intégration en amont en étant leur propre fournisseur en séquenceur : c’est en effet une activité critique car faisant partie de leur cœur de métier. En effet, les Gene Foundries pourraient s’orienter vers une intégration aval en étant à terme des producteurs de médicaments, de biosenseurs. Ces éléments sont des hypothèses et non pas plus de fondements que la lecture d’article de presse et autre celui de [XX].

- Entreprise étendue : alliances et partenariatso L’analyse des événements d’actualité entre les entreprises du secteur de la biologie synthétique, nous montre l’importance de la

notion d’entreprise étendue dans ce secteur. o En raison de la possibilité de consolidation du marché des Gene Foundries et de la présence de brevet de synthèse à spectre large,

plusieurs entreprises ont eu des démêlés judiciaires. Ceux-ci ont en général débouché sur des alliances de type technologique, voire de cession de licence. Ce fut le cas entre Blue Heron Technologies et Codon Devices en mars 2008.19

o Les Gene Foundries développement également des partenariats avec les « Life Science Provider », les entreprises qui fournissent les laboratoires en enzymes, vecteurs et autres produits et services de biotechnologies. Nous pouvons ainsi citer le partenariat entre Blue Heron Biotechnologies et Invitrogen20.

o Quant aux BioSyntechs, elles développent de nombreux partenariats avec leur futur client industriel. En effet les coûts de développement actuels des projets sont tels qu’ils nécessitent des soutiens financier. De plus le développement de ces produits nécessitent que les BioSynTechs et les clients travaillent ensemble au quotidien. Le meilleur exemple est le développement la productionde 1,3 propanediol par DuPont avec la collaboration de Genencor, pour le design de la cellule et de Tate & Lyle pour le process de développement.21

o En fin en cas d’existence des « Gene design House », nous pouvons prévoir que ceux-ci seront un partenaire privilégié avec l’ensemble des acteurs aussi bien les Gene Foundries, les BioSynTechs ou encore les clients industriels.

19 “Codon Devices and Blue Heron Biotechnology announce Settlement of Dispute”, 31 mars 2008 [http://www.codondevices.com/news.aspx?id=502]20 Invitrogen now co-exclusive worldwide distributor of Blue Heron Biotechnology custom gene synthesis services., oct 2007.[http://www.blueheronbio.com/company/press/oct18-07.html]21 Industrial Biotech meets systems biology. Genetic Engineering News. janvier 2007.



par quel paragraphe faut-il mieux terminer ?


rajouter entre tous les acteurs et Design House


rajouter mes fleches raises fond + go public pour les BioSynTechs


chnagre le couleur jeune de oligosynthesis rajouter spinoff oligo -> gene foundries ?




Les clients que nous servonsCargill produit, transforme et distribue des céréales, des oléagineux et autres matières premières aux fabricants de produits alimentaires et d’alimentation animale. La société propose également des services et produits agricoles aux agriculteurs et aux éleveurs.Cargill élabore, sur des bases scientifiques, des ingrédients et mélanges d’ingrédients santé pour les fabricants de produits alimentaires, diététiques et pharmaceutiques.Cargill apporte à ses clients des secteurs de l’agriculture, de l’alimentation, des finances et de l’énergie des solutions financières et de gestion des risques sur les marchés internationaux.Cargill fournit les utilisateurs industriels de sel, amidon et produits en acier. Elle met également au point et commercialise des produits durables fabriqués à partir de matières premières agricoles.Cargill collabore avec l’ensemble de l’industrie agroalimentaire pour développer et fabriquer des ingrédients entrant dans la composition des aliments et des boissons, afin de mieux servir les consommateurs finaux.l provider of food, agricultural and risk management products and servicesAgriculture & Animal NutritionFood & Food IngredientsFinancial & Risk ManagementIndustrial ApplicationsImportance158,000 employees in 66 countries2 sopciété non coté plus importante usaGoogle

Actuellement que Gene Foundries mais on s’oriente vers BioSyntech.Valeur ajoutée bstMais peu ou pas de bst actuellement donc on se focalise sur les donnée srelatives au gf

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPour être commercialiser,Le payasage économique, social et politique doit support et garentir un retour sur investidsement significatifsPolitique legeislative favolrableConsummer driven demand will be required

2)les avancées et outils de la bs doivent passer à l’échelle industriel et premettet de faire du metabolism engineering dans un env hypercompétitif

Notion d’alliance tres importante = Monsanto (the world’s largest seed company) and BASF (the world’s largest chemical firm) have forged a colossal $1.5 billion partnership to engineer stress tolerance in plants. Together, the two companies account for 27 of the 55 patent families (49%) of those identified by ETC Group.


11:15:34 17/05/2023

70


New Product: VectorReady™ kit for Invitrogen™Gateway® Cloning

MENLO PARK, Calif. and HUNTSVILLE, Ala., Aug. 22 /PRNewswire/ -- DNA2.0 Inc. (http://www.DNA20.com), the largest US provider of synthetic genes, and Operon Biotechnologies (http://www.operon.com), a leader in DNA oligonucleotide synthesis, announce the formation of a partnership to utilize their synergistic technologies and product lines.

By combining Operon's oligonucleotide production platform with DNA2.0's gene synthesis process, the companies expect to further increase DNA2.0's market leading speed of synthesis, while providing Operon access to the fastest growing application area for oligonucleotides today. The partnership will allow each company to remain focused on their respective core businesses, while the customer benefits from the expertise of both partners.

Under the partnership, Operon will co-market DNA2.0's gene synthesis services. 'DNA2.0 provides products and a level of customer service that is unparalleled in the gene synthesis industry, we wholeheartedly recommend them to our customers for their synthetic genes.' said Patrick A. Weiss, CEO of Operon. 'We at Operon are proud to be the primary source of the oligos that go into DNA2.0 synthetic genes.'

'Construction of synthetic genes requires oligos of only the highest quality' said Jeremy Minshull, President of DNA2.0. 'Operon's fully automated oligo synthesis process meets our exacting quality requirements, and their speed and responsiveness makes Operon an outstanding partner for DNA2.0 in the gene synthesis marketplace.'

About DNA2.0 Inc.

DNA2.0 is the largest US provider of synthetic genes, serving customers globally in the pharmaceutical and biotechnology industries as well as in academia. The company is also pioneering the application of machine learning to commercial protein engineering through their ProteinGPS(TM) platform. For more information please visithttp://www.bio-medicine.org/biology-technology-1/Operon-Biotechnologies-and-DNA2-0-Announce-Co-Marketing-and-Technology-Development-Partnership-130-1/2007XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX


http://www.bio-medicine.org/biology-technology-1/Operon-Biotechnologies-and-DNA2-0-Announce-Co-Marketing-and-Technology-Development-Partnership-130-1/

http://www.bio-medicine.org/biology-technology-1/Operon-Biotechnologies-and-DNA2-0-Announce-Co-Marketing-and-Technology-Development-Partnership-130-1/


B. Financement des start-up en biologie synthétiqueNous avons déjà évoqué dans le Chapitre 2 les financements européens des projets de biologie synthétique, nous voulions revenir sur la notion de financement dans un contexte plus large : celui de la création des entreprises de biologie synthétique.

1. Cadre légal pour favoriser l’innovationEn raison d’une perte de compétitivité dans les années 1970’ face à la montée du Japon, les Etats-Unis se sont dotés d’outil législatif favorisant la création de start-up. Le Bayh-Dole Act 1980 university et le Small Business Patent procedures Act ont ainsi accordé aux universités américaines, aux organismes à but lucratif et aux petites entreprises la protection intellectuelle des inventions qui résultent de recherches effectuées avec des fonds public. Ainsi la possession de brevet pouvait être mis au capital de la future entreprise.En France, nous sommes dotés d’un outil équivalent en 1999 avec la loi sur la Recherche et l’innovation – dite loi Allègre. Cette loi permet aux chercheurs et aux universitaires de déposer des brevets et même de créer une start-up. [XX]

2. Cycle de financementLe processus d’innovation est souvent symbolisé comme un pipeline qui a pour flux d’entrée des recherches théoriques et pour flux de sortie une innovation. A chacune des étapes du processus d’innovation, il existe des structures qui permettent le financement du projet.Les mesures décrites au [XX] visent ainsi à identifier les projets porteurs en biologie synthétique, à les financer, à les mettre en réseau à travers des collaborations avec d’autres acteurs publics, puis avec des partenaires industriels. Les financements initiaux proviennent de sources locales, régionales, nationale voire communautaire. Ce n’est que dans un second temps qu’interviennent l’ensemble des outils dédiés aux start-up. Nous n’avons pas identifié de structures spécifiques au financement des jeunes pousses en biologie synthétique, elles sont identiques à celles du secteur de la biotechnologie en général. C’est à ce niveau que les Etats-Unis et l’Europe se différencient. En effet, il manque un lien entre le prototype obtenu à la fin du processus de recherche et développement et le produit ou service commercialisable. L’analyse de ce problème montre que ce n’est pas en raison d’un manque de capital disponible, mais plutôt par la non mise en relation entre les Business Angels, les fonds d’amorçage ou Venture capital avec les jeunes pousses. Ceci a pour origine une méconnaissance entre ces acteurs : les chercheurs ne comprennent pas forcément les éléments d’évaluation des capitals risqueurs ; en retour les capital risqueurs ne comprennent pas sur quoi travail les chercheurs, quelles sont les applications possibles à leurs travaux. Il y a un besoin flagrant de passerelle entre ces deux communautés en Europe. Ce réseau est beaucoup plus dense aux Etats-Unis car il est initié dans les universités elles-mêmes. Ainsi malgré l’excellence de la recherche en Europe, l’Europe penne à rattraper son retard face aux Etats-unis dans les applications et la commercialisation de ces développements. Les dernières initiatives françaises visent à resserrer ce lien à travers le développement d’incubateurs, de concours à la création d’entreprise ou encore d’initiation des équipes de recherche à la propriété intellectuelle et à la valorisation



USA public privé: recherche et business font-ils tjrs bon ménage? intégrité, honneteté, transparence


est ce que c’est là ?


Figure 27 : Pipeline du financement de l’innovation : de l’idée à la commercialisation.Ce schéma montre comment les différentes sources de financement permettent de porter un projet d recherche vers un produit ou service commercialisable. La différence essentielle entre l’Europe et les Etats-Unis porte sur les fonds d’amorçage (SEED money) et la mise en relation entre les porteurs de projet et les financeurs. Source TESSY [http://www.tessy-europe.eu/public_docs/TESSY-Deliverable1-1_Final.pdf]

a) Fonds personnels

b) Business angels

c) Oseo

d) Fonds d’amorçage

e) Capital risque

f) Marché public

g) Autofinancement

La [XX] reprends ces différents éléments sur une ligne de temps

Figure 28 : Cycle de financement des start-ups



Est-ce que je mets enbleu tous les liens htpp ?


Rajouter le gap p4


Source : Je N ARRIVE PLUS A REMETTRE LA MAIN DESSUS.


Chapitre 4 :

Propriété intellectuelle_______


Chapitre 4 : Propriété intellectuelle

Chapitre 4 : Propriété industrielle

Dans de nombreux secteurs industriels innovants, la protection de la propriété intellectuelle est un des facteurs clés de succès du développement économique. Le terme de propriété intellectuelle recoupe différentes formes de protections :

- la propriété industrielle à travers les brevets, les inventions, les marques, les dessins et modèles industriels, les appellations d'origine, les indications de provenance et les certificat d'obtention végétale,

- la propriété littéraire et artistique : droit d'auteur, copyright, en droits voisins du droit d'auteur et en droits sui generis sur les bases de données

La particularité de la biologie synthétique est d’être situé entre les domaines de la biotechnologie et des logiciels. En effet qu’est ce qu’un gène ou circuits génétiques si ce n’est l’implémentation d’un algorithme binaire (0/1) dans un langage biochimique à quatre bases (A/C/G/T). Ceci nous oblige à évaluer la protection de la biologie synthétique non seulement avec des outils tels que les brevets, les certificats d’obtention végétale mais aussi avec des outils tels que le copyleft, les licences commons ou encore l’open-source.

En effet, cela permet d’une part au propriétaire de protéger son travail, d’augmenter ainsi son actif immatériel de son entreprise, mais également de valoriser cette innovation. Cette avantage peut se vendre sous la forme de licence ou permettre la création de partenariat. D’une manière générale, les droits sur la propriété intellectuelle encourage à la fois l’innovation et la compétition. Toutefois, la protection par les brevets s’est révélée souvent inapproprié dans le secteur des biotechnologies en raison de leurs caractéristiques intrinsèques à évoluer très rapidement, et au temps de développement long. Les mêmes règles vont-elles s’appliquer à la biologie synthétique ? Quelles sont les différences fondamentales ? Quels sont les risques en termes de brevetabilité dans des secteurs naissants comme la biologie?

Eléments de propriété intellectuelleInstanceBrevetCritèreDifférence usaBrevet européenDroits d’auteursCertificat d’obtention végétale

A. Quelques éléments sur la propriété industrielle

Des instances nationales, et suprnationales permettent de gérer la politique liée à la propriété intellectuelle :

- En France : l’INPI- En Europe : l’ Office européen des brevets (EPO)- Etats-Unis : l’USPTO- Monde : OMPI

PI=contart+brevet+copyright+copyleft+commons+open+droits d’auteur



bien insister en introcution avant-propos que c’est un domaine dans lequel tu souhaites éventuellement travailler !!


un peu bancal


Ici ?


1. Critères de brevetabilité en Europe Les critères de validité d’un brevet sont les suivants : « l’invention doit :

Être dans un domaine brevetable, Être susceptible d’une application industrielle, Être nouvelle, Résulter d’une activité inventive »

Source : INPI site web

2. Différences entre Etats-Unis et le reste du mondePlusieurs différences essentielles existent entre la propriété intellectuelle aux Etats-Unis et en Europe. Tout d’abord, le brevet américain ne doit pas respecter « la susceptibilité d’une application industrielle » mais uniquement la notion d’ « utilité ». Les demandes de brevets américains ont donc un spectre beacoup plus large que ceux de l’Europe.Il semblerait que le système tends à s’harmoniser avec celui européen, beaucoup plus accepter et utiliser dans le reste du monde.Application industrielle + utile

VivantDélaiThe Chakrabarty concluded that genetically altered organisms are not productsof nature, and therefore can be patented.

3. Brevets européenLa France vient de ratifier au mois de janvier 2008 l’Accord de Londres sur le brevet

européen. Concrètement, cela permets de mettre en place l’accès au brevet européen unique dès le 1er mai 2008.

Le brevet unique européen va ainsi permettre de simplifier les dépôts de brevet dans les pays européens, de diminuer les coût d’environ 30% sur les traductions. En effet, les coûts de traductions étaient un frein important à la protection et donc à la valorisation des innovations des centres de recherches et des PME.

Un brevet peut donc être déposé soit au près de l’organisme national en charge de la PI – en France l’INPI – ou directement au près de l’Office européen des brevets (OEB) , dans une des trois langues suivantes, français, anglais, allemand, sans obligation de traduction dans les autres langues des pays membres.

Patents:Slow, expensive, exclusivePublic Domain:Weak protection & recognitionContracts:Weak protectionCopyright:Too stretched by software?Dangerous?



comment distingue tu les sources » » et les referecne biblio et les notes de bas de page !


la capacité de synthétiser des néo fragments d’ADN permet-telle de contourner la doctrine actuelle du : « les produits de la Nature ne sont pas brevetables »benefice – danger avec le brevet

législation sur les échanges de matériel génétique“”TRAITÉ INTERNATIONAL SUR LES RESSOURCES PHYTOGÉNÉTIQUES POUR L'ALIMENTATION ET L'AGRICULTURE 2001

Il est important de noter que la biologie synthétique va donc permettre aux scientifiques de synthétiser tout gène dont la séquence est publiée dans les bases de données publiques. Les accords de transfert de matériel biologique, « The Biological Materials Transfer Agreement Project » (MTA), ne tiennent pas compte de ces échanges numériques.La possibilité de travailler sur des organismes pathogènes va donc augmenter. Une nouvelle réglementation est peut-être à envisagée de manière à capter els avantages et les risques liés à la biologie synthétique.

svt innaproprié pour les biotech qui sont caracérisées par la rapiditédéfi = fournir un encourager les investissement sans stifling research/restricting benefices patentmethododlogie, technique et technologiesséquence d'adnpatentsJ. Craig venter minimal requirements for lifeà l'etranger pour couvrir la creation de n'importe org synthetic!il faut faire attention car cela pourrait limiter les progres et la compétition si on ne peut pas acceder facilement à ces technoopen source approacheMIT Registry of Standartd of biological Parts Biobrickquel statut for parts qui utlise des ip parts?prix de synthesise vont diminuer alors les gens vont passer par leur porpore labos plutot que openpartsles gènes sont-ils brevetables?http://www.the-scientist.com/blog/display/54611/Patents should be granted only for genetic tests, not for genes and DNA sequences, a working party from the European Society of Human Genetics (ESHG) and EuroGentest, a European Union-funded initiative to improve genetic testing in Europe, said at a press conference on Thursday (April 24) according to Medical News Today. "The main debate now is not if genes should be patented or not, but rather are we stopping inventions because too many patents are preventing researchers from getting licenses," said Aymé.

The Synthetic Biology Group (MIT)description du projet, de la libraie, de la notion open source et de la licence d'exploitationopen source biology (P24)BioBricks MITCAMBIA Canberra Application of Molecular Biology to international AgricultureMonsanto/other campnies vs farmers/researches



autre guillemet

http://www.medicalnewstoday.com/articles/105478.php

http://www.the-scientist.com/article/display/14181/

http://www.eurogentest.org/

http://www.eshg.org/


BiOS is a response to inequities in food security, nutrition, health, natural resource management and energy. Our goal is to democratise problem solving to enable diverse solutions through decentralised innovation.Open Source

We promote an innovation paradigm that focuses on a distinction between the tools of innovation and the products. We promote licenses that couple rights with responsibilities to foster efficient development, improvement, sharing and use of technology.

1. What legal tool(s)? - Patent, contracts, public domain, copyright,

sui generis? - Legal tools must not be more expensive (and exclusive) than the technology itself.

2. We need to act now so that things are good 5, 10, 20+ years hence - Do not make things worse going forward

3. How to best engage all facets of society? - How can we avoid the dysfunctional(?) decoupling experience of software?

Open Science

We create and share new biological enabling technologies and platforms that can be used to deliver innovations. We develop new licensing and distributive collaboration mechanisms that have resonance with the open source software movement, but are tailored for biological innovation.

Open Society

We enhance the transparency, accessibility and capability to use all the tools of science, whether patented, open access or public domain.About BiOS (Biological Open Source) Licenses (en anglais)

LBE : de l'open source à sauce "bio". Une variation du concept du libre dans le monde de la biologie. Une manière de favoriser ou garantir une forme de biodiversité alternative dans le domaine des technologies? Mince! Et les brevets, alors? Comme si on n'avait pas assez d'ooposants comme ça.

Rockefeller a accordé au centre de recherches australien CAMBIA (Center for the Application for Molecular Biology to International Agriculture) un don d'un million de dollars afin de mettre sur pied un mécanisme comparable au modèle OpenSource, mais appliqué aux sciences de la vie.

Le projet BIOS (Biological Innovation for Open Society) prônera le libre accès aux biotechnologies et sera dirigé par des scientifiques de renom, dont Richard Jefferson, le responsable du CAMBIA. Pour la petite histoire, soulignons que Jefferson s'est fait connaître



dans la communauté scientifique pour avoir découvert une molécule permettant de repérer les gènes actifs dans une cellule, Au lieu de vouloir tirer parti de cette innovation par un brevet exclusif, Jefferson a donné les droits de son invention à plusieurs laboratoires à but non lucratif tout en la vendant très cher aux grands groupes industriels. Difficile de ne pas faire un parallèle avec les licences Creative Commons («Partage ce que tu veux, et conserve tes droits sur le reste»).

Révolution verte 2.0Impact dans le développement de l’agriculture en Afrique.La pi est un enjeu crucial car l’agriculture

Issue: The world’s largest seed and agrochemical corporations are stockpiling hundreds of monopoly patents on genes in plants that the companies will market as crops genetically engineered to withstand environmental stresses such as drought, heat, cold, floods, saline soils, and more. BASF, Monsanto, Bayer, Syngenta, Dupont and biotech partners have filed 532 patent documents (a total of 55 patent families) on so-called “climate ready” genes at patent offices around the world. In the face of climate chaos and a deepening world food crisis, the Gene Giants are gearing up for a PR offensive to re-brand themselves as climate saviours. The focus on so-called climate-ready genes is a golden opportunity to push genetically engineered crops as a silver bullet solution to climate change. But patented techno-fix seeds will not provide the adaptation strategies that small farmers need to cope with climate change. These proprietary technologies will ultimately concentrate corporate power, drive up costs, inhibit independent research, and further undermine the rights of farmers to save and exchange seeds.

The Gene Giants are staking sweeping patent claims on genes related to environmental stresses – not just those in a single engineered plant species – but also to a substantially similar genetic sequence in virtually all engineered food crops. Beyond the U.S. and Europe, patent offices in major food producing countries such as Argentina, Australia, Brazil, Canada, China, Mexico and South Africa are also swamped with patent filings. Monsanto (the world’s largest seed company) and BASF (the world’s largest chemical firm) have forged a colossal $1.5 billion partnership to engineer stress tolerance in plants. Together, the two companies account for 27 of the 55 patent families (49%) of those identified by ETC Group.

Impact: Farming communities in the global South – those who have contributed least to global greenhouse emissions – are among the most threatened by climate chaos created by the world’s richest countries. The South is already being trampled by the North’s super-size carbon footprint. Will farming communities now be stampeded by climate change profiteering? The patent grab on so-called climate-ready traits is sucking up money and resources that could be spent on affordable, farmer-based strategies for climate change survival and adaptation. After decades of seed industry mergers and acquisitions, accompanied by a steady decline in public sector plant breeding, the top 10 seed companies control 57% of the global seed market. As climate crisis deepens, there is a danger that governments will require farmers to adopt prescribed biotech traits that are deemed essential adaptation measures. Will governments be pressured to give biotech companies carte blanche to use genetic engineering – and sidestep biosafety rules – as the last resort for tackling extreme climate?

Policy: Governments meeting at the U.N. Convention on Biological Diversity in Bonn (May 19-30) and at the joint United Nations-FAO High-Level Conference on World Food Security



and the Challenges of Climate Change and Bioenergy (3-5 June 2008) must recommend that governments suspend the granting of all patents on climate change-related genes and traits. There must be a full investigation, including the social and environmental impacts of these new, un-tested varieties. Given the global state of emergency, ETC Group urges inter-governmental bodies to identify and eliminate policies such as restrictive seed laws, intellectual property regimes, contracts and trade agreements that are barriers to farmer plant breeding, seed-saving and exchange. Restrictions on access to germplasm are the last thing that farmers need in their struggle to adapt to rapidly changing climatic conditions. Farmer-led strategies for climate change survival and adaptation must be recognized, strengthened and protected.[ http://www.etcgroup.org/en/materials/publications.html?pub_id=687]

B. Brevet et biologie synthétiqueBrevet trop large, injustifié

1. Qu’est ce qui est brevetable aujourd’hui en biologie synthétiques ?

a) En généralNoveltyUsefulnessNon-obvuiousness

b) Les gènes sont-ils brevetables ?

c)La difficulté essentielle réside dans le fait que toute la valeur ajoutée réside dans la molécule d’ADN et que la simple lecture de celle-ci avec les bons outils permet de découvrir les secrets de fabrication et de répliquer le systèmeLa biologie synthétique semble être plus amène d’être breveté. Pourtant la protection par les brevets peut être un frein au développement d’un secteur lorsque les technologies clés sont verrouillées, empêchant ainsi les bénéfices au niveau du marché.Exemple de Craig Venter avec le génome minimal + les droits d’auteurs

d) Différence entre la politique IP en Europe et aux USA

2. Quels Brevets déposés


http://www.etcgroup.org/en/materials/publications.html?pub_id=687


Figure 29 : Evolution du nombre de brevet en biologie synthétique au cours des années. Méthodologie : recherche sur http://www.micropat.com/ avec l’expression régulière : «SYNTHETIC ADJ1 BIOLOGY » au 22.05.2008Source : François Le Fèvre (2008)

Figure 30 : Répartition en classes des brevets « Synthetic biology »Source : François Le Fèvre (2008)

Figure 31 : Acteurs ayant déposé un brevet en « synthetic biology »



attention tu ecris en fr ou en anglais


terme consacré ?

http://www.micropat.com/


Source : François Le Fèvre (2008)

Figure 32 : metabolic engineeringSource : François Le Fèvre (2008)

Figure 33 : metabolic engineering classSource : François Le Fèvre (2008)

3. Brevet OGMMosanto 90% semance transgenique au monde

La technologie qui permettera de faire un organisme bootable devra être opensource.En effte, c’est la base du développement

Brevet sur SYNS <=< OGM

Tout d’abord, la biologie synthétique opère à l’interface entre les biotechnologies et l’informatique, deux champs qui sont actuellement mal capturés par la propriété intellectuelle. [Synthetic biology : caughtbetween]


2008

2007


La cour d’appel pour le Circuit Federal (U.S. Court of Appeals fro the Federal Circuit) continue à ce jour de permettre le dépôt de brevet sur des produits des gènes obtenu par PCR, technologie

C. Autres approches

Parrallèle avec l’ITprobleme evident que toute l'info est contenu dans l'adn et donc que c'est entièrement decodable, appropriable

1. Domaine public

2. Copyright

3. CopyleftXXXXXXXXXL'objectif de la licence GNU GPL, selon ses créateurs est de garantir à l'utilisateur les droits suivants (appelés libertés) sur un programme informatique :

1. la liberté d'exécuter le logiciel, pour n'importe quel usage ; 2. la liberté d'étudier le fonctionnement d'un programme et de l'adapter à ses besoins, ce qui passe par l'accès aux codes sources ; 3. la liberté de redistribuer des copies ; 4. la liberté d'améliorer le programme et de rendre publiques les modifications afin que l'ensemble de la communauté en bénéficie.Les termes de la GPL autorisent toute personne à recevoir une copie d'un travail sous GPL. Chaque personne qui adhère aux termes et aux conditions de la GPL a la permission de modifier le travail, de l'étudier et de redistribuer le travail ou un travail dérivé. Cette personne peut toucher de l'argent pour ce service ou bien ne rien toucher. Ce dernier point distingue la GPL des autres licences de logiciels qui interdisent la redistribution dans un but commercial. Stallman pense que le logiciel libre ne devrait pas placer de restriction sur l'utilisation commerciale, et la GPL indique explicitement qu'un travail sous GPL peut-être (re)vendu.La GPL ne donne pas à l'utilisateur des droits de redistribution sans limite. Le droit de redistribuer est garanti seulement si l'utilisateur fournit le code source de la version modifiée. En outre, les copies distribuées, incluant les modifications, doivent être aussi sous les termes de la GPL.

Cette condition est connue sous le nom de copyleft, et il obtient son origine légale du fait que le programme est copyrighté.[http://fr.wikipedia.org/wiki/Licence_publique_g%C3%A9n%C3%A9rale_GNU]

XXXXXXXXXXXXXX

4. Commons



D. Favoriser l’approche Open sourceOpen source different de gratuit !

1. BIOBRICKSBioBricks Foundation 2006Public Sector Intellectual Property Resource for Agriculture PIPRABiological Innovation for Open Society [13-p59]iGemmais probleme certaines parts semble deja proteger, donc frais de licenceet plutot que d’acceder au aprts de repositories open, on va directement les synthetiser car peu chère.

Registry of Standard Biological Parts from MITEnregistrer et indexerPour l’instant, il contient les parts sous forme physique, mais dans un avenir proche les parts seront sauvegardés sous forme nuémrique dans une abse de donnée et seront synthétisés à la demande.

2. CAMBIA BIOS

3. Open-wet warehttp://openwetware.org/http://openwetware.org/wiki/wet

4. Bio-hackhttp://biohack.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Pagedry

5. Bilan

Le défi est donc d’encourager les investissements tout permettant le développement de la recherche académique.

Stratégie Avantages InconvénientsBrevetCopyrightContratSui generis



Exemple du refrigerateur dans le garage.

Va-t-on voir des alliances ? des fusions ?Des grands acteurs de l’informatique sont entrain de se jeter dans ce marché : Microsoft, IBM, Google ou SAPDes grands pays investissenet dans ce domaine : inde et la Chine

rôle de la communauté open-source dans ce domaine

Figure 34 : Contraintes et implications des brevets ou de l’approche open source.Source : François Le Fèvre (2008)


Brevet Open Source

Degré de blocage de l’innovationContrôle

Dérégulation de la rechercheLiberté

Chapitre 5 :

Risques associés à la biologie synthétique

_______


Chapitre 5 : Risques associés à la biologie synthétique


Afin d’introduire les risques associées à la biologie synthétique, je me permets d’utiliser les termes anglophones suivant : biosafety et biosecurity. En effet, il semble que dans la langue française nous n’ayons pas de mots permettant de distinguer ces deux concepts.Asilomar 1975Scientifique allergique à une infogérence des gouvernementsau niveau des individus, groupes, payes/puissance: bio-hack et bio-terrorismeProtection de l’être humain et de l’environnement

Figure 35 : ljjkl Source : Recherche par mots-clé sur Ebay [http://www.ebay.com/]

A. Biosafety

1. DéfinitionBio-error

2. RisquesEst-ce que les risques sont différents de ceux de la génié génétiue ?Est-ce que la release d’organisme synthétique nécessiste de définir un nouveau protocl de biosafety ?

Mettrela figure risk de drew endy dans nature 2005 foundations for engineering biology



risques inconnus pour l'environnement et la santé publiqueest ce que les mesures actuelles de biosafety sont adéquate pour les produitsissus de la biology sutnhetique?relarguage accidentelle ou volontaire?policyMaximiser les profits potentiels et reduire les risquesentreprises qui vendent des synthetisers et de l'adn syntheticles proprietaires de tech de dna synthesis et de licenceles utlisateurs finaux des genomes synthetiques ( individu ou institution)passe forcement par des accords internationaux;Biosafetyquestionquelle mesure pour eviter la dissémination accidentelle dans l'environnement?quel est l'équilibre entre bopsafety et academic freedommecanisme d'auto destruction activable à l'intérieur des organismespeu probable que des organsimes bs puissent survivre dans la nature, donc moins dangeureux que desil faut travailler avec des organismes minimaux, avec bcp de genes en moins pour s'assurrer que les barrières a se qui se developpe seul soient nombreusesnombreuses conference annuellesQUI?Health and Safety executive UKthe Environement Agency UKExemple1bacterie qui sert à décontaminer les sols, peut elle se répandre et contminer un ecosysteme sain?Biosecuritéquestionsquelles mesure contre la volonté de disséminiation?

3. Mesures

« L'Europe est à l'avant-garde dans le domaine émergent des nanosciences et des nanotechnologies (N&N), domaine scientifique en plein développement qui pourrait avoir un impact positif majeur en termes économiques, sociaux et environnementaux. Pour autant, un manque de connaissances subsiste quant aux effets de ces technologies sur la santé humaine, sur l'environnement ainsi que sur des questions d'ordre éthique ou relatives au respect des droits fondamentaux. C'est la raison pour laquelle la Commission recommande aujourd'hui aux États membres d'adopter un code de bonne conduite régissant la recherche dans ce domaine. Les sept principes qui orientent le code de bonne conduite sont les suivants:

- La signification: Les activités de recherche en N&N doivent être compréhensibles par le public. Elles respectent les droits fondamentaux et leur conception, leur mise en œuvre, leur diffusion et leur exploitation servent le bien-être des personnes et de la société.

- La durabilité: Les activités de recherche en N&N sont sûres, respectent les principes éthiques et contribuent au développement durable. Elles ne nuisent ni aux personnes,



ni aux animaux, ni aux végétaux, ni à l'environnement et ne constituent pas une menace à leur égard, à l'heure actuelle comme à l'avenir.

- La précaution: Les activités de recherche en N&N sont menées en respectant le principe de précaution, en anticipant les incidences éventuelles de leurs débouchés sur l'environnement, sur la santé et sur la sécurité et en prenant toute précaution utile en fonction du niveau de protection, tout en stimulant le progrès au bénéfice de la société et de l'environnement.

- L'inclusion: La gouvernance des activités de recherche en N&N est guidée par les principes d'ouverture à toutes les parties prenantes, de transparence et de respect du droit légitime d'accès à l'information. Elle permet la participation aux processus de décision de toutes les parties prenantes participant à des activités de recherche en N&N ou concernées par celles-ci.

- L'excellence : Les activités de recherche en N&N répondent aux meilleures normes scientifiques, y compris en termes d'intégrité de la recherche et de bonnes pratiques de laboratoire.

- L'innovation: La gouvernance des activités de recherche en N&N encourage au maximum la créativité, la flexibilité et l'aptitude à anticiper en faveur de l'innovation et de la croissance.

- La responsabilité: Les chercheurs et les organismes de recherche demeurent responsables de l'impact de leur travail sur la société, sur l'environnement et sur la santé humaine.

Le code de bonne conduite fournit également des lignes directrices pour la mise en œuvre de ces sept principes dans le cadre:

d'une bonne gouvernance de la recherche; du respect du principe de précaution; de la diffusion et du suivi de l'application du code de bonne conduite. »

[http://europa.eu/rapid/pressReleasesAction.do?reference=IP/08/193&format=HTML&aged=0&language=FR&guiLanguage=fr]



B. Biosécurité

1. DéfinitionBio-terror

Figure 36 : Spectre du risqué: Bin Laden Genetics, Inc. Source : Jonathan Wren. Synthetic Biology. Lecture overview [faculty-staff.ou.edu/W/Jonathan.D.Wren-1/Lec%2026%20-%20Synthetic%20biology.ppt]

2. RisquesUne prise de conscience tardive et difficleRapport CIA http://www.fas.org/irp/cia/product/bw1103.pdfC E N T R AL I N T E L L I G E N C E AG E N C Y D I R E C T O R A T E O F I N T E L L I G E N C E The Darker Bioweapons FutureRevolution – explosion des connaissanceGrande difficulté à détcter la différence entre des recherche et des Dans le nuclaire bcp plus simpleEx nombreux synhtès from scratch polyio virusAgnt dormants etc …

Diversité enormeRapprochement essentiellement entre agence gouvernementale et life scinece


http://www.fas.org/irp/cia/product/bw1103.pdf


Figure 37 : kllk Source : can we, as a group ; Synthetic Society [web.mit.edu/endy]

3. Mesures

a) Tracer et limiter l’utlisation des composants des synthetiser d’ADN

b) Les instruments utilisés doivent être collecté et suivi pour eviter soit le reverse-engineering ous oit l’utilisation à des fin illicites

c) « black patent » limiter la publication de nouveaux equipements et protocols

d) Action coordonnée au niveau international

(1) D’où l’nitérêt du rôle que peu avoir un acteur comme le CEA

e) Impact sur l’economieMais toutes ces mesures vont avoir un impact sur l’économieIl s’agit donc de trouver le juste milieuxPermettre touours une recherche légitime et le développement des activités.New Projet Manhattan

Cours à l’unviersité



Figure 38 : jhkhj kjhhkSource : Nat Biotechnol. 2007 Jun;25(6):627-9.Click here to read Links Our framework calls for the immediate and systematic implementation of a tiered DNAsynthesis order screening process. To promote and establish accountability, individuals who placeorders for DNA synthesis would be required to identify themselves, their home organization and allrelevant biosafety information. Next, individual companies would use validated software tools to checksynthesis orders against a set of select agents or sequences to help ensure regulatory compliance andflag synthesis orders for further review. Finally, DNA synthesis and synthetic biology companies wouldwork together through the ICPS, and interface with appropriate government agencies (worldwide),to rapidly and continually improve the underlying technologies used to screen orders and identifypotentially dangerous sequences, as well as develop a clearly defined process to report behavior thatfalls outside of agreed-upon guidelines. ICPS, International Consortium for Polynucleotide Synthesis.DNA synthesis and biological security. Bügl H, Danner JP, Molinari RJ, Mulligan JT, Park HO, Reichert B, Roth DA, Wagner R, Budowle B, Scripp RM, Smith JA, Steele SJ, Church G, Endy D.

International Consortium for Polynucleotide Synthesis.

PMID: 17557094 [PubMed - indexed for MEDLINE]jh



C. Société et éthique

Il nous a semblé important d’évoquer les questions que soulève l’utilisation de la biologie synthétique dans nos sociétés. Je ne suis pas dans la position d’apporter des réponses à ces questions mais il est clair que chacun des acteurs de la biologie synthétique - entreprise, financier, état, consommateur - doit avoir conscience des questions éthiques que suscite l’utilisation de la biologie synthétique.

Création de la vie jouer à dieuSysytème de notre valeur intercèdeLes questions éthiques ne sont pas soulevés par la biologie synthétique et les outils technologiques mis en palce, mais bien par leur utlisation.

est il ou non acceptable de créer des organismes contenant de l'adn issu de différent type d'animal,plante, ou créer de toute pièce par ordi?quel frontière vont être imposé, comment vont elles évolueés?OGMAprès 10 ans de débat, la loi sur les OGM est enfin votée en France le 22 mai 2008. Elle consiste en l’application d’une directive européenne de 2001 qui encadre juridiquement les culturesde plantes OGM.RegistreNorme distanceDéli de fauchageHaut Conseil des biotechnologies pour mesurer l’impact et donner son avisdifférence de perception entre les scientifiques et les non scientifique = citoyen ordianireechec de la communauté scientifique + politique à communiquer sur le sujetles francais n'ont pas compris "attention à ne pas prendre position"mais les européens n'ont plus

1. Exemple de questions

a) Est il acceptable de créer des organismes chimères : contenant de l’adn issu d’animaux, de plantes, voire créer par l’ordinateur ?

b) Quelles sont les frontières ? Quelles sont les différences entre pays, culture ? Comment vont-elles bougées ?

c) En rajouter ici ?

2. Points clé En effet, OGM cela n’a pas marchDonner le pointeur sur http://www.synbiosafe.eu/forumRésultat à l’assemblé au mois de mai le mercredi 14 mai…



est ce que je dois dédvelopper ces questions?


Ou est ce le plus opportun de parler de cela ? en intro pour s’en débarrassé ? ou à la fin comme pre-conclusion ?

http://www.synbiosafe.eu/forum


3. Développement durableLe développement des bio-carburants a incité les agriculteurs mondiaux à changer leur pratique de culture. Il est possible en effet de produire des biocarburants à partir du blé, soja, graine de colza et de l’huile de palmier.

Figure 39 : lkjlkj lkjkljlj

Ainsi aux USA, les agriculteurs se sont tournés vers la production non plus du soja mais du blé. En Amérique, du Sud, on a défriché et brûlé une grande partie de la forêt pour produire du soja. Ceci a principalement deux effets : l’un sur le cours des matières premières associées et l’autre sur le changement climatique.En effet, les cours du blé se sont envolés ces dernières années. D’autre part, la production de blé par rapport à celle du soja rejette beaucoup plus de oxyde d’azote, un gaz à effet de serre (300 fois plus puissant que le CO2), conduit à une érosion des sols et en une pollution de l’eau par des nitrates22. D’autre part, ces pratiques conduisent parfois à l’établissement de monoculture à grande échelle, fragilisant l’économie d’une région, voire d’un pays et à impacter directement la biodiversité et les ressources alimentaires23. L’un ou l’autre de ces effets conduisent à diminuer la qualité de vie des populations humaines et à dégrader la qualité de l’environnement. L’association de la biologie synthétique et à l’industrie agro-alimentaire pourrait conduire à lever, ou tout du moins à diminuer une partie de ces problèmes.

22 Analyse conduite par Paul Crutzen, lauréat au prix Nobel23 Monoculture d’huile de palmier en Malaisie et Indonésie.



Ne pas oublier de citer le papier Monsanto et opensource en agri ?


Mentionner la responsabilités des grands groupes multinationaux ?


Est-ce que j’eneleve la source dans la figure comme els autres ?


Ces changements étant tout récents nous n’avons plus d’éléments à fournir, mais il nous a semblé important de le noter pour avoir une vue globale de la biologie synthétique et de ces relations avec l’économie mondiale et notre planète.[XX- Richard Branson and the Virgin group’s biofuel investment].



Est-ce que ne nuit pas à la qualité du rapport de meler tout ceci, meme si je epnse que tout est liéer comme en économie.


Est-ce que pas assez de recul ?

Discussion

_______


Discussion

Discussion Problématique : La question que je me pose : est ce que le CEA peut être un acteur principal / moteur dans la biologie synthetique ? Quel défi doit-il relever pour cela ? Quels sont ces forces, ses faiblesses ? Parrallèle avec le DOE ?Opportunité de créer une structure plateformeAttention n’engage que moi pour l’analyse, qui n’a pas été conduite par le cea, manque des eleents et doit être completer Pas d’expertise réel sur le sujet iGem

Business

* Pourquoi a-t-on créé des centres de séquençage (genome centers) ?

On vient de voir que la détermination de la séquence des grands génomes nécessitait des millions de lectures. Pour des raisons d'économie, il est beaucoup plus efficace de réaliser ces millions de manipulations à grande échelle dans des structures appropriées, les centres de séquençage : le travail y est organisé et en partie robotisé de manière à ce que l'on puisse effectuer chaque jour plusieurs milliers ou dizaines de milliers de lectures à un coût bien moindre que dans un laboratoire de recherche traditionnel.

De tels centres se sont constitués aux Etats-Unis, au Royaume-Uni, au Japon, en Allemagne, en Chine et en France, où le Genoscope est le seul établissement de cette nature.

Loin de diminuer, la liste des génomes à séquencer ne cesse en fait de s'allonger. Pour interpréter la séquence d'un génome, il est en effet précieux de la comparer à celle d'autres génomes. Les espèces comparées peuvent être proches, ou issues de lignées ayant divergé tôt au cours de l'évolution. Les enseignements ne seront pas les mêmes. Plus deux espèces seront distantes en termes d'évolution, plus leurs séquences génomiques auront divergé, ce qui peut limiter la portée de la comparaison. Toutefois, les parties ayant le moins divergé, à savoir les gènes, seront plus clairement distinguées du reste de la séquence : ces régions "conservées" entre les deux génomes serviront d'indices pour la recherche des gènes. Il est donc instructif de disposer des génomes d'un spectre d'espèces choisies en des points clés de l'arbre évolutif.

Prenons l'exemple du génome humain. Le chimpanzé est notre plus proche parent dans le monde animal, et le séquençage de son génome, identique à 99 % au nôtre, livrera des informations passionnantes sur les changements génétiques qui ont eu lieu au cours des derniers millions d'années de l'évolution de la lignée humaine. Le séquençage du génome de la souris, achevé en 2003, va quant à lui profiter à l'ensemble des recherches biomédicales, car ce rongeur est de longue date un animal modèle en génétique. Les séquences des génomes d'autres mammifères placentaires viendront compléter les enseignements du génome de la souris. Il sera également instructif de séquencer le génome d'un représentant des marsupiaux, tôt séparés du reste des mammifères. Le génome du kangourou pourrait éclairer les étapes les plus précoces de l'histoire des mammifères, et offrir un bon compromis pour la recherche des gènes humains.

Au delà, ce sont les représentants d'autres branches de vertébrés qui faciliteront cette recherche, car les vertébrés ont conservé pour l'essentiel un bagage commun de gènes. Parmi les vertébrés au génome séquencé ou en voie de l'être, un oiseau, le poulet, et deux poissons au génome compact, dont l'un, Tetraodon nigroviridis, a été séquencé pour moitié au Genoscope. Le Genoscope s'est servi en 2000 de comparaisons entre les séquences


Discussion

génomiques de Tetraodon et de l'être humain pour estimer le nombre de gènes humains à 30 000, et il continue de s'en servir pour parfaire l'annotation du génome humain. Plus loin encore, on trouve les génomes d'une ascidie, animal marin proche parent des vertébrés, puis du ver Caenorhabditis elegans et de la mouche Drosophila melanogaster. Le génome d'organismes multicellulaires très simples pourrait révéler les changements qui ont accompagné l'organisation des cellules en "sociétés cellulaires". Enfin, le génome de la levure, organisme unicellulaire, est utile pour découvrir les éléments communs à l'ensemble des eucaryotes, êtres vivants au génome abrité dans un noyau au sein de la cellule, de l'homme au chêne ou à l'infusoire. La compréhension de mécanismes eucaryotes fondamentaux comme la condensation, la recombinaison ou la ségrégation des chromosomes lors de la division cellulaire est d'une grande importance dans l'étude de certaines maladies humaines.

Aux raisons énoncées ci-dessus pour entreprendre de nouveaux programmes de séquençage s'ajoutent des raisons plus spécifiques. La séquence du génome de tel ou tel organisme peut être importante pour des raisons économiques (microbe important pour l'industrie laitière, par exemple) ou médicales (quelle batterie de gènes explique la virulence d'une bactérie par rapport à une espèce voisine?). On comprend aisément l'intérêt du séquençage du génome du riz, base de l'alimentation de la moitié de l'humanité, ou du génome de l'anophèle, moustique vecteur du paludisme qui tue plus d'un million de personnes chaque année. Nombre de pathogènes - bactéries ou eucaryotes - ont déjà été séquencés, et d'autres le seront bientôt. Enfin, l'exploration du monde bactérien dans son ensemble occupera les centres de séquençage pour de nombreuses décennies : les études de génomique entreprises depuis quelques années dans des milieux très divers (sol, océan, boues d'épuration, etc.) ont en effet révélé une formidable diversité bactérienne. Nous ne connaîtrions qu'environ 1% des espèces de bactéries, les autres étant passées jusque là inaperçues, faute d'être cultivables. Les bactéries font preuve d'une grande inventivité métabolique, et ces espèces mystérieuses constituent donc un riche réservoir de gènes qui pourraient avoir une grande importance dans le domaine de l'industrie ou de l'environnement. L'exploration des génomes de ces bactéries est une tâche d'une ampleur comparable à celle du projet Génome humain, pour laquelle les grands centres de séquençage restent plus que jamais nécessaires.

BIOFAb = platform pour construire des machines biologiquesEra p39/38Simple, flexible, creatrion, combinaisionBiorafinerie = plateforme

A. De l’opportunité de créer une plateformeProblématique : qu’est ce que serait une plateforme dédiée à la biologie synthétique ? Dois-t-on avoir un grand programme de plateforme de BS, à l’image du CNS ?DéfintionPourquoi = sécurité, innovationPôle de compétivité

Grands équipementsQuelle stratégie pour la France ?Comparaison avec le CNSLes 2 approches doivent exister ?

avant autour de grands pôles


Discussion

faire interview rapide de Patrick?Directeur de these de maxime? au Genoscope = 30 mn?preparer une série de question, prendre des notesquel est la capacité de séquençage du genoscope, ou plutot quel est son evolutionaujourd'hui les technologies ont evolués et les couts aussichacun veut / peut avoir son sequenceur?qu'est ce qui coute cherle matos iniles consommablesl'intelligenceles services de support informatique

dans la majorité des domaines de recherches, la qualité de l'innovation est en partie liée à celle des partenariats; La capacité à piloter des alliances est véritablement devenue une clé de succès des projets.

Biorafinerie 1999Integration dans les process industrielUtlisation de matière première ;production,plateforme techno

Genome designBiofabs

Of course, a bio fab is more than a collection of speediersynthesis technologies. It is a way of thinking about existingbiological machines and of constructing new ones, which borrowsboth language and methodology from engineering.

■ Flexible, reliable fabrication technology along withstandardized methods and design libraries gave rise tothe semiconductor chip “fab” system. It enabledengineers to create extraordinarily complex andpowerful electronic devices with broad applications.■ A fab approach could similarly empower biologicalengineers to conceive and build sophisticated devicesfrom biological parts.■ Bio fab technologies and techniques are already beingdeveloped and used. Addressing safety issues andencouraging biologists to think more like engineers areongoing efforts.

Pourquoi le CNS ?Pourquoi as-t-on créer le cnrs ?Quel était le cout du séqwuençage lors de sa création et maintenant ? Est-ce que cela éest toujours viable ? cela a été assurément un grand boost pour la recherche française.Est-ce que les conditions sont réunis aujourd’hui pour créer le « CNS », Centre National de Synthèse ?

Plateforme pas simplement technologie hardaware Software avec les outils de design, de modélisaion


Discussion

Service de la plateforme en terme de mise àdisposition de client, d’aide à la protectionGestion des portefeuilles, recherche de synergie

Le but est réellement de fonctionner comme dans l’industrie du software :Création d’une équipe autour d’un projet avec un cleitnPremire itération et livraison d’un premier organisme permettantNouvelle itération visant à augmenter la prodcutivtié, diminuer les coûts, changemtn des membres de m’équipe, chanement de la palteforme bio : organisme différents etc … adaptation.

La notion de Knowledge managment sera critique si les individus viennet sur différents projets

Process1-idée : évaluation des coûts / bénéfice en amont = le facteur clé de succès2-équipe de design : fonction par itération3-concept et pre-industrialisation4-industrialisation

S’inspirer des méthodes de développements en informatiqueDe nombreux parrallele peuvent être faitEt il faut noter que des acteurs comme IBM, SAP, Google et Microsoft s’engagent dans des actions.-« depuis 2005, une équipe de Google travaille avec le généticien Craig Venter[]Investissement de 3.9 millions de dolalrs dans 23andMe + Navigenics Challenges mai 2008

Le verrouS = l’organisme support doit répondre à un certain nombre de cahier des charges ;Il doit être certifiée en quelque sorte pour ne pas être capable de se reproduire dans la nature en cas de libération non voulue

PartenariatAlliance de co-intégrationToyota et psa pour développer une plateforme commune à partir de laquelle seront produites les petites voituresAtteindre une taille critique, minimiser certains couts d’infrastructure, mais aussi permettre la culture start-up, innovation,, tout pourra être envisageble

interet des plateformes produits dans le monde industrielcomment utiliser ce concept en SBparts!idea>design>off-the-shelf-parts>device>systemnotion de biofabe-platformdesign toolsdbpartshumancommunity of knowledgenetworking approachethink tanks, feasibility studies


Discussion

developpement de plateforme produit commune inter entreprise??qu'est ce que cela seraitorganisme commun?locaux communs matériel communachat groupé de service de synthese et de sequencageil y a un crenau pour une entreprise qui est capable de fournir une telle plateforme de développementavantagereduction des coutsà l'image de ce qu'il existe en informatique autour des plateforme microsoft ou telephoniqueinnovation plus facilebrainstorming : echangeensemble de bio-brick partagécomment fais-t-on pour gerer les droits d'accèsinconvenientgestion du temps d'accèscontaminationcontextepôle de compétitiongenopole: s'inspirer autre rapport iea...QUOI?un institut fournissant une ou plusieurs plateformes de biologie synthetiquechacune composé = cultivateur / evolution multipleautour des services %IP %PatenariatsPublicprivéautour de production = sequencage + syntheseaccès a des resources informatiques importantes dédiés à des CAGD computed assisted genome designuniversité procheorganisation en projet matriciel ( cassé l'organisation du genoscope qui n'est pas approprié à une innovationlabo sécurisé ( safe & secure )sécurisé, sur un pôle scientifique d'excellenceatteindre la masse critiqueenseignementun endroit pour des équipes d'étudiants puissent experimenterdes cours par des professionnels/ scientifiques numeriquestout cela à un coup

Figure Biorefinery


Discussion

Figure 40: Concept de la bio-rafenerie.Illustration extraite du rapport [Top Value-Added Chemicals from Biomass; Volume II—Results of Screening for Potential Candidates from Biorefinery Lignin 2007]


Discussion

Expérience pilote, innovante

B. Le CEA, acteur d cette plateforme

1. Statut du CEAEPIC, Le Commissariat à l'énergie atomique (CEA) est un organisme de recherche public français (dans les domaines de l'énergie, de la défense, des technologies de l'information et de la santé) implanté sur 9 sites en France. Les principaux centres d'études sont à Saclay (Île-de-France), à Cadarache (Provence) et à Grenoble.

Le CEA, dont le statut est celui d'un établissement public à caractère scientifique, technique et industriel, a pour mission de développer les applications de l'énergie nucléaire dans les domaines scientifique, industriel, et de la défense nationale. Il emploie environ 15 000 salariés. Son budget annuel est de 3,3 milliards d'euros.

C'est un établissement public industriel et commercial[1] (EPIC). Son statut est fixé par l'Ordonnance 2004-545 du 11 juin 2004, abrogeant et remplaçant l'Ordonnance constitutive du 18 octobre 1945.IntêretDe la nécessité d’encadrer, mais frein ??

2. Facteur clé de succès

a) Propriété Intellectuel & Culture de l’InnovationForte strcutre naissante avec uneéquipe plurisdisclipnaire

b) Gestion du risqueIndéniable qu’en raison de la mission du CEA avec le nucleaire, la culture de la gestion du risque est ominipresenteGestion de la cellule

c) Ethique & SociétéAttention bien preciser que tous ces éléments n’engage que l’auteur est en rien le CEA !Le nucléaire est un succès en France. Nous le devons à beacoup de facteur mais aussi entre autre à la politique de communication du CEA, l’aspect formation , éclairement du public …

d) Technology CEA avec l’intersection DSV et le lieu par excellence européen de la multidiscplinaritéPôle dans le CEA engagé dans les nanotechnologies qui sont le support à la biologie synthétiqueMicrofluidic, pore silicone etc ..

3. Bilan CEA

a) Identification des compétences de bases p121Rappeller que cela n’engage que l’auteur, le rapport a été fait independemment du CEA !Qu’est ce que l’on peut envisager ?


Discussion

(1) CEA = Centre National de Synthèse

(a) Voire plus en tant que platform biofabs

(2) CEA = spin-off metabolic ingenring

b) SWOTNous avons décidé de mettre l’ensemble des éléments précdents au sein d’une amtrice de type SWOT ( Porter)

Dia

gnos

tique

inte

rne

Forces Faiblesses- Forte culture de l’innovation dans les

autres domaines de la scince de la vie- Capacité de communication- Masse critique- Culture du multidisciplainre- Gestion du risque : grande culture

compétence- Technologie : nanobiotech ( puce a adn

etc …) - Intégration récente du CNS :

augmentation de la masse critique ( personnel, matériel)

- Expertise réelle des acteurs du CNS dans la gestion de projet haut-Débit

- Expertise d’équipe en modléisation, système biologie avec la culture du multidoiscplinaire

- Technologies existance de brevet dans le domaine de l’évolution dirigée par contrainte

- Département Sciences de la Vie plus faible ( proportionnelement au DOE)

- Intégration récente du CNS- Manque de management par projet- Améliorer les parcerelles avec les

ingénieurs- Question relative à la maîtrise des

risques Biosafety en biologie synthétique

Opportunités Menaces



multi ou inter??


élement à discuter avec christian Vincent? combien de brevet strtup dans ce domaine??

Discussion

Dia

gnos

tique

ext

erne

- Secteur en pleine explosion- Absence de grands acteurs en Europe- Besoin de la société- Marché mondiale ( nombreux cleints)

- Nombreux nouveaux entrants- Ne dispose pas encore de technologie

propre en biologie synthétique à proprement parler

- Pas mature- Hypercompétition- Barrière à l’entrée peut élever- Règle de la propriété intellectuelle

pas encore bien définie en Europe/USA

- Marché mondiale ( avec le poids d’être présent toute de suite au niveau internationale)

Figure 41 : SWOT analysisSource : François Le Fèvre (2008)

CEA partenaire important incontournableGenoscope CNS appartientCulture de la Valorisation MultidisciplainaireIngenierieCEA = DOECEA = forte capacitébonne connaissance des partenariats publique + industrielOU?


Discussion

Figure 42 : Model de flux de produits issu. Analogue à celui de l’industrie pétrochimique.Cette illustration est tirée du rapport [Top Value Added Chemicals From Biomass]



Est-ce que en A3 avec en plus le pipeline petrochimuqe ??


Ne devrais-je pas rajouté également celui de l’industrie pétrochimique ?


Qu’est ce qui va en annexe ou pas ?


Est-ce que je dois mettre la même légende ?

Discussion

orsaycampus vert MIT + cea + etc ... + polytechniquegenopole evrygenopole + cea + expertise en sequencinggrenoblenanotech + cea + expertise

c) Recommandation

Est-ce que JE peux me permettre de faire des recommendations ?Faire une étude plus approfondie en liaison direct avec le CEAMettre des moyensCoordinationParticiper à la mise en place d’une palteforme pilote de biologie synthétique

(1) Détermination d’un objectif realiste dans un domaine précis : Metabolic ingénierie (justifier)

(2) Trouver des clients avant de commencer le projet : quelle molécule souhaite-on synthetiser ? pourquoi ? s’inspirer de l’expérience sur l’artisinims !

(3) Locaux propre

(a) Dimenstionnable pour passer à l’echelle lors de la production pilote

(4) Forces faibless



Est-ce que c’est là ou plutot en conclusion ???

Conclusion


Société et éthique

Conclusion

_______


Conclusion

Conclusion

Faire le schema / plan pour explorer le network biologie synthétique.Qu’est ce que je mets en conclusion?Perspective ouverte ou ferme ?


Conclusion




Citations_______



Citations « moving from reading the genetic code to writing it », Craig Venter« Si vous n’innovez pas, vous mourrez », XX« Biology will never be the same », Tom Knight« Il n’existe pas de barrière à la synthèse des plantes ou des animaux. Cela arrivera dès que quelqu’un paiera pour cela », Drew Endy« Le faire avant les autres »FFFFFFFFFFFFFF« biofuels, a crime agaisnt humanity », Jean Ziegler, rapporteur special sur le droit à l’alimentation de l’ONU“et un jour, il y aura sûrement un catalogue de cellules autorisées et les anciennes naturelles seront interdites car elles pourront se reproduire gratuitement” Bernard Camus« For the first time, God has competition », Pat Booney de l’ETC



Glossaire

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Glossaires des abréviations et des termes spécifiques rarement utilisés

Toutes les définitions ci-dessous proviennent de consultation de sites web.

A. Termes en relation avec le domaine de la biologie

A,C,T,GLes quatre acides nucléiques qui forment les bases de l’ADN : Adénine, Guanine, Cytosine et Thymine

Big Four of SynLes Big Four correspondent aux entreprises de type Gene Foundries qui dominent actuellement le marché : Blue Heron Biotechnology, Codon Devices, DNA2.0 et GeneArt. Cette expression est à rapprocher de « Big Four » désignant les quatre groupes d'audit les plus importants au niveau mondial : Deloitte,Ernst & Young , KPMGet PricewaterhouseCoopers.

BPPaire de bases

CEA

CNG

CNS

DOEDepartment Of Energy aux USA

DNA – ADNL’acide désoxyribonucléique (souvent abrégé en ADN [1]) est une molécule que l'on retrouve dans toutes les cellules vivantes. On dit que l'ADN est le support de l'hérédité ou de l'information génétique, car il constitue le génome des êtres vivants et se transmet en totalité ou en partie lors des processus de reproduction. L'ADN détermine la synthèse des protéines.[http://fr.wikipedia.org/wiki/Acide_d%C3%A9soxyribonucl%C3%A9ique]

DSV

ETC

Génie génétiqueLe génie génétique (ou ingénierie génétique, en anglais genetic engineering) est un ensemble de techniques, issues des biotechnologies, ayant pour objet l’utilisation des connaissances acquises en génétique pour utiliser, reproduire, ou modifier le génome des êtres vivants.[http://fr.wikipedia.org/wiki/G%C3%A9nie_g%C3%A9n%C3%A9tique]



Ne devrais je par organsier en catégorie : 1-Bio 2-Finance 3-Europe


GenoscopePoineur page question

HGPHuman Genome Project

In-SilicoIn silico (du latin « dans le silicium ») est une expression désignant une recherche ou un test effectué au moyen de l'outil informatique.[http://fr.wikipedia.org/wiki/In_silico]

In-VitroIn vitro (en latin : « dans le verre ») signifie un test en tube, ou, plus généralement, en dehors de l'organisme vivant ou de la cellule. Comme beaucoup d'expériences liées à la biologie moléculaire sont effectuées en dehors des organismes ou des cellules, et comme les conditions ne représentent pas forcément les conditions intracellulaires, les résultats sont souvent mentionnés comme in vivo, in vitro, ou in silico, selon le cas.[http://fr.wikipedia.org/wiki/In_vitro]

In-VivoIn vivo (en latin : « au sein du vivant ») est une expression latine qualifiant des recherches ou des examens pratiqués sur un organisme vivant, par opposition à in vitro ou ex vivo.[http://fr.wikipedia.org/wiki/In_vivo]

PCRPolymerase Chain Reaction

SYNBERC

Synthetic biology – biologie synthétique ou biologie de synthèse1)Berkeley definition: a-the design and construction of biological parts, devices andsystems, and; b the redesign of existing, natural biological systems for usefulpurposes.2)Committee on Genetic Modification(COGEM): synthetic biology focuses on the

design and synthesis of artificial genes and complete biological systems, and on changing existing organisms, aimed at acquiring useful functions.

3)EU: synthetic biology is the engineering of biological components and systems that do not exist in nature and the re-engineering of existing biological elements; it is determined on the intentional design of artificial biological systems, rather than on the understanding of natural biology.

C. Termes en relation avec le domaine de la financeBusiness Angel Un business angel est une personne physique qui investit une part de son patrimoine dans une entreprise innovante à potentiel et qui, en plus de son argent, met gratuitement à disposition de l’entrepreneur, ses compétences, son expérience, ses réseaux relationnels et une partie de son temps.[http://fr.wikipedia.org/wiki/Business_Angel]



Private equity - Capital-investissementLe capital-investissement est une activité financière consistant pour un investisseur à entrer au capital de sociétés qui ont besoin de capitaux propres. Le terme de capital-investissement concerne généralement l'investissement dans des sociétés non cotées en bourse (d'où son nom de capital non coté ou de private equity en anglais en opposition au terme public). En français cela correspond aux notions de capital fermé en opposition au capital ouvert.Leveraged buyout, Venture capital, Growth capital[http://fr.wikipedia.org/wiki/Capital-investissement]

Venture capital - Capital-risqueLes investisseurs en capital risque apportent du capital, ainsi que leurs réseaux et expériences à la création (on parlera alors de capital d'amorçage) et aux premières phases de développement d'entreprises innovantes ou de technologies considérées comme à fort potentiel de développement et de retour sur investissement. Le terme « risque » utilisé en France n'a pas d'équivalent dans les autres pays où l'on emploie le plus souvent le terme d'opportunité (Venture capital). [http://fr.wikipedia.org/wiki/Capital-risque]

Seed money - Capital d'amorçage Le capital d'amorçage est le premier apport en capital d'une entreprise ; les fonds sont parfois réunis avant la création même de l'entreprise.Ces fonds sont généralement utilisés pour financer tous les frais préalables à la mise sur le marché du premier produit de la société ; frais de recherche et développement, prototype, business plan, conseils juridiques, loyers...Outre les fondateurs de la société et leurs proches, ces fonds proviennent aussi de Business angels et de l'État voire de fonds spécialisés. Les phases suivantes de développement de la société sont financées par le capital-risque.[http://fr.wikipedia.org/wiki/Capital_d%27amor%C3%A7age]

Spin-Off Structure créée à la suite de l'essaimage d'une grande entreprise par ses salariés.La spin-off est une excroissance d'une grande entreprise, créée à la suite d'un essaimage en général technologique ou innovant, et qui est amenée à prendre son indépendance en contre-partie d'une participation au capital. La création de spin-off permet aux grandes entreprises de minimiser les risques liés aux investissements de recherche et développement, et permet d'attribuer à un nouveau projet une souplesse identique à celles des start-up.[http://www.dicodunet.com/definitions/commenter-546.htm]

Start-up La Startup (ou start-up) ou jeune-pousse qui vient de l'anglais startup company est une entreprise en phase de construction qui ne s'est pas encore lancée sur le marché commercial (ou seulement à titre expérimental). Elle est en phase plus ou moins longue de développement d'un produit, d'une idée, d'une étude de marché, etc. et de recherche de partenaires professionnels, techniques ou d'échec décuplés par rapport à des entreprises traditionnelles.[http://fr.wikipedia.org/wiki/Start-up]

D. Termes en relation avec l’Europe

CA - Coordinated ActionEER – Espace Européen de la Recherche



ERA – European Research Area ( equivalent EER)ERCFP - Research Framework Program, equivalent à PCRDIP - Integrated ProjectNESTPCRD - Programmes Cadre de Recherche et Développement SSA - Strategic Support ActionSTREP - Specific Target Research Project

E. Autres

Sui generisSui generis est un terme latin de droit, signifiant « de son propre genre ». C'est un problème de taxinomie juridique. Cela qualifie une situation juridique dont la singularité prévient tout classement dans une catégorie déjà répertoriée et nécessite de créer des textes spécifiques.Certains droits de propriété intellectuelle spécifiques peuvent être considérés comme sui generis. Dans le cadre de la protection des ressources génétiques (plantes, animaux), l'OMC, demande aux pays signataires de définir un système de droits adaptés, conforme aux intérêts et aux traditions nationaux.[http://fr.wikipedia.org/wiki/Sui_generis]





Bibliographie

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Bibliographie

http://www.lemonde.fr/cgi-bin/ACHATS/acheter.cgi?offre=ARCHIVES&type_item=ART_ARCH_30J&objet_id=1025721&clef=ARC-TRK-

D_01Article publié le 24 Février 2008

Par Michel AlbergantiSource : LE MONDE

Bio-Erahttp://www.bio-era.net/Bio Economic Research Associates (bio-era™ ) is a leading provider of independent research and advisory services on the economic and societal impacts of human-induced change to biological systems. We help decision-makers understand the strategic and financial implications, how interests in bio-resource value-chains will be affected, and how stakeholders can adapt and respond. We provide independent and objective strategic insight, perspective, and knowledge.Our ApproachOur approach is global, multi-disciplinary, pragmatic and value-for-service driven. We rely on the deep knowledge and experience of our people—an extraordinary network of industry experts, scientists, economists and others. We take pride in our independence, and we actively seek balanced objectivity. Our process is inclusive, iterative, and respectful of contributions from multiple perspectives.Our ServicesOur research and advisory services deliver strategic, decision-oriented insight and advice through bio-era's independent research coupled with direct access to our network of specialists. Our client relationships are highly interactive, and include opportunities for participation in bio-era conferences, scenario workshops, learning journeys, and other events that bring together diverse stakeholder groups with bio-era experts.Rapport : Genome Synthesis and design Futures: Implications for the U.S. Economy, A special Bio-era report, sponsored by .S. department of Energy february 2007USAETC grouphttp://www.etcgroup.org/Action Group on Erosion, Technology and Concentration ETC Group is dedicated to the conservation and sustainable advancement of cultural and ecological diversity and human rights. To this end, ETC Group supports socially responsible developments of technologies useful to the poor and marginalized and it addresses international governance issues and corporate power.ETC Group works in partnership with civil society organizations (CSOs) for cooperative and sustainable self-reliance within disadvantaged societies, by providing information and analysis of socioeconomic and technological trends and alternatives. This work requires joint actions in community, regional, and global fora.ETC Group's strength is in the research and analysis of technological information (particularly but not exclusively plant genetic resources, biotechnologies, and [in general] biological diversity), and in the development of strategic options related to the socioeconomic ramifications of new technologies.


http://www.lemonde.fr/cgi-bin/ACHATS/acheter.cgi?offre=ARCHIVES&type_item=ART_ARCH_30J&objet_id=1025721&clef=ARC-TRK-D_01



ETC Group works primarily at the global and regional (continental or sub-continental) levels. ETC Group does not undertake grassroots, community, or national work. ETC Group supports partnerships with community, national, or regional CSOs but ETC does not make grants or funds available to other organizations. We do not have members.Rapport: Extreme Genetic Engineering: An Introduction to Synthetic BiologyCANADANESTSynthetic Biology, Applying Engineering to Biologyftp://ftp.cordis.europa.eu/pub/nest/docs/syntheticbiology_b5_eur21796_en.pdfPATHFINDER

Synbiologyhttp://www2.spi.pt/synbiology/In order to meet the goals set at the Lisbon Summit, March 2000, to prepare Europe ’s transition to becoming the most competitive, dynamic, knowledge-based economy in the world, significant emphasis must be placed on scientific research and technology development. This was further emphasized at the Barcelona European Council in 2002, which determined an effort was needed to accelerate Europe ’s investment in research to a level of 3 percent of GDP by 2010. To accomplish this level of investment in research, there must be consistent growth through leveraging opportunities. SYNBIOLOGY is an ambitious NEST project d esigned to identify key attributes of synthetic biology research in Europe and North America (USA and Canada), and determine potential differences in research environments (including funding arrangements) across European countries, USA and Canada that impact the level and nature of synthetic biology research and the short and long–run commercial possibilities. This will be accomplished through a comprehensive study that includes a review of relevant studies, and identification and survey of Key Stakeholders representing research, industry and government. The results will be used as a basis on which the EC can provide policy and funding options to maximize the effectiveness of its support to synthetic biology. The results of the project will be disseminated widely to policy makers and synthetic biology sector participants via a seminar, an interactive website and other dissemination activities.Rapport : An Analysis of Synthetic Biology Research in Europe and North America; European Commission FP6 Reference: Contract 15357 (NEST)EUSynbiosafehttp://www.synbiosafe.eu/SYNBIOSAFE is a scientific project supported fully by the European Commission´s 6th framework programme. It is the first European project to research the safety and ethical aspects of synthetic biology, and aims to proactively stimulate a debate on these issues.

TESSYTowards a European Strategy for Synthetic Biologyhttp://www.tessy-europe.eu/

http://syntheticbiology.org/We are a group of individuals, groups and labs from various institutions who are committed to engineering biology in an open and ethical manner.We are currently working to * help specify and populate a set of standard parts that have well-defined performance characteristics and can be used (and re-used) to build biological systems,


* develop and incorporate design methods and tools into an integrated engineering environment, * reverse engineer and re-design pre-existing biological parts and devices in order to expand the set of functions that we can access and program * reverse engineer and re-design a 'simple' natural bacterium. This site was originally started by a group of students, faculty and staff from MIT and Harvard. Currently, however, all those interested in Synthetic Biology are invited to contribute and maintain the http://syntheticbiology.org site. To edit the site, you must have an account on OpenWetWare. To obtain an account, visit how to join.http://sb4.biobricks.org/field/http://royalsociety.org/landing.asp?id=1230http://www.rathenau.nl/showpage.asp?steID=1&item=2492http://www.synbiosafe.eu/index.php?page=expert-interviewsinterview des expertsmini interview de Igem??completer les références avec journalux igem francehttp://www.geneticresearch.ch/f/themen/Synthetic_Biology/index.phpBandes dessinnéeshttp://www.geneticresearch.ch/downloads/Comic_SynBio_f.pdf print KOhttp://www.nature.com/nature/comics/syntheticbiologycomic/index.html print KO

http://forums.grandlyon.com//files/interviewderosnay.pdfhttp://www2.spi.pt/synbiology/index.asphttp://video.google.com/videoplay?docid=1300861282697617533The Second International Conference on Synthetic Biology: Ownership, Sharing & Innovation Sessionbiotechnology sb is close from microelectronic

Symposium: LIFE UNDER (RE)CONSTRUCTIONThe Vienna BioCentre will hold its annual PhD Symposium with this year's topic: "Synthetic Biology" from 13th - 14th Nov. 2008 at the Research Institute of Molecular Pathology (IMP) in Vienna, Austria.http://www.vbc-phd-symposium.at/

– NESTo Description de comment soumettre a nest

ftp://ftp.cordis.europa.eu/pub/nest/docs/synthetic_biology.pdf Avec opposition entre system biology et synthetic biology Streps et ca

o Description des différents sous-projets de NEST ftp://ftp.cordis.europa.eu/pub/nest/docs/5-nest-synthetic-080507.pdf

– xwc


ftp://ftp.cordis.europa.eu/pub/nest/docs/5-nest-synthetic-080507.pdf

ftp://ftp.cordis.europa.eu/pub/nest/docs/synthetic_biology.pdf

http://www.vbc-phd-symposium.at/

Annexes



Annexes

Annexes

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Annexes

Annexes

A. Etudes de casQu’est ce que je choisi comme critère pour avoir infos sur ces entreprises ?Mettre les infos sous la forme d’un tableau, plus lisible

1. Genosphere

2. GeneArt

3. CodonDevice

4. Helicos

Helicos™ Genetic Analysis System $1,350,000 USD

The Helicos™ Genetic Analysis System is the first true direct DNA measurement technology platform available to leading genomics researchers. The HeliScope™ Single Molecule Sequencer, the world’s first DNA Microscope™ instrument, provides superior throughput to open new research avenues, increases site productivity and dramatically reduces the time for completing complex genomic experiments. Novel reagent packaging and intuitive software provide for easy operation, automated tracking of consumables, and overall management of the System. The HeliScope™ Analysis Engine provides extensive computing power for near real time image analysis and to eliminate waiting for data. It comes standard with 28 terabytes of data storage. A web application supports remote monitoring and administration of the System.

Includes: HeliScope Single Molecule Sequencer, Sample Loader, Analysis Engine, System Software, Installation, Start-Up Kit and One Year Warranty.

http://www.helicosbio.com/Products/Pricing/tabid/150/Default.aspx

5. Blue Heron Biotechnology« We’re going to build you exactly what you are looking for : Whole plasmids, whole genes, gene fragments … and in one or two years, possibly a whole genome. » - John Mulligan CEO of Blue Heron Biotechnology

F. Liste des entreprises dont le marché est relatif à la synthèse d’acides nucléiques (ADN, ARN)

Google maps



Pas en annexe car directement dans le docu


Insister sur le fait que c’est en ligne à l’adresse + le fait que c’est geolocalisé


Mettre cela en annexe ou pas ??

Annexes

G. Brevets



A mttre sur la page d’en dessous !

Annexes

Table 24 : Liste des brevets « Synthetic Biology »Requête contre Micropat.com avec le terme “synthetic ADJ1 biology”, interrogation dans le texte complet des brevets accessible aux US, EP, PCT, Great Britain, and German patent records as well as the front page of JP documents (US data is from 1836, EP from 1978, PCT from 1978, Great Britain from 1979, German from 1989, and French from 1981)Regroupement des brevets par extension

Numero de brevet Classe Date Auteur TitreUS20080127364 A1WO2007143354 A2

A01HC12N

2007121320080529 LEE, James, Weifu Switchable photosystem-II designer algae for photobiological hydrogen

production

WO2008058291 A2 A61K 20080515 California Insitute of Technology MODULAR APTAMER-REGULATED RIBOZYMES

WO2008051854 A2 C12N 20080502 TRUSTEES OF BOSTON UNIVERSITY

A TUNABLE GENETIC SWITCH FOR REGULATING GENE EXPRESSION

WO2008039450 A2 A01H 20080403 LEE, James, Weifu DESIGNER ORGANISMS FOR PHOTOSYNTHETIC PRODUCTION OF ETHANOL FROM CARBON DIOXIDE AND WATER

WO2008024176 A2 C12Q 20080228 PONDICHERRY BIOTECH PRIVATE LIMITED

A NOVEL METHOD FOR ASSEMBLING DNA METASEGMENTS TO USE AS SUBSTRATES FOR HOMOLOGOUS RECOMBINATION IN A CELL

WO2008019183 A2 C12P 20080214 The Regents of the University of California

BIOPOLYMER AND PROTEIN PRODUCTION USING TYPE III SECRETION SYSTEMS OF GRAM NEGATIVE BACTERIA

WO2008000079 A1 C12N 20080103 THE UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA

SECRETED PROTEIN ACIDIC AND RICH IN CYSTEINE (SPARC) AS CHEMOTHERAPEUTIC SENSITIZERS

WO2008009365 A2 C12Q 20080124 EPIGENOMICS AG A METHOD FOR DETERMINING THE METHYLATION RATE OF A NUCLEIC ACID

US20070292954 A1 WO2007124065 A1

C12NC12N

2007122020071101

The Brigham and Women's Hospital, Inc.

Generation of recombinant DNA by sequence-and ligation-independent cloning

WO2007127206 A1 C12N 20071108 Colorado State University Research Foundation

BIOLOGICAL SYSTEMS INPUT-OUTPUT: RESPONSE SYSTEM AND PLANT SENTINELS

US20070250299 A1WO2007124162 A2

G06GG01N

2007102520071101 The MathWorks, Inc. Block diagram explorer in a method and apparatus for integrated

modeling, simulation and analysis of chemical and biological systemsWO2007089382 A2 C40B 20070809 PHARMAGIC, INC. Nanofactory compositions and methods of making and using nanofactoriesUS20070031942 A1WO2007040592 A1

C12PC12Q

2007020820070412 GAO, Xiaolian Making nucleic acid sequences in parallel and use



Ecrire en miniscule

Annexes

Numero de brevet Classe Date Auteur TitreUS20070243617 A1WO2007110695 A2WO2007110695 A3

C12N 200710182007100420080313

BC CANCER AGENCY Modular genomes for synthetic biology and metabolic engineering

US20070087366 A1WO2007085906 A2

C12QC12N

2007041920070802 BC CANCER AGENCY Functional mutant loxP sequences and uses thereof

US20070122826 A1WO2007047148 A1

C40BC12N

2007053120070426 J. Craig Venter Institute, Inc. Minimal bacterial genome

US20070117128 A1WO2007047859 A2

C12QC07K

2007052420070426

PRECISION BIOSCIENCES

Rationally-designed meganucleases with altered sequence specificity and DNA-binding affinity

WO2007087347 A2 20070802 CODON DEVICES, INC. METHODS, SYSTEMS, AND APPARATUS FOR FACILITATING THE DESIGN OF MOLECULAR CONSTRUCTS

US20040243354 A1WO2004021144 A2

G06FG01N

2004120220040311 Gene Network Sciences, Inc. Systems and methods for inferring biological networks

US20060127920 A1WO2005089110 A2 C12Q 20060615

20050929President and Fellows of Harvard College Polynucleotide synthesis

US20060136138 A1WO2006068827 A1

G06GG06F

2006062220060629 The MathWorks, Inc.

METHOD OF CREATING A HISTORY LIST DURING A STOCHASTIC SIMULATION OF A SYSTEM COMPRISING CHEMICAL REACTIONS

EP1736780 A1 G01N 20061227 Eppendorf Array Technologies S.A.

Method and means for detecting and/or quantifying hierarchical molecular change of a cell in response to an external stimulus

WO2006135992 A1 G01N 20061228 Eppendorf Array Technologies S.A.

METHOD AND MEANS FOR DETECTING AND/OR QUANTIFYING HIERARCHICAL MOLECULAR CHANGE OF A CELL IN RESPONSE TO AN EXTERNAL STIMULUS

US20070005317 A1WO2007005931 A2

G06GG05B

2007010420070111 The MathWorks, Inc.

Method and apparatus for integrated modeling, simulation and analysis of chemical and biological systems having a sequence of reactions, each simulated at a reaction time determined based on reaction kinetics

WO2007008609 A2 C12M 20070118 The Regents of the University of California METHODS AND APPARATUS FOR CELL CULTURE ARRAY

WO2007010221 A2 C12N 20070125 MEDICAL RESEARCH COUNCIL

COMPOSITIONS AND METHODS RELATING TO ORTHOGONAL RIBOSOME mRNA PAIRS


Annexes

H. Interview Craig Venter ??http://www.ted.com/talks/view/id/227"Can we create new life out of our digital universe?" asks Craig Venter. And his answer is, yes, and pretty soon. He walks the TED2008 audience through his latest research into "fourth-generation fuels" -- biologically created fuels with CO2 as their feedstock. His talk covers the details of creating brand-new chromosomes using digital technology, the reasons why we would want to do this, and the bioethics of synthetic life. A fascinating Q&A with TED's Chris Anderson follows (two words: suicide genes).a modern 'Cambrian explosion' of new synthetic species.on the notion of 'combinatorial genomics', that will combine the power of large scale DNA synthesis ('robots that can make a million chromosomes a day') with a database of 20 million genes, 'the design components of the future'.


http://www.ted.com/index.php/speakers/view/id/7

Annexes

I. Listes des métabolites polluants

Chemical Name & Summary Fact Sheet CASRN Chemical Name &

Summary Fact Sheet CASRN

1,2,4-Trichlorobenzene 120-82-1 Hexachloroethane 67-72-11,2,4,5-Tetrachlorobenzene 95-94-3 Methoxychlor 72-43-52,4,5-Trichlorophenol 95-95-4 Naphthalene 91-20-34-Bromophenyl phenyl ether 101-55-3 Pendimethalin 40487-42-1

Acenaphthene 83-32-9 Pentachlorobenzene 608-93-5Acenaphthylene 208-96-8 Pentachloronitrobenzene 82-68-8Anthracene 120-12-7 Pentachlorophenol 87-86-5Benzo(g,h,i)perylene 191-24-2 Phenanthrene 85-01-8Dibenzofuran 132-64-9 Lead 7439-92-1Dioxins/Furans 1746-01-6 Pyrene 129-00-0Endosulfan, alpha& Endosulfan, beta

959-98-8 ; 33213-65-9 Trifluralin 1582-09-8

Fluorene 86-73-7 Cadmium 7440-43-9Heptachlor & Heptachlor epoxide 76-44-8 ; 1024-57-3 Polychlorinated Biphenyls

(PCBs)24 1336-36-3

Hexachlorobenzene 118-74-1 Mercury 7439-97-6

Hexachlorobutadiene 87-68-3 Hexachlorocyclohexane, gamma 58-89-9

Table 25 : Liste des 31 métabolites The National Waste Minimization Program focuses efforts on reducing 31 Priority Chemicals (PCs) found in our nation's products and wastes by finding ways to eliminate or substantially reduce their use in production. If these chemicals cannot easily be eliminated or reduced at the source, we focus on recovering or recycling them. Source [http://www.epa.gov/epaoswer/hazwaste/minimize/chemlist.htm]

24 Une enquête effectuée par WWF sur les riverains du Rhône en mai 2008 vient de montrer que certains d’entre eux présenter des niveaux de PCB 10 fois supérieure à la norme. Les PCBs sont un promoteur du cancer, réduise la fertilité et entraîne un développement neurologique anormal chez les enfants.



Traduir en francais, passer en annexe ?

Annexes

J. iGEM

1. Diplôme iGEM

2. Mettre les journaux iGEM

Une capture d’ecran de biobricks ?

Parts characterisation en tant que reponse a un signal

K. Curriculum vitae



Dernière annexe

Annexes« Jeune manager épicurien - spécialiste en bioinformatique dans le domaine des biotechnologies avec une double compétence en management au service de votre entreprise et de vos partenaires. »François Le Fèvre

14 boulevard Gambetta, 94130 Nogent-sur-Marne, France +33 (0)9 50 75 28 03 / +33 (0)6 65 60 49 28 / [email protected] 28 ans, marié, 1 enfant, (permis de conduire B, dégagé des obligations militaires).

Expérience professionnelleBioAnalyste - BioInformaticien au CEA (Evry, FR) 2007 Entreprise : Institut de Génomique, Commissariat à l'Energie Atomique, UMR 8030. Mission : développement d’une plateforme logicielle dédiée à la manipulation de modèles du métabolisme.Stagiaire à l'Institute for Computational Biomedicine (NYC, US) 05/08 2003Stagiaire à l'Institut de Génétique et de Microbiologie (Orsay, FR) 02/08 2002Stagiaire à l'Institut National de Recherche Agronomique (Jouy-en-Josas, FR) 06/08 2001Intérimaire à SojaSun (Noyal, FR) 06/08 2000Laborantin à l’Institut für Meereskunde/Forschungszentrum (Kiel/Borstel, DE) 07/08 1999

FormationMaster d'Administration des Entreprises (Institut Administration des Entreprises) 2006-2008Magistère de Biologie et de Biotechnologie (Uni. Paris XI, mention Bien, rang 1er) 2000-2003Master Informatique Appliquée à la Biologie (Uni. Versailles/Evry/Paris V, mention TB) 2000-2003

Compétences

Management Gestion de projets à dominante informatique et recherche Encadrement de stagiaires, thésards

Informatique Spécialiste en Java, Google Web Toolkit, Model Driven Approach (AndroMDA) Environnement : Eclipse, Maven, Subversion, Continuum, Linux/Windows

Biotechnologies In vitro : techniques de Biologie Moléculaire, Culture cellulaire, Immunomarquages … In silico : banques de données (NCBI, EMBL, SwissProt, Kegg…), spécialiste BioCyc

Entrepreneuriat E-learning "Innovation et Biotechnologies" (Collège de France 2007) Participation Salon Medec Bioentrepreneur (Paris 2003/2005) Initiation à la propriété industrielle (INPI 2003)

PublicationsA complete collection of single-gene deletion mutants of Acinetobacter baylyi ADP1. Mol Syst Biol.- 2008de Berardinis V, Vallenet D, Castelli V, Besnard M, Pinet A, Cruaud C, Samair S, Lechaplais C, Gyapay G, Richez C, Durot M, Kreimeyer A, Le Fèvre F, Schächter V, Pezo V, Döring V, Scarpelli C, Médigue C, Cohen GN, Marlière P, Salanoubat M, Weissenbach J.

Cyclone: java-based querying and computing with Pathway/Genome databases. Bioinformatics.-2007Le Fèvre F, Smidtas S, Schächter V.

LanguesAnglais : TOEIC, score 665/990 en 2002, réalisation d’un stage aux USA en 2003. Allemand : bien compris et parlé en raison de nombreux voyages en Allemagne.Allemand : bien compris et parlé en raison de nombreux voyages en Allemagne.

ActivitésSport : piscine, vélo et course à pied hebdomadaire en familleAssociation : membre actif d'une association dédiée aux personnes âgées (camera-contact.com)iGEM : participation au concours international de biologie synthétique du MIT, premier prix (parts.mit.edu)


http://parts.mit.edu/

http://camera-contact.com/


Annexes


Index

Index

EntrepriseBioSynTechs

Gevo............................................................................................................................44, 57Synthetics Genomics...........................................................................................32, 44, 123


Fiche appréciation du mémoire

FICHE DE D’APPRÉCIATION DU MÉMOIRE (RÉSERVÉ AU CORRECTEUR)

A REMETTRE AVANT LE :

NOM DU CORRECTEUR :

EVALUATION

GRILLE DE PREMIERE EVALUATION -- - = + ++RESPECT DES NORMES DE PRÉSENTATIONQUALITÉ DE LA REDACTION QUALITÉ DE LA DEMARCHEINTÉGRATION DES CONNAISSANCES DE PRÉCISION DU VOCABULAIRE ET OUTILS UTILISESRICHESSE DU VECU DANS L’ENTREPRISERICHESSE ET CRÉDIBILITÉ DE L’INFORMATION UTILISEEAPPORT PERSONNEL

AUTRES APPRECIATIONS :

DÉCISION DU CORRECTEUR :

RAPPORT ACCEPTE

RAPPORT A COMPLETER

SOUTENANCE ORALE DEMANDEE

RAPPORTREFUSE

MENTION : T.BIENMENTION : BIENMENTION : A.BIENMENTION : PASSABLE

DATE ET SIGNATURE DU CORRECTEUR :

SUIVI DU RAPPORT D’ACTIVITE (EN CAS DE SOUTENANCE OU DE RAPPORT REFUSÉ)

RESERVE AU SERVICE ADMINISTRATIF

Documents

Institut d’Administration des Entreprises de Parisfrapaupas.free.fr/synthia/synthia71.doc · Web viewIssue: The world’s largest seed and agrochemical corporations are stockpiling