How much biodiversity data?

• Worldwide, up to 5,000,000,000 primary records exist in museums and research organisations.– 2-3 billion specimens in collections (mostly non

digital)– 1-2 billion digital observation records from

biological surveys

Missä on Suomen biodiversiteettidata?Yli 50 miljoonaa tietoa, joista jo 10 miljoonaa GBIF:n kautta saatavilla.

Aineisto-tyyppi Aineistot Tiedot ja data Saatavuus

Luonto-seurannat ja -havainnot

60 seurantahanketta,10 suurta havainto-tietokantaa (Rengastus, Tiira, KASTIKKA, HATIKKA,ym.);

30 miljoonaa tietuetta; 2/3 keskusmuseossa

90% digitaalisia, osin yleisesti saatavana, mutta ei vakio-muodossa avoimien käytänteiden kautta

Kokoelmat 20 museota; tuhannet yksityiset

20 miljoonaa näytettä julkisissa kokoelmissa;2/3 keskusmuseossa

10% digitaalisia, eikä nekään netissä saatavana

Luonnon-varojen seuranta

Metsien kuviotiedot, VMI, riistakolmiot, ym. Kymmeniä miljoonia

Noin 90% digitaalisia, ainoastaan virastojen omassa käytössä

Tutkijoiden aineistot Kymmeniä tuhansia Miljoonia

Suurelta osin digitaalisia, tutkijoiden pöytälaatikoissa

Suomen luonnon monimuotoisuuden suojelun ja kestävän käytön strategia

ja toimintaohjelma 2006-2016(Valtioneuvoston päätös 21.12.2006)

• Verkostoyhteistyönä tulee kerätä yhteiset ja kaikille avoimet tietokannat seurannoista, niiden suorittajista, aineistoista ja raporteista.

• Tavoitteena on luoda luonnon monimuotoisuuden valtakunnallisen tilan ja kehityssunnan seurantajärjestelmä vuoteen 2010 mennessä.

• Luonnon monimuotoisuutta koskevat tiedot tulee järjestää siten, että ne on helposti saatavilla riippumatta siitä missä ja kenen toimesta ne on kerätty.

• Luonnontieteellisen keskusmuseon (LTKM) toimintaedellytyksiä kansallisena biologisen tiedon kokoajana ja välittäjänä parannetaan.

• LTKM:n hallussa oleva taksonominen aineisto ja alueellisten museoiden tärkeimmät kokoelma-ainestot muunnetaan digitaalisen muotoon.

• Sovitaan taksonomisten luetteloiden päivittämisestä ja digitaalisesta vaihdosta.• Järjestetään luonnon monimuotoisuutta koskevan tiedon hallinta verkostoperiaatteella.• LUMONET-palvelusta kehitetään eri tahojen tuottamaa luontotietoa kokoava ja välittävä

portaali.• Tavoitteeksi asetetaan, että kaikki aihetta koskeva yhteiskunnan tukema tai kustantama

tieto on vapaasti ja mahdollisimman pienin kustannuksin saatavilla.

United Nations Convention on Biological Diversity

CBD Decision VIII/11: Scientific and technical

cooperation and the CHM “Invites Parties and other Governments to provide

free and open access to all past, present and future public-good research results, assessments, maps and databases on biodiversity, in accordance with national and international legislation …”

Open Access: International mandate

Yhteiskäyttö: Miksi?

• Aikamme keskeiset ongelmat kuten lajikato ja ilmastonmuutos ovat niin suuria ja maailmanlaajuisia, että yksittäiset tutkijat, tutkimusryhmät tai laitokset eivät enää voi kerätä yksinään niitä koskevia käyttökelpoisia aineistoja.

• Tietojen yhdistely sadoista tietokannoista on mahdollista vain avoimen yhteiskäytön periaatteella.

Global Biodiversity Information Facility ja

GBIF-tiedonjako Suomessa

Digitointiseminaari 17-18.11.2011, Joensuu

Mikä on GBIF

• Kansainvälinen, hallitusten väliseen sopimukseen perustuva järjestö luonnon monimuotoisuutta koskevan tieteellisen tiedon yhteiskäytön edistämiseksi, perustettu 2001.

• Suuri tutkimusinfrastruktuuri, joka mobilisoi “primääriaineistoja” yhteiskäyttöön

• Jäsenmaita 57, jäsenjärjestöjä 47• Sihteeristö Kööpenhaminassa, jäsenillä kansalliset solmut ja

joukko tietolähteitä• Muita Encyclopedia of Life, Catalogue of Life, International

Barcode of Life, Biodiversity heritage Library, … Toimivat löyhänä konsortiona

GBIF-tiedon käyttö

• Vuonna 2011 on ilmestynyt jo noin 300 tieteellistä artikkelia, jotka käyttävät dataa GBIF-verkostosta

• Ecological Niche Modelling –tekniikkaa on käytetty noin 80% artikkeleista

Integrated Large-Scale Data Is Being Used in Ecological Science

Integrated Large-Scale Data Is Being Used in Ecological Science

• Ecological niche modeling of species distributionsWhere do species occur now?

Image from http://www.lifemapper.org

Where will they occur in the future?http://www.globalamphibians.org/

Pistemäisestä luontohavainnoista ympäristöä koskevaan päätöksentekoon

EnvironmentalCharacteristicsfrom gridded

GIS layers

Known Species Locations

Temperature layer

Many other layers

EnvironmentalChange

Prediction

Future ScenariosOf Environmental

Characteristics

InvasionArea

Prediction

EnvironmentalCharacteristicsOf Different

Geographic Area

NativeDistributionPrediction

EnvironmentalCharacteristics

Of Surrounding Geographic Area

DevelopModel

MultidimensionalEcological Space

D1 = Temperature

D2 Dn

SS

GBIF

Vanessa ata lanta:Actual observations (shown as red dots) for period 1900-1930 are

used to develop ecological niche model (shown in yellow)

Vanessa atalanta:Actual observations (shown as red dots) for period 1900-1930 are

used to develop ecological niche model (shown in yellow)

The niche model is run against climate/environmental conditions known for the period 1960-1990 and this results in a "predicted" extended range for the species (shown in

yellow). The actual observations available for the same period (shown as red dots) overlay well with the new predicted range.

The niche model is run against climate/environmental conditions known for the period 1960-1990 and this results in a "predicted" extended range for the species (shown in

yellow). The actual observations available for the same period (shown as red dots) overlay well with the new predicted range.

HäiveperhonenApatura iris

Ennen 2001 Jälkeen 2001

GBIF Data Portal

• Data.gbif.org: 312 miljoonaa tietuetta 8548 aineistosta tai kokoelmasta 342 palvelimella 50 maassa

GBIF Suomessa

• Tutkimusinfrastruktuurien tiekartalla mainittu• Suomen jäsenmaksu 62 700 €/v• Tällä hetkellä ei kansallista rahoitusta

– 2007-2010 yhteensä 500 000 €• Uudelleen organisointi tarpeen

Definition of a Participant Biodiversity Information Facility (BIF or Node)

• A mechanism by which a Participant coordinates and supports its GBIF networked data-sharing activities.

• The Participant BIF has the overall objective of promoting, coordinating and facilitating the mobilisation and use of biodiversity data among all the relevant stakeholders within the Participant’s domain, primarily to help address the Participant’s biodiversity information needs and priorities.

• The Participant BIF should be the main mechanism by which the GBIF Participant coordinates with, contributes to and benefits from the central services, infrastructure, and capacity provided by GBIF as a globally decentralised initiative.

• A Participant BIF includes both physical infrastructure and human resources. Typically a Participant BIF encourages and supports the activities of the Participant’s data holders/publishers to both contribute and use GBIF-served data, provides information technology (IT) infrastructure and expertise for GBIF-related activities, and functions as an information gateway among Participants, other stakeholders, and the GBIF Secretariat.

Functions of National BIF or NodeBuild capacity

Help identify data and information gaps Engage data holders

Promote best practices in data management

Identify user communities – assess end user needs

Help address data & information needs

Implement informatics infrastructure

Coordinate data sharing activities

Helpdesk

Help develop information products and services

Help formulate and adopt data sharing and management policies

Participa

nt

NODE/BIFPromote online publication

of scientific data

Coordinate and promote digitisation

Suomen GBIF-tietolähteet

• GBIF-tietolähde kaikissa museoissa• Lähes 10 miljoonaa tietuetta• Suomesta on jaettu 49 tietoainestoa• Suomea koskee 354 tietoaineistoa ja

noin 100 000 näytetietoa tulee ulkomailta

Tiedonvaihtostandardit

• Darwin Core ja ABCD -tiedonvaihtomuodot• Protokollat (XML-pohjainen kyselykieli ja

sanoman lähetys)– DiGIR (Turku, Jyväskylä)– TAPIR (Birdlife, Helsinki, Oulu)– BioCASe (Helsinki)– Darwin Core Archive (Joensuu)

Tietoaineistojen mobilisoinnin tavoitteet

• Suunnitelmallisuutta, tavoitteellisuutta, kattavuutta– Uutta lintudataa jo ehkä riittävästi…– Putkilokasvit, sienet, jäkälät, kovakuoriaiset, …

• Suomen digitoinnin prioriteetit on määritelty kansallisessa digitointistrategiassa:– Tyyppinäytteet– Uhanalaisten lajien tiedot– Ulkopuolisten hankkeiden tarvitsemat käytetyimmät

näytteet, lainat, kladikirjat, kokoelmien metatiedot

GBIF strategy and action plan for mobilisation and digitisation

i. GBIF must facilitate access to information about non-digitized collection resources by publicizing the research potential of collections through metadata and assessing the number of non-digitized specimens;

ii. GBIF must work with collections to continue to increase the efficiency of specimen data capture and to enhance data quality by means of technical measures, by means of ensuring attribution and professional credit and influencing institutional priorities, and by engaging with funding agencies;

iii. GBIF must continue to improve and promote the global infrastructure used to mobilize digitized collection data through technical measures, outreach activities and political measures.

Yhteenveto ja johtopäätökset

• GBIF on jatkossa päosin kansallisia tarpeita varten.

• Suomen GBIF-verkosto organisoitava uudestaan.• Nykyisin 90% datasta tulee tieteellisiltä seuroilta.

Museoiden tehostetava tiedonjakoa ja virastot ja laitokset mukaan.

• GBIF on perustavaa laatua oleva rakennuspalikka muissa tutkimusinfrastruktuureissa.