Upload
bryony
View
86
Download
0
Tags:
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Homologi Urutan Nukleotida DNA Mitokondria pada Fragmen D-Loop dari Lapisan Endoderm. Adritia Suci Wijayanti 10506103. Pembimbing : Achmad Saifuddin Noer , Ph.D. 1/20. Agenda Presentasi. More Free PowerPoint Templates at SmileTemplates.com. 26/05/10Seminar Tugas Akhir. 2/20. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Homologi Urutan Nukleotida DNA Mitokondria pada Fragmen D-Loop dari Lapisan Endoderm
Homologi Urutan Nukleotida DNA Mitokondria pada Fragmen D-Loop dari Lapisan Endoderm
Adritia Suci Wijayanti10506103
Adritia Suci Wijayanti10506103
Pembimbing: Achmad Saifuddin Noer, Ph.DPembimbing: Achmad Saifuddin Noer, Ph.D
1/201/20
Agenda Presentasi
More Free PowerPoint Templates at SmileTemplates.com26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Pendahuluan
Metode
Hasil
Pembahasan
Kesimpulan
2/20
Pendahuluan
• Pengungkapan kasus kriminal forensik DNA
• Belum dilaporkan ada tidaknya perbedaan urutan nukleotida mtDNA pada berbagai jaringan.
3/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Tujuan
Menganalisis homologi urutan
nukleotida DNA mitokondria pada
fragmen D-Loop dari lapisan
endoderm pada 2 jaringan, yaitu
usus halus dan pankreas yang
berasal dari satu individu.4/204/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Embriogenesis
5/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
DNA Mitokondria
6/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Heteroplasmi
• Heteroplasmi disebabkan laju mutasi tinggi.
• Pada daerah pengode dan daerah yang tidak mengode.
• Heteroplasmi berupa variasi panjang:HVSI T16189C poli-C [Bendall et al.,1995] HVSII pada posisi 66 dan 246 poli-G [Cavalier et al., 2000].
• Dapat menguntungkan dan merugikan dibidang forensik. 7/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Metode
Sampel
Templat DNA
Fragmen hasil PCR
Elektroforegram
Perbandingan urutan nukleotida
8/20
PCR
Sequencing
Elektroforesis
Lisis
Analisis in silico
26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Kondisi PCR
94°C 94°C 72°C 72°C
5:00 1:00 1:00 4:00 50°C 4°C
1:00 !!
denaturasi
annealing
elongasi
Primer Urutan (5’ 3’) Posisi Ukuran
M-1 CACCATTAGCACCCAAACT L 15978 – 15997 20 nt
HV2R CTGTTAAAAGTGCATACCGCC H 429 - 409 21 nt
9/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Sequencing
• Terminasi DNA polimerase melalui penambahan ddNTP yang kehilangan gugus hidroksi pada karbon 3’ dari gula ribosa.
• DNA polimerase tidak dapat membentuk ikatan fosfodiester antara dNTP sebelumnya dengan ddNTP. [Sanger et al., 1977].
26/05/10 Seminar Tugas Akhir 10/20
Tahap Sequencing
• Denaturasi templat DNA• Penempelan primer (annealing) • Polimerisasi• Terminasi oleh ddNTP yang telah
diberi senyawa fluororesent • Elektroforesis
11/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
26/05/10 Seminar Tugas Akhir 12/20
1419 pb ± 0,9 kb
517 pb
397 pb 214 pb
marker + Usus
halus
pankreas-
Hasil elektroforesis
13/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Elektroforegram
14/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Analisis hasil sequencing
15/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Perbandingan antar jaringan
• Tidak ada perbedaan urutan nukleotida antara usus halus dengan pankreas.
16/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Perbandingan Sampel dengan rCRS
No Usus Halus Pankreas
1 T16519C T16519C
2 C16189T C16189T
3 A16183C A16183C
4 T16172C T16172C
5 C16168T C16168T
6 C16111T C16111T
7 T310TC T310TC
8 A263G A263G
9 C253T C253T
10 T152C T152C
11 C132T C132T
12 A73G A73G
17/2017/20
26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Pembahasan
• Sampel usus halus dan pankreas individu A: tidak ada perbedaan urutan nukleotida.
• Individu A: tidak ada perbedaan urutan nukleotida antar jaringan pada lapisan mesoderm [Unwakoly,2010].
• Individu B: perbedaan urutan nukleotida pada lapisan mesoderm dan endoderm [Yuniarti, 2009] dan pada lapisan ektoderm [Masykura, 2009].
• Tidak ada mutasi saat pembentukan lapisan embrionik pada individu tertentu.
18/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Pembahasan
• rCRS 9 C dan 1 T pada posisi 16184-16193
• Perubahan urutan nukleotida T16189C poli-C 10 basa [Faika, 2006]
• Perubahan urutan nukleotida A16183C, T16189C, dan A16194C poli-C 12 basa.
• Adanya sub populasi (heteroplasmi) menyebabkan tidak terbacanya urutan nukleotida setelah poli-C.
19/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir
Kesimpulan
• Diperoleh homologi 100% urutan nukleotida antara sampel usus halus dan pankreas pada individu A.
• Terdapat 12 perbedaan urutan nukleotida antara sampel dengan rCRS.
• Kedua sampel termasuk heteroplasmi
20/20 26/05/10 Seminar Tugas Akhir