High‐Resolution Genetic Map for Understanding the Effect of Genome‐Wide Recombination 

Rate on Nucleotide Diversity in Watermelon 

 

Umesh K. Reddy 1, 5*, Padma Nimmakayala1*, Amnon Levi2, Venkata Lakshmi Abburi1, Thangasamy Saminathan1, Yan. R. 

Tomason1, Gopinath Vajja1, Rishi Reddy1, Lavanya Abburi1, Todd C. Wehner3, Yefim Ronin4 and Abraham Karol4  

 

1 Gus R. Douglass Institute, Department of Biology, West Virginia State University, WV 25112‐1000, USA  

2U.S. Vegetable Laboratory, USDA‐ARS, 2875 Savannah Highway, Charleston, SC 29414, USA 

3Department of Horticultural Science, North Carolina State University, Raleigh, NC 27695‐7609, USA 

4Institute of Evolution, Haifa University, Haifa 31905, Israel 

5Author for correspondence: e‐mail: ureddy@wvstateu.edu; Telephone: (304) 766 3066; Fax: 304‐766‐4199 

 

*Authors contributed equally 

 

DOI: 10.1534/g3.114.012815 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2 SI  U. K. Reddy et al.  

A. 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  U. K. Reddy et al.  3 SI  

B. 

 

 

Figure S1   A and B: Chromosome‐wise neighbor‐joining trees for sweet, semi‐wild and wild watermelon (Green: sweet, pink: 

semi‐wild, blue: wild) 

 

 

 

 

 

 

 

 

4 SI  U. K. Reddy et al.  

 

 

 

Figure S2   K distribution for various clusters estimated by use of Structure Harvester. Highest K value indicate the optimum 

cluster (K) for the current watermelon population. 

  U. K. Reddy et al.  5 SI  

 

6 SI  U. K. Reddy et al.  

 

  U. K. Reddy et al.  7 SI  

 

8 SI  U. K. Reddy et al.  

 

  U. K. Reddy et al.  9 SI  

 

10 SI  U. K. Reddy et al.  

 

  U. K. Reddy et al.  11 SI  

 

12 SI  U. K. Reddy et al.  

 

  U. K. Reddy et al.  13 SI  

 

14 SI  U. K. Reddy et al.  

 

  U. K. Reddy et al.  15 SI  

 

Figure S3   1 to 11: High‐resolution genetic maps of various chromosomes consisting of add‐on markers. 

16 SI  U. K. Reddy et al.  

Tables S1‐S13 

Available for download as Excel files at http://www.g3journal.org/lookup/suppl/doi:10.1534/g3.114.012815/‐/DC1 

 

Table S1   Details of various accessions used in the study. 

Table S2   Eigen values of first 2 vectors for various accessions used for principal component analysis. 

Table S3   Add‐on markers mapped to chromosome 1. 

Table S4   Add‐on markers mapped to chromosome 2. 

Table S5   Add‐on markers mapped to chromosome 3. 

Table S6   Add‐on markers mapped to chromosome 4. 

Table S7   Add‐on markers mapped to chromosome 5. 

Table S8   Add‐on markers mapped to chromosome 6. 

Table S9   Add‐on markers mapped to chromosome 7. 

Table S10   Add‐on markers mapped to chromosome 8. 

Table S11   Add‐on markers mapped to chromosome 9. 

Table S12   Add‐on markers mapped to chromosome 10. 

Table S13   Add‐on markers mapped to chromosome 11.