Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole

Dr Vanna Geromel

[email protected] scientifique et conseiller en génétique

Service de génétique moléculaire

Eurofins-Biomnis: génétique moléculaire

GFCO Mercredi 11 octobre 2017 1

Point de depart : AGROALIMENTAIRE , ENVIRONNEMENT et PHARMA �acquisitions Europe et Monde

Groupe Eurofins

DIAGNOSTIC CLINIQUE

Laboratoires Eurofins – Diagnostic clinique

Clinical Genetics India

Clinical Genetics Japan

GATC Laboratory

Laboratoires Eurofins EU – Laboratoire de Génétique clinique somatique



- Génétique constitutionnelle (maladies orphelines et exome)

-Génétique somatique

- Prédisposition aux cancers

GATC Laboratory

Laboratoires Eurofins Europe – Laboratoires de Génétique clinique somatique



-Génétique constitutionnelle

- Génétique somatique

-Génétique constitutionnelle

-Génétique somatique(panel somatique 15 / 23 / 50 gènes sur tissue et biopsie liquide)

- Prédisposition aux cancers (avec consultation oncogénétique) Plateformes Illumina et

Thermo Fisher

Plateforme Illumina

GATC Laboratory

Offre NGS Eurofins

1. Cardiologie

2. Infectiologie

3. DPNI (aneuploïdie 13/18/21, sexe, microdélétions)

4. Carrier-testing

5. Maladies orphelines

6. Oncologie

7. Pharmacogénétique

8. Prédisposition aux cancers

9. AMP – Infertilité – diagnostic préimplantatoire

10.Exome (pathologie constitutionnelle)

11.Empreintes génétiques

12.……..

Il était une fois ……..

GFCO Mercredi 11 octobre 20177

� Crée en 1897 le laboratoire Marcel Merieux à Lyon spécialisé dans la microbiologie,

� 2008 fusion du laboratoire MM avec le laboratoire LCL (Paris) et naissance du laboratoire Biomnis,

� 2015 intégration du groupe Eurofins

Eurofins-Biomnis

� 737 collaborateurs en France entre les sites de Lyon et Paris: Biologistes, scientifiques, ingénieurs, techniciens de laboratoire, agents marketing, ….

� Plus de 32000 analyses par jour : de la chimie analytique (1er rang en Europe pour le dosage des immunosuppresseurs en LCMSMS), sérologie, biochimie, biologie moléculaire infectieuse , génétique constitutionnelle et oncologie moléculaire, pharmacogénomique, …..

� 5000 correspondants en France et des correspondants dans plus de 40 pays dans le monde

� Un chiffre d’affaire de plus 180Meuros



Cytogénétique constitutionelle

Eurofins-Biomnis

BM Infectieuse

RIA

Biochime

Chimie analytique

Génétique oncologie (tumeurs solides)

Immunologie

oncohématologie

hématologie

Serologie

Génétique constitutionelle

Anapathologie

Recherche clinique

Secteur de génétique moléculaire


� Secteur de Génétique constitutionnelle post natal etanténatal

� Génétique « de routine » (secteur totalement automatisé)

Mutation facteur 5, Mutation facteur 2, MTHFR,Hémochromatose (C282Y, H63D, S65C), Typage HLA classe I(A et B) et classe II (DQB1* et DRB1*), Typage B27

� Génétique « spécialisée » post natal et anténatalMucoviscidose, X fragile, Prader Willi/Angelman, Microdélétionchromosome Y, Intolérance au lactose, Déficit en alpha-1antitrypsine, Génotypage Rhésus-D ADN fœtal circulant, DUP,…..Exome, DPNI, Fièvre méditerranéenne familiale,

� Pharmacogénétiquegènotypage DPYD, UGT1A1, B*5701

� Extraction d’ARN et d’ADN à partir des diversesmatrices

� PCR en point final (simplex, multiplex), PCR-RFLP

� PCR temps réel (discrimination allélique, QPCR,Taqman, SYBER Green, …)

� Séquençage de Sanger

� Séquençage Nouvelle Génération (NGS)

� SNP Array (Illumina)

� Analyse d’ARN (technologie nanostring, qPCR,RNASeq)

Techniques utilisées

Secteur d’onco-génétique

� Secteur d’Oncologie moléculaire

� somatique : tumeur solide (tissu)KRAS, NRAS, BRAF, EGFR, GIST, PDGFRA,panel de 56G avec gènes, prosigna (signaturemoléculaire), septine 9

Rq: biopsie liquide en cours dedéveloppement

� somatique : hémopathie maligneBCR-ABL qualitatif et quantitatif, JAK2 (V617F),….

en développement panel de 23 gènes


� Extraction d’ARN et d’ADN à partir des diversesmatrices

� PCR temps réel (discrimination allélique, qPCR, )

� Séquençage de Sanger

� Séquençage Nouvelle Génération (NGS)

� Analyse d’ARN avec la technologie nanostring

Techniques utilisées

Perspective du séquençage haut débit en France

France Médecine Génomique 2025

� en 2016 le ministere chargé de la santé lance l’appel à projets national amorçant le financement des 2 premières plateformes génomiques à visée diagnostique et de suivi thérapeutique, sur les 12 attendues dans les 5 ans

� en juillet 2017 lancement des deux premières plateformes françaises de séquençage génomique à très haut débit. A l’issue d’une sélection par un jury international, ont été retenus le projet SEQOiA et AURAGEN.


Projet AURAGENAUvergne Rhône-Alpes GENomique

1. Porteurs du Projet : Jean-Yves BLAY

2. Consortium composé :● GCS (Groupement de Centre de Santé) :

� 4 CHUs (Lyon, Grenoble, Saint-Etienne et Clermont)� 2 Centres de Lutte contre le cancer (Léon Bérard, jean Perrin)� Institut Cancérologie de la Loire

● Fondation Synergie Lyon Cancer● Universités et Ecole

� Université Claude Bernard Lyon 1� Université de Grenoble� Université de Saint Etienne� Université de Clermont-Ferrand� Ecole des Mines de Saint Etienne

● Partenaire Industriel : Eurofins Biomnis


Objectif : Proposer une offre de séquençage à très haut débit aux acteurs impliqués en cancérologie et dans la prise en charge des pathologies rares au niveau national


HCL : Hospices Civils de Lyon

CLB : Centre Léon Bérard

CRefIX : Centre de référence , d’Innovation , d’Expertise et de transfert

CHUGA : CHU de Grenoble

CAD : Collecteur Analyseur de Données

Organisation globale du projet

Projet AURAGEN

Schéma opérationnel

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Prélèvement TransportRéception/

QualificationSéquençage

Contrôle qualité

Transfert des données brutes

Axe 1 : Orchestration logistique pré-analytique

Axe 2 : Analytique

Axe 3 : Bioinformatique

Implication de Eurofins-Biomnis dans AURAGEN

Consultation AnalysesInterprétationsCommunication au

prescripteur

1

2 3 4 5 6 7

8910


Projet AURAGEN

Le Post Analytique:

Etapes principales depuis la séquence jusqu’à la décision diagnostique ou thérapeutique

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Curation et Interprétation :phases les plus critiques• Curation :

Réalisée par un biologiste génomiciende la plateforme ou d’une fédération nationale d’interpréteurs

• Interprétation :Réalisée par le prescripteur dans le

cadre d’une RCP, prenant en compte les données génomiques et le contexte clinique du patient


Projet AURAGEN

Objectifs opérationnels de la plateforme NGS (Pré-Analytique et Analytique):● Rendre des résultats à 4 mois en phase de production

� avec possibilité d’un circuit prioritaire pour un rendu en 15 jours

● A terme 18 000 équivalent génomes par an

● 1eres séquences délivrées fin 2018● 1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x

� Essentiellement des Exomes (75%)� 10 % RNA Seq� 15 % de Whole Genome constitutionnels et somatiques

● Validation des protocoles en lien avec le CrefIX, pour une production annuelle en année 4 de 9000 équivalent génomes

● Doubler la capacité en année 5 (2022) du projet

17GFCO Mercredi 11 octobre 2017

Projet AURAGEN

� Autres objectifs● Formation :

� Définir de nouveaux métiers : managers clinico-biologique, le bioanalyste clinique ou le médecin génomicien� Formation continue des personnels de plateformes� Participation à la réflexion nationale en cours sur la création d’un Formation Spécialisée Transversale pour les

médecins� Formation des médecins en exercice dans le cadre du développement professionnel continu� Création d’un DIU de génomique fonctionnelle et intégrative� Création d’un master en génomique médicale fonctionnelle et intégrative� Cycles de conférences internationales� Formation et sensibilisation des familles puis du grand public

● Réglementaire� Développement d’un système de management de la qualité pour répondre à une certification COFRAC� Répondre aux exigences des normes ISO62304 et ISO13485 pour les logiciels de dispositifs médicaux� Atteindre la certification ISO15189 pour les processus d’analyse de séquences

● Ethique� Implication du Conseil régional d’éthique� Participation à un groupe de réflexion et de travail pluridisciplinaire national, pouvant être sollicité par des

praticiens des associations de patients et des familles individuelles


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Se réunir est un début, rester ensemble est un prog rès, travailler ensemble est la réussite.

Henry Ford,

PublicPrivé



Documents

Eurofins-Biomnis: génétique moléculaireE9e%20NGS%2011%20...1ere année : Délivrer l’équivalent de 10 000 exomes 100x Essentiellement des Exomes (75%) 10 % RNA Seq 15 % de Whole