1
20 40 60 20 40 60 80 20 30 40 50 60 70 0 25 50 75 100 All Pos1 Pos2 Pos3 Candida boidinii Hanseniaspora valbyensis Wickerhamomyces ciferrii Pachysolen tannophilus Spathaspora arborariae Tetrapisispora blattae Hanseniaspora uvarum Ascoidea rubescens Candida sojae Candida tropicalis Naumovozyma dairenensis Vanderwaltozyma polyspora Wickerhamomyces anomalus Tetrapisispora phaffii Candida albicans Candida dubliniensis Hyphopichia burtonii Candida arabinofermentans Candida maltosa Kazachstania africana Nakaseomyces bacillisporus Naumovozyma castellii Debaryomyces hansenii Candida orthopsilosis Spathaspora passalidarum Saccharomyces mikatae Pichia kudriavzevii Zygosaccharomyces rouxii Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe Candida parapsilosis Kluyveromyces aestuarii Saccharomyces paradoxus Saccharomyces arboricola Hanseniaspora vineae Kluyveromyces lactis Candida bracarensis Candida glabrata Candida nivariensis Lodderomyces elongisporus Saccharomyces eubayanus Saccharomyces kudriavzevii Eremothecium cymbalariae Saccharomyces uvarum Saprochaete clavata Kluyveromyces marxianus Kluyveromyces wickerhamii Nadsonia fulvescens Nakaseomyces delphensis Candida castellii Komagataella pastoris Brettanomyces bruxellensis Lachancea kluyveri Brettanomyces anomalus Kluyveromyces dobzhanskii Eremothecium coryli Torulaspora delbrueckii Candida tenuis Zygosaccharomyces bailii Pichia membranifaciens Scheffersomyces stipitis Suhomyces tanzawaensis Sclerotinia sclerotiorum Meyerozyma caribbica Meyerozyma guilliermondii Botrytis cinerea Cyberlindnera fabianii Clavispora lusitaniae Lachancea waltii Cyberlindnera jadinii Lachancea lanzarotensis Tortispora caseinolytica Candida auris Kazachstania naganishii Lachancea thermotolerans Kuraishia capsulata Metschnikowia fructicola Ogataea parapolymorpha Arthrobotrys oligospora 'Geotrichum candidum' 3C Ogataea polymorpha Metschnikowia bicuspidata Lipomyces starkeyi Candida apicola Blastobotrys adeninivorans Starmerella bombicola Geotrichum candidum CLIB 918 'Ashb ya' aceri Babjeviella inositovora Eremothecium gossypii Xylona heveae Aspergillus nidulans Fusarium graminearum Yarrowia lipolytica Stagonospora nodorum Neurospora crassa Species GC content (%) Figure S1

6.Boxplots of GC content for CDS, 3Ps - G3: Genes, Genomes ... · 9/26/2016  · • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • •

  • Upload
    others

  • View
    2

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: 6.Boxplots of GC content for CDS, 3Ps - G3: Genes, Genomes ... · 9/26/2016  · • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • •

••

•••••••

•••

••

•••

•••••

••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

•••

•••

•••

•••

••

••••

••

••••••

••

•••

••

•••

••••

••

••

••••

•••

•••

••

••

•••••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

••

•••

••••••

•• •

•••

••••

••

••

•••

••

••

••

••

••

•••

••

••

•••

••

•••

••

••

••••

••

•••

••

••

•••

••

••

•••

•••

••••

••••••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

•••

••

••••

•••

••

••••••

•••••••

•••

•••

••

• ••••

••••

•••••••

•••••

•••••

••

••••

•••

•••

•••

••••

•••••••

•••

••

••

••

•••••

••

••

••

••

•••

••

••

••••

••••

•••••

••

••

••

•••

••••••

••• •

••

•••••

•••••

••••

••

•••••••••••

••

••••

••

••••••••

•••

•••••

••••

•••••

••••••

•••••

•••

•••

•••

••

••

••

•••••

•••

•••••

•••

••

••••

•••

•••

•••

•••••

•••

••

••

••

••

••

••••

•••

••••••

••

•••••••

•••

••

•••

••

••

••••

•••

••

••••••

••

••

••

•••

••

••

•••••

••

••

•••

•••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••••

••

••

•••••

••••

•••

••

•••••

••

••

•••

•••

••

••

•••

••

••

••

••

•••

•••

••••

•••

••••••

•••••

••

••

••

••

••••

•••

••

••

••••••••

•••••

•••

••••

••

••

••••

•••

•• •

•••••

•••

••

••

••

•••••

••

••

••

•••••

••

••

•••

•••

••

••

••••

•••••

••

•••

••

••••

•••

••

••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••••••••••••

••

•••

••

••

••••

•••

••

••

••

•••

••

••

••••

••••

••

••

••

••

••

••

••

•••••

••

••

••••

••

•••

••••

••

••

••

••••

••

••

••

••

•••

••

••••

•••

••

•••••

••••

••

••

••

•••

••

••

•••

••

••

••••

•••

•••

••••

•••

••••••

••••

••

•••••

••

•••

••

••••

••

••

••••••

••••

•••

•••

•••

•••

•••

••••

••••

•••

••

••

••

•••

•••

••••

•••

•• •

••

••

•••

••

••

••••

•••••••••••••••••

••

••••

••

•••

••

•••••

•••

••

•••••

••

••

••

•••

•••

••••••

•••

••

•••••••

•••••••

•••••••••••

•••••

••

••

••••

••

••••

•••

•••

••••••

••

••

••

••

••••••••

••

•••

••

••

••••••

••••

•••

••

•••••

••

•••••

••

••

•••••

••••••

••••••••

•••••

••••••••

•••

••••••

••••

•••

••

••

•••

••

•••

•••

••

•••••

••••

•••

•••••••

••

•••

••••

•••

••

•••

••

•••

••

••

•••

•••

••

• •

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

•••

• •

••

•••

••

••••

••••

••

••

••

•••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

•••

••

•••

••••

••

••

••

•••

••

•••

••

•••

••

••

••

•••

••

•••

••

••

••

••••

••

•••

••

••

••

••

••••

•••

•••

••

••

••

••

••

••

••••

•••

••

••

•••

••••

••

••

••

••••

••

••••

••

•••••••

••

••

•••

••

••

••

••

••••

••••

••

••

••••

••

•••

••

••

••

••

••

••

•••••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

••

•••

•••

••

•••

•••

••

••

••

••

••

••

••

•••

••••

••

•••

••

••

••

•••••

••

••

••

••

•••••

••

••••• •

••

••

••••••

••••

••

••

••

••••

••

••

••

••

••

••

•••••

••

••

••••••

••

••

••

••••

••

••

•••

•••

•••

••

••

••

•••

••••

••

•••

••

••

••

• ••

••

•••

••••

••

•••

••

•••

••

••

•••

••

•••

••••

••

•••••

••••

••

••••

••

••••••••

•••

•••

••

•••••

••

••

•••

••

•••

••

••

•••

••

••

••••

••••

••

••

••

•••••

••

•••

••••••

•••

••

•••

•••

••

••

••

••

••

••••

•••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

•••

••

••

••

••

••••

••

••

••

••••••••

••

••

••

••

••

••••••

••

••

••

••

••

••

••

••

•••••

••

••• ••

••

••

•••

••

•••••

••

• •

••••

•••

••

••

••••

••

••

••

••

••••

•••

•••

•••

••••••

••

••••

••

••

••

••••

•••

••••

•••

••••••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

••••

••

••

•••

•••

••

•••

•••

••••••

••

•••

•••

••

•••

••

••

••

••••

••••

•••

••

••

•••

••

••

••

•••

•••

••

•••••

•••

••

••

••

•••

••

••

••

•••

•••

••••

••••

•••

•••

••

••

••••••••

•••

••

•••

••

••

••

••

••

••

•••

•••••

••

••

••

••

• ••

••••

••

•••

•••

••

••

•••

••

••

••••

••

•••

• •

••

•••

•••

•••

••

•••

••

••

••

•••

••

•••

••

••

••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

••

••••

••

••

••

••

••

••

•••••

••

••••••

•••

••

•••

•••

••

••

••

•••

••

•••

••

••••••

••

•••

••

••

••

••••

••

••

••

••

••

••

••

•••

••••

••

••

••

••

••

••

••

•••••

••

••

••

••

• •

••

•••

••

•••

•• •

••

••

•••

••

•••

•••

••

• •

••

••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••••

•••

•••

••

•••

••

••

••••

••

••

••••

••••

••

••••

••

••

•••

••

•••

•••

••

•••

••

••

••••••

••

••

••

•••

•••••

•••••

•••

••

••

••

••

••••

••

••

•••

••

••

•••

•••

••

••

••

••

••

•••

•••

••

••

•••

••

•••

•••

••

••

•••

••

••

•••

•••

•••••

••

••••••

••

•••••

••

••••••

••••

••

••

•••

••

••••

••

••

••

••••

•••

••

••

•••

••

••

•••

••••

••••••

••

••••

••

•••

••

••

•••

•••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••••

••

•••••

•••

••

••

•••

••

•••

•••

••

••

•••••••

••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

••

•••

••

•••

• •••

••

••

••

•••

••••

••

••

••

•••

••

••

•••

••

••••

••••

••

•••

••

••

••

•••

••• •

••

••

••

••

•••

••

••

•••

•••

••

••

••

•••

••••

••

• •

••••

••

••

••

••

••

•••• ••

••

••

••

••

••

••••

••

••

••

••

••

•••

••

•••

•••

•••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••••

••••

••

••

•••••

••

••

•••••

•••

••

•••••

••

••

••

••

••

•••

•••

••

••

••••

•••

•••••

••••••••••

•••

••

•••

••

••••

•••

••

••

•••

••

••

••

•••••

••

••

••

••

••

••

•••

••••

••••••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

•••••

•••

•••••

•••

••

•••

••••

•••

••

••••

••

••

••

••••••••

••

••

••

•••

••

••

••

•••••

••

•••

••

••••••

•••

••

••••

••

•••

•••

•••••••••

••

••

••

••

••

•••

•••

•••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

•••

••

••

••

••••

••

•••

••••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

•••

••••

•••••

••••

•••

••••

••••••

••••

••••

••

••

••

••

••

•••

••

••

••

••

••

••••••

••••

••

••

•••

•••

••••••••••

•••

••

••

•••

••

••••••

••

••

•••••

••

••

••••

••

••

••

••

•••

•••

•••

••

••

••

•••••••

••

••

•••

••••••

••

••

••

•••

••

••

••

••••

•••••

••

••

••••

•••

••••

••

••

•••

•••••••

••

••

••••

••

••

••

••••

•••••••

•••••

••

••

• ••

••

•••••

•••••

•••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

••

••••

••

•••••

•••

••

•••••••

••

••

••••

••

••

••

•••

••••

••

••

••

••••

••

••

••

••

••••

••

••••••

•••

••••••

•••••

••••

••••••

••

••

••

••

•••

•••

••••

••

••

••

••••

••

••

••

••

••

•••

••

••••

••••

••

••

• •

••

••

•••

••

••

•••

••

•••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

••

•••

••

•••

••

•••

•••

•••

•••

••

••••

••

•••

•••

••

••

••

•••

••

•••

••

••••••

•••••

••

•••••

••

••

••

•••

••

••

••

•••

••

••

••

•••••••••

•••• ••

••••••••

•••• •

••

•••

••••

••

••

••

••

••

•••

••

••

••••

••

••••

••

••

••

••

•••••

•••

••••••

••

••••••

••••

•••

••••

•••••••••••

••

•••

•••

•••

•••

••

••••••

••

•••••••

••••

••

••

••

••

•••

••

••

••

•••••••

••

••

•••

••••

•••

•••••

•••

•••••

••

•••

•••••••

••

•••

••

•••••••••

••••

••••

•••

••

••

••••••

••

•••

••

••

•••

••••

••••••

•••

••

•••••••

•••

••

••••••••••

••

••

••

20

40

60

20

40

60

80

20

30

40

50

60

70

0

25

50

75

100

All

Pos1Pos2

Pos3

Can

dida

boi

dini

iH

anse

nias

pora

val

byen

sis

Wic

kerh

amom

yces

cife

rrii

Pach

ysol

en ta

nnop

hilu

sSp

atha

spor

a ar

bora

riae

Tetra

pisi

spor

a bl

atta

eH

anse

nias

pora

uva

rum

Asco

idea

rube

scen

sC

andi

da so

jae

Can

dida

trop

ical

isN

aum

ovoz

yma

dair

enen

sis

Vand

erwa

ltozy

ma

poly

spor

aW

icke

rham

omyc

es a

nom

alus

Tetra

pisi

spor

a ph

affii

Can

dida

alb

ican

sC

andi

da d

ublin

iens

isH

ypho

pich

ia b

urto

nii

Can

dida

ara

bino

ferm

enta

nsC

andi

da m

alto

saK

azac

hsta

nia

afri

cana

Nak

aseo

myc

es b

acill

ispo

rus

Nau

mov

ozym

a ca

stel

liiD

ebar

yom

yces

han

seni

iC

andi

da o

rtho

psilo

sis

Spat

hasp

ora

pass

alid

arum

Sacc

haro

myc

es m

ikat

aePi

chia

kud

riav

zevi

iZy

gosa

ccha

rom

yces

roux

iiSa

ccha

rom

yces

cer

evis

iae

Schi

zosa

ccha

rom

yces

pom

beC

andi

da p

arap

silo

sis

Klu

yver

omyc

es a

estu

arii

Sacc

haro

myc

es p

arad

oxus

Sacc

haro

myc

es a

rbor

icol

aH

anse

nias

pora

vin

eae

Klu

yver

omyc

es la

ctis

Can

dida

bra

care

nsis

Can

dida

gla

brat

aC

andi

da n

ivar

iens

isLo

dder

omyc

es e

long

ispo

rus

Sacc

haro

myc

es e

ubay

anus

Sacc

haro

myc

es k

udri

avze

vii

Erem

othe

cium

cym

bala

riae

Sacc

haro

myc

es u

varu

mSa

proc

haet

e cl

avat

aK

luyv

erom

yces

mar

xian

usK

luyv

erom

yces

wic

kerh

amii

Nad

soni

a fu

lves

cens

Nak

aseo

myc

es d

elph

ensi

sC

andi

da c

aste

llii

Kom

agat

aella

pas

tori

sBr

etta

nom

yces

bru

xelle

nsis

Lach

ance

a kl

uyve

riBr

etta

nom

yces

ano

mal

usK

luyv

erom

yces

dob

zhan

skii

Erem

othe

cium

cor

yli

Toru

lasp

ora

delb

ruec

kii

Can

dida

tenu

isZy

gosa

ccha

rom

yces

bai

liiPi

chia

mem

bran

ifaci

ens

Sche

ffers

omyc

es st

ipiti

sSu

hom

yces

tanz

awae

nsis

Scle

rotin

ia sc

lero

tioru

mM

eyer

ozym

a ca

ribb

ica

Mey

eroz

yma

guill

ierm

ondi

iBo

tryt

is c

iner

eaC

yber

lindn

era

fabi

anii

Cla

visp

ora

lusi

tani

aeLa

chan

cea

walti

iC

yber

lindn

era

jadi

nii

Lach

ance

a la

nzar

oten

sis

Tort

ispo

ra c

asei

noly

tica

Can

dida

aur

isK

azac

hsta

nia

naga

nish

iiLa

chan

cea

ther

mot

oler

ans

Kura

ishi

a ca

psul

ata

Met

schn

ikow

ia fr

uctic

ola

Oga

taea

par

apol

ymor

pha

Arth

robo

trys

olig

ospo

ra'G

eotr

ichu

m c

andi

dum

' 3C

Oga

taea

pol

ymor

pha

Met

schn

ikow

ia b

icus

pida

taLi

pom

yces

star

keyi

Can

dida

api

cola

Blas

tobo

trys

ade

nini

vora

nsSt

arm

erel

la b

ombi

cola

Geo

tric

hum

can

didu

m C

LIB

918

'Ash

bya'

ace

riBa

bjev

iella

inos

itovo

raEr

emot

heci

um g

ossy

pii

Xylo

na h

evea

eAs

perg

illus

nid

ulan

sFu

sari

um g

ram

inea

rum

Yarr

owia

lipo

lytic

aSt

agon

ospo

ra n

odor

umN

euro

spor

a cr

assa

Spe cies

GC

con

tent

(%)

Figure S1