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Open Mining Infrastructurefor TExt and Data
Patricia Geretto, INRA-Versailles
Forum du GFII, Paris, 8 Décembre 2015
Une infrastructure text-mining au service des scientifiques
L’INRA
OPENMINTED : LES OBJECTIFS
OPENMINTED : LE PROJET
Forum du GFII, Paris, 8 Décembre 2015
SOMMAIRE
CAS D’USAGE ‘BIOLOGIE VEGETALE’ : ENJEUX - GAINS
Institut National de la Recherche Agronomique
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Alimentation - Agriculture - Environnement
8290 agents titulaires dont
13 départements scientifiques et 8 métaprogrammes
186 unités de recherche et 49 unités expérimentales
881,71 M€ : Budget exécuté
2552 stagiaires accueillis et 510 doctorants rémunérés
Rapport d’activité INRA, 2014
17 centres de recherche
360 brevets en stock dont 67 nouveaux
1840 chercheurs titulaires
MaIAGEUnité de recherche
"Mathématiques et Informatique Appliquées
du Génome à l'Environnement"
L’équipe Bibliome développe des méthodes de linguistique
computationnelle et d’apprentissage automatique appliquées au domaine des
Sciences de la Vie.
Suite Alvis développée par MaIAGE
http://bibliome.jouy.inra.fr
Participation de l’INRA au projet OpenMinTeD
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Cas d’Usage en Agronomie
DISTDélégation à l’Information Scientifique et Technique
La DIST est chargée de construire et mener la politique de l'Information
Scientifique et technique (IST) pour l'INRA.
Appel à projet H2020-EINFRA-2014-2
(Research and Innovation Actions, Framework Partnership Agreement
with Multiple Beneficiaries)
3 ans (2015-2018)5,4 millions d’euros
16 partenaires
Le Projet OpenMinTeD
Utilisateurs finaux
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Chercheurs, curateurs de bases de données…
Editeurs de littérature et d’outils de text-mining, bibliothèques, PME …
Fournisseurs de contenus et services
Réaliser une plateforme et une infrastructure de Text et Data Mining (TDM), ouverte et pérenne, qui permette aux chercheurs de découvrir, créer, partager et ré-utiliser la
connaissance extraite d’un vaste éventail de sources de la littérature scientifique.
Text-miningCommunautés scientifiques
Infrastructure
Fournisseurs de contenu OA
OpenAIRE
Open Access Infrastructure for Research in Europe
SSOAR,
Social Science Open Access Repository
Clarin,
European research infrastructure for the humanities and social sciences
AGRIS,
Agricultural Science and Technology Information
Spécialistes du
droit
Partenaires d’OpenMinTeD
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Biologie Végétale & Biodiversité
2 cas d’usage à l’INRA
Approche “chercheur centrée”Les spécifications de la plateforme reposent sur des Cas d’Usage
Constat – Difficultés pour les Chercheurs• Dispersion des sources d’information• Manque d’uniformité des modes de recherche et de
récupération des contenus• Accès restreint, payant ; règles de copyright et licences
OpenMinTeD• Explicite les règles d’accès au contenu/aux sources• Favorise l’utilisation des ressources en open access
(littérature scientifique, données et vocabulaires partagés) • Offre un accès fédéré aux ressources (métadonnées et
protocoles d’échange standards)
Les Sources – Le Contenu
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
OpenMinted focuses on interoperability across text mining services and content providers
Constat – Difficultés pour les Chercheurs• Manque de moyens informatiques (stockage, calcul, compétences…)• Difficultés à identifier des services de text-mining appropriés aux problématiques• Manque de connaissances des capacités/limites des services de text-mining
OpenMinTeD• Met à disposition un environnement accessible à distance pour construire, utiliser et partager des chaînes de traitement de text-mining à façon• Permet le traitement de gros volumes de données• Documente et rend les services de text-mining plus faciles à appréhender
OpenMinted does not build new services, but adopts and adapts existing services for new communities
Le Traitement de Text-Mining
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Constat – Difficultés pour les Chercheurs• Manque d’uniformité dans les formats de production• Peu de ré-utilisation des ressources produites et des
chaînes de traitement construites• Peu de traçabilité du lien entre les ressources utilisées et
les résultats produits OpenMinTeD
• Garde la trace des versions et des licences des ressources utilisées
• Met à disposition des espaces de partage de corpus annotés, de vocabulaires, des chaînes de traitement…
• Permet la reproductibilité des résultats• Favorise des sorties en format standard
L’Exploitation des Résultats
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Questionnaire82 participants
66 questionnaires complets
17 sujets abordés15 questions sur le sujet des difficultés
(difficultés à trouver l’information pertinente,
à la collecter et l’exploiter, à la relier à
des données…)17 questions sur le sujet des solutions
(annotations, visualisations,
extractions, liens sémantiques entre
données et textes…)
Cas d’Usage ‘Biologie végétale’
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Personas
Cas d’Usage ‘Biologie végétale’
Forum du GFII - Paris, 8 décembre 2015
Le Text-Mining permet de
• Remobiliser les connaissances existantes et
dispersées
• Sélectionner des paramètres biologiques d’intérêt
• Réduire le champ des expérimentations possibles
• Diminuer le coût des expériences
Enjeux - Gains
© Christophe MAITRE, INRA
© William BEAUCARDET,INRA
Contact us
www.openminted.eu
Project Coordinator: Natalia [email protected]
twitter.com/openminted_eufacebook.com/openmintedbit.do/openmintedlinkedinvimeo.com/openmintedbit.do/openmintedplus
http://fr.slideshare.net/openminted_eu
Two OPEN CALLS and two HACKATONS will be organized to develop applications with special
focus on innovative ideas improving the uptake of the OpenMinTeD infrastructure,
promoting the openness and reuse principle
(2017, March & July)
Patricia Geretto, Sophie Aubin (DIST) [email protected]
Claire Nédellec (MaIAGE)[email protected]
