Oeiras, 11 de setembro de 2015 Prof. Orientador: Dr. Daniel Sobral Trabalho realizado por: Alexandra...

Oeiras, 11 de setembro de 2015Prof. Orientador: Dr. Daniel Sobral

Trabalho realizado por:Alexandra ForteAna Paula RodriguesMaria João VarelaSílvia Dias

Mini Projeto: Descoberta das Ilhas de CpG

Os conceitosO ProblemaAs abordagensUm estudo nos crom

. 21 e 22Sala de Aula

Recordando…O ADN é composto

por 2 cadeias complementares de nucleótidos: A, C, G e T ligadas por fosfatos

A apenas se liga a T e C apenas se liga a G

No núcleo das células o ADN está distribuído por 23 pares de cromossomas

Recordando…Algumas seções do

ADN contêm a codificação de genes

(cerca de 2% do total)

Outras seções não codificam genes e o seu papel ainda não é totalmente conhecido

CpGCpG significa a ligação entre um C

seguido de um G, na mesma cadeia do ADN

Certas zonas do ADN são particularmente ricas em CpG, pelo que se denominam Ilhas de CpG

Porque é que as Ilhas de CpG são

importantes?

Estão próximas de genes que estão permanentemente expressos em todas as células

Parecem garantir uma maior rigidez e estabilidade ao ADN de modo a assegurar a correta expressão desses genes, essenciais para o funcionamento da maioria das células

Definição de Ilha de CpGUm possível critério:

(Gardiner-Garden e Frommer, 1987)

Pelo menos 50% C+G200 bp no mínimoCpG Obs/ CpG Esp >=0,6

QUESTÕES:1. Qual a probabilidade de uma janela aleatória de 200 bp ser uma Ilha de CpG:

A. Admitindo que os 4 nucleótidos são equiprováveis

B. Considerando que existe cerca de 40% de C e G no genoma

C. Considerando que, na realidade, existem 1% de CpG no genoma

A) Se A, T, C e G equip. 

A) Se A, T, C e G equip.Utilizando uma exploração binomial,

…

X- nº de CpG observadasP(X

Cerca de 94%...

B) Se 40% C e G04 o nº de CpG esperados seria:

8Assim, o nº de CpG observados:

B) Se 40% de C e GUtilizando uma exploração binomial,

…

X- nº de CpG observadasP(X

Cerca de 91%...

C) Como só existem 1% de CpGUtilizando uma exploração binomial,

…

X- nº de CpG observadasP(X

0,0517Cerca de 5%...

Mais QUESTÕES2. Assumindo que existe pelo menos uma ilha de CpG para cada um dos genes permanentemente expressos, quantos deste genes esperaria encontrar num genoma de 3x10^9 nucleótidos?

= 15 000 0005% de 15 000 000 são 750 000

2% de 750 000 são 15 000

Se modificarmos as condições da def. de Ilha de CpG

Proposta de Trabalho À descoberta das ilhas de CpG

.

http://www.genetics.edu.au/Publications-and-Resources/Genetics-Fact-Sheets/FS1

Comprehensive analysis of CpG in human choromossomes 21 and 22. Daiya Takai and Peter Jones, 2002