diffusionrapide Reproductible Avoiruneprésenceenligne · Outilspourla diffusionrapide...

Outils pour ladiffusion rapideet reproductiblede la recherche

RechercheReproductible(RR)Quoi?Pourquoi?001-exemple-justificatif

CommencerLATEXRStudioknitrRMarkdownGit et GitHub

Exemples002-minimum-working-example003-model-output004-figures005-beamer-presentation006-sensitivity-analysis-one-parameter007-sensitivity-analysis-many-parameters010-rmarkdown-presentation015-two-column

Final Remarks

Avoir une présence en ligneOutils pour la diffusion rapide et reproductible de la

recherche

Sahir Rai Bhatnagar1

May 14, 2019

1https://github.com/sahirbhatnagar/raqc1 / 47

Final Remarks

Remerciements

• La comité organisateur• Pierre Racine et SophieBaillargeon

• Don Knuth (TEX)• Friedrich Leisch(Sweave)

• Yihui Xie (knitr)• Vous

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Final Remarks

Avis #1

• Ceci est une introduction au outils pour la recherchereproductible

• Le niveau de cet atelier est ”intermédiaire” et suppose desconnaissances de base en R ainsi que de l’environnementRStudio

• N’hésitez pas à posez des questions

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Final Remarks

Avis #1

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Final Remarks

Avis #1

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Final Remarks

Avis #2

Je n’ai aucune relation commerciale avec ces logiciels.4 / 47

Final Remarks

Avis #3

• Le matériel pour cet atelier est basé sur plusieurs ressources• Voir ce lien pour une liste complète de références:https://github.com/sahirbhatnagar/raqc

• Une grande partie du contenu de ces diapositives est baséesur ces deux livres:

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Final Remarks

Eat Your Own Dog Food

• Ces diapositives sont reproductibles• Voir raqc-slides.Rnw:https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/slides

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Final Remarks

Le programme de l’atelier

• 8h30 à 10h00: Introduction aux raports reproductibles avecknitr et RMarkdown

• 10h00 à 10h30: Pause• 10h30 à 12h00: Exercises, Git, GitHub• 13h30 à 15h00: Créer un siteweb avec blogdown• 15h00 à 15h30: Pause• 15h30 à 17h: Publier son propre site et « Github ProjectPages »

• 17h: Fin de l’atelier

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Final Remarks

Recherche Reproductible (RR)

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Final Remarks

C’est quoi la science?

Selon l’American Physical Society:La science est l’entreprise systématique consistant à rassemblerdes connaissances sur l’univers et à les organiser et lescondenser en lois et théories vérifiables...

Le succès et la crédibilité de la science sont fondés sur lavolonté des scientifiques d’exposer leurs idées et leurs résultatsà des tests indépendants et à leur reproduction par d’autresscientifiques.

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Final Remarks

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Final Remarks

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Final Remarks

RR: Une norme minimale pour vérifier lesrésultats scientifiques

Recherche reproductible (RR) dans la science desdonnéesLes données et le code utilisés pour effectuer une constatationsont disponibles et suffisent à un chercheur indépendant pourrecréer la constatation.

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Final Remarks

RR: Une norme minimale pour vérifier lesrésultats scientifiques

Recherche reproductible (RR) dans la science desdonnéesLes données et le code utilisés pour effectuer une constatationsont disponibles et suffisent à un chercheur indépendant pourrecréer la constatation.

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Final Remarks

Pourquoi devrions-nous nouspréoccuper de la RR?

pour la science

Norme pour jugerdes affirmationsscientifiques

Éviter la du-plication

Développementcumulatif desconnaissances

pour toi

Meilleureshabitudesde travail

Meilleur tra-vail d’équipe

Les modificationssont plus faciles

Plus grandimpact surla recherche

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Final Remarks

Pourquoi devrions-nous nouspréoccuper de la RR?

pour la science

Norme pour jugerdes affirmationsscientifiques

Éviter la du-plication

Développementcumulatif desconnaissances

pour toi

Meilleureshabitudesde travail

Meilleur tra-vail d’équipe

Les modificationssont plus faciles

Plus grandimpact surla recherche

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Final Remarks

Un exemple justificatif

Démo: 001-motivating-example

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Final Remarks

Commencer

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Final Remarks

Outils pour la recherche reproductible2

Logiciel gratuit et « open source »

• RStudio: Créer, gérer, compiler des documents• LATEX: langage de balisage pour la composition d’un document• R: Langage d’analyse statistique• knitr: Intègre le code LATEXet le code R. La version modernede Sweave du professeur Friedrich Leisch

• RMarkdown: Intègre le code Markdown et le code R

2http://onepager.togaware.com/14 / 47

Final Remarks

Comparaison

Figure 1: Comparison

• LATEX a une plus grandecourbe d’apprentissage

• De nombreuses tâches sonttrès difficiles ouimpossibles (la plupart descas) à effectuer dans MSWord ou Libre Office

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Final Remarks

La philosophie derrière LATEX

Figure 2: Adam Smith, l’auteur deThe Wealth of Nations (1776),dans lequel il conceptualise lanotion de division du travail

Division du travailLa composition et la structurationlogique du texte constituent lacontribution spécifique de l’auteurà la production d’un texte imprimé.

Des questions telles que le choix dela famille de polices, les en-têtes desection doivent-ils être encaractères gras ou en petitescapitales? Doivent-ils être alignés àgauche ou centrés? Le texte doit-ilêtre justifié ou non? Les notesdoivent-elles apparaître au bas dela page ou à la fin? Le texte doit-ilêtre placé dans une colonne oudeux? et ainsi de suite, est l’affairede la typographe

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Final Remarks

La philosophie derrière LATEX

Figure 2: Adam Smith, l’auteur deThe Wealth of Nations (1776),dans lequel il conceptualise lanotion de division du travail

Division du travailLa composition et la structurationlogique du texte constituent lacontribution spécifique de l’auteurà la production d’un texte imprimé.

Des questions telles que le choix dela famille de polices, les en-têtes desection doivent-ils être encaractères gras ou en petitescapitales? Doivent-ils être alignés àgauche ou centrés? Le texte doit-ilêtre justifié ou non? Les notesdoivent-elles apparaître au bas dela page ou à la fin? Le texte doit-ilêtre placé dans une colonne oudeux? et ainsi de suite, est l’affairede la typographe

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Final Remarks

Le génie derrière LATEX

Figure 3: The TEX project was started in 1978 by Donald Knuth (Stanford).He planned for 6 months, but it took him nearly 10 years to complete.Coined the term “Literate programming”: mixture of code and textsegments that are “human” readable. Recipient of the Turing Award(1974) and the Kyoto Prize (1996).

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Final Remarks

Integrated Development Environment (IDE)

Demonstrate: Explore RStudio

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Final Remarks

Integrated Development Environment (IDE)

Demonstrate: Explore RStudio18 / 47

Final Remarks

Que fait knitrExemple LATEX:

Report.Rnw (contains bothcode and markup)

Report.tex

knitr::knit('Report.Rnw')

Report.pdf

latex2pdf('Report.tex')

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Final Remarks

Que fait knitrExemple LATEX:

Report.Rnw (contains bothcode and markup)

Report.tex

knitr::knit('Report.Rnw')

Report.pdf

latex2pdf('Report.tex')

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Final Remarks

Compiler un document .Rnw

Les deux étapes de la diapositive précédente peuventêtre exécutées en une seule commande:

knitr::knit2pdf()

ou dans RStudio:

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Final Remarks

Incorporer le code R

• Insérer le code R dans un morceau de code commençant par

<< >>=

et se terminant par@

Dans RStudio:

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Final Remarks

Exemple 1

<<example-code-chunk-name, echo=TRUE>>=library(magrittr)rnorm(50) %>% mean@

produces

library(magrittr)rnorm(50) %>% mean

## [1] 0.12

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Final Remarks

Exemple 2

<<example-code-chunk-name2, echo=TRUE, tidy=TRUE>>=for(i in 1:5){ (i+3) %>% print}@

produces

for (i in 1:5) {(i + 3) %>% print

## [1] 4## [1] 5## [1] 6## [1] 7## [1] 8

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Final Remarks

Example 2.2

<<example-code-chunk-name3, echo=FALSE>>=for(i in 1:5){ (i+3) %>% print}@

produces

## [1] 4## [1] 5## [1] 6## [1] 7## [1] 8

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Final Remarks

Example 2.3

<<example-code-chunk-name4, echo=FALSE, eval=FALSE>>=for(i in 1:5){ (i+3) %>% print}@

producesDémo: Essayez vous-même

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Final Remarks

R output within the text

• Include R output within the text• We can do that with “S-expressions” using the command\Sexpr{. . .}

Example:

The iris dataset has \Sexpr{nrow(iris)} rows and\Sexpr{ncol(iris)} columns

produces

The iris dataset has 150 rows and 5 columns

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Final Remarks

Include a Figure

<<lm, fig.cap='Regression',fig.height=3,fig.width=3>>=plot(mtcars[ , c('disp','mpg')])lm(mpg ~ disp , data = mtcars) %>%abline(lwd=2)@

●●● ●●●●

●●●● ●●●

●●●

●●

●● ●

● ●●

●●

100 200 300 400

Figure 4: Linear regression

27 / 47

Final Remarks

Include a Table

<<table.ex, results='asis'>>=library(xtable)iris[1:5,1:5] %>%xtable(caption='Sample of Iris data') %>%print(include.rownames=FALSE)@

Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species5.10 3.50 1.40 0.20 setosa4.90 3.00 1.40 0.20 setosa4.70 3.20 1.30 0.20 setosa4.60 3.10 1.50 0.20 setosa5.00 3.60 1.40 0.20 setosa

Table 1: Sample of Iris data

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Final Remarks

Markdown: HTML without knowing HTML

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Final Remarks

R + Markdown = RMarkdown

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Final Remarks

What rmarkdown doesRMarkdown example:

Report.Rmd (contains bothcode and markdown)

Report.md

knitr::knit('Report.Rmd')

Report.html,Report.pdf,Report.doc

pandoc

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Final Remarks

What rmarkdown doesRMarkdown example:

Report.Rmd (contains bothcode and markdown)

Report.md

knitr::knit('Report.Rmd')

Report.html,Report.pdf,Report.doc

pandoc

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Final Remarks

Compiling a .Rmd document

The two steps on previous slide can be executed inone command:

rmarkdown::render()

or in RStudio:

32 / 47

Final Remarks

Comment choisir entre LATEX et Markdown ?

symboles mathématiques tprésentations beamer teccdocuments personnaliséslpublications dans des re-vues

rapports rapides etfaciles,tkkjjjjjjk librairiesjavascript, tekkhhhhtgraphiques interactifs tepublier sur des sites Web

Markdown

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Final Remarks

Git et GitHub

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Final Remarks

Exemples

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Final Remarks

Minimum Working Example

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/002-minimum-working-example

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Final Remarks

Extracting output from Regression Models

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/003-model-output

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Final Remarks

Figures

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/004-figures

38 / 47

Final Remarks

Beamer Presentations

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/005-beamer-presentation

39 / 47

Final Remarks

Changing one Parameter in an Analysis

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/006-sensitivity-analysis-one-parameter

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Final Remarks

Changing Many Parameters in an Analysis

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/007-sensitivity-analysis-many-parameters

41 / 47

Final Remarks

HTML Presentations

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/010-rmarkdown-presentation

42 / 47

Final Remarks

Large Documents

https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/015-two-column

43 / 47

Final Remarks

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Final Remarks

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Final Remarks

Always Remember ...

Reproducibility ∝ 1

copy paste

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Final Remarks

Is the juice worth the squeeze?

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