1 Expertise : la recherche dinformations et de documents PL Toutain UMR 181 Physiopathologie et...

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Expertise : la recherche d’informations et de

documents

PL ToutainUMR 181 Physiopathologie et Toxicologie Expérimentales

INRA/ENVT

ECOLENATIONALEVETERINAIRET O U L O U S E

Toulouse, le 28 septembre 2010

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Qu’est-ce qu’un expert

• au sens de la norme AFNOR, « personne dont la compétence, l'indépendance et la probité lui valent d'être formellement reconnue apte à effectuer des travaux d'expertise ».

• la compétence intègre des savoirs au sens large:– savoir (connaissance)– savoir-faire (expérience)– savoir-être (dimension éthique)

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Les 3 valences à réunir pour être un expert

Des connaissances validées: Des connaissances validées: Données issues de la recherche et leurs niveaux de preuveDonnées issues de la recherche et leurs niveaux de preuve

Prise en compte de Prise en compte de l’intérêt du bénéficiaire l’intérêt du bénéficiaire

(patient, institution, (patient, institution, société…)société…)

Valeurs, éthique, Valeurs, éthique,

conflit d’intérêtconflit d’intérêt……

De l’expérience De l’expérience du domainedu domaine

Empirique

Dogmatique

cynique

expert

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Objectifs de la présentation

1. Identifier les différents types de sources documentaires et d’informations : sources originales et sources secondaires

2. Connaître les bases, plateformes et portails documentaires

3. Savoir utiliser les outils de recherche documentaire (moteur de recherche pour l’exploration des bases)

4. Dresser une liste de références correctement présentée et indexée

5. Se tenir informé par les flux RSS

5

Comment se maintenir informé, Comment gérer le flot des informations

I ndustrie pharmaceutique

articles

Livres

I nternet

T.V.quotidiens

Conf érences

I ndustrie pharmaceutique

articles

Livres

I nternet

T.V.quotidiens

Conf érencesarticles

Livres

I nternet

T.V.quotidiens

Conf érences

L’expert clinicien ne peut pas suivre de façon prospective toute la littérature primaire pertinente de son domaine.

Il devra, pour l’essentiel, faire appel de façon rétrospective à des outils documentaires adaptés à son budget « temps »

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Le vocabulaire normalisé en documentation

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Masse de l’information biomédicale

Plusieurs centaines de milliers d’articles originaux

publiés chaque année, dans plusieurs milliers de

revues scientifiques et médicales, publiant de

quelques dizaines à quelques milliers de pages

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Une première idée : consulter les périodiques scientifiques

9

Combien de journaux «vétérinaires»?

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Articles publiés dans l’ «American Journal of Physiology » en 2008:

N=2591

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Impossibilité de suivre sa bibliographie en feuilletant les revues et nécessité

d’avoir recours à des bases de données et des outils (moteurs de recherche)

pour les explorer

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Base de données (database)définition européenne

• Une base de données est « un recueil d'œuvres, de données ou d'autres éléments indépendants, disposés de manière systématique ou méthodique, et individuellement accessibles par des moyens électroniques ou par tout autre moyen » (Art. L.112-3 al.2 du code de la propriété intellectuelle)

13

Pour s’y retrouver dans les bases de données

14

Les bases de données utiles pour la médecine vétérinaires

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Les bases de données médicales

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Les bases de données juridiques

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Un premier exemple de recherche dans une base de

données (Medline) avec PubMed comme outil de

recherche

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Beaucoup de ces références ne concernent pas directement le cheval comme animal

Nombre total de références dans PubMed avec « horse » comme mots clés

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Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés

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Nombre de références dans PubMed de «2008» à aujourd’hui avec «horse» comme mots clés

et publiées dans l’ «American Journal of Veterinary Research»

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Nombre de références dans PubMed de « 2008 » à aujourd’hui avec « horse » comme mot-clé et publiées dans l’ « American Journal of Veterinary Research »

avec le mot « dexamethasone » dans le texte

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• Nécessité de poser les questions de façon appropriée pour ne pas être noyé par le nombre de références et savoir utiliser les filtres

Recherche dans les bases

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Comment utiliser PubMed

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Types de sources documentaires

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Types de sources documentaires

• Sources primaires (originales)– Produites par les auteurs d’un travail de recherche

• Sources  secondaires – Type  Vulgarisation  d’informations originales

• Souvent synthèse et simplification, en fonction du lectorat visé (public large, étudiants, découverte du sujet…)

– Type Méta-analyses et revues systématiques• Visant les professionnels , focalisées, informations

opérationnelles

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1. Sources secondaires de vulgarisation

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• Périodiques spécialisés en formation continue

–Compendium on Continuing Education for the Practicing Veterinarian

https://secure.vetlearn.com/pvsearch.cfm–Veterinary Clinics of North Americahttp://www.us.elsevierhealth.com/product.jsp?isbn=01955616–Encyclopédie médico-chirurgicale (EMC)

vétérinairehttp://www.elsevier.fr/html/dettraiteF.cfm?code=FVET

Articles de formation continue professionnelle

Sources secondaires (vulgarisation)

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Sources secondaires: Wikipedia

Informations différentes selon les langues; non validées

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Les ressources « sœurs » de Wikipedia

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• Le site web d'IVIS propose une large collection d'articles, de comptes rendus, de comptes rendus de conférences (proceedings) et de documents interactifs, ressources particulièrement précieuses pour des étudiants. La newsletter d'IVIS informe nos membres des nouveaux documents publiés sur le site (cliquez ici).

Tous les mois nous publions de nouveaux chapitres dans notre bibliothèque qui embrassent une large variété de disciplines et d'espèces (voir " Recent Additions"). Nos publications les plus récentes concernent :- la médecine clinique aviaire- la dermatologie des petits animaux- l'anesthésie et l'analgésie des animaux de compagnie- les maladies des chèvres et- Maladies respiratoires equines

Voici nos comptes rendus de conférence les plus récents, disponibles dans la section "Proceedings" : American Association of Equine Practitioners - AAEPAmerican College of Veterinary Pathologists - ACVPAmerican Academy of Veterinary Pharmacology and Therapeutics - AAVPTNAVC - North American Veterinary Conference Italian Association of Equine Veterinarians - SIVEWorld Buiatrics Congress - WBCGeneva Congress on Equine Surgery and MedicineWorld Equine Airways Symposium - WEASEuropean Society of Veterinary Orthopaedics and Traumatology - ESVOTEuropean Association of Veterinary Diagnostic Imaging - EAVDICanine Cancer Conference: Genes, Dogs, and CancerCongress of the Italian Association of Companion Animal Veterinarians - SCIVACWSAVA - World Small Animal Veterinary Association Annual CongressInternational Congress on Yak et beaucoup d'autres : cliquez ici pour voir la liste complète.

Les autres domaines de la bibliothèque d'IVIS recouvrent l'anesthésiologie, la reproduction, la chirurgie, la parasitologie, les maladies infectieuses, l'immunologie, la neurologie, et la la gastroentérologie.

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Moodle

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Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

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Sources secondaires: les cours en ligne de l’ENVT

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Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication

scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

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Enseignements et documents relatifs à la documentation et à la communication

scientifiques et médicales, depuis l'initiation (A1) jusqu'à l'approfondissement (Internat)

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Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

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Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

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Pour retrouver la première partie de la conférence sur l’expertise

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Les archives ouvertes de Toulouse

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Les archives ouvertes de Toulouse

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Les archives ouvertesLes références de l’Ecole le 22/09/2010

n=941

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Flux RSS

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Les thèses vétérinaires sont en libre accès (OATAO pour Toulouse)

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Sources secondaires: la presse professionnelle

• Hebdomadaire d’informations professionnelles vivant à plus de 90% des annonceurs– Publicités– Publicité rédactionnelle

• Un site internet associé : Planetevet http://www.planete-vet.com/

– (accès restreint)

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2. Sources secondaires de méta-analyses

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Sélection de ressources pour l’EBM

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Revues méthodiques & méta-analyses

Méta-analyseRevue systématique

Essai 1

Essai 2

Essai 3

Essai 4

Méta-analyses et revues méthodiques sont réalisées par des spécialistes de ce type de travail et selon une méthodologie formalisée

La méta-analyse peut faire appel à des outils statistiques capables de créer de la nouvelle information à partir des documents primaires

(ex: rendre significatif des résultats qui individuellement ne l’étaient pas)

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La bibliothèque Cochrane

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La bibliothèque Cochrane

• La Cochrane Library a pour objectif d'assurer la dissémination des résultats des essais cliniques et des méta-analyses par la création d'une base de données évaluant les interventions médicales, préventives et thérapeutiques ainsi que les performances des tests diagnostiques.

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La bibliothèque Cochrane

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Caractéristiques de la bibliothèque Cochrane

• Pertinente sur le plan clinique

• Indépendante

• Actualisée

• Systématique– Revues systématiques et méta-analyse

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La collaboration Cochrane

Préparer, tenir à jour, et diffuser les revues systématiques sur l'efficacité desthérapeutiques et des stratégies thérapeutiques

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La collaboration Cochrane

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L’exploration des bases de données

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Les ressources du NCBI

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Les outils d’exploration des bases de données accessibles gratuitement

1. PubMed

2. Google scholar

3. Scirus

4. Agricola

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PubMed

Interface utilisée pour interroger la base Medline

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PubMed: une vue générale

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PubMed: le tutoriel

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Limiter la recherche

• Les filtres permettent de limiter la recherche de documents sur certains critères comme les essais cliniques ne portant que sur l’homme ou au contraire des essais portant sur l’animal; pour l’homme on peut sortir les essais portant spécifiquement sur une tranche d’âge, sur des essais publiés entre deux dates etc.

• Pour appliquer ces limites, cliquez sur LIMITS

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PubMed: les filtres

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Pubmed: question sur un thème horse AND lameness

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Pubmed: question pour un auteurToutain PL AND antibiotics

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Pubmed: questionQuelles sont les publications de Cat (un auteur)

sur les antibiotiques? Cat [AU] AND antibiotics

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Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie en pharmacologie:

utilisation du Wildcard *

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Je cherche un auteur dont le nom commence par Tout… et qui publie à

Toulouse

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PubMed: S’abonner à un flux RSS pour recevoir sur ma boite mail en temps réel

les articles de PL Toutain sur les antibiotiques

70

PubMed: Abonnement à un flux RSS

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Les autres bases de données gérées par PubMed

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Les autres bases de données gérées par PubMed: les livres

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Les autres bases de données gérées par PubMed: les substances chimiques

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PubMed :systematic review

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77

Google: recherche avancée

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Google: question horse AND laminitis AND corticosteroids

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Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en

quelques minutes

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Comment « préparer » une conférence Powerpoint sur le dopage du cheval en

quelques minutes

81

Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

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Google: question & filtre PDF horse AND laminitis AND corticosteroids

83

Les outils Google

Conseil: Installer la barre d’outil et visiter « à propos de Google » pour découvrir toutes les bases spécialisées dont « Google Scholar »

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Google Scholar

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Google Scholar: Martineau + Pig

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Google Scholar: recherche avancée

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Google Scholar: question horse AND laminitis AND corticosteroids

& au moins triamcinolone acetonide

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Scirus

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HighWire

90

Agricola

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Les bases et outils payants

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Le Web Of Knowledge

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Les bases de données de L’ISI Web Of Knowledge

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Web Of Knowledge: question horse AND laminitis AND corticosteroids

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Web Of Knowledge:les bases de données

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Web Of Knowledge horse AND laminitis AND corticosteroids

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Web Of Knowledgehorse AND 31076 (code postal ENVT)

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Web Of Knowledgehorse AND 31076 (code postal ENVT)

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Web Of Knowledgeque s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009

code postal:94700

Exclusion des articles de l’Afssa qui partage le même code postal

100

Web Of Knowledgeque s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009

101

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009?et dans quels champs disciplinaires?

102

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009Quels nombre de citations?

Quels nombre d’autocitations? Quel H index?

103

Que s’est-il publié à l’ENVA entre 2000 et 2009Les publications les plus citées

104

Science Direct

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Comment se procurer un article original

• Quelques revues disponibles gratuitement sur Internet; Souvent 6-12 mois après parution

• Sites de journaux accessibles gratuitement – http://www.freemedicaljournals.com/

– http://www.gfmer.ch/Medical_journals/Free_medical.php

– http://www.medical-journals.com/

– http://highwire.stanford.edu/lists/freeart.dtl

• Ecrire à l’auteur et demander un tiré à part (adresse internet donnée)

• Acheter l’article (INIST)

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Inist

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Biomedexperts

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Network pour PL Toutain

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Network pour Horse

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Find an expert

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Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide

key words: chemical & drugs

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Trouver un expert pour la triamcinolone acetonide

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Trouver un expert pour la triamcinolone & triamcinolone acetonide

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Biomedexpertpossibilité d’y tenir à jour son CV

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Préparer une liste de références

• Doit comprendre :– toutes les sources qui ont été utilisées– seulement les sources qui ont été utilisées, c’est-à-dire

appelées dans le texte

• Doit utiliser exclusivement des sources validées• Doit être vérifiée avec les publications complètes

(jamais à partir d’une autre liste de références, ni d’une base de données et/ou de résumés)

• Doit donner toutes les indications qui permettent de retrouver la source

• Doit être ordonnée selon les recommandations de la publication à laquelle elle est destinée

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Préparer une liste de références• On ne saisit plus ses références (ce qui limite considérablement les

erreurs) : on les récupère dans les bases et on les formate au style voulu avec un logiciel type EndNote

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Votre recherche documentaire

• La réponse aux questions fera appel à des sources documentaires de nature scientifique, réglementaire, à des sources grises, ... ainsi qu’à des jugements d’expert

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Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose

ostéo-articulaire

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Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire

1. Le contexte: Les corticostéroïdes sont classiquement recommandés par voie intra-articulaire (IA) pour le traitement de l’arthrose ostéo-aticulaire (AOA) chez le cheval

2. L’histoire: Un confrère traite depuis 3 mois un trotteur atteint d’AOA en administrant dans l’articulation fémorotibiale une dose de 100 mg de methylprédnisolone acetate (MPA) (Dépomedrol®) tous les 15 jours soit 6 administrations au total ; Le cheval est mis au repos pendant le premier mois du traitement puis reprend l’entraînement ; A la fin du traitement c’est-à-dire après la dernière administration, le confrère rédige une dernière ordonnance sur laquelle il précise que le temps de détection donné récemment par la Fédération Equestre Internationale (FEI) est de 14 jours pour la dose utilisée de MPA;

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La liste des temps de détection de la FEI

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Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire

3. Le trotteur participe et gagne 16 jours après la dernière administration de MPA une course en France où il est contrôlé positif; il est condamné, déclassé et doit payer une amende de x € ; de plus il se remet à boiter de façon plus accentuée qu’avant le début du traitement.

4. L’entraîneur se retourne contre son vétérinaire arguant du fait qu’il a bien observé le délai indiqué par le vétérinaire et qu’il a été néanmoins contrôlé positif. De plus il conteste le bien fondé du traitement rendant ce dernier responsable de la dégradation de l’état locomoteur de son cheval.

5. Vous êtes nommé expert dans cette affaire par l’assureur de l’entraîneur.

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Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire

3. L’assureur de l’entraîneur veut prouver qu’il y a eu une série d’erreurs professionnelles de la part du vétérinaire traitant; il vous demande de donner votre avis sur les points suivants:

1. Les corticostéroïdes ont-ils prouvé leur efficacité dans le traitement des AOA chez le cheval dans le cadre d’essais cliniques contrôlés de terrain?

2. Parmi les corticoïdes utilisables chez le cheval, la MPA était-elle le bon choix, notamment par rapport à la triamcinolone acétonide qui est réputée mieux tolérée par l’articulation du cheval?

3. Était-il possible d’utiliser la triamcinolone acétonide qui n’a pas d’AMM en France pour le cheval alors que le Dépomédrol en a une?

4. En cas de réponse positive à la question précédente, eût-il plus conforme à la réglementation de prescrire du Canitédarol®, une spécialité vétérinaire contenant de la triamcinolone (sous forme de diacétate) et qui a une AMM IA pour chien et chat plutôt que la spécialité humaine de triamcinolone acétonide (Kénacort®) ?

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Usage des corticostéroïdes par voie intra-articulaire chez le cheval pour le traitement de l’arthrose ostéo-articulaire

5. Y avait-il un risque de déclencher une fourbure en administrant 12 mg de triamcinolone acétonide dans une articulation chez le cheval tous les 15 jours pendant 3 mois?

6. Le délai d’attente de 14 jours indiqué par le prescripteur sur son ordonnance était-il approprié? Si non, quel aurait dû être ce délai?

7. Pour des questions d’efficacité du traitement, devait-on continuer d’entraîner le cheval ou eût-il été plus judicieux de le laisser au repos?

8. Pouvait-on continuer d’entraîner ce cheval au regard du code des courses alors qu’il était traité par des corticoïdes?

9. Qu’aurait pu faire le prescripteur pour s’assurer que le cheval serait négatif à un contrôle antidopage?

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II: Les simulations par la méthode de Monte Carlo pour

l’aide à la décision

126

Un exemple d’application de la méthode de Monte Carlo :

Evaluation de l’efficacité des corticostéroïde en IA chez le

cheval

127

Evaluation des CS en IA chez le cheval Question posée aux experts:

• Quelle est votre opinion de professionnel sur l’efficacité des CS administrés par voie IA chez le cheval

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Evaluation des CS en IA chez le cheval : la

démarche globale

1. Sélection des arguments forgeant l’opinion des experts2. Définition d’un modèle pour pondérer les arguments 3. Proposition par les experts de paramètres pour résoudre le

modèle4. Simulations de MC du modèle avec les paramètres donnés par les

experts.5. Analyse de sensibilité pour identifier les arguments les plus influents

dans la construction de l’opinion.

129

Evaluation des CS en IA chez le cheval: Sélection des arguments forgeant l’opinion des experts

1. Expérience personnelle

2. Données de la littérature

3. Données des firmes pharmaceutiques

4. Opinion des confrères avec lesquels vous en avez discuté

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La construction d’un modèle d’opinion

32 43221Pr FFFFeuve

Preuve: plus la note est élevée, plus haut est le niveau de preuve (maximum:38.45)F1: note de certitude 0 à 5 pour votre expérience professionnelleF2: note de 0 à 4 pour la qualité des données de la littérature F3:note de 0 à 3 pour prendre en compte l’opinion de vos confrères F4: note de 0 à 6 pour la qualité des informations données par les firmes pharmaceutiques

On va dire que ce modèle a été validé par les nombreuses recherches menées par GPM sur la construction d’un jugement d’expert; le fait que F3 soit multiplié par F4 traduit le fait que l’opinion de vos confrères est largement influencée par l’industrie pharmaceutique et qu’il y a un lien entre les 2 notes; pour le reste le

modèle est additif. On remarquera que F1 est élevé au carré

131

Résolution du modèle pour calculer le niveau de certitude des experts

• Avec des valeurs ponctuelles – (moyennes, médiane,…)

• En considérant l’étendue des valeurs– Typiquement pour obtenir 2 scenarii extrêmes (le pire et le

meilleur )

• Par la méthode de simulation de Monte Carlo – Fondé sur des probabilité de distribution – Donne la distribution des probabilités du résultat

132

Solutions données par le modèle:Approche déterministe avec des valeurs

ponctuelles (moyennes, valeurs extrêmes….)

4 233

32 43221Pr FFFFeuve

16 6 3 1.2599

25.779 3.77968

x

133

Solutions données par le modèle par la méthode de simulation de Monte Carlo

• Fondé sur des probabilité de distribution – Donne la distribution des probabilités du

résultat

137

Solutions données par le modèle par la méthode de simulation de Monte Carlo

1. Reprendre le modèle explicitant les différents facteurs-clés impliqués dans la construction de l’opinion

2. Demander aux experts de donner les valeurs numériques (ponctuelles, distributions) correspondant facteur du modèle

3. Simuler de façon répétitive le modèle– à chaque simulation un tirage aléatoire des valeurs des

paramètres est effectué dans la distribution qui a été sélectionnée

– obtention d’autant de valeurs possibles qui collectivement donnent la distribution des valeurs probables

138

Les paramètres du modèle selon les opinions des experts: Expert 1

De 0 à 3

De 0 à 5De 0 à 4

De 0 à 6

32 43221Pr FFFFeuve

139

Opinions des expertsExperts

distributions1 2 n

F1

normale

4 avec un CV=20%

Vous êtes presque sûr de vous

5 vous êtes totalement sûr de vous

F2

uniforme

0-4

Vous n’avez pas d’opinion sur la qualité des données de la littérature

1-3

Vous n’avez pas d’opinion précise sur la qualité des données de la littérature mais vous êtes sûr que ce n’est ni nul ni totalement sûr

F3

triangulaire

0-3 avec max à 2

Vous ne savez pas de façon précise la valeur de l’opinion de vos confrères mais la valeur la plus probable est de 2

0-2 avec un max à 0.5

Vous ne savez pas de façon précise la valeur de l’opinion de vos confrères mais la valeur la plus probable est de 0.5 avec un max à 2

F4

Uniforme

2-5

Vous ne savez pas ce qu’est la valeur de cette info mais elle n’est ni totale ni nulle

0-0.2

vous êtes quasiment sûr de la non valeur de cette info

140

• An add-in design to help Excel spreadsheet modelers perform Monte Carlo simulations

• Others features– Search optimal solution (e.g.

dose) by finding the best combination of decision variables for the best possible results

141

Distribution des expositions prédites par simulation de Monte Carlo

Percentile 95% de la population VRT

Facteur de sécurité

Distribution des opinions

142

Comparaison des résultats selon l’approche

Niveau de la preuve

Experts Estimateur ponctuel

Quantile 95% Le pire des cas

1

2

n

143

Résultats de l’expertise collective

• En violet, le résultat du groupe

144

Analyse de sensibilité

• Analyse la contribution des différentes variables pour leur contribution finale à l’opinion

• Peut suggérer des priorités en matière de recherche de preuves

145

Analyse de sensibilité

Facteur 1

Facteur 2

Facteur 3 & 4

146

Méthode de Monte Carlo: avantages

• Oblige les experts à expliciter leur « expertise » et à combler des lacunes– Construction du modèle– Valeurs de départ

• Facilite l’expertise collective– Toutes les opinions seront prises en compte (évite les

querelles d’ego)

• Permet d’explorer les scénarios de gestion – Que se passe-t-il si ???

147

Un autre exemple d’analyse de Monte Carlo pour vous entraîner

• Question: êtes-vous un meilleur conducteur d’automobile que les autres français???

• Réponse jaculatoire : oui• Réponse résultant d’une expertise collective

– Formalisation de la question

Moi les autres ???

148

The one thing that unites all human beings, regardless of age, gender, religion, economic status or ethnic

background, is that, deep down inside, we ALL believe that we are

above average drivers.

-Dave Barry