05 AntonyLeBechec newvideos.rennes.inria.fr/genopole/bioInfo2007/lebechec/05_AntonyLeBechec.pdf2...

TGGCAACTGCTGCATGACTGCTAGCTGATCGAGTACAAACTGCTGCATGACTGCTAGCA101111010001110001010001100110010111011101001110100011100010100011001100101110110110011ACCGTTGACGACGTACTGACGATCGACTAGCTCATGTTTGACGACGTACTGACGATCGT010000101110001110101110011001101000100010110001011100011101011100110011010001001001100

M@IAMicro@rray Integrated Application

Qu’est ce que la transcriptomique ?

GenomeHumain ~ 30.000 gènes

Transcriptome

Protéome

Transcription

Traduction

Protéine

La transcriptomique par une approche globale

Sain Malade

ÉchantillonsBiologiques

Référence TestARN

Chaque spot correspond à un gène

TraitementsAnalyses

Exploitation & Interprétation

M@IA – Architecture

Microarray Raw Data

Gene Expression Matrix

Expressed Gene List

Interaction Graph

CytoScape File

Input / Output Files

Graphical User Interface

R ProjectBioConductorGraphviz

WebSources

AdminTools

Storage Processing Analysis DataMining

NormalizationLibraries Arrays

DataSources Filtration

Clustering Annotation

Integration

M@IA M@IARDBMS

Integrated Applicationfollowing natural

Microarray Analysis Workflow

M@LIMSM@LIMS

M@IA – Workflow

MINI@LIMSMINI@LIMS

NORM@NORM@

FILTR@FILTR@

CLUST@RCLUST@R S@MS@M

M@NGAM@NGA

K@SSANDRAK@SSANDRA

MatrixMatrix

Gene ListGene List

M@IA – Processus

M@LIMS

M@IA – Processus

M@LIMS

MINIM@LIMS

M@IA – Processus

M@LIMS

MINIM@LIMS

MAGE-ML

M@IA – Processus

FILTR@

marrayimpute

mergedmaid

hclust

M@IA – Processus

CLUST@R

M@IA – Processus

CLUST@R

siggenes

M@IA – Processus

K@SSANDRA

Intégration de données biologiquesGraphes d’interaction de gènes

Identification et annotation des gènes

Intégration et analyse de l’annotation

Liste de gènes différentiellement exprimés

Genbank

Nomenclature officielleInterrogation en ligneAnnotation de liste de gènesFormat de sortie exploitablePlusieurs type d’identifiants

Fonctions des gènesRéseaux de gènes

Interactions protéiques

Régulation des gènes

Connexion à la base de données AmiGO

Mise en place d’une base de données locale

Requête en SQL

Gene Ontology

Connexion au serveur FTP du site KEGG

Téléchargement des fichiers KGML

Utilisation en ligne ou localement

Base de données d’interaction protéiques en ligne

Exportation de fichier texte [format propriétaire]

VisAnt

Facteurs de transcription potentiels

Site de fixation + Cocitation avec le gène

Base de données en ligne

BiblioSphere

Régulation par les microRNA[Jackson et al., 2007]

Alignement de séquence

Récupération gène à gène

BiblioSphere

miRBase

Gene OntologyKEGG

VisAnt

BiblioSphere

miRBase

A1 A2 … Aj … An

gi Vij

Matrice d’annotation

Analysesstatistiques

Graphesd’intéraction

Algorithmesinformatiques

Principe d’un graphe d’interaction

Annotation1

Annotation2

Annotation3

Principe d’un graphe d’interaction

Réduction de graphe d’interaction

Permet de définir des Airs de Haute Connectivité

Prend en compte l’environnement de chaque gène

Pour un gène donné, est-ce que ses gènes voisins sont liés ?

[amas de gènes liés entre eux]

Triangle

Pour un gène donné, est-ce que ses gènes voisins sont liés ?

# triangles potentiels = 15

# triangles potentiels = 15# triangles effectifs = 0

Rayon de courbure = 0

Rayon de courbure = 1Amas

Rayon de courbure = 0,33

A1 A2 A3 A4 A5 A6

g1 1 1

g2 1 1 1

g3 1 1 1

g4 1 1 1

g5 1 1 1

g6 1 1 1

Matrice d’annotation

Distance

Distance Calcul de similaritéCorrélation de Pearson

Cosinus

Seuil de similarité

Contexte biologique – Progression tumorale du CHC

Fibrose Cirrhose Cancer4 Stades

Foie sainCarcinome Hépatocellulaire

Contexte biologique – Progression tumorale du CHC

Caractérisation des mécanismes moléculairesimpliqués dans la progression tumorale du CHC

par une approche transcriptomique

Gènes impliqués dans la progression tumorale du CHC

45 hybridations

Tumeur

15 patientsPool de foiescontrôles

NTNTnon-Tumorale

Contrôle

116 gènes58 sur-exprimés58 sous-exprimés

Analyse de l’annotation – Facteurs de transcription

Graphe d’interactionCalcul de similarité

Analyse de l’annotation – Réseaux KEGG

Graphe d’interactionRayon de courbure

(sélection des triangles)

Remodelage de la matrice extracellulaire

p < 0,05

CIR(n=6)

non CIR(n=14)

TMSB4Xniveau d’expression

1 2TMSB4X

R = 0.53P<0.05

Conclusion

Environnement complet dédié aux puces à ADN

http://maia.genouest.org

Déposé à l’Agence de Protection des Programmes

IM@GENE

Storage Processing Analysis DataMining

Intégration de données biologiquesGraphes d’interaction de gènes (Validé sur la progression tumorale du CHC)

Généralisé à d’autres étudesEffet de l’Arsenic sur les macrophages humainsExposition de cellules monocytaires aux hydrocarbures

Intégration de nouveaux modules (Méta-Analyse – XM@S)Adapté à d’autres thématiques

05 AntonyLeBechec newvideos.rennes.inria.fr/genopole/bioInfo2007/lebechec/05_AntonyLeBechec.pdf2...

Documents

Cumming [Mode de compatibilit ]) - Genopole Réussir en ...€“ By happy coincidence SiN is widely used passivation layer on CMOS © University of Glasgow, 2009 • CMOS-compatible

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D.K.DAVE HARDIK KOTHARI G.P.BAGHEL G.P.BAGHEL Page DATE OF EXAMINING 11/05/20 11/05/20 11/05/20 11/05/20 11/05/20 15/05/20 15/05/20 14/05/20 14/05/20 15/05/20 14/05/20 14/05/20

05 Series Patient Charge Schedules - static.cigna.comProcedure Code1 G1-05 GV-05 T9-05 W1-05WV-05 K1-05 KV-05 L1-05 LV-05 F1-05 FV-05 F4-05 F7-05 T1-05 B1-05 Office Visit Fee (Per

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